放线菌选择性分离方法综述_钱恒

放线菌选择性分离方法综述_钱恒
放线菌选择性分离方法综述_钱恒

放线菌选择性分离方法综述

钱恒段淑蓉*

(南京晓庄学院生物化工与环境工程学院,江苏南京211171)

摘要:综述了近年来选择性分离放线菌的几种方法,包括样品来源的多样化,物理机械与化学分散剂结合法,稀有碳源的选择,CaCl2富集培养等。

关键词:放线菌;分离方法;综述

中图分类号Q939.13文献标识码A文章编号1007-7731(2011)15-60-02

Summarization of Selective Isolation Methods for Actionmycetes

Qian Heng et al.

(Nanjing Xiaozhuang College,School of Biochemical and Environmental Engineering,Nanjing211171,China)Abstract:This article introduces several selective isolation methods for actionmycetes in recent years,including sample source diversification,combining physical mechanical approach and chemical dispersant,rare carbon sources,CaCl

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en-richment cultivation,etc.

Key words:Actinomycetes;Isolation methods;Summarization

放线菌是一类重要的微生物,能产生有用的酶[1-2]和二次代谢产物如抗生素、生物活性分子和抗肿瘤化合物等[3-5],具有重要的经济价值。发现新的生物活性代谢产物的有效方法是通过分离新的微生物尤其是产生70%的已知生物活性代谢产物的放线菌[6]。

近年来,分子生物学方法已经证明,自然界实际存在的绝大部分放线菌仍然难以培养。如何获得这些难培养的未知放线菌是微生物资源利用的重大研究课题,而探索新的分离方法则是解决这一问题的根本途径。本文主要从样品来源的选择、预处理、培养基选择、富集培养等方面介绍几种选择性分离放线菌的方法。

1样品来源的选择

绝大多数的放线菌来源于土壤[7]。但近年来,人们将目光投向各种生境放线菌的分离,包括海洋放线菌[8]、极端环境放线菌[9]、内生放线菌[10]、沙漠土壤[11]等。分离放线菌新生态系统调查对于发现新的放线菌以及最终发现自然产物的药物是至关重要的。近期,多项研究报道了作为生物活性化合物丰富来源的新的放线菌不同生境的调查[12]。新的生态环境样品将大大提高新的放线菌的分离几率。

2土样预处理

预处理的主要目的在于减少真菌、细菌等非目的菌的数量,增加目的放线菌的数量[3],活化放线菌的休眠孢子以及杀灭非目的菌。

江翠翠[13]等研究了不同物理机械与化学分散剂结合及加热与化学物质预处理土样对放线菌分离效果的影响,以期提高放线菌检出率。采用涂布平板稀释法进行放线菌的分离,为达到更好的分散效果,物理机械(玻璃珠振荡机)分散常与化学分散相结合,促进微生物与土粒的分离。结果表明,使用一种分散剂处理土壤悬液后,土壤分散效果均优于纯蒸馏水。胆酸钠的分散效果最好,焦磷酸钠次之。胆酸钠处理的土样,分离得到的放线菌菌落数约是生理盐水和纯水的1.4倍和1.8倍多。这可能是因为胆酸钠对土壤腐殖质具有较强的结合能力,有利于破坏土壤团聚结构所致。

使用分散剂时,同时加入洗涤剂Na+离子交换树脂和螯合剂PEG处理土壤悬液后,土壤分散效果均较未加入任何洗涤剂和螯合剂的好。胆酸钠、Na+离子交换树脂和PEG的分散效果最好,分别比仅加入胆酸钠处理的放线菌菌落数高11.2%和8.9%[13]。

范丽霞[14]等对最有利于土壤放线菌分离的自然风干时间展开了研究。研究结果表明:土样放置7d和21d均适合放线菌的分离,放置7d的放线菌菌落较多,种类也较齐全,而细菌和真菌数量下降较快。而放置21d的土样培养皿内的细菌和真菌都非常少,几乎全是放线菌单菌落,且放线菌种类下降不明显,非常适合放线菌分离。放置7d的放线菌的种类更多更全,而放置21d的放线菌单菌落更突出。

3培养基的选择

06安徽农学通报,Anhui Agri.Sci.Bull.2011,17(15)DOI:10.16377/https://www.360docs.net/doc/b07517000.html,ki.issn1007-7731.2011.15.003

作者简介:钱恒(1989-),男,专业方向:微生物学。*通讯作者收稿日期:2011-07-07

碳源是培养基的基本成分。甘油、淀粉、葡萄糖、腐殖酸等已广泛应用于放线菌分离培养基,再使用这些碳源,常见放线菌的出菌率会很大。因此探索“稀有”碳源,用于稀有放线菌分离,是一条可试途径。吗啉丙磺酸(MOPS)是一种中性缓冲剂(pH6.5 7.9)。使用海藻糖-脯氨酸培养基,用0.1%的MOPS作碳源,共分离到放线菌336株,其中稀有放线菌169株,占50.3%;用0.2 %的丙烯酰胺作碳源,分离到放线菌229株,其中稀有放线菌135株,占59.0%;用0.5%的海藻糖作碳源,分离到放线菌285株,其中稀有放线菌155株,占54.4%;ED-TA也是一种中性缓冲剂(pH7.0 8.0)、螯合剂的代表性物质,能和碱金属、稀土元素和金属等形成极稳定的水溶性络合物,能使分离培养基维持中性环境,用0.2%的EDTA作碳源,分离到211株放线菌,稀有放线菌111株,占52.6%。因此,MOPS、丙烯酰胺、海藻糖和EDTA是分离稀有放线菌比较理想的碳源,稀有放线菌的出菌率都能超过50%,建议采用[15]。

4富集培养

富集培养是利用目标菌的某些特性,在土壤等样品中加入一些特殊物质,诱导目标菌大量富集,提高选择性分离效果。

钙离子是生物体内生理活动不可缺少的离子,具有调节酶活性、传递细胞信号及维持渗透压等多种作用。研究表明,向酸性土壤中加入碳酸钙,土壤放线菌数量显著增加,即钙盐能增加土壤放线菌数量,钙离子对放线菌生长可能有重要影响。

薛清等采用稀释平板法研究了向高氏Ⅰ号培养基中加钙对北方干旱半干旱地区钙质土壤放线菌分离效果的影响。结果表明:加入CaCl2对干旱区钙质土壤放线菌的出菌量有一定影响,大部分土壤的放线菌总数较对照增长23.9% 47.0%;向高氏Ⅰ号培养基中加钙有利于广谱高效拮抗性放线菌的分离。在高氏Ⅰ号培养基中加入CaCl2对大部分可培养放线菌数量增加有一定促进作用[16]。

放眼未来,放线菌将仍是医药和农业行业二次代谢物的重要来源。这些代谢物也将成为药物设计和化学修饰的起始物。放线菌将继续在工农业等领域,为建立更丰富的药物库做出贡献,并随着分子机制的拓展将更有效的发挥作用。然而,考虑到地球目前的状况,放线菌最重要的作用将是改善环境。放线菌的开发和研究将带来更大的经济和社会效益,其发展前景亦将十分广阔。

参考文献

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(责编:施婷婷)

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17卷15期钱恒等放线菌选择性分离方法综述

常见病原菌采样分离过程

金黄色葡萄球菌采样分离过程 1、样本采集及初步分离 (1)奶样的采集: 采集有乳房炎和隐形乳房炎症状较明显的奶牛,消毒挤奶人手、奶牛乳头,弃2-3把乳,以乳样收集管无菌收集每个乳区乳样10-30mL,编好编号,4个乳区按:左前LF、左后LH、右前RF、右后RH编号,采集后尽快返回实验室,如不能尽快返回,应放在低温环境中带回。 (2)乳房皮肤拭子 用0.5mL肉汤润湿的消毒棉球拭子从乳房皮肤檫拭到乳头顶端,如果乳房土较多的话先檫掉土。拭子放入5mL离心管中,再放入冰盒中,迅速带回实验室处理。 (3)鼻腔拭子 用消毒棉球拭子插入动物鼻腔中,取出后放到盛有0.5mL肉汤的5mL离心管中,放入冰盒中,迅速带回实验室处理。 菌种的初步分离 首次分离时,用接种环蘸取样品在科玛嘉金黄色葡萄球菌显色平板上涂布接种,37℃,16-18小时培养后,从显色平板上挑取红色的单菌落,用脑心浸液(BHI)肉汤35℃培养18小时左右。 需要注意的是金葡菌初次分离时,接种显色培养基后培养时间最好不超过18h进行观察,因为超过24h后所有的葡萄球菌属细菌皆会导致显色培养基变色,进而出现假阳性。 2、菌种的保存 2mL灭菌离心管中加入400μL新鲜菌液+200μL60%灭菌甘油,-80 ℃(长期)或-20 ℃(临时)冻存。 3、菌种的复苏 如需再次纯化,或进行进一步实验,可将甘油保种的菌液在显色平板或哥伦比亚血琼脂平板上划线培养,或者将保种的菌液直接接入液体培养基培养。 肠球菌采样分离过程 1、样本采集及初步分离 (1)肛门拭子 以灭菌长棉签采集猪肛门拭子或蘸取新鲜粪便,棉拭子应以捻转方式插入肛门4-5厘米深,取出后放入1mL营养肉汤的灭菌离心管中,如不能立即接种,应放于低温环境中迅速带回实验室处理。 (2)泄殖腔拭子 以灭菌短棉签采集鸡泄殖腔拭子或采集一段盲肠后蘸取新鲜粪便,棉拭子应以捻转方式插入泄殖腔2-3厘米深,取出后放入1mL营养肉汤的灭菌离心管中,如不能立即接种,应放于低温环境中迅速带回实验室处理。 首次分离时,将样品在6.5%NaCl营养肉汤中,45℃,18-24小时预增菌进行选择性培养后,将上述培养物以划线方式接种在肠球菌选择性培养基(叠氮钠-结晶紫-七叶苷培养基,BEA)上,37℃,培养18-24小时,从选择性培养基上挑取灰色,半透明,1-2mm大小的单菌落,用脑心浸液(BHI)肉汤37℃培养18小时左右。 2、菌种的保存 2mL灭菌离心管中加入400μL新鲜菌液+200μL60%灭菌甘油,-80 ℃(长期)或-20 ℃(临时)冻存。 3、菌种的复苏 如需再次纯化,或进行进一步实验,可将甘油保种的菌液在BEA琼脂平板上划线培养,或者将保种的菌液直接接入液体培养基培养。 需要注意的是由于BEA琼脂颜色的变化导致假阳性的发生,因此,可以将肠球菌疑似菌株在BEA琼脂上进行二次筛选,提高分离准确率。

生物大分子分离技术综述

生物大分子分离技术综述 摘要:生物大分子包括核酸DNA和RNA、多糖、酶、蛋白质以及多肽等。生物大分子分离技术是生物研究中的核心技术之一,当前医学,药学及生命科学学科之间的交叉渗透为大分子分离技术的发展提供了更多的契机。本文对以沉淀、透析、超滤和溶剂萃取为代表的传统分离技术, 以及色谱, 电泳等现代分离技术的发展概况、方法、特点及应用进行了综述。 关键字:分离技术生物大分子 1前言 生命科学的发展给生物大分子的分离技术提出了新的要求。各种生化、分子研究要求提取分离高纯度,结构完整和具有生物活性的活性的生物大分子样品,这就使得分离技术在各项研究中起着至关重要的作用。对生物大分子分离技术的研究也就随之产生。同时,随着各学科之间的交叉渗透,纳米材料、计算机自动化等技术的发展也为生物大分子技术的发展提供了更多的空间。 生物大分子的制备具有如下特点:生物样品的组成极其复杂,许多生物大分子在生物样品中的含量极微,分离纯化的步骤繁多,耗时长;许多生物大分子在分离过程中就非常容易失活,因此分离过程中如何保证生物大分子的活性,也是提取制备的困难之处;生物大分子的制备几乎都是在溶液中进行的,温度、PH值、离子强度等各种参数对溶液中各种组成的综合影响,很难准确估计和判断。这些都要求生物大分子的分离技术以此为依据,突破这些难点,优化分离程序以获得符合要求的生物大分子试剂。 2传统分离技术 被广泛应用传统的生物大分子分离方法有透析、溶剂萃取、沉淀和超滤等,它们都是一些较早就建立起来比较完善的的分离方法。 2.1透析法 1861年Thomas Graham发明透析方法,已成为生物化学实验中最简易常用的分离纯化技术之一。在生物大分子的分离过程中,除盐、少量有机溶剂、生物小分子杂质和浓缩样品等都需用到透析。现在,除半透膜的材料更加多样化,透析方式也更加多样。透析法主要是利用小分子物质在溶液中可通过半透膜,而大分子物质不能通过半透膜的性质,达到分离的方法。例如分离和纯化DNA、蛋白质、多肽、多糖等物质时,可用透析法以除去无机盐、单糖、双糖等杂质。反之也可将大分子的杂质留在半透膜内,而将小分子的物质通过半透膜进入膜外溶液中,而加以分离精制:透析是否成功与透析膜的规格关系极大。透析膜的膜孔有大有小,要根据欲分离成分的具体情况而选择。透析膜有动物性膜、火棉胶膜、羊皮纸膜、蛋白质胶膜、玻璃纸膜等。分离时,加入欲透析的样品溶液,悬挂在纯化水容器中,经常更换水加大膜内外溶液浓度压,必要时适当加热,并加以搅拌,以利透析更快。最后,透析是否完全,须对透析膜内溶液进行检测。

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开题报告 生物科学 产淀粉酶海洋放线菌的酶活性测定及发酵条件研究 一、综述本课题国内外研究动态,说明选题的依据和意义 舟山地处长江口南侧,地理位置介于东经121°30′~123°25′,北纬29°32′~31°04′之间,地理环境优越,生物资源丰富。特别是舟山海域潮间带,所谓潮间带,即是指大潮期的最高潮位和大潮期的最低潮位间的海岸,也就是海水涨至最高时所淹没的地方开始至潮水退到最低时露出水面的范围。由于潮间带的特殊性质使得潮间带微生物环境中生长的放线菌就会具有非常独特的生理生化性质,可能在它们身上发现一些具有特殊作用的代谢产物。 海洋微生物包括海洋细菌、海洋真菌和海洋放线菌等,是一个正在开发的重要生物资源。海洋环境独特,具有高压、高盐、低营养、低温的特点。在这种环境中海洋微生物种类约为陆生微生物的20倍以上,代谢途径不同于陆地微生物,因此,可以产生多种新的物质。目前各国已经从海洋细菌、放线菌、真菌等微生物中分离到多种活性物质,这些活性物质可大致分为:1、抗生素:研究表明海洋微生物及其代谢产物是寻找新抗生素的重要来源。其中海洋放线菌始终是研究和开发的前沿。头孢菌素C、P、N,硫酸小诺霉素就是由海洋放线菌分泌产生并已得到临床应用的抗生素[1]。2、抗肿瘤活性物质:海洋微生物蕴含丰富的结构新颖的抗肿瘤代谢产物,国内外已经从海洋细菌、放线菌、真菌等微生物体内分离到多种抗肿瘤活性物质[2]。3、毒素:海洋生物毒素一直是海洋活性物质研究的焦点之一。目前发现,许多海洋生物毒素的真正来源是海洋中游离的或附生在海洋生物上的海洋微生物所产生。其中研究较多的是河豚毒素(TXX)。4、酶制剂:由海洋微生物生产的酶制剂,在生物技术和工业应用中已担任了重要的角色。其中包括蛋白酶,淀粉酶,热稳定酶等等。 淀粉酶(amylase) 是能够催化淀粉水解转化成葡萄糖、麦芽糖及其它低聚糖的一群酶的总称。它广泛存在于动植物和微生物中。淀粉酶包括α-淀粉酶和β-淀粉酶。α-淀粉酶(EC3.2.1.1)从淀粉糖链内部水解1,4-α-D-葡萄糖苷键,广泛应用于燃料乙醇、淀粉糖浆、传统酿造、食品加工、纺织退浆等行业,是最早实现工业化生产,迄今为止用途最广、产量最大的酶制剂品种之一. 随着社会需求的发展,淀粉酶不仅需要活力

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中南民族大学本科毕业论文(设计)原创性声明 本人郑重声明:所呈交的论文是本人在导师的指导下独立进行研究所取得的研究成果。除了文中特别加以标注引用的内容外,本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写的成果作品。本人完全意识到本声明的法律后果由本人承担。 作者签名:年月日

目录 摘要 (1) Abstract (1) 引言 (3) 1 图像分割技术 (3) 1.1 图像工程与图像分割 (3) 1.2 图像分割的方法分类 (4) 2 图像分割技术算法综述 (5) 2.1 基于阈值的图像分割技术 (5) 2.2边缘检测法 (5) 2.3 区域分割法 (7) 2.4 基于水平集的分割方法 (8) 2.5 分割算法对比表格 (8) 3基于水平集的图像分割 (9) 3.1 水平集方法简介 (9) 3.2 水平集方法在图像分割上的应用 (9) 3.3 仿真算法介绍 (10) 3.4 实验仿真及其结果 (11) 结论 (18) 致谢 (19) 参考文献 (19)

图像分割技术研究及MATLAB仿真 摘要:作为一项热门的计算机科学技术,图像分割技术已经在我们生活中越来越普及。顾 名思义这项技术的目的就是,将目标图像从背景图像中分离出去。由于这些被分割的图像区域在某些属性上很相近,因此图像分割与模式识别以及图像压缩编码有着密不可分的关系。完成图像分割所采用的方法各式各样,所应用的原理也不同。但他们的最终目的都是把图像中性质相似的某些区域归为一类,把性质差异明显的不同区域分割开来。通常在分割完成之后,我们就要对某些特定区域进行分析、计算、评估等操作,因而分割质量的好坏直接影响到了下一步的图像处理[1],因此图像分割是图像处理的一个关键步奏。图像分割技术在各个领域都有着及其重要的意义;在工业上有卫星遥感,工业过程控制监测等等;在医学方面,水平集的分割方法还可以通过医学成像帮助医生识别模糊的病变区域;在模式识别领域还可应用到指纹扫描、手写识别、车牌号识别等等。 本课题的研究内容是对图像分割技术的几种常用的方法进行综述和比较,并基于其中一种方法进行MATLAB仿真测试,给出性能分析比较结果。 关键字:图像分割,MA TLAB仿真,模式识别 Image Segmentation and Matlab Simulation Abstract:Image segmentation is to image representation for the physically meaningful regional connectivity set, namely according to the prior knowledge of target and background, we on the image of target and background of labeling and localization, then separate the object from the background. Because these segmented image regions are very similar in some properties, image segmentation is often used for pattern recognition and image understanding and image compression and coding of two major categories. Because the generated in the segmented region is a kind of image content representation, it is the image of visual analysis and pattern recognition based and segmentation results of quality of image analysis, recognition and interpretation of quality has a direct impact. Image segmentation it is according to certain features of the image (such as gray level, spectrum, texture, etc.) to a complete picture of the image is segmented into several meaningful area. These features made in a certain region of consistent or similar, and between different regions showed significantly different. Image segmentation technology in various fields have most of the field and its important significance in digital image processing, image segmentation has a wide range of applications, such as industrial automation, process control, online product inspection, image coding, document image processing, remote sensing and medical image analysis, security surveillance, as well as military, sports and other aspects. In medical image processing and analysis, image segmentation for body occurrence of three-dimensional display of the diseased organ or lesion location determination and analysis plays an effective role in counseling; in the analysis and application of road traffic conditions,

海洋放线菌XS904分类鉴定及其发酵液抑菌活性的研究

第39卷 第5期 海 洋 与 湖 沼 Vol.39, No.5 2008年 9月 OCEANOLOGIA ET LIMNOLOGIA SINICA Sep., 2008 * 浙江省自然科学基金资助项目,402038号。杨文鸽,博士,教授,E-mail :yangwenge@https://www.360docs.net/doc/b07517000.html, 收稿日期: 2007-08-17, 收修改稿日期: 2007-10-25 海洋放线菌XS904分类鉴定及其发酵液 抑菌活性的研究* 杨文鸽1 楼乔明2 徐大伦1 孙爱飞1 潘云娣3 (1. 应用海洋生物技术教育部重点实验室 宁波大学生命科学与生物工程学院 宁波 315211; 2. 中国海洋大学食品科学与工 程学院 青岛 266003; 3. 宁波出入境检验检疫局 宁波 315012) 提要 采用形态观察、培养特征、生理生化鉴定以及16S rDNA 序列分析方法, 对从宁波海域滩涂泥样中筛选到的一株放线菌XS904进行分类鉴定, 同时对XS904菌株发酵液的抑菌活性和抑菌物质的理化性质进行了研究。结果表明, XS904菌株为链霉菌属灰浅红链霉菌(Streptomyces griseorubens )的变种; 经液体培养, XS904菌株发酵液对革兰氏阳性细菌有显著的抑菌活性, 对金黄色葡萄球菌的最小抑制浓度为0.78%; pH 纸色谱和捷克八溶剂系统纸层析结果显示发酵液中的抑菌活性物质为一类中等极性的碱性抗生素, 易溶于三氯甲烷, 对温度较敏感, 在酸性和中性条件下稳定。 关键词 海洋放线菌, XS904, 分类鉴定, 发酵液, 抑菌活性 中图分类号 Q93 放线菌是抗生素等制药工业最重要的微生物资源之一。自Waksman(1943)从灰色链霉菌提取出链霉素以来, 在放线菌中已发现和分离到4000多种抗生素, 如链霉素、土霉素、卡那霉素、井冈霉素等已广泛应用于临床治疗和农业生产。当前开发研究陆栖放线菌已相当深入, 从陆栖放线菌发现新的活性物质的几率正逐渐下降, 因此从海洋微生物资源中寻找新型微生物药物成为研究的必然趋势(Adinarayana et al , 2007; Janos, 2005; Maskey et al , 2004)。据不完全统计, 自20世纪70年代东京微生物化学研究所从海洋放线菌Chainia sp.分离到抗生素SS-228Y 以来, 从海洋放线菌中发现结构新颖具有强生理活性的物质已达100多个, 其中90%以上产生于放线菌中的链霉菌属(林永成等, 2003)。源于链霉菌的新生理活性物质不断被发现, 新链霉菌的分离、鉴定和活性物质的筛选已成为微生物来源新药筛选工作的重要课题(Muramatsu et al , 2004; 徐平等, 2005)。 本实验室从宁波海域滩涂泥样中筛选到一株海洋放线菌XS904, 经多次传代培养证实该菌株具有稳定的生理特性。本文作者在形态观察、生理生化特征 试验以及16S rDNA 序列相似性比较的基础上对XS904菌株进行分类鉴定, 同时对该菌株发酵液的抑菌活性进行研究, 旨为海洋放线菌的开发利用提供理论依据。 1 材料与方法 1.1 材料 1.1.1 菌株XS904 分离自宁波象山港海域滩涂海泥中。 1.1.2 供试菌 青霉(Penicillium sp.), 根霉(Rhizopus sp.), 曲霉(Aspergillus niger ), 啤酒酵母(Saccharomyces carlsbergensis ), 金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus ), 枯草杆菌(Bacillus subtilis ), 大肠杆菌(Escherichia coli )。以上供试菌均由本院微生物实验室提供。 1.1.3 培养基 ① 改良高氏一号培养基:可溶性淀粉20g, KNO 3 1g, NaCl 0.5g, K 2HPO 4 0.5g, MgSO 4 0.5g, FeSO 4 0.01g, 琼脂15—20g, 海水晶30g, 蒸馏水1000ml, pH7.2—7.4, 121℃灭菌20min 。② 黄豆粉培养基:可溶性淀粉20g, 黄豆粉15g, 葡萄糖5g, 酵

海洋放线菌研究的新进展

海洋放线菌研究的新进展 3 刘妍 李志勇 33 (上海交通大学生命科学技术学院海洋生物技术实验室,上海 200240) 摘 要: 海洋放线菌由于其独特的代谢途径和合成新颖抗生素的能力,已经广泛引起人们的关注。本文就海洋放线菌在海洋环境中的分布、医药领域的应用及其相关研究方法进行了综述。 关键词: 海洋放线菌 分布 抗生素 研究方法 N ew R esearch Progress of Marine Actinomycetes 3 Liu Yan Li Zhiyong 33 (M arine B iotechnology L aboratory ,S chool of L i f e S cience and B iotechnolog y , S hanghai J iao Tong Universit y ,S hanghai 200240) Abstract : Great attentions have been paid to marine actinomycetes for their particular metabolic pathway and the ability to synthesize new antibiotics.This review summarized new development on the distribution ,pharmaceuti 2cal application and research approach of marine actinomycetes. K ey words : Marine actinomycetes Distribution Antibiotics Research approach 放线菌(acti nom ycetes )是一类高(G +C )%的 革兰氏阳性细菌。自1875年Cohn 从人泪腺感染病灶中分离到一株链丝菌(st reptot hri x )以来,放线菌由于其拥有独特的合成多种结构复杂的次生代谢产物的能力引起了人们的广泛关注。许多放线菌的次生代谢产物具有医药和植物保护方面的用途,已广泛用作抗细菌、抗真菌和抗肿瘤药物。现在已发现的数万种微生物来源的生物活性物质中,约有70%是由放线菌所合成的[1]。 目前分离得到的绝大多数放线菌都来源于土壤,陆生放线菌产生的抗生素占天然来源抗生素的三分之二以上。然而,随着病原微生物对抗生素抗性的日益提高,寻找具有新型作用机制的抗生素已迫在眉睫。近20年来,从陆生放线菌中分离得到的先导化合物的数量锐减,于是人们把目光投向了更为广阔的生境———海洋[2]。海洋占地球面积的70%,海洋微生物无论从数量还是多样性方面来说都是巨大的。 海洋放线菌的生活环境十分特殊,如:高盐度、高压、低营养、低温及与不同生物之间的关系等[3]。在这些所谓生命的极限环境中,海洋放线菌已发展出独特的代谢方式[4],这不仅确保其在极端环境中生存,也提供了产生新颖抗生素的潜力[5]。因此,海洋环境将成为放线菌和放线菌代谢产物的重要新来源。下面分别从海洋放线菌的分布、生物活性物质、研究方法等角度对于海洋放线菌的最新研究进展予以介绍。 1 海洋放线菌的分布 虽然人们普遍认为海洋放线菌的祖先来源于陆地,但越来越多研究表明:深海中有许多罕见的放线菌,这些放线菌与陆生样品中典型的放线菌有很大的不同[2,6,7]。 海洋放线菌主要包括链霉菌属(S t reptom yce 2tes )、小单孢菌属(M icromonos pora )以及红球菌(R hodococcus )、诺卡氏菌(N ocar di a )、游动放线菌(A cti nopl anetes )等稀有属种[8]。海洋放线菌主要 收稿日期:2005206221  3基金项目:国家高新技术发展计划(863)资助(2002AA628080,2004AA628060)及上海市青年科技启明星计划资助(04QMX1411)和上海 高校优秀青年教师后备人才计划资助 作者简介:刘妍(19812),女,硕士研究生。研究方向:海洋微生物33通讯作者:李志勇,Tel :021*********,E 2Mail :zyli @https://www.360docs.net/doc/b07517000.html,  生物技术通报 ?综述与专论? B IOTEC HNOLOGY BULL ETI N 2005年第6期

植物病原菌分离方法

病原菌分离方法 一、实验原理: 植物患病组织内的真丝菌丝体,如果给予适宜的环境条件,除了个别种类外,一般都能恢复生长和繁殖。植物病原菌的分离就是指通过人工培养,重染病植物组织中将病原真菌与其他杂菌相分开并从寄主植物中分离出来,再将分离得到的病原菌于适宜环境内纯化,这个过程总称植物病原的分离培养。 二、实验用具: 酒精灯、手术剪、镊子、75%酒精、3%~5%次氯酸钠、灭菌水、培养皿、封口膜、乳酸等 三、实验前的准备工作: 1、煮培养基(PDA):马铃薯200g,葡萄糖20g,琼脂粉(AGAR)20g(10:1:1)水1000ml (1)将去皮称量好的马铃薯切片后加水煮沸15~20min(水可以适量多加200ml 左右,因为在煮的过程中会蒸发一些),待土豆煮软即可。 (2)三层纱布滤去马铃薯后将过滤的水倒入洗净的锅中,加琼脂粉搅拌充分后再加热煮沸,小火使其充分融化。 (3)加入葡萄糖并不断搅拌,待其完全融化后双层纱布过滤,定容到1000ml,分装到500ml的玻璃瓶内,每个玻璃瓶最多装300ml,121℃湿热灭菌 30min。 2、培养皿干热灭菌170℃1h;蒸馏水、枪头等湿热灭菌121℃30min。 四、实验步骤: 1、用75%酒精擦拭超净工作台,所有器具用紫外灯灭菌30min,分离室要保持清洁。 2、取样,病斑大小约20个(含病缘线) 3、分装培养基:(1)融PDA,松盖在微波炉中加热约3min(看量多少而定) (2)待冷却至50℃后在超净工作台指示灯显绿灯时分装 (3) 分装时滴入一管乳酸约20滴(每10ml培养基中加3滴乳酸) (4)左手拿培养皿并将皿盖在火焰附近打开一缝,迅速倒入培养基 约15m1(300ml一瓶的培养基倒20多个平板),加盖后轻轻摇动培 养皿,使培养基均匀分布在培养皿底部,然后平置于桌面上,待凝

医学图像分割综述

医学图像分割综述郭爱心安徽大学摘要:图像分割是图像处理和分析的关键。随着影像医学的发展,图像分割在医学应用中具有重要意义。本文从医学应用的角度出发,对医学图像分割的意义、方法、评估标准和发展前景做出了简单综述。关键字:医学图像分割意义方法评估标准发展前景AReviewofMedicalImageSegmentation Ai- XinGuoAnhuiUniversityAbstract:Imagesegmentationisthekeyofimageprocessingandanalysis.Withthede velopmentofmedicalimage,imagesegmentationisofgreatsignificanceinmedicalapplications.Fromtheper spectiveofmedicalapplications,thispapermadeasimplereviewofthemedicalimagesegmentationonit’ssig nificance、methods、evaluationstandardsanddevelopmentprospects.words:Keymedical image,segmentation,sig nificance,methods,evaluation standards,developmentprospects1.医学图像分割的意义图像分割就是把图像分成若干个特定的、具有独特性质的区域并提出感兴趣目标的技术和过程。它是由图像处理到图像分析的关键步骤。医学图像包括CT、正电子放射层析成像技术(PET)、单光子辐射断层摄像(SPECT)、MRI(磁共振成像技术)、Ultrasound(超[2]声)及其它医学影像设备所获得的图像。医学图像分割是将原始的2D或3D图像划分成[1]不同性质(如灰度、纹理等)的区域,从而把感兴趣的区域提取出来。医学图像分割是一个非常有研究价值和研究意义的领域,对疾病诊断、图像引导手术以及医学数据可视化等有重要作用,为临床诊疗和病理学研究提供可靠的依据。医学图像处理有其复杂性和多样性。由于医学图像的成像原理和组织本身的特性差异,图像的形成受到诸如噪音、场偏移效应、局部体效应和组织运动等的影响,医学图像与普通图像相比较,不可

海洋放线菌_药物开发的新兴资源_蔡超靖

海洋放线菌—药物开发的新兴资源 蔡超靖, 丁彦博, 单越琦, 穆云龙 (华北制药集团新药研究开发有限责任公司 微生物药物国家工程研究中心 河北省工业微生物代谢工程技术研究中心, 石家庄 050015) 摘 要:近些年,海洋放线菌成为新药研发的重要来源,引起人们的关注,本文综述了海洋放线菌在分离方面取得的成绩,并介绍了通过传统筛选方法分离得到的生物活性代谢物,以及在与新化合物相关的基因挖掘和生物合成基因簇的异源表达方面取得的进展。 关键词:海洋放线菌; 活性代谢产物; 基因组学; 异源表达 中图分类号:R978.1 文献标识码:A 文章编号:1001-8751(2012)01-0022-08 Marine Actinomycetes -an Emerging Resource for the Drug Discovery Cai Chao-Jing , Ding Yan-Bo , Shan Yue-Qi , Mu Yun-Long (New Drug Research & Development Center of North China Pharmaceutical Group Corporation, National Microbial Medicine Engineering & Research Center, Hebei Industrial Microbial Metabolic Engineering Research Center, Shijiazhuang 050015) Abstract: As an important resource of the new drugs, more and more attentions were paid on marine actinomycetes recently. This review highlights achievements in the isolation of marine actinomycetes, some examples of bioactive metabolites identi ?ed by traditional screening, and presents new progress in the ?eld of genome mining leading to the discovery of novel compounds and heterologous expression of biosynthetic gene clusters. Key words :marine actinomycetes ; bioactive secondary metabolites ; genomics ;heterologous expression 收稿日期:2011-11-15 作者简介:蔡超靖,工程师, 研究方向:微生物来源的新药筛选。 放线菌是革兰阳性细菌,能产多种活性化合物,从20世纪50年代,人们开始研究和筛选陆生放线菌,得到许多重要的抗菌药物(两性霉素B ,红霉素,万古霉素),抗癌药物(柔红霉素,博莱霉素,丝裂霉素)和免疫抑制剂(雷帕霉素)。但近几年由于分离和筛选方法的限制,导致发现的化合物重复性高,人们转而开始研究极端生境微生物[1],以期发现新属种与新化合物。目前已经从海洋放线菌中分离到了许多结构新颖并具有多种生物活性的化合物,因此开发海洋放线菌资源,寻找新型活性先导化合物成为 当前的研究热点[2]。1 海洋放线菌及其分离技术 海洋放线菌的分离早在1969年[3]就开始,但由于与陆生放线菌的分离方法没有太大区别,因此未得到新的属种。随着采样和分离、培养方法的改进,许多海洋固有放线菌实现分离培养,海洋环境成为新的放线菌和新天然产物的来源。Fenica 和Jensen [4]从热带太平洋海域发现了包括嗜盐产孢菌属Salinispora (MAR1类群)和海孢菌属Marinispora (MAR2类群)在内的至少13个海洋放线菌

两个matlab实现最大熵法图像分割程序

%两个程序,亲测可用 clear all a=imread('moon.tif'); figure,imshow(a) count=imhist(a); [m,n]=size(a); N=m*n; L=256; count=count/N;%%每一个像素的分布概率 count for i=1:L if count(i)~=0 st=i-1; break; end end st for i=L:-1:1 if count(i)~=0 nd=i-1; break; end end nd f=count(st+1:nd+1); %f是每个灰度出现的概率 size(f) E=[]; for Th=st:nd-1 %%%设定初始分割阈值为Th av1=0; av2=0; Pth=sum(count(1:Th+1)); %%%第一类的平均相对熵为 for i=0:Th av1=av1-count(i+1)/Pth*log(count(i+1)/Pth+0.00001); end %%%第二类的平均相对熵为 for i=Th+1:L-1 av2=av2-count(i+1)/(1-Pth)*log(count(i+1)/(1-Pth)+0.00001); end E(Th-st+1)=av1+av2; end position=find(E==(max(E))); th=st+position-1

for i=1:m for j=1:n if a(i,j)>th a(i,j)=255; else a(i,j)=0; end end end figure,imshow(a); %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%2-d 最大熵法(递推方法) %%%%%%%%%%% clear all; clc; tic a=imread('trial2_2.tiff'); figure,imshow(a); a0=double(a); [m,n]=size(a); h=1; a1=zeros(m,n); % 计算平均领域灰度的一维灰度直方图 for i=1:m for j=1:n for k=-h:h for w=-h:h; p=i+k; q=j+w; if (p<=0)|( p>m) p=i; end if (q<=0)|(q>n) q=j; end a1(i,j)=a0(p,q)+a1(i,j); end end a2(i,j)=uint8(1/9*a1(i,j)); end

三种新型分离技术的综述

1引言 国内外对分离技术的发展十分重视,但由于应用领域十分广泛,原料、产品和对分离操作的要求多种多样,决定了分离技术的多样性。按机理划分,可大致分为五类:生成新相以进行分离(如蒸馏、结晶);加入新相进行分离(如萃取、吸收);用隔离物进行分离(如膜分离);用固体试剂进行分离(如吸附、离子交换)和用外力场或梯度进行分离(如离心萃取分离、电泳)等。现在运用较多且有很大发展前景的新型分离技术有超临界流体萃取技术、分子蒸馏技术和膜分离技术。 2超临界流体萃取技术及其应用 超临界流体萃取是_种以超临界流体代替常规有机溶剂对目标组分进行萃取和分离的新型技术。其原理是利用流体(溶剂)在临界点附近区域(超临界区)内与待分离混合物中的溶质具有异常相平衡行为和传递性能,且对溶质的溶解能力随压力和温度的改变而在相当宽的范围内变动来实现分离的。由于二氧化碳具有无毒、不易燃易爆、廉价、临界压力低、易于安全地从混合物中分离出来,所以是最常用的超临界流体。相对于传统提取分离方法(煎煮、醇沉、蒸发浓缩等)具 作者简介:周芙蓉,女,中北大学化工与环境学院研究生有以下优点:萃取效率高、传递速度快、选择性高、提取物较干净、省时、减少有机溶剂及环境污染、适合于挥发油等脂溶性成分的提取分离。 超临界流体萃取技术特点 ⑴由于在临界点附近,流体温度或压力的微小变化会引起溶解能力的极大变化,使萃取后溶剂与溶质容易分离。 ⑵由于超临界流体具有与液体接近的溶解能力,同时又保持了气体所具有的传递性,有利于高效分离的实现。 (3)利用超临界流体可在较低温度下溶解或选择性地提取出相应难挥发的物质,更好地保护热敏性物质。 (4)萃取效率高,萃取时间短。可以省却清除溶剂的程序,彻底解决了工艺繁杂、纯度不够且易残留有害物质等问题。 (5)萃取剂只需再经压缩便可循环使用,可大大降低成本。 (6)超临界流体萃取能耗低,集萃取、蒸馏、分离于_体,工艺简单,操作方便。 (7)超临界流体萃取能与多种分析技术,包括气相色谱、高效液相色谱、质谱等联用,省去了传统方法中蒸馏、浓缩溶剂的步骤。避免样品的损失、降解或污染,因而可以实现自动化。

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