癌症全基因检测

到目前为止，对于癌症的化学治疗总体有效率为30%到40%之间，而通过全基因检测，筛选出对于某种新药物（主要为靶向治疗药物）能够获益病人，其有效

率就可以提高到80%。通过分子水平的基因检测为癌症治疗模式带来了翻天覆

地的变化，癌症治疗也开始迈入个性化治疗的新天地。

在美国，美国FDA食品药品监督管理局（FDA）已经强制要求在癌症治疗用药前必须进行EGFR（表皮生长因子受体）、KRAS（肉瘤病毒癌基因）等基因检测。美国另一癌症权威机构美国癌症综合治疗网络（NCCN）已经将EGFR、KRAS、ERCC1(纠正突变细胞切除修复缺陷基因1)、RRM1(核苷酸还原酶)、HER2(人类

表皮生长因子受体 )等基因检测纳入到《癌症治疗指南》中。目前癌症基因检

测主要技术是实时荧光定量法PCR(RT-PCR)，它具有准确率高、特异性强、灵

敏度高、操作简单、应用范围广、高通量等特点。在国内，随着国际学术交流

及政府交流的加强，越来越多的临床专家已经意识到此类检测项目对于癌症治

疗的意义重大和重要性不言而喻。

现在国内癌症基因检测主要针对一些实体瘤，如肺癌、乳腺癌、胃癌、食

管癌、结直肠癌、肝癌、胆管胆囊癌、胰腺癌、胃肠道间质瘤、头颈部癌、宫

颈癌、卵巢癌、子宫内膜癌、前列腺癌、膀胱癌、肾癌、黑色素瘤等。而且多

只是对单一癌症种类进行的，数个基因的单独检测。

在美国癌症基因研究领域最前沿的公司，美国基础医学公司(Foundation Medicine)近期推出两项临床癌症全基因检测项目，包括针对实体瘤的“Foundation one检测”和对血液恶性疾病、淋巴瘤、白血病、肉瘤、儿童癌

症的“Foundation one Heme检测”。患者只需提供10余个病例组织切片或者

一管几毫升的血液，该公司即可为癌症患者提供了最全面的基因图谱分析，了

解癌症患者的分子学改变，提供相关的靶向治疗药物和临床试验信息。

虽然目前美国有关癌症的全基因检测价格还比较昂贵，但是由于其对癌症

治疗的显著作用，全基因检测依然被美国肿瘤科医生广泛推荐，癌症患者不仅

从中收获了更长的肿瘤无进展生存期而且生活质量也大幅提高。据悉，已故苹

果公司CEO史蒂芬·乔布斯在患胰腺癌时，曾花费10万美金对肿瘤及自己的全基因组进行过测序，并因此创造胰腺癌患者生存超过8年的奇迹。

癌症全基因检测是什么？

对肿瘤细胞进行基因检测可以帮助你的主治医生为你制定个性化治疗方案。基因检测可以确定你的癌症基因图谱，然后通过循证医学把你的基因图谱和已经发表的癌症治疗方案匹配。世界各国权威肿瘤学家已经进行了大量和基因检测相关的癌症治疗研究，积累了大量治疗癌症的有效方案。基因检测就是通过这些询证医学证据指导患者的癌症治疗。

到目前为止，对于癌症的化学治疗总体有效率为30%到40%之间，如果首次一线标准治疗失败，通过常规方法推荐的二线治疗方案，有效率可能只有5%。然而临床肿瘤学杂志报道的一个多中心研究表明，即使在晚期癌症患者中，他们已经用了所有常规治疗方案，不同肿瘤基因检测指导的治疗方案无进展生存率能够达到27%到86%。通过分子水平的基因检测为癌症治疗模式带来了翻天覆地的变化，癌症治疗也开始迈入个性化治疗的新天地。

在美国，美国FDA食品药品监督管理局（FDA）已经强制要求在某些癌症治疗用药前必须进行EGFR、KRAS等基因检测。美国另一癌症权威机构美国癌症综合治疗网络（NCCN）已经将EGFR、KRAS、ERCC1等基因检测纳入到《癌症治疗指南》中。

癌症全基因检测指的是通过一次检测，把目前已知的和癌症发生相关的所有癌症基因检测完毕，通常检测靶点高达400多个。在美国，越来越多的癌症患者和医生选择癌症全基因检测，而不是部分基因检测，以便于全面了解癌症患者基因突变情况，为未来整个治疗过程提供分子学证据。

为什么接受癌症全基因检测？

国内患者通常也进行几个靶点的癌症基因检测，帮助医生确定用药方案。部分基因检测最大的优势在于费用经济且检测结果直接与靶向药物相关，但缺点也是非常明显的：

1、一般癌症患者的病理标本非常有限，同样大小的组织，仅检测几个靶点浪费了宝贵的资源。

2、未来出现新的靶点和靶向药物时，需要重新获取患者的肿瘤组织进行基因检测，这对于很多患者非常困难。

3、肿瘤的异病同治：目前全球有大量的临床试验正在针对不同肿瘤的靶点进行治疗，仅检测几个确定的靶点，患者在现有药物耐药后，可能会丧失了许多新药物的治疗机会。

以往阻碍患者接受全基因检测的主要问题有两个：

首先，全基因检测费用远远高于几个基因靶点的检测费用。在医院，检测几个基因的费用只有2000-3000元，而检测400-500个基因的费用高达2万以上，在美国则高达5万多。

其次，全基因检测的结果在国内意义有限：因为国内新药和临床试验很少，能够用于临床治疗的也就是40多个基因，所以国内医生一般不会推荐患者接受检测。

癌症全基因检测已经有了普及的基础。

但随着基因检测成本的迅速降低和国内肿瘤治疗水平的提高，癌症全基因检测对于大部分患者已经不是费用的问题。国内患者完全可以一次性通过全基因检测获得自己的全部癌症基因图谱，指导自己今后的整个治疗方案，不会错过全球肿瘤治疗的任何一个研究突破，随时能够了解到和自己基因突变相关的最新临床试验和最新药物。

防癌基因检测

"癌症"是死亡的代名词，几十年来一直是人类"夺命"的头号杀手。全球每年的死亡人数中，每四人就有一人死于癌症癌症在中国城市已成为首位死因，我国每年新患癌症约160万人、死于癌症者约130万人我国高发病率前五位癌症分别为肺癌、肝癌、胃癌、食管癌，结肠癌。我国癌症的平均治愈率仅为13% “处在亚健康状态的企业战士” 《中国企业家》杂志针对中国企业家阶层“工作、健康及快乐调查”的结果显示：目前有高达90.6%的企业家处于不同程度的“过劳”状态，健康状态令人堪忧。 2004年11月7日，均瑶集团董事长王均瑶因癌去世，享年38岁 2008年6月21日，清华园商会秘书长金征因癌去世，享年59岁。 2011年6月27日，中芯国际董事长江上舟因癌去世，享年64岁 2011年6月28日德尔惠原董事长丁明亮因癌去世，享年52岁。 2011年10月5日，美国苹果公司创办人乔布斯因癌去世，享年56岁据《每日经济新闻》记者统计，从2010年1月到2011年7月的19个月时间里，就出现了19名总经理/董事长级别的高管离世包括百视通COO吴征、兴民钢圈董事长王嘉民、成都百事通总经理李学军等12位高管因疾病去世，最大的疾病元凶就是癌症---他们的平均年龄为50岁，他们每天都有各种“大事”、“急事”要做，却忽视了最重要的一件事——健康。在积累财富和社会地位的同时，也积累起巨大的健康风险。还有什么比生命和健康更重要的呢？事业的成功，家庭的幸福，生活的快乐美满……都要从生命健康这一原点出发。不要错过这样一次生命中最重要的旅行而成为一生的遗憾。早期防癌，刻不容缓癌症的发生是一个长期、渐变的过程，从正常细胞到形成肿瘤细胞，通常需要十几年甚至更长的时间早期癌组织最大的特点是不含神经成分，因此90%的癌症早期没有症状，90%的癌症患者有了自觉症状到医院就诊时已经是中晚期，此时癌细胞早已经发生了侵润和转移，不仅治疗给患者带去无尽的痛苦与折磨，更多的时候，现有的科学技术治疗手段无法进行有效治疗，只能眼睁睁看着生命逝去。日本，三十年举国防癌，癌症罹患率下降了27%，这在世界范围不断攀升的癌症罹患率面前简直是个奇迹。日本拥有世界最先进的检测设备与最顶尖的医疗技术，目前保持着治癌最重要的指标—五年存活率保持着世界最高的68% 日本提出，最好的防癌手段就是定期的专业防癌体检，早预防早发现早治疗通过早期防癌体检可以查出的癌症80%是早期癌症，而这些早期癌症的平均治愈率在95%以上。

肿瘤基因检测的解读流程

从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。1、读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard 去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进行变异注释。最后获得一份.vcf文件（图1）。

Func.refGene：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区） Gene.refGene：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离） ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区 AAChange.refGene：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）经注释后的vcf文件还会包含如下信息： CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称 CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）

癌症全基因检测

癌症全基因检测到目前为止，对于癌症的化学治疗总体有效率为30%到40%之间，而通过全基因检测，筛选出对于某种新药物（主要为靶向治疗药物）能够获益病人，其有效率就可以提高到80%。通过分子水平的基因检测为癌症治疗模式带来了翻天覆地的变化，癌症治疗也开始迈入个性化治疗的新天地。在美国，美国FDA食品药品监督管理局（FDA）已经强制要求在癌症治疗用药前必须进行EGFR（表皮生长因子受体）、KRAS（肉瘤病毒癌基因）等基因检测。美国另一癌症权威机构美国癌症综合治疗网络（NCCN）已经将EGFR、KRAS、ERCC1(纠正突变细胞切除修复缺陷基因1)、RRM1(核苷酸还原酶)、HER2(人类表皮生长因子受体 )等基因检测纳入到《癌症治疗指南》中。目前癌症基因检测主要技术是实时荧光定量法PCR(RT-PCR)，它具有准确率高、特异性强、灵敏度高、操作简单、应用范围广、高通量等特点。在国内，随着国际学术交流及政府交流的加强，越来越多的临床专家已经意识到此类检测项目对于癌症治疗的意义重大和重要性不言而喻。现在国内癌症基因检测主要针对一些实体瘤，如肺癌、乳腺癌、胃癌、食管癌、结直肠癌、肝癌、胆管胆囊癌、胰腺癌、胃肠道间质瘤、头颈部癌、宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜癌、前列腺癌、膀胱癌、肾癌、黑色素瘤等。而且多只是对单一癌症种类进行的，数个基因的单独检测。在美国癌症基因研究领域最前沿的公司，美国基础医学公司(Foundation Medicine)近期推出两项临床癌症全基因检测项目，包括针对实体瘤的“Foundation one检测”和对血液恶性疾病、淋巴瘤、白血病、肉瘤、儿童癌症的“Foundation one Heme检测”。患者只需提供10余个病例组织切片或者一管几毫升的血液，该公司即可为癌症患者提供了最全面的基因图谱分析，了解癌症患者的分子学改变，提供相关的靶向治疗药物和临床试验信息。虽然目前美国有关癌症的全基因检测价格还比较昂贵，但是由于其对癌症治疗的显著作用，全基因检测依然被美国肿瘤科医生广泛推荐，癌症患者不仅从中收获了更长的肿瘤无进展生存期而且生活质量也大幅提高。据悉，已故苹果公司CEO史蒂芬·乔布斯在患胰腺癌时，曾花费10万美金对肿瘤及自己的全基因组进行过测序，并因此创造胰腺癌患者生存超过8年的奇迹。

癌症基因检测,靶向治疗

癌症基因检测，靶向治疗选择关键词：癌症基因检测、靶向治疗当人体细胞内DNA发生机体无法识别或修复的损伤或突变时，就会导致癌症。这些异常细胞能够不受控制地生长，形成肿瘤或肿物，侵犯健康组织或器官。传统的癌症分类基于发病部位，如肺癌、乳腺癌等，且同一肿瘤类型的患者大都接受同样的化疗方案。近年来，癌症研究者发现了与癌症生长相关的特定基因，因此，癌症目前可以根据导致肿瘤生长的潜在DNA改变或基因组变异进行分类。通过对导致癌症生长的特定基因突变进行定位，靶向疗法可以准确识别、攻击癌症细胞，在治疗癌症方面前景非常广阔。这种疗法只攻击癌症细胞，通常来说可远远降低对正常细胞的伤害。在许多癌症治疗的方案中，靶向疗法的作用已经越来越凸显。有许多潜在的基因突变可以导致癌症的生长，这些突变可通过基因检测发现。根据每位患者肿瘤的特定特点，这些信息可以帮助医生更好的选择适用于患者的靶向疗法。

?如上所述，即便两个在相同部位患有肿瘤的人，他们的肿瘤在基础的分子水平也存在很大不同，即引起各自癌症生长的基因异常有所不同。 ?癌症综合基因检测是一个全面综合性基因检测产品，该产品可以检测所有驱动癌症生长的具有临床意义的基因异常。癌症综合基因检测根据最新的科学证据和临床数据，将所有发现的具有临床意义的突变与靶向疗法和临床试验进行匹配，最终形成一个信息丰富且易读的报告，帮助医师为每位患者考虑所有可能的治疗选择。这些疗法包括FDA批准的靶向药以及尚在临床研发阶段的靶向药。不做检测，这些疗法很可能就不会在考虑的范围之内。 ? 为什么选择癌症综合基因检测？ ——癌症综合基因检测正改变着癌症的治疗检测更多的基因异常引发癌症且具有临床意义的基因异常有四类： ?碱基置换 ?插入和缺失 ?拷贝数变异 ?重组

Foundation One癌症全基因检测

Foundation One癌症全基因检测到目前为止，对于的化学治疗总体有效率为30%到40%之间，而通过全基因检测，筛选出对于某种新物（主要为靶向治疗物）能够获益病人，其有效率就可以提高到80%。通过分子水平的基因检测为治疗模式带来了翻天覆地的变化，治疗也开始迈入个性化治疗的新天地。在美国，美国FDA食品品监督管理局（FDA）已经强制要求在治疗用前必须进行EGFR （表皮生长因子受体）、KRAS（肉瘤病毒癌基因）等基因检测。美国另一权威机构美国综合治疗网络（NCCN）已经将EGFR、KRAS、ERCC1(纠正突变细胞切除修复缺陷基因1)、RRM1(核苷酸还原酶)、HER2(人类表皮生长因子受体)等基因检测纳入到《治疗指南》中。目前基因检测主要技术是实时荧光定量法PCR(RT-PCR)，它具有准确率高、特异性强、灵敏度高、操作简单、应用范围广、高通量等特点。在国内，随着国际学术交流及政府交流的加强，越来越多的临床专家已经意识到此类检测项目对于治疗的意义重大和重要性不言而喻。现在国内基因检测主要针对一些实体瘤，如肺癌、乳腺癌、胃癌、食管癌、结直肠癌、肝癌、胆管胆囊癌、胰腺癌、胃肠道间质瘤、头颈部癌、宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜癌、前列腺癌、膀胱癌、肾癌、黑色素瘤等。而且多只是对单一种类进行的，数个基因的单独检测。在美国基因研究领域最前沿的公司，美国基础医学公司(Foundation Medicine)近期推出两项临床全基因检测项目，包括针对实体瘤的“Foundation one检测”和对血液恶性疾病、淋巴瘤、白血病、肉瘤、儿童的“Foundation one Heme检测”。患者只需提供10余个病例组织切片或者一管几毫升的血液，该公司即可为患者提供了最全面的基因图谱分析，了解患者的分子学改变，提供相关的靶向治疗物和临床试验信息。

基因检测对于肿瘤治疗有哪些意义

近年来，由于环境污染和人们生活方式的变化，以及工作和生活上的压力加剧，生活长期无律，越来越多的人群呈现出一种亚健康状态，各种疾病趁虚而入，世界癌症的发病率也显示逐年升高的趋势。癌症的遗传异质性、病灶转移性、个体差异性，给癌症的治疗带来了极大的困扰。长期以来，对癌症确诊患者，尤其是晚期癌症患者，多采用放疗和化疗的治疗方案。但由于放疗和化疗不能主动识别癌细胞，针对性较差，在抑癌杀癌的过程中，对正常细胞也同样具有杀伤作用，使人体机能严重受损，在整个治疗过程中给病人带来极大痛苦。一些病人因无法承受长期的恶心、呕吐、腹泻、便秘等副作用，失去了生存的信心而抗拒继续治疗。多数患者好不容易熬过了多次放疗化疗，却依然面临着癌症复发的危险。近十年来，癌症的治疗取得了显著进展，尤其是是靶向药物的成功研究，给癌症患者带来了福音。基因检测(即分子靶标检测)是以研究疾病发生、发展过程中细胞分子生物学上的差异为基础，筛选和鉴定与疾病密切相关的蛋白质、核酸等生物大分子作为药物作用的靶点，通过靶向给药实现有效的靶向治疗及个体化治疗。肿瘤分子靶标的出现使得靶标药物能够针对癌

细胞本身进行治疗，不会对正常细胞产生重大伤害，缓解患者病痛的同时更带给他们生的希望。自肿瘤基因检测技术应用以来，治疗效果十分显著，得到了越来越多的癌症患者的认可，是极为有前途的个体化治疗方法。基因检测流程 1、检测预约。南京明基医院肿瘤精准医疗中心建立了非常完善的检测预约机制，会有医务人员一对一帮助患者预约检测，并提供免费咨询服务。 2、样本采集。中心专业医务人员采集患者送检样本，交给专业人员处理。 3、专业检测：中心接收样本后，第一时间安排检测，5—7个工作日出具检测报告。 4、报告解读：专业人员及主治医生为患者提供免费报告解读，并针对病人的个体化治疗需求，确定精准化治疗方案，进行临床预测分析和治疗预后评估。基因检测的特点 1、多基因并行检测，肿瘤疗效基因全扫描。一份样本，一次检测，检测所有肿瘤靶向和化疗药物相关基因状态。

妇科恶性肿瘤筛查中基因检测技术的应用_王泽华--

[13]Yang HJ，Liu VW，Wang Y，et al.Detection of hypermethylated genes in tumor and plasma of cervical cancer patients[J].Gyne? col Oncol，2004，93(2)：435-440. [14]Widschwendter A，Müller HM，Fiegl H，et al.DNA methylation in serum and tumors of cervical cancer patients[J].Clin Cancer Res，2004，10(2)：565-571. [15]Tanaka H，Tsuda H，Nishimura S，et al.Role of circulating free alu DNA in endometrial cancer[J].Int J Gynecol Cancer，2012， 22(1)：82-86. [16]Wittenberger T，Sleigh S，Reisel D，et al.DNA methylation markers for early detection of women's cancer：promise and challenges[J].Epigenomics，2014，6(3)：311-327. [17]The Lancet Oncology.Liquid cancer biopsy：the future of cancer detection?[J].Lancet Oncol，2016，17(2)：123-129. （2016-02-23收稿）文章编号：1005-2216(2016)05-0409-05 妇科恶性肿瘤筛查中基因检测技术的应用王泽华，郭婧摘要：近年来的研究认为癌症是一种基因疾病，遗传性或获得性基因缺陷可导致癌症的发生和发展。因而，基因检测技术在妇科肿瘤的筛查中显得尤为重要。目前，人乳头瘤病毒（HPV）检测已在宫颈癌筛查中广泛应用，对于遗传性卵巢癌和子宫内膜癌高危群体，也可通过检测BRCA1/2 和MLH1/MSH2突变进行高危人群风险分层。关键词：基因检测技术；妇科恶性肿瘤；筛查中图分类号：R737.3文献标志码：C Use of genetic testing in the screening of gyneco? logic malignancies.WANG Ze-hua，GUO Jing.De? partment of Obstetrics and Gynecology，Union Hospi? tal，Tongji Medical College，Huazhong University of Science and Technology，Wuhan430022，China E-mail：zehuawang@https://www.360docs.net/doc/3912242471.html, Abstract:Cancer is considered a genetic disease.In?herited or acquired genetic disorders are involved in the malignant transformation and progression of tumors. In gynecologic oncology，genetic testing has captured global attention，especially in tumor screening.Cur? rently，HPV testing plays an essential role in cervical cancer screening；the detection of BRCA1/2and MLH1/ MSH2mutations has been strongly recommended to stratify patients who have a high risk of developing ovarian cancer and endometrial cancer，respectively. Keywords：genetic testing；gynecologic malignan? cies；screening 妇科恶性肿瘤因其较高的发病率及病死率，成为导致妇女死亡的主要原因之一。据文献报道，近年来我国三大妇科恶性肿瘤的发病率总体呈上升趋势，且发病年龄有年轻化趋势[1]。因而，能够早期发现、诊断及预防肿瘤的筛查手段显得尤为重要。目前，各妇科肿瘤的主要筛查方法如下：（1）卵巢癌：经阴道超声及血清CA125、人附睾蛋白4（HE4）水平检测。（2）宫颈癌：宫颈液基细胞学（TCT或LCT），阴道镜+活检，人乳头瘤病毒（HPV）检测。（3）子宫内膜癌：内膜细胞学，经阴道超声及子宫内膜活检。而基因检测作为近几十年来迅速发展起来的新兴科技手段，其在妇科肿瘤的筛查与诊断中也起着越来越重要的作用。目前，常用的基因检测技术主要分为以下4种：（1）核酸印迹杂交：从核酸分子混合液中检测特定大小核酸分子的方法，基于核酸变性和复性原理，根据被检样品不同又可分为DNA杂交（southern blot）、RNA杂交（northern blot）、点杂交和原位杂交。（2）聚合酶链反应（PCR）：扩增被检靶基因以提高敏感度。（3）DNA测序：识别DNA中的4种碱基，逐一读出全部基因序列，其双向测序是基因检测结果金标准，可用于检测未知基因。（4）基因芯片技术：是近年来发展十分迅速的大规模、高通量分子检测技术，生物样本中基因靶序列与固定有大量基因探针的基因芯片进行特异性杂交，检测其标记信号，对被检DNA序列信息进行高效解读和分析。 1基因检测与宫颈癌宫颈细胞学检查作为宫颈癌的主要筛查手段已持续60余年，直到1995年在国际癌症研究机构（IARC）专题讨论会上，明确HPV感染是宫颈癌的关键和必要致病因素；其中，高危型HPV持续性感染与宫颈癌的发病密切相关，提出将HPV的检测作为筛查的手段之一。从HPV感染到宫颈癌发生 DOI：10.7504/fk2016040108 作者单位：华中科技大学同济医学院附属协和医院妇产科，湖北武汉430022 电子信箱：zehuawang@https://www.360docs.net/doc/3912242471.html,

常见肿瘤基因检测规范及进展：肺癌EGFR

常见肿瘤基因检测规范及进展：肺癌EGFR 2013/12/29 医脉通分享：导读肺癌患者在应用靶向治疗前进行EGFR基因突变检测具有重要临床意义，而检测结果的准确性也将直接影响患者靶向治疗选择和疗效。本文就肺癌EGFR基因突变的分子病理学检测中主要的质量控制和质量保证要点进行介绍。目前，吉非替尼和厄洛替尼等小分子酪氨酸激酶抑制剂（TKI）已被证明是治疗晚期非小细胞肺癌（NSCLC）的有效靶向药物，并只对表皮生长因子受体（EGFR）基因敏感突变类型的肺癌患者才显示很好疗效，肺癌患者在应用EGFR-TKI靶向治疗前进行EGFR基因突变检测具有重要临床意义，而检测结果的准确性也将直接影响患者靶向治疗选择和疗效。本文就肺癌EGFR基因突变的分子病理学检测中主要的质量控制和质量保证要点进行介绍。 1、检测实验室及人员要求常规EGFR突变检测方法基于基因扩增技术之上，其检测应严格在基因扩增实验室进行，实验室包括试剂贮存和准备区、标本制备区、扩增区和产物分析区等4

个区。因肺癌EGFR检测的标本多为石蜡包埋的组织蜡块，实验室应设置独立的标本制备预处理区（切片区），严防标本在制片过程中被污染。各工作分区应标识清晰，仪器设备应满足检测要求，各工作区专用的仪器设备、办公用品、工作服、实验耗材和清洁用具等不可混用。检测过程中严格质量控制，实验完毕后做好清洁消毒工作。

分子病理学聚合酶链式反应（PCR）实验室工作人员应参加我国卫生和计划生育委员会指定的机构举办的技术培训后取得合格证，并定期进行培训。 2、EGFR突变检测的标本要求需要进行EGFR-TKI靶向治疗的患者应进行EGFR基因突变筛选；临床标准（女性，无吸烟史等）不能决定是否进行检测；有研究表明，免疫组织化学染色（IHC）检出总EGFR蛋白表达也不推荐TKI治疗筛选。 EGFR突变检测，对肺癌部分切除标本建议用于腺癌和含腺癌成分的混合型肺癌，不考虑组织学分级；对肺癌全切标本，不建议用于无任何腺癌成分的肺癌，例如纯鳞癌、纯小细胞癌或IHC未显示腺癌分化的大细胞癌；对小标本（活检、细胞学标本），如果不能完全除外腺癌，可检测组织学表现为鳞癌或小细胞癌的标本检测，但应结合临床标准（年轻患者、无吸烟史）协助筛选；对初治患者，检测原发灶或转移灶；对于多发性原发肺腺癌，可分别检测，但不必对同一肿瘤多个区域检测。在确定EGFR-TKI治疗的进展期（Ⅳ期）肺癌患者，或低期别患者发生复发或进展（原先未进行检测）时，应行EGFR突变检测。由于肺癌复发转移率高，对Ⅰ~Ⅲ期肺癌，在诊断时鼓励患者进行检测，以便出现复发时及时治疗，但应视具体情况决定。 3、EGFR突变检测流程标本处理手术或活检组织标本应在离体30分钟内用10%中性福尔马林固定，避免用酸性、重金属固定液或脱钙液等处理；活检小标本固定6~24小时，手术切除大标本固定8~48小时；细胞学标本可用于EGFR突变检测，细胞石蜡包埋块优于细胞涂片。

一文读懂基因检测和靶向治疗

一文读懂基因检测和靶向治疗在我们面临的所有疾病中，癌症是最令人恐惧的疾病之一。简单来说，癌症是由于一组或多组基因突变导致的细胞功能异常，形成了快速、无限制生长的恶性肿瘤。也就是说，癌症本质上是一种基因病——原本在正常细胞中发挥重要生理作用的基因，在某些条件下，如病毒感染、化学致癌物或辐射作用等，被异常激活，转变为致癌基因，诱导细胞发生癌变。既然是基因病，那么我们能不能通过一些手段来监测突变的基因，进行基因修改，从而治愈癌症呢？基于这个思路，基因检测应运而生！基因检测就是针对肿瘤的基因图谱进行测试，从而确定到底是发生了哪些突变的过程。随着基因分子水平研究的不断深入，越来越多的肿瘤细胞信号通路被发现，大量临床研究表明，通路中的特定基因的扩增/突变/表达状态与靶向、化疗药物的有效性密切相关。因此，临床上检测这些通路中特定基因情况，能针对性地为每位患者制定一套最适合的治疗方案，从而最大程度地提高治疗的有效率，减少药物的毒副作用，避免用药不当贻误治疗机会。目前，化疗总体有效率在30%到40%，而通过基因检测筛选出获益病人，有效率可以提高到80%。分子检测为癌症治疗模式带来了翻天覆

地的变化，癌症治疗开始迈入个性化治疗的新天地。那么，哪类患者需要做基因检测? 广义上讲，所有肿瘤患者均可以接受基因检测。狭义上讲，根据指南推荐，不同的病种、不同的分期、出于不同的目的，不同的患者，适合做不同的基因检测。比如，一个晚期肺腺癌患者，尚未接受任何治疗，家庭经济情况一般，只是为了看看，是否有合适的靶向药可用，那么只要测一下最常见的那几个基因就可以了。如果经济条件挺好，想要全面检测癌症相关的基因，可以做全基因检测。说完基因检测，就不得不说说靶向治疗了！靶向治疗是指通过检测肿瘤中是否存在导致肿瘤生长的基因突变或基因谱变化，以此确定针对特异性驱动基因突变的治疗方法。肿瘤的基因突变类型很多，不同基因突变类型使用不同的靶向药物，只有明确了基因突变类型，正确选择靶向药物治疗，才能使患者获益。近年来，靶向药越来越多，几乎所有的癌症都有靶向药可选。其中，肺癌获批的靶向药最多，靶点也最多，具不完全统计至少有20种，其他常见癌症如乳腺癌、胃癌卵巢癌等也有很多靶向药可用。常见靶

肿瘤基因检测的解读流程

从临床进入基因检测流程就是入口,检测结果结合临床信息进行合理解读就是出口,这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。其中的第四部分临床解读部分即就是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断,临床与遗传咨询有效衔接、充分沟通,最终出具临床解读报告。在做成临床解读报告之前,首先需要将解读的各个环节进行明确,包括解读的步骤流程,解读的技术细节。这样才有可能真正的做到解读的规范化,使解读过程有据可依,有章可循,才能出具一份好的临床解读报告,基因检测才能更好的服务患者与临床医生。从大的框架讲,基因检测数据解读可分为三个步骤:原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。 1、读懂原始数据将测序的原始序列数据(FASTQ)去除接头及低质量序列,经BWA软件比对至GRCh37/38(NCBI版本)或hg19/hg38(UCSC版本)人类基因组参考序列上,Picard去除重复序列,使用GATK检测SNV与Indel变异,使用ANNOVAR 进行变异注释。最后获得一份、vcf文件(图1)。

图1 从测序的原始序列数据到vcf文件的流程一份vcf文件包含如下基本信息。 Chr:变异所在的染色体 Start:变异在染色体上的起始位置 End:变异在染色体上的结束位置 Ref:参考基因组的序列 Alt:检测样本基因组的序列

Func、refGene:变异所处参考基因的功能区 (exonic,intronic,UTR3,UTR5,splicing,upstream,downstream,intergenic)(此处的exonic特指外显子编码氨基酸区,不包括外显子的UTR区) Gene、refGene:变异所处参考基因名称(如果就是基因间,则就是两侧的基因) GeneDetail、refGene:非外显子区处于特定转录本中的具体位置(如果就是基因间,则就是距离两侧的基因的距离) ExonicFunc、refGene:外显子区的变异类型(frameshift insertion,frameshiftdeletion,stopgain,stoploss,nonframeshift insertion,nonframeshiftdeletion,synonymous SNV,nonsynonymous SNV),如果这一栏就是一个“、”的话,就说明该变异不在外显子区 AAChange、refGene:氨基酸水平的改变(同一个基因可能具有多个转录本,氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样) 经注释后的vcf文件还会包含如下信息: CLINSIG:该变异在ClinVar数据库中的临床意义(Benign,Likely benign,Uncertain significance,Likelypathogenic,Pathogenic,Drug-response) CLINDBN:该变异所引起的疾病名称

乳腺癌和肺癌基因检测项目计划书

乳腺癌和肺癌基因检测项目计划书一项目背景乳腺癌是女性最常见的癌种，占女性恶性肿瘤的1/3，其发病率约为30/10万，即每年10万女性中有30位会患乳腺癌。男性也可患乳腺癌，但比例很低，男女比例约为1:100。遗传性乳腺癌占全部乳腺癌的10%左右，而在遗传性乳腺癌患者中，有50%左右是由于BRCA1、BRCA2基因突变所引起，30%是由ATM、BARD1、BRIP1、CDH1、CHEK2、MSH6、MRE11A、MUTYH、NBN、NF1、PALB2、PTEN、RAD50、RAD51C、STK11、TP53这16个基因突变所致。BRCA1、BRCA2基因主要功能是参与细胞DNA修复、蛋白降解、调节基因转录、调节细胞周期等，当它们发生突变后，细胞不能进行正常的生理活动而发生恶性增殖，最终导致乳腺癌的发生。BRCA1、BRCA2基因突变的携带者一生患乳腺癌的几率可能高于80%。因此，对有家族史的个体（也包括男性）进行基因检测有助于乳腺癌的早发现，早干预，早治疗。肺癌是肺部常见的恶性肿瘤，对人类健康和生命威胁最大的恶性肿瘤之一。在男性肿瘤中，肺癌发病率和死亡率均占所有恶性肿瘤的第一位，在女性肿瘤中，肺癌的发病率和死亡率屈居乳腺癌占第二位。目前研究已发现有数十个基因与肺癌结肠癌的发生密切相关，而其中部分基因的突变又与靶向药物治疗的效果密切相关。如携带

EGFR基因敏感突变的肺癌患者，接受吉非替尼（易瑞沙）治疗疗效显著高于化疗药物，但这类敏感人群在欧美仅约10%，在中国也只有不到40%。又如，KRAS基因是肿瘤生长信号通路中的一个关键基因，如果结肠癌患者是KRAS野生型，接受西妥昔单抗治疗后，将近70%左右的患者会有明显获益，但如果患者携带KRAS耐药突变，则获益情况远不如传统化疗。因此，美国《NCCN指南》明确指出：患者在接受靶向药物治疗前应进行相关基因的检测，据此确定是否适合用药。因此，对潜在风险人群进行基因检测不仅有助于肺癌结肠癌的早发现早干预，对患者的靶向药物治疗也有重要的指导作用。二市场调查肿瘤的个性化用药基因检测是国家颁布的精准医疗计划重要的组成的部分，市场前景广阔，在美国这项检查已经纳入医保计划；在中国通过前期一些公司的市场宣传市场接受度高，预计市场规模可以达到百亿的规模。市面上的主流二代测序公司都开展这项目，比较出名的是华大基因，达安基因，贝瑞和康，诺禾致源，上海伯豪，联川基因等，这些公司基本上采用卖服务的商业模式，自己获取标本，自己测序和分析。三技术路线 1 总技术路线

2018年中国肿瘤基因检测发展现状与前景预测

. 2018年中国肿瘤基因检测发展现状与前景预测 2018-03-19 17:35前瞻产业研究院 2018年中国肿瘤基因检测发展现状 1、肿瘤基因检测渗透率分析随着NGS仪器的普及，基因检测在科研、药品研发和临床领域都有广泛的应用，药品研发和临床应用领域增速超过15%。根据NGS仪器生产龙头公司Illumina 预测，NGS应用市场总规模为200亿美元，其中，肿瘤领域占比60%，达120亿美元，是最主要的应用领域，生命科学领域50亿美元，遗传病检测20亿美元。根据麦肯锡分析，二代测序基因测序技术2018年对肿瘤治疗领域渗透率，根据不同肿瘤类型，可以达到25%-70%的范围，而在肿瘤治疗领域就会有超过20亿美元市场。图表2：2018年基因检测技术在癌症领域渗透率资料来源：前瞻产业研究院整理、肿瘤基因检测试点企业2月终于发布了第一批肿瘤诊断与治疗项年20154国家卫生计生委医政医管局于深圳杭州迪安医学检验中心、其中，目高通量基因测序技术临床试点单位名单。广州达安临床检测中心以及中南大学湘雅医学检验所作为第华大临床检验中心、三方检验所也位于榜单之中，对于获批的这些公司将具有明显的先发优势。 3图表：首批肿瘤基因检测临床应用试点单位. .

资料来源：前瞻产业研究院整理中国肿瘤基因检测竞争格局年中国基因检测行业战略规划和企业战略咨询报告》2018-2023前瞻产业研究院《更由国内肿瘤测序的龙头地位为是华大基因占据，不仅由于其体量庞大，显示，目前肿瘤检测产品包括遗传性肿瘤的筛于其各项测序服务都获得政策审批通过， 508个肿瘤相关基因的试剂盒。查以及一次性检测迪安诊断达安基因、目前国内还有规模比较大的基因测序服务公司如诺禾致源、这些企业在该测序服务细分领域都已经都还没有成熟的肿瘤测序产品正式推出，涉足。目前各其它还未获得肿瘤基因测序临床试点单位的公司也在“跑马圈地”阶段，肿瘤医院和公司肿瘤基因测序的推广渠道较为单一，主要是与医院合作及直销。尤也是未来的主要推广渠道，医院肿瘤科既是基因测序公司研发争夺的主战场，其是最高级别的公立三甲医院。 4图表：肿瘤基因检测竞争格局. .

2018年中国肿瘤基因检测发展现状与前景预测

2018年中国肿瘤基因检测发展现状与前景预测 2018-03-19 17:35前瞻产业研究院 2018年中国肿瘤基因检测发展现状 1、肿瘤基因检测渗透率分析随着NGS仪器的普及，基因检测在科研、药品研发和临床领域都有广泛的应用，药品研发和临床应用领域增速超过15%。根据NGS仪器生产龙头公司Illumina 预测，NGS应用市场总规模为200亿美元，其中，肿瘤领域占比60%，达120亿美元，是最主要的应用领域，生命科学领域50亿美元，遗传病检测20亿美元。根据麦肯锡分析，二代测序基因测序技术2018年对肿瘤治疗领域渗透率，根据不同肿瘤类型，可以达到25%-70%的范围，而在肿瘤治疗领域就会有超过20亿美元市场。图表2：2018年基因检测技术在癌症领域渗透率资料来源：前瞻产业研究院整理 2、肿瘤基因检测试点企业国家卫生计生委医政医管局于2015年4月终于发布了第一批肿瘤诊断与治疗项目高通量基因测序技术临床试点单位名单。其中，杭州迪安医学检验中心、深圳华大临床检验中心、广州达安临床检测中心以及中南大学湘雅医学检验所作为第三方检验所也位于榜单之中，对于获批的这些公司将具有明显的先发优势。图表3：首批肿瘤基因检测临床应用试点单位

资料来源：前瞻产业研究院整理中国肿瘤基因检测竞争格局前瞻产业研究院《2018-2023年中国基因检测行业战略规划和企业战略咨询报告》显示，国内肿瘤测序的龙头地位为是华大基因占据，不仅由于其体量庞大，更由于其各项测序服务都获得政策审批通过，目前肿瘤检测产品包括遗传性肿瘤的筛查以及一次性检测508个肿瘤相关基因的试剂盒。目前国内还有规模比较大的基因测序服务公司如诺禾致源、达安基因、迪安诊断都还没有成熟的肿瘤测序产品正式推出，这些企业在该测序服务细分领域都已经涉足。其它还未获得肿瘤基因测序临床试点单位的公司也在“跑马圈地”阶段，目前各公司肿瘤基因测序的推广渠道较为单一，主要是与医院合作及直销。肿瘤医院和医院肿瘤科既是基因测序公司研发争夺的主战场，也是未来的主要推广渠道，尤其是最高级别的公立三甲医院。图表4：肿瘤基因检测竞争格局