图解基因组作图软件Artemis
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件一、基因芯片：1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision 7.0一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进展图像分析，还可以进展数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以准确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。
phoretix™Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。
J-express挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵〔microarray〕实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。
2、基因芯片阅读图像分析软件ScanAlyze 2.44，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进展微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。
输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、基因芯片数据分析软件Cluster斯坦福的对大量微矩阵数据组进展各种簇〔Cluster)分析与其它各种处理的软件。
SAMSignificance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
4．基因芯片聚类图形显示TreeView 1.5斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。
现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。
FreeView是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
5．基因芯片引物设计Array Designer 2.00DNA微矩阵〔microarray〕软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二级构造。
RNA Structure 3.5RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级构造的算法在软件上实现。
常用生物数据分析软件
常用生物数据分析软件生物数据分析软件是用于处理、分析和解释生物学实验中产生的大规模数据的工具。
这些软件通常具有统计分析、数据可视化和生物信息学工具等功能，它们在生物学研究、医学诊断和药物开发等领域都有广泛的应用。
本文将介绍一些常用的生物数据分析软件。
1.R：R是一种免费且开源的编程语言，它提供了丰富的生物数据分析和可视化工具，如统计分析、机器学习、生物信息学和图形绘制等。
R 语言拥有庞大的用户社区和丰富的包资源，适用于各种生物学数据分析任务。
2. Python：Python是另一种常用的编程语言，它也具备强大的生物数据分析能力。
Python拥有多个生物学数据处理和分析库，如NumPy、Pandas和BioPython等。
Python的易学性、可扩展性和广泛的应用领域使其成为生物学数据分析的首选工具之一3.MATLAB：MATLAB是一种专业的科学计算和数据可视化软件，在生物学数据分析领域有广泛的应用。
它提供了丰富的统计分析和机器学习工具包，可用于生物数据的处理、分析和建模等任务。
4.SPSS：SPSS是一种常用的统计分析软件，它具有直观的用户界面和广泛的统计分析功能。
SPSS可以对生物学数据进行描述性统计、方差分析、回归分析和聚类分析等，并生成相应的报告和图表。
5.SAS：SAS是一种专业的统计分析软件，也被广泛用于生物学数据分析。
SAS拥有强大的数据管理和数据分析功能，可用于处理和分析大规模的生物学数据集。
6. Partek Genomics Suite：Partek Genomics Suite是一种专门用于基因组学和转录组学数据分析的软件。
它提供了丰富的生物学数据分析工具和流程，可用于差异表达分析、通路分析和功能注释等任务。
7. Ingenuity Pathway Analysis (IPA)：IPA是一个用于通路分析和功能注释的软件。
它能够对基因表达数据进行通路分析和功能注释，并提供生物学上下游调控网络的图形可视化。
软件进阶培训--ArtemiS-ATP11
辑功能在Word里同样能实现！Βιβλιοθήκη ArtemiS报告生成的自动性
• 首先，在ArtemiS的Destination池里插入ReportGenerator，点击计算。
ArtemiS报告生成的自动性
• 计算完毕，出现下面两个图表。用鼠标点击布局，曲线颜色可以修改。
ArtemiS 之ATP11模块
ArtemiS Tool PackS 工具包
ArtemiS 之ATP11模块
ATP11模块概述:
1. 快速自动生成用户自定义的测试报告，并且可以在报告中修改图形文件的参
数及显示方式，即生成所谓“活”的测试报告文件。
2.这里的“活”是指在ArtemiS里点击计算，则直接生成Word文档。文档中包 含
布局完成后，依次点击Apply——OK
ArtemiS报告生成的自动性
• 把ReportGenerator的属性做如下设置：
ArtemiS报告生成的自动性
• 再次点击计算，则完成。在C盘的Temp文件夹里，就能找到“活”Word文 档。
生物大数据技术中的基因表达可视化工具推荐
生物大数据技术中的基因表达可视化工具推荐现代生物学研究中，大量的遗传数据被生成并储存于数据库中。
其中，基因表达数据是生物大数据中的重要组成部分，它提供了有关基因在不同生理和病理状态下的表达水平的信息。
为了更好地理解这些数据并从中获取有用的信息，研究人员已经开发了多种基因表达可视化工具。
本文将介绍一些值得推荐的基因表达可视化工具，帮助生物学家们更好地探索和分析生物大数据。
首先，我们要提到的是UCSC基因组浏览器。
作为一个广泛应用于生物学研究的在线工具，UCSC基因组浏览器提供了一个直观的界面，用于查看和分析基因和基因组的各种信息。
用户可以通过输入基因名称或基因组坐标来搜索感兴趣的基因，并查看其表达情况。
该浏览器还提供了丰富的功能和功能性注释，如基因结构、同源基因、剪接变体和表达谱等。
无论是基础研究还是转化研究，UCSC基因组浏览器都是一个强大且实用的基因表达可视化工具。
另一个值得推荐的基因表达可视化工具是Gene Expression Commons。
该工具致力于整合和可视化各种基因表达数据，包括转录组和蛋白质组数据。
用户可以通过输入基因名称或关键词来搜索感兴趣的基因，并得到与之相关的表达数据。
Gene Expression Commons提供了直观的图表展示和交互式功能，如折线图、热图和散点图，以帮助用户更好地理解和解释基因表达模式。
此外，该工具还提供了数据比较和差异分析的功能，方便用户进行深入分析和挖掘。
此外，还有一个重要的基因表达可视化工具是The Human Protein Atlas。
该工具致力于绘制人类蛋白质组的表达图谱，并提供丰富的组织和细胞类型的信息。
用户可以通过输入基因名称或组织类型来搜索感兴趣的基因，并获取其在不同组织和细胞中的表达情况。
The Human Protein Atlas提供了直观的图片和图表展示，以及详细的细胞和组织结构信息。
这个工具对于研究人员研究特定基因在不同生理和病理条件下的表达模式非常有帮助。
基因组作图ppt课件
➢ 遗传标记可用于连锁分析、基因定位、遗传作图、基因转 移、辅助选择育种等；
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形态标记 (morphological markers)
细胞学标记 (cytological markers)
➢ 用具染色体变异的材料与正常材料杂交，特定染色体上的 基因在减数分裂过程中的分离和重组发生偏离，由此可测 定基因所在染色体及其位置；
➢ 克服了形态标记易受环境影响的缺点，但标记材料的产生 需大量的人力物力进行培养选择；
➢ 有些物种对染色体变异的耐受性差，难以获得相应的标19 记 材料。
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➢ 形态标记简单直观、经济方便， 容易观察记载。
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形态标记的不足
➢ 可以观察到的标记非常有限，难以建立饱和的遗传图谱； ➢ 许多形态标记受环境、生育期等因素的影响； ➢ 复等位基因位点很难全部鉴定、标记出来。
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2.1.2 细胞学标记
➢ 指能明确显示遗传多态性的细胞学特征。染色体的结构和 数量特征是常见的细胞学标记；
20世纪80年代后期,人们开始应用微卫星序列(microsatellite,MS)绘制图谱。1994
年底，美、法完成了以RFLP及微卫星ＤＮＡ为标志的遗传图谱.图谱包含了
5826位点，覆盖4000cM，分辨率高达0.7cM．1996年法国报道了完全以微卫星
DNA标志构建的遗传连锁图，包含2335位点，分辩率为1.6cM
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RFLP标记的特征
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➢ 同一亲本及其子代相同位点上的多态性不变；
DNA序列分析软件介绍
DNA序列分析软件介绍Antheprot:蛋白质序列分析软件包ANTHEPROT 4.5是位于法国的蛋白质生物与化学研究院(Institute of Biology and Chemistry of Proteins)用十多年时间开发出的蛋白质研究软件包。
软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。
应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测。
更重要的是该软件能够提供蛋白序列的一些二级结构信息，使用户有可能模拟出未知蛋白的高级结构。
Applied Biosystems Primer Express:这是ABI公司销售附送的软件，可用于设计引物和探针，尤其适用于荧光PCR探针的设计，可以精确计算寡核苷酸与荧光基团鳌合后的Tm值。
可以预测引物与引物之间与模板之间等的二级结构。
Artemis R5:A DNA sequence viewer and annotation tools，一个DNA序列查看器与注释工具，可以以图形形式查看序列的各种分析结果与特性，程序读取EMBL与GENBANK格式的序列与纯DNA序列。
以Java写成，需要安装JRE1.2。
BioEdit是一个序列编辑器与分析工具软件，功能非常强大，使用十分容易。
功能包括:序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻找特征序列、支持超过20000个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制等等。
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。
BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。
BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。
BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。
图基因组(Graph Genomes)：一个更完善且更精准的人体基因组
Genome 3 G G C G A G A C G C C ‐ ‐ ‐ ‐ C C A A A C C A G
G“Reenfoemreenc4e” G G C GT A G AG C G C C G AAC AC A C C GA A A C C A G
Genome 5 Genome 6 Genome 7
Cumulative number of Human Genomes
1,000,000,000
1,000,000 1,000
1
2005
2010
2015
2020
2025
Source: Stephens ZD, Lee SY, Faghri F, Campbell RH, Zhai C, et al. (2015) Big Data: Astronomical or Genomical?.
GGC T AGGCGCCG C CACCAAAGCAG
G LinGearCrefGereAnceGcanGonlCy reGpreCsenCt on‐e ve‐ rsio‐ n o‐f thCe kCnowGn trAuthAs C C A G G G C GeGnomA esGareArepCresGentCed aCs “dGeltAa toCtheArefCereCnceA” A A G C A G
Genotypi ng
Байду номын сангаас
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Graph Aligner
Graph construction
Graph read alignment
Output generation
FASTA+VCF FASTQ
BAM (output)
各类软件及其用途文档
三维分子类RASMOL 2.7.2.1 观看生物分子3D微观立体结构的软件。
非常有名，巨棒！RasTop 2.0 为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME 2.6 SP3 直接在浏览器中观看3D分子。
MolMol 2k.1 将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件。
CrystInfo 1.0 用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3d结构。
PDViewer PDB格式文件的查看程序。
Weblab Viewlite 4.2 3维分子浏览工具及大量分子文件例子。
Weblab ViewerPro 4.2 Demo 3维分子浏览工具。
ICMLite 2.8 3维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能。
VMD 1.72 3维分子浏览工具，可以进行动态显示。
CN3D 3.0 3D分子结构观察软件。
WPDB 2.2 PDB文件检索显示分析软件。
DTMM 4.0 3维分子模型显示、编辑与构建程序。
Mole 1.1.8 Demo 高性能的大分子3维图形显示计算工具。
gopenmol 2.1 显示并分析分子结构及其特性的软件。
POV-Ray 3.5 beta rc5 生成三维图像工具软件。
WinMegaPov 0.7 3D渲染软件POV-Ray非官方编译软件。
MolPOV 2.0.8 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。
Mol2Mol Demo 4.1 分子文件格式转换软件。
PovChem 2.1.1 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。
Ortep-3 for Windows 1.074 生成分子的热椭圆形点图软件。
PLATON(2002.5.16版) 通用结晶学软件工具。
Mage 6.02 读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。
Prekin 6.02 将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件的软件。
Swiss-PdbViewer 3.7 PDB文件显示与分析软件。
DINAMO 蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具软件。
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Artemis的使用說明：
Artemis是一個免費的DNA序列瀏覽和註解的工具，它可方便使用者觀察序列於不同開讀框的面貌和分析的結果。
它是用JAVA語言寫成的，目前已有不同的版本可在UNIX、GNU/Linux、Macintosh、和Windows的作業系統下運作。
Artemis 可以讀取EMBL及GenBank的紀錄資料，也可讀取以Fasta格式或是任何寫成EMBL、GenBank、和GFF格式的資料。
有關Artemis的英文簡介、檔案下載和使用說明可於Sanger Center取得。
下面我們以一些簡單的圖示來說明Artemis的使用：（部分圖搞取自Sanger Center的Artemis說明）
圖一、是當我們開始使用Artemis時，第一個開啟的視窗。
圖二、我們可以在目錄清單（Menu Bar）的File的下拉式選單中，選取開啟某個已註解的檔案，或是從EBI下載某個Genomic DNA（如Complete genome sequence、BAC、或Cosmid序列等）來瀏覽。
圖三、在點選Open後，會出現路徑、檔案夾及檔案，來讓使用者選取及開啟欲
瀏覽的序列檔案和檔案註解檔等資料。
圖四、Option選項下則是讓使用者決定重讀選項、啟動編輯、和顯示或隱藏Log 檔。
其中Enable Direct Editing可以讓使用者以滑鼠變更一個列的起點和終點（若是蛋白質則為Start codon及Stop codon）。
圖五、欲瀏覽的檔案開啟後，會出現如下圖的三個視窗，分別是[Over view]、[DNA view]、及[Feature list]。
其中[Over view]和[DNA view]是一樣的，只是縮放的比例不同，但都可看到正反股DNA序列及+1、+2、+3、-1、-2、及-3
等六條蛋白質開讀框，開讀框中的黑色直條則是Stop codon。
[Feature list]則是紀錄註解及說明的地方，如註明是哪個基因或蛋白質。
由於本圖例只是序列檔，所以沒有註解說明。
圖六、於本圖例中，使用者又加開了一個檔案。
見Menu Bar下，又多了一個黃色的檔案名。
我們可以看到載[Over view]的視窗中，有許多藍色及淺綠色的方格，它們分別是可能的蛋白質及可能扮演某種角色的核酸模組序列區（如Promoter及Repeat），註解說明則見於[Feature list]的視窗。
圖七、我們可以把額外分析所得的結果，寫成EMBL格式的檔案，再叫進Artemis
中瀏覽並註解。
下面三個圖為例示。
圖八、同圖七，為EMBL格式的例示。
圖九、同圖七，為EMBL格式的例示。
圖十、Artemis還可提供分析繪圖的功能，如G+C%及Hydrophobicity等分析，並可隨視窗大小改變而調整繪圖。
圖十一、Artemis現在已是Sanger Center用來分析及註解為生物基因體的主要工具，它可整合Blastn、Blastx、Glimmer、tRNAscan及其他分析程式的結果，於同一視窗或不同視窗瀏覽，並於使用者選取三個視窗中任一註解區塊或說明時，自動調整選取區的位置至視窗中央，同時Highlight（Box外有粗框□，如圖中以藍色框框為起的粉紅色區塊，其Box是已粗線標示邊框）三個視窗中的同一筆資料。
圖十二、Artemis還允許使用者選取瀏覽中的序列，並執行如BLAST或FASTA等程式，再將結果以另外的視窗呈現。
圖十三、Artemis允許使用者透過視窗的縮放來觀察基因於基因體中的分布。
圖十四、Artemis也可用於真核生物基因體的註解工作。
如圖，註解者可將屬於同一個基因的不同Exon以線條連接。
圖十五、在下拉式選單[File]中，主要是讓使用者可以讀取[Entry]或[Feature]的檔案，或是儲存檔案及關閉視窗。
圖十六、在下拉式選單[Entries]中，主要是讓使用者可以更改預設的Entry，自瀏覽器中移除Entry，或不選定任何Entries。
圖十七、在下拉式選單[Select]中，主要是讓使用者可以選取各種Features，或是在不同的選擇中互換。
圖十八、在下拉式選單[View]中，主要是讓使用者可以於不同的視窗中（會有新視窗跳出），觀看所選取的資料。
圖十九、在下拉式選單[Goto]中，主要是讓使用者可以移動瀏覽序列至所欲觀看的位置。
圖二十、在下拉式選單[Edit]中，主要是讓使用者可以編輯或剪裁序列。
圖二十一、在下拉式選單[Creat]中，主要是讓使用者可以加入及新標定註解。
圖二十二、在下拉式選單[Write]中，主要是讓使用者可以新建並修改序列及註解。
圖二十三、在下拉式選單[Run]中，主要是讓使用者可以在選取序列並送出做另外的分析處理。
圖二十四、在下拉式選單[Display]中，主要是讓使用者可以預設要顯示在瀏覽視窗中的項目。