ABI测序仪数据收集软件1
数据收集整理的工具与软件：实用教案推荐
数据收集整理的工具与软件：实用教案推荐数据在现代社会的重要性不言而喻，特别是在企业、科研、政府等领域，数据的采集与整理显得尤为重要。
为了提高数据的质量与效率，到目前为止，已经有很多先进的数据收集整理的工具与软件出现。
本文将为大家介绍一些实用的工具与软件，希望对大家在数据收集整理方面有所帮助。
一、数据收集工具数据的收集可能是数据处理工作中最麻烦的一环，因为不同类型的数据来源不一样，需要使用不同的工具来进行查询。
1.问卷星问卷星是可用于在线调查和数据收集的网站，它可以帮助用户制作各种类型的问卷，如客户满意度调查、市场调研、员工满意度调查等。
问卷星不但能够帮助用户快速地发出问卷，还可以随时查看调查结果并进行数据分析，非常方便。
2.爬虫软件爬虫软件可以自动抓取网络上的数据，比如某宝的商品信息、新浪微博的用户信息等，这些数据通常需要手动抓取，费时费力。
爬虫软件则可以自动执行这些任务，轻松地获取海量的数据。
常见的爬虫软件有Python的Scrapy、Java的WebHarvest等。
3.大数据分析软件大数据分析软件像Tableau、QlikView、Power BI等，可以以多种方式为你提供关于数据的见解。
它们让你能够更好地分析数据、获取洞见，并快速识别趋势。
此外，它们还可以帮助你更好地把数据可视化，这将有助于你深入了解数据所代表的实际情况。
二、数据整理工具1.ExcelExcel是非常基本且常用的数据整理工具，其灵活性与可定制性让它成为数据分析工作的不二选择。
Excel可以帮助用户将数据进行分类、过滤、排序等操作，还可以执行各种计算和图表制作，十分方便。
2.Open RefineOpen Refine可以帮助用户处理数据质量问题，支持批量清洗、转换数据格式、删除重复数据，还可以通过交互方式快速将数据可视化。
此外，Open Refine还支持扩展功能，是一个非常有用的数据整理工具。
3.SASSAS是一个完整的数据分析工具，在数据收集与整理工作中有广泛的应用。
Illumina、454、ABI测序仪比较
Illumina 、454 、ABI 测序仪比较Illumina 测序仪Illumina 公司的新一代测序仪Genome Analyzer 最早由Solexa 公司研发，利用其专利核心技术“DNA 簇”和“可逆性末端终结（reversible terminator ）”，实现自动化样本制备及基因组数百万个碱基大规模平行测序。
Illumina 公司于2007年花费6亿美金的巨资收购了Solexa ，就是为了促成Genome Analyzer 的商品化。
Genome Analyzer 作为新一代测序技术平台，具有高准确性，高通量，高灵敏度，和低运行成本等突出优势，可以同时完成传统基因组学研究（测序和注释）以及功能基因组学以及功能基因组学 （基因表达及调控，基因功能，蛋白/核酸相互作用）研究。
Genome Analyzer 自上市以来，已经为千人基因组计划立下了赫赫战功。
今年早期，荷兰科学家利用它首次绘出女性的基因组图谱。
而就在前两周，家利用它首次绘出女性的基因组图谱。
而就在前两周，《《Nature 》杂志上一连出现三个人类基因组图谱：炎黄一号-第一个亚洲人图谱；第一个癌症病人图谱；第一个非洲人图谱。
它们全是依赖Genome Analyzer 完成的。
哗，一下就来仨！这和第一个人类基因组图谱的13年形成了多么鲜明的对照。
根据去年底的数据，Genome Analyzer 已售出约200台，估计是市场占有率最广的。
前不久，华大基因再添置了12台，准备放在香港和深圳的实验室，至此华大基因已经有29台Genome Analyzer 。
而著名的麻省理工学院和哈佛大学Broad 研究院拥有47台Illumina 测序仪。
众多实验室之所以选择Illumina ，看中的无疑是Genome Analyzer 的高性价比。
上个月，Illumina 将Genome Analyzer II 升级到Genome Analyzer IIx ，距年底实现单次运行获得95 GB 数据的宏伟目标又近了一步。
医疗设备招标技术参数-百度文库(精)
致：深圳市政府采购中心一、设备名称：测序仪二、数量：1台三、交货日期：签约后 60 天内。
四、设备用途：法医物证鉴定五、技术参数及要求:1。
工作条件1.1温度要求：15—30℃1.2湿度要求:20—80％1。
3电源：220-240V+/- 10%,50—60Hz +/— 10％2。
主要技术指标2.1 4道全自动毛细管电泳系统，可以升级到16道毛细管。
可选择不同长度的毛细管用于不同的试验需求。
2.2采用激光光源双束激发装置,保证能量信号高度均一.2。
3采用低温CCD成像技术,全波长荧光同时检测。
2。
4可同时进行5色或以上荧光的实时检测。
2.5自动灌胶、自动上样装置,可24小时无人监控连续运行.2。
6一块板可同时进行STR片段分析和测序分析。
2。
7法医DNA片段分析分辨率:精确度达±0。
15bp。
适用于DNA数据库标准配套试剂盒。
2.8适合于法医线粒体测序分析。
DNA序列分析精度98.5%或以上，长度可达950bp或以上。
2.9采用Oracle 数据库,可以大规模搜索和管理DNA分型数据,高速、高通量,可进行大规模STR研究，24小时可分析5000个以上STR基因型.可用于亲子鉴定和个体识别的法医鉴定。
2.10片段分析软件要求：有现成五色荧光片段分析参数设置，可方便进行亲子鉴定片段分析等工作。
2.11STR分析结果能够符合法医领域行业标准,分析数据可与各主流实验室以及国家DNA数据库达到数据兼容。
2。
12可自动剔除STR干扰峰,不需要人工修正,输出表格简单易懂。
六、其他要求：无七、配置要求：1、美国/ABI GeneMapper ID V3。
2分型软件1套；2、美国/ABI 3130 数据收集软件1 套;3、美国/ABI 3130型法医片段分析和测序安装试剂盒各1套；4、美国/ABI 3130型96孔样品盘配件盒1 个；5、美国/ABI Sinofiler 16位点STR荧光试剂盒1套;6、美国/ABI 3130系列POP—4与POP-7液体分离胶各1套;7、 10 x EDTA 缓冲液 25ml 美国/ABI 2套8、 ABI 4x36cm与4x50cm毛细管各1套；9、美国/ABI高纯甲酰胺 25ml 2瓶；10、美国/ABI LIZ-500荧光内标1个；11、 ABI 96孔反应板 10块/包装5套；12、美国/ABI Prepfiler DNA纯化试剂盒1个；13、美国/ABI 6孔磁力架2个。
基于高通量测序的基因序列分析软件
基于高通量测序的基因序列分析软件基因序列分析软件是基于高通量测序（high-throughput sequencing）技术的生物信息学工具。
这些软件能够帮助研究人员分析和解释基因组中的DNA序列信息，从而帮助他们理解基因的结构和功能，以及基因与疾病之间的关系。
以下是一些常用的基因序列分析软件：1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是生物信息学领域最常用的工具之一、它能够在数据库中相似的DNA或蛋白质序列，从而进行序列比对和注释。
研究人员可以使用BLAST来识别已知序列的同源性，以帮助理解基因的功能。
2. GeneiousGeneious是一款强大的基因序列分析软件，具有丰富的功能和用户友好的界面。
它可以帮助研究人员进行DNA和蛋白质序列的比对、组装和注释，以及基因启动子和开放阅读框的预测。
除此之外，Geneious还提供了诸如基因家族和物种多样性分析等高级功能。
3. CLC Genomics WorkbenchCLC Genomics Workbench是一款全面的基因组学分析软件，适用于从原始测序数据开始的所有分析阶段。
它提供了一整套工具，包括测序质量控制、组装、变异检测、基因表达分析等。
CLC Genomics Workbench还具有可视化和报告功能，可以帮助用户更好地理解和解释分析结果。
4. TrinityTrinity是一款专门用于转录组分析的软件。
转录组分析是指通过测序和比对RNA序列，对特定组织或时间点的基因表达进行定量分析。
Trinity可以帮助研究人员对RNA测序数据进行预处理、组装和注释，以获得转录本及其转录水平的信息。
5. IGV（Integrative Genomics Viewer）IGV是一款基因组可视化工具，可以帮助研究人员在线浏览和分析基因组数据。
它支持多种数据类型，包括基因组、转录组、甲基化和染色体互作数据等。
ABI_3730xl测序仪简介-01
基因分型
2008年基因分型样本量为30000个； STR,SNP,CNV遗传标记
ABI 3730xl测பைடு நூலகம்仪简介
生物医学研究院 5楼 联系电话：54237651 联系人：夏明英，李士林
主要特性（一）
- 内置一体化自动进样器及样品孔打孔装置； - 内置样品板条形码自动识别； - 100次（9600个样品）运行试剂一次上机； - 自动碱基识别与质量评分判定； - 动态铂金内镀毛细管壁；
12406G
4833T 10646G 4491C
7028T
12705T 14569G
5301T 15607A 9824A 5178A
4715T 5417G 3010T 4216T 663A 11719A
3730xl的总结
基因检测：
2008年对4万个样本进行测序
检测碱基数达到2千4百万个
现可检测的PCR产物长度为600-1000bp
- 氩离子激光光源； 实现实时的、空间连续的测量；可以保证返回的光信息能够达到探测的量级。 激发波长为488nm和514.5nm
毛细管规格: 96道毛细管 毛细管长度: 50cm 凝胶的规格: POP-7液体分离胶
配套的试剂: 基因测序(BigDye3.1v和5×Sequence buffer)
1000样本
10小时
测序的原理
DNA测序的双脱氧链末端合成终止法. Sanger法测序的原理：
用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物，直到掺入一种链终 止核苷酸为止。 每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱 氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸 (ddNTP)。 由于ddNTP缺乏延伸所需要的3‘-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地 在G、A、T或C处终止，终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种 dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几百至几千碱 基的链终止产物。 它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率 变性凝胶电泳分离大小不同的片段进行检测。
ABI 7500(软件版本v2.0.4)仪器基因检测实验设计向导
2013ABI7500（软件版本v2.0.4）仪器实验设计向导与结果分析吕明治1.打开电脑，启动机器和软件 1.1机器开关，见下图：1.2点击，开启7500 Software v2.0.4软件，如下窗口:点击“OK ”，出现如下窗口：点击“Continue without Connection ”，进入主窗口：启动开关开（关）孔盘开关：开启或存放96孔盘。
2.开启软件后，进行实验设置2.1直接点击工具栏中“New Experiment”，出现窗口“Experiment properties”，在该窗口的“Experiment Name”栏中填写实验名称，其余选择项不变更，同时在“”一栏选择“other”，如下：2.2点击”Plate Setup”窗口，在”Define Targets and Samples”栏下面”Define Targets”处，增加所需要的荧光通道”T arget Name”和点击”Colour”选择颜色，如：；同时，可以在”Define Targets and Samples“栏下面”Define Samples”，增加反应孔道中的样本或者检测单元编号，如：2.3.在”Assign T argets and Samples“栏下面””中选择栏中的”None”；接着在“Assign target(s) to the selectde wells”栏中勾选上设置的“Target”，及在“Assign sample(s) to the selectde wells”栏中勾选上设置的“Sample”。
2.4.点击“Run Method”栏“Graphical View”的下方编辑反应程序和反应体积，如：设置好反应程序后，点击，即可完成该实验程序的保存，下次使用时可直接打开。
2.5.设置好反应程序后，重新检查实验设计步骤，确保无误后，点击“”后会弹出一个对话框，点击保存实验文件到指定保存文件夹位置即可。
数据采集平台软件介绍
数据采集平台软件介绍1. Webhose.io：Webhose.io 是一个提供全球范围内全面的互联网数据收集和分析解决方案的数据提供商。
它使用自动化的网络爬虫技术，从互联网上收集大量的结构化、半结构化和非结构化数据。
Webhose.io 的特点包括高质量的数据源、实时数据获取、自定义数据筛选和分析工具。
它的应用场景包括市场调研、竞争情报、舆情分析等。
2. Import.io：Import.io 是一款强大的 Web 数据提取工具。
它可以将网页上的信息提取为结构化的数据，并可将其导出到 Excel、CSV 或数据库等格式。
Import.io 可以通过简单的点击和拖放来配置网页数据提取任务，而无需编写代码。
它的应用场景包括数据抓取、价格监测、市场分析等。
3. ParseHub：ParseHub 是一款易于使用且功能强大的网络爬虫工具。
它可以从各种网站提取数据，并将其转换为结构化的格式。
ParseHub 的特点包括可视化的配置界面、高度定制的数据选择和转换、自动化和调度功能等。
它适用于市场研究、数据分析、内容聚合等领域。
4. Octoparse：Octoparse 是一款智能的网页数据提取工具，它可以从各种网站抓取数据，并将其转换为结构化的格式。
Octoparse 的特点包括强大的抓取能力、智能的数据识别和处理、可视化的任务配置界面等。
Octoparse 的应用场景包括电子商务竞争情报、新闻聚合、舆情监测等。
5. Scrapy：Scrapy 是一款开源的 Python 框架，用于构建和部署定制化的网络爬虫软件。
它具有高度的可定制性和灵活性，并支持多种数据导出格式。
Scrapy 提供了强大的网络爬取和数据处理功能，适用于各种科研、商业和工程领域。
6. PhantomJS：PhantomJS 是一个基于 WebKit 的"无头"浏览器，它可以模拟浏览器行为，并将网页呈现为图像或 PDF。
医疗设备招标技术参数(精)
致：深圳市政府采购中心一、设备名称：测序仪二、数量：1台三、交货日期：签约后60 天内。
四、设备用途：法医物证鉴定五、技术参数及要求：1.工作条件1.1温度要求：15-30℃1.2湿度要求：20-80%1.3电源：220-240V+/- 10%,50-60Hz +/- 10%2. 主要技术指标2.1 4道全自动毛细管电泳系统，可以升级到16道毛细管。
可选择不同长度的毛细管用于不同的试验需求。
2.2采用激光光源双束激发装置，保证能量信号高度均一。
2.3采用低温CCD成像技术，全波长荧光同时检测。
2.4可同时进行5色或以上荧光的实时检测。
2.5自动灌胶、自动上样装置，可24小时无人监控连续运行。
2.6一块板可同时进行STR片段分析和测序分析。
2.7法医DNA片段分析分辨率：精确度达±0.15bp。
适用于DNA数据库标准配套试剂盒。
2.8适合于法医线粒体测序分析。
DNA序列分析精度98.5％或以上，长度可达950bp或以上。
2.9采用Oracle 数据库，可以大规模搜索和管理DNA分型数据，高速、高通量，可进行大规模STR研究，24小时可分析5000个以上STR基因型。
可用于亲子鉴定和个体识别的法医鉴定。
2.10片段分析软件要求：有现成五色荧光片段分析参数设置，可方便进行亲子鉴定片段分析等工作。
2.11STR分析结果能够符合法医领域行业标准，分析数据可与各主流实验室以及国家DNA数据库达到数据兼容。
2.12可自动剔除STR干扰峰，不需要人工修正，输出表格简单易懂。
六、其他要求:无七、配置要求：1、美国/ABI GeneMapper ID V3.2分型软件1套；2、美国/ABI 3130 数据收集软件1 套；3、美国/ABI 3130型法医片段分析和测序安装试剂盒各1套；4、美国/ABI 3130型96孔样品盘配件盒1 个；5、美国/ABI Sinofiler 16位点STR荧光试剂盒1套；6、美国/ABI 3130系列POP-4与POP-7液体分离胶各1套；7、 10 x EDTA 缓冲液 25ml 美国/ABI 2套8、 ABI 4x36cm与4x50cm毛细管各1套；9、美国/ABI高纯甲酰胺 25ml 2瓶；10、美国/ABI LIZ-500荧光内标1个；11、 ABI 96孔反应板 10块/包装5套；12、美国/ABI Prepfiler DNA纯化试剂盒1个；13、美国/ABI 6孔磁力架2个。
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需注意的事项
1、Sample name是必须填写的。 2、Matrix 校明。 4、48孔板的样品写入顺序。
Injection list
注意事项
1、首先选中所建的Sample sheet。 2、Operator 3、Run module: 4、Matrix file：选中合适的Dye set，对
ABI测序仪数据收集软件
一、常用软件
1、Data collection 3.0(310） 2、Data collection 1.0(310、3100a) 3、Data collection 2.0(3100、3130、
3130XL)
二、需要注意的要点
1、Dye set的选择 2、Run module的选择 3、Sample sheet的填写 4、正确的光谱校正
4、Spectral Parameters ： MtxStd﹛GeneScan-SetD﹜.par
连接样品板
Run view
Status View
2、样品电泳
需填写的项
1、样品名 2、dye set：D 3、run module：
GeneScan36_POP4DefaultModule 4、Color info:填写与样品名一样的名字 ，
四、 Data collection 1.0
1、Matrix的生成
最重要的是选中正确的Dye set和moduel。
Plate editor
Sample sheet
需填写的项
1、sample name 2、dye set：D 3、run modele：
Spect36_POP4DefaultModule
客户习惯全部填写上。 5、project？
五、Data collection2.0
见操作手册和研发培训资料。
谢谢大家，欢迎讨论。
我们产品而言，Dye set A是最适合 的,Dye set D也没问题。 5、其它保持默认值
染料组合
常见Module选项
光谱校正
对本版本软件而言，Sample sheet 和Injection list的填写和样品电泳是基本 一样的，电泳完成后，手动生成matrix光 谱矩阵，方法不再详述。