医学信息学论文：Terra - Paradise
基于生物信息学分析SLC16A_基因家族在低级别胶质瘤发生发展中的作用及预后价值
[基金项目]江苏省南通市卫生健康委科研课题（QN2023009）。
▲通讯作者基于生物信息学分析SLC16A基因家族在低级别胶质瘤发生发展中的作用及预后价值任冰焱1 叶涵斌2 杨娇娇1 李亦凡1 朱保锋1▲1.南通大学第二附属医院 南通市第一人民医院急诊科，江苏南通 226000；2.南通大学第二附属医院 南通市第一人民医院神经外科，江苏南通 226000[摘要] 目的 利用生物信息学分析溶质运载体16A（SLC16A）基因家族在低级别胶质瘤（LGG）发生发展中的作用及预后价值。
方法 使用ONCOMINE、GEPIA、HPA、TCGA、LinkedOmics、GSEA、TIMER 等公共数据库研究SLC16A 基因家族在LGG 中的mRNA 表达谱，筛选出差异性表达并影响LGG 预后的基因，全面分析其在LGG 发生发展中的作用机制、诊断和预后价值。
结果 LGG 中SLC16A1、SLC16A3、SLC16A4表达水平高于正常脑组织，且随着肿瘤分期的增长而上升，高表达组总生存期（OS）和无病生存期（DFS）较短。
LGG 细胞质和细胞膜中可见大量SLC16A1、SLC16A3和SLC16A4蛋白表达。
这三种基因与炎症反应、免疫细胞浸润显著相关。
结论 SLC16A1、SLC16A3和SLC16A4可作为LGG 的潜在诊断和预后生物标志物，并通过免疫调控和炎性微环境参与LGG 的发生发展。
[关键词] 溶质运载体16A；生物标志物；低级别胶质瘤；生物信息学[中图分类号] R739.4 [文献标识码] A [文章编号] 2095-0616（2024）08-0152-04DOI:10.20116/j.issn2095-0616.2024.08.36The role and prognostic value of the SLC16A gene family in the occurrenceand development of low-grade gliomas based on bioinformatics analysisREN Bingyan 1 YE Hanbin 2 YANG Jiaojiao 1 LI Yifan 1 ZHU Baofeng11. Department of Emergency, the Second Affiliated Hospital of Nantong University, the First People’s Hospital of Nantong, Jiangsu, Nantong 226000, China;2. Department of Neurosurgery, the Second Affiliated Hospital of Nantong University, the First People’s Hospital of Nantong, Jiangsu, Nantong 226000, China[Abstract] Objective To analyze the role and prognostic value of the solute carrier 16A (SLC16A) gene family in the occurrence and development of low-grade gliomas (LGG) using bioinformatics. Methods Public databases such as ONCOMINE, GEPIA, HPA, TCGA, LinkedOmics, GSEA, TIMER, etc., were used to study the mRNA expression profile of the SLC16A gene family in LGG, screen for differentially expressed genes that affect the prognosis of LGG, and comprehensively analyze their mechanism of action, diagnostic value and prognostic value in the occurrence and development of LGG. Results The expression levels of SLC16A1, SLC16A3, and SLC16A4 in LGG were higher than those in normal brain tissue and increased with the growth of the tumor stage. The high-expression group had shorter overall survival (OS) and disease-free survival (DFS). Large amounts of SLC16A1, SLC16A3, and SLC16A4 protein expression could be observed in the cytoplasm and cell membrane of LGG. These three genes were significantly associated with inflammatory response and immune cell infiltration. Conclusion SLC16A1, SLC16A3, and SLC16A4 can serve as potential diagnostic and prognostic biomarkers for LGG, and participate in the occurrence and development of LGG through immune regulation and control and inflammatory microenvironment.[Key words] SLC16A; Biomarkers; Low-grade gliomas; Bioinformatics胶质瘤是起源于神经胶质细胞的脑恶性肿瘤[1]，2021年世界卫生组织（World Health Organization，WHO）将胶质瘤分为4级，1～2级为低级别胶质瘤（low-grade gliomas，LGG），3～4级为高级别胶质瘤[2]。
细胞凋亡论文：细胞凋亡眼内压青光眼视网膜神经节细胞
细胞凋亡论文：细胞凋亡眼内压青光眼视网膜神经节细胞【中文摘要】视野缺损是青光眼的常见症状,主要与视网膜神经节细胞(Retinal Ganglion Cell, RGC)损伤有关,由眼内压(Intraocular Pressure, IOP)升高引发的应激反应是造成青光眼RGC 损伤的重要因素。
在有创青光眼模型中,大鼠视网膜神经节细胞c-Jun 被激活,磷酸化c-Jun氨基末端激酶(phosphorylated c-JunN-terminal kinase, p-JNK)表达增多。
JNK是MAPK家族成员,在受体介导和线粒体介导两个细胞凋亡通路中都起重要的作用。
SP600125是JNK抑制剂。
为了探讨IOP升高是否诱发RGC的凋亡,以及JNK是否参与了该凋亡过程,本课题采用滑轮-缝线系统造成IOP升高并持续6hr的方法制备青光眼模型,观察该模型RGC凋亡情况,应用JNK抑制剂SP600125观察该模型引起细胞凋亡的信号通路。
方法健康雄性Wistar大鼠(200 g～250 g),自由饮水进食,随机分为正常眼压组、高IOP组、高IOP+Vehicle组、高IOP+SP600125组、正常眼压+SP600125组。
用滑轮-缝线系统制备IOP升高大鼠模型。
眼球施压结束后立即向玻璃体腔注射SP600125 (40μmol/L,5μl)或等容积溶剂。
动物饲养0.5 hr～4d后断头处死,取出眼球剥离视网膜,用TUNEL 法原位检测视网膜上的凋亡细胞,用免疫组织化学法检测p-JNK和cleaved caspase-3阳性细胞数,用Western blot技术分析c-Jun和procaspase-3蛋白表达变化。
数据用均数±标准误表示(mean±SEM),用SigmaStat 3.5 (SPSS Inc.,Chicago, IL, USA)软件中one-way ANOVA或t-test进行数据分析,以P<0.05作为显著性差异界值。
基于GEO_和TCGA_数据库对肺腺癌差异表达基因的生物信息学分析
第 49 卷第 6 期2023年 11 月吉林大学学报（医学版）Journal of Jilin University（Medicine Edition）Vol.49 No.6Nov.2023DOI：10.13481/j.1671‑587X.20230612基于GEO和TCGA数据库对肺腺癌差异表达基因的生物信息学分析叶汇, 孙哲, 周丽婷, 齐雯, 叶琳（吉林大学公共卫生学院劳动卫生与环境卫生教研室，吉林长春130021）［摘要］目的目的：采用生物信息学方法筛选影响肺腺癌（LUAD）的关键基因，分析其生物学功能及其对LUAD预后的影响。
方法方法：于高通量基因表达（GEO）数据库下载GSE118370和GSE136043芯片数据，癌症基因组图谱（TCGA）数据库筛选LUAD相关数据。
采用R软件分析共同表达的差异表达基因（DEGs）。
采用clusterProfile R包对DEGs进行基因本体（GO）功能富集分析，DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络。
采用Cytoscape筛选连接度排名前10位的关键基因，GEPIA数据库和人类蛋白质图谱（HPA）数据库分析正常肺组织和LUAD组织中关键基因mRNA和蛋白表达情况及不同分期LUAD组织中关键基因表达情况。
关键基因免疫浸润分析和生存分析获取关键基因表达与患者生存期的相关关系。
结果：共筛选DEGs 428个。
GO分析，LUAD的DEGs在主要富集于上皮-间质转化（EMT）等生物过程（BP）方面、细胞基部等细胞组分（CC）方面和细胞外基质（ECM）结构形成等分子功能（MF）方面。
KEGG分析，LUAD的DEGs主要富集于细胞因子受体相互作用通路等方面。
筛选DNA拓扑异构酶Ⅱα（TOP2A）、果蝇纺锤体异常基因（ASPM）、细胞周期蛋白B1（CCNB1）、人类细胞分裂周期相关基因8（CDCA8）、含杆状病毒IAP重复序列蛋白5（BIRC5）、苏氨酸激酶（AURKA）、驱动蛋白超家族成员20A（KIF20A）、中心体相关蛋白55（CEP55）、着丝粒蛋白F（CENPF）和微管组织因子（TPX2）为关键基因。
红外辐照治疗装置对外科手术伤口愈合的疗效观察
世界最新医学信息文摘 2019年 第19卷 第74期47投稿邮箱：zuixinyixue@·临床研究·红外辐照治疗装置对外科手术伤口愈合的疗效观察丁名煜1，马娜1，柴海燕2，杨国平2（1.山西省翼城县人民医院 普外科，山西 临汾 043500；2.浙江通用海特医疗科技有限公司，浙江 杭州 311800）0 引言外科手术后，伤口感染、腹壁伤口脂肪液化愈合不佳、愈合时间延长是外科大夫非常头痛的问题[1]。
已有研究证明，红外线A 波段有一部分能够直接作用与人体皮肤及皮下组织，产生热效应，对于扩张毛细血管、活化细胞组织，改善血液微循环，加速人体新陈代谢，提升血氧浓度和免疫力，均表现出良好的生物学效应[2]。
2019年3至5月，我们在临床工作中开展了红外线照射对外科手术后伤口愈合疗效的观察，取得了较好疗效，现总结报告如下。
1 资料与方法1.1 一般资料。
2019年3月至5月，选择本院无严重心肺肾等严重器质性疾患且无糖尿病、肿瘤、光过敏等疾病的外科手术患者64例（伤口数65例），参与临床观察，其中男女性各32例，年龄在19-81岁。
分为观察组和对照组，每组外科手术伤口不少于20例，感染性伤口不少于10例。
纳入统计的患者性别、年龄情况如表1所示。
1.2 方法。
按单盲法将63例患者分为观察组和对照组，两组患者除接受常规伤口处理以外，均加施红外辐照治疗。
观察组采用HECKEL3000MT-4T 型红外辐照治疗装置（18030001，由浙江通用海特医疗科技有限公司提供）进行光照治疗；对照组采用500型红外辐照治疗装置由德国Hydrosun 医疗技术有限公司提供）进行光照治疗。
每日1次，每次照射30 min ，对治疗情况进行观察并记录。
以术后第7天为观察终结期，5-6天出院的患者，按实际出院时的观察结果为准，不足5天出院的患者不纳入观察统计。
1.3 治疗设备比较，见表2。
1.4 评价标准1.4.1 切口愈合标准：①甲级愈合为优良：愈合优良，无不良反应；②乙级愈合为有效：愈合处有炎症反应，如红肿、热痛、硬结、血肿、积液等，但未化脓；③丙级愈合为无效：表2 观察组与对照组使用设备比较组别功率W 照射距离cm 功率密度mw/cm 2有效照射区域直肠温度监控观察组375×43540-115四个直径不小于20 cm 的圆区域是对照组5002540-230 单个直径不小于25 cm 的圆区域否指伤口化脓，需要作切开引流处理。
奥拉西坦与血栓通注射液联合治疗脑梗死的效果研究
世界最新医学信息文摘 2017年 第17卷 第39期93投稿邮箱：zuixinyixue@临床选择视神经保护药物提供了可靠的实验依据。
参考文献[1] 彭玉豪，李和平，CLARK A F.青光眼性视网膜神经节细胞凋亡的病理机制[J].中华眼科杂志，2004，40:495-499.[2] 成龙，王育良.青光眼视功能保护的中医药研究进展.国际中医中药杂志[J].2013;35（12）:1136-1138.[3] 李开余，王宁利，兔、鼠青光眼模型[J].眼科，2004，3（2）：116-119.[4] 王影，唐由之.慢性高眼压兔模型的实验研究[J].中国中医眼科杂志，2009，19（4）：187-190.[5] 徐岩，陈祖基，宋洁贞.复方卡波姆诱发的兔高眼压模型与其它兔高眼压模型的比较研究[J].中华眼科杂志，2002;38（3）:172-175.[6] 张钧寿.国产尼莫地平胶囊相对生物利用度的研究[J].中国临床药理学杂志，1996，12（2）:99-103.·药物与临床·奥拉西坦与血栓通注射液联合治疗脑梗死的效果研究祭炳亮（黑龙江省双鸭山市宝清县人民医院 医务科，黑龙江 宝清 155600）0 引言脑梗死疾病是在动脉硬化基础上由于血小板与其他凝血因子凝集成血栓并将血管阻塞引发局部脑组织缺氧情况，并逐渐发展为脑组织坏死的一类脑血管疾病[1]，以中老年人群作为主要的发病对象，且多半存在多种慢性疾病，导致治疗后往往无法控制其他并发症。
对脑梗死患者进行临床治疗的目的在于及时保护细胞膜功能，以免缺血梗死区域进一步扩大，促进半暗带神经元形态与功能的恢复，改善神经功能异常情况。
为此，本次研究对该类疾病患者展开以下治疗方案。
1 资料与方法1.1 基础资料。
选择我院2015年3月至2016年5月收治的脑梗死患者92例，分为常规组与实验组，所有患者均经过影像学诊断后确诊，将合并严重脏器不全、肌肉疾病患者排除。
局部亚低温对大鼠脑出血后血肿周围脑组织白介素_1_表达的影响
・论著・局部亚低温对大鼠脑出血后血肿周围脑组织白介素21β表达的影响王敏忠,李春霞,郭守刚,刘雪平,杜怡峰,张苏明 【摘要】 目的 观察局部亚低温对脑出血大鼠血肿周围脑组织的形态学变化和对白介素(I L )21β表达的影响。
方法 72只W istar 大鼠随机分为假手术组和脑出血后6h 、24h 、48h 、72h 、7d 组,每组再分为常温亚组和亚低温亚组,每个亚组6只大鼠。
采用自体不凝血注入大鼠尾状核制备脑出血模型。
各亚低温亚组注血后实施亚低温治疗4h,维持脑温在(33±0.5)℃。
观察血肿周围组织的形态学改变和I L 21β表达的变化。
结果 亚低温亚组各时间点脑组织水肿明显轻于常温亚组;神经元变性坏死、炎症反应及胶质细胞增生程度明显轻于常温亚组。
脑出血后6h 血肿周围脑组织I L 21β开始表达,48h 达高峰,7d 时仍明显高于对照亚组(均P <0101)。
脑出血24h ～7d 亚低温亚组I L 21β表达水平较相应时点常温亚组显著降低(均P <0101)。
结论 亚低温治疗能明显抑制血肿周围I L 21β的过度表达,减轻血肿周围脑组织的炎症反应。
【关键词】 脑出血;动物模型;白介素21β;亚低温【中图分类号】R743.34 【文献标识码】A 【文章编号】100421648(2010)0120034204Effects of loca l sub 2hypother m i a on expressi on of i n terleuk i n 21βi n bra i n tissue of per i he ma to ma follow i n g i n tracerebra l he m orrhage i n ra ts WAN G M in 2zhong,L I Chun 2xia,G UO Shou 2gang,et al .D eart m ent of N eurology,Shandong Provincial Hospital,J inan 250021,ChinaAbstract:O bjecti ve To investigate the effects of l ocal sub 2hypother m ia on the changes of hist omor phol ogy andthe exp ressi on of interleukin (I L )21βin brain tissue of perihemat oma f oll owing intracerebral hemorrhage (I CH )in rats .M ethods 72W istar rats were random ly divided int o sha m 2operati on gr oup,I CH 6h gr oup,I CH 24h gr oup,I CH 72h gr oup and I CH 7d gr oup;each gr oup was divided again int o nor mother m ia sub 2gr oup and sub 2hypother m ia sub 2gr oup,and 6rats in each sub 2gr oup.Rat I CH models were established by aut ol ogous bl ood injecti on .The rats in sub 2hypother m ia sub 2gr oup were given l ocal sub 2hypother m ia therapy i m mediately after the injecti on,and keep the intracerebral te mperature at 3215℃t o 3315℃for 4h .Then,the changes of hist omor phol ogy and the exp ressi on ofI L 21βin brain tissue of perihe mat oma were observed .Results The brain tissue ede ma,neur onal degenerati on,infla mmat ory reacti on and coll oid cellular p r oliferati on were more seri ous in nor mother m ia sub 2gr oup than in sub 2hypother m ia sub 2gr oup at every ti m e point after I CH.The exp ressi on of I L 21βwas increased at 6h of I CH,peaked at 48h of I CH and higher than contr ol subgr oup until 7d of I CH (all P <0101).The exp ressi on of I L 21βin sub 2hypother m ia sub 2gr oup s of I CH 24h ～7d were significantly l ower than those in corres ponding nor mother m ia sub 2gr oup (all P <0101).Conclusi on Sub 2hypother m ia therapy can significantly inhibit overexp ressi on of I L 21βand relieve the inflammat ory reacti on in brain tissue of perihe mat oma .Key words:intracerebral he morrhage;ani m al model;interleukin 21β;sub 2hypother m ia 基金项目:山东省卫生厅计划项目(2007HW093)作者单位:250021济南,山东省立医院神经内科(王敏忠,李春霞,郭守刚,杜怡峰),老年病科(刘雪平);华中科技大学同济医学院附属同济医院神经内科(张苏明)通讯作者:杜怡峰 脑出血(I CH )后继发性损伤是影响患者预后的重要因素之一[1],炎症反应参与了这一继发性损伤机制,其中白介素21β(I L 21β)是最受关注的细胞因子之一[2]。
Nature:缺氧诱导因子-2α拮抗剂对临床前肾癌模型的疗效评价研究
Nature：缺氧诱导因子-2α拮抗剂对临床前肾癌模型的疗效评价研究朱国栋【期刊名称】《现代泌尿外科杂志》【年(卷),期】2016(021)012【总页数】1页(P964)【关键词】肿瘤;肾细胞癌;基因;分子生物学;缺氧诱导因子-2α;PT2399【作者】朱国栋【作者单位】西安交通大学第一附属医院泌尿外科,陕西西安710061【正文语种】中文【中图分类】R737透明细胞型肾细胞癌(ccRCC)是一类最常见的肾癌，在其癌细胞中，肿瘤抑制蛋白pVHL通常表达失活，导致缺氧诱导因子-2α(HIF-2)累积。
HIF-2α是一种细胞核转录因子，具备bHLH-PAS蛋白结构域，参与了与血管生成有关的多种肿瘤形成过程，长期以来被认为无法做为理想的药物靶标。
但有学者不断研究发现了一种类似药物的小分子化合物PT2399，可与HIF-2α蛋白PAS-B结构域结合，发挥降解HIF-2的效应，从而抑制其生物学效应。
最近，《自然》杂志发表了很有意义的研究(CHO H, DU X, RIZZI JP, et al. On-target efficacy of a HIF-2α antagonist in preclinical kidney cancer models.Nature，2016539(7627):107-111)。
本文作者构建了一种表达pVHL，同时含有HIF反应性启动子，可驱动萤虫酶(Luc)表达的786-O 3XHRE-Luc肾癌细胞株，以及含有CMV启动子的786-O CMV-Luc细胞株。
将上述构建好的两种肾癌细胞株接种裸鼠构建动物模型，裸鼠成瘤后，接受PT2399或对照溶媒注射，结果发现，使用PT2399注射两天后，786-O3XHRE-Luc荷瘤裸鼠的Luc荧光信号衰减了60%，但786-O CMV-Luc荷瘤裸鼠或接受溶媒注射的荷瘤裸鼠的Luc荧光强度并无明显变化。
对上述接受PT2399处理的荷瘤裸鼠的肿瘤组织研究发现，癌细胞中HIF靶向的mRNA转录水平以及Ki-76染色强度均显著降低，活化型凋亡相关蛋白caspase 3增高，肿瘤组织微血管密度降低。
利用RNAi观察线虫早期胚胎中与PAR蛋白相关的细胞极性
Ｆｉｇ．１ Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ ａｒｅ ｔｈｅ ｐｈｅｎｏｔｙｐｅｓ ｏｆｔｈｅ ｅａｒｌｙ ｅｍｂｒｙｏｓ ｏｆ Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ￥１Ｔａｊｌｌ ＡＺ２ａ珥ａｆｔｅｒ ｆｅｅｄｉｎｇ ＨＴｌ １５ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ Ｌ４４４０ ｅｍｐｔｙ ＶｅＣＫＯＴ．Ｅ，Ｆ，Ｇ，Ｈ ａｒｅ ｔｈｅ ｐｈｅｎｏｔｙｐｅｓ ｏｆ ｔｈｅ ｅａｒｌｙ廿ｎｂｒｙｏｓ ｏｆ Ｃ．ｅｌｅｇａｍ ｓｔｒａｉｎ Ｎ２ ａｆｔｅｒ ｆｅｅｄｉｎｇ ＨＴｌ １５ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １．４４４０ ｅｍｐｔｙ ｖｅｃｔｏｒ
关键词：线虫；细胞极性；ＲＮＡ干扰；早期胚胎分裂
中图分类号：Ｑ ３３４．１４
文献标识码：Ａ
文章编号：０４３８－０４７９（２００８）￥２－００７０－０５
线虫（Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ ｅｌｅｇａｎｓ）成虫长约ｌ ｎｌｌｎ，身体 半透明，以大肠杆菌为食，易在实验室培养．从一个受 精卵发育成可产卵的成虫只需３天．在自然状态下， Ｃ．ｅｌｅｇａｍ绝大部分个体为雌雄同体（ｈｅｒｍａｐｈｒｏｄｉｔｅ）， 其一生能产约３００个受精卵．自然产生的Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ群
早期胚胎表型
Ｆｉｇ．２
Ａ，Ｂ，Ｃ ａｇｅ ｔｈｅ ｐｈｅｎｏｔｙｐｅｓ ｏｆｅａｒｌｙ ｅｍｂｒｙｏ ｏｆＣ ｅｌ－ ｅｇａｎｓ ｓｔｒａｉｎ ＡＺ２４４ ａｆｔｅｒ ｆｅｅｄｉｎｇ ＨＴｌ １５ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ＩＡ４４０砸ｄｌ ｐａｒ－１．Ｄ。Ｅ，Ｆ ａｒｅ ｔｈｅ ｐｈｅｎｏｔｙｐｅｓ ｏｆｅａｒｌｙ ｅｍｂｒｙｏ ｏｆ Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ ｓｔｒａｉｎ ＡＺ２４４ ａｆｔｅｒ ｆｅｅｄｉｎｇ ＨＴｌ １５ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ Ｌ４４４０ ｅｍｐｔｙ－ｌ，ｅｃ－－－ｔＯｌｒ