2019年蛋白及核酸分析工具.doc
1.蛋白及核酸分析工具https://www.360docs.net/doc/d119206754.html,/tools/
是一个强大的集成生物信息网站。
(1)此网页的包括了预测拓扑Topology prediction
•NetNES Leucine-rich nuclear export signals (NES) in eukaryotic proteins（真核蛋白的富含亮氨酸的核输出信号）
•PSORT - Prediction of protein subcellular localization （蛋白亚细胞定位）
•SecretomeP：Non-classical and leaderless secretion of proteins（蛋白的非经典和无导肽分泌）
•TargetP - Prediction of subcellular location （亚细胞定位）
•TatP - Twin-arginine signal peptides （精氨酸信号肽）
•DAS- Prediction of transmembrane regions in prokaryotes using the Dense Alignment Surface method (Stockholm University) （原核生物中跨膜区预测）
•HMMTOP- Prediction of transmembrane helices and topology of proteins (Hungarian Academy of Sciences) （蛋白跨膜螺旋和拓扑结构预测）
•PredictProtein- Prediction of transmembrane helix location and topology (Columbia University) （跨膜螺旋定位和拓扑预测）
•SOSUI - Prediction of transmembrane regions (Nagoya University, Japan) （跨膜区预测）•TMHMM - Prediction of transmembrane helices in proteins (CBS; Denmark) （跨膜区螺旋预测）
•TMpred - Prediction of transmembrane regions and protein orientation (EMBnet-CH) （跨膜区和蛋白定向预测）
•TopPred - Topology prediction of membrane proteins (France) （膜蛋白的拓扑预测）
最常用的跨膜区预测的两个网站
预测跨膜螺旋结构的
TMHMM - Prediction of transmembrane helices in proteins (CBS; Denmark)网页为
http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/
预测跨膜区以及跨膜方向的
TMpred - Prediction of transmembrane regions and protein orientation
https://www.360docs.net/doc/d119206754.html,/software/TMPRED_form.html
（2）蛋白质一级结构预测Primary structure analysis
•ProtParam - Physico-chemical parameters of a protein sequence (amino-acid and atomic compositions, isoelectric point, extinction coefficient, etc.) （蛋白序列的化学参数包括氨基酸、原子组成、等电电、消光系数等）
•Compute pI/Mw- Compute the theoretical isoelectric point (pI) and molecular weight (Mw) from a UniProt Knowledgebase entry or for a user sequence （计算理论上的等电点和分子重）
•ScanSite pI/Mw - Compute the theoretical pI and Mw, and multiple phosphorylation states （计算理论上的等电点和分子重和多磷酸化状态）
•MW, pI, Titration curve - Computes pI, composition and allows to see a titration curve （计算理论上的等电点和组成，可以看滴定曲线）
•Scratch Protein Predictor
•HeliQuest - A web server to screen sequences with specific alpha-helical properties （一个网站利用专门的alpha螺旋扫描蛋白）
•Radar - De novo repeat detection in protein sequences（蛋白序列的重头重复检测）
•REP - Searches a protein sequence for repeats （利用重复子搜索蛋白）
•REPRO - De novo repeat detection in protein sequences （蛋白序列的重头重复检测）•TRUST - De novo repeat detection in protein sequences （蛋白序列的重头重复检测）•XSTREAM- De novo tandem repeat detection and architecture modeling in protein sequences （蛋白序列的串联重复检测和体系结构建模）
•SAPS - Statistical analysis of protein sequences at EMBnet-CH [Also available at EBI] （蛋白统计分析）
•Coils- Prediction of coiled coil regions in proteins (Lupas's method) at EMBnet-CH [Also available at PBIL] （蛋白卷曲螺旋预测）
•Paircoil - Prediction of coiled coil regions in proteins (Berger's method) （蛋白的卷曲螺旋预测）
•Paircoil2 - Prediction of the parallel coiled coil fold from sequence using pairwise residue probabilitis with the Paircoil algorithm. （平行的卷曲螺旋折叠预测）
•Multicoil - Prediction of two- and three-stranded coiled coils （二到三股卷曲螺旋预测）
•2ZIP - Prediction of Leucine Zippers （亮氨酸拉链预测）
•ePESTfind - Identification of PEST regions （PEST区鉴定）
•HLA_Bind - Prediction of MHC type I (HLA) peptide binding （HLA肽结合预测）
•PEPV AC - Prediction of supertypic MHC binders （亚型MHC结合者预测）
•RANKPEP - Prediction of peptide MHC binding（MHC结合预测）
•SYFPEITHI - Prediction of MHC type I and II peptide binding （MH C1类和2类结合预测）
•ProtScale - Amino acid scale representation (Hydrophobicity, other conformational parameters, etc.) （氨基酸标度呈现）
•Drawhca - Draw an HCA (Hydrophobic Cluster Analysis) plot of a protein sequence （蛋白序列亲水性簇分析柱图的绘制）
•Peptide Builder （肽构建）
•Protein Colourer - Tool for coloring your amino acid sequence （给氨基酸序列上色）•Three To One and One to Three - Tools to convert a three-letter coded amino acid sequence to single letter code and vice versa （从3字母密码子序列到单字母密码子和反过来）•Three-/one-letter amino acid converter- Tool which converts amino acid codes from three-letter to one-letter and vice versa. （转变氨基酸密码子从3字母到1字母或者相反）•Colorseq - Tool to highlight (in red) a selected set of residues in a protein sequence （标亮蛋白序列的选定区域）
•PepDraw - peptide primary structure drawing （肽一级结构绘制）
•RandSeq - Random protein sequence generator （随机蛋白产生器）
（2）蛋白质二级结构Secondary structure prediction
•AGADIR - An algorithm to predict the helical content of peptides （肽螺旋量的预测的公式）•APSSP - Advanced Protein Secondary Structure Prediction Server （高等的蛋白二级结构预测服务器）
•CFSSP - Chou & Fasman Secondary Structure Prediction Server （二级结构预测服务器）•GOR - Garnier et al, 1996
•HNN - Hierarchical Neural Network method (Guermeur, 1997) （分层式的神经网络方法）•HTMSRAP - Helical TransMembrane Segment Rotational Angle Prediction （螺旋跨膜片段旋转角预测）
•Jpred - A consensus method for protein secondary structure prediction at University of Dundee （蛋白二级结构预测的一致方法）
•JUFO - Protein secondary structure prediction from sequence (neural network) （从序列预测蛋白的二级结构）
•NetSurfP - Protein Surface Accessibility and Secondary Structure Predictions （蛋白表明可进入性和二级结构预测）
•NetTurnP - Prediction of Beta-turn regions in protein sequences （蛋白序列的Beta转角预测）•nnPredict - University of California at San Francisco (UCSF) （nn预测）不能用
•Porter - University College Dublin
•PredictProtein - PHDsec, PHDacc, PHDhtm, PHDtopology, PHDthreader, MaxHom, EvalSec from Columbia University （蛋白预测）
•Prof - Cascaded Multiple Classifiers for Secondary Structure Prediction （二级结构预测的级联的多样分类）
•PSA - BioMolecular Engineering Research Center (BMERC) / Boston
•PSIpred - Various protein structure prediction methods at Bloomsbury Centre for Bioinformatics （多样的蛋白结构预测）
•SOPMA - Geourjon and Deléage, 1995
•Scratch Protein Predictor
•DLP-SVM -Domain linker prediction using SVM at Tokyo University of Agriculture and Technology（域连接预测）
（3）三级结构分析Tertiary structure Tertiary structure analysis
•iMolTalk - An Interactive Protein Structure Analysis Server (currently down)（一个相互作用的蛋白结构分析服务器）
•MolTalk - A computational environment for structural bioinformatics （结构生物学的计算环境）
•COPS - Navigation through fold space and the instantaneous visualization of pairwise structure similarities （）
•PoPMuSiC - Prediction of thermodynamic stability changes upon point mutations; design of modified proteins
•Seq2Struct - A web resource for the identification of sequence-structure links
•STRAP - A structural alignment program for proteins
•TLSMD - TLS (Translation/Libration/Screw) Motion Determination
•TopMatch-web - Protein structure comparison
三级结构预测Tertiary structure prediction
Homology modeling （同源模型）
•SWISS-MODEL- An automated knowledge-based protein modelling server http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html
•CPHmodels - Automated neural-network based protein modelling server
•ESyPred3D - Automated homology modeling program using neural networks
•Geno3d - Automatic modelling of protein three-dimensional structure
Threading （线头）
•Phyre (Successor of 3D-PSSM) - Automated 3D model building using profile-profile matching and secondary structure
•Fugue - Sequence-structure homology recognition
•HHpred - Protein homology detection and structure prediction by HMM-HMM comparison •LOOPP - Sequence to sequence, sequence to structure, and structure to structure alignment •SAM-T08 - HMM-based Protein Structure Prediction
•PSIpred - Various protein structure prediction methods (including threading) at Bloomsbury Centre for Bioinformatics
Ab initio （从头开始）
•HMMSTR/Rosetta - Prediction of protein structure from sequence
评价三级结构预测Assessing tertiary structure prediction
•Anolea - Atomic Non-Local Environment Assessment
•LiveBench - Continuous Benchmarking of Structure Prediction Servers
•NQ-Flipper - Validation and correction of asparagine and glutamine side-chain amide rotamers in protein structures solved by X-ray crystallography
•PROCHECK - Verification of the stereochemical quality of a protein structure
•ProSA-web - Recognition of errors in 3D structures of proteins
•QMEAN - Server for Model Quality Estimation
•What If - Protein structure analysis program for mutant prediction, structure verification, molecular graphics
（四）四级机构Quaternary structure
•MakeMultimer - Reconstruction of multimeric molecules present in crystals
•EBI PISA - Protein Interfaces, Surfaces and Assemblies
•PQS - Protein Quaternary Structure Query form at the EBI
•ProtBud - Comparison of asymmetric units and biological units from PDB and PQS
（五）分子模型和可视化工具Molecular modeling and visualization tools
•Swiss-PdbViewer - A program to display, analyse and superimpose protein 3D structures •SwissDock - Docking of small ligands into protein active sites with EADock DSS
•SwissParam - Topology and parameters for small molecules, for use with CHARMM and GROMAC
•Ascalaph Packages
•Astex Viewer
•Jmol
•MarvinSpace - 3D molecule visualization tool
•MolMol
•MovieMaker - For rapid rendering of protein motions and interactions
•PyMol
•Rasmol
•SRS 3D
•VMD
•YASARA - Molecular graphics, modeling, simulations and eLearning
（六）混乱区预测Prediction of disordered regions
•DisEMBL - Protein disorder prediction
•GlobPlot - Protein disorder/order/globularity/domain predictor
•MeDor - Metaserver or Disorder
•POODLE - Prediction Of Order and Disorder by machine LEarning
•List of Protein Disorder Predictors
（七）序列排列Sequence alignment
二元Binary
•SIM + LALNVIEW - Alignment of two protein sequences with SIM, results can be viewed with LALNVIEW
•LALIGN - Finds multiple matching subsegments in two sequences
•Dotlet - A Java applet for sequence comparisons using the dot matrix method
多元Multiple
•Decrease redundancy - Reduce a set of sequences into a non-redundant set
•Nomad (Neighborhood Optimization for Multiple Alignment Discovery) - Ungapped local multiple alignment, optimized for protein sequences, even when distantly related
•CLUSTALW [At EBI, PBIL, My Hits or at EMBnet-CH ] •KALIGN - An accurate and fast multiple sequence alignment algorithm [At Karolinska Institute or at EBI]
•MAFFT [At Kyushu University, EBI or at MyHits ]
•Muscle [At Berkeley or at BioAssist]
•T-Coffee [At MyHits , BioAssist or at EBI]
•MSA - at Genestream (IGH)
•DIALIGN - Multiple sequence alignment based on segment-to-segment comparison, at University of Bielefeld, Germany
•Match-Box - at University of Namur, Belgium - at Washington University
•Multalin [At GenoToul Bioinfo or at PBIL]
•MUSCA - Multiple sequence alignment using pattern discovery, at IBM
（八）同源性分析Alignment analysis
•AMAS - Analyse Multiply Aligned Sequences
•Bork's alignment tools - Various tools to enhance the results of multiple alignments (including consensus building).
•CINEMA - Color Interactive Editor for multiple alignments
•ESPript - Tool to print a multiple alignment
•MaxAlign - Post-processing of alignments by removing sequences (taxa) with many gaps •PhyloGibbs - Gibbs motif sampler incorporating phylogeny and tracking statistics
•SV A - Sequence Variability Analyser for multiple alignments
•PVS - A protein variability server optimized for conserved epitope discovery
•WebLogo - Sequence logos at Berkeley/USA
•plogo - Sequence logos at CBS/Denmark
•GENIO/logo - Sequence logos at Stuttgart/Germany
•SeqLogo - Sequence logos at the Immunomedicine Group, Facultad de Medicina, U.C.M, Spain (The Molecular Immunology Foundation (MIF) does not exist anymore)
（九）系统进化分析Phylogenetic analysis
•BIONJ - Server for NJ phylogenetic analysis
•DendroUPGMA
•PHYLIP - Server for phylogenetic analysis using the PHYLIP package
•PhyML - Server for ML phylogenetic analysis
•Phylogeny.fr - Robust Phylogenetic Analysis For The Non-Specialist
•The PhylOgenetic Web Repeater (POWER) - Performs phylogenetic analysis
•BlastO - Blast on orthologous groups
•Evolutionary Trace Server (TraceSuite II) - Maps evolutionary traces to structures
•Phylogenetic programs - List of phylogenetic packages and free servers (PHYLIP pages)
（十）生物篇章分析Biological text analysis
•AcroMed - A computer generated database of biomedical acronyms and the associated long forms extracted from the recent Medline abstracts •BioMinT - Mining the biomedical literature •GPSDB - Gene and Protein Synonym DataBase
•Medline Ranker
•The Miner Suite - of bioinformatic software packages and data analysis
•XplorMed - Explore a set of abstracts derived from a bibliographic search in MEDLINE
（十一）统计工具Statistical tools
•pROC - A package (R, S+) to visualize, smooth and compare receiver operating characteristic (ROC curves
https://www.360docs.net/doc/d119206754.html,/点服务，有TMPRED Transmembrane regions detection 二级跨膜区预测。
还有COILS：卷曲螺旋预测方法，将序列与已知的平行双链卷曲螺旋数据库进行比较，得到相似性得分，并据此算出序列形成卷曲螺旋的概率。
https://www.360docs.net/doc/d119206754.html,/software/COILS_form.html
http://www.embl.de/services/bioinformatics/index.php为EMBL的生物信息学服务，其中包含了蛋白简单模式结构预测，可预测信号肽SMART Bork Group, Simple Modular Architecture Research Tool 此网址为http://smart.embl-heidelberg.de/
SignalP：预测蛋白质序列中信号肽的剪切位点。的网址是：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP
二级结构预测
http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopma.html
三级结构预测：http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/
核酸、蛋白技术参数资料、分子量标准及常用试剂的配制
核酸、蛋白技术参数资料、分子量标准及常用试剂的配制 一、核酸及蛋白质常用数据 1．核苷三磷酸的物理常数 2．常用核酸的长度与分子量
3．常用核酸蛋白换算数据 （1）重量换算1μg=10-6g 1pg=10-12g 1ng=10-9g 1fg=10-15g （2）分光光度换算：1A260双链DNA=50μg/ml 1A260单链DNA=30μg/ml 1A260单链RNA=40μg/ml （3）DNA摩尔换算：1μg 100bp DNA=1.52pmol=3.03pmol末端1μg pBR322 DNA=0.36pmol 1pmol 1000bp DNA=0.66μg 1pmol pBR322=2.8μg 1kb双链DNA（钠盐）=6.6×105道尔顿1kb 单链DNA（钠盐）=3.3×105道尔顿1kb单链RNA（钠盐）=3.4×105道尔顿（4）蛋白摩尔换算：100pmol分子量100，000蛋白质=10μg 100pmol分子量50，000蛋白质=5μg 100pmol分子量10，000蛋白质=1μg 氨基酸的平均分子量=126.7道尔顿（5）蛋白质/DNA换算：1kb DNA=333 个氨基酸编码容量=3.7×104MW蛋白质10，000MW蛋白质=270bp DNA 30，000MW蛋白质=810bp DNA 50，000MW蛋白质=1.35kb 100，000MW蛋白质=2.7kb DNA 4．常用蛋白质分子量标准参照物 5．常用DNA分子量标准参照物
a：以水为溶剂的抗生素贮存液通过0.22μm滤器过滤除菌。以乙醇为溶剂的抗生素溶液无须除菌处理。所有抗生素溶液均应放于不透光的容器保存。b：镁离子是四环素的拮抗剂，四环素抗性菌的筛选应使用不含镁盐的培养基（如LB培养基）。五、常用贮存液的配制1．30%丙烯酰胺溶液【配制方法】将29g丙烯酰胺和1g N，N’-亚甲双丙烯酰胺溶于总体积为60ml的水中。加热至37℃溶解之，补加水至终体积为100ml。
Eppendorf_蛋白质核酸分析仪操作说明与注意事项
Eppendorf 蛋白质核酸分析仪操作说明与注意事项 操作说明： 准备：开始测定前只需开启仪器背后的电源开关即可开始测定。 1、打开电源预热30分钟； 2、根据样品的类型调取相应的程序，如：待检测样品微双链DNA,可按控制板上的dsDNA键， 显示屏显示进入测定双链DNA程序； 3、根据要求向一只比色皿中加入DNA标准样液或不含DNA的空白液做对照，将该比色皿放 值或0.000 A 入比色皿槽，按下Standard键或Blank键；待屏幕上显示标准样的A 260字样时，取出对照比色皿； 4、放入加有样品的比色皿，按下Sample键，显示屏将会显示测定结果； 5、记录测定结果或打印结果。 6、取出已测样品比色皿，放入含下一个待测样品的比色皿，按Sample键，读取结果； 7、通过该仪器可测定核酸或蛋白的纯度，浓度等等，只需根据样品类型及检测目的调取相 应程序即可。 一、核酸浓度测定（包括dsDNA、ssDNA、RNA、Oligo） 1. 例如待测定样品为dsDNA（eg：PCR产物），按下键“7 / dsDNA” （若待测样品为ssDNA，eg：反转录合成的第一链cDNA产物，则相应按下键“8 / ssDN A 若待测样品为RNA，则按下键“9 / RNA”； 若待测样品为Oligo（寡聚核苷酸），eg：PCR引物，则相应按下键“6 / Oligo”。） 2. 若测定样品需要稀释后测定，则需先设定样品的稀释度： （1）按下键“Dilution”； （2）输入样品体积和稀释液体积，按Enter键确认。 将空白对照置入样品孔。注意：空白对照是空白液，并非所有情况都是水。（例如用Tris 溶液溶解DNA制品，则要用Tri s液做空白对照。） 3. 按下键“Blank”； 4. 仪器记录空白对照，设置为0.000A；(先不取出对照，按下Sample，看是否调零成功，若成功则可开始测样品) 5. 将第一个样品置入样品孔； 6. 按下“Sample”； 7. 仪器显示第一个样品的相关参数（记下样品浓度，OD260，OD280，OD260/OD280） 8. 直接放入第二个样品； 9. 按下“Sample”； 10. 仪器显示第二个样品的吸光度值和浓度值，以及其他相关参考比值； 11. 依次测定，每个样品的测定值将自动存储在机器中，查看测定结果的方法如下：（1）按下键“./ Function” （2）选择“DISPLAY-RESULT”,按Enter键，查看每个样品的测定值记录（本机可存储100个样品的测定值）。 二、OD600 细菌生长密度测定 1. 按下键“5 /OD 600”； 2. 将空白对照置入样品孔； 3. 按下键“Blank”；
蛋白质测定的原理及操作步骤
测量蛋白质三种方法测定原理 蛋白质含量测定法，是生物化学研究中最常用、最基本的分析方法之一目前常用的有两种古老的经典方法，即酚试剂法和紫外吸收法。另外还有一种近十年才普遍使用起来的新的测定法，即考马斯亮蓝法。其中酚试剂法和考马斯亮蓝法灵敏度最高，比紫外吸收法灵敏10～20倍。。每种测定法都不是完美无缺的，都有其优缺点。在选择方法时应考虑：①实验对测定所要求的灵敏度和精确度；②蛋白质的性质；③溶液中存在的干扰物质；④测定所要花费的时间。简单列表为： 1、方法灵敏度优点缺点 1、紫外吸收法 50～100mg 快速简便无损样品灵敏度低干扰物较多 2、考马斯亮蓝法 1～5ug 灵敏、简便、快速不同蛋白质测定时有较大的偏差 3、酚试剂法 20～250ug 灵敏度高干扰物质多、费时、操作严格计时 2 、考马斯亮蓝法双缩脲法和酚试剂法的明显缺点和许多限制，促使科学家们去寻找更好的蛋白质溶液测定的方法。 1976年由考马斯亮蓝建立的考马斯亮兰法，是根据蛋白质与染料相结合的原理设计的。这种蛋白质测定法具有超过其他几种方法的突出优点，因而正在得到广泛的应用。这一方法是目前灵敏度最高的蛋白质测定法。它是一种蛋白定量法 （一）实验原理 考马斯亮蓝G-250是一种甲基取代的三苯基甲烷，分子中磺酸基的蓝色染料，在465nm 处有最大吸收值。考马斯亮蓝G-250能与蛋白质通过范得华相互作用形成蛋白质—考马斯亮蓝复合物蓝色溶液，引起该染料的最大吸收λ的位置发生红移，在595nm处有最大吸收值。由于蛋白质—考马斯亮蓝复合物在595nm处的光吸收远高于考马斯亮蓝在465nm处的光吸收，因此，可大大地提高蛋白质的测定灵敏度。蛋白质—考马斯亮蓝复合物溶液颜色的深浅与蛋白质的浓度成正比。利用溶液颜色的差异进行比色测定，适合于蛋白质类的定量分析，尤其适合于稀有蛋白质的微量分析。 （二）考马斯亮蓝法的突出优点是： （1）灵敏度高，据估计比酚试剂法约高四倍，其最低蛋白质检测量可达1mg。这 是因为蛋白质与染料结合后产生的颜色变化很大，蛋白质－染料复合物有更高的消光系数，因而光吸收值随蛋白质浓度的变化比酚试剂法要大的多。 （2）测定快速、简便，只需加一种试剂。完成一个样品的测定，只需要5分钟左右。由于染料与蛋白质结合的过程，大约只要2分钟即可完成，其颜色可以在1小时内保持稳定，且在5分钟至20分钟之间，颜色的稳定性最好。因而完全不用像酚试剂法那样费时和严格地控制时间。 （3）干扰物质少。如干扰酚试剂法的K 、Na 、Mg2 离子、Tris缓冲液、糖和蔗糖、甘油、巯基乙醇、EDTA等均不干扰此测定法。 （三）此法的缺点是： （1）由于各种蛋白质中的精氨酸和芳香族氨基酸的含量不同，因此考马斯亮蓝法用于不同蛋白质测定时有较大的偏差，在制作标准曲线时通常选用 g—球蛋白为标准蛋白质，以减少这方面的偏差。 （2）仍有一些物质干扰此法的测定，主要的干扰物质有：去污剂、十二烷基硫酸钠（SDS）和0.1N的NaOH。（如同0.1N的酸干扰酚试剂法一样）。 （3）标准曲线也有轻微的非线性，因而不能用Beer定律进行计算，而只能用标准曲线来
核酸序列分析
核酸序列分析 在生物学领域中，核酸序列分析是一项重要的研究工具，它可以帮 助科学家们理解生物体内的基因组结构和功能。通过分析核酸序列， 我们可以揭示基因的组合方式、基因在不同物种之间的演化关系以及 基因与疾病之间的关联。本文将介绍核酸序列分析的基本步骤和常用 方法，并探讨它在生物研究中的应用。 一、核酸序列分析的基本步骤 1. 数据收集与清洗：首先，我们需要获取相关的核酸序列数据。这 些数据可以来自于公共数据库（如GenBank、ENSEMBL等）或实验 室内部的测序项目。收集到的数据可能存在噪声或错误，所以我们需 要对数据进行清洗和筛选，以保证分析的准确性。 2. 序列比对：接下来，我们需要将不同样本的核酸序列进行比对。 序列比对是核酸序列分析的核心步骤之一，它可以帮助我们发现序列 之间的相似性和差异性。常用的序列比对算法包括Smith-Waterman算 法和Needleman-Wunsch算法等。 3. 序列注释：在比对完成后，我们可以根据已知的功能注释信息来 对序列进行注释。注释可以告诉我们该序列可能的编码蛋白质的功能、寻找潜在的基因等。 4. 比对结果分析：通过分析比对结果，我们可以了解到序列的保守 区域和变异区域。保守区域可能是功能区域，例如编码蛋白质的区域，变异区域可能涉及到物种之间的进化差异或突变相关的功能。
5. 结果可视化：最后，我们需要将分析的结果进行可视化呈现。通过可视化，我们可以更直观地理解数据，并对进一步实验设计或研究方向提出建议。 二、核酸序列分析的常用方法 1. 比对工具：常用的核酸序列比对工具包括BLAST、ClustalW和MAFFT等。BLAST（基本局部比对序列工具）是一种快速的局部比对算法，它能够快速地找到序列之间的相似性。ClustalW和MAFFT则更适用于多序列比对，它们可以比较多个序列之间的相似性和差异性。 2. 注释工具：常用的核酸序列注释工具包括NCBI的Entrez、ENSEMBL和UniProt等。这些工具可以提供详细的序列注释信息，如编码蛋白质的功能、结构域和进化关系等。 3. 可视化工具：常用的核酸序列可视化工具包括BioEdit、Jalview 和Artemis等。这些工具可以将分析结果以图形化方式展示，方便我们对数据进行交互式探索和结果展示。 三、核酸序列分析的应用 1. 基因组注释：通过核酸序列分析，我们可以对基因组进行注释，标识出编码蛋白质的基因、非编码RNA和其他功能区域等。这对于研究生物体的结构和功能具有重要意义。 2. 进化研究：核酸序列比对可以揭示不同物种之间的进化关系。通过比对多个物种的核酸序列，我们可以了解生物体的进化过程、探究物种之间的共同起源。
2019年蛋白及核酸分析工具.doc
1.蛋白及核酸分析工具https://www.360docs.net/doc/d119206754.html,/tools/ 是一个强大的集成生物信息网站。 (1)此网页的包括了预测拓扑Topology prediction •NetNES Leucine-rich nuclear export signals (NES) in eukaryotic proteins（真核蛋白的富含亮氨酸的核输出信号） •PSORT - Prediction of protein subcellular localization （蛋白亚细胞定位） •SecretomeP：Non-classical and leaderless secretion of proteins（蛋白的非经典和无导肽分泌） •TargetP - Prediction of subcellular location （亚细胞定位） •TatP - Twin-arginine signal peptides （精氨酸信号肽） •DAS- Prediction of transmembrane regions in prokaryotes using the Dense Alignment Surface method (Stockholm University) （原核生物中跨膜区预测） •HMMTOP- Prediction of transmembrane helices and topology of proteins (Hungarian Academy of Sciences) （蛋白跨膜螺旋和拓扑结构预测） •PredictProtein- Prediction of transmembrane helix location and topology (Columbia University) （跨膜螺旋定位和拓扑预测） •SOSUI - Prediction of transmembrane regions (Nagoya University, Japan) （跨膜区预测）•TMHMM - Prediction of transmembrane helices in proteins (CBS; Denmark) （跨膜区螺旋预测） •TMpred - Prediction of transmembrane regions and protein orientation (EMBnet-CH) （跨膜区和蛋白定向预测） •TopPred - Topology prediction of membrane proteins (France) （膜蛋白的拓扑预测） 最常用的跨膜区预测的两个网站 预测跨膜螺旋结构的 TMHMM - Prediction of transmembrane helices in proteins (CBS; Denmark)网页为 http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/ 预测跨膜区以及跨膜方向的 TMpred - Prediction of transmembrane regions and protein orientation https://www.360docs.net/doc/d119206754.html,/software/TMPRED_form.html
全自动核酸蛋白分析系统
全自动核酸蛋白分析系统 技术参数 1. 功能：采用毛细管电泳原理，可应用于DNA、RNA等核酸的电泳分析，能进行全自动的 核酸片段大小测定，核酸质控，浓度测定，微卫星分析等；仪器具有蛋白电泳功能 2. 光源：LED光源，高灵敏度的光电倍增管检测； 3. 自动化程度：采用预装式卡夹，即插即用，无须人工制胶、灌胶、上样，整个过程全部 由仪器自动来完成；每轮分析后，仪器自动清洗毛细管，无须人工清洗； ★4. 上样形式：直接兼容常规0.2 ml离心管、常规8联管、12联管、96孔微孔板等；可搭配专用微量管，样品管中溶液需求量最低1ul；无需手工加染料； ★5. 可以一次性完成1-100个任意个数样品的检测分析不浪费试剂；可单次自动处理单个样本不造成任何试剂耗材的浪费； 6. 电泳时间：分析时间：最快可达1-2分钟内完成一次电泳； 7. 检测片段范围：15 bp-40kb； 8. 灵敏度：无需对样品进行纯化，可以直接对PCR产物原液进行检测。DNA样品的检测 灵敏度可达2 pg/ul； 9. 样品上样量：小于0.1 ul； 10. 卡夹：提供预制胶卡夹，适用于DNA高分辨率分析、DNA标准卡夹、DNA快速筛查 分析、RNA质量控制分析等应用；同时具有可供选择的蛋白预制胶卡夹； ★11. 分辨率：对< 500 bp的DNA片段，可达1-4 bp分辨率，300 bp以内片段可达2 bp分辨率； 12. 软件功能：软件可以自动输出电泳胶图、峰图、样品浓度、片段大小等一系列数据，并 可以以报告形式完整打印输出；PDF、WORD、JPG都可以输出； 13. 无污染：系统中仪器、耗材及检测过程均为全封闭式，避免了核酸染色剂等有害物质与 操作人员的接触； ★14. 可选择通卡夹配件，在仪器外部对卡夹进行通胶，可以对卡夹中毛细管中的胶进行更好的置换，对过期卡夹或者保存不当卡夹进行处理。 ★15. 采用空气压缩机或其它给压装置，操作方便，小巧便于放置和移动，无需氮气钢瓶，无需后期灌气。 配置清单 1. 主机一台 2. 操作电脑一台 3. 分析软件一套 4. 壹个核酸检测预制胶卡夹 5. DNA Alignment Marker 1支 6. DNA SIZE Marker 1支
BLAST使用教程
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)NCBI采用的一套对蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具(当然很多其它生物学数据库都提供了BLAST检索入口)。您只需提交您的序列，通过BLAST查询就顷刻间从公开数据库中无数的的序列里找到相似序列。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。如果您想进一步了解BLAST算法，您可以参考NCBI的BLAST Course ，该页有BLAST算法的介绍。 BLAST功能是什么？ BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。 BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。从最初的BLAST发展到现在NCBI提供的BLAST2.0,已将有缺口的比对序列也考虑在内了。BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。所查询的序列和调用的数据库则可以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然。GCG及EMBOSS等软件包中包含有五种BLAST： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。由于这种比对? 母丛有裕 虼薚BLASTX在比对中对缺口不予以考虑。 通常根据查询序列的类型（蛋白或核酸）来决定选用何种BLAST。假如是作核酸－核酸查询，有两种BLAST供选择，通常默认为BLASTN。如要用TBLASTX也可，但记住此时不考虑缺口。 BLAST适用于本地查询。可以下载公共数据库，对于该数据库的更新和维护是必不可少的。如果要直接到网上查询也可以（即ＮetＢlast），但记住如果你认为
蛋白质与核酸的相互作用分析方法研究
蛋白质与核酸的相互作用分析方法研究 蛋白质与核酸是生命体的两个最基本的分子，它们之间的相互作用是维持细胞 生命活动的必不可少的一环。在细胞过程中，这些相互作用发挥着至关重要的作用，如基因表达、DNA复制、RNA转录等等。近年来，随着技术的不断发展，蛋白质 与核酸的相互作用成为生物学研究的热点之一，同时也是药物研发的重要领域之一。 一、X射线晶体学 X射线晶体学是一种传统的分析方法，是分析蛋白质与核酸相互作用的重要手 段之一。该技术的原理是利用X射线穿过晶体散射出的衍射图像推算晶体结构， 从而确定蛋白质与核酸相互作用的结构。 该技术的最大优点是能够确定高分辨率的结构，而且对于已有结构的验证也非 常有效。但是，该技术需要获取具有高结晶度的蛋白质与核酸复合物晶体，所以在实际应用中遇到的问题较多。 二、核磁共振 核磁共振技术（NMR）在蛋白质与核酸相互作用的研究中也有广泛的应用。 该技术是利用核磁共振现象，对样品中的不同核自旋状态进行分析，从而确定分子结构、动力学和相互作用模式。 与X射线晶体学相比，核磁共振技术能够在溶液状态下进行实验，无需晶体结晶，因此可以对真实的生物分子进行研究。此外，核磁共振技术还可以进行动态分析，了解相互作用的过程和动力学响应。 但是，核磁共振技术也存在一些限制，比如只能分析较小的蛋白质与核酸分子，同时也需要高灵敏度的探测器和标准化的实验条件。 三、生物分子间的荧光共振能量转移
荧光共振能量转移（FRET）是一种通过观察荧光分子之间的能量转移来研究 生物分子相互作用的技术。该技术利用的是荧光变色基团之间的能量传递，从而确定双分子间的距离和结构。 FRET技术应用广泛，可以测量小到纳米级别的相互作用距离，可以研究低亲 和力相互作用，如蛋白质-蛋白质、DNA-DNA和RNA-RNA等。此外，该技术还 可以在非结晶化条件下进行实验，因此具有很高的时间和空间分辨率。 尽管FRET拥有诸多优点，但依然存在一些限制，如荧光探针的标记需要特定 的条件和标记位置的选择等问题。同时，FRET技术对荧光分子的选择也较为苛刻，需要特定的波长选择和探测器敏感度，且还需对生物分子本身进行标记，标记过程会对生物分子的稳定性产生一定影响。 四、其他技术 除上述技术之外，还有许多其他的技术正在被广泛应用于蛋白质与核酸相互作 用的研究中。例如，超分子化学、表面等离子共振谱（SPR）、热差别分析、时间 分辨荧光能量转移（TR-FRET）等。这些技术各自具有特定的优势和限制，可以 根据具体的实验需要进行选择。 总之，蛋白质与核酸的相互作用是生命体最基本的分子之一，对于细胞生命活 动的维持至关重要。近年来，伴随着技术的不断发展，分析蛋白质与核酸相互作用的方法也不断丰富和发展。在未来的研究中，随着技术的不断提升，我们将在这一领域获得更深入、更准确的见解。
核酸蛋白测定仪说明书
BIO-RAD SmartSpec plus核酸蛋白测定仪 基本原理 核酸蛋白测定仪,即通常意义的紫外可见光分光光度计。利用物质对200-800 nm光谱区内的光具有选择性吸收的现象,根据物质对不同波长单色光的吸收程度进行定性和定量分析。理论依据:朗伯-比耳定律(略。 BIO-RAD SmartSpec plus具有以下特点; z工作波长200-800 nm z可用于DNA、RNA和寡核苷酸的定量测定 z可用Bradford, Lowry和BCA检测法进行蛋 白定量 z可监控细胞培养的生长状况 z可用于简易的动力学分析 z可用于波长扫描和峰检测 z测试结束时,打印显示使用者、日期和结果 的报告
z可提供以下计算结果: 显示核酸纯度的A260/A280比率 定量分析(考虑稀释因子 ug/ml 样品浓度(寡核苷酸为pmol/ l 寡核苷酸的摩尔消光系数和分子量 操作方法 ¾打开电源,显示系统自检页面,如系统有错误则显示出错信息。 ¾根据需要选择实验内容 A.DNA/RNA z选择核酸类型 dsDNA, ssDNA 或RNA:接受或者修改换算因子 DNA寡核苷酸或RNA寡核苷酸:输入摩尔消光系数和分子量。或者,选择系统自带方法计算摩尔消光系数和分子量。(附:只需输入序列、长度 或组成,SmartSpec Plus会以g / ml和pmol / l为单位显示出样品浓度,并 计算摩尔消光系数和分子量 z选择是否扣除背景。如果是,选择指定背景波长 B.蛋白质 z选择计算方法 Bradford:检测595 nm吸光度
Lowry:检测750 nm吸光度 BCA:检测562 nm吸光度 UV:检测260、280、320 nm吸光度 其它:用户指定吸收波长 z选择制作标准曲线 新建一个标准曲线 使用原有标准曲线 无标准曲线。SmartSpec Plus系统不能将吸光度转换成浓度C.波长扫描 z设置扫描上限、下限。(系统工作波长范围200-800 nm z选择是否扣除背景。如果是,选择指定背景波长 z选择快速扫描或慢扫描 z对于快速扫描,选择连续扫描次数 D.动力学分析 z选择需要收集的波长 z选择数据收集时间 z选择连续收集间隔 z选择是否扣除背景。如果是,选择指定背景波长 E.换算因子修改
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一套在蛋白质数据库或DNA 数据库中进行相似性比较(de)分析工具.BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较.BLAST结果中(de)得分是对一种对相似性(de)统计说明. BLAST采用一种局部(de)算法获得两个序列中具有相似性(de)序列. Blast中常用(de)程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中(de)一种查询.库中存在(de)每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一(de)序列比对. 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中(de)一种查询.先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能(de)六条蛋白）,再对每一条作一对一(de)蛋白序列比对. 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中(de)一种查询.库中存在(de)每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对. 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中(de)一种查询.与BLASTX相反,它是将库中(de)核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白(de)比对.
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中(de)一种查询.此种查询将库中(de)核酸序列和所查(de)核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能(de)蛋白序列）,这样每次比对会产生36种比对阵列. NCBI(de)在线BLAST： 下面是具体操作方法 1,进入在线BLAST界面,可以选择blast特定(de)物种（如人,小鼠,水稻等）,也可以选择blast所有(de)核酸或蛋白序列.不同(de)blast程序上面已经有了介绍.这里以常用(de)核酸库作为例子. 2,粘贴fasta格式(de)序列.选择一个要比对(de)数据库.关于数据库(de)说明请看NCBI在线blast数据库(de)简要说明.一般(de)话参数默认. 3,blast参数(de)设置.注意显示(de)最大(de)结果数跟E值,E值是比较重要(de).筛选(de)标准.最后会说明一下. 4,注意一下你输入(de)序列长度.注意一下比对(de)数据库(de)说明. 5,blast结果(de)图形显示.没啥好说(de). 6,blast结果(de)描述区域.注意分值与E值.分值越大越靠前了,E值越小也是这样. 7,blast结果(de)详细比对结果.注意比对到(de)序列长度.评价一个 blast结果(de)标准主要有三项,E值（Expect),一致性(Identities),缺失或插入（Gaps）.加上长度(de)话,就有四个标准了.如图中显示,比对到(de)序列长度为1405,看Identities这一值,才匹配到1344bp,而输入(de)
在线blast的用法总结
在线b l a s t的用法总结(总7页) -CAL-FENGHAI.-(YICAI)-Company One1 -CAL-本页仅作为文档封面，使用请直接删除
Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA 数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列 NCBI的在线blast：https://www.360docs.net/doc/d119206754.html,/Blast.cgi
本文详细出处参考：https://www.360docs.net/doc/d119206754.html,/475/ 举例一：核酸序列的比对 1，进入在线blast界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。 （补充介绍下：1、BLASTN【 nucleotide blast】是核酸序列到核酸库中的一种 查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。2、BLASTP【protein blast】是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 3、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列 （一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序 列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。） 2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。
超微量蛋白核酸分析操作流程
超微量蛋白核酸分析操作流程 小引：超微量蛋白核酸分析是一项重要的生物技术，在医学、药学、环境学、食品技术等领域都有应用。超微量蛋白核酸分析可以用来定量动物生物样品或蛋白核酸样品中的含量，也可以用来检测法定界限的微量污染物。本文将介绍超微量蛋白核酸分析操作的步骤。 第一步，准备核酸样品。超微量蛋白核酸分析的样品要求是可溶性的。因此，在处理样品之前，应先将样品研磨成细沙，或者将其悬浮在溶液中，使其变得更易溶。接下来，用反转录聚合酶链反应（RT-PCR）将其转换成可以检测的可溶性核酸。反转录聚合酶链反应（RT-PCR）需要RNA模板、特异性引物、催化剂和DNA聚合酶。 第二步，蛋白核酸定量检测。蛋白核酸定量检测是指通过测量溶液中蛋白核酸的浓度来定量检测蛋白核酸的含量的技术。蛋白核酸定量检测方法有很多，可以采用定量PCR（qPCR）来定量检测，它可以快速、准确地测量微量蛋白核酸。 第三步，基因组DNA定量检测。基因组DNA定量检测是指通过测量溶液中的基因组DNA来检测其含量的技术。它用于检测蛋白核酸的数量，以及应用于遗传学、基因组学、临床诊断等领域。主要有全长和非全长两种技术，常用的技术有PCR-DGGE、real-time PCR、DNA抗体检测、等离子体质谱分析等。 第四步，产物分析。在完成上述步骤以后，一般会有一些模板
产物，这些产物中包含蛋白核酸的信息。为了提取蛋白核酸信息，需要进行产物分析。产物分析的方法有质谱测定、电泳分析、放射免疫分析、测序分析等。 结语：超微量蛋白核酸分析操作的步骤是反转录聚合酶链反应（RT-PCR）、蛋白核酸定量检测、基因组DNA定量检测和产物分析。超微量蛋白核酸分析是一项重要的生物技术，它可以快速、准确地检测出病毒和细菌，并且可以使用该技术进行定量分析和定性检测，在医学、药学、环境学、食品技术等领域都有重要的应用前景。
蛋白质序列分析常用网站
蛋白质序列分析 蛋白质序列的基本性质分析是蛋白质序列分析的基本方面，一般包括蛋白质的氨基酸组成，分子质量，等电点，亲水性，和疏水性、信号肽，跨膜区及结构功能域的分析等到。蛋白质的很多功能特征可直接由分析其序列而获得。例如，疏水性图谱可通知来预测跨膜螺旋。同时，也有很多短片段被细胞用来将目的蛋白质向特定细胞器进行转移的靶标(其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白质将被引向内质网。WEB中有很多此类资源用于帮助预测蛋白质的功能。 基本理化性质分析： 信号肽预测： 在生物内，蛋白质的合成场所与功能场所常被一层或多层细胞膜所隔开，这样就涉及到蛋白质的转运。合成的蛋白质只有准确地定向运行才能保证生命活动的正常进行。一般来说，蛋白质的定位的信息存在于该蛋白质自身结构中，并通过与膜上特殊的受体相互作用而得以表达。在起始密码子之后，有一段编码疏水性氨基酸序列的RNA片段，这个氨基酸序列就这个氨基酸序列就是信号肽序列。含有信号肽的蛋白质一般都是分泌到细胞外，可能作为重要的细胞因子起作用，从而具有潜在的应用价值。 糖基化位点预测： 跨膜区分析：TMORED 蛋白质序列含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用，也可能是定位于膜的锚定蛋白或者离子通道蛋白等，从而，含有跨膜区的蛋白质往往和细胞的功能状态密切相关。 蛋白酶的结构功能进行预测和分析： 同源建模分析： 二级结构及折叠类预测：Predictprotein 特殊结构或结构预测：COILS MacStripe 疏水性分析：ExPASy的ProtScale 基于序列同源性分析的蛋白质功能预测： 至少有80个氨基酸长度范围内具有25%以上序列一致性才提示可能的显着性意义。类似于核酸序列同源性分析，用户直接将待分析的蛋白质序列输入NCBI/BLAST()，选择程序BLASTP就可网上分析。 基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测 蛋白质的磷酸化与糖基化对蛋白质的功能影响很大，所以对其的分析也是生物信息学的一个部分。同时，分子进化方面的研究表明，蛋白质的不同区域具有不同的进化速率，一些氨基酸必须在进化过程中足够保守以实现蛋白质的功能。在序列模式的鉴定方面有两类技术，第一类是依赖于和一致性序列(consensus sequence)或基序各残基的匹配模式，该技术可用于十分容易并快速搜索motif数据库。 Motif数据库-PROSITE
蛋白质提取常用试剂及操作方法
蛋白质提取常用试剂及操作方法 一、原料选择和前处理 （一）原料的选择 早年为了研究的方便，尽量寻找含某种蛋白质丰富的器官从中提取蛋白质。但至目前经常遇到的多是含量低的器官或组织且量也很小，如下丘脑、松果体、细胞膜或内膜等原材料，因而对提取要求更复杂一些。原料的选择主要依据实验目的定。从工业生产角度考虑，注意选含量高、来源丰富及成本低的原料。尽量要新鲜原料。但有时这几方面不同时具备。含量丰富但来源困难，或含量来源均理想，但分离纯化操作繁琐，反而不如含量略低些易于获得纯品者。一般要注意种属的关系，如鲣的心肌细胞色素C 较马的易结晶，马的血红蛋白较牛的易结晶。要事前调查制备的难易情况。若利用蛋白质的活性，对原料的种属应几乎无影响。如利用胰蛋白酶水解蛋白质的活性，用猪或牛胰脏均可。但若研究蛋白质自身的性质及结构时，原料的来源种属必须一定。研究由于病态引起的特殊蛋白质（本斯.琼斯氏蛋白、贫血血红蛋白）时，不但使用种属一定的原料，而且要取自同一个体的原料。可能时尽量用全年均可采到的原料。对动物生理状态间的差异（如饥饿时脂肪和糖类相对减少），采收期及产地等因素也要注意。 （二）前处理 1.细胞的破碎 材料选定通常要进行处理。要剔除结缔组织及脂肪组织。如不能立即进行实验，则应冷冻保存。除了提取及胞细外成分，对细胞内及多细胞生物组织中的蛋白质的分离提取均须先将细胞破碎，使其充分释放到溶液中。不同生物体或同一生物体不同的组织，其细胞破坏难易不一，使用方法也不完全相同。如动物胰、肝、脑组织一般较柔软，作普通匀浆器磨研即可，肌肉及心组织较韧，需预先绞碎再制成匀桨。 ⑴机械方法 主要通过机械切力的作用使组织细胞破坏。常用器械有：①高速组织捣碎机（转速可达10000rpm，具高速转动的锋利的刀片），宜用于动物内脏组织的破碎；②玻璃匀浆器（用两个磨砂面相互摩擦，将细胞磨碎），适用于少量材料，也可用不锈钢或硬质塑料等，两面间隔只有十分之几毫米，对细胞破碎程度较高速捣碎机高，机械切力对分子破坏较小。小量的也可用乳钵与适当的缓冲剂磨碎提取，也可加氧化铝、石英砂及玻璃粉磨细。但在磨细时局部往往生热导致变性或pH 显著变化，尤其用玻璃粉和氧化铝时。磨细剂的吸附也可导致损失。 ⑵物理方法 主要通过各种物理因素的作用，使组织细胞破碎的方法。 Ⅰ.反复冻融法 于冷藏库或干冰反复于零下15～20℃使之冻固，然后缓慢地融解，如此反复操作，使大部分细胞及细胞内颗粒破坏。由于渗透压的变化，使结合水冻结产生组织的变性，冰片将细胞膜破碎，使蛋白质可溶化，成为粘稠的浓溶液，但脂蛋白冻结变性。 Ⅱ.冷热变替法 将材料投入沸水中，于90℃左右维持数分钟，立即置于冰浴中使之迅速冷却，绝大部分细胞被破坏。 Ⅲ.超声波法 暴露于9～10 千周声波或10～500 千周超声波所产生的机械振动，只要有设备该法方便且效果也好，但一次处理量较小。应用超声波处理时应注意避免溶液中气泡的存在。处理一些
生物学软件大全(精)
生物学软件大全（精） 分子生物学软件介绍 目前，有很多软件可以解决分子生物学研究人员从立项到最后写论文的实际问题。但由于软件的数目太多，而且各个软件开发环境、运行平台和操作方法都各不相同——即使功能的某些方面是相似的，这就给使用者造成了许多的不便。赛百盛公司信息部在对相同作用的各类软件进行比较后，推荐一些最实用软件给从事生物研究的工作人员] 一、实验准备阶段 这时一般要查一些与实验相关的文献以便对自己所要做的课题的最新的进展有一个基本的了解，从而确定自己的实验策略。推荐使用软件Manager 9.0可以在线通过查找搜索宋体; "Times New Roman"‘>数据库中的专业资料,同时保存查找的资料为本地文件。资料内容和记录分上下两个屏幕，如有全文或想连接网络时敲键盘就可以到相应的全文文章和。可以直接在WORD中查找资料，并插入引用。在文章中对引用的文献可以格式化，引用的参考资料格式有很强的用户自定义功能，可以符合各种杂志对引用格式的要求，引用时不用多窗口切换。 同类软件：Endnote 3.1.2 也是一个在线专业资料查找系统,可以保存查找资料,并在文章中对引用格式化. 二、实验实施阶段
随着实验的进行，就必须对实验过程中的DNA、RNA和蛋白质的信息进行各种处理，包括限制酶分析、引物设计、同源序列比较、质粒作图、结构域(motif)查找、RNA二级结构预测、蛋白二级结构分析、三维结构显示等方面的内容。 1、综合软件推荐软件：Omiga 2.0 实际上，大部分对核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。主要功能：编辑、浏览、蛋白质或核酸序列，分析序列组成。用Clustal. W 进行同源序列比较，发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化，序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链，以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif)及开放阅读框(ORF)，设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic Sites)、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示，表格设有多种分类显示形式。利用Mange快捷键，用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数，可供选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外，该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限
2019年血清蛋白质的分离纯化与鉴定.doc
血清蛋白质的分离纯化与鉴定 刘欢1张唯2赵澜2彭垠婷2 徐波2郭小李2 (1．生化专业细胞生物学 51041300069 导师：张红锋;2．华东师范大学生命科学学院) 摘要：通过系统的生化制备与分析实验，让学生基本掌握了包括脱盐、亲和层析、醋酸纤维薄膜电泳、SDS-PAGE、HPLC和冷冻干燥在内的生化技术。从而为以后的科研工作打好基础。 关键词：层析；电泳；SDS-PAGE Abstract:By doing biochemichal preparing and analyzing experiment, technologies such as protein concentration detecting,enzyme activity testing, chromatography, acetate green electrophoresis, HPLC ,SDS-PAGE and other biotechnological techniques are mastered. Students are made qualified to their research work. Keywords: chromatography ; electrophoresis ; SDS-PAGE 一、前言 生命物质的制备和分析是现代生物化学中必不可少且又非常实用的技术。本实验通过对兔血清蛋白的分离，让我们基本掌握常用的技术，初步了解了纯化技术的整体步骤和整个生化技术的整体流程，为我们以后自己分离纯化蛋白质产物建立了一个基本的概念，以及为以后的研究工作打下基础。这些技术都是常用而成熟的技术，但是一个多世纪以来，尽管生物技术有了飞速发展，它们仍一直在发挥着重要的，不可替代的作用。这些技术包括： （一）．蛋白质检测技术——电泳技术 Hardy[1，2，3]发现，许多生物胶体，如蛋白质、酶等有特征的电泳迁移率（electrophoretic mobilities）。此迁移率在很大程度上取决于溶液的pH。因此利用电泳特征作为对物质的鉴定引起人们广泛的兴趣。20世纪的20年代和30年代，电泳理论和实践有了很大的发展。Tiselius教授首先证明了血清是由白蛋白，α、β和γ球蛋白组成的[4]。人血清蛋白用界面移动方法分离的最佳条件是0.1mol/L （pH8.6）的巴比妥缓冲液，此时白蛋白具有最快的迁移速度，接着依次为α1、α2、β和γ球蛋白[5~8]。 生物大分子如蛋白质、核酸、多糖等常以颗粒分散在溶液中，它们的净电荷取决于介质的H+浓度或与其他大分子的相互作用。在电场中，带电颗粒向阴极或阳极迁移，迁移的方向取决于它们带电的符号，这种迁移现象即所谓电泳。迁移的方式目前可分为三类：根据分子尺寸大小、分子所带的电荷或分子的生物学与化学特征。电泳迁移率（mobility）m规定为在电位梯度E的影响下，颗粒在时间t中的迁移距离d。 聚丙烯酰胺凝胶（plyacrylamide gel,PAG）是由丙烯酰胺（acrylamide）和交联试剂N,N＇-甲叉
基于核酸检测方法的金黄色葡萄球菌和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测试剂注册技术审查指导原则(2019年)
基于核酸检测方法的金黄色葡萄球菌和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测试剂注册技 术审查 指导原则 本指导原则旨在指导注册申请人对基于核酸检测方法进行耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和金黄色葡萄球菌鉴别检测的体外诊断试剂注册申报资料的准备及撰写，同时也为技术审评部门审评注册申报资料提供参考。 本指导原则是针对基于核酸检测方法进行耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和金黄色葡萄球菌鉴别检测的体外诊断试剂的一般要求，申请人应依据产品的具体特性确定其中内容是否适用，若不适用，需具体阐述理由及相应的科学依据，并依据产品的具体特性对注册申报资料的内容进行充实和细化。 本指导原则是供申请人和审查人员使用的指导性文件，不涉及注册审批等行政事项，亦不作为法规强制执行，如有能够满足法规要求的其他方法，也可以采用，但应提供详细的研究资料和验证资料。应在遵循相关法规的前提下使用本指导原则。 本指导原则是在现行法规、标准体系及当前认知水平下制定的，随着法规、标准的不断完善和科学技术的不断发展，本指导原则相关内容也将适时进行调整。 一、适用范围 （一）临床背景 金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus，SA）为革兰阳
性球菌，是葡萄球菌属的一种，分布广泛，多种动物和人均有易感性，是临床上常见的致病菌。随着抗菌药物的使用，逐渐出现耐药型金黄色葡萄球菌，如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（Methicillin-resistant staphylococcus aureus,MRSA）。MRSA具有多重耐药性，不仅对β-内酰胺类抗菌药物耐药，也对氨基糖苷类、大环内酯类、四环素类和喹诺酮类药物都表现出不同程度的耐药，其对不同抗菌药物的耐药率存在较大的地域差异，并有不同的变化趋势。 MRSA分为医疗机构相关性MRSA （healthcare-associated MRSA，HA-MRSA)、社区相关性MRSA ( community-associated MRSA，CA-MRSA )和家畜相关性（Livestock- associated MRSA，LA-MRSA）。CA-MRSA 和HA-MRSA 、LA-MRSA在微生物学、细菌耐药（如HA-MRSA相较于CA-MRSA表现出更多多重耐药）及临床特点方面（如感染部位）有较大差异，根据这些特点可以将两者进行区分。但由于人员在医院和社区间不断流动，CA-MRSA 和HA-MRSA 的差异日渐缩小。MRSA的分型有多种方式，如SCCmec、spa基因分型、多位点序列分型（MLST）、基于脉冲场凝胶电泳（PFGE）的分型等。 MRSA的耐药机制可能是由于MRSA受到外界刺激后本身固有耐药基因被激活或是引入了外来的耐药基因并激活。目前临床分离的MRSA菌株对大多数β-内酰胺抗菌药物耐药（新型头孢菌素类除外），大部分耐药是由mecA、mecC 基因介导，但是小部分MRSA不携带mecA基因，存在其它耐药机制。 目前SA的临床检测方法包括：分离培养后，经染色观察、血浆凝固酶试验、生化鉴定，质谱鉴定及聚合酶链反应（PCR）检测耐热核酸酶（nuc）基因、SA保守基因16S rRNA 和SA多种毒素基因。