亚细胞定位之烟草转化方法
本氏烟草（N. benthamian）瞬时表达及相关实验方法：
一、农杆菌介导的烟草瞬时转化：
A、实验步骤：
1、根据实验需要，将所要表达的基因克隆到含有不同标签的双元载体中，并转化农杆菌。
2、将新活化的农杆菌单克隆接种到含有相应抗生素的YEP中，28℃，200rpm过夜。
*估算时间，防止农杆菌液浓度超过1OD，否则会影响转化效率。
3、当菌液OD值介于0.6~1.0之间时，1000g，5min离心收集农杆菌。
4、用2ml Induction medium（without AS）轻柔重悬农杆菌，然后再次离心收集菌液。
5、重复步骤4。
6、所得沉淀用1ml Induction medium重悬。
7、室温放置1~4小时
8、测OD值，根据实验需要，配置侵染液（组合详见下文）。
9、用不加针头的注射器将侵染液注射进6~8周大的本氏烟草叶片中。
*使用注射器时注意安全，防止针头扎到手，使用完的注射器要把针头套套上再扔，或者将针头放到注射器里面，避免伤害他人；注射时应戴乳胶手套并在每次注射完成后清洗手套，防止交叉污染。
B、试剂：
Induction medium：
MES-KOH PH 5.710mM
MgCl210mM
AS 200uM
推荐提前配制母液
1M MES-KOH PH5.7 过滤灭菌，4℃保存，用时稀释100倍。
1M MgCl2过滤灭菌，4℃保存，用时稀释100倍。
0.2M AS 溶于DMSO 有机溶剂专用滤膜过滤灭菌，分装（避免反复冻融），-20℃。用高压灭菌的超纯水稀释。
C、关于表达时间：
烟草瞬时表达系统中蛋白的表达可以维持比较长的时间，一般注射24小时之后到一周之内都会有表达。严格来讲需要摸索每个蛋白的最佳表达时段，但一般注射后48小时至72小时不同蛋白表达量都比较可观，不要错过。
D、关于侵染液浓度：
推荐每个菌株的浓度在0.1~0.2之间。过高的农杆菌浓度会引起叶片萎蔫甚至枯萎。
初一生物教案：细胞的基本结构
细胞的基本结构 七年级生物教案 ●一、教学目标 1．观察洋葱鳞片叶的表皮细胞和人的口腔上皮细胞，认识植物细胞和动物细胞的结构特点。 2．练习使用显微镜和制作临时装片。 3．练习绘制细胞结构简图。 4．通过学生认真观察，详细记录实验结果，培养学生严谨求实的科学态度。 ●二、材料器具 洋葱鳞片叶，显微镜，载玻片，盖玻片，镊子，牙签，滴管，吸水纸，碘液，生理盐水，解剖针、刀片。 ●三、方法步骤 三人一组，分别进行洋葱表皮细胞装片和人口腔上皮细胞装片的制作，比较观察。 （一）、观察洋葱鳞片叶表皮细胞 1、准备。用干净的纱布把载玻片和盖玻片擦拭干净。用滴管在载玻片的中央滴一滴清水。 2、制片。用刀片切取洋葱鳞片（约1厘米х1厘米），用镊子从鳞片叶的内表面撕下一小块透明的薄膜。把撕下的薄膜放在载玻片中央的水滴中，用解剖针轻轻地把它展平。用镊子夹往一块盖玻片的边缘，将它的一侧先接触水滴，然后轻轻地放平，盖在薄膜上。注意不要在盖玻片下留下气泡。 3、染色。在盖玻片的一侧滴一滴碘液。用吸水纸从另一侧吸去原来留在载玻片上的清水，好让碘液渗入到载玻片和盖玻片之间。把玻片放在低倍显微镜下观察。 （二）、观察人口腔上皮细胞 1、用凉开水把口漱净。用牙签从口腔腮壁处轻轻刮几下，牙签上附着了一些碎屑。 2、用滴管在载玻片中央滴一滴生理盐水。把牙签放在载玻片的生理盐水滴中涂几下，盖上盖玻片，注意不要留下气泡。用碘液染色，然后放在低倍显微镜下观察。 ●四、讨论 洋葱表皮细胞与人口腔上皮细胞在结构上有什么异同？
洋葱表皮细胞人的口腔上皮细胞 细胞膜 细胞质 细胞核 细胞壁 叶绿体 液泡 ●五、课外活动 下课后大家寻找一些其它植物或动物的细胞来实验一下，看与我们刚才观察到的情况是否相似。 ●六、收获 1、用显微镜制作临时装片。 2、观察洋葱鳞片叶的表皮细胞和人的口腔上皮细胞，认识植物细胞和动物细胞的结构特点。 3、学习绘制细胞结构简图。
亚细胞定位之烟草转化方法
本氏烟草（N. benthamian）瞬时表达及相关实验方法： 一、农杆菌介导的烟草瞬时转化： A、实验步骤： 1、根据实验需要，将所要表达的基因克隆到含有不同标签的双元载体中，并转化农杆菌。 2、将新活化的农杆菌单克隆接种到含有相应抗生素的YEP中，28℃，200rpm过夜。 *估算时间，防止农杆菌液浓度超过1OD，否则会影响转化效率。 3、当菌液OD值介于0.6~1.0之间时，1000g，5min离心收集农杆菌。 4、用2ml Induction medium（without AS）轻柔重悬农杆菌，然后再次离心收集菌液。 5、重复步骤4。 6、所得沉淀用1ml Induction medium 重悬。 7、室温放置1~4小时 8、测OD值，根据实验需要，配置侵染液（组合详见下文）。 9、用不加针头的注射器将侵染液注射进6~8周大的本氏烟草叶片中。 *使用注射器时注意安全，防止针头扎到手，使用完的注射器要把针头套套上再扔，或者将针头放到注射器里面，避免伤害他人；注射时应戴乳胶手套并在每次注射完成后清洗手套，防止交叉污染。B、试剂： Induction medium： MES-KOH PH 5.7 10mM MgCl210mM AS 200uM 推荐提前配制母液 1M MES-KOH PH5.7 过滤灭菌，4℃保存，用时稀释100倍。 1M MgCl2 过滤灭菌，4℃保存，用时稀释100倍。 0.2M AS 溶于DMSO 有机溶剂专用滤膜过滤灭菌，分装（避免反复冻融），-20℃。用高压灭菌的超纯水稀释。 C、关于表达时间： 烟草瞬时表达系统中蛋白的表达可以维持比较长的时间，一般注射24小时之后到一周之内都会有表达。严格来讲需要摸索每个蛋白的最佳表达时段，但一般注射后48小时至72小时不同蛋白表达量都比较可观，不要错过。 D、关于侵染液浓度： 推荐每个菌株的浓度在0.1~0.2之间。过高的农杆菌浓度会引起叶片萎蔫甚至枯萎。
高中生物细胞的基本结构重要知识点汇总
高中生物《细胞的基本结构》重要知识点汇总 高中生物《细胞的基本结构》重要知识点汇总 专题二细胞的基本结构第1章走近细胞第一节从生物圈到细胞一、细胞学说的建立和发展 l 创立细胞学说的科学家是德国的施莱 登和施旺。施旺、施莱登提出“一切动物和植物都是由细胞构成的，细胞是一切动植物的基本单位”。 l 在此基础上德国的魏尔肖总结出：“新细胞只能来自老细胞”，细胞是一个相对独立的生命活动的基本单位。 l 二、光学显微镜的使用 1、方法：先对光：一转转换器；二转聚光器；三转反光镜再观察：一放标本孔中央；二降物镜 片上方；三升镜筒仔细看 2、注意：（1）放大倍数＝物镜的放大倍数×目镜的放大倍数（2）物镜越长，放大倍数越大；目镜越短，放大倍数越大；“物镜―标本”越近，放大倍数越大（3）物像是倒立的，因此把物像移到视野中央的原则是：偏哪移哪（4）高倍物镜使用顺序：低倍镜→标本移至中央→高倍镜→大光圈，凹面镜→细准 焦螺旋调节（5）污点位置的判断：移动或转动法第二节细胞的多样性和统一性一、细胞的类型原核细胞：没有成型的细胞核，无核膜和核仁。如细菌、蓝藻、放线菌等原核生物的细胞。真核细胞： 有核膜包被的明显的细胞核。如动物、植物和真菌（酵母菌、霉菌、食用菌）等真核生物的细胞。类别原核细胞真核细胞细胞大小较小较大染色体一个细胞只有一条DNA，与RNA、蛋白质不结合在一起一个细胞有几条染色体，DNA与RNA、蛋白质结合在一起细胞核 无成形的细胞核（拟核）、无核膜、无核二、无染色体有成形的真正的细胞核，有核膜、核仁和染色体细胞质有核糖体，无其他细胞器。细菌一般有质粒有核糖体、线粒体等多种的细胞器，植物细胞还有 叶绿体、液泡等生物类群细菌、蓝藻动物、植物、真菌二、细胞统一性原核细胞和真核细胞都具有细胞结构，都有遗传物质――DNA，都有细胞质/细胞膜结构。细胞学说：说明了动植物（或生物界）的统一性。第3章细胞的基本结构第1节细胞膜――系统的边界1．细胞膜（1）组成：主要为脂质和蛋白质，另有糖类。（2）结 构特点：具有一定的流动性（原因：磷脂和蛋白质的运动）；功能特点：具有选择透过性。（3）功能：把细胞与外界环境分隔开和控制
细胞生物学常用研究方法
Southern杂交: 是体外分析特异DNA序列的方法，操作时先用限制性内切酶将核DNA或线粒体DNA切成DNA片段，经凝胶电泳分离后，转移到醋酸纤维薄膜上，再用探针杂交，通过放射自显影，即可辨认出与探针互补的特殊核苷序列。 将RNA转移到薄膜上，用探针杂交，则称为Northern杂交。 RNAi技术: 是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA（double-stranded RNA，dsRNA）诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。由于使用RNAi技术可以特异性剔除或关闭特定基因的表达，所以该技术已被广泛用于探索基因功能和传染性疾病及恶性肿瘤的基因治疗领域。可以利用siRNA或siRNA表达载体快速、经济、简便的以序列特异方式剔除目的基因表达，所以现在已经成为探索基因功能的重要研究手段。 Southern杂交一般利用琼脂糖凝胶电泳分离经限制性内切酶消化的DNA片段，将胶上的DNA变性并在原位将单链DNA片段转移至尼龙膜或其他固相支持物上，经干烤或者紫外线照射固定，再与相对应结构的标记探针进行杂交，用放射自显影或酶反应显色，从而检测特定DNA分子的含量]。 扫描电镜技术：是用一束极细的电子束扫描样品，在样品表面激发出次级电子，次级电子的多少与样品表面结构有关，次级电子由探测器收集，信号经放大用来调制荧光屏上电子束的强度，显示出与电子束同步的扫描图像。 细胞显微分光光度计：用来描述薄膜、涂层厚度超过1微米的物件的光学性能的显微技术。 免疫荧光技术：将免疫学方法(抗原抗体特异结合)与荧光标记技术结合起来研究特异蛋白抗原在细胞内分布的方法。由于荧光素所发的荧光可在荧光显微镜下检出，从而可对抗原进行细胞定位。 电镜超薄切片技术：超薄切片是为电镜观察提供极薄的切片样品的专门技术。用当代较好的超薄切片机，大多数生物材料，如果固定、包埋处理得合适，可以切成50-100微米的超薄切片。 Northern印迹杂交（Northern blot）。这是一种将RNA从琼脂糖凝胶中转印到硝酸纤维素膜上的方法。 放射自显影技术：放射自显影技术是利用放射性同位素的电离辐射对乳胶（含AgBr或AgCl）的感光作用，对细胞内生物大分子进行定性、定位与半定量研究的一种细胞化学技术。放射自显影技术（radioautography；autoradiography）用于研究标记化合物在机体、组织和细胞中的分布、定位、排出以及合成、更新、作用机理、作用部位等等。其原理是将放射性同位素（如14C和3H）标记的化合物导入生物体内，经过一段时间后，将标本制成切片或涂片，涂上卤化银乳胶，经一定时间的放射性曝光，组织中的放射性即可使乳胶感光。 核磁共振技术：可以直接研究溶液和活细胞中相对分子质量较小(20，000 道尔顿以下)的蛋白质、核酸以及其它分子的结构，而不损伤细胞。 DNA序列分析：在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信
农杆菌侵染烟草叶片表皮细胞实验步骤
农杆菌侵染烟草叶片表皮 细胞实验步骤 This manuscript was revised on November 28, 2020
农杆菌侵染烟草叶片表皮细胞实验步骤 整理人：早熟组赵凤利 一、准备试剂： 1.加有三抗的YEB或LB液体培养基，用于摇菌； 2.渗透液(50ml)：250mg D-glucose，5ml MES 原液，5ml Na 3PO 4 ·12H 2 O 原 液，5ul 1M 乙酰丁香酮原液，加dH 2 O至50ml。 1). 500 mM MES (Sigma)：4.88 g溶于50ml dH 2 O，保存于4℃ 2). 20 mM Na 3PO 4 ·12H 2 O (BDH)：0.38 g 溶于50ml dH 2 O，保存于4℃ 3). 1M 乙酰丁香酮：0.196 g，加DMSO至1 ml，可分装成小剂量，存于 -20℃。 二、实验步骤： 1.将检测成功的农杆菌菌液过夜扩摇，28℃,200rpm； 2.取1-1.5 ml 菌液，加到灭菌的1.5ml离心管中； 3.1000 g，10 min，沉淀菌体(室温)，去上清，加1 ml 渗透液，悬浮菌体； 4.重复步骤3，进一步除去少量的抗生素； 5.取少量悬浮菌液稀释10倍，测定OD 600值，并乘以10，作为悬浮菌液的OD 600 值； 注：如果悬浮菌液的OD600值在1.5-2.0之间，说明有大量的死菌细胞，将降低转化的效率。 6.确定悬浮菌液对渗透液的滴定度，计算稀释系数，使最终悬浮菌液(用于侵染)为0.5-5.0 ml，OD 600 为0.01-0.1，通常0.5-1.0 ml的最终悬浮菌液就能满足侵染了； 如：需要OD600=0.1的500 ul最终悬浮菌液，而测定的悬浮菌液的OD600=0.4，则最终悬浮菌液中，悬浮菌液的用量为(0.1*500)/0.4=125 ul，则需要渗透液为375 ul。 7.在1.5ml离心管中，配好最终悬浮菌液，准备侵染； 8.侵染前，将烟草放于白色荧光灯下1 h，使其气孔打开； 9.选择倒三叶和倒四叶，用于侵染(于两叶脉之间侵染)，一株选两叶，侵染一种菌液； 10.用去掉针头的注射器，轻柔地摩擦待转叶片的背部(0.5 cm2)，或用小针头刺穿，以去除其蜡质层； 11.侵染前，用记号笔标记待转区域； 12.将第7步中的最终悬浮菌液吸入1ml去针头的注射器中 13.将注射器对着叶片背面的待转区域，一手按着叶片上面，另一手轻轻推动活塞，直到看到液体扩散，再侵染其他部位，侵染后，用记号笔圈定侵染区域； 14.将侵染后的烟草放回培养室 15.2-3天后： 1). 亚细胞定位实验：切掉侵染区域，制片，荧光显微镜观察； 2). 启动子GUS活性：GUS染色，75%酒精脱色，观察结果。 参考文献：Nature Protocols, 2006: 2019-2025.
烟草黑胫病
烟草黑胫病 中文名称:烟草黑胫病 拉丁学名:Phytophthora parasitica var nicotianae 为害作物:烟草 病原菌形态特征:所引起的病害。菌丝无隔膜，孢子囊顶生或侧生，梨形或椭圆形，顶端有乳状突起。内生游动孢于，圆形或肾形，有侧生鞭毛两条。厚膜孢子圆形或卵形，萌发时产生芽管形成菌丝．卵孢子球形，黄色、厚膜 发病特点:黑胫病的流行主要由病菌特性，烟草的抗病性和环境条件三因素所制约。寄主除不同烟草品种的抗性不同外，随株龄的增加其抗性增加，在现蕾期以前，茎基部组织柔嫩，为感病阶段，至现蕾后基部己本质化，即进入抗病阶段。高温、多湿有利于此病流行，24．5~32℃为侵染适温。在适温条件下，如雨后相对湿度保持在80％以上，连续3-5天，田间即可出现发病高峰。 防治方法:1) 种植抗病品种 中烟14、5008、革新一号G140、G28、NC82、NC89、金星6007、 (2)轮作换茬苗床地和烟田至少实行三年轮作。前作以禾本科为宜不要与切科蔬菜科轮作 (3)平整土地,越垅培土 (4)药剂防治苗期喷洒1:1:120波尔多液二三次,移栽时用95%敌克松350克,对细土15-25公斤拌匀,于移栽封高窝前及起垅培土前,把药土洒在烟株周围,立即覆土避免药剂光解。 (5)在培土后也可用500倍的70％敌克松液喷茎基或浇灌，效果更好。也可用40％三乙膦酸铝(乙磷铝)可湿性粉剂，亩施1公斤，或25％甲霜灵可湿性粉剂50克对水50公斤，每株浇药液20~3~毫升，或于茎基部喷洒，隔10~15天再施药一次，可控制此病。 (4)药剂防治用25%甲霜灵可湿性粉剂10g/m2，拌10-12kg干细土，播种时1/3撒在苗床表面，播种后其余2/3覆盖在种子上。移栽前用此药500-800倍液喷一次，做到带药移栽。移栽时用药50g/667m2与干细土拌匀，撒入穴窝。也可用95%敌克松可湿性粉剂，每667m2350-400g穴施。烟株培土后发病前采用局部保护的灌根方法向茎部及其土表施用58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂600-800倍液或40%甲霜铜可湿性粉剂600倍液、64%杀毒矾M 可湿性粉剂400-600倍液、90% 8 三乙膦酸铝可湿性粉剂400倍液、70%甲霜灵·福美双可湿性粉剂600-800倍液、1：1：150-200倍式波尔多液喷淋，隔15天喷一次。 烟草黑胫病及其综合防治 烟草黑胫病又称疫病，是我省烟草生产中主要病害之一。该病从苗期到成株期均可发生，主产烟区一般发病率为5％一25％，严重田块高达60％以上，甚至成片死亡，严重威胁我省的烟草生产。
第一章习题
第一章习题 一、名词解释 1.器官 2.种子 3.幼苗 4.种子休眠 5.种子后熟作用 二、判断与改错 1. 一粒玉米就是一粒种子。（） 2. 种子的基本结构包括胚芽、胚轴、胚和子叶四个部分。（） 3. 所有的种子都是由种皮、胚和胚乳这三部分组成。（） 4. 蚕豆是双子叶植物有胚乳种子。（） 5. 胚是由胚芽、胚根和胚轴三部分组成。（） 6. 双子叶植物的种子都没有胚乳，单子叶植物的种子都有胚乳。（） 7. 无胚乳种子的养料贮存在子叶中。（） 8. 面粉主要是由小麦种子的子叶加工而成的。（） 9. 休眠种子内的代谢活动完全停止。（） 10. 种子萌发时，所谓"出芽"就是指种子露出胚芽。（） 11. 种子贮藏时，其含水量越低，代谢活动越弱，越利于贮藏。（） 12. 种子萌发所不可缺少的外界条件是水分、湿度和氧气。（） 13. 子叶留土的幼苗是由于上胚轴伸长生长的结果。（） 14. 多数裸子植物的种子内具有两枚以上的子叶。（） 15. 花生种子是由种皮、胚和胚乳三部分组成。（） 16. 食用的绿豆芽主要是由种子的胚根发育而来的。（） 17. 种子休眠的原因有种皮过薄、后熟作用及存在抑制萌发的物质造成的。（） 三、填空 1．种子植物的营养器官是（）（）（），繁殖器官是（）（）和（）。 2．从种子萌发为幼苗，长成根、茎、叶，这个过程为（）。植物开花结果，产生种子，繁殖后代，这个过程称（）。 3．植物种子是由（）（）和（）三部分构成，但有些种子却只有（）和（）两部分，前者称（）种子，后者称（）种子。4．小麦的胚乳由（）和含（）的胚乳细胞组成。 5．用硫酸处理能打破种子的休眠，是因为该种子（）。 6．留土萌发种子和出土萌发种子在萌发过程中的主要区别在于 （）。 7．出土萌发的种子一般宜（）播，留土萌发的种子可适当（）。8．大豆种子萌发过程中（）首先突破种皮，然后（）延长，把（）和（）送出地面，形成地上的茎和叶，这种幼苗属于（）类型。9．根据子叶的数目和胚乳的有无，将种子分为（）（）（）和（）四种类型。 10．成熟后，既使在适宜条件下也不萌发，需经过一段时间后才能萌发，这种现象称为（）。
高中生物-细胞的基本结构测试题
高中生物-细胞的基本结构测试题 (时间:60分钟满分:100分) 一、单项选择题(共20小题，每小题2分，共40分) 1.实验表明，正常情况下维生素D可以优先通过细胞膜进入到细胞内部，这是因为( ) A.细胞膜上含有蛋白质分子 B.细胞内维生素D的浓度过低 C.细胞膜的基本支架是磷脂双分子层 D.细胞膜上含有多糖 D的化学本质是脂质中的固醇，根据物质的相似相溶原理，维生素D可以优先通过细胞膜进入到细胞内部，这是因为细胞膜的基本支架是磷脂双分子层。 2.作为系统的边界，细胞膜在细胞的生命活动中具有重要作用。下列相关叙述正确的是( ) A.细胞膜主要由脂质和蛋白质组成，其中蛋白质在细胞膜行使功能时起重要作用 B.细胞膜的流动性保证了对细胞有害的物质都不能进入细胞 C.细胞膜上的受体是细胞间信息交流的必需结构 D.与动物细胞相比，植物细胞的细胞壁是细胞的边界 其中蛋白质在细胞膜行使功能时起重要作用，A项正确;细胞膜控制物质进出细胞的作用是相对的，一些对细胞有害的物质有可能进入细胞，B项错误;细胞间的信息交流有多种形式，不一定依赖细胞膜上的受体，如高等植物细胞之间可通过胞间连丝进行信息交流，C项错误;植物细胞细胞壁是全透性的结构，没有控制物质进出细胞的功能，D项错误。 3.下列关于细胞膜结构和功能的叙述，错误的是( ) A.脂质和蛋白质是组成细胞膜的主要物质 B.不同细胞膜上的蛋白质及脂质含量存在差异 C.在组成细胞的脂质中，磷脂最丰富，在功能越复杂的细胞膜中，磷脂越丰富 D.细胞产生的激素与靶细胞膜上相应受体的结合可实现细胞间的信息传递 A项正确。不同细胞膜上的蛋白质及脂质含量存在差异，
生物信息学分析方法
核酸和蛋白质序列分析 蛋白质, 核酸, 序列 关键词：核酸序列蛋白质序列分析软 件 在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信息，从而指导进一步的实验研究。通过染色体定位分析、内含子／外显子分析、ORF分析、表达谱分析等，能够阐明基因的基本信息。通过启动子预测、CpG岛分析和转录因子分析等，识别调控区的顺式作用元件，可以为基因的调控研究提供基础。通过蛋白质基本性质分析，疏水性分析，跨膜区预测，信号肽预测，亚细胞定位预测，抗原性位点预测，可以对基因编码蛋白的性质作出初步判断和预测。尤其通过疏水性分析和跨膜区预测可以预测基因是否为膜蛋白，这对确定实验研究方向有重要的参考意义。此外，通过相似性搜索、功能位点分析、结构分析、查询基因表达谱聚簇数据库、基因敲除数据库、基因组上下游邻居等，尽量挖掘网络数据库中的信息，可以对基因功能作出推论。上述技术路线可为其它类似分子的生物信息学分析提供借鉴。本路线图及推荐网址已建立超级链接，放在北京大学人类疾病基因研究中心网站（https://www.360docs.net/doc/346168721.html,/science/bioinfomatics.htm）,可以直接点击进入检索网站。 下面介绍其中一些基本分析。值得注意的是，在对序列进行分析时，首先应当明确序列的性质,是mRNA序列还是基因组序列？是计算机拼接得到还是经过PCR扩增测序得到？是原核生物还是真核生物？这些决定了分析方法的选择和分析结果的解释。 （一）核酸序列分析 1、双序列比对（pairwise alignment） 双序列比对是指比较两条序列的相似性和寻找相似碱基及氨基酸的对应位置，它是用计算机进行序列分析的强大工具，分为全局比对和局部比对两类，各以Needleman-Wunsch 算法和Smith-Waterman算法为代表。由于这些算法都是启发式（heuristic）的算法，因此并没有最优值。根据比对的需要，选用适当的比对工具，在比对时适当调整空格罚分（gap penalty）和空格延伸罚分（gap extension penalty），以获得更优的比对。 除了利用BLAST、FASTA等局部比对工具进行序列对数据库的搜索外，我们还推荐使用EMBOSS软件包中的Needle软件（http://bioinfo.pbi.nrc.ca:8090/EMBOSS/），和Pairwise BLAST （https://www.360docs.net/doc/346168721.html,/BLAST/）。以上介绍的这些双序列比对工具的使用都比较简单，一般输入所比较的序列即可。 （1）BLAST和FASTA FASTA（https://www.360docs.net/doc/346168721.html,/fasta33/）和BLAST （https://www.360docs.net/doc/346168721.html,/BLAST/）是目前运用较为广泛的相似性搜索工具。这两
高中生物细胞的基本结构试题及答案
高中生物细胞的基本结构试题及答案 生物课是高中学生的必修科目之一,特别对于理科生而言是一门非常重要的科目。那么细胞的基本结构知识点你掌握好了吗?接下来为你整理了高中生物细胞的基本结构试题及答案，一起来看看吧。 高中生物细胞的基本结构试题一、选择题 1.小麦细胞细胞膜的主要组成元素是( ) A. C、H、O、N B. C、H、O、P C. C、H、O、S D. C、H、O、N、S 2. 癌细胞的恶性增殖和转移与癌细胞的成分的改变有关，下列哪种物质成分不被当作检测细胞癌变的证据( ) A. 甲胎蛋白(AFP) B. 癌胚抗原(CEA) C. 糖蛋白或糖脂 D. 磷脂 3.人注射卡介苗后，经过免疫细胞的识别等过程，血液中会出现抗结核杆菌的抗体。抗体的产生体现了细胞膜的哪一种功能( ) A. 控制物质进出细胞膜 B. 将细胞与外界环境分隔开 C. 排泄功能 D. 进行细胞间的信息交流 4.在细胞工程──原生质体融合育种技术中，其技术的重要一环是将植物细胞的细胞壁除去，通常采用的方法是酶解破壁法。你认为普通的植物细胞去除细胞壁所用的酶应选择( ) A. 纤维素酶和淀粉酶 B. 麦芽糖酶和纤维素酶
C. 纤维素酶和果胶酶 D. 麦芽糖酶和果胶酶 5.研究细胞内各种细胞器的组成成分和功能，需要将这些细胞器分离出来，常用的方法是 A. 纸层析法 B. 沉淀法 C. 差速离心法 D. 密度离心法 6.下列对叶绿体和线粒体叙述中错误的是( ) A. 两者都具有能量转换的功能 B. 两者都具有双层膜结构 C. 两者的基质成分与功能不同 D. 两者所含酶的种类相同 7.根据细胞的功能推测，下列叙述中错误的是( ) A. 汗腺细胞比肠腺细胞具有更多的核糖体 B. 心肌细胞比唾液腺细胞具有更多线粒体 C. 胰腺细胞比心肌细胞具有更多的高尔基体 D. 生命活力旺盛的细胞比衰老细胞具有更多的线粒体 8.某物质是动物细胞中普遍存在的一种由104个氨基酸组成的化合物，在生成ATP的过程中起重要作用，那么该物质生成的场所以及它发挥生理作用的场所分别是( ) A. 高尔基体和叶绿体 B. 核糖体和细胞核 C. 核糖体和线粒体 D. 细胞核和线粒体 9.干扰素是一种糖蛋白，其糖基团在什么地方与蛋白质结合( ) A. 核糖体上 B. 内质网上 C. 高尔基体 D. 细胞膜上 10.人体细胞因某种原因改变了磷脂双分子层的排列，下列受到影响的细胞结构是( ) ①细胞膜②线粒体③核糖体④中心体⑤高尔基体⑥内质网
EMSA、CHIP.亚细胞定位
EMSA 实验材料：EMSA探针生物素标记试剂盒（20；1358）；化学发光EMSA检测试剂盒（100；1399）；正电尼龙膜（20；458）；细胞核蛋白提取试剂盒（50；462）；BCA蛋白浓度测定试剂盒（200；170）；压片暗盒（1个；138）；PMSF试剂（1g;118） 实验方法： 一、探针制备： 1.准备工作： A.取出TdT Buffer (5X)、Biotin-11-dUTP和Ultrapure water溶解，并置于冰浴上备用。 B.取出待标记的单链EMSA探针，用水稀释至1μM，并置于冰浴上备用。如果待标记 的EMSA探针为双链，95℃加热2分钟，然后立即放置到冰水浴中，使双链的EMSA 探针转变为单链的探针，然后同样用水稀释至总的单链DNA浓度为1μM，即每条单链的浓度为0.5μM，相当于最初双链的EMSA探针浓度为0.5μM。 2.DNA 探针的标记: Ultrapure water 29ul TdT Buffer (5X) 10ul 待标记探针(1μM) 5ul Biotin-11-dUTP (5μM)5ul TdT (10U/μl)1ul 总体积50ul A.参考上表设置反应体系。注：对于双链的EMSA探针的标记反应，建议一次做两管， 即总体积共100μl，以最终获得足够的生物素标记EMSA探针用于后续EMSA检测。 B.用枪轻轻吹打混匀，切勿vortex。37℃孵育30分钟。 C.加入2.5μl 探针标记终止液，轻轻混匀终止反应。 3.TdT 的去除: A.探针标记反应终止后，加入52.5μl氯仿-异戊醇(24:1)，vortex使有机相和水相充分 混合以抽提TdT(说明：静止后有机相和水相会很快分层)。 B.12000-14000g离心1-2分钟。吸取上清备用。上清即为被生物素标记的单链DNA探 针。 4.探针的纯化( 选做) ： 通常为实验简便起见，可以不必纯化标记好的探针。有些时候，纯化后的探针会改善后续实验的结果。如需纯化，可以按照如下步骤操作： A.对于100μl 标记好的探针，加入1/4体积即25μl 的5M醋酸铵，再加入2体积 即200μl 的无水乙醇，混匀。 B.-70℃至-80℃沉淀1小时，或-20℃沉淀过夜。 C.4℃，12,000g-16,000g离心30分钟。小心去除上清，切不可触及沉淀。 D.4℃，12,000g-16,000g离心1分钟。小心吸去残余液体。微晾干沉淀，但不宜过分干 燥。 E.加入50μl TE，完全溶解沉淀。标记好的探针可以-20℃保存。 5.生物素标记探针标记效率的检测： A.取5μl Biotin-Control Oligo (0.4μM)，加入196μl TE，混匀，稀释成10nM Biotin-Control Oligo(作为标准品)。取出适量10nM Biotin-Control Oligo，依次稀释成5nM、2.5nM、1nM、0.5nM和0.25nM。 B.取3μl步骤3B所获得的生物素标记的DNA探针(100nM)，加入27μl TE，混匀，稀 释成10nM 生物素标记的探针(作为待测样品)。取出适量的10nM 生物素标记的探
高一生物细胞的基本结构知识点
高一生物细胞的基本结构知识点 高一生物细胞的基本结构第二节细胞器----系统内的分工合作一、相关概念：细胞质：在细胞膜以内、细胞核以外的原生质，叫做细胞质。 细胞质主要包括细胞质基质和细胞器。 细胞质基质：细胞质内呈液态的部分是基质。 是细胞进行新陈代谢的主要场所。 细胞器：细胞质中具有特定功能的各种亚细胞结构的总称。 二、八大细胞器的比较：1、线粒体：(呈粒状、棒状，具有双层膜，普遍存在于动、植物细胞中，内有少量DNA和RNA内膜突起形成嵴，内膜、基质和基粒中有许多种与有氧呼吸有关的酶)，线粒体是细胞进行有氧呼吸的主要场所，生命活动所需要的能量，大约95%来自线粒体，是细胞的"动力车间"2、叶绿体：(呈扁平的椭球形或球形，具有双层膜，主要存在绿色植物叶肉细胞里)，叶绿体是植物进行光合作用的细胞器，是植物细胞的"养料制造车间"和"能量转换站"，(含有叶绿素和类胡萝卜素，还有少量DNA和RNA，叶绿素分布在基粒片层的膜上。 在片层结构的膜上和叶绿体内的基质中，含有光合作用需要的酶)。 是细胞内将氨基酸合成蛋白质的场所。 4、内质网：由膜结构连接而成的网状物。 是细胞内蛋白质合成和加工，以及脂质合成的"车间"5、高尔基体：在植物细胞中与细胞壁的形成有关，在动物细胞中与蛋白质(分泌蛋白)
的加工、分类运输有关。 6、中心体：每个中心体含两个中心粒，呈垂直排列，存在于动物细胞和低等植物细胞，与细胞的有丝分裂有关。 7、液泡：主要存在于成熟植物细胞中，液泡内有细胞液。 化学成分：有机酸、生物碱、糖类、蛋白质、无机盐、色素等。 有维持细胞形态、储存养料、调节细胞渗透吸水的作用。 8、溶酶体：有"消化车间"之称，内含多种水解酶，能分解衰老、损伤的细胞器，吞噬并杀死侵入细胞的病毒或病菌。 三、分泌蛋白的合成和运输：核糖体(合成肽链)→内质网(加工成具有一定空间结构的蛋白质)→高尔基体(进一步修饰加工)→囊泡→细胞膜→细胞外四、生物膜系统的组成：包括细胞器膜、细胞膜和核膜等。 高一生物细胞的基本结构第三节细胞核----系统的控制中心一、细胞核的功能：是遗传信息库(遗传物质储存和复制的场所)，是细胞代谢和遗传的控制中心;二、细胞核的结构：1、染色质：由DNA和蛋白质组成，染色质和染色体是同样物质在细胞不同时期的两种存在状态。 2、核膜：双层膜，把核内物质与细胞质分开。 3、核仁：与某种RNA的合成以及核糖体的形成有关。 4、核孔：实现细胞核与细胞质之间的物质交换和信息交流猜你喜欢：1.高一生物细胞的结构知识点总结2.人教版生物必修一细胞中的结构基础知识点总结3.必修一生物知识点归纳4.高中生物细胞中的化合物知识点大全5.生物必修一知识点整理
蛋白质结构类与亚细胞定位预测中的特征提取方法研究
蛋白质结构类与亚细胞定位预测中的特征提取方法研究 蛋白质结构类与蛋白质亚细胞定位预测在蛋白质结构和功能的预测中扮演着至关重要的角色,不仅是21世纪生物信息学研究中的两大核心内容,而且是后基因组时代蛋白质组学研究中两个典型的模式识别问题.本文在支持向量机理论的基础上构建了多分类预测模型和一套完整的预测性能评估体系.主要针对蛋白质结构类和凋亡蛋白亚细胞定位预测问题分别提出了两个更加有效的特征提取方法,并使用支持向量机进行分类预测.主要贡献概括如下:1.研究了低相似性蛋白质结构类预测问题,基于代表进化信息的位置特异性打分矩阵(PSSM)提出了一个融合了全局和局部特征的特征提取方法.全局特征来自于PSSM中提取出的一条一致序列,该序列中每个位置的氨基酸种类是由PSSM的每行中得分最高所对应的氨基酸种类组成.全局特征包括两部分:基于一致序列的氨基酸组分特征和新提出的组分矩特征.局部特征来自于平均分段的PSSM,也包括两部分:全部分段中的伪PSSM特征和自协方差特征.为了降低特征中的冗余给支持向量机预测性能带来的影响,我们使用主成分分析法对特征进行了降维.该方法是一个仅仅依靠进化信息来提取特征进行蛋白质低相似性数据集结构类预测的新方法.实验结果表明该特征提取方法不仅进一步地提高了预测精度,而且对于基于PSSM的其它预测方法也是一个重要的补充.2.针对两个大样本低相似性蛋白质数据集的结构类预测问题,基于被预测的二级结构序列(PSSS)和PSSM提出了一个多信息融合的特征提取方法.在基于PSSS的特征中,我们在已有典型特征的基础上提
出了简化的二级结构序列中2-词EH和HE的频率,以及计算出了二级结构序列正规化的LZ复杂度.在基于PSSM的特征中,我们通过自互相关函数计算出了3600个高维正特征,为了减少冗余和计算复杂度,提出了使用非负矩阵分解算法进行特征变换,以达到降维的目的.实验结果验证了该方法明显地提高了蛋白质结构类的预测精度,尤其在改善α+β类的预测精度方面做出了积极的贡献.3.研究了凋亡蛋白亚细胞定位预测问题,提出了一个基于PSSM上非重叠窗口的去趋势互相关系数的统计特征提取方法.去趋势互相关系数是一个量化两条非平稳时间序列之间互相关水平的方法,而通过凋亡蛋白序列生成的PSSM中任意两列可以被看作是非平稳的时间序列.我们通过分析和讨论拟合多项式阶数和最优非重叠平均窗口长度s的选择问题,计算出PSSM中任意两列的去趋势互相关系数作为特征来进行亚细胞定位预测.实验结果显示了该方法是新统计方法在模式识别问题中第一次重要而成功的应用.4.针对凋亡蛋白亚细胞定位预测问题,提出了一个基于PSSM上多重统计信息融合的特征提取方法.我们通过研究Geary 相关因子中参数lag和去趋势互相关系数中重叠平均窗口长度s+1的选择问题,融合了基于PSSM上的Geary自相关序列顺序信息和重叠窗口的去趋势互相关系数信息作为特征来进行亚细胞定位预测.基于三个基准数据集的实验结果表明该方法不仅提高了凋亡蛋白亚细胞定位的预测精度,而且是一个更加综合和有效的统计特征提取方法.
WoLF PSORT 蛋白亚细胞定位预测
Nucleic Acids Research,2007,Vol.35,Web Server issue W585–W587 doi:10.1093/nar/gkm259 WoLF PSORT:protein localization predictor Paul Horton1,Keun-Joon Park1,2,Takeshi Obayashi3,Naoya Fujita1,3, Hajime Harada1,C.J.Adams-Collier4and Kenta Nakai3,* 1Computational Biology Research Center,AIST,Tokyo,Japan,2Center for Genome Science,National Institute of Health,Korea Center for Disease Control&Prevention,5Nokbeon-Dong,Eunpyung-Gu, Seoul122-701Korea,3Human Genome Center,Institute of Medical Science,University of Tokyo,Tokyo,Japan and4Collier Technologies,Everett,WA,USA Received January30,2007;Revised March26,2007;Accepted April8,2007 ABSTRACT WoLF PSORT is an extension of the PSORT II program for protein subcellular location prediction. WoLF PSORT converts protein amino acid sequences into numerical localization features; based on sorting signals,amino acid composition and functional motifs such as DNA-binding motifs. After conversion,a simple k-nearest neighbor classifier is used for https://www.360docs.net/doc/346168721.html,ing html,the evidence for each prediction is shown in two ways: (i)a list of proteins of known localization with the most similar localization features to the query,and (ii)tables with detailed information about individual localization features.For convenience,sequence alignments of the query to similar proteins and links to UniProt and Gene Ontology are provided. Taken together,this information allows a user to understand the evidence(or lack thereof)behind the predictions made for particular proteins. WoLF PSORT is available at https://www.360docs.net/doc/346168721.html, INTRODUCTION Bilipid membranes divide eukaryotic cells into various types of organelles containing characteristic proteins and performing specialized functions.Thus,subcellular localization information gives an important clue to a protein’s function.Although localization signals in mRNA appear to play some role(1),the main determi-nant of a protein’s localization residues in the protein’s amino acid sequence.(We recommend https://www.360docs.net/doc/346168721.html,/wiki/ Protein_targeting for a brief overview and Alberts et al. (2)for a textbook description.) Numerous experiments to determine protein localiza-tion have been performed to date.These can broadly be classi?ed as:small-scale experiments—the results of which continue to accumulate in public databases,such as UniProt(3)and Gene Ontology(4);and large-scale experiments using epitope(5)or green?uorescent protein (GFP)(6)tagging,or by separation of organelles by centrifugation combined with protein identi?cation by mass spectrometry(7,8). Although they provide invaluable information,the coverage of experimental data is only high for model organisms,particularly yeast.Moreover,the agreement amongst large-scale experimental data is only75–80% (6–9).Thus,computational prediction of localization from amino acid remains an important topic. Numerous computational methods are available [reviewed in(10,11)].Some(including WoLF PSORT) have recently been benchmarked by Sprenger et al.(12), who found the computational methods to be useful for sites,such as the nucleus,for which many training examples can be easily obtained from UniProt(which is the source of most or all of the training data for most prediction methods—including WoLF PSORT).The di?erent methods they benchmarked were found to have di?erent strengths.Here,we describe the public server for our WoLF PSORT method. PREDICTION METHOD WoLF PSORT is an extension of PSORT II(13,14)and also uses the PSORT(15)localization features for prediction.In addition,WoLF PSORT uses some features from iPSORT(16)and amino acid composition.Those features are used to convert amino acid sequences into numerical vectors,which are then classi?ed with a weighted k-nearest neighbor classi?er.WoLF PSORT uses a wrapper method to select and use only the most relevant features.This reduces the amount of information which needs to be considered(and displayed)for the user to interpret individual predictions and may also make the predictor less prone to over learning.The prediction method has described in more detail elsewhere(17). *To whom correspondence should be addressed.Tel:t81-3-5449-5131;Fax:t81-3-5449-5133;Email:knakai@ims.u-tokyo.ac.jp ?2007The Author(s) This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial License(https://www.360docs.net/doc/346168721.html,/licenses/ by-nc/2.0/uk/)which permits unrestricted non-commercial use,distribution,and reproduction in any medium,provided the original work is properly cited.