检测两种蛋白质之间相互作用
检测蛋白相互作用的方法
检测蛋白相互作用的方法
检测蛋白相互作用的方法主要有酵母双杂交技术、免疫共沉淀和GST pull-down实验。
1. 酵母双杂交技术：主要用来进行互作蛋白的筛选，缺点就是假阳性较高，所以需要进行结果验证，一般可采用免疫共沉淀或GST-pull down实验进行验证。
2. 免疫共沉淀：是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。
当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质-蛋白质间的相互作用被保留了下来。
当用预先固化在argarose beads上的蛋白质A的抗体免疫沉淀A蛋白，那么与A蛋白在体内结合的蛋白质B也能一起沉淀下来。
再通过蛋白变性分离，对B蛋白进行Western blot检测，进而证明两者间的相互作用。
3. GST pull-down实验：是一个行之有效的验证酵母双杂交系统的体外试验技术。
其基本原理是先构建靶蛋白-GST融合蛋白载体，然后进行体外表达及纯化。
将得到的靶蛋白-GST（Glutathione-S-transferase谷胱苷肽巯基转移酶）融合蛋白亲和固化在谷胱甘肽亲和树脂上，充当一种“诱饵蛋白”，然后将目的蛋白溶液过柱，可从中捕获与之相互作用的蛋白，将目的蛋白洗脱下来，通过SDS-PAGE电泳及Western blot分析证实两种蛋白间的相互作用。
以上内容仅供参考，建议查阅相关文献获取更专业的信息。
检测蛋白质与蛋白质之间相互作用的实验技术
一、检测蛋白质与蛋白质相互作用①ＦREＴ技术(in vｉvo)FRET，Fluoresｃence ｒesonancｅenergy transfer，即荧光共振能量转移技术。
该技术得原理就是用一种波长得光激发某种荧光蛋白后,它释放得荧光刚好又能激发另一种荧光蛋白,使其释放另一波长得荧光,如下图所示:以下图为例,若要利用FＲET检测两种蛋白就是否有相互作用,需将两种蛋白得基因分别与这两种荧光蛋白得基因融合,并在细胞内表达出两种融合蛋白。
然后只需用紫外光对CFＰ进行激发，并检测GＦP就是否放出绿色荧光.如果能检测到绿色荧光，那么可以说明这两种蛋白可能有相互作用;反之,则就是这两种蛋白没有相互作用。
②酵母双、三杂交技术(in vivｏ)酵母双杂交系统主要用于考察两种蛋白就是否有相互作用,其原理就是典型得真核生长转录因子,如GＡL4、GＣN4等都含有二个不同得结构域，即ＡD与BD.这些转录因子只有同时具有这两个结构域时才能起始转录．由此,设计不同得两个载体,一个含有AD基因（假设为A载体),另一个含有BD基因(假设为Ｂ载体）。
一般将一个已知蛋白得基因连在Ｂ载体上，作为诱饵（Baｉt),将未知蛋白得基因连在A载体上,将这两个载体都转到特定得酵母细胞内,瞧未知蛋白与已知蛋白就是否有相互作用.如果两者有相互作用,那么就可以启动报告基因得转录,从而使这个酵母细胞能在选择培养基上显现出来或者生存下来;如果两者无相互作用，那么报告基因就无法表达,那么这个酵母细胞就无法在择培养基上显现出来或者生存下来，如下图所示:由于酵母双杂交系统不能鉴定膜蛋白间得相互作用，因此又发展出了分离泛素酵母双杂交系统。
该系统得原理如下图所示:如图所示，将泛素蛋白拆分为两个片段,即C端段（Ｃub)与Ｎ端段(NubG）,并在Ｃ端段得Ｎ端接上一个LｅxA—VP16转录因子,此时它并不能激活基因转录(因为它被限制在了C端段上，不能进入细胞核发挥作用）。
研究蛋白质相互作用的九种方法，写标书用得上
研究蛋白质相互作用的九种方法，写标书用得上寒风凛冽，又到了一年一度写标书的季节，你开始准备了么？在分子机制的研究中，蛋白和蛋白之间的互作研究可以说是非常经典了，研究蛋白互作的方法有很多，今天我们来介绍九种。
1、免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，CoIP）CoIP其实就是两个蛋白相互的IP（免疫沉淀反应）实验，在已知蛋白B和C之间有相互作用的前提下，这种前提一般需要有一个酵母双杂实验或者Pulldown实验来作为支持。
IP就是用来验证蛋白C和蛋白B之间相互作用的。
如果在Agarose珠上的Protean A/G所结合的抗体，可以结合并拉下蛋白B，那用Western Blot即可检测出蛋白C的表达，反之亦然，通过这种相互间免疫共沉淀的实验，就可以明确地验证出，B与C之间的相互作用了。
比如这份标书：PYK2促进肝癌细胞迁移的一个新的分子机制研究：结合并磷酸化E-cadherin？（百度检索题目可查到全文）2、Pull-down实验这个实验跟免疫共沉淀实验很像，不同的是免疫共沉淀是在细胞里进行的，在众多的蛋白里，拉住A蛋白的同时,把B蛋白也给拉出来了，这还不能证明是直接的结合，很有可能是A 拉住了C，而C拉住了B，这样拉住A蛋白的同时也能把B蛋白也给拉出来。
要证明直接的结合就是Pull-down实验。
提纯所要研究的两个蛋白（一般是在BL21等菌种表达提纯），这两个蛋白带上不同的标签（提纯蛋白一般带GST或者HIIS标签），然后将他们放在同一个体系里，使用GST-beads或者NI-beads,把其中一个蛋白拉下来，用WB检测另一个蛋白的存在。
比如这份标书：恶性肿瘤的发生、发展的细胞表观遗传学机制。
（同样可以百度检索到全文）3、免疫荧光（Immunofluorescence，IF）——共定位将免疫学方法(抗原抗体特异结合)与荧光标记技术结合起来研究特异蛋白抗原在细胞内分布的方法。
由于荧光素所发的荧光可在荧光显微镜下检出，从而可对抗原进行细胞定位。
体外蛋白结合实验报告
一、实验背景蛋白质与蛋白质之间的相互作用在生物体内发挥着至关重要的作用，包括信号传导、基因表达调控、细胞骨架组织等。
体外蛋白结合实验是研究蛋白质相互作用的重要手段之一。
本实验旨在研究两种蛋白质A和B之间的相互作用，并通过一系列实验验证其结合能力。
二、实验目的1. 验证蛋白质A和B在体外是否具有结合能力。
2. 确定蛋白质A和B结合的最适条件。
3. 分析影响蛋白质A和B结合的因素。
三、实验材料1. 蛋白质A和B：分别从细胞培养液中纯化获得。
2. 蛋白质标记物：荧光素标记的蛋白质A和B。
3. 试剂：缓冲液、透析袋、SDS-PAGE凝胶、电泳缓冲液、Western blot试剂等。
4. 仪器：蛋白纯化系统、紫外分光光度计、电泳仪、Western blot系统等。
四、实验方法1. 蛋白质纯化：分别从细胞培养液中纯化蛋白质A和B，并鉴定其纯度。
2. 标记蛋白质：将蛋白质A和B分别用荧光素进行标记，获得荧光标记的蛋白质A（F-A）和荧光标记的蛋白质B（F-B）。
3. 蛋白质结合实验：a. 将F-A和F-B按照一定比例混合，在不同温度和pH条件下进行反应。
b. 反应结束后，通过SDS-PAGE和Western blot检测F-A和F-B的结合情况。
4. 影响结合因素分析：a. 研究温度、pH、离子强度等因素对蛋白质A和B结合的影响。
b. 通过改变反应体系中蛋白质A和B的浓度，研究其结合能力的变化。
五、实验结果1. 蛋白质纯化：蛋白质A和B的纯度均达到95%以上。
2. 蛋白质标记：荧光标记的蛋白质A和B的标记效率分别为85%和90%。
3. 蛋白质结合实验：a. 在一定范围内，蛋白质A和B在体外可以发生结合。
b. 在不同温度和pH条件下，蛋白质A和B的结合能力有所差异。
4. 影响结合因素分析：a. 温度对蛋白质A和B的结合有一定影响，最适温度为37℃。
b. pH对蛋白质A和B的结合也有一定影响，最适pH为7.4。
c. 离子强度对蛋白质A和B的结合有显著影响，高离子强度有利于蛋白质A和B的结合。
检测蛋白互作的方法
检测蛋白互作的方法有多种，其中包括酵母双杂交技术、免疫共沉淀、GST-pull down实验等。
这些方法都可以用来研究蛋白之间的相互作用，并有助于进一步了解蛋白质的功能和机制。
1. 酵母双杂交技术：这是一种在酵母细胞中检测蛋白互作的方法，主要通过将两个蛋白的基因分别与报告基因的转录激活域融合，在两个蛋白相互作用时，报告基因就会被激活，从而得到蛋白互作的结果。
2. 免疫共沉淀：这是一种通过抗体和抗原之间的专一性作用来研究蛋白互作的方法。
将其中一个蛋白进行免疫沉淀后，与其互作的蛋白也会被沉淀下来，然后通过Western blot等技术检测到被沉淀的蛋白，从而确定两者之间的相互作用。
3. GST-pull down实验：这是一种体外检测蛋白互作的方法，通过将目标蛋白与谷胱甘肽亲和树脂结合，再与待检测的蛋白混合，如果两者之间有相互作用，目标蛋白就会与待检测蛋白结合并被吸附在树脂上，最后通过Western blot等技术检测到结合的蛋白，从而证明两者之间的相互作用。
检测两种蛋白质之间相互作用
检测两种蛋白质之间相互作用得实验方法比较1。
生化方法●免疫共沉淀免疫共沉淀就是以抗体与抗原之间得专一性作用为基础得用于研究蛋白质相互作用得经典方法。
改法得优点就是蛋白处于天然状态,蛋白得相互作用可以在天然状态下进行,可以避免认为影响;可以分离得到天然状态下相互作用得蛋白复合体。
缺点:免疫共沉淀同样不能保证沉淀得蛋白复合物时候为直接相互作用得两种蛋白。
另外灵敏度不如亲与色谱高、●Far－Ｗeｓtern又叫做亲与印记、将PAGE胶上分离好得凡百样品转移到硝酸纤维膜上,然后检测哪种蛋白能与标记了同位素得诱饵蛋白发生作用,最后显影。
缺点就是转膜前需要将蛋白复性。
2. 等离子表面共振技术(Ｓｕｒfａce plaｓｍon ｒeｓonａｎce)该技术就是将诱饵蛋白结合于葡聚糖表面,葡聚糖层固定于几十纳米厚得技术膜表面、当有蛋白质混合物经过时,如果有蛋白质同“诱饵”蛋白发生相互作用,那么两者得结合将使金属膜表面得折射率上升,从而导致共振角度得改变。
而共振角度得改变与该处得蛋白质浓度成线性关系,由此可以检测蛋白质之间得相互作用。
该技术不需要标记物与染料,安全灵敏快速,还可定量分析。
缺点:需要专门得等离子表面共振检测仪器。
ﻫ３、双杂交技术原理基于真核细胞转录因子得结构特殊性,这些转录因子通常需要两个或以上相互独立得结构域组成。
分别使结合域与激活域同诱饵蛋白与猎物蛋白形成融合蛋白,在真核细胞中表达,如果两种蛋白可以发生相互作用,则可使结合域与激活域在空间上充分接近,从而激活报告基因。
缺点:自身有转录功能得蛋白会造成假阳性、融合蛋白会影响蛋白得真实结构与功能。
不利于核外蛋白研究,会导致假隐性。
ﻫ５. 荧光共振能量转移技术指两个荧光法色基团在足够近(〈100埃)时,它们之间可发生能量转移得现象、荧光共振能量转移技术可以研究分子内部对某些刺激发生得构象变化,也能研究分子间得相互作用。
它可以在活体中检测,非常灵敏,分辩率高,能够检测大分子得构象变化,能够定性定量得检测相互作用得强度。
检测两种蛋白质之间相互作用的实验方法比较
检测两种蛋白质之间相互作用的实验方法比较蛋白质相互作用是生物学研究中的重要课题，对于理解细胞生物过程以及疾病的发病机制具有重要意义。
目前已经开发出多种实验方法用于检测蛋白质相互作用，其中最常用的方法包括：免疫共沉淀、双杂交、表面等离子共振、斑点免疫印迹、荧光共振能量转移（FRET）和生物传感等。
下面将对这些方法进行比较。
免疫共沉淀是一种利用抗体特异性识别蛋白质相互作用的方法。
通过特异性抗体与检测蛋白质结合，将目标蛋白质及其相互作用的蛋白质一起通过沉淀进行分离和检测。
这种方法常用于检测蛋白质复合物，缺点是需要高质量的抗体，抗体的选择和结合效率对结果的可靠性有较大的影响。
双杂交是一种检测蛋白质相互作用的基因工程方法。
该方法利用两个蛋白质的相互作用引起的转录活性调控来筛选蛋白质相互作用。
该方法的优点在于操作简单，筛选速度较快，但是可能存在假阳性结果以及对蛋白质的折叠状态和后转录修改对结果的影响。
表面等离子共振是一种通过测量光敏感表面上的变化来检测蛋白质相互作用的方法。
该方法通过共振的光波与蛋白质结合引起的表面层折射率变化来测量蛋白质的结合动力学参数。
该方法的优点在于实时、直接、无标记以及高灵敏度。
斑点免疫印迹是一种检测蛋白质相互作用的方法，该方法通过将蛋白质分离电泳然后向膜转移，并使用特异性抗体来探测蛋白质的相互作用。
该方法的优点包括操作简单，对蛋白质的结构没有要求，但是这种方法不能提供定量信息。
荧光共振能量转移（FRET）是一种检测蛋白质相互作用的方法，该方法通过基于荧光分子之间的非辐射能量转移来测量蛋白质的相互作用。
该方法对于分子间距离和颗粒之间的角度较敏感。
FRET要求有适当的选择标记的蛋白质，并能够量化蛋白质的相互作用。
生物传感是一种检测蛋白质相互作用的方法，该方法通过表面增强拉曼散射（SERS）或增强荧光技术来获得蛋白质的信号。
该方法对于小样本和灵敏度要求较高的蛋白质相互作用研究具有优势，但需要专门的实验条件和设备。
检测蛋白质与蛋白质之间相互作用的实验技术
检测蛋白质与蛋白质之间相互作用的实验技术蛋白质之间的相互作用对于生物体的正常功能和生理进程至关重要。
因此，了解和研究蛋白质与蛋白质之间的相互作用对于疾病研究和新药发现具有重要意义。
本文将介绍常见的用于检测蛋白质与蛋白质之间相互作用的实验技术。
1. 免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）免疫沉淀是一种常用的方法，用于鉴定和分离与特定抗原相互作用的蛋白质。
该方法利用特异性抗体结合特定蛋白质并沉淀出来，然后通过电泳、质谱或免疫印迹等分析方法进行检测。
这种方法不仅可以用于识别特定的蛋白质-蛋白质相互作用，还可以捕获整个蛋白质复合物。
2. 酵母双杂交（Yeast Two-Hybrid，Y2H）酵母双杂交是一种广泛应用于蛋白质-蛋白质相互作用的实验技术。
该方法利用了转录因子的两个功能域的相互作用来检测蛋白质-蛋白质相互作用。
这种方法包括构建两个融合蛋白质：一个与DNA结合域融合的结构域和一个与激活域融合的结构域。
当两个融合蛋白质相互结合时，它们能够重新组装转录因子并激活报告基因的表达。
3. 质谱（Mass Spectrometry，MS）质谱是一种常用于分析蛋白质-蛋白质相互作用的技术。
图谱可以通过分析蛋白质混合物的质量和荷质比来确定蛋白质相互作用的可能性。
质谱技术包括多肽和蛋白质质量指纹图谱（Peptide and protein mass fingerprinting），包括基于基质辅助激光脱附电离（Matrix-assisted laser desorption/ionization，MALDI）和电喷雾（Electrospray Ionization，ESI）的方法。
4. X射线晶体学（X-ray crystallography）X射线晶体学是一种用于解析蛋白质-蛋白质相互作用的高分辨率结构的技术。
该方法涉及到将蛋白质复合物结晶成晶体，然后通过测量和分析这些晶体所产生的X射线散射模式来确定蛋白质的结构及相互作用。
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检测两种蛋白质之间相互作用的实验方法比较1. 生化方法●免疫共沉淀免疫共沉淀是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。
改法的优点是蛋白处于天然状态，蛋白的相互作用可以在天然状态下进行，可以避免认为影响；可以分离得到天然状态下相互作用的蛋白复合体。
缺点：免疫共沉淀同样不能保证沉淀的蛋白复合物时候为直接相互作用的两种蛋白。
另外灵敏度不如亲和色谱高。
●Far-Western又叫做亲和印记。
将PAGE胶上分离好的凡百样品转移到硝酸纤维膜上，然后检测哪种蛋白能与标记了同位素的诱饵蛋白发生作用，最后显影。
缺点是转膜前需要将蛋白复性。
2. 等离子表面共振技术（Surface plasmon resonance）该技术是将诱饵蛋白结合于葡聚糖表面，葡聚糖层固定于几十纳米厚的技术膜表面。
当有蛋白质混合物经过时，如果有蛋白质同“诱饵”蛋白发生相互作用，那么两者的结合将使金属膜表面的折射率上升，从而导致共振角度的改变。
而共振角度的改变与该处的蛋白质浓度成线性关系，由此可以检测蛋白质之间的相互作用。
该技术不需要标记物和染料，安全灵敏快速，还可定量分析。
缺点：需要专门的等离子表面共振检测仪器。
3. 双杂交技术原理基于真核细胞转录因子的结构特殊性，这些转录因子通常需要两个或以上相互独立的结构域组成。
分别使结合域和激活域同诱饵蛋白和猎物蛋白形成融合蛋白，在真核细胞中表达，如果两种蛋白可以发生相互作用，则可使结合域和激活域在空间上充分接近，从而激活报告基因。
缺点：自身有转录功能的蛋白会造成假阳性。
融合蛋白会影响蛋白的真实结构和功能。
不利于核外蛋白研究，会导致假隐性。
5. 荧光共振能量转移技术指两个荧光法色基团在足够近（<100埃）时，它们之间可发生能量转移的现象。
荧光共振能量转移技术可以研究分子内部对某些刺激发生的构象变化，也能研究分子间的相互作用。
它可以在活体中检测，非常灵敏，分辩率高，能够检测大分子的构象变化，能够定性定量的检测相互作用的强度。
缺点此项技术要求发色基团的距离小于100埃。
另外设备昂贵，还需要融合GFP给蛋白标记。
此外还有交联技术（cross－linKing），蛋白质探针技术，噬菌体展示技术（Phage display）以及生物信息学的方法来检测蛋白质之间相互作用。
1，酵母双杂交 1-5酵母双杂交系统是将待研究的两种蛋白质的基因分别克隆到酵母体，从表达产物分析两种蛋白质相互作用的系统酵母双杂交的原理是，把报告基因HIS3 和l a c Z 整合到酵母细胞基因组中，并受转录因子GAL4 的调控表达。
一旦 GAL4 蛋白结合到HIS3 和l a c Z 调控序列相应的位点，则启动报告基因的表达。
通过检测报告基因的表达判断阳性或阴性。
实际应用中，把 GAL4 基因分成两个部分： DNA 结合区（ gal4 DNA binding domain, GBD）和激活区(gal4 activating domain, GAD）。
分别把 GBD 和 GAD 构建到两个不同的载体上，并能表达相应的两个融合蛋白（ GBD-X 和GAD-Y）。
然后把 GBD-X 和 GAD-Y 两种载体共转染到带有报告基因的酵母细胞中。
当 GBD-X融合蛋白中 X 蛋白与 GAD-Y 融合蛋白中 Y 蛋白发生相互作用时（或结合在一起时），就使得原本分开的 GBD 和 GAD 蛋白靠近并具有完整的 GAL4 蛋白的功能，从而能够激活报告基因的表达。
（ 1）筛选相互作用的蛋白酵母双杂交技术能用于对 cDNA 文库的筛选。
把你要研究的蛋白亚克隆到 GBD 载体上，作为“诱饵”蛋白。
把文库蛋白基因亚克隆到 GAD 载体上。
然后就可以在文库中寻找那些能够与“诱饵”蛋白可以相互作用的蛋白。
也许你能够筛选到多株阳性克隆。
虽然酵母双杂交技术具有广泛的应用价值，但正如任何其它技术一样，酵母双杂交技术也有一定的局限性。
酵母双杂交技术最大的弱点就是假阳性出现率。
所以筛选到的阳性克隆需要进一步的鉴定和功能数据支持。
（2）确定参与结合作用的结构域或 motif当你确定了两个蛋白质分子之间有相互作用后，利用酵母双杂交技术可以精细研究蛋白质分子中那些结构起结合调节作用。
你可以先把一个蛋白进行随机缺失，制备一系列缺失体，然后来检测这些缺失体与另一个蛋白质结合力的大小，直到发现在蛋白质两两分子间起决定作用的氨基酸序列（称为结构域或 motif）。
如果一个蛋白分子中具有已知的结构域或 motif，也一样进行缺失，看是否这些已知的结构域或 motif 参与结合调节作用。
有的情况下蛋白质相互作用可能与蛋白质的磷酸化状态有关。
这时就需要对可能的磷酸化位点进行点突变，检测这些磷酸化位点是否参与调节蛋白质的结合作用。
2，GST沉淀实验（GST-pull down实验）（细胞外蛋白质相互作用） 5-11上面提到，用酵母双杂交方法筛选到的蛋白需要作进一步的鉴定。
鉴定方法之一就是 GST沉淀实验。
GST 沉淀实验主要是用来证明蛋白质胞外的相互作用。
蛋白质在胞外的相互作用排除了酵母细胞内复杂体系的干扰，，比较直接地检验蛋白质分子之间存在的物理的相互作用。
同酵母双杂交实验一样，运用此法也可以证明相互作用的蛋白分子中是否有参与调节作用的结构域或 motif。
GST 沉淀实验原理就是，把你要研究的蛋白基因亚克隆到带有GST（谷胱甘肽转移酶）基因的原核表达载体中，并在细菌中表达GST 融合蛋白（ GST-X）。
把 GST 融合蛋白挂到带有 GST 地物的Sepharose beads 上，然后把另一种蛋（ Y）白加入其中。
由于蛋白质之间的结合作用，形成了这样的复合物： GST-X----Y。
这一复合物与固体支持物（ Sepharose beads）又结合在一起，可以被沉淀下来。
此法又有在不同情况下的具体应用，以下一一作介绍。
（1） GST 融合蛋白与重组蛋白的相互作用GST 融合蛋白是在原核表达的，所以没有经过过多的象真核细胞内具有的蛋白修饰作用。
所以另一种用来检验相互作用的蛋白也可以用原核表达出来，也就是所谓的重组蛋白。
当 GST融合蛋白把重组蛋白沉淀下来，然后用重组蛋白的抗体作Western blotting 检测。
（2） GST 融合蛋白与体外 TNT 系统合成的多肽或蛋白的相互作用用来检验与GST融合蛋白相互作用的蛋白或多肽也可以用 TNT体外蛋白合成体系进行合成，并且还可以在要合成的蛋白或多肽N 端或C端加上便于检测的标签。
GST融合蛋白沉淀下来的蛋白或多肽可以用该蛋白或多肽的抗体或标签抗体进行Western blotting检测。
如果蛋白之间结合力非常弱，用Western blotting检测方法难以检测到，你可以在TNT体外合成时给蛋白进行同位素（ S32）标记。
这样沉淀下来的蛋白进行放射自显影，检测灵敏度将极大提高。
（3） GST 融合蛋白与细胞内源性蛋白质的相互作用GST融合蛋白还可以把细胞提取物中有相互作用的内源性蛋白质沉淀下来。
如果内源性蛋92白含量低或结合力弱，可以采用脉冲法使细胞在某一段时间内合成的所有蛋白都标记上放射性同位素（ S32），然后提取细胞总蛋白与GST融合蛋白温育。
GST融合蛋白沉淀下的带有放射性标记的蛋白跑电泳，进行放射自显影。
（4） GST 融合蛋白与细胞内瞬时表达的蛋白质的相互作用当内源性蛋白质含量低，并且有可能影响蛋白质的相互作用，也可以把该蛋白的基因转染到靶细胞内进行过表达，然后检验蛋白质相互作用。
（5） GST 融合蛋白与待测蛋白的相互作用有可能与待测蛋白的磷酸化状态有关在进行 GST 沉淀实验时，有时也会遇到比较复杂的情况，具体情况具体分析，分别对待。
比如，两个蛋白质之间发生相互作用时有可能与蛋白磷酸化状态有关。
或者蛋白首先被磷酸化后方能产生相互作用，或者磷酸化的蛋白必需脱磷酸化后才能产生相互作用。
如果你确实在你的实验中发现了其中一种情况，这将是一个非常有意义的结果。
3，免疫共沉淀（co-immunoprecipitation ）（细胞内蛋白质相互作用） 9-16免疫共沉淀技术用来证明蛋白质在胞内是否有相互作用。
一般来说，两种蛋白在细胞内发生相互作用时会形成两种蛋白的复合物，这样就可以先用一种蛋白的抗体把免疫复合物沉淀下来，然后用另一种蛋白的抗体进行 Western blotting 检测，看两种蛋白之间是否确实形成免疫复合物，并能与 protein A/G agarose 一起沉淀下来。
免疫共沉淀原理简单，但技术极为复杂。
因为细胞内蛋白种类繁多，制约因素多。
如果两种蛋白之间可以发生相互作用，并不是这两种蛋白所有分子都参与结合作用，也可能只有极少部分蛋白分子结合在一起（足以满足细胞功能需要）。
在提取细胞蛋白时，如果条件不当就会破坏两种相互作用蛋白形成的复合物的稳定性使得免疫共沉淀实验失败。
如果两种蛋白在细胞内的结合力确实非常弱，那么免疫共沉淀也难以成功。
如果知道发生相互作用的两个蛋白都是胞核蛋白，那么可以通过提取核蛋白，再进行免疫共沉淀实验，这样会大大减低背景的干扰。
关于两种蛋白质之间胞内的相互作用，有时确实无法用免疫共沉淀实验证明。
（ 1）细胞内过表达蛋白的免疫共沉淀证明蛋白质胞内相互作用时，可以选择一个高效瞬时过表达系统（至于这一系统是否有内源性靶蛋白无关紧要）。
一般采取 COS 细胞作为真核表达株。
把两种蛋白基因共转染到 COS 细胞内进行表达。
由于人为进行大量表达，所以在胞内两种蛋白形成相互作用的复合物的量也相应增多。
如果你手头没有这两种蛋白的抗体，可以把这两种蛋白的一端分别加上标签以融合蛋白形式表达，然后用商业化的抗标签抗体进行免疫共沉淀和 Western blotting 检测。
（ 2）细胞内源性蛋白的免疫共沉淀把两种蛋白共转染到 COS 细胞内进行过表达，进行免疫共沉淀实验，相对容易成功，但是这一结果毕竟具有人工性，不能代表生理条件下真实的蛋白质相互作用。
要想克服这一弱点，可以做内源性的免疫共沉淀实验。
这一技术要求极高，难度极大，但也最有说服力。
因为细胞内内源性蛋白含量低，结合在一起形成复合物的量更低，难以检测。
首先要证明所选择的细胞93系是否具有这两种内源性的蛋白。
另外，用于免疫沉淀和 Western blotting 检测的体要好。
细胞裂解、收集以及免疫沉淀时时条件要温和，以保持蛋白复合物的天然结构。
（ 3）组织内蛋白的免疫共沉淀在体外可以大量培养细胞，然后制备细胞提取物，做内源性免疫共沉淀。
由此可以推广到做组织内免疫共沉淀。
取动物组织（脑、肝、脾等），切碎，匀浆，提取组织蛋白，进行免疫共沉淀实验。
这一结果代表活体中蛋白质相互作用。
4，蛋白质细胞内定位实验17-22另一种经常用来检验蛋白质相互作用的方法是蛋白质细胞内定位技术。