S分峰的分析实例

S分峰的分析实例
S分峰的分析实例

S分峰的分析实例 Document serial number【LGGKGB-LGG98YT-LGGT8CB-LGUT-

材料X射线光电子能谱数据处理及分峰的分析实例

例:将剂量为1107ions/cm2,能量为45KeV的碳离子注入单晶硅中,然后在1100C退火

2h进行热处理。对单晶硅试样进行XPS测试,试对其中的C

1s

高分辨扫瞄谱进行解析,以确定各种可能存在的官能团。

分析过程:

1、在Origin中处理数据

图1

将实验数据用记事本打开,其中C

1s 表示的是C

1s

电子,表示起始结合能,表示结合

能递减步长,81表示数据个数。从15842开始表示是光电子强度。从15842以下数据选中Copy到Excel软件B列中,为光电子强度数据列。同时将到Excel软件A列中,并按照步长及个数生成结合能数据,见图2

图2

将生成的数据导入Origin软件中,见图3。

图3

此时以结合能作为横坐标,光电子强度作为纵坐标,绘出C1s谱图,检查谱图是否有尖峰,如果有,那是脉冲,应把它们去掉,方法为点Origin 软件中的Data-Move Data Points,然后按键盘上的或箭头去除脉冲。本例中的实验数据没有脉冲,无需进

行此项工作。将column A和B中的值复制到一空的记事本文档中(即成两列的格式,左边为结合能,右边为峰强),并存盘,见图4。

图4

2、打开XPS Peak,引入数据:点Data--Import(ASCII),引入所存数据,则出现相

应的XPS谱图,见图5、图6

3、选择本底:点Background,因软件问题, High BE和Low BE的位置最好不

改,否则无法再回到Origin,此时本底将连接这两点,Type可据实际情况选择,一般选择Shirley 类型,见图7。

图7

4、加峰:

点Add peak,出现小框,在Peak Type处选择s、p、d、f等峰类型(一般选s),在Position处选择希望的峰位,需固定时则点fix前小方框,同法还可选半峰宽(FWHM)、峰面积等。各项中的constraints可用来固定此峰与另一峰的关系。点Delete peak可去掉此峰。然后再点Add peak选第二个峰,如此重复。

在选择初始峰位时,如果有前人做过相似的实验,可以查到相应价键对应的峰位最好。但是如果这种实验方法比较新,前人没有做过相似的,就先用标准的峰位为初始值。最优化所有的峰位,然后看峰位位置的变化。

本例中加了三个峰,C元素注入单晶硅后可能形成C-C、C-Si和C-H三个价键。根据这三个价键对应的结合能确定其初始峰位,然后添加。具体过程见图8、9、10。

图8

图9

图10

5、拟合。选好所需拟合的峰个数及大致参数后,点Optimise region进行拟合,观察拟合后总峰与原始峰的重合情况,如不好,可以多次点Optimise region。最终拟合结果见图11。

图11

6、参数查看。拟合完成后,分别点另一个窗口中的Rigion Peaks下方的0、1、2等可看每个峰的参数,此时XPS峰中变红的为被选中的峰。如对拟合结果不region满意,可改变这些峰的参数,然后再点Optimise。

7、点击Save XPS存图,下回要打开时点Open XPS就可以打开这副图继续进行处理。

8、数据输出。

点击Data――Print with peak parameters,可打印带各峰参数的谱图,通过峰面积可计算此元素在不同峰位的化学态的含量比。

点击Data――Export to clipboard,则将图和数据都复制到了剪贴板上,打开文档(如Word文档),点粘贴,就把图和数据粘贴过去了。

点击Data――Export (spectrum),则将拟合好的数据存盘,然后在Origin中从多列数据栏打开,则可得多列数据,并在Origin中作出拟合后的图。

XPS能谱数据处理

王博吕晋军齐尚奎

能谱数据转化成ASC码文件后可以用EXCEL、ORIGIN等软件进行处理。这篇文章的目的是向大家介绍用ORIGIN软件如何处理能谱数据,以及它的优势所在。

下面将分三部分介绍如何用ORIGIN软件处理能谱数据:1、多元素谱图数据处理 2、剖面分析数据处理 3、复杂谱图的解叠

一、多元素谱图的处理:

1、将ASC 码文件用NOTEPAD 打开:

2、复制Y 轴数值。打开ORIGIN ,将Y 轴数据粘贴到B (Y ):

3、如图:点击工具栏plot ,选择line

4、出现下图:点击B (Y ),再点击<->Y ,使B (Y )成为Y 轴数据。然后在“set X

values ”中输入起始值和步长。

5、点击OK ,得到下图:

6、利用ORIGIN 提供的工具可以方便的进行平滑、位移。

A. 位移:

1)如图:选择analysistranslatevertical 或horizontal 可以进行水平或垂直方向的位移。我们以水平位移为例进行讲解。

2)在图中双击峰顶,如图示(小窗口给出的是此点的X ,Y 值)

3)然后在图中单击其他位置找到合适的X 值(小窗口给出的是红十字的X ,Y 值)

4)双击红十字的位置,峰顶就会位移到此处:

位移可以反复多次的进行,垂直方向的位移和水平方向的一样。

B 、平滑

1)如图选择:

Y 轴数值 X 轴起始点 X 轴步长 采集的数据点总数

元素名称

2)出现下面的小窗口

3)点击

settings 出现下面的界面(如果想用平滑后的代替原始的,选择”replace original”,如果想重新做图选”add to worksheet”,下面的数值不用改变)

4)点击operation,选择savizky-golay 进行平滑。得到下图:

二、剖面分析数据处理:

1、用写字板打开ASC 码文件,选取所需要的元素

2、打开ORIGIN 软件,如图示:选择columnadd new columns

元素名称 剖面分析中的CYCLE 数

起始值及步长

Y 轴数据

如果你的数据有九个cycle 那么你要在下面的窗口选择8。

然后在B (Y )….J (Y )中依次输入不同cycle 的Y 轴数值

点击图中下方工具栏的waterfall

然后在下图中先输入X 轴起始值及步长,再将Y 值输入(点击B (Y ),然后按住 SHIFT 键不放,再点击最后一个Y 值选项:如E (Y )),松开SHIFT 键,点击ADD 键。

点击OK 得到下图:

应用修改工具得:(X OFFSET 设为0,Y OFFSET 设为100)注意谱线对应的CYCLE 数

如果想要得到其中某一个cycle 的谱图,只要调出原来的worksheet (数据表),再次点击waterfall 。输入X 轴数据,然后只选一组Y 轴数据(和多元素分析一样),就可以了。

waterfall 谱图修

改工具

前后翻转工具,用上法

选项X OFFSET 决

定视角,Y

OFFSET 决颜色代

表字

注:不同样品同种

..元素比较也可以用此种方法

三、谱图解叠:

和多元素分析步骤一样,经过平滑、位移,得到下图:(注:画图时,先输入X轴步长等,再输入Y轴数据)

1、去本底:选择toolsbaseline

2、出现下面的窗口,选择baseline,将number of points后的参数改小一些,比如2,点

击create baseline

4、出现下图:选择小窗口中的modify:

5、拖动每一点到合适的位置(点住鼠标左键不放一直拖到合适的位置):如图

6、然后选择substract得到

7、分别点击X轴、Y轴将坐标更换为原来顺序和数值:

8、如图:选择analysisFit multi-peaksgaussian

9、出现下面的窗口:按需要拟合的子峰个数输入

10、点击ok,得到:

11、点击OK默认选择,根据谱图的形状双击选择子峰位置(红十字代表峰顶):如图

12、刚才设置为两个子峰,所以双击两个位置,这时电脑自动计算出相关数据:如果想要看拟合后的曲线,需激活(调出)谱图窗口。然后,选择analysisnon liner curve fit 如图:

13、得到:

14、上图不合理,两子峰半峰宽相差太大,需要加入新的子峰进行调整。点击下图中more按钮

15、出现下图:

点击此按

钮出现此

更改为2增加

一个子峰,依

16、选择basic modestart fitting回到原界面,点击1 lter和10 lter 直到出现新的子峰

17、上图明显也不合理,调节小窗口中各个子峰的数值

峰位置、半峰

18、然后点击下图中done按钮,再次选择analysisnon-linear curve fit,反复修改直到得到满意的谱图

多元素分析注意事项:

不能一味的平滑,有时不平滑反而能更准确的反映样品的性质

位移要有理有据,不能按自己的需要移动。

解谱注意事项:

?各个子峰的半峰宽要尽量接近

?如果所解谱图不是1S,就会出现裂分峰(比如:2p2/3和2p2/5)此时,一定要根据谱图手册,按裂分峰间距解谱

?对于裂分峰峰面积不能随意拟合,要按谱图手册的比例进行。

注意:以上方法得出的数据,仅供参考。

测序峰图

峰的高低说明了信号的强弱,宽窄表示的是分离效果,可以对比板胶电泳的亮度和条带的宽窄。重叠则说明了样品中有长度相同但是序列不同的片段。 Q-1.为什么提供新鲜的菌液?如何提供新鲜的菌液?返回顶端 A-1.首先,新鲜的菌液易于培养,可以获得更多的DNA,同时最大限度地保证菌种的纯度。如果您提供新鲜菌液,用封口膜封口以免泄露;也可以将培养好的 4~5ml菌液沉淀下来,倒去上清液以方便邮寄。同时邮寄时最好用盒子以免邮寄过程中压破。 Q-2.DNA测序样品用什么溶液溶解比较好?返回顶端 A-2.溶解DNA测序样品时,用灭菌蒸馏水溶解最好。DNA的测序反应也是Taq酶的聚合反应,需要一个最佳的酶反应条件。如果DNA用缓冲液溶解后,在进行测序反应时,DNA溶液中的缓冲液组份会影响测序反应的体系条件,造成Taq酶的聚合性能下降。 有很多客户在溶解DNA测序样品时使用TE Buffer。的确,TE Buffer能增加DNA样品保存期间的稳定性,并且TE Buffer对DNA测序反应的影响也较小,但根据我们的经验,我们还是推荐使用灭菌蒸馏水来溶解DNA测序样品。 Q-3.提供DNA测序样品时,提供何种形态的比较好?返回顶端 A-3.我们推荐客户提供菌体,由我们来提取质粒,这样DNA样品比较稳定。如果您可以提供DNA样品,我们也很欢迎,但一定要注意样品纯度和数量。如果提供的DNA量不够,我们就需要对质粒进行转化,此时需收取转化费。有些质粒提取法提取的DNA质量很好,象TaKaRa、Qiagen、Promega的质粒制备试剂盒等。提供的测序样品为PCR产物时,特别需要注意DNA的纯度和数量。PCR产物必须进行切胶回收,否则无法得到良好的测序效果。 有关DNA测序样品的详细情况请严格参照“测序样品的提供”部分的说明。 Q-4.提供的测序样品为菌体时,以什么形态提供为好?返回顶端 A-4.一般,菌体的形态有:平板培养菌、穿刺培养菌,甘油保存菌或新鲜菌液等。我们提倡寄送穿刺培养菌或新鲜菌液。 平板培养菌运送特别不方便,我们收到的一些平板培养菌的培养皿在运送过程中常常已经破碎,面目全非,需要用户重新寄样。这样既误时间,又浪费客户的样品。一旦是客户非常重要的样品时,其后果更不可设想。而甘油保存菌则容易污染。 制作穿刺菌时,可在1.5 ml的Tube管中加入琼脂培养基,把菌体用牙签穿刺于琼脂培养基(固体)中,37℃培养一个晚上后便可使用。穿刺培养菌在4℃下可保存数个月,并且不容易污染,便于运送。

实验分析数据流和绘制数据流图

实验报告课程名称_软件工程导论__________ 学院____计算机工程学院_________班级14软件1班 学号2014144141 姓名秦川 2016年11月8日

批阅教师时间实验成绩 课程名称软件工程 学号2014144141姓名秦川实验日期2016.11.8实验名称实验2分析数据流和绘制数据流图 实验目的: 1、掌握数据流的分析方法 2、掌握数据流图的绘制 实验内容: 任务一绘制数据流图 任务二分析数据流和绘制数据流图 案例一:总务办公管理系统 案例二:火车票预订系统 实验原理: 数据流图(DFD)是软件系统系统的逻辑模型,仅仅描绘数据在软件中流动(从输入移动到输出)的过程中所经受的变换(即加工处理)。 数据流图的绘制方法:根据数据流图的四种成分:源点或终点,处理,数据存储和数据流,从问题描述中提取数据流图的四种成分;然后依据“自顶向下、从左到右、由粗到细、逐步求精”的基本原则进行绘制。 基本符号如下:

实验过程与结果: 1.运行Microsoft Office Visio2007 运行Microsoft Office Visio2007 2.选择“软件和数据库”中的“数据流模型图”模板 选中数据流模型图模板

3.用鼠标选拉图标进行绘图 任务一绘制数据流图 试绘制工资管理系统的数据流图,根据数据流图的符号说明仔细理解下图含义: 这是学校教职工工资管理系统,教师根据课时表,职工根据任务表来确定个人工资情况,数据按以下方向传递: 首先,对课时表或任务表进行审核,审核后的数据经排序形成专用表格; 再进行一系列额外计算,包括个人所得说、住房公积金、保险费得出具体所发工资,并将工资表发给银行; 然后,向教职工展示工资所得明细; 最后,形成编制报表,更新分类表后,交于会计。 其中,人事科负责人事数据,教师与职工的工资由银行发放,会计做好报表的统计。

DNA测序结果分析

学习 通常一份测序结果图由红、黑、绿和蓝色测序峰组成,代表不同的碱基序列。测序图的两端(本图原图的后半段被剪切掉了)大约50个碱基的测序图部分通常杂质的干扰较大,无法判读,这是正常现象。这也提醒我们在做引物设计时,要避免将所研究的位点离PCR序列的两端太近(通常要大于50个碱基距离),以免测序后难以分析比对。 我的课题是研究基因多态性的,因此下面要介绍的内容也主要以判读测序图中的等位基因突变位点为主。 实际上,要在一份测序图中找到真正确实的等位基因多态位点并不是一件容易的事情。由于临床专业的研究生,这些东西是没人带的,只好自己研究。开始时大概的知道等位基因位点在假如在测序图上出现像套叠的两个峰,就是杂合子位点。实际比对了数千份序列后才知道,情况并非那么简单,下面测序图中标出的两

个套峰均不是杂合子位点,如图并说明如下: 说明:第一组套峰,两峰的轴线并不在同一位置,左侧的T峰是干扰峰;第二组套峰,虽两峰轴线位置相同,但两峰的位置太靠近了,不是杂合子峰,蓝色的C峰是干扰峰通常的杂合子峰由一高一略低的两个轴线相同的峰组成,此处的序列被机器误判为“C”,实际的序列应为“A”,通常一个高大碱基峰的前面1~2个位点很容易产生一个相同碱基的干扰峰,峰的高度大约是高大碱基峰的1/2,离得越近受干扰越大。一个摸索出来的规律是:主峰通常在干扰峰的右侧,干扰峰并不一定比主峰低。最关键的一点是一定要拿疑似为杂合子峰的测序图位点与测序结果的文本序列和基因库中的比对结果相比较;一个位点的多个样本相比较;你得出的该位点的突变率与权威文献或数据库中的突变率相比较。通常,对于一个疑似突变位点来说,即使是国际上权威组织大样本的测序结果中都没有报道的话,那么单纯通过测序结果就判定它是突变点,是并不严谨的,因一份PCR产物中各个碱基的实际含量并不相同,很难避免不产生误差的。对于一个未知

需求分析、数据流图

1、欲开发一系统,如果客户不能完整描述他们的需求,则开发过程最适合采用(50)。(50)A.原型模型 B.瀑布模型 C.V模型 D.螺旋模型 2、数据流图包含的成分有(51)。 (51)A. 关系、实体和属性 B. 数据流、加工和数据存储 C. 数据流、数据源和数据实体 D. 数据流、属性、数据存储和加工 3、在软件开发的各个阶段中,对软件开发成败影响最大的是(54)。 (54)A. 需求分析B. 概要设计C. 详细设计D. 编码 4、关于数据流图中加工的命名规则,正确的是(48)。 (48)A. 加工的名字要说明对数据进行的处理和算法 B. 加工的名字要说明被加工的数据以及产生的结果 C. 加工的名字既要说明被加工的数据,又要说明对数据的处理 D. 加工的名字应该与输出结果一致 5、数据流图的作用是(50)。 (50)A. 描述数据对象之间的关系 B. 描述对数据的处理流程 C. 说明将要出现的逻辑判定 D. 指明系统对外部事件的反应 6、采用结构化方法开发软件时,常使用数据流图来描述系统数据处理过程,它是(53)阶段产生的。 (53)A. 系统分析 B. 概要设计 C. 详细设计 D. 编码 7、结构化分析方法(SA)采用“自顶向下,逐层分解”的开发策略,其需求分析的结果中不包括(50)。 (50)A. 一套分层的数据流图 B. 一本数据字典 C. 一组加工逻辑 D. 一组用户界面 8、软件需求分析阶段要进行问题识别、分析与综合等几方面的工作,其中问题识别是双方确定对问题的综合需求,包括功能需求、(53)及用户界面需求等内容。 (53)A. 性能需求、经费需求 B. 环境需求、人员需求 C. 人员需求、经费需求 D. 性能需求、环境需求 9、在数据流图(DFD)中,顶层数据流图仅包含一个(50)。 (50)A.数据处理B.数据存储 C.数据流D.数据源或者数据汇点 10、待开发软件的技术性能指标属于软件的___(52)_____。 (52)A.功能需求 B.性能需求 C.环境需求 D.用户界面需求

TALEN和CAS9技术移码敲除测序峰图分析方法说明-仅供参考

1.为什么TALEN和CAS9技术移码敲除项目需通过测序判定基因型? TALEN和CAS9技术是通过特异识别和核酸酶切割,使DNA双链断开,机体启动DNA损伤修复机制,在非同源末端连接修复过程中,碱基的随机增减造成目标基因功能缺失。这一修复过程通常会产生1-30个左右的碱基缺失,PCR后凝胶电泳无法将碱基缺失链和wt链区分开,所以只能通过测序判断。 2.如何判断TALEN和CAS9技术移码敲除项目的基因型? a. 野生型或基因敲除的纯合子基因型的判定: 1)如下图所示,只有单峰的为野生型或基因敲除的纯合子。 2)将只有单峰的序列文件与wt序列比对,可判定野生型或基因敲除的纯合子基因型(网站或生物软件比对均可). 如下图的对比结果为野生型:

如下图的比对结果为缺失一个C的纯合子 b.杂合子基因型的判定: 1).如下图所示,测序图谱中出现叠峰的为杂合子 若将叠峰的序列文件直接与wt序列比对,叠峰后的序列会对应不上(因为叠峰的序列只显示了信号强一点的那个碱基,实际上每个叠峰对应两个碱基),如下图所示:

所以不能通过直接比对来分析,需通过峰图分析,在峰图中峰的颜色与碱基对应关系如下:A:绿色 T:红色 C:蓝色 G:黑色 2)将wt的峰图与杂合子的峰图用软件同时打开,从出现叠峰的位置开始分析(杂合子的一条链是wt链,一条链是缺失链): 上图第一个峰图是野生型的序列,与第二个峰图叠峰开始对应的序列为: Gttaact ccgagcagcaaagaaatgatgtccc 上图第二个峰图是杂合子的测序峰图,从叠峰位置开始的序列为: Gttaact ccgagcagcaaagaaatgatgtccc(wt链) Ccgagcagcaaagaaatgatgtcccaagcctt(缺失链) 由此可判定为该杂合子的基因型为缺失gttaact(-7)

数据流图(DFD)专题讲解

软件设计师考试的下午题的第一道题,数据库系统工程师考试的下午题的第一道题都是数据流图题,而能够将这道题全部做对的考生是非常少的。根据历年的辅导和阅卷经验,发现很多考生不是因为这方面的解题能力不够,而是缺乏解这种题的方法与技巧。本文介绍一些解这种类型题的方法和技巧,希望起来抛砖引玉的效果。 一.解题当中考生表现出的特点 由于这是下午考试的第一道题,所以很多考生从考前的紧张氛围当中逐渐平静下来开始答题,头脑还比较清醒,阅读起来比较流畅,速度还可以,自我感觉不错。可偏偏这道题有很多人不能全取15分,纠其原因有以下一些特点: 1.拿卷就做,不全面了解试卷,做到心中有数。这样会导致在解题过程当中缺少一种整体概念,不能明确自己在哪些题上必需拿分(多花时间),哪些题上自己拿不了分(少花时间)。这样,在解题时目标就会明确很多。 2.速度快,读一遍题就开始动手做。 3.速度慢,用手指逐个字的去看,心想看一遍就能做出题来。 4.在阅读题目时,不打记,不前后联系起来思考。 5.边做边怀疑边修改,浪费时间。

6.缺少的数据流找不准,可去掉的文件找不出来。 7.由于缺少项目开发经验,对一些事务分析不知如何去思考。 8.盲目乐观,却忽略了答题格式,丢了不应该丢的分。 二.解题的方法与技巧 1.首先要懂得数据流图设计要略。 有时为了增加数据流图的清晰性,防止数据流的箭头线太长,减少交叉绘制数据流条数,一般在一张图上可以重复同名的数据源点、终点与数据存储文件。如某个外部实体既是数据源点又是数据汇点,可以在数据流图的不同的地方重复绘制。在绘制时应该注意以下要点: (1)自外向内,自顶向下,逐层细化,完善求精。 (2)保持父图与子图的平衡。 为了表达较为复杂问题的数据处理过程,用一个数据流图往往不够。一般按问题的层次结构进行逐步分解,并以分层的数据流图反映这种结构关系。根据层次关系一般将数据流图分为顶层数据流图、中间数据流图和底层数据流图,除顶层图外,其余分层数据流图从0开始编号。对任何一层数据流图来说,称它的上层数据流图为父图,在它的下一层的数据流图为子图。

DNA测序结果分析比对(实例)

DNA测序结果分析比对(实例) 关键词:dna测序结果2013-08-22 11:59来源:互联网点击次数:14423 从测序公司得到的一份DNA测序结果通常包含.seq格式的测序结果序列文本和.ab1格式的测序图两个文件,下面是一份测序结果的实例: CYP3A4-E1-1-1(E1B).ab1 CYP3A4-E1-1-1(E1B).seq .seq文件可以用系统自带的记事本程序打开,.ab1文件需要用专门的软件打开。软件名称:Chromas 软件Chromas下载 .seq文件打开后如下图: .ab1文件打开后如下图: 通常一份测序结果图由红、黑、绿和蓝色测序峰组成,代表不同的碱基序列。测序图的两端(下图原图的后半段被剪切掉了)大约50个碱

基的测序图部分通常杂质的干扰较大,无法判读,这是正常现象。这也提醒我们在做引物设计时,要避免将所研究的位点离PCR序列的两端太近(通常要大于50个碱基距离),以免测序后难以分析比对。 我的课题是研究基因多态性的,因此下面要介绍的内容也主要以判读测序图中的等位基因突变位点为主。 实际上,要在一份测序图中找到真正确实的等位基因多态位点并不是一件容易的事情。一般认为等位基因位点假如在测序图上出现像套叠的两个峰,就是杂合子位点。实际比对后才知道,情况并非那么简单,下面测序图中标出的两个套峰均不是杂合子位点,如图并说明如下:

说明: 第一组套峰,两峰的轴线并不在同一位置,左侧的T峰是干扰峰;第二组套峰,虽两峰轴线位置相同,但两峰的位置太靠近了,不是杂合子峰,蓝色的C峰是干扰峰通常的杂合子峰由一高一略低的两个轴线相同的峰组成,此处的序列被机器误判为“C”,实际的序列应为“A”,通常一个高大碱基峰的前面 1~2个位点很容易产生一个相同碱基的干扰峰,峰的高度大约是高大碱基峰的1/2,离得越近受干扰越大。 一个摸索出来的规律是:主峰通常在干扰峰的右侧,干扰峰并不一定比主峰低。最关键的一点是一定要拿疑似为杂合子峰的测序图位点与测序结果的文本序列和基因库中的比对结果相比较;一个位点的多个样本相比较;你得出的该位点的突变率与权威文献或数据库中的突变率相比较。 通常,对于一个疑似突变位点来说,即使是国际上权威组织大样本的测序结果中都没有报道的话,那么单纯通过测序结果就判定它是突变点,是并不严谨的,因一份 PCR产物中各个碱基的实际含量并不相同,很难避免不产生误差的。对于一个未知突变位点的发现,通常还需要用到更精确的酶切技术。 (责任编辑:大汉昆仑王)

测序结果分析教学文案

测序结果的判读 测序结果为.abi格式,可用软件chrosmas打开,一种颜色的峰代表一个碱基,峰的高低表信号的强弱。一个正常的N表示机器没法判读是哪种碱基,原因是:杂峰的信号高于机器默认的值,机器会认为该处有两个峰,因此不能判断确定是哪个峰,需要人工判读。以下三种情况会出现N:有杂合子,有杂峰,反应已结束。

原因:测序产物纯化不够 注意:染料峰位于序列的前100 碱基以内;酒精峰位于序列的220 ~ 320 碱基之间

产生的原因是样品或毛细管内有灰尘等固体小颗粒 原因:测序反应失败。 解决办法:改进条件,重做反应。注意两个关键因素:引物与模板之间的比例:3.2 pmol: 200 ng。模板DNA 的纯度和用量:1.6 ~ 2.0

原因:残余的Dye 太多,纯化不够。有测序反应,但效率低下信号太弱 解决办法:纯化充分。避开引物峰,确定新的分析起点 1、PCR产物测序时出现重叠峰 问题图1(模板中有碱基缺失,往往是单一位点(1-1)或两个位点(1-2)碱基缺失导致测序结果移码) 解决方法:将PCR产物克隆到质粒(如T载体)中挑单克隆测序,或将PCR产物进行PAGE 纯化(至少琼脂糖充分电泳后切胶纯化)后再进行测序。 问题图2(PCR产物不纯,含部分序列一致的两种以上的片段,长度不一)

解决方法:主要原因是PCR产物没有纯化,含有部分序列一致的两种以上长度不一的片段,将PCR产物进行PAGE纯化(至少琼脂糖充分电泳后切胶纯化)后再进行测序,便可解决。 问题图3(测序引物有碱基缺失) 测序引物有碱基缺失(一般是引物的5'端缺失),和模板的碱基缺失即图1有些类似,所不同的是模板碱基缺失一般是在一段正常测序序列后才出现移码,而引物碱基缺失的话,则从测序一开始就出现移码,表面在图形上便是一开始就是严重的峰形重叠。 解决方法:重新合成引物,或将引物进行PAGE纯化 2、克隆测序时出现峰形重叠

网上书店详细需求分析报告ER图大数据流图状态图

系统需求分析 1.1需求分析(负责人:陈酒) 1.1.1可行性分析 1、技术可行性:此网上书店系统可以运行于windows xp,win 7,windows vista操作系统。对系统要求只需要装有IIS即可。对计算机的硬件配置没有太高要求,现在的个人电脑完全可以满足。数据库运用简单易学的Access来实现。在网站设计方面,运用XHTML、CSS样式、JSP等知识,利用PhotoShop图像处理工具及Dreamweaver CS5制作出合理生动的网页。 2、经济可行性:此系统可以运行于现在市场上出售的各种个人电脑,系统成本主要集中在系统的开发上。当系统投入运行后,可以实现在网上卖书和租书功能。所带来的效益远远大于系统软件的开发成本,在经济上是完全可行。 3、操作可行性:界面设计充分考虑浏览用户的习惯,图书信息浏览、会员注册登录、租书、购书等功能操作方便。而且所有网页设计清新、简洁、合理,不会让用户感到视觉疲劳,可操作性很强。 1.1.2项目意义分析 随着网络技术的发展,越来越多的人喜欢在网上宣传自己的产品,喜欢网上购物。 图书产品从其外部特征来看,品种繁多,实体书店或其它图书发行者无法有足够大的店面来展示所有品种;单价不高,在网络信用还存在缺失的环境下能造成的损失较小,读者也乐于尝试在线购买。所以网上书店网站也在互联网上纷纷出现。 就网上书店而言,由于网络已经覆盖全球,信息量大而独具优势。售书的理念也很简单,就是读者可以自己寻找自己喜爱的书为替读者找寻他们想要的书。对于读者来说,网上书店近在咫尺,并且永不下班关门,读者可以随时随地自由地查询和订购图书,读者无需亲临书店,一档一档地找,一本一本地翻,只要坐在电脑前,开机上网即可买到所需书籍,而且读者的挑选余地也大多了,检索也很方便,同时还减少了购书过程中的支出,另外应当看到图书选购必得翻阅详看,耗时费力,特别是热衷购书者,几乎都是奋力开拓事业者和苦心求学深造者,时间对他们而言无比宝贵,网上购书节省了大量时间,这对于那些没有时间经常逛传统书店或其住所离传统书店较远的读者来说,具有实际意义。因此网上售书必将有长足的发展。本系统的主要目的是实现图书的在线销售,包括管理库房中的图书,以及管理用户的购物车,从而实现结帐等一系列功能,让用户足不出户就能够在网上书店购买到自己所需的图书,形成书店和用户双赢的局面。

实验室管理系统需求分析数据流图业务流图

系统设计报告 1.引言 1.1摘要(摘要说明所设计开发系统的名称、目标和功能) 名称: 计算机大棚实验室系统设计 目的: 自动化运行 信息化管理 无纸化办公 功能: 提高实验室工作效率、科研水平、降低运行成本 保证实验室的质量管理在严格控制下运行,从而能使实验室的最终产品即所有的检测或管理数据、信息均符合相关的质量标准或规。 实现自动化监控大棚室温度以及温度的调节。 温湿度监控:实现对温室大棚温湿度参数的实时采集,测量空间的温度和湿度,由单片机对采集的温湿度值进行循环检测、数据处理、显示,实现温湿度的智能检测。 作物生长情况监控:对作物定时进行检查,是否出现生长问题,例如虫害、病害、缺水、温度等之类的影响,并进行相应的管理。 控制处理: 当温度或温湿度越限时报警,并根据报警信号提示采取一定手段控制。 当作物出现病虫害时,进行作物打药。

无线传输:用温湿度传感器将测量的温湿度数据通过无线模块进行传输。 对作物进行测评,看其生长是否正常,并进行相应的措施。 1.2 背景 1)项目的承担者: 项目责任人 2)用户: 实验室管理者 3)本系统和其他系统或机构的关系和联系: 无 1.3 工作条件和限制(包括计算机系统环境限制、保密和安全的限制等) 符合基本计算机网络和程序正常运行即可。 1.4 参考和引用资料 大棚自动化系统百度百科 2.总体设计 2.1模块设计

系统总体结构图(功能模块图) 检测器提取需要的相关信息,导入业务层与数据库相应数据进行比价,给出结论,并依据结论做出相应的措施,进而控制调节器进行调工作,直到检测器信息与数据库信息相匹配为止。 计算机大棚实验室系统 管理员 设备管理信息管理 设备购买设 备 维 护 设 备 控 制 作 物 信 息 实 验 室 信 息 管 理 员 信 息 自动管理 实 验 室 设 备 调 节 实 验 室 数 据 显 示 实 验 室 报 警 系 统 实 验 室 设 备 监 测

系统分析数据流图10例

数据流图10例 1.请根据以下描述画出某库存管理系统的数据流图。该系统的数据流程描述如下:(1)首先,根据计划部门转来的收货通知单,和已存在的物资编码文件,建立物资采购单流水账;(2)然后,根据技术部门的物资验收报告和物资采购单流水账,更新物资台账文件;(3)最后,对物资台账分类汇总,将结果存储于物资总账文件中。 答: 图.1 2.请根据以下描述画出系统的数据流图。该子系统共有三个加工,(1)首先,根据生产计划、库存台账文件编制采购计划,建立采购计划文件;(2)其次,根据订货合同、采购计划文件,建立合同台帐文件;(3)最后,根据合同分类文件打印合同分类表。 答:

3.请根据以下业务流程描述,画出某物资管理系统的数据流图。该系统的业务流程描述如下:(1)生产车间向物资部提出物资需用计划,物资部计划人员根据库存台帐,编制物资采购计划;(2)采购人员根据物资采购计划,以及供货商报价单,编制合同台帐;(3)采购的物资到货后,库存管理人员根据技术科提供的验收报告,以及合同台帐,进行物资入库处理,并更新库存台帐。 答: 4.请根据以下描述画出某设备管理系统的数据流图。该系统的数据流程描述如下: (1)首先,根据技术科的验收报告,建立设备台帐;(2)然后,根据技术科的设备检修记录,更新设备台帐;(3)最后,对设备台帐分类汇总,打印输出统计报告。 答: 图.3

5.请根据以下业务流程描述,画出某仓库管理系统的数据流图。该系统的业务流程描述如下:(1)仓库管理员依据物资到货通知单,建立物资台帐;(2)领料人员向仓库管理员提交物资领用申请,库管员查询库存台帐并打印领料单;(3)月末进行物资盘点,生成并打印“物资收支存报表”。 答: 图.5

分析数据流图8

试题1 阅读下列说明与数据流图,回答问题1至问题4,将解答填入答题纸得对应栏内. [说明] 某基于微处理器得住宅安全系统,使用传感器(如红外探头、摄像头等)来检测各种意外情况,如非法进入、火警、水灾等. 房主可以在安装该系统时配置安全监控设备(如传感器、显示器、报警器等),也可以在系统运行时修改配置,通过录像机与电视机监控与系统连接得所有传感器,并通过控制面板上得键盘与系统进行信息交互。在安装过程中,系统给每个传感器赋予一个编号(即id)与类型,并设置房主密码以启动与关闭系统,设置传感器事件发生时应自动拨出电话号码。当系统检测到一个传感器事件时,就激活警报,拨出预置得电话号码,并报告关于位置与检测到事件得性质等信息。 [数据流图4—1] [问题1] 数据流图4-1(住宅安全系统顶层图)中得A与B分别就是什么?

[数据流图4—2] [问题2] 数据流图4-2(住宅安全系统第0层DFD图)中得数据存储“配置信息”会影响图中得哪些加工? [数据流图4-3] [问题3] 将数据流图4-3(加工4得细化图)中得数据流补充完整,并指明加工名称、数据流得方向(输入/输出)与数据流名称. 试题2

阅读以下说明与数据流图,回答问题1~问题3. 【说明】 学生住宿服务系统帮助学生在就学得缄市内找到所需得住房,系统对出租得房屋信息、房主信息、需要租房得学生信息以及学生与房主得会面信息进行管理与维护。 房主信息包括姓名、地址、电话号码以及系统分配得唯一身份标识(D)与密码;房屋信息包括房屋地址、类型(单间/套间)、适合住宿得人数、房租、房主得ID以及现在就是否可以出租(例如由于装修原因,需等到装修后才可出租或者房屋已被租出).每当房屋信息发生变化时,房主必须通知系统,系统将更新房屋文件以便学生能够获得准确得可租用房屋信息。房主向系统中加入可租用得房屋信息时,须交纳一定得费用,由系统自动给出费用信息。房主可随时更新房屋得各种属性。 学生可通过系统查询现有得可租用得房屋,但必须先在系统中注册。学生信息包括姓名、现住址、电话号码、出生日期、性别以及系统分配得唯一身份标识(1D)与密码。若学生希望租用某房屋,则需要发出租房请求,请求中包含房屋得详细信息,系统将安排学生与房主会面得时间与地点,并将会面信息通知学生与房主,会面信息包括会面时间、地点以及会面双方得基本信息,系统将记录会面信息。 学生住宿服务系统得顶层图如图1—1所示;学生住宿服务系统得第0层DFD图如图1—2所示,其中,加工3得细化图如图1-3所示。

如何理解测序蜂图

测序峰图 测序方法 现代DNA序列测序可分为一二三代。 一代测序 第一代测序技术包括链终止法和化学降解法,其主要特点是以待测DNA为模板,根据碱 基互补规则采用DNA聚合酶体外合成新链。由于新链中渗入了带有标记的碱基类似物,可用于制 备末端带有标记的DNA单链。这些末端带有标记的DNA单链是一个群体,在凝胶电泳时可以形 成彼此仅差一个碱基的梯形条带。根据末端碱基的特有标记可以读取待测DNA的序列组成。 链终止法(Sanger法) 反应分别在4个试管中进行,每一试管中都含有: 1.待测的DNA单链片段,作为模板; 2.DNA聚合酶; 3.序列已知且与模板3'端互补的引物; 4.四种脱氧核苷三磷酸(dATP、dGTP、dCTP和dTTP) ; 5.四种双脱氧核苷酸中的一种,作为DNA链合成的末端终止剂。 在适当条件下进行互补链的合成,由于新掺入的核苷酸只能同新生链3’端的-OH连接,而2’, 3’ -双脱氧核苷三磷酸核糖基的2’, 3’位-OH的氧已脱掉,失去了和后来的核苷酸连接的可能性,这时碱基的掺入就有两种可能性: 1.dNTP掺入新生链,使链继续延伸。 2.2’, 3’ -ddNTP掺入,使新生链的合成终止。 由于两者掺入的几率不同,就形成一套长度不一的DNA片段。最后通过A、T、G和C四组反应的凝胶电泳放射自显影图谱,即可读出所测样品互补链的核苷酸序列。 i ii 要求测序时使用的DNA聚合酶不能有5’-3’外切酶活性(可将新合成DNA链的5’-末端除去核苷酸而改变链的长度)、3’-5’外切酶活性(可将错配的碱基除去,再补上正确配对的核苷酸)。这两种活性会产生干扰条带。

软件测试需求分析之数据流图

软件测试需求分析之数据流图 一、概念 它是将提供给用户的业务流程图("物理模型")进行功能建模,转化成开发人员能够理解的一系列"逻辑模型"图,即以图形化的方法描绘数据在系统中的流动和处理的过程,这些图都应该用规范的DFD描述。 二、原理 DFD设计过程就是将数据和处理进行逐层分解就形成了若干层次的DFD。DFD分为顶层图(只有一张)、0层图(也只有一张)、子图、子子图等等。 三、包含主要元素 即在DFD中包括哪些主要元素,数据流、加工、数据存储、外部实体。 (1) 数据流:用单箭头表示,如――>。是由一组固定成分的数据组成,表示数据的流向。数据流图中描述的是数据流,而不是控制流。除了流向数据存储或从数据存储流出的数据不必命名外,每个数据流必须要有一个合适的名字,以反映该数据流的含义。 (2) 加工:用圆或椭圆表示,如〇。描述了输入数据流到输出数据之间的变换,也就是输入数据流经过什么处理后变成了输出数据。每个加工都有一个名字和编号。编号能反映该加工位于分层的数据流图的哪个层次和哪张图中,能够看出它是由哪个加工分解出来的子加工。 (3) 数据存储:用双杠(带一边开口,一边闭合)表示。数据存储表示暂时存储的数据。每个数据存储都有一个名字。 (4) 外部实体:用实心长方形表示,如███。外部实体是存在于软件系统之外的人员或组织,他指出数据所需要的发源地或系统所产生的数据的归属地。 四、设计方法 1.画顶层数据流图 即画整个系统的输入输出(画系统也可以将各子系统分开画)。 把整个系统视为一个大的加工(也只能含一个加工),然后根据数据系统从哪些外部实体接收数据流,以及系统发送数据流到那些外部实体,就可以画出输入输出图。这张图称为顶层图。 顶层图的作用在于表明被开发系统的范围以及它和周围环境的数据交换关系。 2.画0层数据流图 即画系统的内部。 把顶层图的加工分解成若干个加工,并用数据流将这些加工连接起来,使得顶层图的输入数据经过若干加工处理后,变成顶层图的输出数据流。这张图称为0层图。从一个加工画出一张数据流图的过程就是对加工的分解。 确定加工的方法:在数据流的组成或值发生变化的地方应该画出一个加工,这个加工的功能就是实现这一变化,也可以根据系统的功能决定加工。 确定数据流的方法:用户把若干数据当作一个单位来处理(这些数据一起到达、一起处理)时,可以把这些数据看成一个数据流。 关于数据存储:对于一些以后某个时间要使用的数据,可以组织成为一个数据存储来表示。 3.画加工的内部 把每个加工看作一个小系统,把加工的输入输出数据流看成小系统的输入输出流。于是可以象画0层图一样画出每个小系统的加工的DFD图。 4.画子加工的分解图 对第三步分解出来的DFD图中的每个加工,重复第三步的分解过程,直到图中尚未分解

实验_3数据流图

实验三学习在Visio中创建数据流图 实验目的:学习在Visio中创建数据流图所需的模板和创建数据流图的基本过程,掌握使用数据流图表示功能模型的方法。 实验要求:掌握根据具体描述分析出数据的源点或终点、变换数据的处理、数据存储和数据流四种基本成分,创建数据流图模具将数据流图所需的各种图形包含在其中,使用自己创建的模板绘制数据流图。 实验条件:windowsXP、Visio2003 实验内容及步骤: 数据流图描绘数据在软件系统内从输入移动到输出的过程中所经受的变换。通常用数据流图建立软件系统的功能模型。数据流是系统逻辑功能的图形表示,图中没有任何具体的物理部件,仅仅描绘数据在软件中流动和被处理的逻辑过程,不懂计算机技术的人也容易理解它,因此是分析员与用户之间极好的通信工具。 数据流图只有四种基本符号:正方形(或立方体)表示数据的源点或终点;圆角矩形(或圆形)代表变换数据的处理;开口矩形(或两条平行横线)代表数据存储;箭头线表示数据流,即特定数据的流动方向。数据存储和数据流都是数据,仅仅所处的状态不同。数据存储是处于静止状态的数据,数据流是处于运动状态的数据。 在数据流图中应该描绘所有可能的数据流向,而不应该描绘出现某个数据流的条件。千万不要试图在数据流图中表示分支条件或循环,这样做将造成混乱,画不出正确的数据流图。通常在数据流图中忽略出错处理,也不包含诸如打开或关闭文件之类的内务处理。画数据流图的要点是,描绘“做什么”而不考虑“怎样做”。画数据流图的基本方法是,从基本系统模型出发,自顶向下从抽象到具体分层次地画。 一、创建数据流图模板: 数据流图模具中应该包括:正方形(或立方体)、圆角矩形(或圆形)、;开口矩形(或两条平行横线)、箭头线等基本形状。 1.打开数据流模型图模板: Gane-Sarson模具中的基本形状都可用于数据流图的绘制。 (1)在“文件”菜单上,指向“新建”,然后单击“选择绘图类型”。 (2)在“类别”下,单击“软件”,然后在“模板”下,单击“数据流模型图”。 2.打开连接线: 连接线模具中有各种连接线,包含直线-曲线连接线。 (1)在“文件”菜单上,指向“形状”,“其他Visio方案”,然后单击“连接线”。 3.打开混合流程图形状: 混合流程图形状中有“分段进程2”,适合用来绘制数据流图。 (1)在“文件”菜单上,指向“形状”,“流程图”,然后单击“混合流程图形状”。 4.新建数据流模具: 这样,我们已经找到了绘制数据流图所需的所有基本形状。可以把它们集中放置在自己定制的数据流模具中。这样,以后在画数据流图时,就可以只打开和使用这一个模具,比较方便。 (1)在“文件”菜单上,指向“形状”,然后单击“新建模具”。 (2)将所需的“接口”、“数据存储”、“分段进程2”、“直线-曲线连接线”形状分别从

一代测序常见问题及解决策略

测序常见问题及解决策略 一、PCR常见问题 1.假阴性,不出现扩增条带 PCR出现假阴性结果,可从以下几个方面来寻找原因: 1)模板:①模板中有杂蛋白;②模板中有Taq酶抑制剂;③在提取制备模板时丢失过多;④模板核酸变性不彻底。 2)酶:酶失活或反应时忘了加酶。 3)Mg2+浓度:Mg2+浓度过高可降低PCR扩增的特异性,浓度过低则影响PCR 扩增产量甚至使PCR扩增失败而不出扩增条带。 4)反应条件:变性对PCR扩增来说相当重要,如变性温度低,变性时间短,极有可能出现假阴性;退火温度过低,可致非特异性扩增而降低特异性扩增效率退火温度过高影响引物与模板的结合而降低PCR扩增效率。 5)靶序列变异:靶序列发生突变或缺失,影响引物与模板特异性结合,或因靶序列某段缺失使引物与模板失去互补序列,其PCR扩增是不会成功的。 2.假阳性 假阳性:出现的PCR扩增条带与目的靶序列条带一致,有时其条带更整齐,亮度更高。常见原因有: 1)引物设计不合适:选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性,因而在进行PCR扩增时,扩增出的PCR产物为非目的性的序列。靶序列太短或引 物太短,容易出现假阳性。需重新设计引物。 2)靶序列或扩增产物的交叉污染:这种污染有两种原因:一是整个基因组或大片段的交叉污染,导致假阳性。这种假阳性可用以下方法解决:操作时应小心轻柔,防止将靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外。二是空气中的 小片段核酸污染,这些小片段比靶序列短,但有一定的同源性。可互相拼接,与引物互补后,可扩增出PCR产物,而导致假阳性的产生,可用巢式PCR方法来减轻或消除。 3.出现非特异性扩增带 PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带与非特异性扩增带。非特异性条带的出现,其原因:一是引物

数据流图深入讲解

软件设计师:数据流图深入讲解[1] https://www.360docs.net/doc/ab6537653.html,作者:佚名来源:考试吧2010年6月28日发表评论进入社区 软件设计师考试的下午题的第一道题,数据库系统工程师考试的下午题的第一道题都是数据流图题,而能够将这道题全部做对的考生是非常少的。根据历年的辅导和阅卷经验,发现很多考生不是因为这方面的解题能力不够,而是缺乏解这种题的方法与技巧。本文介绍一些解这种类型题的方法和技巧,希望起来抛砖引玉的效果。 一、解题当中考生表现出的特点 由于这是下午考试的第一道题,所以很多考生从考前的紧张氛围当中逐渐平静下来开始答题,头脑还比较清醒,阅读起来比较流畅,速度还可以,自我感觉不错。可偏偏这道题有很多人不能全取15分,纠其原因有以下一些特点: 1.拿卷就做,不全面了解试卷,做到心中有数。这样会导致在解题过程当中缺少一种整体概念,不能明确自己在哪些题上必需拿分(多花时间),哪些题上自己拿不了分(少花时间)。这样,在解题时目标就会明确很多。 2.速度快,读一遍题就开始动手做。 3.速度慢,用手指逐个字的去看,心想看一遍就能做出题来。 4.在阅读题目时,不打记,不前后联系起来思考。 5.边做边怀疑边修改,浪费时间。 6.缺少的数据流找不准,可去掉的文件找不出来。 7.由于缺少项目开发经验,对一些事务分析不知如何去思考。 8.盲目乐观,却忽略了答题格式,丢了不应该丢的分。 二、解题的方法与技巧

1.首先要懂得数据流图设计要略 有时为了增加数据流图的清晰性,防止数据流的箭头线太长,减少交叉绘制数据流条数,一般在一张图上可以重复同名的数据源点、终点与数据存储文件。如某个外部实体既是数据源点又是数据汇点,可以在数据流图的不同的地方重复绘制。在绘制时应该注意以下要点: (1)自外向内,自顶向下,逐层细化,完善求精。 (2)保持父图与子图的平衡。 为了表达较为复杂问题的数据处理过程,用一个数据流图往往不够。一般按问题的层次结构进行逐步分解,并以分层的数据流图反映这种结构关系。根据层次关系一般将数据流图分为顶层数据流图、中间数据流图和底层数据流图,除顶层图外,其余分层数据流图从0开始编号。对任何一层数据流图来说,称它的上层数据流图为父图,在它的下一层的数据流图为子图。 顶层数据流图只含有一个加工,表示整个系统;输入数据流和输出数据流为系统的输入 数据和输出数据,表明了系统的范围,以及与外部环境的数据交换关系。 底层数据流图是指其加工不能再分解的数据流图,其加工称为“原子加工”。 中间数据流图是对父层数据流图中某个加工进行细化,而它的某个加工也可以再次细化,形成子图。中间层次的多少,一般视系统的复杂程度而定。 任何一个数据流子图必须与它上一层父图的某个加工对应,二者的输入数据流和输出数 据流必须保持一致,此即父图与子图的平衡。父图与子图的平衡是数据流图中的重要性质,保证了数据流图的一致性,便于分析人员阅读和理解。 在父图与子图平衡中,数据流的数目和名称可以完全相同;也可以在数目上不相等,但 是可以借助数据字典中数据流描述,确定父图中的数据流是由子图中几个数据流合并而成的,也即子图是对父图中加工和数据流同时进行分解,因此也属于父图与子图的平衡,如图1 所示。

测序图分析

测序常见峰图及原因说明 1.PCR产物电泳检测 条带单一,为什么测序结果说模板杂? 2. 什么是碱基缺失? 3. 什么是引物不纯? 4. 重复结构对测序有哪些影响?5. 什么是模板不单一? 6. Poly结构的测序结果是怎样的? 7. 含有回文结构的模板测序结果是怎样的? 8. 测序峰图为前双峰的结果是什么样的? 9. 测序峰图为后双峰是什么样的? 10. 无信号的结果:信号值(ATGC的平均值)皆小于100 11. 飘峰:这是由于用3.0特殊试剂盒时碱基产生替代而出现碱基位移 12. 没有任何干扰的结果 Q-1.PCR产物电泳检测条带单一,为什么测序结果说模板杂?返回顶端 A-1.PCR产物电泳检测的结果只是一个粗略的定性结果。对于与目的片段条带大小只相差几个碱基的非特异性PCR扩增产物是无法用肉眼区分开的。但是DNA 测序反应敏感而客观,可以直接反应出模板本身的情况。需要强调的是,高质量的 PCR产物才可能得到高质量的测序结果,如果您对PCR产物的纯度不很确定,希望您可以将PCR产物进行克隆处理,以确保得到好的测序结果。以下图为例:该反应的背景信号较高,不利于碱基的判读。 查看大图 解决办法:改变PCR条件,重新扩增。或者可以将该PCR产物克隆到质粒中,初步筛选后进行单克隆测序。 Q-2.什么是碱基缺失?返回顶端 A-2.以下图为例: 查看大图

片段,上图的PCR产物中,特别是从基因组中扩增得到的PCR碱基缺失常见在.T 186位缺失两个连续的解决方法:使用反向引物继续测序,以矫正缺失位点并达到测通的目的。或者将 (1) 该PCR产物克隆到质粒中,挑取单克隆测序。PCR (2) 如果可以确定该PCR 片段中不应该有缺失的位点,那么可以改变反应条件,重新扩增。 什么是引物不纯?Q-3. 返回顶端 A-3.以下图为例:查看大图 但是引引物不纯造成移码现象,该种现象与模板杂在峰图都表现为背景峰较杂,一般在每一个主峰前或者后都有一个同一碱基物不纯在峰图上表现的更有规律,的小峰。 PAGE解决办法:重新合成引物,或者将引物进行纯化后再进行测序。返回顶端Q-4.重复结构对测序有哪些影响?以下图为例:A-4. 查看大图 重复结构将导致测序复制框的滑移,重复结构之后峰型混乱。测到该重复结构处,即可完成模板全解决办法:使用反向引物对模板进行测序,长的拼接。 Q-5.什么是模板不单一?返回顶端 A-5.以下图为例: (1) 菌液为非单克隆: 下图是pGEM-T载体测序的结果,在83位点处测序结果出现双峰(插入后双峰),即模板中含有两个或两个以上的相同载体,但是插入片段不同。 解决办法:重新挑取单克隆或者重新提取质粒。需要注意的是,重新进行PCR 反应或者酶切鉴定仅能证明该克隆含有插入片段,并不足以证明模板的单一。查看大图 查看大图

数据流图在系统分析中的作用.

1.试述数据流图在系统分析中的作用与基本构成. 答:数据流图是组织中信息运动的抽象,是信息系统逻辑模型的主要形式,主要作用就是作为系统分析人员和用户进行交流的有效手段。 由四部分组成,包括外部项、加工、数据存储、数据流。 2.试述数据流图的绘制原则、主要步骤、以及自顶向下逐层分解的方法与规则。答:(1)绘制原则: ①明确系统界面 ②自顶向下逐层扩张 ③合理布局 ④数据流图只反映数据流向、数据加工和逻辑意义上的数据存储,不反映任何数据处理的技术过程、处理方式和时间顺序,也不反映判断与控制条件等技术问题; ⑤数据流图的绘制过程就是系统逻辑模型的形成过程,必须始终与用户密切接触,详细讨论、不断修改。 ⑵主要步骤: ①确定所开发系统的外部项 ②确定整个系统的输出数据流和输入数据流 ③确定系统的主要信息处理功能,把整个系统分解成几个加工环节 ④绘制数据流草图 ⑤绘制数据流草图,直到逐层分解结束 ⑥对草图进行检查和合理布局 ⑦和用户进行交流

⑧用计算机或其他制图工具、编辑工具画出正规的数据流图⑨将正规的数据流图提交系统分析人员评审。 ⑶自顶向下的方法与原则 ①数据流必须通过加工②数据存储环节一般作为两个加工环节的界面来安排③命名④每个加工环节和每张数据流图都要编号⑤只画所描述的系统稳定工作下的数据流图。 3.试述实体—联系模型中实体、实例、属性、联系的定义、识别方法与建模步骤。㈠定义:实体是指具有类似性质的具体事物的集合。实例是指某个具体事物。属性是该实体表示的一类事物的所有实例的特征。联系即描述实体之间的固有的和业务的联系。 ㈡识别方法:实体用矩形表示。属性用椭圆型表示。联系用菱形表示。 ㈢建模步骤:①识别与定义实体;②识别预定义属性;③确定实体的主键和外键; ④识别与定义实体之间的联系;⑤建立各实体的实例之间的确定性联系;⑥绘制实体—联系图。

高通量测序(NGS)数据分析中的质控

高通量测序错误总结 一、生信分析部分 1)Q20/Q30 碱基质量分数与错误率是衡量测序质量的重要指标,质量值越高代表碱基被测错的概率越小。Q30代表碱基的正确判别率是99.9%,错误率为0.1%。同时我们也可以理解为1000个碱基里有1个碱基是错误的。Q20代表该位点碱基的正确判别率是99%,错误率为1%。对于整个数据来说,我们可以认为100个碱基里可能有一个是错误的, 在碱基质量模块报告的坐标图中,背景颜色沿y-轴将坐标图分为3个区:最上面的绿色是碱基质量很好的区,Q值在30以上。中间的橘色是碱基质量在一些分析中可以接受的区,Q值在20-30之间。最下面红色的是碱基质量很差的区。在一些生信分析中,比如以检查差异表达为目的的RNA-seq分析,一般要求碱基质量在Q在Q20以上就可以了。但以检查变异为目的的数据分析中,一般要求碱基质量要在Q30以上。 一般来说,测序质量分数的分布有两个特点: 1.测序质量分数会随着测序循环的进行而降低。 2.有时每条序列前几个碱基的位置测序错误率较高,质量值相对较低。

在图中这个例子里,左边的数据碱基质量很好,而右边的数据碱基质量就比较差,需要做剪切(trimming),根据生信分析的目的不同,要将质量低于Q20或者低于Q30的碱基剪切掉。

2)序列的平均质量 这个是碱基序列平均质量报告图。横坐标为序列平均碱基质量值,纵坐标代表序列数量。通过序列的平均质量报告,我们可以查看是否存在整条序列所有的碱基质量都普遍过低的情况。一般来说,当绝大部分碱基序列的平均质量值的峰值大于30,可以判断序列质量较好。如这里左边的图,我们可以判断样品里没有显著数量的低质量序列。但如果曲线如右边的图所示,在质量较低的坐标位置出现另外一个或者多个峰,说明测序数据中有一部分序列质量较差,需要过滤掉。

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