海南几种大型绿藻18S rRNA基因的克隆与序列分析
多基因序列比较分析海南橡胶树炭疽病菌遗传种群

多基因序列比较分析海南橡胶树炭疽病菌遗传种群林春花;董瑛;刘文波;缪卫国;郑服丛【摘要】橡胶树炭疽病是橡胶树上一种重要叶部病害,已知病原菌有胶孢炭疽菌和尖孢炭疽菌,它们是复合种群,群下种类多,遗传多样性丰富.利用ITS、GAPDH、CHS-1和ACT基因的部分序列,对来自海南省橡胶树不同植胶地点的16株炭疽菌,进行基因谱系比较分析.结果显示,采用单基因部分序列和4基因拼接序列都能将供试菌株分为两大类群:胶孢炭疽菌复合群和尖孢炭疽菌复合群.其中,来自于儋州HN06、乐东志仲HN02和保亭大本HN16的3个菌株聚类于尖孢炭疽菌复合群,其余13个菌株聚类于胶孢炭疽菌复合群.4基因拼接序列分析还可以看出,胶孢炭疽菌复合群下参试的9个菌株都属于分支Musae Clade.但是采用单基因或4基因拼接序列均不能将海南橡胶炭疽菌鉴定到复合群下的具体种.【期刊名称】《热带作物学报》【年(卷),期】2016(037)005【总页数】9页(P943-951)【关键词】橡胶树;炭疽病菌;多基因序列分析法;遗传多态性【作者】林春花;董瑛;刘文波;缪卫国;郑服丛【作者单位】海南大学环境与植物保护学院海南大学热带作物种质资源保护与开发利用教育部重点实验室海南海口570228;海南大学环境与植物保护学院海南大学热带作物种质资源保护与开发利用教育部重点实验室海南海口570228;海南大学环境与植物保护学院海南大学热带作物种质资源保护与开发利用教育部重点实验室海南海口570228;海南大学环境与植物保护学院海南大学热带作物种质资源保护与开发利用教育部重点实验室海南海口570228;海南大学环境与植物保护学院海南大学热带作物种质资源保护与开发利用教育部重点实验室海南海口570228【正文语种】中文【中图分类】S763.7doi 10.3969/j.issn.1000-2561.2016.05.015炭疽菌(Colletotrichum spp.)真菌引起的炭疽病是世界范围内农业生产中发生最为普遍、危害较重的植物病害[1]。
真核生物染色体基因组的结构和功能

真核生物染色体基因组的结构和功能真核生物的基因组一般比较庞大,例如人的单倍体基因组由3×106bp硷基组成,但人细胞中所含基因总数大概会超过3万个。
这就说明在人细胞基因组中有许多DN A序列并不转录成mR NA用于指导蛋白质的合成。
研究发现这些非编码区往往都是一些大量的重复序列,这些重复序列或集中成簇,或分散在基因之间。
在基因内部也有许多能转录但不翻译的间隔序列(内含子)。
因此,在人细胞的整个基因组当中只有很少一部份(约占2-3%)的DNA序列用以编码蛋白质。
真核生物基因组有以下特点。
1.真核生物基因组DNA与蛋白质结合形成染色体,储存于细胞核内,除配子细胞外,体细胞内的基因的基因组是双份的(即双倍体,diploi d),即有两份同源的基因组。
2.真核细胞基因转录产物为单顺反子。
一个结构基因经过转录和翻译生成一个mRNA分子和一条多肽链。
3.存在重复序列,重复次数可达百万次以上。
4.基因组中不编码的区域多于编码区域。
5.大部分基因含有内含子,因此,基因是不连续的。
6.基因组远远大于原核生物的基因组,具有许多复制起点,而每个复制子的长度较小。
高度重复序列:高度重复序列在基因组中重复频率高,可达百万(106)以上。
在基因组中所占比例随种属而异,约占10-60%,在人基因组中约占20%。
高度重复顺序又按其结构特点分为三种(1)反向重复序列这种重复顺序约占人基因组的5%。
反向重复序列由两个相同顺序的互补拷贝在同一DNA链上反向排列而成。
变性后再复性时,同一条链内的互补的拷贝可以形成链内碱基配对,形成发夹式或“+”字形结构。
反向重复间可有一到几个核苷酸的间隔,也可以没有间隔。
没有间隔的又称回文结构,这种结构约占所有反向重复的三分之一。
基于高通量测序的真核微藻多样性质控分析

基于高通量测序的真核微藻多样性质控分析宋伦; 吴景; 李楠; 孙明; 杜静; 王鹏【期刊名称】《《水产科学》》【年(卷),期】2019(038)006【总页数】9页(P804-812)【关键词】真核微藻; 高通量测序; 褐潮; 多样性; 质控分析; 辽东湾【作者】宋伦; 吴景; 李楠; 孙明; 杜静; 王鹏【作者单位】哈尔滨工业大学环境学院城市水资源与水环境国家重点实验室黑龙江哈尔滨150090; 辽宁省海洋水产科学研究院辽宁省海洋生物资源与生态学重点实验室辽宁大连116023【正文语种】中文【中图分类】S917海洋微藻是海洋生态系统中物质循环和能量流动的基础,是生命和非生命系统联系的关键环节,同时也是赤潮、褐潮暴发的致灾种[1-2]。
由于微藻采样和显微镜精度限制,传统的形态学鉴定对微藻多样性的挖掘存在较大局限性。
褐潮的暴发引起了诸多学者对微微型藻类多样性的关注,早期的分子鉴定技术虽可增加目标种类的鉴定准确度,但对物种多样性的种类挖掘尚显逊色。
高通量测序技术具有简单快速、测序通量高、错误率低和成本低等特点,为微藻的多样性检测提供了新手段。
18S rDNA是真核生物中具有信息和功能两种作用的核糖体编码基因[3],由保守区和9个可变区交替排列组成[4],可作为物种鉴定的分子标记。
国内外以18S rDNA 作为分子标记使用高通量测序技术分析藻类多样性的研究已有报道。
2000年,国内学者针对微型和微微型浮游藻类建立了18S rDNA克隆文库,分析了浮游藻类的多样性[5-6]。
2011年,于杰等[7]建立了微型浮游生物的18S rDNA可变区V9的克隆文库并进行测序,发现褐潮是由抑食金球藻(Aureococcus anophage f ferens)和多形微眼藻(Minutocellus polymorphus)共同形成。
2015年,也有学者对渤海海域[6]及我国东海靠近济州岛海域[8]真核浮游植物群落组成和多样性进行了研究。
珊瑚藻R-藻红蛋白rpeA和rpeB基因全长cDNA克隆与序列分析(英文)

珊瑚藻R-藻红蛋白rpeA和rpeB基因全长cDNA克隆与序列分析(英文)王盛;钟伏弟;吴祖建;林奇英;谢联辉【期刊名称】《中国生物化学与分子生物学报》【年(卷),期】2004(20)4【摘要】依据珊瑚藻 (CorallinaofficinalisL .)藻红蛋白rpeA和rpeB的DNA序列 (AF5 1 0 986 )设计引物 ,通过PCR RACE方法扩增得到rpeA和rpeB的cDNA序列 .序列分析表明 ,该序列采用多顺反子转录策略 ,全长 2 2 5 7bp(AF5 42 5 5 4) ,排布顺序为5′UTR rpeB 间隔区rpeA 3′UTR .5′非编码区 493bp ,rpeB基因 5 34bp ,基因间隔区 1 0 1bp ,rpeA基因4 95bp ,3′非编码区 6 34bp .在rpeA和rpeB的基因起始密码子上游均存在类似原核核糖体结合的Shine Dalgarno (SD)序列 .在rpeA基因终止密码子下游 1 1 0bp处还存在着一个可能的开放阅读框架 .经检索GenBank发现。
【总页数】6页(P428-433)【关键词】珊瑚藻;藻红蛋白;快速分离cDNA末端(RACE)【作者】王盛;钟伏弟;吴祖建;林奇英;谢联辉【作者单位】福建农林大学植物病毒研究所【正文语种】中文【中图分类】Q943.2【相关文献】1.珊瑚藻藻红蛋白β亚基脱辅基蛋白基因克隆与序列分析 [J], 王盛;钟伏弟;吴祖建;林奇英;谢联辉2.稀杯盔形珊瑚铜锌超氧化物歧化酶基因全长 cDNA序列的克隆与分析 [J], 范程辉;刘丽;沈城;郭昱嵩3.珊瑚藻藻红蛋白α亚基脱辅基蛋白基因克隆与序列分析 [J], 王盛;钟伏弟;吴祖建;林奇英;谢联辉4.珊瑚藻R-藻红蛋白γ亚基基因的克隆 [J], 王盛; 钟伏弟; 吴祖建; 林奇英; 谢联辉5.草莓果实膜联蛋白基因(annfaf)全长cDNA克隆及序列分析(英文) [J], 王关林;杨怀义;夏然;方宏筠;景士西因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
海南大学生物工程学院2021年《细胞生物学》考试试卷(705)

海南大学生物工程学院2021年《细胞生物学》课程试卷(含答案)__________学年第___学期考试类型:(闭卷)考试考试时间:90 分钟年级专业_____________学号_____________ 姓名_____________1、判断题(40分,每题5分)1. 真核生物的18S、28S和5S的rRNA属于同一个转录单位,先转录成一个45S的前体,然后边加工边装配核糖体的大、小两个亚基。
()答案:错误解析:真核生物的18S、28S和5.8S的rRNA属于某个转录单位。
2. 间隙连接属于通讯连接,信号分子可以通过间隙连接的通道,而其他代谢分子不能通过。
()答案:错误解析:间隙连接的通道允许小分子代谢物质和信号分子通过,是细胞间代谢亚胺的基础。
代谢偶联现象在体外培养细胞中被证实。
3. 体外细胞培养很容易被微生物所污染,因此细胞工程所有的实验都必须在无菌条件下进行,所有的实验器械和试剂都是以相同的方式消毒灭菌。
()答案:错误解析:细胞工程实验用到的灭菌方式有高压蒸汽灭菌,高温灭菌,以及过滤等方法。
不同的试验器械和各异试剂所需要的灭菌方式不尽相同,例如:玻璃品类的器皿可以通过高压蒸汽灯具灭菌,金属类则可以通过灼烧的方法进行高温灭菌。
4. 溶酶体中成熟的水解酶分子带有独特的标记——甘露糖6磷酸(M6P),它是溶酶体水解酶分选的重要识别信号。
()答案:错误解析:前半句错误,溶酶体中成熟的溶酶体已经被去磷酸化,不具有M6P标志。
在高尔基体M6P是溶酶体水解酶分选的主要识别信号。
5. 由于线粒体和叶绿体的绝大多数蛋白质是由自身编码,少数蛋白质由核基因组编码,故称线粒体和叶绿体为半自主性细胞器。
()答案:错误解析:线粒体和叶绿体的绝大多数蛋白质是由氨基酸核基因组编码,少数是由自身编码,所以称为半自主线粒体6. 过氧化物酶体是一种异质性的细胞器。
它来自高尔基体,参与膜的流动。
()答案:错误解析:不是来自高尔基体,也不参与膜流动。
2种微藻总RNA提取方法的比较

Abstract To select the optimum extraction method for total RNA from microalgae, Trizol method and SDS-LiCl method were used with Chlamydomonas reinhardtii and Micractinium pusillum as materials. The results showed that, high-quality RNA from M. pusillum was obtained by using SDS-LiCl method. In contrast, both Trizol method and SDS-LiCl method were suitable for total RNA extraction from C. reinhardtii. However, the former is more simple and efficient than the latter. The RT-PCR results showed that total RNA isolated from M. pusillum by using SDS-LiCl method and from C. reinhardtii by using Trizol method could be directly used for molecular biology experiments, such as molecular cloning and gene expression analysis. Keywords Chlamydomonas reinhardtii ; Micractinium pusillum ; RNA extraction; SDS-LiCl method ; Trizol method
大型海洋绿藻5.8SrRNA基因序列及系统发育分析

近 。在 构建 的 系统发 生树 中,缘 管浒 苔与孔 石 莼聚 为 一类,表现 出与石 莼属 物种更 近 的亲缘 关 系。
关键 词 石莼属 ,浒 苔属,礁 膜属 , .Sr N 58 A,序列 变异,系统 发育 R Q 8 79 中图分 类号
分 子 系 统学 是 指 通过 分析 生 物 大 分 子如 核 酸 和 蛋 白质 或 一 些小 分 子 来 研究 生 物 不 同分类 阶元 内和 阶元 间相互 关 系的科 学( 苏乔 , 0 1” 2 0 ) 。与 许多其 他 学 科 一样 ,分 子 系统 学 的发 展 与 分 子 生 物 学技 术 的 改 进是 密不 可分 的。 随着 P R技 术 和 D A测 序技 术 的 C N 发 明及 日臻 成 熟 ,核 酸分 析 技 术 成 为 系 统 学研 究 的
而在种 群 中维持 稳定 ,因此 可 以作 为种 群标 记 。红 藻 中的石 花 菜 科 ( eii e) 较 难 进 行 种 属 研 究 的类 G l a s是 dl 群,因为 它们 一 般 不 具 有 较 普 遍且 具 可 比性 的形 态 学 指标 。P t r a y等(9 3采 用 58 R wa 19 ) .S r NA 序列 确定
对 这个 问题 做 了充 分 的 阐述 。Z c ma eh n等(9 4 ̄ 用 19)J 58 R A 序列研 究 了硅 藻 门( aiaip ya冠 盘藻 . rN S B cl r h t) l 0
属 (t h n dc s he b r) 系 统 进 化 。 Se a o i rn eg的 p uE
主要方 法 。
了该科 3个属 的分 化现象 。 可产 琼胶 的重 要经 济海 藻
江蓠属 Grclr ai i a a和龙须 菜属 Grclr o ss ai i pi aa ,由于
中国南瓜内参基因18S rRNA的克隆及其引物开发

中国南瓜内参基因18S rRNA的克隆及其引物开发朱海生;王彬;陈敏氡;李永平;张前荣;刘建汀;李大忠;吴卫东;温庆放【摘要】[Objective] The study cloned 18S rRNA gene of Cucurbita moschata and designed suitable qRT-PCR primers for analyzing expression patterns and regulation mechanisms of important critical genes.[Method] Sequence of 18S rRNA gene was cloned by PCR using the genomic DNA of Cucurbita moschata cultivar ‘Miben’ as template.A pair of qRT-PCR primers were then designed by Primer Premier software.Furthermore,the stability of 18S rRNA gene was determined in Cucurbita moschata in different tissues,growth stages and abiotic stress conditions.[Result] The 18S rRNA gene of Cucurbita moschata was cloned firstly (GenBank accession number:KM979454).It was 1 857 bp long and shared more than 90% homology with 18S rRNA genes from melons vegetables such as watermelon and squash.According to the deduced 18S rRNA gene sequence,a pair of qRT-PCR primers were then designed.The fragment of 132 bp was successfully amplified by the primers using the first-strand cDNA as template,which was reverse-transcribed from the total RNA of Cucurbita moschata.The primers had high specificity and amplification efficiency.RT-PCR indicated that the 18S rRNA gene was stably expressed under different growth stages and abiotic stresses.[Conclusion] The 18S rRNA gene was suitable as a reference gene for analyzing gene expression patterns in Cucurbita moschata.%[目的]克隆获得中国南瓜18S rRNA,并设计合适的荧光定量PCR内参,为开展中国南瓜重要功能基因的表达模式和调控机制研究奠定基础.[方法]以中国南瓜‘密本’品种的基因组DNA为模板,通过PCR方法克隆中国南瓜18S rRNA基因序列,再利用Primer Premier软件设计荧光定量PCR 引物,对该内参基因在中国南瓜不同组织、生长阶段及非生物胁迫条件下的表达稳定性进行检测.[结果]首次克隆得到中国南瓜18S rRNA基因序列,其长度为1 857 bp,GenBank登录号为KM979454,该基因与西瓜、西葫芦等瓜类蔬菜18S rRNA 基因同源性大都在90%以上;以中国南瓜内参基因18S rRNA核苷酸全长序列为基础设计1对荧光定量PCR引物,以中国南瓜果肉总RNA逆转录的cDNA第一链为模板进行PCR扩增,该引物扩增的片段大小为132 bp,扩增效率高,特异性强;18S rRNA基因在中国南瓜不同组织、生长发育阶段及非生物胁迫条件下均能稳定表达.[结论]克隆获得中国南瓜18S rRNA基因,该基因适合在中国南瓜基因表达研究中作为内参基因.【期刊名称】《西北农林科技大学学报(自然科学版)》【年(卷),期】2017(045)003【总页数】8页(P118-125)【关键词】中国南瓜;18S rRNA;内参基因;实时荧光定量PCR【作者】朱海生;王彬;陈敏氡;李永平;张前荣;刘建汀;李大忠;吴卫东;温庆放【作者单位】福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013;福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013;福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013;福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013;福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013;福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013;福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013;福建省种植业技术推广总站,福建福州350003;福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013【正文语种】中文【中图分类】S642.1中国南瓜(Cucurbita moschata Duch.)为葫芦科(Cucurbitaceae)南瓜属(Cucurbita spp.)一年生蔓生草本植物,起源于美洲大陆,16世纪初由欧洲人传入亚洲后,于16世纪中叶经东南亚传入中国东南沿海,然后传遍中国内地并成为我国人民喜爱的传统蔬菜,具有适应性强、分布地域广、种类繁多和营养丰富等优点[1-4]。
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J u n . 2 0 1 7
热 带 农 业 科 学
CHI NES E J OURNAL OF T ROP I CAL AGRI CUL T URE
第3 7卷第 6期
Vo 1 . 3 7,No . 6
海 南几种大型绿藻 1 8 S r R N A基 因的克隆 与序列分析①
术 ,从 这 4种 绿 藻 的 基 因 组 中扩 增 到 各 自的 1 8 S r R N A基 因 序 列 ,并 测 序 。 与 G e n e b a n k中 已 收 录 的 6种 绿 藻 1 8
S r R N A基 因 序 列 进 行 比 较 分 析 ,所 得 1 0种 绿 藻 的 1 8 S r R N A基 因 长 度 为 7 2 7 b p 。变 异 位 点 为 2 6 6个
Cl o n i n g a nd Se qu e nc e Ana l y s i s o f 1 8 S r RNA Ge ne s o f
S e v e r a l La r g e Gr e e n Al g a e i n Ha i n a n Pr o v i nc e
u n i v e r s a l p r i me r , t h e g e ne s f r o m t he s e 4 l a r g e re g e n a l g a e w e r e a mp l i i f e d t o 1 8 S r RN A g e n e s e q ue n c e b y P CR.A c o mp a r a t i v e a n a l y s i s wa s ma d e o f 1 8 S r RN A g e n e s e q u e n c e s a mo ng t h e 4 re g e n a l g a e s e l e c t e d a nd t h e 6 re g e n a l g a e f r o m t h e Ge n e b a n k.Th e r e s ul t s s h o we d t h a t t h e 1 8 S r RN A g e n e s e q u e nc e s o f t h e s e 1 0 g re e n a l g a e we r e 7 2 7 b p i n l e n g t h wi t h 2 6 6 v a r i a b l e s i t e s a n d 45 3 c o n s e ve r d s i t e s .Th e ma x i mu m g e n e t i c d i s t a n c e b e t we e n Cl a d o p h r a l e s a n d Co d i a l e s wa s 0 . 3 7 6 .Th e g e n e t i c d i s t a n c e a mo n g t h e s p e c i e s o f ge n u s Cl a d o ph o r a wa s 0. 0 1 0 .t h e s h o r t e s t .Th e t o p o l og y o f p h y l o g e n e t i c t r e e c o n s t r u c t e d b y NJ me t h o d
摘 要 对 海 南沿 岸采 集 到 的团集 刚 毛藻 ( C l a d o p h o r a go m e r  ̄ t Ⅱ ) 、细 毛 横 丝 藻 ( f 4 c r o c h a e t e l e p t D c h a e t e ) 、石 莼
( U l v a r e t i c u l a t a ) 和长茎葡萄 蕨藻 ( C a u l e r p a l e n t i U i f e r a ) 进 行 了形 态 学 观 察 ,采 用 1 8 S r R N A通 用 引 物 .通 过 P C R技
Ha i n a n T r o p i c a l Oc e a n Un i v e r s i t y ,S a n y a ,Ha i n a n 5 7 2 02 2 ;
2 S a n y a S c i e n c e& T e c h n o l o g y Ac a d e my o f Wi n t e r Br e e d i n g a n d Mu l t i p l i c a t i o n .
J I ANG F a n g y a n ’ HUANG Ha i ’ ’ Y ANG n i n g MA J u n ’
( 1 Ha i n a n Ke y L a b o r a t o r y o f T r o p i c a l Ma r i n e F i s h e r y Re s o u r c e s P r o t e c t i o n a n d U t i l i z a t i o n ,
.
保 守 位 点
为4 5 3 个 。刚 毛 藻 目与 蕨 藻 目 的遗 传 距 离 最 大 ,为 0 . 3 7 6 ;刚 毛 藻 属 内 的 种 间 遗 传 距 离 最 小 . 为 0 . 0 1 0 采 用 N J法 构 建 的 系 统 进 化 树 的 拓 扑 结 构 显 示 :细 毛 横 丝 藻 、葡 枝 横 丝 藻 、石 莼 、礁 膜 、羽 状 尾 孢 藻 和 皱 溪 菜 聚 为 一 支 ; 团集 刚 毛 藻 与扭 曲 刚 毛 藻 单 独 聚 为一 支 ;长 茎 葡 萄 蕨 藻 与 总 状 蕨 藻 聚为 一 支 。 说 明 1 8 S r R N A序 列 可 以作 为 大 型 绿 藻 系 统 发 育 研 究 的 分 子 标 记
S a n y a ,H a i n a n 5 7 2 0 Nhomakorabea0 0 )
Abs t r a c t La r g e g r e e n a l g a e Cl a d o ph o r a g l o me r a t a ,Ac r o c h a e t e l e pt o c h a e t e ,Ul v a r e t i c u l a t a ,a n d Ca u l e r pa
关 键 词 团 集 刚 毛 藻 ;细 毛横 丝 藻 ;石 莼 ;长 茎 葡 萄 蕨 藻 :1 8 S r R N A 中图分类号 Q 7 5 文献标识码 A D o i :1 0 . 1 2 0 0 8 / j . i s s n . 1 0 0 9 — 2 1 9 6 . 2 0 1 7 . 0 6 . 0 1 l
姜 芳 燕 ) ② 黄 海 杨 宁 ) ③ 马 军
( 1 海南 热带 海 洋学 院/ 海 南省热 带 海 洋渔业 资 源保 护 与利 用 重点 实验 室 海 南三 亚 5 7 2 0 2 2 :
2 三 亚 市南繁 科 学技 术研 究 院 海南三 亚 5 7 2 0 0 0 )
l e n t i l l i f e r a c o l l e c t e d f r o m t h e c o a s t o f H a i n a n p r o v i n c e w e r e o b s e r v e d mo r p h o l o g i c a l l y . Wi t h 1 8 S r R N A a s