种质资源保存库与基因保护

种质资源保存库与基因保护
种质资源保存库与基因保护

种质资源保存库与基因保护

一般来说,植物等都能一直延续下来,那么代表这些植物的种子中存在着优良的基因,可能是在抗病害、抗虫害方面,还有可能是在抗旱等方面,这些优秀的基因是一笔宝贵的财富,而利用种质资源保存库来有效保存这些优良的种质资源,是能够将这些优秀的基因保留下来的关键。

种植资源也被称为是遗传资源,也就是指农作物亲代传递给子代的遗传物质,通常与基因息息相关,而育种工作中,通常需要通过筛选,来选择优秀基因的品种。因此种植资源的保护对于农作物育种工作的发展来说非常重要。但是长期以来,由于人类的活动,导致很多的生物物种正在慢慢消失,这其中就不乏很多优秀的基因品种,因此为了抢救这些优秀的基因,使其能够保存下来,为今后的育种工作所用,那么就需要使用种质资源保存库来进行保护。

通常种质资源是以种子的形式存在的,而优秀的基因往往就包含在这些种子中,因此保护优秀基因的关键,就是要保存这些种子。研究表明,在低温条件下,大部分种子经过15年的储藏,其发芽率没有出现明显的下降,因此低温储藏是目前种子种植的最佳保存途径。而托普云农种质资源保存库就是采用低温保存种质资源的设施,它的建立与利用,可以有效延长种子的保存时间,同时保持其活性,是对其基因保护的最佳方式,目前托普云农种质资源保存库也广泛应用于种植资源的抢救中。

同时托普云农种质资源保存库对于入选的种子资源也有要求,比如能够进入种质资源保存库的种子通常是能通过种子繁殖维持物种遗传完整性的各类植物种质资源,也就是说需要是基因完整的种子类型,同时还要求此类种子是正常型的种子,即应是耐低温和耐干燥类型的。

一、托普云农种质资源保存库制冷部分:

1.冷冻机组采用全自动控制方式,压缩机选用美国艾默生谷轮涡旋式高性能压缩机,机组机组采用低噪音风机以及风机压力控制系统。

2.内机低噪音冷风机2套,外机低噪音箱式机组2套的双压缩机模式:

A据故障状态轮值。当一台机组有故障出现,则备用机组立即启动,最大限度保护种子

B据时间轮值。进行小时、日的运行时间轮值切换,延长机组寿命和等时运行。

C.据冷量轮值。当一台机组冷量不能达到冷量要求,则第二台机组马上投入运行;而当系统出现冷量需求在一定程度的降低,则备用机组自动再切换到备用状态。

二、托普云农种质资源保存库除湿部分要求:

除湿机为低温转轮除湿机,确保在零下的环境里可以除湿。

三、托普云农种质资源保存库的意义:

为了发掘和收集各种农作物品种种子,科学地加以贮藏,使种质在十几年甚至数十年之后仍具有原有的遗传特性和很高的发芽力,对于品种改良,培育高产、优质、抗逆性强的新品种,并为生物学的理论研究提供丰富的种质和研究材料具有重要意义。

贮藏环境(主要指温度和湿度)对种子的寿命影响很大。根据库内温、湿度环境的不同,种子贮藏建筑可分为3类:

①长期贮藏库,温度-10℃以下,相对湿度30~40%%左右,贮藏期为30年以上;

②中期贮藏库,温度0~5℃,相对湿度40~60%,贮藏期为5-15年左右;

③短期贮藏库,温度10~15℃,相对湿度50~60%,贮藏期为3-5年;

传感器类型:铂电阻

通讯接口:RS485,USB

记录存储功能:有

库板厚度:长期大于12CM,中期库大于10CM

内置蜂鸣报警功能:可选,

另可选配外置声光报警和短信报警

显示功能:手触液晶显示

电源:外接直流380V电源

五、托普云农种质资源保存库技术参数:

1.在建筑面积5.3*5.6*

2.5米里独立控制制泠及除湿。

2.采用进口双制冷机组。

3.制冷设备室外机置于墙外。

4.控制系统全彩色手触摸屏进行控制。

5.显示内容:当前时间、温度、湿度及记录曲线。

6.历史数据记录数量:15000组数据,既可直接显示,又可用计算机下载。

7. 温控范围:-5℃~10℃库温

8.温度波动度:±1.5℃

9.控湿范围:60%RH以下

10.湿度波动度:±7%RH-10%RH

11.压缩机:压缩机选用进口高性能压缩机,机组机组采用低噪音风机以及

风机压力控制系统。

12.内机低噪音冷风机2套,外机低噪音箱式机组2套

13.电源:50Hz,380V三相五线制。

14.灭菌方式:紫外线灯。

15.光照度控制范围:采用节能型三防荧光灯照明系统350LUX达到操作照度即可。

六、育种信息化其他设备:

育种信息过程管理平台、育种信息移动采集终端、育种小区远程监控系统、种质资源保存库管理系统、麦穗形态测量仪、水稻剑叶夹角测量仪、油菜分支角度测量仪

七、托普云农种质资源保存库的系统功能:

1、触摸屏液晶操作界面,可根据贮藏货物种类的不同选择最佳制冷或除湿的运行模式,控制精度高。

2、双温双待系统,双压缩机,双风道,在第一个系统有故障时,另一个系统立即启动,保证系统不间断工作

3、可与计算机通讯,记录数据。完全做到无人值所,在线实时24小时连续的采集和记录监测点位的温度、湿度变化情况,以数字、图形和图像等多种方式进行实时显示和记录存储监测信息,监测点位可扩充多达上千个点。

4、可设定各监控点位的温度、湿度报警上下限值,当出现被监控点位数据异常时可自动发出报警信号。报警方式包括:现场多媒体音响、声光报警器、网络客户端报警、手机短信息报警等。上传报警信息并进行本地及远程监测。

5、控制软件的编制采用软件工程管理,开放性与可扩充性极强,由于采用硬件功能的软件化的系统设计思想及系统硬件的模块化、通讯网络化设计,系统

可根据需要升级软件功能与扩展硬件种类。

八、托普云农种质资源保存库库体要求:

1.库体五面采用聚氨酯双面彩钢保温板(厚度100mm)。

2.保存库保温门:开一扇800mm宽×2000mm高大门,每扇门开启方式为外单开启,确保内部开启优先(在外部锁闭情况下仍旧确保内部能够直接开启,保证操作人员的安全)。

3.大门密封及结构:门框的密封采用特制的耐高低温的硅橡胶密封条,在门框处加装门框加热丝以防在低温情况下门框处凝露;门把手、饺链采用日本进口优质产品,可保证其强度,防止掉落;门框四周加强,即在门发泡前,在大门内侧焊接加强筋,可保证其强度,防止门的变形。

4.气压平衡装置:为了避免库房内温度的变化而引起库房内外压力差对库房强度的影响,在每个库房侧壁处安装一套重力关闭型压力平衡装置。

5.库房内侧上方装有吊顶式冷风机和匀流送风板,匀流送风,提高库房内整体送风效率,进门有风幕保温隔离系统

6.暖通管道系统内材料为铜管。

7.内部地面:地面需采用专门的地面保温材料(隔热XPS保温板),加上铺设钢筋混凝土承重结构,上铺PVC地胶板。达到:防水防滑,耐磨,保养方便:平常用清水拖把擦洗即可,遇有污渍,用橡皮擦或稀料擦试即可干净。防火阻燃/耐酸碱。

九、托普云农种质资源保存库主控系统功能:

1. 全新动态恒温恒湿控制系统,响应快,精度高。

2.任意设定的温度、湿度控制参数,自动构成局部的微气候环境。触摸屏尺寸不小于5.7英寸,所有的参数显示和设定均可在触摸屏上进行,在全彩色触摸屏上进行参数设置等操作的功能,可根据种子种类的不同选择最佳制冷或除湿的运行模式,可在触摸屏上直接设置温度,湿度,时间,模式等参数, 具有实时温湿度,历史温湿度数据曲线,设备运行状态显示,故障图形代码显示等专用功能。

3.整个控制系统具有计算机通讯接口,如有需要可以安装上位机软件对整个控制过程进行全程监控,对库房的的温湿度数据进行电脑数据显示、曲线显示、数据记录以及打印等。

4.各档程序参数长期记忆,系统意外断电后可以自动恢复运行,并且不影响原来参数的设定,可按原有的设置继续运行,充分保证试验工作的连续性。

5.高温报警,异常报警功能:可设定各监控点位的温度、湿度报警上下限值,当出现被监控点位数据异常时可自动发出报警信号。报警有三种方式组成:声光

警灯报警、电脑屏幕画面报警和短信群发报警。短信可同时通知多人,扩大故障发生后的知情人数量。主机时实及历史故障信息均可查询。

6.该系统采用低功耗设计,可有小型UPS直接拖动工作,确保断电情况下报警信息(声光,屏幕,短信群发)能正常发送。

国家级畜禽遗传资源基因库名单

附件1: 第一批国家级畜禽遗传资源基因库名单(6个) 编号 基因库名单 建设单位 A1101 国家级家畜基因库 全国畜牧总站畜禽牧草种质资源保存利用中心 A2202 国家级蜜蜂基因库(吉林) 吉林省养蜂科学研究所 A3203 国家级地方鸡种基因库(江苏) 江苏省家禽科学研究所 A3204 国家级水禽基因库(江苏) 江苏畜牧兽医职业技术学院 A3305 国家级地方鸡种基因库(浙江) 浙江光大种禽业有限公司 A3506 国家级水禽基因库(福建) 福建省石狮市水禽保种中心 附件2: 第一批国家级畜禽遗传资源保护区名单(16个) 编号 保护区名单 建设单位 保护区范围 B1405001 国家级广灵驴保护区 山西省广灵县畜牧局 山西省广灵县境内,东至蕉山乡东蕉山村,西至南村镇赵家坪村,南至宜兴乡三间房村,北至斗泉乡后山窑村,涉及8个乡镇 B1506001 国家级阿拉善双峰驼保护区 内蒙古阿拉善左旗家畜改良站 内蒙古阿拉善左旗境内,包括北部戈壁保护区(即乌力吉,银根苏木,图克木苏木的锡尼乌素嘎查,诺尔公苏木的伊和布拉格,哈日木格台嘎查,巴彦洪格尔苏木的巴音温都尔嘎查),乌兰布和沙漠保护区(即敖龙布鲁格镇的和平嘎查,查干德日斯嘎查,巴音木仁苏木的好来宝嘎查,巴彦洪格尔苏木的呼和温都尔,查干温都尔格嘎查,乌素图镇的哈夏图地区,吉兰太镇的召素陶勒盖,哈图胡都格嘎查和巴特尔布拉格嘎查的巴特尔布拉格,达力克,哈腾乌素地区)和腾格里沙漠保护区(即腾格里,查干布拉格,哈什哈,超格格图呼热苏木,锡林高勒镇的锡尼胡都格,沙日布日都嘎

查,豪斯布尔都苏木的沙日布拉格,好腾淖尔嘎查,嘉尔嘎拉赛汉镇的乌兰胡都格嘎查,通古淖尔苏木的英格图,特莫图,通古淖尔嘎查) B1503001 国家级内蒙古绒山羊(阿拉善型)保护区 内蒙古阿拉善左旗家畜改良站 内蒙古阿拉善左旗北部敖仑布鲁格镇,吉兰泰镇和巴音诺尔公苏木 B1504001 国家级蒙古马保护区 内蒙古锡林郭勒盟畜牧工作站 内蒙古锡林郭勒盟西乌珠穆沁旗巴彦胡舒苏木和白音花镇 B2317001 国家级东北黑蜂保护区 黑龙江饶河东北黑蜂国家级自然保护区管理局 黑龙江省饶河县 B3203002 国家级湖羊保护区 江苏省苏州市吴中区东山镇动物防疫站 江苏省苏州市吴中区东山镇 B3504002 国家级晋江马保护区 福建省晋江市畜牧兽医站 福建省晋江市龙湖,深沪,金井,英林和东石乡(镇) B3702001 国家级渤海黑牛保护区 山东省无棣县畜牧局 山东省无棣县竭石山镇,车镇乡和柳堡乡 B3705002 国家级德州驴保护区 山东省无棣县畜牧局 山东省无棣县竭石山镇,马山子镇和埕口镇 B4301001 国家级宁乡猪保护区 湖南省宁乡县畜牧水产局 湖南省宁乡县流沙河镇 B4504003 国家级百色马保护区 广西德保县畜牧技术推广站 广西德保县巴头,马隘,那甲乡,城乡和燕峒乡(镇) B5001002 国家级荣昌猪保护区 重庆市荣昌县畜禽品种改良站 重庆市荣昌县双河镇和昌元镇 B5301003 国家级藏猪保护区

全基因组表达谱分析方法(DGE)

全基因组表达谱分析方法(DGE)----基于新一代测序技术的 技术路线 该方法首先从每个mRNA的3’端酶切得到一段21bp的TAG片段(特异性标记该基因);然后通过高通量测序,得到大量的TAG序列,不同的TAG序列的数量就代表了相应基因的表达量;通过生物信息学分析得到TAG代表的基因、基因表达水平、以及样品间基因表达差异等信息。技术路线如下: 1、样品准备: a) 提供浓度≥300ng/ul、总量≥6ug、OD260/280为1.8~2.2的总RNA样品; 2、样品制备(见图1-1): a) 类似SAGE技术,通过特异性酶切的方法从每个mRNA的3’末端得到一段21bp 的特异性片段,用来标记该基因,称为TAG; b) 在TAG片段两端连接上用于测序的接头引物; 3、上机测序: a) 通过高通量测序每个样品可以得到至少250万条TAG序列; 4、基本信息分析: a) 对原始数据进行基本处理,得到高质量的TAG序列; b) 通过统计每个TAG序列的数量,得到该TAG标记的基因的表达量; c) 对TAG进行注释,建立TAG和基因的对应关系; d) 基因在正义链和反义链上表达量间的关系; e) 其它统计分析; 5、高级信息分析: a) 基因在样品间差异表达分析; b) 库容量饱和度分析;

c) 其它分析; 测序优势 利用高通量测序进行表达谱研究的优势很明显,具体如下: 1.数字化信号:直接测定每个基因的特异性表达标签序列,通过计数表达标签序列的数目来确定该基因的表达量,大大提高了定量分析的准确度。整体表达差异分布符合正态分布,不会因为不同批次实验引起不必要的误差。 2.可重复性高:不同批次的表达谱度量准确,能够更准确的进行表达差异分析。 3.高灵敏度:对于表达差异不大的基因能够灵敏的检测其表达差异;能够检测出低丰度的表达基因。 4.全基因组分析,高性价比:由于该技术不用事先设计探针,而是直接测序的方式,因此无需了解物种基因信息,可以直接对任何物种进行包括未知基因在内的全基因组表达谱分析,因此性价比很高。 5.高通量测序:已有数据表明,当测序通量达到200万个表达标签时,即可得到样本中接近全部表达基因的表达量数据,而目前每个样本分析可以得到300 万~600万个表达标签。

水产动物育种复习题

一、名词解释 1.人工雌核发育:是指用遗传失活的精子激活卵子的发育,精子不参与合子的形成,卵子仅靠雌核发育成胚胎的现象。 2.雌核发育:是指卵子在精子的刺激下,依靠自身的细胞核发育成个体的一种有性生殖方式。 3.品系:是指来源于一个亲本对(或共同祖先)形成的群体,它具有突出的特点和性状、相对稳定的遗传性和一定数量的个体。 4.原种:是指取自模式种采集水域或取自其他天然水域并用于养(增)殖生产的野生水生动物种以及用于选育种的原始亲本。 5.本地种质资源:主要指原产于本地或养殖很久地方品系或品种,它的特点是对本地自然条件有高度适应性。 6.引种驯化:多数引种对象引种到一个地区以后,一般不需要驯化,因为引种对象在培育过程中已经具有适应引种地区的性状,但有些品种的适应的范围小,或者是地区间环境差异较大,跨国跨地区的引种就需要驯化过程,这种驯化的结果往往是形成新的品种。 7.质量性状:指品种的一系列符合孟德尔遗传定律,呈间断变异的性状。 8.选择反应:是一种衡量选择效果的指标,指受选择性状经一世代的选择后,性状平均值的变化情况,在数值上等于选择亲本所繁育的子代表现型平均值减去选择前群体的表型平均值。 9.选择强度:是标准化的选择差,在数值上等于选择差除以被选择群体的表型值标准差。 10.引入育成杂交:又称导入杂交、改良杂交,是为了获得更高的经济效益或根据挡当地的自然条件、经济条件和生产需要以及原有地方品种品质等所客观确定的育种目标,通过引入品种对原有地方品种的某些缺点加以改良而使用的杂交方式。 11.后裔鉴定:又称后裔测定,是根据繁殖亲本后代的质量来评定亲本的种用价值的选择育种技术,其突出优点是能迅速判别亲本的基因型。 12.Hertwig effec t:通常伴随着对精子的放射线照射剂量的增高,失活精子受精后胚胎的成活率降低,当照射超过某一剂量时,成活率反而回升,这种现象称作…. 13.混杂现象:指品种内具有了本品种不应该具有的基因或遗传物质,使得品种表现出非本品种固有的性状或性能,同时也降低了品种的生产性能。 14.报告基因:是一种编码可被检测的蛋白质或酶的基因。 15.基因工程:又称基因操作,是指将一种或多种生物的基因与载体在体外进行拼接重组,然后转入另一种生物体内,使之按照人们意愿遗传并表达出新的性状。 16.转基因动物:将外源基因转染并整合到动物受体细胞基因组中,从而形成在体表达外源基因的动物。 17.遗传漂变:是指一个小群体脱离原群体或与原群体发生生殖隔离几个世代后的遗传变异。 18.杂种优势率:即杂种优势大小的表示方法,是指在某一性状上,F1的计量值与双亲平均值差数的比率。 19.多倍体品种: 20.退化235:是指由于品种原先具有的异质基因(等位基因)流失导致生产性能衰退的现象。

手把手教你Oracle数据库转换SQL Server

手把手教你Oracle数据库转换SQL Server 2010年11月26日14:33IT168 字号:T|T 近期为公司的一个项目数据库进行了转换,将Oracle的Db转换为SqlServer(2000或2005均可),一开始在网上找了一些资料,发现有个工具叫SwisSql的,尝试了一下,没成功,继续查找.后来经同事提醒,使用SqlServer的导入和导出工具,尝试一下,确实可以转换.操作步骤如下所述. 所需要的环境比较简单,就是本机可以同时连接Oracle和SqlServer即就,注意:这里不必为Oracle数据库建立ODBC,采用直连方式即可,需要新建一个SqlServer数据库,用于加载Oracle的数据.下面以SqlServer2005为例 l 步骤1 打开Sqlserver,如图-1,选中目标数据库,右键->任务->导入数据 转播到腾讯微博

图-1 l 步骤2: 选择”导入数据”菜单,会出现向导,点击下一步,出现如图-2所示界面 转播到腾讯微博

图-2 这里要说明下,最好选择”MicroSoft OLE DB Provider for Oracle方式,选择另外一种方式导入数据时会报错. 输入服务器名称和用户密码,测试成功后,一定要勾选”允许保存密码” l 步骤3 此步骤就是选择目标数据库,如图-3所示 转播到腾讯微博

图-3 步骤4 导入数据有两种方式,一种方式是可视化选择Db表或视图;另一种方式是通过sql语句实现,一般批量导入选择第一种方式 转播到腾讯微博

图-4 l 步骤5 此步骤就是选择我们需要导入的Db对象,如图-5所示 转播到腾讯微博

国家基因库建设项目立项环境影响评估报告书

深圳国家基因库环境影响报告书 (简本) 委托单位:深圳华大基因研究院 编制单位:深圳市环境科学研究院 二〇一二年八月

目录 1建设项目概况 (3) 2环境现状和主要环境问题 (4) 3环境影响预测与评价结论 (6) 3.1 施工期环境影响预测与评价 (6) 3.2 运营期环境影响预测与评价 (9) 4建设项目的环境可行性 (15) 4.1 产业政策以及规划符合性 (15) 4.2 项目选址和总图布置合理性 (15) 4.3 清洁生产水平 (16) 4.4 污染物达标排放 (16) 4.5 环境保护措施以及投资 (16) 4.6 总量控制 (17) 4.7 公众参与 (17) 5综合结论 (19)

1 建设项目概况 项目名称:深圳国家基因库。 建设单位:深圳华大基因研究院。 建设地点:深圳市大鹏新区大鹏街道下沙禾塘仔。 建设性质:新建。 建设规模:项目总用地面积50239.46 m2,其中建设用地面积44818.96 m2。项目总建筑面积88428 m2,总计容积率建筑面积80000 m2,其中一期计容建筑面积37300 m2,二期计容建筑面积42700 m2。项目设机动车车位277个。基因信息数据库(干库)主要建设储存生物基因组、转录组和蛋白质组学数据的基因信息数据库,构建高性能计算储存集群系统,实现对数据总量达1EB(1018字节)量级的访问支持。生物样本资源库(湿库)建设完善生物样本库及配套的自动化样本处理流水线,完成保存3000万份可溯源的生物实验样本。本项目实验室为生物安全二级实验室。 项目投资:11.8亿元人民币。

2 环境现状和主要环境问题 (1)环境空气质量现状监测与评价 根据《2011年深圳市龙岗区大鹏街道第三季度环境质量监测数据统计表》,区域2011年第三季度SO2、NO2和PM10年均浓度均达到《环境空气质量标准》(GB3095-1996)及修改通知单(环发[2001]1号)中的二级标准。 本评价在本项目选址区和王母社区共布设2个大气环境现状监测点,委托深圳市高迪科技有限公司作1期监测,监测因子包括SO2、NO2、PM10、TVOC,监测结果表明项目选址区和王母社区大气污染物浓度均能满足相应环境空气质量标准,并且除PM10占标率较高外,其他污染物占标率较低。区域SO2和NO2昼间小时平均浓度略高于夜间小时平均浓度,可能与周边区域交通活动昼间强于夜间有关。 (2)地表水环境质量现状监测与评价 本评价委托高迪深圳市高迪科技有限公司于2012年4月26日对项目选址区内山沟的上游、中游和下游3个断面的水质监测结果表明,除总大肠菌群轻度超标外,山沟各断面各监测因子均能达到《地表水环境质量标准》(GB3838-2002)V类标准,区域地表水可能受到苗圃生活污染源的轻微影响。 (3)地下水环境质量现状监测与评价 引用《深圳沿海带浅层地下水的稳定同位素与地球化学》(杨巧凤等,2009,水文地质工程地质,第37卷第5期)中的地下水监测数据。该文献于2008年8月在深圳市沿海带共取64件浅层地下水样,井深0.84~8.67m。其中,在本项目选址东北侧300米范围内设有1处地下水采样监测点,该采样点监测结果显示氯化物浓度<100mg/L,满足《地下水质量标准》(GB/T14848-93)III类标准限值。 本评价在本项目选址区设有31个地下水水位监测点和3个地下水水质监测点。根据各钻孔点的出水情况,能探到地下水水位的钻孔点有22个,主要分布于项目选址区西南侧以及西北至东南方向的山沟两侧。项目选址区西北侧的地下水水位高程在58~61米之间,选址区西南侧的地下水水位高程在62~69米之间,选址区东南侧的地下水水位高程在56~60米之间。由此可判断地下水流向为自西北向东南流动,与地表水的流向一致。 选址区地下水各监测因子中,总大肠菌群超出《地下水质量标准》

基因表达谱测序

基因表达谱测序 背景介绍 基因表达谱分析利用HiSeq 2000高通量测序平台对mRNA进行测序,获得10M读长为49nt的原始reads,每一个reads可以对应到相应的转录本,从而研究基因的表达差异情况。与转录组测序相比,基因表达谱分析要求的读长更短,测序通量更小,仅可用于基因表达差异的研究。该方法具有定量准、可重复性高、检测阈值宽、成本低等特点,能很好的替代以往的数字化表达谱分析。 技术路线

生物信息学分析 送样要求 样品要求 1. 所需Total RNA 的量均不少于 20μg/文库,Total RNA 可以保存在DEPC 处理过的水中、75%的乙醇、异丙醇中,具体以什么方式保存请注明。 2. 如提供实验材料为动物组织材料,样品质量需大于2g ; 3. 如提供实验材料为植物样品,样品质量需大于4g ; 4. 如提供实验材料为培养细胞,请提供1×107培养好的细胞; 5. 如提供实验材料为血液样品,请提供≥2ml 的样品。 我们强烈建议在送样的同时客户做好备份,以备后续实验之用。 样品纯度要求 1. OD 260/OD 280在1.8- 2.0之间,RNA 无降解、28S 和18S 核糖体RNA 条带非常亮且清晰(其

大小决定于用于抽提RNA的物种类型),28S的密度大约是18S的2倍;Agilent 2100检测仪分析RNA完整性数据RIN≥8。 2. 无蛋白质、基因组DNA污染,如有污染请去蛋白并进行DNase I处理。 请提供至少一种样品的凝胶电泳或者Agilent 2100检测仪检测图片,并注明其浓度、体积、OD260/OD280、溶剂名称、制备时间、物种来源以及特别备注。最终以我方定量、质检为准。 样品采集 为了保证提取RNA的完整性,确保后续实验的顺利进行,请务必确保样品的新鲜,对于如何确保样品的新鲜针对不同的样品获取材料的方法如下: 1. 动物组织:从活体上迅速的取下组织(切成黄豆粒大小的块状),每切成一个黄豆粒大小的块状立即放入液氮中,重复上述操作,直至足够提取总RNA的量;准备一个50ml的离心管,做相应的标记(样品名称、编号、客户姓名、时间),最好既在管盖上做好标记,也在管壁上做好相应的标记,先放入液氮中预冷2-3min,拿出离心管(离心管的下部分还是保持在液氮中),打开离心管的盖子,将液氮中黄豆粒大小的块状收集进离心管中。 2. 植物组织: (1)如所采集的是果实、麦穗等体积偏大的样品,收集样品请参照1.动物组织取样方法;(2)如采集的是叶片等体积偏小的样品,请尽量采集嫩叶、幼芽等,每采集一片叶片立即放入液氮中,直至足够提取总RNA的量,后续操作请参照动物组织的采集。 (3)如是植物的花,在采集花骨朵的时候请尽量不要采集到花萼、叶片等,每采集一个花骨朵请立即放入液氮中,直至足够提取总RNA的量;后续操作请参照动物组织的采集。3. 如提供实验材料为菌丝体,请取500μl的菌液于1.5ml离心管中,离心去上清,剩余菌丝体放入液氮或干冰中,请提供不少于5管的菌丝体。 样品运输 从液氮中取出准备好的样品,请立即放入干冰中,并用干冰掩埋好样品。请填写完整订单,放入自封袋中与样品一起邮寄。为防止RNA的降解,请确保干冰的量足够运送到目的地。我们强烈建议在寄送RNA样品时将RNA保存在75%的乙醇或异丙醇中。 如是特殊样品,关于送样量和保存问题请与我们联系沟通,以便双方共同协商解决。 提供结果 根据客户需求,提供不同深度的信息分析结果。

水产动物育种学试卷及参考答案

水产动物育种学试卷及 参考答案 IMB standardization office【IMB 5AB- IMBK 08- IMB 2C】

一、名词解释基因迁移:也称为基因移居,是指具有某一基因频率群体的一部分,因某种原因移至基因频率不同的另一群体,并杂交定居,从而改变了群体的基因频率,这 种影响也称迁移压力。迁移压力的增强可使某些基因从一个群体有效地散 布到另一群体中。大规模的迁移会形成强烈的迁移压力引起群体遗传结构 的改变。 家系选择:从混有不同类型的原始群里选出优良个体留种,建立若干家系并繁殖后代,家系内逐代淘汰劣质个体,家系间逐步淘汰劣质家系,选留超越原始 群体及对照品种、符合原定选择指标的优良家系,进而参加品系产量测 定,称为家系选择。 特殊配合力:指某特定组合的实际产量,与根据其双亲的一般配合力算得的理论值的偏差。它受基因的显性效应和非等位基因互作效应控制。 Hertwig效应:采用物理射线处理精子时,通常伴随着照射剂量的增高, 受精后胚胎的成活率降低;当照射超过某一剂量时,成活率反而回升,这种现象称作Hertwig 效应 选择反应:是一种衡量选择效果的指标,指受选择性状经一世代的选择后,性状平均值的变化情况,在数值上等于选择亲本所繁殖的子代表型平均值(Yf)减去选 择前群体的表型平均值(Y),即R=Yf-Y。 二、判断题 1.狭义的遗传多样性指种内或种间表现在分子、细胞、个体三个水平的遗传变异 度。(×)(√)

2.所谓表型相关就是两个数量性状表型变量间的相关。 (√) 3.在育种和生产实践上,严格地说,只要有一对基因不同的两个个体进行交配,便 是杂交。(×) 4.原始生殖细胞在未进入生殖嵴之前,既可分化为精原细胞,又可分化为卵原细 胞,(√) 5.水产动物的性别包括两个方面,其一是由其生理构成所表现出的性别,称为遗传性 别。(×) 6.水产动物性染色体的主要决定类型分为XX-XY型、XX-XO型、ZW-ZZ型和ZO-ZZ 型。(√) 7.群体品种的生长性能是靠其遗传上的同质性来达到的。(×) 三、选择题 1.与影响驯化速度无关的因素是C。 A、A、遗传基础 B、环境变异 C、自然选择 D、选择作用 2.两性繁殖鱼类排出的卵子处于B。 A、A、第一次成熟分裂中期 B、第二次成熟分裂中期 B、C、第一极体排出时D、第二极体排出时 中,G代表B。 3.表型方差分析的数学模型P=G+E+I GE A、A、表现型值 B、基因型值 C、环境作用 D、互作偏差效应值 4.下列哪项不属于高技术品种C。 A、 A 、多倍体品种 B、雌核发育品种 C、育成品种 D、转基因品种

第24章 基因表达谱分析的生物信息学方法思考与练习参考答案

第24章 基因表达谱分析的生物信息学方法 思考与练习参考答案 1.据教材表24–3提供的数据信息可以构建一棵决策树,请利用最大信息增益方法写出如何选出根结点中用于分割的特征。 教材表24-3 天气情况与是否去打球的关系数据集 注:该信息表示根据天气情况决定是否出去打球,数据集共包含14个样本,两个类别信息(Yes 、No ),每个样本包含3 个特征信息(Outlook 、Temp 、Windy )。 解:计算用每一个特征进行分割时所获取的信息增益,取信息增益最大的那个特征作为分割特征,以Outlook 特征为例计算(参照练习图24-1) 练习图24-1 同Outlook 特征进行分割所获得的信息增益 )14 9 log 149145 log 145()(220+-=S H

)5 2 log 5253 log 53()(2211+-=S H 0)4 4 log 44()(212=-=S H )52 log 5253 log 53()(2213+-=S H )(14 5 )(144)(145)(1312111S H S H S H S H ++= infor-gain (Outlook )=)()(10S H S H - 同理,计算其他两个特征的信息增益,最后从三个值中选取最大的一个对应的特征作为根结点的分割特征。 2.请从https://www.360docs.net/doc/5018455947.html,/上下载一原始未经标准化的表达谱数据,并对该数据进行如下分析: (1)对数据进行标准化处理。 (2)对数据进行分类分析。 (3)分别对基因和样本进行聚类分析。 (4)选择特征基因。 (答案略)

基因组数据库

基因组数据库 文章来源:北大生物信息中心 基因组数据库是分子生物信息数据库的重要组成部分。基因组数据库内容丰富、名目繁多、格式不一,分布在世界各地的信息中心、测序中心、以及和医学、生物学、农业等有关的研究机构和大学。基因组数据库的主体是模式生物基因组数据库,其中最主要的是由世界各国的人类基因组研究中心、测序中心构建的各种人类基因组数据库。小鼠、河豚鱼、拟南芥、水稻、线虫、果蝇、酵母、大肠杆菌等各种模式生物基因组数据库或基因组信息资源都可以在网上找到。随着资源基因组计划的普遍实施,几十种动物、植物基因组数据库也纷纷上网,如英国Roslin研究所的ArkDB包括了猪、牛、绵羊、山羊、马等家畜以及鹿、狗、鸡等基因组数据库,美国、英国、日本等国的基因组中心的斑马鱼、罗非鱼(Tilapia)、青鳉鱼(Medaka)、鲑鱼(Salmon)等鱼类基因组数据库。英国谷物网络组织(CropNet)建有玉米、大麦、高粱、菜豆农作物以及苜蓿(Alfalfa)、牧草(Forage)、玫瑰等基因组数据库。除了模式生物基因组数据库外,基因组信息资源还包括染色体、基因突变、遗传疾病、分类学、比较基因组、基因调控和表达、放射杂交、基因图谱等各种数据库。下面介绍两个重要的基因组数据库。 GDB 由美国Johns Hopkins大学于1990年建立的GDB是重要的人类基因组数据库,现由加拿大儿童医院生物信息中心负责管理。GDB数据库用表格方式给出基因组结构数据,包括基因单位、PCR位点、细胞遗传标记、EST、叠连群(Contig)、重复片段等;并可显示基因组图谱,其中包括细胞遗传图、连锁图、放射杂交图、叠连群图、转录图等;并给出等位基因等基因多态性数据库。此外,GDB数据库还包括了与核酸序列数据库GenBank和EMBL、遗传疾病数据库OMIM、文献摘要数据库MedLine等其它网络信息资源的超文本链接。 GDB数据库是用大型商业软件Sybase数据库管理系统开发的,并用Java语言编写基因图谱显示程序,为用户提供了很好的界面,缺点是传输速度受到一定限制。GDB数据库是国际合作的成果,其宗旨是为从事基因组研究的生物学家和医护人员提供人类基因组信息资源。其数据来自于世界各国基因组研究的成果,经过注册的用户可以直接向GDB数据库中添加和编辑数据。

(完整word版)水产动物育种学试卷及参考答案

一、名词解释 基因迁移:也称为基因移居,是指具有某一基因频率群体的一部分,因某种原因移至基因频率不同的另一群体,并杂交定居,从而改变了群体的基因 频率,这种影响也称迁移压力。迁移压力的增强可使某些基因从一个 群体有效地散布到另一群体中。大规模的迁移会形成强烈的迁移压力 引起群体遗传结构的改变。 家系选择:从混有不同类型的原始群里选出优良个体留种,建立若干家系并繁殖后代,家系内逐代淘汰劣质个体,家系间逐步淘汰劣质家系,选留超 越原始群体及对照品种、符合原定选择指标的优良家系,进而参加品 系产量测定,称为家系选择。 特殊配合力:指某特定组合的实际产量,与根据其双亲的一般配合力算得的理论值的偏差。它受基因的显性效应和非等位基因互作效应控制。Hertwig效应:采用物理射线处理精子时,通常伴随着照射剂量的增高, 受精后胚胎的成活率降低;当照射超过某一剂量时,成活率反而回升,这种现象 称作Hertwig效应 选择反应:是一种衡量选择效果的指标,指受选择性状经一世代的选择后,性状平均值的变化情况,在数值上等于选择亲本所繁殖的子代表型平均值 (Yf)减去选择前群体的表型平均值(Y),即R=Yf-Y。 二、判断题 1.狭义的遗传多样性指种内或种间表现在分子、细胞、个体三个水平的遗传变 异度。(×)(√)2.所谓表型相关就是两个数量性状表型变量间的相关。 (√) 3.在育种和生产实践上,严格地说,只要有一对基因不同的两个个体进行交配, 便是杂交。(×) 4.原始生殖细胞在未进入生殖嵴之前,既可分化为精原细胞,又可分化为卵原 细胞,(√) 5.水产动物的性别包括两个方面,其一是由其生理构成所表现出的性别,称为 遗传性别。(×) 6.水产动物性染色体的主要决定类型分为XX-XY型、XX-XO型、ZW-ZZ型和ZO-ZZ 型。(√) 7.群体品种的生长性能是靠其遗传上的同质性来达到的。 (×) 三、选择题 1.与影响驯化速度无关的因素是 C 。 A、A、遗传基础 B、环境变异 C、自然选择 D、选择作用 2.两性繁殖鱼类排出的卵子处于 B 。 A、A、第一次成熟分裂中期 B、第二次成熟分裂中期 B、C、第一极体排出时D、第二极体排出时 中,G代表 B 。 3.表型方差分析的数学模型P=G+E+I GE A、A、表现型值 B、基因型值 C、环境作用 D、互作偏差效应值 4.下列哪项不属于高技术品种 C 。 A、A、多倍体品种 B、雌核发育品种 C、育成品种 D、转基因品 种

access与SQL数据库之间的转换

用Access将XLS与MDB文件格式互相转换 最近,网络管理员在服务器上分给我一块空间,用来展示一些资料。为了方便大家在网络上查询,便作了一个简单的ASP查询系统,其中所链接的是MDB格式的Access数据库,而在建网之前,资料是用Excel表格 将ACCESS转化成SQL2000要注意的问题 很多朋友想用SQL2000数据库的编程方法,但是却又苦于自己是学ACCESS 的,对SQL只是一点点的了解而已,这里我给大家提供以下参考---将ACCESS 转化成SQL2000的方法和注意事项一,首先,我说的是在ACCESS2000,SQL2000之间转换,其他的我也还没有尝试过,希望大家多多试验,肯定是有办法的; MicrosoftAccess秘密技巧和陷阱 不正确地调用Windows应用程序接口可能会产生一些意想不到的副作用,以及潜在地对一个应用程序的代码及数据段的破坏。正确地使用一个空的32位指针在MicrosoftAccess中是十分必要的。当对表格和报表进行操作时,MicrosoftAccess有一个无正式文本的特性。这个特性允许你从设计视窗性质sheetwindow中进行过程调用,调用的方法时同时按下shift和F2键 在ASP程序中访问Access数据库 在基于微软IIS/PWS的网络平台上,通过服务器端运行的ASP程序来访问后台数据库,是一种最常见的模式了。而对于小型的数据库应用需求,微软的Access数据库,应该是与ASP程序配套使用的首选。由于Access数据库的ODBC驱动程序支持的SQL指令全,执行效率高,所以Access后台数据库+ASP 服务器端程序+客户端IE浏览器,是一个精练实用高效的组合模式。 建立Access 数据库的安全门 在Office 2000下,Access数据库的安全机制已经更为完善。除了对数据库设置密码保护,对数据库进行编码压缩,还可以启用用户级的安全机制,在用户级别上控制对数据库的访问。一、数据库设置密码对于单机使用的数据库或者是需要工作组共享的数据库,仅设置密码保护较为合适。知道密码的组成员,都有数据库的完全操作权限,彼此之间的使用权限没有什么区别。 以独占方式打开Access数据库 在默认情况下,Access 2000/2002数据库是以“共享”的方式打开的,这样可以保证多人能够同时使用同一个数据库。不过,在共享方式打开数据库的情况下,有些功能比如压缩和修复数据库是不可用的。此外,当系统管理员要对数据库进行维护时,也不希望他人打开数据库。以下的方法可以让你以独占的方式打开Access数据库。 给你的数据库文件减肥 在数据库的设计过程中经常要添加、删除数据库对象,这会使数据库内部留有许多碎片,不能有效地利用磁盘空间,文件会逐渐增大。

scar分子标记技术及其在水产动物研究中的应用

SCAR分子标记技术及其在水产动物研究中的应用 SCAR分子标记技术及其在水产动物研究中的应用 摘要:特异性片段扩增区域(SCAR)标记是建立在RAPD-PCR标记技术基础上的一种单基因位点多态性标记技术。与其他的分子标记相比,它具有操作简捷,快速准确,成本较低,单位点多态性高,特异性和重复性较高,稳定性好等特点,是一种有效的分子标记。因此,随着近几年分子生物学的快速发展,在种质纯度及品种鉴别、分子标记辅助育种、高密度遗传图谱构建、抗病基因连锁定位等方面得到了广泛应用。文章回顾国内外有关SCAR标记的研究进展,着重阐述SCAR 标记在水产动物研究中的应用,为后期相关的研究工作提供分子遗传学依据。 关键词:SCAR标记;水产动物;应用 中图分类号:S917 文献标识码:A 文章编号:1674-0432(2013)-04-0251-1 特异性片段扩增区域(Sequence Characterized Amplified Region,SCAR)是由PARAN I和MICHELMORE RW在1993年首次提出的。该分子标记建立在RAPD-PCR分子标记基础之上的一种新型有效的分子标记技术[1],主要是基于特异的RAPD片段序列,以两端序列设计1对引物(含18-24个碱基),并且在较高的退火温度下进行的特异性序列扩增,从而实现由RAPD标记到SCAR标记的转化。SCAR 标记直接采用专一性特异引物进行PCR扩增,避免了引物筛选、估算相似性等复杂的过程,且排除了随机引物结合位点之间的竞争,使稳定性和重复性显著提高。目前,SCAR分子标记技术已被广泛的应用于基因定位、辅助育种、种质鉴定和遗传连锁图谱构建等方面研究。[2-5] 1 SCAR标记的原理 SCAR标记主要是在序列未知的DNA标记(RAPD,AFLP等)基础上,对其特异PCR扩增产物进行回收,克隆和测序,根据扩增产物的两端序列设计特异性引物(一般比RAPD引物长,通常18-24个碱基),

基因表达谱芯片的数据分析

基因表达谱芯片的数据分析(2012-03-13 15:25:58)转载▼ 标签:杂谈分类:生物信息 摘要 基因芯片数据分析的目的就是从看似杂乱无序的数据中找出它固有的规律, 本文根据数据分析的目的, 从差异基因表达分析、聚类分析、判别分析以及其它分析等角度对芯片数据分析进行综述, 并对每一种方法的优缺点进行评述, 为正确选用基因芯片数据分析方法提供参考. 关键词: 基因芯片; 数据分析; 差异基因表达; 聚类分析; 判别分析 吴斌, 沈自尹. 基因表达谱芯片的数据分析. 世界华人消化杂志2006;14(1):68-74 https://www.360docs.net/doc/5018455947.html,/1009-3079/14/68.asp 0 引言 基因芯片数据分析就是对从基因芯片高密度杂交点阵图中提取的杂交点荧光强度信号进行的定量分析, 通过有效数据的筛选和相关基因表达谱的聚类, 最终整合杂交点的生物学信息, 发现基因的表达谱与功能可能存在的联系. 然而每次实验都产生海量数据, 如何解读芯片上成千上万个基因点的杂交信息, 将无机的信息数据与有机的生命活动联系起来, 阐释生命特征和规律以及基因的功能, 是生物信息学研究的重要课题[1]. 基因芯片的数据分析方法从机器学习的角度可分为监督分析和非监督分析, 假如分类还没有形成, 非监督分析和聚类方法是恰当的分析方法; 假如分类已经存在, 则监督分析和判别方法就比非监督分析和聚类方法更有效率。根据研究目的的不同[2,3], 我们对基因芯片数据分析方法分类如下: (1)差异基因表达分析: 基因芯片可用于监测基因在不同组织样品中的表达差异, 例如在正常细胞和肿瘤细胞中; (2)聚类分析: 分析基因或样本之间的相互关系, 使用的统计方法主要是聚类分析; (3)判别分析: 以某些在不同样品中表达差异显著的基因作为模版, 通过判别分析就可建立有效的疾病诊断方法. 1 差异基因表达分析(difference expression, DE) 对于使用参照实验设计进行的重复实验, 可以对2样本的基因表达数据进行差异基因表达分

利用KEGG数据库进行ID转换

利用KEGG 数据库进行ID 转换 clusterProfiler can convert biological IDs using OrgDb object via the bitr function. Now I implemented another function, bitr_kegg for converting IDs through KEGG API.library(clusterProfiler) data(gcSample) hg head(hg)## [1] '4597' '7111' '5266' '2175' '755' '23046' eg2np ## Warning in bitr_kegg(hg, fromType = 'kegg', toType = 'ncbi-proteinid', ## organism = 'hsa'): 3.7% of input gene IDs are fail to map... head(eg2np)## kegg ncbi-proteinid ## 1 8326 NP_003499 ## 2 58487 NP_001034707 ## 3 139081 NP_619647 ## 4 59272 NP_068576 ## 5 993 NP_001780 ## 6 2676 NP_001487 np2up head(np2up)## ncbi-proteinid uniprot ## 1 NP_005457 O75586 ## 2 NP_005792 P41567 ## 3 NP_005792 Q6IAV3 ## 4 NP_037536 Q13421

全基因组重测序大数据分析报告

全基因组重测序数据分析 1. 简介(Introduction) 通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变,结构变异-SNV,包括重排突变(deletioin, duplication 以及copy number variation)以及SNP的座位;针对重排突变和SNP的功能性进行综合分析;我们将分析基因功能(包括miRNA),重组率(Recombination)情况,杂合性缺失(LOH)以及进化选择与mutation之间的关系;以及这些关系将怎样使得在disease(cancer)genome中的mutation产生对应的易感机制和功能。我们将在基因组学以及比较基因组学,群体遗传学综合层面上深入探索疾病基因组和癌症基因组。 实验设计与样本 (1)Case-Control 对照组设计; (2)家庭成员组设计:父母-子女组(4人、3人组或多人); 初级数据分析 1.数据量产出:总碱基数量、Total Mapping Reads、Uniquely Mapping Reads统计,测序深度分析。 2.一致性序列组装:与参考基因组序列(Reference genome sequence)的比对分析,利用贝叶斯统计模型检测出每个碱基位点的最大可能性基因型,并组装出该个体基因组的一致序列。 3.SNP检测及在基因组中的分布:提取全基因组中所有多态性位点,结合质量值、测序深度、重复性等因素作进一步的过滤筛选,最终得到可信度高的SNP数据集。并根据参考基因组信息对检测到的变异进行注释。 4.InDel检测及在基因组的分布: 在进行mapping的过程中,进行容gap的比对并检测可信的short InDel。在检测过程中,gap的长度为1~5个碱基。对于每个InDel的检测,至少需要3个Paired-End序列的支持。 5.Structure Variation检测及在基因组中的分布: 能够检测到的结构变异类型主要有:

江苏省国家级水禽基因库保种能力提升建设项目

江苏省国家级水禽基因库保种能力提升建设项目 土建安装工程监理招标 一、监理招标需求农业部现代种业提升工程建设项目——江苏省国家级水禽基因库保种能力提升建设项目是由农业部批准建设,土建工程已进行公开招标,土建安装工程总投资约万元。现面向社会公开招标基因库保种能力提升建设项目土建安装工程监理。 二、项目简况与招标范围 .建设地点:泰州市农业开发区苏红路号江苏现代畜牧科技园。 .建设规模:土建及水电安装,总建筑面积,其中鹅多父本家系全封闭保种舍,鹅保种监测舍,单父本家系笼养保种舍,饲料加工车间,生产辅助用房,传达室,水禽育雏舍、孵化室,干粪堆积发酵,鸭保种舍,水禽地面平养家系保种舍。另铺设净道与污道共计,高围网,污水处理池、粪污沉定理池共计。施工图纸及工程量清单中所包含的全部内容均在招标范围内。 .计划工期:计划开工时间年月,竣工时间年月,有效工期天。 .招标范围:鹅多父本家系全封闭保种舍、鹅保种监测舍、单父本家系笼养保种舍、鸭保种舍、水禽地面平养家系保种舍、饲料加工车间、生产辅助用房、传达室、水禽育雏舍、孵化室、干粪堆积区、污水处理池、粪污沉定理池等土建、钢结构、给排水、电照、场区道路、围网及相关养殖设施安装的工程监理。 .本次招标监理服务期:工程施工准备阶段,施工阶段,竣工结算阶段。

三、投标须知和要求 .投标人须具备建设行政主管部门核发的建筑工程监理乙级及以上资质,并在人员、设备、资金等方面具有相应的能力。 .本次招标不接受联合体投标。 .投标时各投标人须带资质原件领取招标文件,验证完毕后退还,资质证书的复印件须加盖公章。 4.投标人应承担其编制投标文件以及递交文件所涉及的一切费用,无论投标结果如何,招标人对投标人的投标文件均不退回,也不支付任何费用。 5.资格审查方式:资格后审。 .投标人须交纳投标保证金元整,开户行:农行泰州分行济川路支行,户名:江苏现代畜牧科技园,账号:。未中标人定标后无息退还保证金,中标人的投标保证金转为履约保证金,于工程竣工验收合格后无息退还。 .投标人出现下列情况之一者,招标人有权取消其中标资格,并没收其投标保证金。 ()投标人未按招标文件的要求递送投标文件; ()投标人在投标有效期内撤回其投标文件; ()投标人未能在招标文件规定的期限内提交履约保证金; ()投标人相互串通投标或有其他违法违规行为; ()中标人无正当理由拒绝签订服务合同。 、特别要求:中标人应认真履行监理职责,施工期间总

药物基因组学相关数据库

药物基因组学数据库 1、Drugbank 2、dgidb 3、pharmGKB 4、cancercommon 5、ChEMBL 6、mycancergenome 7、TTD 8、guidetopharmcology 9、clearityfoundation 10、CIViC https://https://www.360docs.net/doc/5018455947.html,/#/home 11、DoCM https://www.360docs.net/doc/5018455947.html,/ 1 Drugbank 药物和药物靶标资源库。DrugBank是一个独特的生物信息学/化学信息学资源,它结合了详细的药物(例如化学制品)数据和综合的药物靶点(即:蛋白质)信息。该数据库包含了超过4100个药物条目,包括超过800个FDA认可的小分子和生物技术药物,以及超过3200个试验性药物。此外,超过1.4万条蛋白质或药物靶序列被链接到这些药物条目。每个DrugCard条目包含超过80个数据域,其中一半信息致力于药物/化学制品数据,另一半致力于药物靶点和蛋白质数据。许多数据域超链接到其他数据库(KEGG、PubChem、ChEBI、Swiss-Prot和GenBank)和各种结构查看小应用程序。该数据库是完全可搜索的,支持大量的文本、序列、化学结构和关系查询搜索。DrugBank的潜在应用包括模拟药物靶点发现、药物设计、药物对接或筛选、药物代谢预测、药物

相互作用预测和普通药学教育。DrugBank可以在http://www.drugbank.ca 使用。广泛应用于计算机辅助的药物靶标的发现、药物设计、药物分子对接或筛选、药物活性和作用预测等。 在查询中,每一种药物对应1个DrugCard,即我们所得到的检索结果。每一个DrugCard都包含的数据信息分为药物、靶标和酶三部分。 药物信息包括了该药物的CAS号、商品名、分子式、分子量、SMILES、2D 和3D结构、logP、logS、pKa、熔点、吸收性、Caco-2细胞穿透性、药物类别和临床使用、性质描述、剂型与给药途径、半衰期、体内的生物转化、毒性、作用于哪些生物体、食物对服用的影响、与其它药物的相互作用、作用机理、代谢途径、药理学特征、与蛋白质的结合情况、溶解度、物质形态、同义词、关于合成的相关文献等,还与ChEBI、GenBank、PubChem等外部数据库有链接。 靶标的信息包括ID、名称、靶标基因的名称、蛋白质序列、残基数目、分子量、等电点、功能和活性、参与的代谢途径和反应、体内分布、靶标信号、跨膜区域、靶标基因序列及其在GenBank、HGNC等外部数据库中的ID和链接、参考文献,以及在GenBank和Swiss-Prot中的链接。 酶的信息包括名称、蛋白质序列、基因名称、在Swiss-Prot 等数据库中的链接。 在DrugBank的主界面上,在Browse菜单下可以浏览数据库的内容,其中PharmaBrowse为用户提供了分类浏览的功能。这为药剂师、医生以及寻找潜在药物的研究人员提供了方便。在Search下拉菜单下,就是Drug Bank的4类检索方式。ChemQuery允许用户通过绘制结构图或书写SMILES、分子式进行结构搜索。在检索过程中还可以对搜索药物类型、分子量范围、搜索结果相似度、结果数量最大值等进行设置。TextQuery则为文本检索功能。文本检索支持逻辑运算符连接及在特定领域内搜索。例如,在“dextromethorphan”中检索混合物,可以键入“mixtures:dextromethorphan”,即用分号在后面输入领域,同时可以加入逻辑运算符,例如,在“dextrome thorphan”和“doxylamine”2个领域进行检索,可以键入“mixtures:dextromethorphan AND mixtures:doxylamine”。SeqSearch为用户提供了通过序列检索蛋白质的功能。Data Extractor是1

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