gene_ontology(GO基因注释)
GO(gene ontology)是基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)所建立的数据库，旨在建立一个适用于各种物种的，堆积因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准．GO是多种生物本体语言中的一种，提供了三层结构的系统定义方式，用于描述基因产物的功能．
基因本体论（gene ontology）的建立
现今的生物学家们浪费了太多的时间和精力在搜寻生物信息上。这种情况归结为生物学上定义混乱的原因：不光是精确的计算机难以搜寻到这些随时间和人为多重因素而随机改变的定义，即使是完全由人手动处理也无法完成。举个例子来说，如果需要找到一个用于制抗生素的药物靶点，你可能想找到所有的和细菌蛋白质合成相关的基因产物，特别是那些和人中蛋白质合成组分显著不同的。但如果一个数据库描述这些基因产物为“翻译类”，而另一个描述其为“蛋白质合成类”，那么这无疑对于计算机来说是难以区分这两个在字面上相差甚远却在功能上相一致的定义。
Gene Ontology (GO)项目正是为了能够使对各种数据库中基因产物功能描述相一致的努力结果。这个项目最初是由1988年对三个模式生物数据库的整合开始：: FlyBase (果蝇数据库Drosophila),t Saccharomyces Genome Database (酵母基因组数据库SGD) and the Mouse Genome Database(小鼠基因组数据库MGD)。从那开始，GO不断发展扩大，现在已包含数十个动物、植物、微生物的数据库。GO的定义法则已经在多个合作的数据库中使用，这使在这些数据库中的查询具有极高的一致性。这种定义语言具有多重结构，因此在各种程度上都能进行查询。举例来说，GO可以被用来在小鼠基因组中查询和信号转导相关的基因产物，也可以进一步找到各种生物地受体酪氨酸激酶。这种结构允许在各种水平添加对此基因产物特性的认识。
GO发展了具有三级结构的标准语言（ontologies），如表所示。根据基因产物的相关分子功能，生物学途径，细胞学组件而给予定义，无物种相关性。
本体论内容分子功能本体论基因产物个体的功能，如与碳水化合物结合或ATP
水解酶活性等生物学途径本体论分子功能的有序组合，达成更广的生物功能，如有丝分裂或嘌呤代谢等细胞组件本体论亚细胞结构、位置和大分子复合物，如核仁、端粒和识别起始的复合物等
基本来说，GO工作可分为三个不同的部分：第一，给予和维持定义；第二，将位于不同数据库中的本体论语言、基因和基因产物进行联系，形成网络；第三，发展相关工具，使本体论的标准语言的产生和维持更为便捷。
本体论（The ontologies）
GO的结构包括三个方面?D?D分子生物学上的功能、生物学途径和在细胞中的组件作用。当然，它们可能在每一个方面都有多种性质。如细胞色素C,在分子功能上体现为电子传递活性，在生物学途径中与氧化磷酸化和细胞凋亡有关，在细胞中存在于线粒体质中和线粒体内膜上。下面，将进一步的分别说明GO的具体定义情况。
基因产物
基因产物和其生物功能常常被我们混淆。例如，“乙醇脱氢酶”既可以指放在Eppendorf管里的基因产物，也表明了它的功能。但是这之间其实是存在差别
的?D?D一个基因产物可以拥有多种分子功能，多种基因产物也可以行使同一种
分子功能。比如还是“乙醇脱氢酶”，其实多种基因产物都具有这种功能，而并不是所有的这些酶都是由乙醇脱氢酶基因编码的。一个基因产物可以同时具有“乙醇脱氢酶”和“乙醛歧化酶”两种功能，甚至更多。所以，在GO中，很重要的一点在于，当使用“乙醇脱氢酶活性”这种术语时，所指的是功能，并不是基因产物。
许多基因产物会形成复合物后执行功能。这些“基因复合物”有些非常简单（如血红蛋白由血红蛋白基因产物α－球蛋白、β－球蛋白和小分子的亚血红素组成），有些非常复杂（如核糖体）。现在，小分子的描述还没有包括在GO中。在未来，这个问题可望由和现在的Klotho和LIGAND等小分子数据库联合而解决。分子功能
分子功能描述在分子生物学上的活性，如催化活性或结合活性。GO分子功能定
义功能而不是整体分子，而且不特异性地指出这些功能具体的时空信息。分子功能大部分指的是单个基因产物的功能，还有一小部分是此基因产物形成的复合物的功能。定义功能的义项包括催化活性、转运活性、结合活性等，更为狭窄的定义包括腺苷酸环化酶活性或钟形受体结合活性等。
生物学途径
生物学途径是由分子功能有序地组成的，具有多个步骤的一个过程。举例来说，较为宽泛的是细胞生长和维持、信号传导。一些更为具体的例子包括嘧啶代谢或α－配糖基的运输等。一个生物学途径并不是完全和一条生物学通路相等。
因此，GO并不涉及到通路中复杂的机制和所依赖的因素。
细胞组件
细胞中的位置指基因产物位于何种细胞器或基因产物组中（如糙面内质网，核或核糖体，蛋白酶体等）。
GO的形式
GO 定义的术语有着直接非循环式（directed acyclic graphs (DAGs)的特点，而并非是传统的等级制（hierarchy）定义方式（随着代数增加，下一级比上一级更为具体）。举个例子来说，生物学途径中有一个定义是己糖合成，它的上一级为己糖代谢和单糖合成。当某个基因被注解为“己糖合成活性”后，它自动地获得了己糖代谢和单糖合成地注解。因为在GO中，每个术语必须遵循“真途径“法则，即如果下一代的术语可以用于描述此基因产物，其上一代术语也可以适用。
GO的注释（Annotation）
那么，GO中的术语如何和相对应的基因产物相联系的呢？这是由参与合作的数
据库来完成的，它们使用GO的定义方法，对它们所包含的基因产物进行注解，并且提供支持这种注解的参考和证据。每个基因或基因产物都会有一个列表，列出与之相关的GO术语。每个数据库都会给出这些基因产物和GO术语的联系数据库，并且也可以在GO的ftp站点上和WEB方式查询到。
并且，GO联合会提供了简化的本体论术语（GO slim），这样，可以在更高级的层面上研究基因组的功能。比如，粗略地估计哪一部分的基因组与信号传导、代谢合成或复制有关。
GO对基因和蛋白的注释阐明了基因产物和用于定义他们的GO术语之间的关系。基因产物指一个基因编码的RNA或蛋白产物。因为一个基因可能编码多个具有很不相同性质的产物，所以GO推荐的注释是针对基因产物的而不是基因的。一个基因是和所有适用于它的术语联系在一起的。
一个基因产物可以被一种本体论定义的多种分支或多种水平注释。注释需要反映在正常情况下此基因产物的功能，生物途径，定位等，而并不包括其在突变或病理状态下的情况。GO联合会的各个数据库成员采用手动或自动的方式生成注释，这两种方式共有的原理是：一.所有的注释都需要有来源,可以是文字、另一个数据库或是计算机分析结果；二.注释必须提供支持这种基因产物和GO术语之间联系的证据。
GO文件格式
GO的所有数据都是免费获得的。GO数据有三种格式：flat（每日更新）、XML(每月更新)和MySQL（每月更新）。这些数据格式都可以在GO ftp的站点上下载。XML 和 MySQL 文件是被储存于独立的GO数据库中。
如果需要找到与某一个GO术语相关的基因或基因产物，可以找到一个相应表格，搜寻到这种注解的编号，并且可以链接到与之对应的位于不同数据库的基因相关文件。
GO浏览器和修改器（browser and editor）
GO术语和注释使用了多种不同的工具软件，它们都可以在web方式的“GO 浏览器”下“GO software page”中找到。大多数GO浏览器都是web模式的，允许你直观的看到术语和其相关信息，如定义、同义词和数据库参考等。有些GO浏览器如AmiGO和 QuickGO,可以看到每个术语的注释。而可下载的DAG-Edit编辑器，一样可以离线地显示注释和所有本体论定义的信息。对于每一个浏览器来说，都可以选择最适用于你要求的工具软件。
常见的三种浏览器
AmiGO from BDGP在AmiGO中，可以通过查询一个GO术语而得到所有具有这个注释的基因产物，或查询一个基因产物而得到它所有的注释关系。还可以浏览本体论，得到术语之间的关系和术语对应的基因产物数目。AmiGO直接连接GO
下的MySQL。MGI GO Browser MGI GO的功能类似于AmiGO,所不同的在于它所得到的基因为小鼠基因。MGI GO浏览器直接连接GO下的MGI数据库。QuickGO at EBI QuickGO,整合在EBI下的InterPro中，可以通过查询一个GO术语而得到它的定义与关系描述、在SWISS-PROT中的定位、在酶分类学（EC）和转运分类学（TC）中的定位和InterPro中的定位等。
其他还有一些特殊的浏览GO的浏览器，其中括号中为建立机构和主要特色：
EP GO Browser（EBI,基因表达情况）,、GoFish(Harvard，Boolean查询、GenNav （NLM, 图像化展示）、GeneOntology@RZPD（RZPD，UniGene）、ProToGO（Hebrew University，GO的亚图像化）、CGAP GO Browser（癌症基因组解剖工程，癌症）、GOBrowser（Illuminae，perl.、TAIR Keyword Browser （TAIR，拟南芥）、PANDORA（Hebrew University，非一致化蛋白）。
修改器
GO 术语和本体论结构可以由任何可以读入GO平板文件的文本修改器进行编辑，但是这需要对平板文件非常熟悉。因此，DAG-Edit是被推荐使用的，它是为 GO
特别设计的，能够保证文件的句法正确。GO注释可以被多种数据库特异性的工具所编辑，如TIGR的Manatee和EBI的Talisman tool。但是GO数据库中写入新的注释是需要通过GO认证的管理员方可进行的，如果想提出新的注释或对本体论的建议，可以联系GO。
主要修改器为DAG-Edit和COBrA。DAG-Edit基于Java语言，提供了能浏览、查询、编辑具有DAG数据格式的GO数据界面。在SourceForge可以免费下载，伴随着帮助文件。COBrA能够编辑和定位GO和OBO本体论。它一次显示两个本体论，因此可以在不同的水平相应定位。（如组织和细胞类型水平）优点在于可以综合几种本体论，支持的文件格式多，包括GO平板文件、GO RDF和OWL格式等。
如图为DAG-Edit的界面，可以分为四个部分：
1）定义编辑面板（term editor panel）
显示当下的本体论。也是主要的编辑本体论结构的工具，可以通过点击和拖动术语来修改本体论的从属关系。
2）文本编辑面板（text editor panel）
修改术语中的内容。在修改多个术语时，会出现一个选择菜单，可以选中后逐个修改。
3) DAG浏览器
DAG浏览器是一个插件，能够以图形的方式展示具有复杂的从属关系的术语。
4) 搜寻/屏蔽面板
可搜寻术语、术语类型和术语间关系。可自定义屏蔽条件，限制得出的搜寻结果。GO数据库的查找和浏览FAQ
1. 如何搜寻注释？
使用AmiGO浏览器，可以在所有参与的数据库中搜寻一个特定的注解。AmiGO允许使用GO术语或基因产物的搜寻。搜寻结果包括GO对这个术语的等级分级情况，定义和近义结构，外部链接，所有相联系的基因产物和它的下一级术语。2. 如何得到全部的GO注释？
在GO网站上，基因产物与GO联系的组信息都有提供。这些文件储存了基因/基因产物的ID和引用文献等支持证据(如FlyBase 基因ID, SWISS-PROT蛋白ID),在ftp站点上都可以获得。
3．在一些模式生物中,一个基因通常有多个与之相关的核苷酸序列,如EST、蛋白序列等。要查询到这些序列，可以从该模式生物数据库中通过基因联系（gene association）查询到基因获得ID(gene accession ID),或是分别在Compugen 中查询大的转录产物（transcipt）和SWISS-PROT/TrEMBL中查询蛋白。
4. 如何得到由GO术语注解的蛋白序列？
在GO网页上选择能查询到所有数据库的Amigo浏览器，键入GO术语（如“线粒体”），在结果中显示了被注释的基因。然后选择你所需基因，在网页的最低端把选项拖至“get fasta sequence”区域，再确定即可。
5．如何能够找到所有和一个特定的GO术语相关的人类基因呢？
GO术语是和SWISS-PROT/TrEMBL/InterPro and Ensembl中的蛋白序列无赘余地对应的。这些注释在EBI上的GOA-Human 文件中，GO的FTP站点上，Ensembl，EMBL－Bank上都可找到。
6．可以直接使用GenBank的gi获取码在GO数据库中进行查询吗？
GO数据库中除了Compugen所提供的GenBank获取码之外，没有包含其他GenBank 获取码的信息，但是在EBI的GOA(GO Annotation)中，有一个综合的对GenBank/EMBL/DDBJ进行查询的方式，详细请见：
ftp://https://www.360docs.net/doc/8c14833240.html,/pub/databases/GO/goa/HUMAN/xrefs.goa.
GO与其他分类系统的定位关系（Mapping to GO）
GO 并不只是希望为基因组建立一个标准化的、结构清晰的注释语言。GO致力于各种基因组数据库的标准化。GO为各种基因组分类系统和GO注释之间的转化提供了转化表，见https://www.360docs.net/doc/8c14833240.html,/GO.indices.html
数据库索引文件来源UniProt Knowledgebase spkw2go Evelyn Camon (Note: spkw2go used to be called swp2go, all files remain the same.)Enzyme Commission ec2go Michael Ashburner EGAD egad2go Michael Ashburner GenProtEC genprotec2go Heather Butler and Michael AshburnerTIGR role tigr2go Michael Ashburner TIGR Families tigrfams2go TIGR Staff InterPro interpro2go Nicola MulderMIPS Funcat mips2go Michael Ashburner and Midori HarrisMetaCyc Pathways metacyc2go Michael Ashburner and Midori HarrisMultiFun Classifications multifun2go Michael Ashburner, Jane Lomax and Margrethe Hauge SerresPfam Domains pfam2go Nicola MulderProdom Domains
prodom2go Nicola MulderPrints Domains prints2go Nicola MulderProSite Domains prosite2go Nicola MulderSmart Domains smart2go Nicola Mulder README
需要注意的是，这些转化不是完全而精确的。其中的一个原因可能是GO有一套完整的定义系统，而很多数据库并不具有。
GO的应用
GO的局限性
1. GO 不是基因序列或基因产物数据库，相反的，GO强调基因产物在细胞中的
功能。
2. GO不是整合数据库的一种方式（如联邦式整合数据库），它并不能做到这点是因为：
a. 更新速度较慢
b. 由于每个人对数据定义的方式不同，标准难以达到一致。
c. GO并不对生物学的每个方面进行描述。如功能域的结构、3D结构、进化等。3．GO 是对基因功能的注解，但是有其局限性。比如说，GO不能反映此基因的
表达情况，即是否在特定细胞中、特定组织中、特定发育阶段或与某种疾病相关。GO虽然不涉及这些方面，但是支持其他的OBO(open biology ontologies)成员成立其他类型的本体论数据库（如发育本体学、蛋白组本体学、基因芯片本体学等）
用于基因组分析
基因组和全长cDNA序列工程通常会根据序列的相似性，推测基因与已注释的基因功能类似。现在最常用的手段是在SWISS-PROT序列中设定一个相似性的域值，使用计算机化的方法来判断。因此，根据这一原理，也可以得到新的GO注释（被标记为“根据电子注释推测”）。一个GO的重要应用方面是对于一个 GO术语，能形成一个相联系的基因产物组。举例来说，某一基因产物可以被精确地注释为在碳水化合物代谢的一个特定的功能，如葡萄糖代谢，而在总结碳水化合物代谢时，所有这些基因产物都会聚集到一起。GO计划为每一个高频出现的术语建
立文档总汇，现在有些已经在“GO Slim”中实现了。
用于基因表达分析
如在芯片数据中引入GO注释，通常可以揭示出为什么一个特定组的基因拥有相似的表达模式。共表达的基因可能编码在同一个生物过程中出现的基因产物，或定位于同一个细胞部位的。如果未知基因和一些已被GO过程术语相似地注释了的基因共表达，那么这个未知基因很有可能在同一个过程中发挥功能。分析和操作基因表达芯片数据，并且又能结合GO注释的软件已产生。EBI 提供的Expression Profiler，和EP:GO都具有此功能。
GO可能的应用
GO的应用前景很广阔，不可能一一列出，现在已用到的包括：
1．整合来自于不同生物的蛋白组信息。
2．判定蛋白结构域的功能。
3．找到在疾病/衰老中异常表达的基因的功能类似性。
4．预测与一种疾病相关的基因
5．分析在发育中同时表达的基因
6．建立起自动的能从文献中获取基因功能信息的工具。
GO规模
如上所述，GO的三层结构是分子功能、生化途径和细胞组件。GO包含的大部分为平板格式文件（GO flat file），由每一种本体论中定义的文件为文本文件，而包含本体论和定义两种格式的是OBO格式的平板文件，XML作为可以用于三种本体论和所有定义的文件格式也有提供。这些文件都在每月的1日更新，GO每月将给出月份更新报告。
GO的使用和引用
GO 的使用
基因本体论联合会是由国家人类基因组研究所 (NHGRI) 的R1拨款所赞助，此外还有欧盟RTD项目“生活质量和生活资源管理”拨款。Gene OntologyTM 由AstraZeneca公司提供资金赞助，而SGD小组得到了IncyteGenomics的赞助。
GO数据库中的术语、注释等都属于公共范畴。GO的资源是免费的，但是必须在以下三种情况下使用：
1. 必需引用基因本体论联合会。
2. 所使用的GO文件必需标明GO的版本号和日期。（GO处于不断更新中）
3. GO文件的内容和内在的逻辑关系不得被更改。
引用GO
当使用GO资源时，请引用以下文献：
Gene Ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium (2000) Nature Genet. 25: 25-29.
当引用亚数据库资源时，请参考GO的 publication list
unite4注释教学文档
Unit 4 How do you get to school? 【重要词汇概览】 ◆subway/5sQbweI/n. 地铁，地下火车 ◆train/treIn/ n. 火车 ◆minute/5mInIt/n. 分钟 ◆kilometer/5kIlE9mi:tE/ n. 公里，千米 ◆quick/kwIk/ adj. 快的，迅速的 ◆half/hB:f/n. 一半，二分之一 ◆past/pB:st/prep. 在时间上超过，在......之后，经过 ◆stop/stCp/n. 车站 ◆transportation/9trAnspC:5teIFEn/ n. 运送，运输 ◆north/nC:W/ n. 北部，北方adj. 北部的，北方的 ◆depend/dI5pend/v. 依靠，依赖 ◆must/mQst,mEst/aux.v. 必须，一定要 ◆bicycle/5baIsIkl/ n. 自行车 ◆ill/Il/adj. 生病的，不健康得 ◆worry/5wQrI/v. 担心，担忧，焦虑 【重要词组概览】 ◆grow up 长大，成长 ◆take sb. some time to do sth. 花费某人某些时间去做某事◆in common 共有，相同 ◆leave for 离开去某地 ◆travel abroad 去国外旅游 ◆go down to 延续至；走下去… ◆most of 大多数的 ◆some of 一些 ◆take the subway 乘坐地铁 ◆how far 多远 ◆bus station 汽车站 ◆bus ride 乘汽车之行 ◆school bus 校车 ◆come back 回来 ◆take the train 乘坐火车 ◆take the bus 乘坐公共汽车 ◆get to school 到校 ◆by boat 乘坐小船 ◆walk to school 步行去上学 ◆from ...to... 从......到...... ◆half past six 六点半 ◆depend on 依靠，依赖 ◆be different from 和......不同
gene ontology(GO基因注释)
GO(gene ontology)是基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)所建立的数据库，旨在建立一个适用于各种物种的，堆积因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准．GO是多种生物本体语言中的一种，提供了三层结构的系统定义方式，用于描述基因产物的功能． 基因本体论（gene ontology）的建立 现今的生物学家们浪费了太多的时间和精力在搜寻生物信息上。这种情况归结为生物学上定义混乱的原因：不光是精确的计算机难以搜寻到这些随时间和人为多重因素而随机改变的定义，即使是完全由人手动处理也无法完成。举个例子来说，如果需要找到一个用于制抗生素的药物靶点，你可能想找到所有的和细菌蛋白质合成相关的基因产物，特别是那些和人中蛋白质合成组分显著不同的。但如果一个数据库描述这些基因产物为“翻译类”，而另一个描述其为“蛋白质 合成类”，那么这无疑对于计算机来说是难以区分这两个在字面上相差甚远却在功能上相一致的定义。 Gene Ontology (GO)项目正是为了能够使对各种数据库中基因产物功能描述相一致的努力结果。这个项目最初是由1988年对三个模式生物数据库的整合开始：: FlyBase (果蝇数据库Drosophila),t Saccharomyces Genome Database (酵母基因组数据库SGD) and the Mouse Genome Database(小鼠基因组数据库MGD)。从那开始，GO不断发展扩大，现在已包含数十个动物、植物、微生物的数据库。 GO的定义法则已经在多个合作的数据库中使用，这使在这些数据库中的查询具有极高的一致性。这种定义语言具有多重结构，因此在各种程度上都能进行查询。举例来说，GO可以被用来在小鼠基因组中查询和信号转导相关的基因产物，也可以进一步找到各种生物地受体酪氨酸激酶。这种结构允许在各种水平添加对此基因产物特性的认识。 GO发展了具有三级结构的标准语言（ontologies），如表所示。根据基因产物的相关分子功能，生物学途径，细胞学组件而给予定义，无物种相关性。 本体论内容分子功能本体论基因产物个体的功能，如与碳水化合物结合或ATP 水解酶活性等生物学途径本体论分子功能的有序组合，达成更广的生物功能，如有丝分裂或嘌呤代谢等细胞组件本体论亚细胞结构、位置和大分子复合物，如核仁、端粒和识别起始的复合物等 基本来说，GO工作可分为三个不同的部分：第一，给予和维持定义；第二，将
三字经原文加注释学习方便
三字经 人之初，性本善，性相近，习相远。苟不教，性乃迁，教之道，贵以专。昔孟母，择邻处，子不学，断机杼。窦燕山，有义方，教五子，名俱扬。养不教，父之过，教不严，师之惰。子不学，非所宜，幼不学，老何为？玉不琢，不成器，人不学，不知义。为人子，方少时，亲师友，习礼仪。香九龄，能温席，孝于亲，所当执。融四岁，能让梨，弟于长，宜先知。首孝悌，次见闻，知某数，识某文。一而十，十而百，百而千，千而万。三才者，天地人，三光者，日月星。三纲者，君臣义，父子亲，夫妇顺。曰春夏，曰秋冬，此四时，运不穷。曰南北，曰西东，此四方，应乎中。曰水火，木金土，此五行，本乎数。十干者，甲至癸，十二支，子至亥。曰黄道，日所躔。曰赤道，当中权。赤道下，温暖极。我中华，在东北。曰江河，曰淮济。此四渎，水之纪。曰岱华，嵩恒衡。此五岳，山之名。曰士农，曰工商。此四民，国之良。曰仁义，礼智信，此五常，不容紊。地所生，有草木。此植物，遍水陆。有虫鱼，有鸟兽。此动物，能飞走。稻粱菽，麦黍稷。此六谷，人所食。马牛羊，鸡犬豕。此六畜，人所饲。曰喜怒，曰哀惧，爱恶欲，七情具。青赤黄，及白黑，此五色，目所识。酸苦甘，及辛咸，此五味，口所含。膻焦香，及腥朽，此五臭，鼻所嗅。匏土革，木石金，丝与竹，乃八音。曰平上，曰去入，此四声，宜调协。高曾祖，父而身，身而子，子而孙。自子孙，至玄曾，乃九族，人之伦。父子恩，夫妇从，兄则友，弟则恭；长幼序，友与朋，君则敬，臣则忠。此十义，人所同，当顺叙，勿违背。斩齐衰，大小幼。至缌麻，五服终。礼乐射，御书数，古六艺，今不具。唯书学，人共遵，既识字，讲说文。 有古文，大小篆，隶草继，不可乱。 若广学，惧其繁，但略说，能知源。凡训蒙，须讲究，详训诂，明句读。为学者，必有初，小学终，至四书。论语者，二十篇，群弟子，记善言。孟子者，七篇止，讲道德，说仁义。作中庸，子思笔，中不偏，庸不易。作大学，乃曾子，自修齐，至平治。孝经通，四书熟，如六经，始可读。诗书易，礼春秋，号六经，当讲究。有连山，有归藏，有周易，三易详。有典谟，有训诰，有誓命，书之奥。我周公，作周礼，著六官，存治体。大小戴，注礼记，述圣言，礼乐备。曰国风，曰雅颂，号四诗，当讽咏。诗既亡，春秋作，寓褒贬，别善恶。三传者，有公羊，有左氏，有谷梁。经既明，方读子，撮其要，记其事。五子者，有荀扬，文中子，及老庄。经子通，读诸史，考世系，知终始。自羲农，至黄帝，号三皇，居上世。唐有虞，号二帝，相揖逊，称盛世。夏有禹，商有汤，周文武，称三王。夏传子，家天下，四百载，迁夏社。汤伐夏，国号商，六百载，至纣亡。周武王，始诛纣，八百载，最长久。周辙东，王纲坠，逞干戈，尚游说。
关于GO分析
【引用】关于GO分析 2011-07-13 17:19:27| 分类：默认分类| 标签：|字号大中小订阅 Gene Ontology 现今的生物学家们浪费了太多的时间和精力在搜寻生物信息上。这种情况归结为生物学上定义混乱的原因：不光是精确的计算机难以搜寻到这些随时间和人为多重因素而随机改变的定义，即使是完全由人手动处理也无法完成。举个例子来说，如果需要找到一个用于制抗生素的药物靶点，你可能想找到所有的和细菌蛋白质合成相关的基因产物，特别是那些和人中蛋白质合成组分显著不同的。但如果一个数据库描述这些基因产物为“翻译类”，而另一个描述其为“蛋白质合成类”，那么这无疑对于计算机来说是难以区分这两个 在字面上相差甚远却在功能上相一致的定义。 Gene Ontology (GO)项目正是为了能够使对各种数据库中基因产物功能描述相一致的努力结果。这个项目最初是由1988年对三个模式生物数据库的整合开始：: FlyBase (果蝇数据库Drosophila),t Saccharomyces Genome Database (酵母基因组数据库SGD) and the Mouse Genome Database (小鼠基因组数据库MGD)。从那开始，GO不断发展扩大，现在已包含数十个动物、植物、微生物的数据库。 GO的定义法则已经在多个合作的数据库中使用，这使在这些数据库中的查询具有极高的一致性。这种定义语言具有多重结构，因此在各种程度上都能进行查询。举例来说，GO可以被用来在小鼠基因组中查询和信号转导相关的基因产物，也可以进一步找到各种生物地受体酪氨酸激酶。这种结构允许在各种水平添 加对此基因产物特性的认识。 GO发展了具有三级结构的标准语言（ontologies），如表所示。根据基因产物的相关分子功能，生物学途 径，细胞学组件而给予定义，无物种相关性。 本体论内容 分子功能本体论基因产物个体的功能，如与碳水化合物结合或ATP水解酶活性等生物学途径本体论分子功能的有序组合，达成更广的生物功能，如有丝分裂或嘌呤代谢等 细胞组件本体论亚细胞结构、位置和大分子复合物，如核仁、端粒和识别起始的复合物等 基本来说，GO工作可分为三个不同的部分：第一，给予和维持定义；第二，将位于不同数据库中的本体论语言、基因和基因产物进行联系，形成网络；第三，发展相关工具，使本体论的标准语言的产生和维持 更为便捷。 本体论（The ontologies） GO 的结构包括三个方面?D?D分子生物学上的功能、生物学途径和在细胞中的组件作用。当然，它们可能在每一个方面都有多种性质。如细胞色素C,在分子功能上体现为电子传递活性，在生物学途径中与氧化磷酸化和细胞凋亡有关，在细胞中存在于线粒体质中和线粒体内膜上。下面，将进一步的分别说明GO的 具体定义情况。 基因产物 基因产物和其生物功能常常被我们混淆。例如，“乙醇脱氢酶”既可以指放在Eppendorf管里的基因产物，也表明了它的功能。但是这之间其实是存在差别的?D?D一个基因产物可以拥有多种分子功能，多种基因产物也可以行使同一种分子功能。比如还是“乙醇脱氢酶”，其实多种基因产物都具有这种功能，而并不是所有的这些酶都是由乙醇脱氢酶基因编码的。一个基因产物可以同时具有“乙醇脱氢酶”和“乙醛歧化酶”两种功能，甚至更多。所以，在GO中，很重要的一点在于，当使用“乙醇脱氢酶活性”这种术语时，所指的是 功能，并不是基因产物。 许多基因产物会形成复合物后执行功能。这些“基因复合物”有些非常简单（如血红蛋白由血红蛋白基因产物α－球蛋白、β－球蛋白和小分子的亚血红素组成），有些非常复杂（如核糖体）。现在，小分子的描述
转录组测序
真核mRNA测序是基于HiSeq平台，对真核生物特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序，既可研究已知基因，亦能发掘新基因，全 面快速地获得mRNA序列和丰度信息。真核mRNA测序方法可以分为：有参考转录组、无参考转录组以及数字基因表达谱（DGE）三大类。 技术参数 案例解析 ［案例一］ mRNA和small RNA转录组揭示新合成异源六倍体小麦杂种 优势的动态部分同源调控 诺禾致源携手中国农业科学院作物科学研究所，利用转录组测序技术，对杂交亲本、新合成异源六倍体小麦的幼苗、穗和种子进行了mRNA和smallRNA测序及信息分析，发现新合成异源六倍体小麦绝大部分基因表现为12类基因表达模式，包括加性表达，少部分的基因表现为非加性，基因的非加性表现出非常强的发育时期特异性，与生长势密切相关；miRNA的丰度随着倍性的增加逐渐下降，新合成异源六倍体小麦中非加性表达的 miRNA也同样表现出亲本显性表 达，miRNA的表达敏感性与生长势和适应性密切相关。该研究揭示了不同倍性 非对等杂种优势的分子基础。 ［案例二］ 磷酸三（2,3-二氯丙基）酯（TDCPP）对四膜虫生长繁殖的 抑制作用与核糖体相关 诺禾携手华中农业大学,利用转录组测序和信息分析技术,研究了TDCPP处理组和对照组差异基因表达,并对差异表达基因进行KEGG通路分析,发现核糖体基因通路显著富集, 同时伴随胞浆和粗面内质网上核糖体数量减少体积增大。这些探索表明四膜虫可以作为TDCPP反应的生物指标，为后续研究TDCPP作用其他生物的毒理机制提供了新视角。 ［案例三］ 转录组揭示寄主植物与宿主之间进行RNA交换的机制 参考文献 菟丝子被称作勒死草，会用被称作吸根的专用器官穿透宿主组织与其建立联系，可以吸取宿主的水份与营养物质，也能吸取RNA(mRNA)分子。本研究分别选取菟丝子和拟南芥及番茄的共生体茎上的三段组织进行转录组学的研究，发现寄生植物与寄主之间mRNA的转移量很大且是一种双向转移的模式；两种宿主相比，更多的拟南芥RNA被转移到菟丝子植物之中，而且菟丝子与拟南芥之间较自由的交换，可表明调节菟丝子吸根选择性的机制可能是宿主特异性的，从而揭示了寄主与宿主之间进行RNA转移的遗传机制。 [1] Li A, Liu D, Wu J, et al . mRNA and small RNA transcriptomes reveal insights into dynamic homoeolog regulation of allopolyploid heterosis in nascent hexaploid wheat [J]. The Plant Cell, 2014: tpc. 114.124388.[2] Jing Li, John P , Giesy, Liqin Yu, et al . Effects of Tris (1,3-dichloro-2-propyl) Phosphate (TDCPP) in Tetrahymena Thermophila: Targeting the Ribosome. Scientific Reports. 2015, 5:10562. [3] Kim G, LeBlanc M L, et al . Genomic-scale exchange of mRNA between a parasitic plant and its hosts [J]. Science, 2014, 345(6198): 808-811. 图1 非加性表达miRNA与亲本显性表达miRNA的 等级聚类分析和两者的关联 图2 显著富集的KEGG通路 图3 菟丝子与拟南芥、番茄转移RNA和非转移RNA的表达和富集分析 样品要求文库类型测序策略数据量类型 分析内容 项目周期 真核有参转录组测序 真核无参转录组测序 6 Gb、8 Gb、10 Gb、12 Gb clean data 6 M clean reads 3 Gb clean data 项目数据至少12 Gb clean data 数字基因表达谱（DGE） HiSeq PE150 HiSeq PE150 HiSeq SE50HiSeq PE125普通转录组文库； 链特异性转录组文库 40天50天30天 35天（有参）45天（无参） RNA样品总量≥1.5 μg； RNA样品浓度≥50 ng/μL 参考基因组比对 新转录本预测可变剪切分析SNP/InDel分析 基因表达水平分析RNA-seq整体质量评估 转录因子注释GO/KEGG富集分析蛋白互作网络分析基因共表达网络构建可视化结果展示 参考转录组拼接 转录本/Unigene长度统计 基因功能注释NR，NT，Swiss Prot GO，KEGG，KOG Protein Family CDS预测分析SNP/SSR分析
注释法学派
[注释法学派] 西欧11世纪末到15世纪，随着资本主义经济的萌芽和发展而产生的一支与神学法学相对抗的新的法律思想派别，注释法学派。该派以研究罗马法为中心，并以意大利博洛尼亚为发源地，因而又称意大利法学派或博洛尼亚法学派。中世纪初期，拜占庭帝国皇帝查士丁尼（527~565在位）编纂的法律文献，已很少为人所知，特别是其中最重要的《学说汇纂》曾湮没达几个世纪之久。从11世纪末，西欧各国以意大利为中心，开始对罗马法广泛研究，因为罗马法的使用不仅有利于以王权为代表的中央集权制的建立和加强，而且也为商品生产的各种法律关系提供了极为详尽的规定。当时这种广泛研究，意味着法学正从神学中分离出来。于此相适应，一个独立的、世俗的法学家阶层逐步形成。他们主要代表新兴市民等级的利益，与代表封建制度的神学或教会法学家相对立。注释法学派的出现和发展，同西欧近代大学的兴起也有密切联系。意大利博洛尼亚大学是近代欧洲第一所大学，它主要就是从研究罗马法开始的，并长期成为传播罗马法的基地。西欧其他国家和意大利其他地区都有学者到博洛尼亚学习罗马法。12世纪中叶，在该校研究法律的学生有一万多人。该校创始人就是前期注释法学派奠基人伊尔内留斯（约1055~1125）。继博洛尼亚大学后创立的一些著名大学也都将罗马法的研究作为一门主要学科。 根据研究重点或方法的不同，注释法学派又可分为：1.前期注释法学派（13世纪以前），主要代表人物有意大利的伊尔内留斯、阿佐（1150~1230）和F.阿库修斯（约1182~1260），法学论文《注释法学派》。◆分享好文◆他们对罗马法的研究，首先是恢复查士丁尼时代所编纂的各罗马法文献，特别是《学说汇纂》的本来面目。《查士丁尼民法大全》这一名称就是他们首先提出的。他们的主要工作是对这些文献进行文字注释，以后发展为较详尽的注释，包括列举注释者之间的分歧意见、各方论据以及作者本人结论，为供适用法律规则参考的有关案例，为便于记忆而归纳的简要准则和定义，以及对某一法律领域的论述，等等。阿库修斯曾将大量注释汇编成卷，因而被认为是前期注释法学派的集大成者。2.后期注释法学派（13世纪后半叶至15世纪后半叶），又称评论法学派。主要代表人物有意大利皮斯托亚的奇诺（1270~1336）和萨索费拉托地巴尔多鲁（1314~1357）。他们致力于使罗马法和实际生活相结合，对罗马法的研究已从注释转变为提出法律的原则和根据，建立法律的分析结构，促进判例法的发展。 沈宗灵
弟子规全文及注释教学文案
《弟子规》全文及解释 第一章<总序> ●弟子规，圣人训，首孝悌，次谨信。 译：作为子弟所要谨守的规戒，古圣先贤所传下的教训，第一就是要我们在家能孝顺、出外能敬长，其次是敬业而守信用。 ●泛爱众，而亲仁。有余力，则学文。 译：多关爱众生，亲近有仁德的人。如果德行培养差不多了，就可以去学习吸收经典的知识。 第二章<入则孝> ●父母呼，应勿缓；父母命，行勿懒。 译：父母叫我们，不可以慢吞吞的；父母交代事情，要勤快认真，不可以懒惰懈怠。 ●父母教，须敬听；父母责，须顺承。 译：父母亲有所教导，要恭敬听取；父母有所责备，也要承担接纳。 ●冬则温，夏则凊；晨则省，昏则定。 译：天冷或天热，要关心父母亲的寒暖；早起或晚睡，定时的问候父母起居安好。 ●出必告，反必面。居有常，业无变。 译：出门或返家，都向父母报告一声；居家作息有一定的规矩，工作行业则不要经常更换。 ●事虽小，勿擅为；苟擅为，子道亏。 译：虽然是小事情，也不可擅作主张；如果擅自作主，就不合作为子弟的身分了。 ●物虽小，勿私藏；苟私藏，亲心伤。 虽然是小东西，也不可私自收藏；如果个个藏为己有，就会惹父母亲难过伤心了。 ●亲所好，力为具；亲所恶，谨为去。 译：父母亲所喜欢的事物，我们要尽力准备妥当；父母亲不喜欢的，我们要留意避免。 ●身有伤，贻亲忧；德有伤，贻亲羞。 译：身体如果受伤了，会让父母亲担忧；品德如果败坏了，会让父母亲蒙羞。 ●亲爱我，孝何难；亲憎我，孝方贤。 译：父母亲喜欢我，要孝顺一点都不难；父母亲不喜欢我，我仍然孝顺那才是真贤能。
●亲有过，谏使更，怡吾色，柔吾声。 译：父母亲有过错，想办法劝谏让他们改正，但是要和颜悦色，要声音柔婉。 ●谏不入，悦复谏，号泣随，挞无怨。 译：如果父母不听劝谏，和悦的再劝，甚至用哭泣来求父母答应，就算被责打也无怨言。 ●亲有疾，药先尝；昼夜侍，不离床。 译：父母有了病痛，侍奉汤药冷热苦甘亲自尝过；早晚照顾，不离父母身边。 ●丧三年，常悲咽，居处变，酒肉绝。 译：父母去世守丧三年，心存哀苦，居家作息有所改变，酒肉美食暂时不去享用。 ●丧尽礼，祭尽诚；事死者，如事生。 译：守丧完毕，逢年过节祭祀要竭尽诚意；对死去的父母亲，要如生前一样的尽孝。 <出则悌> ●兄道友，弟道恭；兄弟睦，孝在中。 译：作哥哥的友爱弟弟，作弟弟的尊敬哥哥；兄弟和睦，也就是尽到了孝道。 ●财物轻，怨何生，言语忍，忿自泯。 译：如果能把财物看得轻淡，彼此就不会产生怨隙；说话时忍一忍，就不会有意气之争。 ●或饮食，或坐走，长者先，幼者後。 译：无论吃饭餐饮、入坐走路，要让长辈在先，晚辈在後。 ●长呼人，即代叫，人不在，己先到。 译：长辈叫人，马上帮忙代为传唤；如果所叫的人不在场，自己先到长者前听候使唤。 ●称尊长，勿呼名。对尊长，勿显能。 译：称呼长者要有礼貌，不可直呼其名；在长者前面，不要自以为才能高强。 ●路遇长，疾趋拜。长无言，退恭立。 译：路上遇到长辈，立刻趋前问候；长辈没有别的话，再恭敬退下站在一旁。 ●骑下马，乘下车，过犹待，百余步。 译：遇到了亲长，如果是骑马立刻下马，如果驾车立刻下车；就算过
go分析===
go分析 Gene Ontology可分为分子功能（Molecular Function），生物过程（biological process）和细胞组成（cellular component）三个部分。蛋白质或者基因可以通过ID对应或者序列注释的方法找到与之对应的GO号，而GO号可对于到Term，即功能类别或者细胞定位。功能富集分析: 功能富集需要有一个参考数据集，通过该项分析可以找出在统计上显著富集的GO Term。该功能或者定位有可能与研究的目前有关。GO功能分类是在某一功能层次上统计蛋白或者基因的数目或组成，往往是在GO的第二层次。此外也有研究都挑选一些Term，而后统计直接对应到该Term的基因或蛋白数。结果一般以柱状图或者饼图表示。 1.GO分析根据挑选出的差异基因，计算这些差异基因同GO 分类中某（几）个特定的分支的超几何分布关系，GO 分析会对每个有差异基因存在的GO 返回一个p-value，小的p 值表示差异基因在该GO 中出现了富集。GO 分析对实验结果有提示的作用，通过差异基因的GO 分析，可以找到富集差异基因的GO分类条目，寻找不同样品的差异基因可能和哪些基因功能的改变有关。 2.Pathway分析根据挑选出的差异基因，计算这些差异基因同Pathway 的超几何分布关系，Pathway 分析会对每个有差异基因存在的pathway 返回一个p-value，小的p 值表示差异基因在该pathway 中出现了富集。Pathway 分析对实验结果有提示的作用，通过差异基因的Pathway 分析，可以找到富集差异基因的Pathway 条目，寻找不同样品的差异基因可能和哪些细胞通路的改变有关。与GO 分析不同，pathway 分析的结果更显得间接，这是因为，pathway 是蛋白质之间的相互作用，pathway 的变化可以由参与这条pathway 途径的蛋白的表达量或者蛋白的活性改变而引起。而通过芯片结果得到的是编码这些蛋
基因组注释
基因组注释主要包括四个研究方向：重复序列的识别；非编码RNA的预测；基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1：重复序列的识别。 重复序列的研究背景和意义：重复序列可分为串联重复序列（Tendam repeat）和散在重复序列(Interpersed repeat)两大类。其中串联重复序列包括有微卫星序列，小卫星序列等等；散在重复序列又称转座子元件，包括以DNA-DNA方式转座的DNA转座子和反转录转座子(retrotransposon)。常见的反转录转座子类别有LTR,LINE和SINE等。 重复序列识别的发展现状：目前，识别重复序列和转座子的方法为序列比对和从头预测两类。序列比对方法一般采用Repeatmasker软件，识别与已知重复序列相似的序列，并对其进行分类。常用Repbase重复序列数据库。从头预测方法则是利用重复序列或转座子自身的序列或结构特征构建从头预测算法或软件对序列进行识别。从头预测方法的优点在于能够根据转座子元件自身的结构特征进行预测，不依赖于已有的转座子数据库，能够发现未知的转座子元件。常见的从头预测方法有Recon，Piler，Repeatscout,LTR-finder，ReAS等等。 重复序列识别的研究内容：获得组装好的基因组序列后，我们首先预测基因组中的重复序列和转座子元件。一方面，我们采用RepeatScout、LTR-finder、Tendem Repeat Finder、Repeatmoderler、Piler等从头预测软件预测重复序列。为了获得从头预测方法得到的重复序列的类别信息，我们把这些序列与Repbase数据库比对，将能够归类的重复序列进行分类。另一方面，我们利用Repeatmasker 识别与已知重复序列相似的重复序列或蛋白质序列。通过构建Repbase数据库在DNA水平和蛋白质水平的重复序列，Repeatmasker能够分别识别在DNA水平和蛋白质水平重复的序列，提高了识别率。 重复序列识别的关键技术难点： 1）：第二代测序技术测基因组，有成本低、速度快等优点。但是由于目前产生的读长（reads）较短。由于基因组序列采用kmer算法进行组装，高度相似的重复序列可能会被压缩到一起，影响对后续的重复序列识别。 2）：某些高度重复的序列用现有的组装方法难以组装出来，成为未组装reads （unassembled reads）。有必要同时分析未组装reads以得到更为完整的重复序列分布图。之前，华大已开发了ReAS软件，专门用于识别未组装reads中
六年级下册必背古诗文及翻译注释教学文案
六年级下册必背古诗文及翻译注释
如梦令·常记溪亭日暮 原文 常记溪亭日暮，沉醉不知归路。 兴尽晚回舟，误入藕花深处。 争渡，争渡，惊起一滩鸥鹭。 译文 曾记得一次溪亭饮酒到日暮，喝得大醉回家找不着了道路。兴尽之后很晚才往回划船，却不小心进入了荷花深处。 怎么渡，怎么渡？（最终）惊起水边满滩鸥鹭。 注释 (1)常记：时常记起。“难忘”的意思。 (2)溪亭：临水的亭台。 (3)日暮：黄昏时候。 (4)沉醉：大醉。 (5)兴尽：尽了兴致。 (5)晚：比合适的时间靠后，这里意思是天黑路暗了。 (6)回舟：乘船而回。 (7)误入：不小心进入。 (8)藕花：荷花。 (9)争渡：怎渡，怎么才能划出去。争（zhēng），怎样才能 (10)惊：惊动。 (11)起：飞起来。 (12)一滩：一群。 (13)鸥鹭：这里泛指水鸟。
夏日绝句 [ 宋 ] 李清照 原文译文对照 生当作人杰，死亦为鬼雄。 至今思项羽，不肯过江东。 译文 生时应当做人中豪杰，死后也要做鬼中英雄。 到今天人们还在怀念项羽，因为他不肯苟且偷生，退回江东。 注释 1.人杰：人中的豪杰。汉高祖曾称赞开国功臣张良、萧何、韩信是“人杰”。 2.鬼雄：鬼中的英雄。屈原《国殇》：“身既死兮神以灵，子魂魄兮为鬼雄。” 3.项羽：秦末时自立为西楚霸王，与刘邦争夺天下，在垓下之战中，兵败自杀。 4.江东：项羽当初随叔父项梁起兵的地方。
石灰吟 [ 明 ] 于谦 原文 千锤万凿出深山，烈火焚烧若等闲。 粉身碎骨全不怕，要留清白在人间。 译文 （石灰石）只有经过千万次锤打才能从深山里开采出来，它把熊熊烈火的焚烧当作很平常的一件事。 即使粉身碎骨也毫不惧怕，甘愿把一身清白留在人世间。 注释 1.石灰吟：赞颂石灰。吟：吟颂。指古代歌体裁的一种名称（古代诗歌的一种形式）。 2.千锤万凿：无数次的锤击开凿，形容开采石灰非常艰难。千、万：虚词，形容很多。锤：锤打。凿：开凿。 3.若等闲：好像很平常的事情。若：好像、好似；等闲：平常，轻松。 4.浑：全。 5.清白：指石灰洁白的本色，又比喻高尚的节操。 6.人间：人世间。
中文工具书使用法--注释学2012
《中文工具书使用法》《注释学》 一、推算出下列日期的干支，注明相当的公历日期。 1、《左传》鲁隐公元年：“五月辛丑，大叔出奔共。” 2、陶潜《自祭文》说：“岁惟丁卯，律中无射。天寒夜长，风气萧索。” 陶渊明（约365年—427年），入刘宋后改名潜。东晋末期南朝宋初期诗人、文学家、辞赋家、散文家。“丁卯”年在陶潜的一生中有两次，一次为他三岁时候，一次为他的卒年。可见此处为卒年，即427年， 3、苏辙《黄州快哉亭记》末署：“元丰六年十一月朔日赵郡苏辙记。” 苏辙（1039-1112），北宋文学家。“元丰”为宋神宗年号，“元丰六年”为“癸亥”年，1083年。“十一月朔日”为“十一月初一，公历为9月19号，甲子月，辛未日。干支为：宋神宗癸亥年甲子月辛未日。公历为：1083年9月19号。 4、恽敬《游庐山记》曰：“嘉庆十有八年三月己卯，敬以事绝宫亭，泊左蠡。” 恽敬（1757--1817）清散文家。“嘉庆”为清仁宗年号，“十有八年”即“嘉庆十八年”，即癸酉年。三月为“丙辰”月，“己卯”日为三月初一，公历为1月30号。干支为：清嘉庆癸酉年，丙辰月，己卯日，公历为：1813年1月30号。 5、严复《天演论自序》末尾云：“光绪丙申重九严复序。” “光绪”是清德宗的年号，“丙申”年恰好是“光绪二十二”年，是1896年。“重九”为每年的农历九月九日称重九或重阳，亦称秋节、素节等。即丁酉月，甲戌日。所以，干支为：清德宗光绪丙申年丁酉月甲戌日。公历为：1896年8月3号。 6、《左传》鲁僖公五年：“冬十二月，丙子朔，晋灭虢。” 二、写出下列文字的四角号码。 “諸”：0 467 “位”：2021 “新”：0292 “年”：2150 “快”：2 403 “樂”：“明”：7702 “春”：5077 “做”：好論文開題報告。 三、谈谈注释学的功用及其注释的种类。 注释学的功用： 1．排除阅读古书的障碍
GO数据库使用指南
GO数据库使用指南Version No.2010.09.03 （内部资料仅供参考）
目录 目录 第一部分GO是什么？ (2) 1.1基因本体论(gene ontology)的建立 (2) 1.2本体论(The ontologies)简介 (3) 1.3本体论语义之间的关系及其组织结构 (4) 1.3.1语义之间关系的基本理解 (4) 1.3.2关系之间的推导 (5) 1.3.3调节控制关系(the regulates relation)及其推导 (6) 1.3.4本体论的组织结构 (7) 1.4GO的注释(Annotation) (8) 第二部分GO怎么用？ (10) 2.1下载本体论文件和注释文件 (10) 2.2GO语义及其相关注释的浏览与搜索 (17) 2.2.1AmiGO的基本使用说明 (17) 2.2.2语义关系的图形化描述 (20) 2.2.3根据语义检索 (22) 2.2.4根据基因产物检索 (25)
第一部分GO是什么？ GO(gene ontology)是基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)所建立的数据库，旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。GO是多种生物本体语言中的一种，提供了三层结构的系统定义方式，用于描述基因产物的功能． ontology))的建立 1.1基因本体论(gene ontology 现今的生物学家们浪费了太多的时间和精力在搜寻生物信息上。这种情况归结为生物学上定义混乱的原因，不同的生物学数据库可能会使用不同的术语，好比是一些方言一样。不光是精确的计算机难以搜寻到这些随时间和人为多重因素而随机改变的定义，即使是完全由人手动处理也无法完成。举个例子来说，如果需要找到一个用于制抗生素的药物靶点，你可能想找到所有的和细菌蛋白质合成相关的基因产物，特别是那些和人体中蛋白质合成组分显著不同的。但如果一个数据库描述这些基因产物为“翻译类”，而另一个数据库描述其为“蛋白质合成类”，那么这无疑对于计算机来说是难以区分这两个在字面上相差甚远却在功能上相一致的定义。 Gene Ontology就是为了解决上述问题，使各种数据库中基因产物功能描述相一致而发起的一个项目。这个项目最初是由1988年对三个模式生物数据库的整合开始：the FlyBase(果蝇数据库Drosophila)，the Saccharomyces Genome Database(酵母基因组数据库SGD)和the Mouse Genome Informatics(小鼠基因组数据库MGI)。从那开始，GO不断发展扩大，现在已是包含数十个动物、植物、微生物的数据库(详见GO Consortium Page)。 GO开发了具有三级结构的语义词汇标准(Ontologies)，根据基因产物的相关生物学途径、细胞学组件以及分子功能而分别给予定义，与具体物种无关。GO的工作大致可分为三个部分：第一，给予并维持语义(terms)；第二，将位于数据库当中的基因、基因产物与GO 本体论语言当中的语义(terms)进行关联，形成网络；第三，开发相关工具，使本体论标准语言的产生和维持更为便捷。 GO的定义法则已经在多个合作的数据库中使用，这使在这些数据库中的查询具有极高
声律启蒙 (一东)图文注释教学提纲
声律启蒙(一东)图 文注释
云对雨，雪对风。晚照对晴空。来鸿对去燕，宿鸟对鸣虫。 三尺剑，六钧弓1。岭北对江东2。人间清暑殿，天上广寒宫3。 两岸晓烟杨柳绿，一园春雨杏花红。 两鬓风霜，途次早行之客4；一蓑烟雨，溪边晚钓之翁。 1、三尺剑，六钧弓 1）古代的剑长什么样？ 出土古剑大多没有剑把，因为当时剑把大多是用麻绳缠绕，就跟现在缠绕羽毛球拍一样，年久剑把即是裸露的状态。 2）三尺有多长？ 古代的尺要短于今天的尺。最初的尺指男人伸展的拇指和中指之间的距离，大约是20厘米。商代的一尺16厘米多一点，因而“大丈夫”之说。周代的一尺相当于现在的19.91厘米，以后尺大致都要加长一点，到战国时，一尺大致相当于现在的23厘米左右，但是当时各国也不完全一致。 3）钧 钧是一个汉语汉字，读音为jūn，有古代重量单位，合三十斤。六钧弓，需要180斤的开合力。 4）古代哪些人佩剑？
见链接文章 5）古代名剑：干将与莫邪 见链接文章 2、 山南水北为阳，山北水南为阴。 山会遮挡阳光，中国大部分地区太阳偏南，南面阳光照射充足为阳，北面照射较少为阴。 中国的主要水系都是自西向东流，北半球受地转偏向力向右的影响，水流冲刷南岸，南岸高差较大，地势低湿，岸下光照较少，北岸则相反。因此水南为阴，水北为阳。 3、清暑殿、广寒宫
《洛阳宫殿簿》内有清暑殿；《明皇杂录》中明皇与申天师中秋夜游月宫，见榜曰，广寒清虚之府。 4、途次 次：旅行所居止之处所，旅～，舟～，～所。途次，旅途当中的处所。 沿对革，异对同1。白叟对黄童2。江风对海雾，牧子对渔翁。 颜巷陋，阮途穷3。冀北对辽东。池中濯足水，门外打头风4。 梁帝讲经同泰寺，汉皇置酒未央宫5。 尘虑萦心，懒抚七弦绿绮；霜华满鬓，羞看百炼青铜6 1 沿对革 《说文》中，緣水而下也。这里指沿袭，按照原样去做。 《说文》中，獸皮治去其毛，革更之。又，上廿下十。是三十也。年爲一世而道更也。 2、白叟对黄童 叟（sǒu），年老的男人，如童叟无欺。黄童：黄口之童，即儿童。黄，黄口，雏鸟的喙边有一圈黄色的边，长大就消失，故以黄口喻指年龄幼小的。 3、颜陋巷，阮途穷 上联出自《论语·雍也》，颜指颜回（字子渊），孔子的学生。孔子称赞他说：“一箪食、一瓢饮、在陋巷，人不堪其忧，回也不改其乐。贤哉，回也！”（吃一竹筐饭食，喝一瓢凉水，住在偏僻的巷子里，别人忍受不了这种贫穷，颜回不改变他快乐的心情。颜回呀，真是个贤人！）
正确规范的尺寸标注学习(绝对有用)
规范的尺寸标注过程 平面图形的绘制方法及尺寸标注 平面图形的尺寸分析 平面图形中的尺寸按其作用可分为定形尺寸和定位尺寸两种，而定形尺寸或定位尺寸的标注必须找一个合适的基准，按基准功能的不同，又分为主要基准和辅助基准。 何为定形尺寸、何为定位尺寸？ ◇确定构成平面图形的基本图元形状大小的尺寸称为定形尺寸。如直线段的长度、圆及圆弧的直径或半径、倾斜线的角度大小等。图4.3.1中的Φ10、Φ20、Φ7、Φ16、R9、R15、R22及60°等为定形尺寸。 ◇确定构成平面图形的基本图元之间相对位置的尺寸称为定位尺寸。如图4.3.1中的 25、8、6和43为定位尺寸。 对平面图形来说，一般用一条水平线和竖直线分别作为竖直方向和水平方向的主要基准。一般平面图形中常用的主要基准可以是对称图形的对称中心线、较大圆的中心线或较长的直线，有时特殊点（如圆心）也可以作为尺寸基准。如
图4.3.1平面图形的水平方向和竖直方向的主要基准为Φ10（Φ20）的竖直和水平中心线。 平面图形的线段分析 平面图形是由线段（一般为直线与圆弧）组成。根据图形中所标注的尺寸和线段间的连接关系，图形中的线段可以分为已知线段、中间线段，连接线段三种。 何为已知线段、何为中间线段、何为连接线段？ ◇具有完整的定形和定位尺寸的线段称为已知线段。根据图形中所注的尺寸就能将其画出。如图4.3.1中的Φ10、Φ20、Φ7、Φ16圆及下边和右边直线段。 ◇定形尺寸完整，而定位尺寸不全的线段称为中间线段。作图时，除需要图形中标注的尺寸外，还需根据它与其他线段的一个连接关系才能画出。如图 4.3.1中的R22圆弧及倾斜60°的直线段。 ◇只有定形尺寸，没有定位尺寸的线段称为连接线段。作图时，除需要图形中标注的定形尺寸外，还需根据它与其他线段的两个连接关系才能画出。如图4.3.1中的R15和R9圆弧。 总结根据分析，可以归纳出：当已知线段确定之后，两已知线段中间有多条线段连接时，中间线段可多可少可有可无，连接线段只能有一段。 平面图形的作图步骤 ◇分析平面图形结构及其尺寸，确定基准和线段类型； ◇画基准线,如图4.3.1； ◇画已知线段，如图4.3.1； ◇明确中间线段的连接关系，画出中间线段，如图4.3.1； ◇明确连接线段的连接关系，画出连接线段，如图4.3.1； ◇检查整理图形（手工绘图时，按先圆弧后直线的顺序加深图线；计算机绘图时，应编辑确定各种线段的有效长度）。 平面图形尺寸标注的一般过程 如图4.3.1 ◇分析平面图形结构，选定基准（尤其注意图形的对称性）；
【教育资料】核舟记原文及翻译注释学习专用.doc
核舟记原文及翻译注释 核舟记原文及翻译注释 核舟记原文及翻译注释由查字典语文小编整理并分享，欢迎老师同学们阅读。如果对你有帮助，请继续支持查字典语文网，并提出您的宝贵建议，小编会尽最大的努力给大家收集最好最实用的文章! 【原文】 核舟记 〔明〕魏学洢 明有奇巧人曰王叔远，能以径寸之木为宫室、器皿、人物，以至鸟兽、木石，罔不因势象形，各具情态。尝贻余核舟一，盖大苏泛赤壁云。 舟首尾长约八分有奇，高可二黍许。中轩敞者为舱，箬篷覆之。旁开小窗，左右各四，共八扇。启窗而观，雕栏相望焉。闭之，则右刻“山高月小，水落石出”，左刻“清风徐来，水波不兴”，石青糁之。 船头坐三人，中峨冠而多髯者为东坡，佛印居右，鲁直居左。苏、黄共阅一手卷。东坡右手执卷端，左手抚鲁直背。鲁直左手执卷末，右手指卷，如有所语。东坡现右足，鲁直现左足，各微侧，其两膝相比者，各隐卷底衣褶中。佛印绝类弥勒，袒胸露乳，矫首昂视，神情与苏黄不属。卧右膝，诎右臂支船，而竖其左膝，左臂挂念珠倚之，珠可历历数也。
舟尾横卧一楫。楫左右舟子各一人。居右者椎髻仰面，左手倚一衡木，右手攀右趾，若啸呼状。居左者右手执蒲葵扇，左手抚炉，炉上有壶，其人视端容寂，若听茶声然。 其船背稍夷，则题名其上，文曰“天启壬戌秋日，虞山王毅叔远甫刻”，细若蚊足，钩画了了，其色墨。又用篆章一，文曰“初平山人”，其色丹。 通计一舟，为人五，为窗八，为箬篷，为楫，为炉，为壶，为手卷，为念珠各一;对联、题名并篆文，为字共三十有四。而计其长，曾不盈寸。盖简桃核修狭者为之。 魏子详瞩既毕，诧曰：嘻，技亦灵怪矣哉!《庄》《列》所载，称惊犹鬼神者良多，然谁有游削于不寸之质，而须麋瞭然者?假有人焉，举我言以复于我，亦必疑其诳。乃今亲睹之。由斯以观，棘刺之端，未必不可为母猴也。嘻，技亦灵怪矣哉! 【翻译】 明朝有个手艺奇妙精巧的人叫王叔远，他能用直径一寸左右的木头雕刻成宫室、器皿、人物，以及飞鸟走兽、树木石头，而且无不按着木头的原形来雕饰模拟物态，因而雕刻得各有各的情趣神态。他曾经赠送我一只用桃核雕刻成的小船，刻的是苏东坡泛舟游览赤壁的情景。 核舟从头到尾大约有八分多长，高二分左右。中部高起而宽敞的地方是船舱，上面覆盖着箬竹船篷。船舱两旁开有小
解释学
解释学 解释学，又称诠释学（hermeneutics），是一个解释和了解文本的哲学技术。它也许被描述作为诠释理论并根据文本本身来了解文本。 “文本”的概念“文本”的概念被扩展为书面文件。例如：讲话、表现、艺术作品和事件。因此，任何一个人都在细说或者诠译“社会文本”。 西方哲学、宗教学、历史学、语言学、心理学、社会学以及文艺理论中有关意义、理解和解释等问题的哲学体系、方法论或技术性规则的统称。有关解释学的研究可以上溯到古希腊。它作为一种哲学学派形成于20世纪，第二次世界大战后在西方学术界产生了较大的影响。"释义学" 早在人类远古文明时期就已存在如何理解卜卦、神话、寓言意义的问题。古希腊时代亚里士多德的学说已涉及理解和解释的问题。“解释学”一词的词根hermes就来自古希腊语，其意为"神之消息"。当时，人们已把如何使隐晦的神意转换为可理解的语言的研究看作一门学问。中世纪的A.奥古斯丁、卡西昂等哲学家在对宗教教义进行新的解释时，逐步把以往对解释问题的零散研究系统化。16世纪的宗教改革家马丁·路德提出如何直接理解圣经本文的原则与方法的问题，对解释学研究起了较大的推动作用。此外在法学、历史学、语言修辞学等传统研究中也一直涉及解释学的问题。“解释学”一词于1954年首次出于J.丹豪色的著作中。但在18世纪以前，有关如何正确理解文意内容的研究往往被称作"释义学"。这类研究往往从实用性出发，实际上是一些零散解释规则的汇集。亦泽“阐释学”、"释义学”、“诠释学”。广义指对于文本之意义的理解和解释的理论或哲学。涉及哲学、语言学、文学、文献学、历史学、宗教、艺术、神话学、人类学、文化学、社会学、法学等问题，反映出当代人文科学研究领域的各门学科之间相互交流、渗透和融合的趋势。既是—门边缘学科和一种新的研究方法，又是一种哲学思潮。狭义指局部解释学、一般解释学、哲学解释学等分支、学派。局部解释学泛指任何本文注释(包括备往今来的法律、《圣经》、文学、梦和其他形式的本文解释的规则和方法的理论体系。从古希腊人解释荷马的史诗和其他诗作开始．欧洲的古典学者就有注释古代文献的传统。中世纪后期形成了有关《圣经》经文和法律条文解释的“古典注释学”和考证古代典籍的文献学。一般解释学是对本文的理解和解释的—般方法论研究。它不同于各种局部形式的解释学，其目的在于建立以连贯—致的理解哲学为基础的一般而普遍的方法论。代表人物为施莱尔马赫、狄尔泰和意人利哲学家埃米里奥·贝蒂。埃米里奥贝蒂为了响应伽达默尔的《真理与方法》，发表《作为精神科学的普遍方法的释义学》和《普遍解释是人文科学的方法》(1967)两书，试图建立以考察多学科中解释的模式为基础的普遍“理解”方法，规定一套解释的标准。哲学解释学泛指对理解和解释的现象的各个层次和各种情况的研究，它不是一种方法论，而是对方法沦、对理解中意识形态的作用以及对不同形式的解释的范围和假定等的哲学“反思”。哲学解释学有两种形式；(1)分析的解释学。涉及理解和解释、思维机器和日常语言等问题。它均一般解释学不问，虽然也涉及方法论，但是主要属于哲学性质。(2)人文主义的哲学解释学。其代表人物包括海德格尔、伽达默尔、利科和德里达等人。他们根据现象学的传统及其对客观知识的批判，对本文解释的条件进行反思。伽达默尔和德里达根据海德格尔对存在——神学传统的批判研究，力图在形而上学问题的具体情况中理解解释。利科与前两入不同，试图调和德国的解释学传统和语言分析哲学、心理分析学、结构主义思潮，认为本休论只存在于解