DNA电泳常见问题分析

DNA电泳常见问题分析
DNA电泳常见问题分析

DNA电泳常见问题分析

DNA电泳常见问题

凝胶电泳操作注意事项

1、琼脂糖:不同厂家、不同批号的琼脂糖,其杂质含量不同,影响DNA的迁移及荧光背景的强度,应有选择地使用。

2、凝胶的制备:凝胶中所加缓冲液应与电泳槽中的相一致,溶化的凝胶应及时倒入板中,避免倒入前凝固结块。倒入板中的凝胶应避免出现气泡,以免影响电泳结果。

3、电泳缓冲液:为保持电泳所需的离子强度和pH,应经常更

新电泳缓冲液。

4、样品加入量:一般情况下,0.5cm宽的梳子可加0.5 yg的DNAS,加样量的多少依据加样孔的大小及DNA 中片段的数量和大小而定.当加样孔大时,样品上样量应相应加大,否则会造成条带浅甚至辨认不清;反之则应适当减少加样量,但是上样量过多会造成加样孔超载,从而导致拖尾或弥散,对于较大的DNAt匕现象更明显。

5、DNA羊品中盐浓度会影响DNA勺迁移率,平行对照样品应使用同样的缓冲条件以消除这种影响。

6、DNA迁移率取决于琼脂糖凝胶的浓度,迁移分子的形状及大小。采用不同浓度的凝胶有可能分辩范围广泛

的DNA分子,制备琼脂糖凝胶可根据DNA分子的范围来决定凝胶的浓度。小片段DNA的检测应采用聚丙烯酰胺凝胶电泳,以提高分辨率。

7.选择的实验材料要新鲜,处理时间不易过长。

8.在加入细胞裂解缓冲液前,细胞必须均匀分散,以减少DNA 团块形成。

9.提取的DNA不易溶解:不纯,含杂质较多;加溶解液太少使浓度过大。沉淀物太干燥,也将使溶解变得很困难。

10.电泳检测时DNA成涂布状:操作不慎;污染核酸酶等。

11.分光光度分析DNA勺A280/A260小于1.8 ;不纯,含有蛋白质等杂质。在这种情况下,应加入SDS至终浓度为0.5%,并重复步骤2?8。

12.酚/氯仿/异戊醇抽提后,其上清液太黏不易吸取:含高浓度的DNA可加大抽提前缓冲液的量或减少所取组织的量

DNA电泳常见问题分析之一

1请问配制聚丙烯酰胺凝胶电泳胶时,促凝的是TEMED还

是过硫酸铵?胶聚时间很长如何解决?

过硫酸铵提供驱动丙烯酰胺和双丙烯酰胺聚合所需

的自由基,而TEMED通过催化过硫酸铵形成自由基而加速它俩的聚合。胶聚合时间长可能是TEMED失效了,过硫酸铵固体时间过久也会失效的。

一个让PAGE胶很快聚合的方法:

不要先配AP (过硫酸铵)溶液,因为AP很容易变质。在保证TEMED和AP质量的情况下,每次配胶时,直接称一定量的AP 粉剂溶入液体状态的PAGE中,这样可以保证AP的催化能力,而且可以多加一点。配25ml 的PAGE胶,加0.03克AP粉剂,最后加入25ulTEMED,20分钟左右就可以凝固(当然这个时候拔梳子,会有少量未凝固的PAGE在孔里形成丝状干扰,使加的样品看起来不太漂亮,但一般不影响跑胶效果和条带的形状和

位置)。

2 DNA电泳的MARKER 怎么是扭曲的?

1、配制胶时的缓冲液需要和电泳缓冲液不是同时配制

的?最好是同时配制?电泳时缓冲液高过液面1 —2mm即可。

2、电泳时电压过高,可以在电泳前15分钟用较低电压

(3V/cm),等条带出孔后比较漂亮了?然后再调电压。

3、上样时尽量慢慢加样,等样品自然沉降后再加电压。

3跑出的DNA带模糊?

1、DNA降解:避免核酸酶污染。

2、电泳缓冲液陈旧:电泳缓冲液多次使用后,离子强度降低,pH值上升,缓冲能力减弱,从而影响电泳效果。建议经常更换电泳缓冲液。

3、所用电泳条件不合适:电泳时电压不应超过20V/cm , 温度V 30C;巨大DNA链电泳,温度应V 15 C;核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力。

4、DNA上样量过多:减少凝胶中DNA上样量。

5、DNA样含盐过高:电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐。

6、有蛋白污染:电泳前酚抽提去除蛋白。

7、DNA变性:电泳前勿加热,用20mM NaCI缓冲液稀释DNA。

4有不规则DNA带迁移?

1、对于入/Hind III片段cos位点复性:电泳前于65 C 加热DNA 5分钟,然后在冰上冷却5分钟。

2、电泳条件不合适:电泳电压不超过20V/cm ;温度V 30 C;经常更换电泳缓冲液。

3、DNA 变性:以20mM NaCl Buffer 稀释DNA,电泳前勿加热。

5跑出的DNA条带带弱或无DNA带?

1、DNA的上样量不够:增加DNA的上样量;聚丙烯酰胺凝胶电泳比琼脂糖电泳灵敏度稍高,上样量可适当降低。

2、DNA降解:避免DNA的核酸酶污染。

3、DNA走出凝胶:缩短电泳时间,降低电压,增强凝胶浓度。

4、对于EB染色的DNA,所用光源不合适?应用短波长(254nm )的紫外光源。

6跑出的DNA带缺失不完整是怎么回事?

1、如果是小DNA带走出凝胶,可以缩短电泳时间或降低电压或增强凝胶浓度。

2、分子大小相近的DNA带不易分辨??增加电泳时间,核准正确的凝胶浓度。

3、DNA 变性:电泳前请勿高温加热DNA链,以20mM NaCI Buffer 稀释DNA。

DNA链巨大,常规凝胶电泳不合适??在脉冲凝胶电泳上分析。

7做PCR电泳后跑电泳,目的基因是489BP的,结果每次切胶回收后再跑电泳就变成500多了,快到600 了?为什么?

有时只靠电泳结果判断是不准确的,同样的片段每次跑的远近会有不同。有经验显示目的片段是1300多, 结果就跑到1000的marker下面去了,后来证实片段没有问题。也有做的一个片段也是这样,是490BP.理论上两个条带一样,可是PCR结果显示就是大小不一致。然后回收以后的检测结果又全部都一样了,后来又拿去做了下一个测序,才知道根本没有问题。

8为什么marker条带非常模糊,无法辨别具体条-H-P

(免费共享)SDS-PEGA聚丙烯酰胺凝胶电泳常见问题及分析

常见问题及分析 1. 配胶缓冲液系统对电泳的影响? 在SDS-PAGE不连续电泳中,制胶缓冲液使用的是Tris-HCL缓冲系统,浓缩胶是pH6.7,分离胶pH8.9;而电泳缓冲液使用的Tris-甘氨酸缓冲系统。在浓缩胶中,其pH 环境呈弱酸性,因此甘氨酸解离很少,其在电场的作用下,泳动效率低;而CL离子却很高,两者之间形成导电性较低的区带,蛋白分子就介于二者之间泳动。由于导电性与电场强度成反比,这一区带便形成了较高的电压梯度,压着蛋白质分子聚集到一起,浓缩为一狭窄的区带。当样品进入分离胶后,由于胶中pH的增加,呈碱性,甘氨酸大量解离,泳动速率增加,直接紧随氯离子之后,同时由于分离胶孔径的缩小,在电场的作用下,蛋白分子根据其固有的带电性和分子大小进行分离。 所以,pH对整个反应体系的影响是至关重要的,实验中在排除其他因素之后仍不能很好解决问题的情况,应首要考虑该因素。 2. 样品如何处理? 根据样品分离目的不同,主要有三种处理方法:还原SDS处理、非还原SDS处理、带有烷基化作用的还原SDS处理。 1) 还原SDS处理:在上样buffer中加入SDS和DTT(或Beta巯基乙醇)后,蛋白质构 象被解离,电荷被中和,形成SDS与蛋白相结合的分子,在电泳中,只根据分子量来分离。一般电泳均按这种方式处理,样品稀释适当浓度,加入上样Buffer,离心,沸水煮5min,再离心加样。 2) 带有烷基化作用的还原SDS处理:碘乙酸胺的烷基化作用可以很好的并经久牢固的保 护SH基团,得到较窄的谱带;另碘乙酸胺可捕集过量的DTT,而防止银染时的纹理现象。100ul样品缓冲液中10ul 20%的碘乙酸胺,并在室温保温30min。 3) 非还原SDS处理:生理体液、血清、尿素等样品,一般只用1%SDS沸水中煮3min, 未加还原剂,因而蛋白折叠未被破坏,不可作为测定分子量来使用。 3. SDS-PAGE电泳凝胶中各主要成分的作用? 聚丙烯酰胺的作用:丙烯酰胺与为蛋白质电泳提供载体,其凝固的好坏直接关系到电泳成功与否,与促凝剂及环境密切相关; 制胶缓冲液:浓缩胶选择pH6.7,分离胶选择pH8.9,选择tris-HCL系统,TEMED 与AP:AP提供自由基,TEMED是催化剂,催化自由基引起的聚合反应进行;十二烷基磺酸钠(SDS):阴离子去污剂,作用有四:去蛋白质电荷、解离蛋白质之间的氢键、取消蛋白分子内的疏水作用、去多肽折叠。 4. 提高SDS-PAGE电泳分辨率的途径? 聚丙烯酰胺的充分聚合,可提高凝胶的分辨率。建议做法:待凝胶在室温凝固后,可在室温下放置一段时间使用。忌即配即用或4度冰箱放置,前者易导致凝固不充分,后者可导致SDS结晶。一般凝胶可在室温下保存4天,SDS可水解聚丙烯酰胺。 一般常用的有氨基黑、考马斯亮蓝、银染色三种染料,不同染料又各自不同的染色方法,具体可参照郭尧君编著的《蛋白质电泳技术手册》P82-103。

引物设计基本方法

Primer 5.0搜索引物: 1.Primer Length我常设置在18-30bp,短了特异性不好,长了没有必要。当然有特殊要求的除外,如加个酶切位点什么的。 2.PCR Product size最好是100-500bp之间,小于100bp的PCR产物琼脂糖凝胶电泳出来,条带很模糊,不好看。至于上限倒也不必要求苛刻。 3.Search parameters还是选Manual吧,Search stringency应选High,GC含量一般是40-60%。其它参数默认就可以了。 4.搜索出来的引物,按Rating排序,逐个送Oligo软件里评估。当然,搜索出的引物,其扩增产物很短,你可以不选择它,或是引物3端≥2个A或T,或引物内部连续的G或C太多,或引物3端≥2个G或C,这样的引物应作为次选,没得选了就选它。对于这样的引物,如果其它各项指标还可以,我喜欢在引物末端去掉一个不满意的或加上一个碱基,看看引物的评估参数有没有变好点。 Oligo 6.0评估引物: 1.在analyze里,Duplex Formation不管是上游引物、下游引物还是上下游引物之间,The most stable 3’-Dimer绝对值应小于4.5kcal/mol, The most stable Dimer overall绝对值一般应小于多少kcal/mol跟PCR退火温度有关,我几次实验感觉在PCR退火温度在65°的时候,The most stable Dimer ove rall 6.7kcal/mol没有问题。 2.Hairpin Formation根据黄金法则 3.False priming sites: Primer的priming efficiency应该是错配地方的4倍左右,更多当然更好。 4.在PCR栏,个人感觉其所显示的optimal annealing temperature数值值得参考。在PCR摸索条件的时候,退火温度为其数值加减2的范围就可以了。 5.Internal stability很重要:我们希望引物的内部稳定性是中间高、两边低的弧形,最起码保证3端不要过于稳定。下图1引物3端过于稳定,很容易导致不适当扩增。△G参照黄金法则,这其实很好理解:把一滴水放到大海里,这滴水就会不停的扩散分布,扩散的越厉害越稳定,所以△G绝对值越大结构越稳定。 最后说一句,敢于尝试就会成功。 第二贴 --科室工作很多,小医生了,没有办法,所以肯怕不能满足很多战友的要求(qq聊或帮助设计),在此表示抱歉。就楼上的问题我试着回答一下,不一定正确,供参考吧。 --1、两个评价系统不一样,个人感觉oligo评价引物好点,primer出来的引物,我一般按效率排序,再结合退火温度和引物长度,选择引物到oligo测试。这是初步的选择,其实引物到了oligo里,退火温度也不一样。 --2、3端的二聚体应该避免,这个要看你的退火温度决定,一个50°的退火温度肯定和65°对二聚体的影响不一样了,一般来讲尽量控制在-4.5kcal/mol以下(个人观点,很多东西真得还是需要自己摸索)。 --3、个人感觉3端有A无A影响不大,3端有T的没有经验。有T是不是一定不行,个人感觉不见得。软件是评估,法则也不是没有例外,不是1+1=2那么确定。 --4、错配和二聚体谁轻谁重,个人觉得“到致命的程度”谁都重要,我也说不好。我设计的时候,尽量两个都不得罪。 --5、GC含量并非不重要,它直接影响引物各端稳定性,3端来两个G或C,稳定性就上去了,粘在模板上很牢。所以我设计的时候,尽量避免这样的情况出现。 谈一下我学这个引物设计的过程吧:

DNA合成常见问题解答

DNA合成常见问题解答 1.DNA合成粗产物中含有什么杂质 DNA合成仪合成的粗产物经过浓氨水氨解以后,其中除了含有所需的目的DNA片段(n)以外,还含有合成反应过程中产生的目的片段短的失败片段(n-1,n-2,…)以及脱保护基团产生的铵盐。需要通过纯化去除短片段、通过脱盐去除盐分。 2.如何进行合成产物的纯化 目前公认和大多采用的DNA粗产物后处理方式有4种: A) C18柱脱盐,这是一种活性炭柱子,有人称其为简易反相柱,它对DNA有特异性的吸附,可以被有机溶解洗脱,但不会被水洗脱,所以能有效地去除盐分。但是它不能有效去除比目的片段短的小片段。实际上,它是一种脱盐的作用。这种方法处理的产物中虽然含有比目的片段少5' 端一个或两个或多个碱基的产物,却一般不会对普通PCR反应产生影响。但是对于需要用于测序、用于克隆的引物不能使用这个级别,以免后患无穷。 B) OPC柱纯化,OPC柱中装有对Dmt具有亲和力的树脂,合成DNA片段时保留5' 端最后一个碱基上的Dmt,所有合成产物吸附在OPC柱上以后,用稀的有机溶剂洗柱,带有Dmt 的片段吸附能力强,不易被洗脱,不带有Dmt的片段吸附能力弱, 被洗脱。然后用三氟乙酸TFA或三氯乙酸TCA脱去Dmt基团,再用浓一点的有机溶剂洗脱DNA这种方法的优点是快速,简易。但是其专一性吸附Dmt能力有限, 不免仍然有短片段带入的可能,而且负载量小。特别是对长于25 碱基以上的片段纯化效果不好。 C) HPLC纯化,这是国外厂家常常使用的办法。它是依据不同大小的片段带有的净 电荷多少来分离产物的。合成粗产物中不同长度的DNA片段决定了它带有不同的 净电荷,较长的片段带有高电荷比带电荷低的短片段在离子交换柱中流动得慢。 先将粗产物检测主峰位置,再增加加样量,回收主峰位置的部分。它的优点是自动化程度高、省人

DNA电泳常见问题分析

DNA电泳常见问题 凝胶电泳操作注意事项 1、琼脂糖:不同厂家、不同批号的琼脂糖,其杂质含量不同,影响DNA的迁移及荧光背景的强度,应有选择地使用。 2、凝胶的制备:凝胶中所加缓冲液应与电泳槽中的相一致,溶化的凝胶应及时倒入板中,避免倒入前凝固结块。倒入板中的凝胶应避免出现气泡,以免影响电泳结果。 3、电泳缓冲液:为保持电泳所需的离子强度和pH,应经常更新电泳缓冲液。 4、样品加入量:一般情况下,0.5cm宽的梳子可加0.5μg的DNA量,加样量的多少依据加样孔的大小及DNA 中片段的数量和大小而定.当加样孔大时,样品上样量应相应加大,否则会造成条带浅甚至辨认不清;反之则应适当减少加样量,但是上样量过多会造成加样孔超载,从而导致拖尾或弥散,对于较大的DNA此现象更明显。 5、 DNA样品中盐浓度会影响DNA的迁移率,平行对照样品应使用同样的缓冲条件以消除这种影响。 6、 DNA迁移率取决于琼脂糖凝胶的浓度,迁移分子的形状及大小。采用不同浓度的凝胶有可能分辩范围广泛的DNA分子,制备琼脂糖凝胶可根据DNA分子的范围来决定凝胶的浓度。小片段DNA的检测应采用聚丙烯酰胺凝胶电泳,以提高分辨率。 7.选择的实验材料要新鲜,处理时间不易过长。 8.在加入细胞裂解缓冲液前,细胞必须均匀分散,以减少DNA团块形成。 9. 提取的DNA不易溶解:不纯,含杂质较多;加溶解液太少使浓度过大。沉淀物太干燥,也将使溶解变得很困难。 10. 电泳检测时DNA成涂布状:操作不慎;污染核酸酶等。 11.分光光度分析DNA的A280/A260小于1.8;不纯,含有蛋白质等杂质。在这种情况下,应加入SDS至终浓度为0.5%,并重复步骤2~8。 12.酚/氯仿/异戊醇抽提后,其上清液太黏不易吸取:含高浓度的DNA,可加大抽提前缓冲液的量或减少所取组织的量 DNA电泳常见问题分析之一 1 请问配制聚丙烯酰胺凝胶电泳胶时,促凝的是TEMED还是过硫酸铵?胶聚时间很长如何解决? 过硫酸铵提供驱动丙烯酰胺和双丙烯酰胺聚合所需的自由基,而TEMED通过催化过硫酸铵形成自由基而加速它俩的聚合。胶聚合时间长可能是TEMED失效了,过硫酸铵固体时间过久也会失效的。 一个让PAGE胶很快聚合的方法: 不要先配AP(过硫酸铵)溶液,因为AP很容易变质。在保证TEMED和AP质量的情况下,每次配胶时,直接称一定量的AP粉剂溶入液体状态的PAGE中,这样可以保证AP的催化能力,而且可以多加一点。配25ml的PAGE胶,加0.03克AP粉剂,最后加入25ulTEMED,20分钟左右就可以凝固(当然这个时候拔梳子,会有少量未凝固的PAGE在孔里形成丝状干扰,使加的样品看起来不太漂亮,但一般不影响跑胶效果和条带的形状和位置)。 2 DNA电泳的MARKER怎么是扭曲的? 1、配制胶时的缓冲液需要和电泳缓冲液不是同时配制的.最好是同时配制.电泳时缓冲液高过液面1-2mm

金蝶常见问题及处理方法

金蝶常见问题及处理方法(1) 1、明细帐查询错误 错误描述:帐套在查询明细帐(包括数量明细帐)时提示“产生未知错误”或提示:发生未知错误, 系统将当前操作取消,错误号为0,请与金蝶公司联系。 问题原因:数据库表Glbal, Glpnl 表损坏 处理方法:备份当前数据表后,导入新的表结构,并把原数据导入到新表,再利用Check 检查关 系的完整性。 2、报表取数出现翻倍 错误描述:在报表中进行数据重算后,数据出现双倍。 问题原因:系统在凭证过账时产生过账错误。(报表公式错误除外) 处理方法:具体步骤如下: 1)进行反过帐、反结帐到出错期间, 2)安装新版本软件(建议用比较高的版本), 3)在新版本软件中恢复操作权限, 4)在新版本软件中重新进行过帐、结帐 注意:如果是偶尔在最近一期才出现这种现象,则只需将数据中的Glpnl 表中的记录删除,再 反过帐→反结帐→过帐→结帐,即可。 3、利用ODBC 修复账套 操作步骤;

1)、打开Office 工作组管理文件Wrkgadm.Exe 链接System.Mda 文件 2)、取消System.Mda 的登录密码:进入Access,不打帐套,通过“工具--安全--用户组与帐号”---- “更改登录密码”,输入原密码后,直接确定。 3)、设置Odbc:进入Win2000 的ODBC,添加--选择“Driver Do Microsoft Access (*.Mdb)”---完 成 4)、数据库---选择System.Mda 所在路径和它的文件名 5)、设置高级选项:输入登录的名称(Morningstar);此时不要输入密码,它也没有密码的。 6)、设置修复选项:选择需要修复的帐套,确定。 7)、待系统将提示修复成功,可以用Access 和软件检测试数据了,结合Check 检查该帐套的完整 性。 8)、修改完成后,建议回到Access 中,将密码还原,以确保数据库的安全。 帮助顾客成功 - 4 - 技术支持快递第6 期 4、帐套备份提示错误 错误描述:进行账套备份时,系统提示:文件操作发生下面的错误,请仔细检查有关的文件、路径 和驱动器91:未设置对象变量或With Block 变量。确定后,返回界面。 问题原因:数据库表Glpref 错误或数据库损坏

引物设计原则(必看)

mi引物设计原则 1. 引物的长度一般为15-30 bp,常用的是18-27 bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA聚合酶进行反应。 2. 引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其是3’端相似性较高的序列,否则容易导致错配。引物3’端出现3个以上的连续碱基,如GGG或CCC,也会使错误引发机率增加。 3. 引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率,末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基,因此应当避免在引物的3’端使用碱基A。另外,引物二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败。5’端序列对PCR影响不太大,因此常用来引进修饰位点或标记物。 4. 引物序列的GC含量一般为40-60%,过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。 5. 引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可使复性条件最佳。Tm值的计算有多种方法,如按公式Tm=4(G+C)+2(A+T),在Oligo软件中使用的是最邻近法(the nearest neighbor method)。 6. ΔG值是指DNA双链形成所需的自由能,该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性。应当选用3’端ΔG值较低(绝对值不超过9),而5’端和中间ΔG 值相对较高的引物。引物的3’端的ΔG值过高,容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应。 7. 引物二聚体及发夹结构的能值过高(超过4.5kcal/mol)易导致产生引物二聚体带,并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行。 8. 对引物的修饰一般是在5’端增加酶切位点,应根据下一步实验中要插入PCR 产物的载体的相应序列而确定。 引物序列应该都是写成5-3方向的, Tm之间的差异最好控制在1度之内, 另外我觉得扩增长度大一些比较好,500bp左右。 要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构,就要避开它。如这一段不能

PCR常见问题分析报告及对策

PCR常见问题分析及对策(无扩增产物、非特异性扩增、拖尾、假阳性) 问题1:无扩增产物 现象:正对照有条带,而样品则无 原因: 1.模板:含有抑制物,含量低 2.Buffer对样品不合适 3.引物设计不当或者发生降解 4.反应条件:退火温度太高,延伸时间太短 对策: 1.纯化模板或者使用试剂盒提取模板DNA或加大模板的用量 2.更换Buffer或调整浓度 3.重新设计引物(避免链间二聚体和链内二级结构)或者换一管新引物 4.降低退火温度、延长延伸时间 问题2:非特异性扩增 现象:条带与预计的大小不一致或者非特异性扩增带 原因: 1.引物特异性差 2.模板或引物浓度过高 3.酶量过多 4.Mg2+浓度偏高 5.退火温度偏低

6.循环次数过多 对策: 1.重新设计引物或者使用巢式PCR 2.适当降低模板或引物浓度 3.适当减少酶量 4.降低镁离子浓度 5.适当提高退火温度或使用二阶段温度法 6.减少循环次数 问题3:拖尾 现象:产物在凝胶上呈Smear状态。 原因: 1.模板不纯 2.Buffer不合适 3.退火温度偏低 4.酶量过多 5.dNTP、Mg 2+浓度偏高 6.循环次数过多 对策: 1.纯化模板 2.更换Buffer 3.适当提高退火温度 4.适量用酶 5.适当降低dNTP和镁离子的浓度 6.减少循环次数 问题4:假阳性 现象:空白对照出现目的扩增产物 原因: 靶序列或扩增产物

的交*污染 对策: 1.操作时应小心轻柔,防止将靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外; 2.除酶及不能耐高温的物质外,所有试剂或器材均应高压消毒。所用离心管 及加样枪头等均应一次性使用。 3.各种试剂最好先进行分装,然后低温贮存 PCR产物的电泳检测时间 一般为48h以内,有些最好于当日电泳检测,大于48h后带型不规则甚致消失。 假阴性,不出现扩增条带 PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备,②引物的质量与特异性,③酶的质量及,④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。 模板:①模板中含有杂蛋白质,②模板中含有Taq酶抑制剂,③模板中蛋白质没有消化除净,特别是染色体中的组蛋白,④在提取制备模板时丢失过多,或吸入酚。⑤模板核酸变性不彻底。在酶和引物质量好时,不出现扩增带,极有可能是标本的消化处理,模板核酸提取过程出了毛病,因而要配制有效而稳定的消化处理液,其程序亦应固定不宜随意更改。 酶失活:需更换新酶,或新旧两种酶同时使用,以分析是否因酶的活性丧失或不够而导致假阴性。需注意的是有时忘加Taq酶或溴乙锭。 引物:引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称,是PCR失败或扩增条带不理想、容易弥散的常见原因。有些批号的引物合成质量有问题,两条引物一条浓度高,一条浓度低,造成低效率的不对称扩增,对策为:①选定一个好的引物合成单位。②引物的浓度不仅要看OD值,更要注重引物原液做琼脂糖凝胶电泳,一定要有引物条带出现,而且两引物带的亮度应大体一致,如一条引物有条带,一条引物无条带,此时做PCR有可能失败,应和引物合成单位协商解决。如一条引物亮度高,一条亮度低,在稀释引物时要平衡其浓度。③引物应高浓度小量分装保存,防止多次冻融或长期放冰箱冷藏部分,导致引物变质降解失效。④引物设计不合理,如引物长度不够,引物之间形成二聚体等。 Mg2+浓度:Mg2+离子浓度对PCR扩增效率影响很大,浓度过高可降低PCR扩增的特异性,浓度过低则影响PCR扩增产量甚至使PCR扩增失败而不出扩增条带。反应体积的改变:通常进行PCR扩增采用的体积为20ul、30ul、50ul。或100ul,应用多大体积进行PCR扩增,是根据科研和临床检测不同目的而设定,在做小体积如20ul 后,再做大体积时,一定要模索条件,否则容易失败。 物理原因:变性对PCR扩增来说相当重要,如变性温度低,变性时间短,极有可能出现假阴性;退火温度过低,可致非特异性扩增而降低特异性扩增效率退火温度过高影响引物与模板的结合而降低PCR扩增效率。有时还有必要用标准的温度计,检测一下扩增仪或水溶锅内的变性、退火和延伸温度,这也是PCR 失败的原因之一。 靶序列变异:如靶序列发生突变或缺失,影响引物与模板特异性结合,或因靶序列某段缺失使引物与模板失去互补序列,其PCR扩增是不会成功的。 假阳性 出现的PCR扩增条带与目的靶序列条带一致,有时其条带更整齐,亮度更高。 引物设计不合适:选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性,因而在进行PCR扩增时,扩增出的PCR产物为非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出现假阳性。需重新设计引物。 靶序列或扩增产物的交叉污染:这种污染有两种原因:一是整个基因组或大片段的交叉污染,导致假阳性。这种假阳性可用以下方法解决:①操作时应小心轻柔,防止将靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外。②除酶及不能耐高温的物质外,所有试剂或器材均应高压消毒。所用离心管及样进枪头等均应一次性使用。③必要时,在加标本前,反应管和试剂用紫外线照射,以破坏存在的核酸。二是空气中的小片段核酸污染,这些小片段比靶序列短,但有一定的同源性。可互相拼接,与引物互补后,可扩增出PCR产物,而导致假阳性的产生,可用巢式PCR方法来减轻或消除。 出现非特异性扩增带 PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带与非特异性扩增带。非特异性条带的出现,其原因:一是引物与靶序列不完全互补、或引物聚合形成二聚体。二是Mg2+离子浓度过高、退火温度过低,及PCR循环次数过多有关。其次是酶的质和量,往往一些来源的酶易出现非

琼脂糖凝胶电泳常见问题分析

琼脂糖凝胶电泳常见问题分析

DNA凝胶电泳简介 一、实验原理 DNA电泳是基因工程中最基本的技术,DNA制备及浓度测定、目的DNA片段的分离,重组子的酶切鉴定等均需要电泳完成。根据分离的DNA大小及类型的不同,DNA电泳主要分两类:

1、聚丙烯酰胺凝胶电泳适合分离1kb以下的片段,最高分辨率可达1bp,也用于分离寡核苷酸,在引物的纯化中也常用此中凝胶进行纯化,也称PAGE纯化。 2、琼脂糖凝胶电泳可分离的DNA片段大小因胶浓度的不同而异,胶浓度为0.5~0.6%的凝胶可以分离的DNA片段范围为20bp~50kb。电泳结果用溴化乙锭(EB)染色后可直接在紫外下观察,并且可观察的DNA条带浓度为纳克级,而且整个过程一般1小时即可完成。由于该方法操作的简便和快速,在基因工程中较常用。 二、琼脂糖凝胶 琼脂糖是从琼脂中分离得到,由1,3连接的吡喃型b-D-半乳糖和1,4连接的3,6脱水吡喃型阿a-L-半乳糖组成,形成相对分子量为104~105的长链。琼脂糖加热溶解后分子呈随机线团状分布,当温度降低时链间糖分子上的羟基通过氢键作用相连接,形成孔径结构,而随着琼脂糖浓度不同形成不同大小的孔径。表1给出了不同浓度凝胶对DNA片段的线性分离范围。 表1不同类型琼脂糖分离DNA片段大小的范围 由于琼脂糖凝胶是通过氢键的作用,因此过酸或过碱等破坏氢键形成的方法常用于凝胶的再溶化,象NaClO4能用于凝胶的裂解,一般的凝胶回收试剂盒利用的也是这一原理。 随着实验技术的发展,也针对不同用途开发了各种类型的琼脂糖凝胶:(1)低熔点琼脂糖凝胶,用于DNA片段的回收,且由于该种凝胶中无抑制酶,可在胶中进行酶切、连接等;(2)高熔点凝胶,可分离小于1kb的DNA片段,专用于PCR产物的分析;(3)快速凝胶,电泳速度比普通凝胶中快一倍,可节省实验时间;(4)适用于DNA大片段的分离。(5)其它类型。各生产商还开发很多类型的凝胶,可根据实验要求选择不同类型的,选择原则是考虑合适的机械强度和熔点。

CASS中常见问题及解决办法

CASS常见问题及解决方法: 1 AutoCAD的安装问题 安装AutoCAD2006时,提示 问题原因:这是由于CAD06用的是NET Framework 这个插件,而cad06以上版本用的是更高的NET Framework版本。导致这种情况的原因有可能是因为之前安装过高版本的CAD,使得电脑中的.NET版本比较高。 解决办法: A 找到安装盘下的\Bin\acadFeui\support\dotnetfx\,先运行这个程序,安装完成后再安装AutoCAD2006; B 找到安装盘下,直接双击运行,即可安装AutoCAD2006,并且不用卸载高版本的.NET。 AutoCAD安装完成后打开,提示丢失.dll文件 问题的原因: A 安装时没有安装完全, B 电脑中毒,致使.dll文件丢失 C 程序环境变量指向错误 解决办法: A 如果是电脑中毒后使得.dll文件丢失,可先对电脑进行杀毒,然后从网上下载对应的.dll文件,放在C:\Program Files (x86)\Common Files\Autodesk Shared 目录下,或者杀毒完成后,重新安装CAD; B 如果是安装不完全,重新安装软件可解决 C 程序环境变量错误时,应进行以下操作 我的电脑→属性→高级系统设置→环境变量→系统变量→新建系统变量,变量名为:AutoCAD;变量值为:C:\Program Files\Common Files\Autodesk Shared,确定即可。重启CAD,问题解决。 CASS安装在AutoCAD2014上时,每次打开软件,都会提示 解决办法:打开软件,点击不加载(一共四个提示,全部不加载),在空白出右键→选项→文件→受信任的位置,

引物设计注意事项

引物设计 首先引物与模板的序列要紧密互补, 其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构, 再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配)。 引物设计应注意如下要点: 1. 引物的长度一般为15-30 bp,常用的是18-27 (22)bp,但不应大于 38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA聚合酶进行反应。 2. 碱基要随机分布。 引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其是3’端相似性较高的序列,否则容易导致错误引发(False priming)。降低引物与模板相似性的一种方法是,引物中四种碱基的分布最好是随机的,不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C,如GGG或CCC,因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。 3. 引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。不同 的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率,末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基,因此应当避免在引物的3’端使用碱基A。而当末位链为T时,错配的引发效率大大降低,G、C错配的引发效率介于A、T之间,所以3′端最好选择T。 非配对结构最好出现在引物中间。 另外,引物二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败,3’端尽量不含互补碱基。 5’端序列对PCR影响不太大,因此常用来引进修饰位点或标记物。 4. 引物序列的GC含量一般为40-60%,过高或过低都不利于引发反应。 上下游引物的GC含量不能相差太大。 5. 引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可使复性条件最佳。 Tm值的计算有多种方法,如按公式Tm=4(G+C)+2(A+T),在Oligo 软件中使用的是最邻近法。 6. ΔG值是指DNA双链形成所需的自由能,该值反映了双链结构内部碱 基对的相对稳定性。应当选用3’端ΔG值较低(绝对值不超过9),而5’端和中间ΔG值相对较高的引物。引物的3’端的ΔG值过高,容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应。 7. 引物二聚体及发夹结构的能值过高(超过 4.5kcal/mol)易导致产 生引物二聚体带,并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行。

引物的应用常识

引物的应用常识 引物的原理 引物是短的寡核苷酸片段,充当DNA复制的起点。因为几乎所有DNA聚合酶都不能从头合成,所以它们需要一个3’-羟基作为DNA合成的起始点。这个3’-羟基由相配的引物提供。在体内,由于DNA聚合酶的忠实性,不能从头合成DNA,因此只能由RNA聚合酶(称为引物酶)生成,采用RNA引物来延伸,在延伸过程中,RNA引物降解并由DNA取代。在体外PCR反应中所用到的DNA引物,是根据不同的要求及模板序列设计,然后用化学法人工合成的,与模板形成双链后在DNA聚合酶的作用下就可以继续链的延伸;对于大多数PCR反应,决定整个反应成功与否的最重要因素是引物的序列和质量。 1. 不同实验要求的引物选择 在开始设计引物之前,必须弄清以下几点: (1)明确PCR的目的(例如克隆、SNP检测、定量检测等) (2)确定样品材料(基因组DNA、RNA、微小RNA) (3)确定PCR的类型(普通的、定量PCR、RT-PCR、长片段PCR),在查找序列的时候还需要考虑可能存在的问题(如假基因等) 2.引物设计的重要因素 有一些不同的软件工具可用于引物设计和引物分析。引物设计的软件如Oligo 6.22 ,Premier 5.0,Primer Express 3。引物分析常用Primer 5,Oligo 6.22,Primer-Blast。目前生工生物给客户提供的引物设计服务引物用的是在线软件Primer 3 plus, ?引物长度和专一性 常见的引物长度为18-30个碱基。短的引物(≤15碱基)能非常高效地结合, 但是它们的专一性不够。较长的引物能提高专一性,然而退火效率低,从而导致PCR产量低下。 同时应避免编码单一序列和重复序列的引物。 ?平衡GC含量,避免GC-和AT-富集区域 引物的GC含量应介于40%~60%之间。应避免聚-(dC)-或聚(dG)-区域,因为它们会降低退火反应的专一性。聚-(dA)-和聚(dT)-也应避免,因为这样会形成不稳定的引物-模板复合物,从而降低扩增效率。 ?3’-序列 3’端为G-或C-核苷酸较好,因为能增加结合强度。同时它将提高PCR效率,因为引物-模板符合物的开放将达到最小。但是,超过3个G/C碱基将会具有负面效果,因为会 降低反应的专一性。 ?避免互补的引物序列

常见仪表常见故障及处理办法

仪表常见故障检查及分析处理 一、磁翻板液位计: 1、故障现象:a、中控远传液位和现场液位对不上或者进液排液时液位无变化;b、现场液位计和中控远传均没有问题的情况下,中控和现场液位对不上; 2、故障分析:a、在确定远传液位准确的情况下,一般怀疑为液位计液相堵塞造成磁浮子卡住,b、现场液位变送器不是线性; 3、处理办法:a、关闭气相和液相一次阀,打开排液阀把内部液体和气体全部排干净,然后再慢慢打开液相一次阀和气相一次阀,如果液位还是对不上,就进行多次重复的冲洗,直到液位恢复正常为止;b、对液位计变送器进行线性校验。 二、3051压力变送器:压力变送器的常见故障及排除 1)3051压力变送器输出信号不稳 出现这种情况应考虑A.压力源本身是一个不稳定的压力B.仪表或压力传感器抗干扰能力不强C.传感器接线不牢D.传感器本身振动很厉害E.传感器故障 2)加压变送器输出不变化,再加压变送器输出突然变化,泄压变送器零位回不去,检查传感器器密封圈,一般是因为密封圈规格原因(太软或太厚),传感器拧紧时,密封圈被压缩到传感器引压口里面堵塞传感器,加压时压力介质进不去,但是压力很大时突然冲开密封圈,压力传感器受到压力而变化,而压力再次降低时,密封圈又回位堵住引压口,残存的压力释放不出,因此传感器零位又下不来。排除此原

因方法是将传感器卸下看零位是否正常,如果正常更换密封圈再试。 3)3051压力变送器接电无输出 a)接错线(仪表和传感器都要检查) b)导线本身的断路或短路 c)电源无输出或电源不匹配 d)仪表损坏或仪表不匹配 e)传感器损坏 总体来说对3051压力变送器在使用过程中出现的一些故障分析和处理主要由以下几种方法。 a)替换法:准备一块正常使用的3051压力变送器直接替换怀疑有故障的这样可以简单快捷的判定是3051压力变送器本身的故障还是管路或其他设备的故障。 b)断路法:将怀疑有故障的部分与其它部分分开来,查看故障是否消失,如果消失,则确定故障所在,否则可进行下一步查找,如:智能差压变送器不能正常Hart远程通讯,可将电源从仪表本体上断开,用现场另加电源的方法为变送器通电进行通讯,以查看是否电缆是否叠加约2kHz的电磁信号而干扰通讯。 c)短路检测:在保证安全的情况下,将相关部分回路直接短接,如:差变送器输出值偏小,可将导压管断开,从一次取压阀外直接将差压信号直接引到差压变送器双侧,观察变送器输出,以判断导压管路的堵、漏的连通性 三、雷达液位计:

PCR常见问题分析及对策

. PCR常见问题分析及对策(无扩增产物、非特异性扩增、拖尾、假阳性) 问题1:无扩增产物 现象:正对照有条带,而样品则无 原因: 1.模板:含有抑制物,含量低 2.Buffer对样品不合适 3.引物设计不当或者发生降解 4.反应条件:退火温度太高,延伸时间太短 对策: 1.纯化模板或者使用试剂盒提取模板DNA或加大模板的用量 2.更换Buffer或调整浓度 3.重新设计引物(避免链间二聚体和链内二级结构)或者换一管新引物 4.降低退火温度、延长延伸时间 问题2:非特异性扩增 现象:条带与预计的大小不一致或者非特异性扩增带 原因: 1.引物特异性差 2.模板或引物浓度过高 3.酶量过多 4.Mg2+浓度偏高 5.退火温度偏低

. 6.循环次数过多 对策: 1.重新设计引物或者使用巢式PCR 2.适当降低模板或引物浓度 3.适当减少酶量 4.降低镁离子浓度 5.适当提高退火温度或使用二阶段温度法 6.减少循环次数

问题3:拖尾 现象:产物在凝胶上呈Smear状态。 原因: 1.模板不纯 2.Buffer不合适 3.退火温度偏低 4.酶量过多 5.dNTP、Mg 2+浓度偏高 6.循环次数过多 对策: 1.纯化模板 2.更换Buffer 3.适当提高退火温度 4.适量用酶 5.适当降低dNTP和镁离子的浓度 6.减少循环次数 问题4:假阳性 现象:空白对照出现目的扩增产物 原因: 靶序列或扩增产物 的交*污染 对策: 1.操作时应小心轻柔,防止将靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外; 2.除酶及不能耐高温的物质外,所有试剂或器材均应高压消毒。所用离心管 及加样枪头等均应一次性使用。 3.各种试剂最好先进行分装,然后低温贮存 PCR产物的电泳检测时间 一般为48h以内,有些最好于当日电泳检测,大于48h后带型不规则甚致消失。

电泳常见问题

Marker 参考见解:marker有时会出现这样的问题,应该是时间久了。新买时跑胶在点样孔没有,过一段时间就会在点样孔出现亮点。也可能是蛋白,有时DNA提的不纯含有蛋白时就会出现上样孔有条带的现象 琼脂糖凝胶电泳检测DNA时,跑出的带后面出现拖尾现象,什么原因造成的? 参考见解:DNA带模糊??: 1、DNA降解??避免核酸酶污染。 2、DNA上样量过多??减少凝胶中DNA上样量。 3、所用电泳条件不合适??电泳时电压不应超过20V/cm,温度<30℃,巨大DNA链,温度应<15℃,核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力。 4、DNA样含盐过高??电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐。 5、有蛋白污染??电泳前酚抽提去除蛋白。 6、DNA变性,?电泳前勿加热,用20mM NaCl缓冲液稀释DNA。 将从组织提取的DNA进琼行脂糖凝胶电泳,用的1.5%的胶加了EB,80V跑1小时,溴酚蓝已经跑到头了,在紫外灯观察什么带也没有,只见孔里面有橘红色的亮光。好象没跑出来,是怎么回事? 参考见解: 1、根据目的条带长度来调整凝胶浓度,一般1.5%左右,也不一定。 2、紫外灯下没见带,不一定没有出孔,而是量少看不到,可以测一下浓度看一下,或直接试跑一下PCR。

3、最好加一个marker孔,尤其你第一次跑胶时。 4、电泳时间可能过长,一般75v×30min左右,但是具体看溴酚蓝的离孔距离和目的条带离孔距离。 怎样根据目测条带亮度来判断DNA浓度? 参考见解: 1、跑胶时候marker 可以加成定量marker,如1kb、100bp等marker,按说明书的量上样电泳,如加500ng量的DNA marker,电泳完毕后,就可将目的DNA条带和MARKER 条带的亮度做个大致的比较,找出两者最接近亮度的条带。因为marker的各条带都已知所含的DNA浓度(说明书中详细注明),因此根据条带的亮度、大小大致就可推测目的DNA的浓度。 2、在通过目测DNA浓度的时候,最好要把加样量设一个梯度,比如从0。5、2、4、6,因为,如果质粒的量很浓的话,通过简单的对一条条带的目测产生的结果误差是很大的或者利用marker(推荐DL 2000),再用软件做半定量分析。 DNA电泳的MARKER怎么是扭曲的? 参考见解: 1、配制胶时的缓冲液需要和电泳缓冲液不是同时配制的.最好是同时配制.电泳时缓冲液高过液面1-2mm即可。 2、电泳时电压过高,可以在电泳前15分钟用较低电压(3V/cm),等条带出孔后比较漂亮了.然后再调电压。 3、上样时尽量慢慢加样,等样品自然沉降后再加电压。 跑出的DNA带模糊? 参考见解: 1、DNA降解:避免核酸酶污染。 2、电泳缓冲液陈旧:电泳缓冲液多次使用后,离子强度降低,pH值上升,缓冲能力减弱,从而影响电泳效果。建议经常更换电泳缓冲液。 3、所用电泳条件不合适:电泳时电压不应超过20V/cm,温度<30℃;巨大DNA链电泳,温度应<15℃;核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力。 4、DNA上样量过多:减少凝胶中DNA上样量。 5、DNA样含盐过高:电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐。 6、有蛋白污染:电泳前酚抽提去除蛋白。 7、DNA变性:电泳前勿加热,用20mM NaCl缓冲液稀释DNA。 有不规则DNA带迁移? 参考见解: 1、对于λ/Hind III片段cos位点复性:电泳前于65℃加热DNA 5分钟,然后在冰上冷却5分钟。 2、电泳条件不合适:电泳电压不超过20V/cm;温度<30℃;经常更换电泳缓冲液。 3、DNA变性:以20mM NaCl Buffer稀释DNA,电泳前勿加热。 跑出的DNA条带带弱或无DNA带? 参考见解: 1、DNA的上样量不够:增加DNA的上样量;聚丙烯酰胺凝胶电泳比琼脂糖电泳灵敏度稍高,上样量可适当降低。 2、DNA降解:避免DNA的核酸酶污染。

电线电缆常见问题及处理方法

电线电缆常见问题及处理方法() 《电线电缆常见问题及处理方法》 一.押出机生产电子线 1. 表面粗糙 A.温度太低:温度作适当上调 B.PVC烘烤不足:依作业标准烘烤胶料(时间/温度) C.机头压力太小:更换廊段较长的外模,增加网膜枚数 2.死胶焦料: A.PVC在机头中停留时间较长:押出时将停留时间较长的料排尽 B.押出温度太高,高温度押出时停机时及时降温 3.发麻: A.温度太高:对机头/眼模温度作适当调整,增大外眼孔径(呈现亮面发麻)B.外模太大:更换孔径略小的外模,提升押出温度(呈雾面发麻) C PVC潮湿,开机前及时干燥PVC 4.押出表面有气泡:

A.押出温度太高:降低押出温度 B.PVC烘烤不足:增加烘烤时间 5.表面凹凸不平: A.导体表面有脏污:过少量的油,并作适当的预热 B.押出温度太高呈气泡状:降低押出温度,减水槽与机头的距离6.PVC收缩/熔损: A.导体未预热:预热器温度作适当调整(铜线不氧化,但要烫手)B.机头压力小/温度太低:使用加压外模,机头眼模温度略作升高 C.水槽未过热水,储线架张力偏大:押出时过热水,储线架张力尽量减小7.绝缘高温易碎化: A.PVC烘烤不足:换规格及时烘烤PVC B.押出时急速冷却:水槽过热水 8.偏芯: A.模具孔径太大:更换模具(内模偏小/外模偏大) B.模具未装正:重新将模具装正 C.内外模距离不当:以先近后远的原则调整内外模的距离 9.其它

A.跳股引起的外观不良:内外模更换为孔径稍大的 B.PVC混炼不足引起外眼有积渣:升高押出温度,减小外模孔径和内外眼的距离C.刮伤:外模引起的刮伤,更换外眼.内外眼模中间堵铜丝:折模清理内外模水槽导轮储线架刮伤:将线材放致导轮,储线架合适的位置,有破损时及时更换。 二.押出机生产外被线 1.外观显示成品纹路 缠绕纹:A压大太大(内外模距离离太远):生产中内外模距离2M/M左右。外模太小:生产中外模宜选用比OD大0.1-0.3M/M的外模 编织纹:A外模太小:太小的眼模因压力大造成外观不良,生产中宜选用孔径稍大的外模(具体孔径尺寸依实际生产中更换为准).B内外模距太远:生产中因内外模距离离太远造成压力偏大从而导致显编织纹/生产中尽量押空一点. 编织线一般要求好脱皮,故无特殊要求时一般采用半空管押出.针对需要充实型押出的编织线机头压力太大和太小时都会造成押出外观不良.生产中针对实际情况对内外模距离及外模孔径进行调整,来解决外观问题. 2.过粉线,铝箔线的外观不良 滑石粉的好坏直接影响线

引物设计常见问题

引物设计常见问题与解答(二) 17. 长链引物为什么出错的几率非常高 答:引物合成时,每一步反应效率都不能达到100%,产生碱基插入,缺失,置换突变的因素客观条件都有一直存在。引物链越长,突变的频率累加起来就越高。研究人员总希望合成的引物万无一失,这种心情可以理解。但是犹如PCR扩增,不可能绝对保证扩增产物中没有突变,引物合成也不可能保证100%正确。要知道,引物合成中发生错误(非人为因素)的频率,比任何高保真高温聚合酶PCR扩增过程所产生的频率都要高。做引物合成,长链引物合成,您要有引物中部分引物可能有突变的思想准备。 18. 如果测序发现突变,该如何处理 答:对您遇到的困惑,我们表示同情。遇到这种情况,首先和我们取得联系,我们的生产人员会检查生产的原始记录,主要是核对合成序列是否和定单一致,我们在电脑中保留所有原始数据。如果确认引物合成序列没有输错,我们建议重新挑取克隆测序,您可能会找到正确克隆的。根据我们经验,40个碱基以下的引物,测1-2个克隆就可以了;40个以上的特别是用于全片段拼接合成的,就需要多测一些了。一般情况下,每个克隆突变的位点都不一样,提示正确的总是有的,就是如何找到它。您也可以要求我们将引物免费重合一次,不过重合的引物和第一次的引物一样,都可能含突变,不会因为重合的引物就减少您的遇到问题的几率。基因拼接过程中,如果发现一段区域突变点不多,就多测几个,否则就重合一下引物。 19. 如果测序发现引物突变,是否有补偿 答:没有。我们可以免费重合一次,没有其他任何补偿或赔偿,不承担其他连带责任。原因我们在前面已提到,化学合成效率不可能达到100%.您选择了化学合成引物,合成过程中一些副产品所带来的后果就可能不可避免的遇到。 20. 引物是经过PAGE纯化的,为什么还有碱基缺失或插入 答:理论上分析型PAGE变性电泳,可以区分引物之间一个碱基的差别。但是制备PAGE电泳,上样量都是非常大,电泳时的条带非常宽,带与带之间有重叠,分辨率已下降,电泳后割带回收目的引物时,很难说不割到差别仅几个碱基的引物。国内有一个不好的现象,PAGE纯化的引物,特别是长引物要的量都比较高,导致割的条带有时可能比较宽。建议:您如果减少OD数,引物遇到的问题可能就会少一些。 21. 为什么OPC或PAGE纯化的引物,再用HPLC鉴定纯度不高

DNA电泳常见问题分析

D N A电泳常见问题分析The final revision was on November 23, 2020

DNA电泳常见问题 凝胶电泳操作注意事项 1、琼脂糖:不同厂家、不同批号的琼脂糖,其杂质含量不同,影响DNA的迁移及荧光背景的强度,应有选择地使用。 2、凝胶的制备:凝胶中所加缓冲液应与电泳槽中的相一致,溶化的凝胶应及时倒入板中,避免倒入前凝固结块。倒入板中的凝胶应避免出现气泡,以免影响电泳结果。 3、电泳缓冲液:为保持电泳所需的离子强度和pH,应经常更新电泳缓冲液。 4、 样品加入量:一般情况下,宽的梳子可加μg的DNA量,加样量的多少依据加样孔的大小及DNA中片段的数量和大小而定.当加样孔大时,样品上样量应相应加大,否则会造成条带浅甚至辨认不清;反之则应适当减少加样量,但是上样量过多会造成加样孔超载,从而导致拖尾或弥散,对于较大的DNA此现象更明显。5、DNA样品中盐浓度会影响DNA的迁移率,平行对照样品应使用同样的缓冲条件以消除这种影响。6、DNA迁移率取决于琼脂糖凝胶的浓度,迁移分子的形状及大小。采用不同浓度的凝胶有可能分辩范围广泛的DNA分子,制备琼脂糖凝胶可根据DNA分子的范围来决定凝胶的浓度。小片段DNA的检测应采用聚丙烯酰胺凝胶电泳,以提高分辨率。 7.选择的实验材料要新鲜,处理时间不易过长。 8.在加入细胞裂解缓冲液前,细胞必须均匀分散,以减少DNA团块形成。 9. 提取的DNA不易溶解:不纯,含杂质较多;加溶解液太少使浓度过大。沉淀物太干燥,也将使溶解变得很困难。 10. 电泳检测时DNA成涂布状:操作不慎;污染核酸酶等。

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