微卫星分析(张立岩)
仿刺参的微卫星标记_战爱斌
Microsatellite markers of Apostichopus japonicus
ZHAN Ai bin1, 2, BAO Zhen -min1 , LU Wei1 , WANG Xiao - long 1 , HU Jing - jie 1
( 1 . Laboratory o f Marine Genetics and Breeding, Division of Life Science and Biotechnology , Ocean University o f China, Qingdao 266003 , China; 266003, China) 2. Key Laboratory of Mariculture o f Ministry of Education, Ocean University o f China , Qingdao
2期
战爱斌等 : 仿刺参的微卫星标记
193
Key words: Ap ostichopus j ap onicus ; microsatellite markers; polymorphism; transferability
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
仿刺参( Apostichopus japonicus ) 是食用海参中 最为名贵的一种, 自然分布于我国北方、 日本、 朝 鲜半岛及俄罗斯的 远东地区[ 1] 。由于经 济价值 高, 近几年来仿刺参的人工养殖及放流增殖发展 迅猛, 据山东海洋与 渔业厅统计 , 2004 年山东养 殖面积达 2. 6 104 hm 2 , 产值 70 亿元, 占水产养殖 总产值的 1/ 3 。为了尽快掌握群体结构及其种 质资源状况 , 从而制定和实施更科学合理的渔业 管理政策 , 促进养殖业的健康发展 , 有必要对仿刺 参的遗传背景进行深入的研究。 近年来飞速发展的分子标记技术为研究个体 的遗传特性、 种群遗传结构、 不同种群遗传多样性 和亲缘关系 , 进而评价种质资源提供了有力的工 具。微卫星 DNA( microsatellite DNA) 也称简单串 联重复序列 ( simple sequence repeats, SSRs) , 由于 多态性高、 稳定性高、 特异性高、 共显性遗传、 检测 快捷 , 广泛地用于遗传连锁图的构建、 基因的定位 与克隆、 遗传多样性研究、 亲权分析、 品种鉴定、 农 作物及动物育种、 进化研究等领域[ 3] , 因而已经发 展成为当前主流的分子标记之一。 近几年来 , 国 外一些学者通过线粒 体 DNA、 RAPD 和同工酶分析 , 研究了海参的遗传多样性、 种群结构及种群间的基因流 [ 48] [ 2]
胃癌及癌前病变中微卫星不稳定性的变化
胃癌及癌前病变中微卫星不稳定性的变化李异玲;周立平;王轶淳;付宝玉【期刊名称】《世界华人消化杂志》【年(卷),期】2008(16)1【摘要】目的：探讨胃癌及癌前病变中微卫星不稳定（MSI）的变化．方法：饱和氯化钠法提取组织DNA，PCR-SSCP变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测MSI，根据规定标准来判定microsatellite stable（MSS），low frequency MSI（MSI-L）和high-frequency MSI（MSI-H），计算总MSI率．结果：MSI在萎缩性胃炎，肠上皮化生，不典型增生，早期胃癌和进展期胃癌中检出率分别为13．3％、16．7％、23．3％、30％和40％，三种癌前期病变和早期胃癌之间有显著差异（χ^2值分别为4．364、2．522、3．089，P〈0．05），早期胃癌与进展期胃癌没有显著差异（χ^2值为0．071 P〉0．05），高分化腺癌中MSI的阳性率明显高于低分化腺癌（χ^2值为4．022，P〈0．05）．结论：MSI是胃癌发生中的早期分子标志，其阳性的胃癌恶性程度相对较低．【总页数】4页(P94-97)【关键词】胃癌;微卫星不稳定;饱和氯化钠法【作者】李异玲;周立平;王轶淳;付宝玉【作者单位】中国医科大学附属第一医院消化内科;中国医科大学附属第一医院检验科;中国医科大学附属第一医院内窥镜中心【正文语种】中文【中图分类】R735.2;R734.2【相关文献】1.微卫星不稳定性在胃癌组织中的表达 [J], 刘国辉;刘利刚;所剑;于金海2.胃癌及胃粘膜癌前病变染色体5q微卫星不稳定性的初步研究 [J], 周晓东;房殿春3.微卫星不稳定性在胃癌预后及疗效预测中的意义 [J], 孟令桦; 吴海涛; 梁婷婷; 王畅4.人胃癌组织中CLIC4基因表达与微卫星不稳定性的关系 [J], 王秋兰;薛永杰;韩涛5.胃癌及癌前病变中PTEN及微卫星不稳定的变化及二者的关系 [J], 李异玲;田忠;傅宝玉因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
DHPLC检测胃癌微卫星不稳定性 DHPLC Analysis of Microsatellite Instability in Gastric Cancer
是 由 ?!" 个 核 苷 酸 组 > 6 : , C 7 . / < < 6 . /" !! 微 卫 星 ! 成$ 具有高度多态性的简单串联重复序列 $ 其功能目 前还不清楚 ’ 微卫星不 稳 定 性 ! > 6 : , C 7 . / < < 6 . /6 8 C . 7 B $ " 是指由于复 制 错 误 引 起 的 简 单 重 复 序 列 1 6 < 6 . G ) H 2 的改 变 $ 由错配修复基因! < + 7 < : ; @ 18 * : + 8. * * 7$ 9
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研究报告
! " # $ % 检测胃癌微卫星不稳定性
吕炳建?! 来茂德!!程 ! 蕾!! 张宇伟!
! 杭州 ( 杭州 ( " ? F 浙江大学医学院附属邵逸夫医院病理科 $ ? ’ ’ ? "( ! F 浙江大学医学院病理学与病理生理学系 $ ? ’ ’ ( ?
微卫星DNA标记应用于畜禽血缘关系鉴定
微卫星DNA标记应用于畜禽血缘关系鉴定作者：张一君马海明来源：《国外畜牧学·猪与禽》2016年第02期摘要：随着现代畜牧业的发展，公畜对畜禽育种的影响越来越大，优秀公畜的后裔越来越多，优秀种畜在生产上的贡献也较为突出，因此亲子鉴定对畜牧业有重要的指导意义。
微卫星标记技术以其具有分布广泛，多态信息含量高，呈共显性以及检测方便、快速等优点而备受关注，成为国际动物遗传协会（ISAG）和联合国粮农组织（FAO）优先推荐的分析畜禽遗传多样性的工具，被广泛应用于畜禽的遗传多样性分析、品种间遗传距离估测及亲子鉴定和血缘控制来防止近亲交配。
关键词：微卫星标记；亲缘关系；遗传多样性中图分类号：S813.1 文献标识码：A 文章编号：1001-0769（2016）02-0047-021 微卫星标记的结构微卫星标记（Microsatellite），又称为短串联重复序列（Short Tandem Repeats）或简单重复序列（Simple Sequence Repeats），是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列[1-3]，由2～6个核苷酸的串联重复片段构成，美国人Weber发现了微卫星DNA具有长度多态性[4]，并将微卫星分为3类：单纯（Pure）SSR、复合（Compound）SSR和间隔（Interrupted）SSR。
单纯SSR是指由单一的重复单元所组成的序列，如（AT）n；复合SSR则是由2个或多个重复单元组成的序列，如（GT）n（AT）m；间隔SSR在重复序列中有其他核苷酸夹杂其中，如（GT）nGG（GT）m。
由于重复单位的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富，因此微卫星标记的应用非常广泛。
2 微卫星标记的特点2.1 分布广泛，有高度多态性微卫星DNA在真核生物的基因组中广泛存在且分布比较均匀。
平均每10 kb的DNA序列中就会出现一个微卫星序列[5]。
在猪的基因组中，每隔 30 kb～50 kb就会有1个两核苷酸重复[6]。
分子诊断1
名词解释分子诊断学（molecular diagnostics）：分子诊断学是以分子生物学理论为基础，利用分子生物学的技术和方法来研究人体内源性或外源性生物大分子和大分子体系的存在、结构或表达调控的变化，为疾病的预防、诊断、治疗和转归提供信息和依据的一门学科。
基因组(Genome)：指生物体全套的遗传信息。
基因组学是研究生物基因组的组成、组内各基因的结构、功能及表达调控的科学，包括基因组核苷酸序列测定、基因组作图、基因定位及基因功能分析等。
基因组学（genomics）：是研究生物基因组的组成，组内各基因的结构、功能及表达调控的科学，包括基因组核苷酸序列测定、基因组作图、基因定位及基因功能分析等。
包括结构基因组学和功能基因组学。
人类基因组多样性（human genome diversity）同一种或不同种基因组均存在或多或少的差异，这种差异称人类基因组多样性。
微卫星DNA多态性：微卫星DNA的排列方式有的三种：完全重复（无间隔），不完全重复（有非重复序列的间隔）和混合重复（2个或多个重复序列彼此毗连连续出现）。
完全出现最多见的方式。
转座因子：能在基因组中从一个位点移至另一位点的DNA序列，称为转座因子或转座元件。
黏性末端：对于双链DNA病毒而言，基因组双链两端具有能够互补的单链DNA部分，称为黏性末端。
重叠基因（overlapping gene）：是指两个或两个以上基因的ORF共有一段DNA序列，即某段DNA序列成两个或两个以上基因的共有的组成部位。
分段基因（segnented genome）：是指病毒基因组中由几条不同的核酸分子组成，另见于tRNA病毒、RNA病毒及双链RNA病毒。
人类基因组计划（HGP）：是旨在测出人类基因组30亿碱基对的核苷酸序列，发现所有人类基因并确定他们在染色体上的位置，破译人类全部遗传信息，发展基因组学新技术，探讨人类基因组研究的社会、法律和伦理等问题的一个国际性研究项目。
暗纹东方鲀TGF-β1基因的克隆、表达特征及生长性状相关SNP位点筛选
暗纹东方鲀TGF-β1基因的克隆、表达特征及生长性状相关SNP位点筛选马思思;喻伟峰;张凯;张雯雯;唐晓东;刘雨曦;尹绍武;王涛【期刊名称】《海洋渔业》【年(卷),期】2024(46)2【摘要】为探究暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)TGF-β1基因与其生长性状的关联及作用,采用RACE技术克隆了暗纹东方鲀TGF-β1基因,分析了其基因结构与表达特征,并通过直接PCR扩增法对TGF-β1基因进行多片段比对,在此基础上筛选出与生长性状相关的SNP位点。
研究发现TGF-β1基因cDNA全长共2217 bp,包含5′UTR 51 bp,3′UTR 1014 bp,ORF 1152 bp,编码383个氨基酸。
氨基酸序列比对分析表明,暗纹东方鲀TGF-β1基因与红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)同源性最高(92.82%)。
进化树分析表明,暗纹东方鲀TGF-β1基因编码氨基酸序列与红鳍东方鲀聚为一支,与鲈形目鱼类亲缘关系最近(68.46%~73.33%)。
qRT-PCR检测显示,TGF-β1基因在暗纹东方鲀8种不同组织(心脏、肝脏、脑、脾脏、肾脏、肌肉、中肠和鳃)都有表达,其中肾脏表达量最高,心脏和脾脏表达量次之。
通过SNP 位点不同基因型与个体生长性状的相关性分析,发现TGF-β1上的SNP g.3908 C>A位点与暗纹东方鲀多项生长性状有关,其中CC型是优势基因型,且CC型个体体宽、肥满度较高。
研究结果证实TGF-β1基因与暗纹东方鲀生长性状有一定的相关性,可为暗纹东方鲀分子标记辅助育种提供基础资料。
【总页数】11页(P129-139)【作者】马思思;喻伟峰;张凯;张雯雯;唐晓东;刘雨曦;尹绍武;王涛【作者单位】南京师范大学海洋科学与工程学院;江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心【正文语种】中文【中图分类】S917.4【相关文献】1.暗纹东方鲀生长性状相关微卫星标记筛选2.暗纹东方鲀leptin基因的克隆、SNP筛选及其与生长性状的关联分析3.暗纹东方鲀HTR4基因的分子特征及其生长相关SNP位点筛查因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
中华绒螯蟹微卫星单引物扩增产物的初步分析
中华绒螯蟹微卫星单引物扩增产物的初步分析张菁;陆仁后;邱涛【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2002(009)001【摘要】采用人工合成的6个串联重复寡聚核苷酸单引物,以及2个加锚的二核苷酸引物,利用SPAR和ASSR技术,对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)基因组进行PCR扩增,结果发现,对于GC含量丰富的三、四核苷酸引物如(CGA)5、(GACA)4,在不同退火温度的PCR反应中,都能扩增出清晰的条带,可以作为PCR扩增引物;反之,GC含量<50%的(CATA)4和(GATA)4很难检测到扩增产物;在基本PCR条件下,2个加锚的二核苷酸引物能扩增出可分辨的条带,但随着退火温度的升高,其中部分条带消失;对于不加锚的二核苷酸引物如(AC)8、(GA)8,无论怎样改变退火温度,终难形成清晰条带.将不同引物扩增产物分别克隆到T-Vector上,选取其中9个阳性克隆进行序列测定,发现在(GACA)4引物扩增的2个片段中,序列结构相似,除引物序列外,都出现了2～3个内部重复序列和高含量的AT;其余7个片段在引物序列间都未见内部重复序列.【总页数】5页(P5-9)【作者】张菁;陆仁后;邱涛【作者单位】中国科学院,水生生物研究所,湖北,武汉,430072;中国科学院,水生生物研究所,湖北,武汉,430072;中国科学院,水生生物研究所,湖北,武汉,430072【正文语种】中文【中图分类】Q78;Q959.223【相关文献】1.中国鲎微卫星引物扩增圆尾鲎DNA的PCR反应体系优化 [J], 莫然;谢仰杰;肖志群;翁朝红2.微卫星跨物种交叉PCR扩增的一个新问题:扩增非同源产物 [J], 岳根华;Balazs Kovacs;Laszlo Orban3.使用林鹳微卫星引物对东方白鹳基因组DNA进行交叉扩增 [J], 张伟;张保卫;周立志4.检测PCR产物的新途径—非扩增性单链尾引物技术 [J], 徐湘民5.大鼠及小鼠微卫星引物在社鼠中的跨种扩增 [J], 孙波;鲍毅新;张龙龙;赵庆洋;许婧因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
利用微卫星遗传标记对恒河猴进行遗传同质性分群的探索
利用微卫星遗传标记对恒河猴进行遗传同质性分群的探索闫熙;李万波
【期刊名称】《中国比较医学杂志》
【年(卷),期】2009(019)011
【摘要】目的探索建立利用微卫星遗传标记对中国恒河猴免疫遗传学同质性分群的方法.方法根据已报道的中国恒河猴和印度恒河猴微卫星标记和与MHC基因高度连锁的微卫星遗传标记,对52只恒河猴进行了微卫星检测和遗传同质性分群.结果依据判断标准,可以将检测的恒河猴分为印度恒河猴,中国恒河猴和无法判定来源的恒河猴3个地理类别,并根据MHC附近的微卫星遗传标记将其分为若干MHC 基因相同的同质性群体.结论此方法的建立将有利于恒河猴参与的实验分组,也为恒河猴繁殖管理提供了参考.
【总页数】8页(P11-18)
【作者】闫熙;李万波
【作者单位】中国医学科学院北京协和医学院实验动物研究所,卫生部人类疾病比较医学重点实验室,北京,100021;中国医学科学院北京协和医学院实验动物研究所,卫生部人类疾病比较医学重点实验室,北京,100021
【正文语种】中文
【中图分类】R394
【相关文献】
1.利用多态微卫星标记进行体细胞核移植山羊的遗传鉴定 [J], 王玉;兰国成;张宁波;尚友国;殷子惠;谭景和;姜运良
2.利用微卫星标记进行6个建鲤家系遗传结构分析和家系鉴定 [J], 李建林;唐永凯;李红霞;俞菊华
3.利用微卫星遗传标记估计金华猪个体间的亲缘关系 [J], 王燕丽;徐宁迎
4.利用微卫星标记进行马氏珠母贝家系遗传结构分析与系谱认证 [J], 杜晓东;高远镇;邓岳文;王庆恒;陈伟耀
5.利用微卫星遗传标记评价坛紫菜的种质 [J], 吴亚亚;胡则辉;严兴洪;周志刚
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