基因启动子分析基本流程

“螺旋讲堂”2008 年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
“螺旋讲堂”2008年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
螺旋亲爱的螺友们，大家好！欢迎光临螺旋讲堂，很高兴有机会和大家相聚螺旋网，让我们一同在讨论中学习，在交流中成长！分子生物学发展迅猛，新方法新技术新发现层出不穷，但是我想,我们的基础研究从某种意义上来说，可以简单的分为两大部分，一个是基因的表达，另一个是基因的功能。当然，这个基因的概念现在已经不仅仅是指编码蛋白的 DNA 序列了。我们这期主要探讨基因的表达。而转录调控在基因表达中占有很重要的地位。基因的转录调控机制非常复杂，这些理论有机会我们再详细探讨，这里就不多介绍了，我们主要谈一下对于一个新的基因，如何开始他的转录调控研究，第一步到底该怎么做呢？这里提供一些简单的入门级别的方法，希望对大家有用。相信还有更多更好更实用的方法，也希望螺友们能够拿出来和大家分享，共同进步！本次讲座共分为五个部分主要是讲第一部分,因为这个一般的文献和书籍都很少有详细说明.
一：克隆目的基因基本启动子序列我们都知道，基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游，当一个基因在没有确定其转录起始位点的时候，我们假定 NCBI 上提交的序列就是他的完整转录本，那么他的第一个碱基就是他的转录起始位点。而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游 2000bp 左右和下游200bp 左右，当然,这个是一般情况,具体问题还要具体分析.尤其现在发现一般的基因都是有几个转录起始位点的. 我们通过该基因 mRNA 序列和基因组序列 BLAST，就能够在染色体上找到这段基因组序列。我这里用 human 的 AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下.
https://www.360docs.net/doc/0d14783227.html,

“螺旋讲堂”2008 年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
1 首先需要在 NCBI 里面查找到 AGGF1基因的 mRNA 序列,这个我想大家都应该很清楚,如下图.
https://www.360docs.net/doc/0d14783227.html,

“螺旋讲堂”2008 年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
2 然后就是用这段 mRNA 序列和人类的基因组序列 BLAST
3
BLAST 得到了很多结果，我们往往选择最上面那个最匹配的结果。
https://www.360docs.net/doc/0d14783227.html,

“螺旋讲堂”2008 年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
4 点击之后就可以看到下图，这个基因的14个外显子和13个内含子在5号染色体上的位置一目了然，第一个外显子在上面，说明这个基因在染色体上是正向的，基本启动子就应该在第一外显子上面，我用红色的方框标明了。
https://www.360docs.net/doc/0d14783227.html,

“螺旋讲堂”2008 年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
5
大家有没有注意到左上方有个数据框，我把数值改为76,360K 到 76,362.200 ,刚好
2200BP,包括了第一个外显子的前200BP 左右. 然后点击红色框标明的 Download/view sequence.
6 然后就到了这个界面, Sequence Format 选择 GenBank, 然后点击 Display. 就得到我们所需要的序列了.
https://www.360docs.net/doc/0d14783227.html,

“螺旋讲堂”2008 年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
7 这里我们可以看到1989到2201是 AGGF1的 mRNA 序列,说明我们的确找到了该基因5'非翻译区的上游启动子序列.建议将这2200bp 都克隆下来..
https://www.360docs.net/doc/0d14783227.html,

“螺旋讲堂”2008 年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
以上的步骤就是基因基本启动子的查找,其实还有很多调控序列是在基因内含子区域或者是基因的3'非翻译区等,序列查找的步骤和上面是一样的.
https://www.360docs.net/doc/0d14783227.html,

基因启动子分析基本流程

项目启动会议议程

项目启动会议议程在初次进入客户现场的时候召开项目启动会议，有助于扩大影响、理念交流、达成共识，这对于项目的顺利实施有非常积极的作用。项目启动会议可以邀请用户方的主要领导或者分管信息化的分管领导，以及各职能部门的领导参加。主要议程有： 1、双方项目组成员认识； 2、项目计划沟通和通报； 3、用户方期望达到的项目目标； 4、项目经理介绍万户ezOFFICE系统的项目实施经验和心得，对用户方的期望。其中，ezOFFICE系统的项目实施经验和心得概要如下。 ezOFFICE系统的项目实施经验和心得 1、协同办公系统首先是管理问题，其次才是技术问题。ezOFFICE是作为一种管理工具而存在的。在ezOFFICE的实施、推广过程中，我们要多加管理。另外，不能完全依赖技术去实现需求，用技术完全替代管理的想法是片面的、不现实的。 2、目前大部分协同办公系统采用B/S结构，相比其他的历史时期和其他大型软件系统来说，协同办公系统的使用在国内处在一个最成熟的时期，B/S结构承袭了普通用户的上网习惯，我们有用好它的技术基础。 3、推广协同办公系统，是一把手工程，需要领导的重视与推进。关键领导的支持：一方面领导干预或授权，推动项目按计划实施，而非不重视、任其发展甚至停滞不前；另一方面，推广系统，使系统能用起来，发挥效益最大化。这个过程也是促进客户的执行力的过程，保障了项目的成功实施。（为什么说是一把手工程？因为协同办公系统是管理类软件，是对传统办公模式的变革，而能影响整个团队的办公模式的，只有一把手了。一把手不须事必躬亲，只是做三件事：挑得力助手；责令助手去全权实施、规划、推广协同办公系统；

DNA启动子概述

启动子概述启动子是DNA链上一段能与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列，它是基因表达不可缺少的重要调控序列。启动子是一段位于结构基因5’-端上游区的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确地结合，并具有转录起始的特异性。基因的特异性转录取决于酶与启动子能否有效地形成二元复合物。启动子分三类：启动子Ⅰ、启动子Ⅱ、启动子Ⅲ.只有启动子Ⅱ指导mRNA的转录。真核生物启动子Ⅱ由两大部分组成：上游元件(upstream element)和启动子核心(core promoter)。上游元件与转录的效率有关；启动子核心包括3部分：TATA 盒、起始子(initinator)及下游元件(downstream element)。TATA盒为转录调控因子包括各种调节蛋白的结合区，与转录起始位点的精确选择及转录有关，起始子是转录起始所必须，下游元件作用尚不清楚。原核生物启动子区范围较小，包括TATAAT区(Pribnow区)及其上游的TTGACA区。启动子是一段提供RNA聚合酶识别和结合位点的DNA序列，位于基因上游。启动子具有如下特征： 1序列特异性。在启动子的DNA序列中，通常含有几个保守的序列框，序列框中碱基的变化会导致转录启动活性的改变。 2方向性。启动子是一种有方向性的顺式调控元件，有单向启动子和双向启动子两类。 3位置特性。启动子一般位于所启动转录基因的上游或基因内的前端。处于基因的下4种属特异性。原核生物的不同种、属，真核生物的不同组织都具有不同类型的启动没有启动子，基因就不能转录。原核生物启动子是由两段彼此分开且又高度保守的核苷酸序列组成，对mRNA的合成极为重要。启动子区域：（1）Pribnow盒，位于转录起始位点上游5—10bp，一般由6～8个碱基组成，富含A和T，故又称为TATA盒或—10区。启动子来源不同，Pribnow盒的碱基顺序稍有变化。（2）—35区，位于转录起始位点上游35bp处，故称—35区，一般由10个碱基组成。质粒设计时都需要加入启动子序列，以保证目的基因的表达。启动子可分为诱导型启动子和组成型启动子两大类，后者包括CMV，SV40，T7,pMC1，PGK启动子等。一下介绍几个常见的启动子。（1）U6启动子 U6是二型启动子，一般发现是启动小片段，不带PolyA尾的序列。由Ⅲ类RNA聚合酶启动子U6启动子转录产生shRNA，经剪切后产生成熟siRNA，产生干扰效果。这一类启动子在腺病毒和慢病毒干扰载体的构建中应用很多。U6更多的是用在shRNA的启动，来达到敲低一个基因的作用。

项目启动会议议程完整版

项目启动会议议程 HEN system office room 【HEN16H-HENS2AHENS8Q8-HENH1688】

召开项目（实施阶段）启动会议的规定为了更好地落实、检查项目实施准备工作，每个项目开始实施（施工）前，必须召开启动会议，进行并完成相关议程、签署相关文件后，该项目方能正式进入实施阶段（状态）。在召开启动会议之前，项目经理应会同项目组成员编写及编制完成《项目管理手册》、《项目实施成本清单》、《项目实施进度计划》、《项目里程碑》、《项目采购计划》等文件，并经技术部（詹锋）、市场部（凌霜）、财务部（秦慧）审核、修改后才能在启动会议上发布。项目（实施阶段）启动会议详细规定如下：一、会议组织及主持：项目经理；二、与会人员：出席人员：项目组成员、技术部（该项目售前工程师及詹锋）、市场部（该项目业务经理及凌霜）、财务部（财务人员--雷法清、商务人员及秦慧）；列席人员：监督人员（市场部—卢建民、技术部—黄海）。三、会议召开时间：项目开始实施前1-3日内；四、用时：1~3个小时五、准备资料：《项目管理手册》项目组成员人手一份；《项目实施成本清单》之“施工实施费用部分”、《项目实施进度计划》、《项目里程碑》、《项目采购计划》各一份；《施工方案》（安装工艺、规范标准、实施指南、作业指导等）初稿一份；《分包协议》初稿一份。六、会议议程： 1.与会人员签到（记录表保存在内部的《工程文档》中）； 2.各部门审阅有关文件； 3.项目经理介绍项目情况； 4.项目经理介绍项目组成员（包括市场部/财务部相关人员）及分工； 5.项目经理讲解《项目管理手册》要点、难点、重点； 6.项目经理介绍项目进度计划、项目里程碑、采购计划、分包协议； 7.财务部、市场部提出意见、建议和注意事项；

怎么查找一个基因的启动子序列

定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。 8票票数 Do One Thing, And Do It Well. mybbff edited on 2005-07-22 08:41 举报 ?超级细菌耐药性基因多重PCR检测 ?【原创】ensembl 改版后如何查找启动子 ?【原创】使用UCSC查找一个基因的启动子序列（终） ?【共享】如何查找基因启动子，外显子，内含子序列-最新的资料 Revelation 2005-05-07 11:23 消息引用收藏分享分享到哪里？ ?复制网址 ?新浪微博

?34 积分 ?12 得票 ?246 丁当加关注 ?豆瓣社区 ?腾讯微博 ?开心网 ?人人网下面以BCL-2基因为例，查找查找该基因的启动子区域，首先要找到该基因的基因组序列。去NCBI吧，在Search的下拉菜单里找到Gene，在检索项里输入Bcl-2，检索第一项就是bcl-2 for human，点进去看看啥样。。。 0票票数 Do One Thing, And Do It Well. 举报

?? 【消息】ACEI + ARB，你给血透患者用这样的组合吗？ Revelation ?34 积分 ?12 得票 ?246 丁当加关注2005-05-07 11:29 消息引用收藏分享分享到哪里？ ?复制网址 ?新浪微博 ?豆瓣社区 ?腾讯微博 ?开心网 ?人人网首先你可以看到该基因的参考序列（reference sequence）,然后看到bcl-2的位置和基因组背景。bcl-2上游是PHLPP，下游是FVT1基因。在这个长长的网页的最后是已经注册的Bcl-2基因的信息。

找一个基因的启动子

1、UCSC （1）网址：https://www.360docs.net/doc/0d14783227.html,/cgi-bin/hgNear 在Genome里选择物种，比如human，search里输入你的基因名PTEN，点击Go （2）出现新的页面，看到“Known Gene Names”下面的PTEN了吧，点它（3）又回到了和（1）类似的页面，此时，点击sequence （4）出现一个新的页面，选中promoter，同时可以输入数值修改具体的序列区域，比如Promoter including 2000 bases upstream and 100 downstream，即表示启动子-2000～＋100区域（5）点击“get sequence”，出现页面中最上面的序列“>uc001kfb.1 (promoter 2000 100) PTEN - phosphatase and tensin homolog”就是你要的人PTEN启动子-2000～＋100区域的序列了 2、Ensembl （1）网址：https://www.360docs.net/doc/0d14783227.html,/index.html 在“Search Ensembl“标题下search后的下拉框中选中物种名homo sapiens（人），for框中输入基因名PTEN，点击Go （2）出现的新页面中比较乱，但不要管它，直接寻找“Ensembl protein coding gene ”字样的，对，也就是第二个，点击它（3）新出现的页面也很乱，不过依然不用管它，看到左侧有点肉色（实在不知道怎么描述了）的那些选项了吗，对，就是“Your Ensembl”下面那一堆，在里面找“Genomic sequence”，点它（4）现在的界面就一目了然了，在“5' Flanking sequence”中输入数值确定启动子长度（默认为600），比如1000，点击update；（5）出现的序列中，标为红色的就是基因的外显子，红色之间黑色的序列就是内含子，而第一个红色自然就是第一外显子了，那么从开始的碱基一直到第一个红色的碱基间自然就是启动子-1000~+1的序列啦这样，你不仅查到了启动子，连它的外显子、内含子序列也全部搞定了

中国中铁项目启动会议程及讲稿草案090117

中国中铁股份有限公司人力资源信息化管理系统项目实施启动会根据中国中铁人力资源部信息化规划整体部署和安排，报经总经理会及相关业务部门审议并通过，与用友公司结成战略合作伙伴关系，在系统内实施并推广用友e-HR人力资源管理软件。此项工作已于08年底正式启动，为了保证项目的顺利实施和在各单位的成功推广，经双方项目组讨论并报中国中铁相关领导通过,于近期将召开“中国中铁人力资源信息化管理系统建设项目启动会”。下面将启动会安排汇报如下：一、启动会议程概述启动会名称： “中国中铁人力资源信息化管理系统项目实施启动会” 启动会时间：2009年1月XX日上午9：30 启动会地点：中国中铁大厦B座302视频会议室启动会形式：视频直播与会人员：中国中铁相关领导及项目组主要成员等5-10人用友公司领导和项目组主要成员等5-10人主持人：成军总或许部长

二、启动会主要议程。 9:00-9:30 会议前准备（视频设备调试准备，资料发放） 9:30-9:40 主持人宣布会议开始,并宣读会议议程 9:40-10：10 中国中铁马立总讲话 10：10-10:25 用友公司吴晓冬副总裁讲话 10:25-10:45 中铁项目组组长（XXX）宣布项目启动工作布臵10:45-11:00 用友项目经理讲解项目实施计划及实施方法 11：00-11:30 中国中铁刘辉总讲话（信息化） 11:30-11:35 主持人宣布启动会结束三、参会人员清单为加大建设人力资源信息化的力度，使之更深入人心，并积极扩大总公司开展信息化建设的影响，拟请相关人员出席：总公司：刘辉总、许成军总人力资源部：许廷旺部长、赵超英副部长。。。科技部：高峰部长、王烨、黄丛治。。。下属单位参加人员：（出席视频会议）

启动子分析流程

“螺旋课堂”2008 年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
“螺旋课堂”2008年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
螺旋亲爱的螺友们好，大家好！欢迎光临螺旋讲堂，很高兴有机会和大家相聚螺旋网，让我们一同在讨论中学习，在交流中成长！分子生物学发展迅猛，新方法新技术新发现层出不穷，但是我想,我们的基础研究从某种意义上来说，可以简单的分为两大部分，一个是基因的表达，另一个是基因的功能。当然，这个基因的概念现在已经不仅仅是指编码蛋白的 DNA 序列了。我们这期主要探讨基因的表达。而转录调控在基因表达中占有很重要的地位。基因的转录调控机制非常复杂，这些理论有机会我们再详细探讨，这里就不多介绍了，我们主要谈一下对于一个新的基因，如何开始他的转录调控研究，第一步到底该怎么做呢？这里提供一些简单的入门级别的方法，希望对大家有用。相信还有更多更好更实用的方法，也希望螺友们能够拿出来和大家分享，共同进步！本次讲座共分为五个部分主要是讲第一部分,因为这个一般的文献和书籍都很少有详细说明.
一：克隆目的基因基本启动子序列我们都知道，基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游，当一个基因在没有确定其转录起始位点的时候，我们假定 NCBI 上提交的序列就是他的完整转录本，那么他的第一个碱基就是他的转录起始位点。而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游 2000bp 左右和下游200bp 左右，当然,这个是一般情况,具体问题还要具体分析.尤其现在发现一般的基因都是有几个转录起始位点的. 我们通过该基因 mRNA 序列和基因组序列 BLAST，就能够在染色体上找到这段基因组序列。我这里用 human 的 AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下.
https://www.360docs.net/doc/0d14783227.html,

项目启动会流程

一、开项目启动会前，需要准备以下事宜。 1、与项目发起人（销售或公司高层领导，外部项目一般是销售，内部项目一般是公司高层）沟通了解项目整体情况：市场份额、项目情况、分工界面、发起方负责部门和负责人员、关键里程碑等。 2、跟领导确认项目团队框架，开发人员、测试人员、售前、产品、交付、采购等。确认项目预算。 3、跟项目负责人简单沟通项目情况，了解他们目前的工作分配，对此项目的了解和可以参加项目启动会时间 4、找一个最近的且关键团队人员能够参加的时间作为项目启动会召开时间，提前与他们沟通确认时间是否可以，并至少提前两天发邮件通知大家，开会时间、地点和项目议题等。二、项目启动会一般流程： 1、领导开场，说明项目远景，并指定项目经理及内部关键干系人（售前负责人、研发经理、采购负责人、售前等，一般会前已经沟通好的）。 2、发起人（销售或公司高层领导），说明项目成立背景和成功标准，里程碑规划，项目主要干系人 3、售前，简单介绍项目情况，技术架构，周边项目及厂商 4、研发经理，介绍开发人员配置及入场时间，及相应开发周期 5、测试经理，说明测试人员配置及入场时间 6、采购，说明下项目需采购设备周期 7、交付，说明下实施周期及实施方案讨论

8、项目经理，会议中主持会议，防止会议跑题、时间控制、记录会议要点等，会议后梳理会议结论并给会议参与人员和项目人员群发会议纪要。项目启动会主要是信息共享，而非问题讨论，最好会前与各方沟通清楚各方的工作职责和事项。项目启动会控制在一个小时为佳，超过2个小时仍在争论，没能达成明确清晰的分工，就算是失败的项目启动会。三、项目启动会会议纪要要点参与人员、地点、时间合同类型、市场份额、涉及省市、周边厂商公司内部项目相关负责人，各负责人职责；局方相关的联系人公司内部项目流程关键里程碑（到货、开发、测试等关键时间点）项目所需注意事项

基因启动子分析

基因启动子分析一：克隆目的基因基本启动子序列我们都知道，基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游，当一个基因在没有确定其转录起始位点的时候，我们假定NCBI上提交的序列就是他的完整转录本，那么他的第一个碱基就是他的转录起始位点。而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游2000bp左右和下游200bp左右，当然,这个是一般情况,具体问题还要具体分析.尤其现在发现一般的基因都是有几个转录起始位点的. 我们通过该基因mRNA序列和基因组序列BLAST，就能够在染色体上找到这段基因组序列。我这里用human的AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下. 1 首先需要在NCBI里面查找到AGGF1基因的mRNA序列,这个我想大家都应该很清楚,如下图.

2 然后就是用这段mRNA序列和人类的基因组序列BLAST 3 BLAST得到了很多结果，我们往往选择最上面那个最匹配的结果。

4 点击之后就可以看到下图，这个基因的14个外显子和13个内含子在5号染色体上的位置一目了然，第一个外显子在上面，说明这个基因在染色体上是正向的，基本启动子就应该在第一外显子上面，我用红色的方框标明了。 5 大家有没有注意到左上方有个数据框，我把数值改为76,360K 到 76,362.200 ,刚好2200BP,包括了第一个外显子的前200BP左右. 然后点击红色框标明的Download/view sequence.

6 然后就到了这个界面, Sequence Format 选择GenBank, 然后点击 Display. 就得到我们所需要的序列了. 7 这里我们可以看到1989到2201是AGGF1的mRNA序列,说明我们的确找到了该基因5'非翻译区的上游启动子序列.建议将这2200bp都克隆下来. 以上的步骤就是基因基本启动子的查找,其实还有很多调控序列是在基因内含子区域或者是基因的3'非翻译区等,序列查找的步骤和上面是一样的.

DNA测序标准实验流程(V1.3版)

DNA测序标准实验流程（V1.2版）1．对DNA的要求纯度：OD 260 / OD 280 = 1.6 ~ 2.0， PCR产物用量：每反应15 -20ng（片段大于3KB可加两倍DNA）。质粒DNA用量：每反应20 -25ng（插入片段大于3KB质粒要加两倍DNA）。 1300载体本身序列就比较长，我们建议每反应加50-80ng。每个小组一次配100份BD MIX(BD 0.4ul,5*buffer 1.8ul,water 2.8ul)长期保存，每个反应体系加5ul 2．P CR产物的测序PCR反应（测序PCR反应中只要加一个引物就可以，需要加热盖）标准反应体系： 10ul体系试剂用量纯化的P CR产物(15-20 ng / μL) 1 μL （片段大于3KB可加两倍DNA）引物(2 pmol / μL) 1 μL BigDye (2.5 x) 0.4 μL BigDye Seq Buffer (5 x) 1.8μL 灭菌去离子水 5.8μL 96 °C 1 min → (96 °C 10 sec → 50 °C 5 sec → 60 °C 2 min) x 25个循环→ 4 °C保温质粒DNA的测序PCR反应标准反应体系： 10ul体系试剂用量质粒DNA (20-25 ng / μL) 1 μL （插入片段大于3KB质粒要加两倍DNA）引物(2 pmol / μL) 1 μL BigDye (2.5 x) 0.4 μL BigDye Seq Buffer (5 x) 1.8 μL 灭菌去离子水 5.8 μL 96 °C 1 min → (96 °C 10 sec → 50 °C 5 sec → 60 °C 2 min) x 25个循环→ 4 °C保温注意：BigDye (2.5 x)是一种含有DNA聚合酶和荧光物质的混合物，非常昂贵，平时都放在-20度保存。加之前拿出来放在冰上融化，用完马上放回-20冰箱。BigDye (2.5 x)和BigDye Seq Buffer (5 x)可以混合后一起加到反应体系，有多的话可以放在-20冰箱，下次还能使用。 BIGDYE尽量避光，一般用铝珀纸遮盖。P CR样品处理过程中如在室温放置和酒精挥发阶段都尽量用铝珀纸遮盖或者放入抽屉，有利于样品的稳定性。 3．测序产物纯化单个0.2 mL离心管离心方法： 1. 每孔加入1μL 7.5M NH3Ac，26μL 100%酒精，盖好，震荡4次。（酒精和NH3Ac先混合好，而且要比样品数多预算几个） 2. 台式离心机12000 x g 4°C离心20 min，马上用枪吸尽上清液。(DNA很微量，基本看不到，所以枪头不要碰到DNA沉积处) 3. 每孔加入100μL 75% 酒精，12000 x g 4°C离心10 min，马上用枪吸尽上清液。（如果不是马上操作，DNA沉淀很可能浮起，被吸走，所以如果没有及时吸去上清的话，要重新离心5MINS。） 4. 让酒精在室温避光（抽屉）挥发干净(至少20mins)，加入10 μL Hi-Di Formamide溶解DNA。 5. 在PCR仪上变性：95 °C 4 min，4 °C 4 min。上机测序。 96孔板整板离心方法： 1. 每孔加入1μL 7.5M NH3Ac，26μL 100%酒精，盖好，震荡4次。（酒精和NH3Ac先混合好，而且要比样品数多预算几个） 2. 板式离心机4000 x rpm 4°C离心30min；马上倒置96孔板，弃上清，倒置在洗水纸上，离心500rpm，1mins。 3. 加100μL 75% 酒精，4000 rpm 4°C离心20 min；马上倒置96孔板，弃上清，离心500rpm,1mins。 4.让酒精在室温避光（抽屉）挥发干净（至少15mins），加入10 μL Hi-Di For mamide溶解DNA。 5. 在PCR仪上变性：95 °C 4 min，4 °C 4 min。上机测序。 4. 部分相关试剂酒精：100%酒精使用国产分析纯；75%酒精用去离子水配制。 BigDye (2.5 x) -20度保存 BigDye Seq Buffer (5 x) 4度保存 7.5M NH3Ac 4度保存 Hi-Di For mamide -20度保存黄方亮 2009.10.27日整理

如何查找一个基因的启动子序列

如何查找一个基因的启动子序列发表者：刘小丰(访问人次：6102) 刘小丰收集整理定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。这项搜寻要从UCSC基因组浏览器开始，网址为 https://www.360docs.net/doc/0d14783227.html,/cgi-bin/hgGateway。以编码pendrin (PDS)的基因为例来说明上述问题。PDS与耳蜗的异常发育、感觉神经性听力下降以及弥散性甲状腺增大（甲状腺肿）有关。进入UCSC的主页后，在Organism的下拉菜单中选择Human，然后点击Browser。使用者现在到了人类基因组浏览器入口。本例的搜寻很简单：在assembly的下拉菜单中选择Dec. 2001，在position框中键入pendrin，然后点击Submit。返回的页面结果显示一个已知的基因和两个mRNA序列。继续点击mRNA序列的登录号AF030880，出现包含这个mRNA区域的图解概要。为了获得这个区域更清晰的图像，点击紧靠zoom out的1.5X按钮。最后点击页面中部的reset all按钮，使各个路径的设置恢复默认状态。然而，对于本例的搜寻目的来说，默认设置不是理想的设置。按照视图利用页面底部的Track Controls按纽，将一些路径设置为hide模式（即不显示），其他设置为dense模式（所有资料密集在一条直线上）；另一些路径设置为full模式（每个特征有一个分开的线条，最多达300）。在考虑这些路径内究竟存在那些资料之前，对这些路径的内容和表现做一个简要的讨论是必要的，许多这些讨论是由外界提供给UCSC的。下面是对基因预测方法的更进一步讨论，这些信息也可以在其他地方找到。对于Known Genes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5′端和3′端非翻译区。起连接作用的内含子以非常细的线条表示。翻译的方向由沿着细线的箭头指示。 Known Genes来自LocusLink内的mRNA参照序列，已经利用BLAT程序将这些序列与基因组序列进行比对排列。 Acembly Gene Predictions With Alt-splicing路径是利用Acembly程序将人类mRNA 和EST序列数据与人类基因组序列进行比对排列而来的。Acembly程序试图找到mRNA与基因组序列的最好的比对排列以及判断选择性剪接模型。假如有多于1个的基因模型具有统计学意义，则它们都全部显示出来。有关Acembly的更多信息可以在NCBI的网站找到（https://www.360docs.net/doc/0d14783227.html,/IEB/Research/Acembly/）。 Ensembl Gene Predictions路径由Ensembl提供。Ensembl基因通过许多方法来预测，包括与已知mRNA和蛋白质进行同源性比较，ab initio基因预测使用GENSCAN和基因预测HMMs。 https://www.360docs.net/doc/0d14783227.html,/ensembl/ Fgenesh++ Gene Predictions路径通过寻找基因的结构特征来预测基因内部的外显子，例如剪接位点的给位和受位的结构特征，利用一

项目启动大会流程

项目启动大会流程项目启动大会是一二手联动营销开始前动员大会，主要目的是集中向各销售人员展示分销项目，公布分销激励政策充分调动员工积极性快速实现销售目标，具体流程如下：一、参与人员包括：运营部门职能部门、各加盟商及销售人员、对接人，策划人员、开发商相关人员。二、大会内容第一项分销项目情况介绍，包括：1、市场动态分析，根据当前房地产市场动态结合分销项目进行分析，为项目分销成功提供理论依据，提升员工分销信心；2、分销项目优劣势分析，进一步挖掘项目亮点为员工提供分销说辞；3、客户分析，协助销售人员根据项目情况进行客户细分，为销售人员拓展客户提供方向性指导；4、周边竞品项目优劣势对比，再次突出本项目分销优势，提升员工信心。5、定房会当天销售政策，客户要求等。三、大会内容第二项分销项目销售流程，包括：1、明确售楼部与外围分销团队分工，售楼部暂停销售工作，只负责接待来访客户讲解项目基本情况，外围分销团队负责拓展客户渠道，引导意向客户到售楼部看房以及后期逼单；2、外围分销团队带客户到售楼部后，由售楼部人员配合接待讲解项目，客户离开后，由外围分销团队销售人员及接待售楼员共同到项目客户管理人员处核对客户，根据客户来访电话号码进行查重工作，查重期限根据项目情况与开发商进行协商。如客户在查重期限内属无效带看，如客户没有在期限内属有效带看，由接待售楼员填写《客户来访登记表》一式两份与客户管理人员共同

签字确认后交给外围分销团队销售人员。3、客户界定只限于外围分销团队与售楼部客户进行区分，外围分销团队之间客户不区分以最终收取客户意向金为准。客户确定购买意向后由外围分销团队销售人员收取客户一定金额意向金并向客户提供收据。4、客户持意向金收据可参加分销项目开盘定房会，定房会当天交定金确定选房客户可享受相关优惠政策。5、定房会当天客户选房顺序以随机摇号为准，摇号依据是客户意向金收据号。6、定房会当天只收取客户定金确定客户选房楼号，不进行相关优惠政策解释及付款方式的确认，定房结束后七天内客户到售楼部交首期款时再进一步与客户协商付款方式及优惠。7、定房会结束后根据当天定房情况及时向各外围分销团队通报定房情况并要求及时通知客户交首期款并签订购房协议。8、客户交清首期款并签订购房协议后七日内对外围分销团队支付佣金。四、大会内容第三项分销激励政策，包括：1、对各外围分销团队明确分销周期，确定单套销售佣金标准；2、明确递增式奖励政策，即以每销售团队登记人数为基准，制定每人多销售一套奖励标准；3、即实行奖励政策。五、大会内容第四项主要销售团队展示公众承诺，包括：运营团队支持承诺，销售团队销售目标承诺等，将各团队承诺上墙公示。六、分销正式启动。

如何查找一个基因的启动子序列

如何查找一个基因的启动子序列如何查找一个基因的启动子序列定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。南京妇幼保健院乳腺科刘小丰这项搜寻要从UCSC基因组浏览器开始，网址为 https://www.360docs.net/doc/0d14783227.html,/cgi-bin/hgGateway。以编码pendrin (PDS)的基因为例来说明上述问题。PDS与耳蜗的异常发育、感觉神经性听力下降以及弥散性甲状腺增大（甲状腺肿）有关。进入UCSC的主页后，在Organism的下拉菜单中选择Human，然后点击Browser。使用者现在到了人类基因组浏览器入口。本例的搜寻很简单：在assembly的下拉菜单中选择Dec. 2001，在position框中键入pendrin，然后点击Submit。返回的页面结果显示一个已知的基因和两个mRNA

序列。继续点击mRNA序列的登录号AF030880，出现包含这个mRNA区域的图解概要。为了获得这个区域更清晰的图像，点击紧靠zoom out的1.5X按钮。最后点击页面中部的reset all按钮，使各个路径的设置恢复默认状态。然而，对于本例的搜寻目的来说，默认设置不是理想的设置。按照视图利用页面底部的Track Controls按纽，将一些路径设置为hide模式（即不显示），其他设置为dense模式（所有资料密集在一条直线上）；另一些路径设置为full 模式（每个特征有一个分开的线条，最多达300）。在考虑这些路径内究竟存在那些资料之前，对这些路径的内容和表现做一个简要的讨论是必要的，许多这些讨论是由外界提供给UCSC的。下面是对基因预测方法的更进一步讨论，这些信息也可以在其他地方找到。对于Known Genes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5′端和3′端非翻译区。起连接作用的内含子以非常细的线条表示。翻译的方向由沿着细线的箭头指示。 Known Genes来自LocusLink内的mRNA参照序列，已经利用BLAT程序将这些序列与基因组序列进行比对排列。 Acembly Gene Predictions With Alt-splicing路径是利

基因组重测序分析流程-代码文件

差异位点分析流程步骤分解数据准备： mkdir 1.QC cd 1.QC ln -s /root/mdna-data/reseq/1.QC/*.fastq . Ls cd .. mkdir 2.mapping cd 2.mapping ln -s /root/mdna-data/reseq/2.mapping/ref.fasta . 步骤1：参考基因建索引 cd 2.mapping ##bwa建索引： bwa index ref.fasta Expected Result：得到一系列BWA 进行alignment 需要的文件。 ##samtools建索引： samtools faidx ref.fasta Expected Result：生成refgene.fasta.fai。每行都是fasta 文件中每条contig 的record，每条record 由contig name, size, location, basesPerLine 和bytesPerLine 组成。 ##生成字典： java -jar /root/mdna_software/picard-tools-1.102/CreateSequenceDictionary.jar R=ref.fasta O=ref.dict Expected Result：生成refgene.dict。描述fasta 文件内容，类似SAM header 格式。步骤2：bwa比对 ##用bwa作比对： nohup bwa aln -e 3 -i 10 -t 1 -R 100 -q 20 ref.fasta ../1.QC/test_trim1.fastq -f 1.sai & nohup bwa aln -e 3 -i 10 -t 1 -R 100 -q 20 ref.fasta ../1.QC/test_trim2.fastq -f 2.sai & nohup bwa aln -e 3 -i 10 -t 1 -R 100 -q 20 ref.fasta ../1.QC/test_trim_unpaired.fastq -f s.sai & jobs

酵母双杂交实验流程

模块七蛋白质之间的相互作用 1. 实验目的本实验以重组质粒和酵母细胞为材料，学习检测蛋白质相互作用的基本原理和技术方法。主要介绍酵母双杂交的基本原理与操作技术；让学生了解和掌握酵母双杂交系统的应用；掌握酵母感受态的制备的基本原理和主要的操作步骤。 2. 实验原理 1989年Fields和Song等人根据当时人们对真核生物转录起始过程调控的认识（即细胞内基因转录的起始需要转录激活因子的参与），提出并建立了酵母双杂交系统。该系统作为发现和研究活细胞体内的蛋白质与蛋白质之间的相互作用的技术平台，近几年得到了广泛的运用和发展。相比于其它蛋白质筛选系统，酵母双杂交系统具有以下优点：（1）检测在真核活细胞内进行，在一定程度上代表细胞内的真实情况。（2）作用信号是在融合基因表达后，在细胞内重建转录因子的作用而给出的，省去了纯化蛋白质的繁琐步骤。（3）检测结果是基因表达产物的积累效应，因而可检测存在于蛋白质之间的微弱或暂时的相互作用。（4）酵母双杂交系统可采用不同组织、器官、细胞类型和分化时期材料构建cDNA文库，能分析细胞质、细胞核及膜结合蛋白等多种不同亚细胞部位及功能蛋白。（5）通过mRNA产生多种稳定的酶使信号放大。同时，酵母表型、X-Gal 及HIS3 蛋白表达等检测方法均很敏感。酵母双杂交系统也具有一定的局限性。首先，经典的双杂交系统分析蛋白间的相互作用定位于细胞核内，因而限制了该系统对某些细胞外蛋白和细胞膜受体蛋白的研究。酵母双杂交系统的另一个局限性是“假阳性”。在酵母双杂交系统建立的初期阶段，由于仅仅采用β-半乳糖苷酶这一单一的报告基因体系，这种报告基因的表达往往不能十分严谨地被控制，因此容易产生假阳性。由于某些蛋白本身具有激活转录的功能或在酵母中表达时发挥转录激活作用，使DNA结合结构域融合蛋白在无特异激活结构域的情况下也可被激活转录。另外某些蛋白表面含有对多种蛋白质的低亲和力区域，能与其他蛋白形成稳定的复合物，从而引起报告基因的表达，产生“假阳性”结果。产生“假阴性”结果的原因可能有许多蛋白质间的相互作用依赖于翻译后加工如糖基化、磷酸化和二硫键形成，还有些蛋白的正确折叠和功能有赖于某些非酵母蛋白的辅助等。现在的酵母双杂交系统大都采用多种报告基因，如AH109酵母株含有三类报告基因—ADE2、HIS3、MEL1/lacZ，这三类报告基因受控于三种完全不同、异源性的GAL4-反应元件和三类启动子元件-GAL1、GAL2以及MEL1（如图6-1-1）。通过这种方法就消除了两类最主要的假阳性，一类是融合蛋白可以直接与GAL4结合位点结合或者是在结合位点附近结合所带来的假阳性；另一类是融合蛋白和某种转录因子结合后再结合到特定的TA TA盒上所带来的假阳性。ADE2一种报告基因就已经能够提供较强的营养选择压力，这时选择性地使用HIS3报告基因，一来可以降低假阳性率；二来可以控制筛选的严格性（如果需要筛选与诱饵蛋白具有较强结合的蛋白，就可以同时使用ADE2、HIS3两种报告基因；如果只需要筛选与诱饵蛋白具有中等强度或较弱结合的蛋白，就可以使用ADE2或HIS3两者中的一种）。MEL1和lacZ分别编码α-半乳糖苷酶和β-半乳糖苷酶，可以作用于相应的底物

ERP项目启动大会议程与讲义

E R P项目启动大会议程与讲义集团企业公司编码：（LL3698-KKI1269-TM2483-LUI12689-ITT289-

E R P项目启动大会议程与讲义会议时长：90-120分钟主持人：张** 会议地点：大会议室会场准备：白**、杨** 道具：横幅（红底白字：巨能ERP项目启动大会）、坐席牌、投影仪、矿泉水若干议程： 1、项目背景简述（5分钟）：尊敬的王董，公司各领导、同事，以及**软件陈总、总顾问徐工！下午好！ ERP项目启动大会在此隆重召开，正式拉开了我们公司**ERP项目全面实施的序幕。随着近几年企业的快速发展，企业经营规模迅速扩大，迫切需要转变的管理模式，将现代化信息技术与科学管理方法、企业系统建设结合起来。经过前期周密的筹备与审慎的选型工作，最终选定**公司作为我司合作单位。我们有信心通过与实时软件的合作，把原有的信息孤岛串立起来，把手工变成信息化的。以此提高公司整体产、供、销的运作速度和响应速度；采购、生产计划的精确投放；降低零部件库存成本；压缩中间在制品库存；实现从粗放到精细化管理的转变。 2、下面以热烈的掌声有请我们总经理**做项目动员发言（10分钟） 3、接下来掌声有请金蝶台州总经理，**总做大会发言（10-20分钟） 4、下面由我来介绍本公司项目组的成员和架构、大日程计划、主体实施计划、项目管理制度（20-30分钟）

5、**软件对本次为确保项目的实施成功，实施软件公司由实施部经理**亲自挂帅，下面以热烈的掌声欢迎**做ERP信息化培训（20分钟） 6、誓词：ERP是一项企业管理系统工程，任务很艰巨，为确保项目的顺利开展，我司将建立适当的激励机制和处罚措施，对于工作不认真、不及时等造成ERP数据失真、滞后的进行严厉处罚。反之，通过大家的共同努力，每个阶段行目标都能顺利完成，我们将发放丰厚的项目奖励。在此我希望每个项目成员和我一起作出承诺，全力以赴，项目只许成功不许失败。誓词：我宣誓！全力支持配合ERP项目实施，保证我部门输入系统的资料实时、准确，保证我部门与各部门协同运作，仔细输入每一个数据，认真反馈、解决每一个问题，如果我不能做到的话，愿为此一切承担责任！ 7、让我们以热烈的掌声有请**董事长**做总结发言 8、结束语：最后，公司上下高度重视ERP实施工作，各相关部门密切配合，相互协作，以此次ERP的实施为契机，提高我们的信息化建设水平和管理水平。我相信在大家的共同努力下，在实时公司的指导下，整个项目必定能够顺利开展，同时预祝我们巨能ERP项目能够圆满成功!

基因启动子分析基本流程

2008 年螺旋讲堂第十一课----“基因启动子分析基本流程”
“螺旋课堂”2008年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
螺旋亲爱的螺友们好，大家好！欢迎光临螺旋讲堂，很高兴有机会和大家相聚螺旋网，让我们一同在讨论中学习，在交流中成长！分子生物学发展迅猛，新方法新技术新发现层出不穷，但是我想,我们的基础研究从某种意义上来说，可以简单的分为两大部分，一个是基因的表达，另一个是基因的功能。当然，这个基因的概念现在已经不仅仅是指编码蛋白的核苷算序列了。我们这期主要探讨基因的表达。而转录调控在基因表达中占有很重要的地位。基因的转录调控机制非常复杂，这些理论有机会我们再详细探讨，这里就不多介绍了，我们主要谈一下对于一个新的基因，如何开始他的转录调控研究，第一步到底该怎么做呢？这里提供一些简单的入门级别的方法，希望对大家有用。相信还有更多更好更实用的方法，也希望螺友们能够拿出来和大家分享，共同进步！本次讲座共分为五个部分主要是讲第一部分 , 因为这个一般的文献和书籍都很少有详细说明.
一：克隆目的基因基本启动子序列我们都知道，基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游，当一个基因在没有确定其转录起始位点的时候，我们假定 NCBI 上提交的序列就是他的完整转录本，那么他的第一个碱基就是他的转录起始位点。而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游2000bp 左右和下游200bp 左右，当然,这个是一般情况,具体问题还要具体分析.尤其现在发现一般的基因都是有几个转录起始位点的. 我们通过该基因 mRNA 序列和基因组序列 BLAST，就能够在染色体上找到这段基因组序列。我这里用 human 的 AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下.