运用基因芯片技术筛查人子宫内膜容受性相关基因
子宫内膜异位症相关基因和microRNA的挖掘及生物信息学分析
子宫内膜异位症相关基因和microRNA的挖掘及生物信息学分析作者：王蕾欧阳玲来源：《中国医药导报》2017年第10期[摘要] 目的应用生物信息学方法分析和预测子宫内膜异位症（EMs）患者相关基因的表达，为进一步在基因水平上揭示EMs的本质和发现药物治疗靶点、开发新型的治疗药物提供新的依据。
方法在公共基因芯片数据库（GEO）中下载EMs相关基因数据，应用protparam、MotiScan、SignalP 4.0、NetPhos 2.0、TMHMM、GO、KEGG、STRING、BRB-Array Tools软件等生物信息学技术进行数据挖掘和生物信息学分析研究。
结果共筛选出91个EMs相关基因以及54个microRNA。
这些EMs基因主要与细胞增殖调控、细胞凋亡调控、趋化作用等过程有关。
蛋白质网络互作预测得到了19个重要的EMs相关蛋白质靶标，联合靶基因的数据挖掘，发现了134个EMs相关的靶基因。
结论用生物信息学方法分析基因芯片数据可以获取生物的内在信息，为子EMs的早期诊断提供了新的诊断标志物和思路。
[关键词] 基因芯片；子宫内膜异位症；生物信息学分析；靶基因；microRNA[中图分类号] R711.710.46 [文献标识码] A [文章编号] 1673-7210（2017）04（a）-0012-05[Abstract] Objective To analyze and predict the expression of endometriosis （EMs） genes by bioinformatics methods， in order to provide a new basis for revealing the essence of EMs at the gene level and developing new treatment drugs. Methods Download gene dates which were related to EMs in Gene Expression Omnibus（GEO）， were mined and analyzed by a series of bioinformatics tools， such as protparam， MotiScan， SignalP 4.0， NetPhos 2.0， TMHMM， GO， KEGG，STRING， BRB-Array Tools. Results 91 EMs related genes and 54 microRNA had been found in this study. These genes mainly involved in the process of cell proliferation regulation， cell apoptosis regulation and chemotaxis. Protein interaction network predicted 19 important EMs-related protein targets. Combined with target gene data mining， 134 EMs-related target genes were found. Conclusion Using bioinformatics method to analyze gene microarray data can acquire inner information of organisms， and provide new diagnostic markers and diagnostic thoughts for the early diagnosis of EMs.[Key words] Microarray； Endometriosis； Bioinformatics； Target gene； MicroRNA子宫内膜异位症（endometriosis，EMs）是一种常见的慢性妇科疾病，在女性人群中，发病率为10%～15%[1]，其临床表现为不孕、痛经、慢性盆腔痛、性交痛等[2]，给年轻的女性带来巨大的痛苦和经济负担。
表达谱基因芯片筛选子宫内膜异位症相关基因及IL-12受体在子宫内膜异位症中的作用
表达谱基因芯片筛选子宫内膜异位症相关基因及IL-12受体在子宫内膜异位症中的作用李洁;李亚里;田方;宗利丽;李亭【期刊名称】《现代妇产科进展》【年(卷),期】2004()4【摘要】目的探讨子宫内膜异位症(EM)患者的发病机制和白细胞介素12(IL12)及其受体(IL12R)的水平与疾病进展的关系。
方法应用578点的人类免疫相关表达谱cDNA基因芯片筛选EM相关基因。
酶联免疫吸附测定法(ELISA)测定21例EM 患者及21例对照者血清中IL12水平。
结果(1)用Array3000扫描仪扫描芯片,观察杂交结果,用ImaGene3.0软件分析Cy3和Cy5两种荧光信号的强度和比值。
在对6张芯片的结果分析中,获得EM的相关差异基因9个,共同表现为上调的基因2个,下调的基因7个。
其中下调基因中差异最显著的是IL12R;(2)ELISA检测结果显示EM组与对照组患者血清中IL12水平无明显差异;EM患者血清IL12水平与疾病期别无明显相关;两组患者血清IL12水平与月经周期亦无明显相关。
结论基因芯片技术是一种有效的、高敏感、高通量的技术。
EM患者的异位内膜组织的IL12RmRNA水平表现为下调,表明它可能在此疾病的发生与发展中起重要作用。
【总页数】4页(P255-257)【关键词】子宫内膜异位症;基因表达微序列分析;受体;白细胞介素12【作者】李洁;李亚里;田方;宗利丽;李亭【作者单位】解放军总医院妇产科【正文语种】中文【中图分类】R711.74【相关文献】1.基因芯片表达谱筛选Kaposi肉瘤相关基因 [J], 王慧;吕国栋;王晓东;惠艳;刘辉;林仁勇;王星2.表达谱基因芯片筛选结直肠癌转移中Tiam1相关基因 [J], 肖雨;于莉娜;丁彦青3.基因芯片筛选胶质母细胞瘤放疗前后相关基因表达谱的变化 [J], 姚智强;卢亦成;胡国汉;陈菊祥;骆纯;楼美清;郑鲁;李瑶;郭懿4.应用基因芯片技术筛选乳腺癌阿霉素耐药相关基因表达谱 [J], 彭浩;杨华伟;宋立伟;周正5.应用表达谱基因芯片筛选子宫内膜异位症相关差异基因 [J], 周红辉;李亚里;李洁;关铮;宗利丽因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
用基因芯片技术筛选人子宫内膜癌细胞株中紫杉醇耐药相关基因
用基因芯片技术筛选人子宫内膜癌细胞株中紫杉醇耐药相关基因林凤;郑君;周友珍【期刊名称】《山东医药》【年(卷),期】2015(000)019【摘要】目的：应用基因芯片技术筛选人子宫内膜癌细胞株中获得性紫杉醇（ TAX）耐药相关基因。
方法采用大剂量间歇诱导法，用TAX反复冲击诱导培养人子宫内膜癌Ishikawa细胞株，建成Ishikawa／TAX耐药株。
应用Affymetrix Human Genome U133 Plus2．0表达谱芯片检测Ishikawa／TAX与Ishikawa细胞株基因。
通过Gene Ontology （ GO）聚类分析对差异表达的基因予以分类。
采用qRT-PCR对部分差异表达的基因进行验证。
结果与Ishikawa细胞相比，Ishikawa／TAX细胞中有110条基因表达有显著性差异（ratio比值＞3），包括87个上调基因、23个下调基因，GO分类涉及细胞信号传导和调控、细胞黏附分子、细胞代谢及转录调控等；其中上调最明显的基因为S100A12，其次有CYP1B1、FUBP1、CEACAM6，下调基因有 TNFAIP3、CD44、DKK1等。
qRT-PCR 检测 S100A12、CYP1B1在耐药细胞中高表达，TNFAIP3、CD44在耐药细胞中低表达，与基因芯片结果一致。
结论采用基因芯片技术筛选出的人子宫内膜癌获得性TAX耐药相关基因的上调基因有S100A12、CYP1B1、FUBP1、CEACAM6，下调基因有TNFAIP3、CD44、DKK1。
%Objective To screen and identify the acquired taxol ( TAX)-resistant related genes in human endometrial carcinoma cell line by applying gene chiptechnology.Methods We established the Ishikawa/taxol ( TAX)-resistantcell line by intermittent and repeated exposure to TAX of a high concentration on the human endometrial carcinoma cell line Ish-ikawa.The genes of Ishikawa/TAX and Ishikawa cells were examined by using Affymetrix Human Genome U133 Plus2.0 expression profile chip.The differentially expressed genes were classified by Gene Ontology ( GO) cluster analysis.Real-time quantitative PCR ( qRT-PCR) was performed to confirm part of the differentially expressed genes.Results Compared with Ishikawa cells, there were 110 significantly differential expression genes in Ishikawa/TAX cells (ratio>3), of which the up-regulated and down-regulated genes were 87 and 23, respectively.The classification of GO involved the cell signal transduction and regulation, cell adhesion molecule, cell metabolism and transcription regulation, etc.S100A12 was up-regulated significantly, followed by CYP1B1, FUBP1 and CEACAM6.TNFAIP3, CD44 and DKK1 were significantly down-regulated.The qRT-PCR showed that S100A12 and CYP1B1 was highly expressed in the drug-resistant cells, and TN-FAIP3 and CD44 was lowly expressed in the drug-resistant cells, which coincided well with the results of cDNA microarray. Conclusion Gene chip technology screens that the up-regulated genes of acquired TAX-resistant related genes in human endometrial carcinoma cell line areS100A12, CYP1B1, FUBP1 and CEACAM6, and the down-regulated genes are TN-FAIP3, CD44 and DKK1.【总页数】4页(P21-24)【作者】林凤;郑君;周友珍【作者单位】首都医科大学附属北京世纪坛医院，北京100038;首都医科大学附属北京世纪坛医院，北京100038;首都医科大学附属北京世纪坛医院，北京100038【正文语种】中文【中图分类】R737.31【相关文献】1.基因芯片技术检测鼻咽癌紫杉醇耐药及耐药逆转相关基因的表达 [J], 彭小伟;谭国林2.应用基因芯片技术筛选曲古菌素A诱导肺腺癌耐药细胞株A549/CDDP差异表达的凋亡基因 [J], 汪亚君;张海涛;熊禹真;刘彬;伍俊3.人结肠癌紫杉醇耐药细胞株的建立及耐药相关基因mRNA表达的研究 [J], 陈一帆;张燕;王强;黄卫东;郭嘉义4.采用基因芯片技术筛选人小细胞肺癌SH77/CDDP多药耐药相关基因表达谱的研究 [J], 周向东;钱桂生;刘凌志5.应用基因芯片技术筛选卵巢癌紫杉醇耐药差异表达基因 [J], 张文晶;李红霞;宋磊;张素梅因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基因芯片技术筛选宫颈癌相关基因
基因芯片技术筛选宫颈癌相关基因彭敏;赵旻;张力;伍欣星【期刊名称】《数理医药学杂志》【年(卷),期】2005(018)005【摘要】目的:利用基因芯片技术对原发性宫颈癌标本进行分析,以期探讨宫颈癌基因组中存在的癌基因表达的变异,确定与宫颈癌相关的候选原癌或抑癌基因,为宫颈癌致病机理的研究提供新的线索和依据.方法:对原发性宫颈癌标本组织和正常对照组织进行mRNA 抽提,分别给予荧光素Cy5 和Cy3 标记以制备cDNA 探针,并与基因芯片进行杂交和分析.结果:在原发性宫颈癌标本组织中共筛选出存在表达差异的原癌或抑癌基因共11条,占候选基因的3.4%,其中表达明显下降的基因7条,上调基因4条.结论:运用基因芯片技术筛选出与宫颈癌相关的候选原癌或抑癌基因,为宫颈癌致病机理的研究提供新的线索和依据.【总页数】3页(P418-420)【作者】彭敏;赵旻;张力;伍欣星【作者单位】武汉大学医学院病毒学研究所分子病毒室,武汉430071;武汉大学医学院病毒学研究所分子病毒室,武汉430071;武汉大学医学院病毒学研究所分子病毒室,武汉430071;武汉大学医学院病毒学研究所分子病毒室,武汉430071【正文语种】中文【中图分类】R737.33【相关文献】1.基因芯片技术对先天性巨结肠症相关基因的筛选 [J], 史浩;秦克旺;张磊;朱小春2.用基因芯片技术筛选人子宫内膜癌细胞株中紫杉醇耐药相关基因 [J], 林凤;郑君;周友珍3.基因芯片技术筛选前列腺癌雄激素去势抵抗相关基因 [J], 马瑾璐;王丽娟;朱青;金桂花;郭希婧;何晨琛;韩苏夏4.用基因芯片技术检测宫颈癌患者相关基因的差异表达 [J], 张蔚;方芙蓉;徐小霞;洛若愚5.应用基因表达谱芯片技术筛查中国汉族妇女宫颈癌相关基因的研究 [J], 葛崇华;李庭芳;刘开江;李莉;刘青因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
HOXA10基因与子宫内膜容受性的研究进展
4． 对 EP3、EP4 的特异调节： PGE2、PGI2 和其他前列腺素（ PG） 一样具有血管活性和促有丝分裂活性的作用，在多个物种 的动情周期和孕期发挥重要调控作用［19］。另外，PG 分子的环氧合酶-2（ COX2） 在子宫内膜的功能分化和早孕中也有重要作 用。Lim 等［20］发现 PGE2 的两种细胞表面受体亚型 EP3 和 EP4 在 HOXA10 缺失小鼠的基质表达下降，而基质中（ TIMP-2、 MMP-2、ER、PR） 和上皮中（ LIF、HB-EGF、Ar、COX-1） 表达并未受到影响。HOXA10 缺失小鼠的 EP3 和 EP4 被孕酮异常调控， 而孕酮正常调控其他 3 种基因 PR、HOXA11、c-myc。提示 HOXA10 特异调控孕激素介导的 EP3 和 EP4 在子宫基质的表达，以 及影响 PG 合成的关键酶 COX2 的表达，进而改变子宫内膜基质 PG 信号系统的传递。
中华临床医师杂志（ 电子版） 2011 年 12 月第 5 卷第 23 期 Chin J Clinicians（ Electronic Edition） ，December 1，2011，Vol． 5，No． 容受性的研究进展
基因表达谱芯片筛查子宫内膜癌相关基因的研究
【 ｂｔ ｃ Ｏ ｊ ｔ ｅ ｏｎｅｔａ ， ｓｇ ｅｅ ｈ ｃｎ ｕ，ｔ ｎ ｐ ｓｏ ｏｌ ｇ ｆ ｎｏ ｅｉ ａ ｉ Ａ ｓ ａｔ ｒ 】 ｂ ｃｖ Ｔ ｖｓ ｔ ｕｉ ｎ ｉｔ ｈｉ ｅ ｈ ｇ ｅ ｘｒ ｓｎｐ ｆ ｎ ｏｅｄｍ ｔａｃ ｃ ｅｉ ｉ ｉ ｅ ｎ ｇ ｃ ｐｅ ｑ ｇ ｅ ｅ ｅ ｅ ｉ ｒｉ ｉ ｒ ｒ— ｌ
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２ ８８ ・
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论著 ・
基 因表 达 谱 芯 片 筛 查 子 宫 内膜癌 相 关 基 因的研 究
黄 曙方 ，李 小毛 ，李 田
【 摘要 】 目的 应 用基 因芯片技术研 究子宫内膜癌的基 因表达谱 ，探 讨子宫 内膜癌的发生、发展 与肿 瘤相 关的
基因群及其功能。方法 应 用 Ｔ ＩＯ ＲＺ Ｌ一步法抽提 ｌ 例子宫 内膜癌患者的子宫 内膜和 ３例 子宫肌 瘤患者的正常增 殖期 １ 子宫 内膜组织的总 Ｒ Ａ，并纯化 ｍＲ Ａ，将等量的子宫 内膜的 ｍ Ｎ Ｎ Ｎ Ｒ Ａ反转录合成 以 ｃ５和 Ｃ ３标记 的 ｃ Ｎ ｙ ｙ Ｄ Ａ链做探针 ， 混合后在合有 ８０４条双点人类全长基 因的芯片上进行 杂交，再 经芯片扫描 、图像 分析处理后 ，分析子 宫内膜癌组 织 ６ 及其与正常增殖期子宫 内膜基 因表达谱 的差异。结果 ｌ 例 子宫 内膜癌组织和 ３例正常增殖期子宫 内膜组织比较 ，含 １
ｇｏ ｐ （ ｏ ｌ ｉ ｕ ｓ ｙ ３一ｄ Ｔ ． Ｍｉ ｏｒ ｙｗｔ ０ ４ ｇ ｎ ｓ ａ ｐ ｏ ｅ ｙＣ ｉｓｒｅ ｉ ｃ ｎ ｅ ｅ ｕ ｌ ｕ ｎ ｔ ｉ ｒｕ ｎ ｒ ｓ ｅ ）Ｃ 一 ｍａ ｔ ｓ ＣＰ ｅ ａ ａ ｉ ８ ６ ｅ ｅ ｓ ｕ ｐ ｒ ｄｂ ｈ ｃｅｎ Ｂｏ ｉ ｃ ； ｑ ａ ｑ ａ ｔａ ｖ ｒ ｒ ｈ ｗ ｓ ｔ ｐ ｓｅ ｉ ｔｅ
在宫颈癌筛查中应用基因芯片技术检测高危型人乳头瘤病毒的临床价值评析
在宫颈癌筛查中应用基因芯片技术检测高危型人乳头瘤病毒的临床价值评析目的对宫颈癌筛查中应用基因芯片技术检测高危型人乳头瘤病毒的临床价值进行探讨。
方法选取我院2012年3月到2013年3月治疗的宫颈癌患者60例，采用基因芯片技术对60例妇女宫颈脱落细胞进行HPV检测。
结果在60例宫颈癌患者中检出57例HPV感染，其中57例HPV感染中鳞癌患者37例，HPV阳性33例，阳性率89.2%，腺癌12例，HPV阳性7例，阳性率58.3，%，鳞腺癌8例，HPV阳性100%。
57例HPV感染检出9种HPV基因型，其中HPV6有6例，检出率为10.5%，HPV11有5例，检出率为8.8%，HPV16有22例，检出率为38.6%，HPV18有9例，检出率为15.8%，HPV31有2例，检出率为3.5%，HPV33有4例，检出率为7.0%，HPV45有1例，检出率为1.8%，HPV58有3例，检出率为5.3%。
HPV59有5例，檢出率为8.8%。
结论在宫颈癌筛查中应用基因芯片技术来检测高危型人乳头瘤病毒能够起到很大的作用，尽可能做到早期发现，及时进行规范性治疗。
标签：宫颈癌；基因芯片技术；高危型人乳头瘤病毒宫颈癌是常见的妇科恶性肿瘤之一，人乳头瘤病毒（HPV）感染已被公认为是引起宫颈癌的主要原因，人乳头瘤病毒在人体中分布广泛，在宫颈癌细胞中都检测到HPV-DNA存在。
近年来宫颈癌发病朝着年轻态的趋势发展，而高危型HPV感染与其有着很大的关系。
1. 资料与方法1.1 一般资料选取我院2012年3月到2013年3月治疗的宫颈癌患者60例，平均年龄在47±11.1岁。
其中经病理诊断鳞癌患者37例，腺癌患者12例，鳞腺癌患者8例。
1.2 试剂与仪器：高危型人乳头瘤病毒（HPV）基因分型检测试剂，采用的扩增仪为DA-7600型PCR，利用基因芯片技术检测高危型人乳头瘤病毒（HPV）。
1.3 采样：采集器的选用专用的宫颈脱落细胞采集器来进行采样，采样好之后立即送检。
前沿综述丨辅助生殖治疗中子宫内膜容受性评估相关临床指标的研究进展
前沿综述丨辅助生殖治疗中子宫内膜容受性评估相关临床指标的研究进展摘要OF GRAIN近年来辅助生殖技术（assisted reproductive technology，ART）不断发展，但目前单次移植的临床妊娠率仅为30%~40%。
反复种植失败是困扰患者和临床医生的重要难题，子宫内膜容受性和胚胎质量这两大因素影响着妊娠结局。
如何合理、客观地评价子宫内膜容受性一直是备受关注的问题。
本文主要综述目前用于评估子宫内膜容受性的临床指标、形态学特征、细胞因子及各类受体、子宫内膜容受性芯片评估方法，总结分析各种评估方法目前的临床运用及对辅助生殖助孕结局的预测作用，以期为临床工作者对子宫内膜容受性的评估及改善治疗带来一定的帮助，提高ART妊娠率。
摘要子宫内膜容受性是指子宫内膜允许囊胚定位、黏附、侵入并最终使之着床的能力。
控制性超促排卵技术及胚胎体外培养技术不断进步，但目前单次移植的临床妊娠率仅为30%~40%，仍有部分患者在多次移植优质胚胎后仍未获得临床妊娠，身心及经济上都承受较大压力，反复移植失败（recurrent implantation failure， RIF）阻碍了体外受精（in vitro fertilization，IVF）助孕中妊娠率的进一步提高。
目前RIF的定义是2个或以上的新鲜或冷冻周期内，共移植至少4个优质卵裂期胚胎或不少于2个囊胚后未获临床妊娠，通过对子宫内膜容受性的合理临床评估，可能是突破该瓶颈问题的方法。
因此，本文从评估子宫内膜容受性的角度进行综述，总结目前评价子宫内膜容受性指标的进展。
一.超声检查评估子宫内膜容受性1.子宫内膜厚度：以往研究表明，子宫内膜厚度增加可以显著改善辅助生殖的妊娠结局，随着子宫内膜厚度的增加，妊娠率显著增加［1］。
Gallos等［2］通过对25 767个新鲜周期移植的研究，观察到子宫内膜厚度≥10 mm可以达到最大活产率和最少的妊娠丢失。
但也有研究显示，子宫内膜厚度在7~12 mm之间的妇女自然流产率最低，而子宫内膜厚度超过12 mm的妇女自然流产率较高［3］。
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３．琼脂糖凝胶电泳图谱
通过目测２８Ｓ和１８Ｓ的亮度比例可以初步评价总ＲＮＡ的质量。
一般认为２８Ｓ：１８Ｓ兰２可以初步判定总ＲＮＡ质量较好。
本实验中检测结果如上图所示，经琼脂糖凝胶电泳测定，两个组织样本的１８ＳＲＮＡ和２８ＳＲＮＡ均条带清晰，且２８Ｓ：１８Ｓ兰２说明本实验所抽提的总ＲＮＡ完整性好，纯度高，符合芯片杂交检验的要求，两个样品均合格。
４．Ｌａｂ—ｏｎ—ｃｈｉｐ检测图谱
样本１（对照组）：
华中科技大学同济医学院硕士学位论文样本２（实验组）
二、基因表达图谱
ｌ。
基因芯冀杂交信号扫槎缝果（见下圈）
上图为对照组和实验组内膜组织样本双色荧光标记叠加图，对于某一点的两耱登宓鞋荧光缤号，懿采Ｃｙ３信号较强，该点多显绿色（上璃趋势）；懿果Ｃｙ５售号较强，该点多显红色（下调趋势）：如果强度相似，则显黄色。