16种真鲨目鱼类的线粒体基因组分析和分子系统发育研究

中文摘要 (1)

Abstract (4)

前言 (8)

第一章16种真鲨目鱼类线粒体基因组的比较研究 (11)

1.1 材料与方法 (11)

1.2 结果 (16)

1.3 分析与讨论 (47)

第二章基于线粒体全基因组的真鲨目鱼类系统发育学分析及分歧时间估计 (49)

2.1 材料与方法 (50)

2.2 结果 (56)

2.3 分析与讨论 (70)

总结 (75)

参考文献 (77)

附录Ⅰ (86)

致谢 (87)

综述 (88)

16种真鲨目鱼类的线粒体基因组分析和分子系统发育研究

中文摘要

目的

真鲨目（Carcharhiniformes）属于软骨鱼纲（Chondrichthyes）下板鳃（Elasmobranchii）的侧孔总目（Pleurotremata），是侧孔总目中数量最大、种类最多的目，共有超过224个物种。根据形态学分类，真鲨目鱼类可分为真鲨科（Carcharhinidae）、双髻鲨科（Sphyrnidae）、猫鲨科（Scyliorhinidae）以及皱唇鲨科（Triakidae）等8个科，它们广泛分布于各大海域，是海洋中强大的掠食者之一。目前，真鲨目鱼类的数量逐年减少，部分真鲨甚至面临着灭绝的危险，故对真鲨目鱼类进行分类学以及进化发育学的研究变得十分重要。基于形态学的传统分类学研究在真鲨目鱼类的系统发育学研究上存在许多分歧，而分子系统发育学的引入将有利于完善和补充形态学分类的不足，为真鲨目鱼类的系统发生提供基于分子水平的证据。

本文测定和比较分析了16种真鲨目鱼类的线粒体基因组，并结合Genbank 已收录的52种侧孔总目鱼类线粒体基因组全序列对侧孔总目进行系统发育树的重建（结合最大似然法和贝叶斯法）以探讨真鲨目在侧孔总目中的系统发育学位置，并同时对真鲨目鱼类内部的相互关系进行描述。此外，基于12种蛋白编码基因（除了轻链编码的ND6基因）重建的系统发育树和化石记录被用作真鲨目鱼类分歧期源时间的估计和探讨。

方法

1.样本采集和线粒体全序列的测定：从中国东南沿海、泰国以及澳大利亚

采集得到16种真鲨目鱼类的组织样本，提取DNA，PCR扩增并测序，

之后拼接产生各真鲨的线粒体DNA全序列。

2.线粒体全基因组的比较分析：主要以16种真鲨目鱼类线粒体全基因组

整体、rRNA基因、tRNA基因、蛋白编码基因以及两个重要的非编码区

（轻链复制起始位点（Origin of Replication in Light Strand, OL）和控制

区（Control Region, CR））为对象，比较分析了它们的长度、碱基组成、

变异位点以及其它重要特征。

3.系统发育树的重建：基于本文测得的16种真鲨目鱼类线粒体全序列和

Genbank收录的52种侧孔总目鱼类的线粒体DNA，以下孔总目中的许