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生物信息学期末复习资料(小字)

生物信息学期末复习资料(小字)名词解释或辨析。
1.生物信息学:生物信息学是包含生物信息的获取、处理、贮存、分发、分析和解释的所有方面的一门学科,它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具进行研究,目的在于了解大量的生物学意义。
2.基因芯片:固定有寡核苷酸、基因组DNA或互补DNA 等的生物芯片。
利用这类芯片与标记的生物样品进行杂交,可对样品的基因表达谱生物信息进行快速定性和定量分析。
3.人类基因组计划:HGP,是一项规模宏大,跨国跨学科的科学探索工程。
其宗旨在于测定组成人类染色体(指单倍体)中所包含的30亿个碱基对组成的核苷酸序列,从而描绘人类基因组图谱,并且辨识其载有的基因及其序列,达到破译人类遗传信息的最终目的。
4.中心法则:分子生物学的基本法则,是1958年由克里克(Crick)提出的遗传信息传递的规律,包括由DNA到DNA的复制,由DNA到RNA的转录和由RNA 到蛋白质的翻译等过程。
20世纪70年代逆转录酶的发现,表明还有由RNA逆转录形成DNA的机制,是对中心法则的补充和丰富。
5.相似性和同源性:相似性(similarity)和同源性(homology)是两个完全不同的概念。
同源序列是指从某一共同祖先经过趋异进化而形成的不同序列。
相似性是指序列比对过程中检测序列和目标序列之间相同碱基或氨基酸残基序列所占比例的大小。
当两条序列同源时,他们的氨基酸或核苷酸序列通常有显著的一致性(identity)。
如果两条系列有一个共同进化的祖先,那么他们是同源的。
这里不存在同源性的程度问题,两条序列要么是同源的要么是不同源的。
1.生物信息学:综合计算机科学、信息技术和数学的理论和方法来研究生物信息的交叉学科。
包括生物学数据的研究、存档、显示、处理和模拟,基因组遗传和物理图谱的处理,核苷酸和氨基酸序列分析,新基因的发现和蛋白质结构的预测等。
2.蛋白质组:指由一个基因组,或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。
生物信息学复习题

生物信息学复习题生物信息学是一门结合生物学、计算机科学、信息学和数学的交叉学科,它利用计算机技术来处理和分析生物数据。
以下是一些生物信息学复习题,供同学们参考:1. 生物信息学的定义和应用领域- 生物信息学是如何定义的?- 生物信息学在哪些领域有应用?2. 基因组学基础- 什么是基因组学?- 基因组测序的基本原理是什么?3. 序列比对- 序列比对的目的是什么?- 简述局部比对和全局比对的区别。
4. BLAST算法- BLAST算法的原理是什么?- 如何使用BLAST进行序列相似性搜索?5. 基因表达数据分析- 基因表达数据有哪些类型?- 描述基因表达数据的预处理步骤。
6. 蛋白质结构预测- 蛋白质结构预测的重要性是什么?- 简述几种常见的蛋白质结构预测方法。
7. 系统生物学和网络分析- 系统生物学研究的是什么?- 网络分析在系统生物学中的应用。
8. 生物信息学中的数据库- 列举几个常见的生物信息学数据库。
- 解释数据库在生物信息学研究中的作用。
9. 生物信息学中的编程语言- 哪些编程语言在生物信息学中常用?- 简述Python在生物信息学中的应用。
10. 伦理和隐私问题- 在生物信息学研究中可能遇到哪些伦理问题?- 如何保护生物信息数据的隐私?11. 案例研究- 描述一个生物信息学在医学研究中的应用案例。
- 分析该案例中使用的方法和技术。
12. 未来趋势- 预测生物信息学未来的发展趋势。
- 讨论生物信息学如何影响未来的科学研究和医疗保健。
通过这些问题的复习,同学们可以更全面地了解生物信息学的基础概念、关键技术和应用领域。
希望这些复习题能够帮助同学们更好地准备考试和理解生物信息学的重要性。
生物信息考试题及答案

生物信息考试题及答案生物信息学是一门结合生物学、计算机科学、信息技术和数学的交叉学科,它利用计算机技术来分析和解释生物数据。
以下是一份生物信息学考试题及答案的示例。
生物信息学考试题一、选择题(每题2分,共20分)1. 生物信息学中,用于存储DNA序列的文件格式是:A. FASTAB. JPEGC. MP3D. DOCX2. 以下哪项不是生物信息学分析的基本步骤?A. 数据收集B. 数据预处理C. 数据解释D. 数据存储3. 在蛋白质序列分析中,BLAST工具用于:A. 序列比对B. 序列组装C. 序列克隆D. 序列合成4. 以下哪个数据库不是用于存储基因表达数据的?A. NCBIB. GEOC. PDBD. ArrayExpress5. 以下哪个算法不是用于基因预测的?A. GeneMarkB. BLASTC. GlimmerD. Fgenesh二、简答题(每题10分,共30分)6. 简述生物信息学在现代生物学研究中的重要性。
7. 解释什么是基因组学,并说明其在医学研究中的应用。
8. 描述序列比对的基本原理及其在生物信息学中的作用。
三、计算题(每题15分,共30分)9. 假设你有一个DNA序列,其组成为:ATCGTA。
请计算其互补序列。
10. 给定两个蛋白质序列,序列A:A-B-C-D-E,序列B:A-C-E-B-D。
请使用Needleman-Wunsch算法计算它们的全局比对得分。
四、论述题(每题20分,共20分)11. 论述生物信息学在新药开发中的作用及其面临的挑战。
答案一、选择题1. A2. C3. A4. C5. B二、简答题6. 生物信息学在现代生物学研究中的重要性体现在它能够处理和分析大量的生物数据,如基因组序列、蛋白质结构等,帮助科学家快速发现生物现象的规律,推动生物学的发展。
7. 基因组学是研究生物基因组的结构、功能和演化的科学。
在医学研究中,基因组学可以帮助我们了解疾病的遗传基础,为个性化医疗提供理论基础。
生物信息学复习题已附答案

本卷的答案仅做参考,如有疑问欢迎提出。
后面的补充复习题要靠你们自己整理答案了。
生物信息学复习题一、填空题1、识别基因主要有两个途径即基因组DNA外显子识别和基于EST策略的基因鉴定。
2、表达序列标签是从mRNA 中生成的一些很短的序列(300-500bp),它们代表在特定组织或发育阶段表达的基因。
3、序列比对的基本思想,是找出检测基因和目标序列的相似性,就是通过在序列中插入空位的方法使所比较的序列长度达到一致。
比对的数学模型大体分为两类,分别是整体比对和局部比对。
4、2-DE的基本原理是根据蛋白质等电点和分子量不同,进行两次电泳将之分离。
第一向是等电聚焦分离,第二向是SDS-PAGE分离。
5、蛋白质组研究的三大关键核心技术是双向凝胶电泳技术、质谱鉴定技术、计算机图像数据处理与蛋白质数据库。
二、判断题1、生物体的结构和功能越复杂的种类就越多,所需要的基因也越多,C值越大,这是真核生物基因组的特点之一。
(对)2、CDS一定就是ORF。
(对)3、两者之间有没有共同的祖先,可以通过序列的同源性来确定,如果两个基因或蛋白质有着几乎一样的序列,那么它们高度同源,就具有共同的祖先。
(错)4、STS,是一段200-300bp的特定DNA序列,它的序列已知,并且在基因组中属于单拷贝。
(对)5、非编码DNA是“垃圾DNA”,不具有任何的分析价值,对于细胞没有多大的作用。
(错)6、基因树和物种树同属于系统树,它们之间可以等同。
(错)7、基因的编码序列在DNA分子上是被不编码的序列隔开而不连续排列的。
( 对)8、对任意一个DNA序列,在不知道哪一个碱基代表CDS的起始时,可用6框翻译法,获得6个潜在的蛋白质序列。
(对)9、一个机体只有一个确定的基因组,但基因组内各个基因表达的条件和表达的程度随时间、空间和环境条件而不同。
(对)10、外显子和内含子之间没有绝对的区分,一个基因的内含子可以是另一个基因的外显子,同一个基因在不同的生理状况或生长发育的不同阶段,外显子组成也可以不同。
生物信息学考试复习

——古A.名词解释1. 生物信息学:广义是指从事对基因组研究相关的生物信息的获取,加工,储存,分配,分析和解释。
狭义是指综合应用信息科学,数学理论,方法和技术,管理、分析和利用生物分子数据的科学。
2. 基因芯片:将大量已知或未知序列的DNA 片段点在固相载体上,通过物理吸附达到固定化(cDNA 芯片),也可以在固相表面直接化学合成,得到寡聚核苷酸芯片。
再将待研究的样品与芯片杂交,经过计算机扫描和数据处理,进行定性定量的分析。
可以反映大量基因在不同组织或同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。
3. NCBI :National Center for Biotechnology Information. 是隶属于美国国立医学图书馆(NLM )的综合性数据库,提供生物信息学方面的研究和服务。
4. EMBL :European Molecular Biology Laboratory.EBI 为其一部分,是综合性数据库,提供生物信息学方面的研究和服务。
5. 简并引物:PCR 引物的某一碱基位置有多种可能的多种引物的混合体。
6. 序列比对:为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性,而将它们按照一定的规律排列。
7. BLAST :Basic Local Alignment Search Tool. 是通过比对(alignment) 在数据库中寻找和查询序列(query) 相似度很高的序列的工具。
8. ORF :Open Reading Frame. 由起始密码子开始,到终止密码子结束可以翻译成蛋白质的核酸序列,一个未知的基因,理论上具有6 个ORF 。
9. 启动子:是RNA 聚合酶识别、结合并开始转录所必须的一段DNA 序列。
原核生物启动子由上游调控元件和核心启动子组成,核心启动子包括-35 区( Sextama box ) TTGACA ,-10 区 (Pribnow Box ) TATAAT ,以及+1 区。
生物信息学复习题

生物信息学复习题### 生物信息学复习题#### 一、选择题1. 生物信息学主要研究的是什么?A. 生物学数据的收集和存储B. 生物学数据的分析和解释C. 生物学实验的设计和执行D. 生物学仪器的操作和维护2. 下列哪一项不是生物信息学中常用的数据库?A. GenBankB. PDBC. PubMedD. Google Scholar3. 序列比对的目的是什么?A. 确定序列间的同源性B. 预测蛋白质的三维结构C. 鉴定基因的功能D. 计算基因的表达量#### 二、填空题1. 生物信息学中的BLAST工具主要用于__________。
2. 基因表达分析中常用的芯片技术包括__________和__________。
3. 在蛋白质结构预测中,同源建模依赖于__________数据库中的已知结构。
4. 转录组测序(RNA-Seq)可以用于研究__________和__________。
#### 三、简答题1. 描述基因组注释的一般流程。
2. 阐述生物信息学在药物设计中的应用。
3. 解释什么是系统发育树,并说明其在进化研究中的意义。
#### 四、计算题1. 给定一段DNA序列,计算其GC含量。
(示例序列:ATCGTACGTAGCTAGCTAG)2. 如果一个蛋白质序列的分子量为12345 Da,其氨基酸的平均分子量为110 Da,计算该蛋白质序列中氨基酸的数量。
#### 五、论述题1. 讨论生物信息学在个性化医疗中的作用和挑战。
2. 分析高通量测序技术对生物信息学领域的影响。
通过以上题目的复习,可以帮助学生掌握生物信息学的基础知识和技能,包括对生物数据的分析、解释和应用。
这些知识点不仅涵盖了生物信息学的基础理论,还涉及到实际应用,如药物设计、个性化医疗等,为学生提供了一个全面的复习框架。
生物信息技术考试试题

生物信息技术考试试题一、选择题(每题 3 分,共 30 分)1、以下哪个不是生物信息学的主要研究内容?()A 基因组学B 蛋白质组学C 细胞学D 代谢组学2、生物信息学中用于序列比对的常用算法是()A 动态规划算法B 贪心算法C 分治算法D 回溯算法3、在基因表达数据分析中,常用的标准化方法是()A RPKMB TPMC FPKMD 以上都是4、以下哪种数据库主要用于存储蛋白质结构信息?()A GenBankB PDBC UniProtD Ensembl5、进行系统发育分析时,常用的构建进化树的方法是()A 邻接法B 最大简约法C 最大似然法D 以上都是6、以下哪个软件不是用于基因序列分析的?()A Primer PremierB SPSSC DNAStarD Vector NTI7、生物信息学中,预测蛋白质二级结构的方法不包括()A 基于同源建模B 基于机器学习C 基于物理化学原理D 基于经验规则8、在生物信息学中,BLAST 程序主要用于()A 序列比对B 进化分析C 基因预测D 蛋白质结构预测9、以下哪种编程语言在生物信息学中应用较为广泛?()A JavaB PythonC C++D Fortran10、用于分析基因芯片数据的软件包是()A R 语言中的 BioconductorB MATLABC StataD SAS二、填空题(每题 3 分,共 30 分)1、生物信息学中的三大核心数据库是_____、_____、_____。
2、基因序列的相似性搜索常用的工具是_____。
3、蛋白质的一级结构是指_____。
4、常见的基因注释数据库有_____、_____等。
5、系统发育树的构建基于_____的原理。
6、生物信息学中常用的数据格式有_____、_____等。
7、预测蛋白质三级结构的方法主要有_____、_____。
8、基因表达数据的差异分析常用的方法有_____、_____。
9、用于分析高通量测序数据的软件有_____、_____。
生物信息学复习资料(信息管理与信息系统)

1.什么是生物信息学?生信息学是包含生物信息的获取、处理、贮存、分发、分析和解释的所有方面的一门学科,它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具进行研究,目的在于了解大量的生物学意义。
2.生物信息学的主要研究任务是什么,目前生物信息学的主要研究内容是什么?任务:收集和管理生物分子数据;数据分析和挖掘;开放分析工具和实用软件;生物分子序列比较工具、基因识别工具、生物分子结构预测工具、表达数据分析工具。
内容:(1)序列比对;(2)基因预测;(3)药物设计;(4)蛋白质结构预测;(5)基因调控网络的预测;(6)蛋白质相互作用预测;(7)分子进化分析3.常用核酸、蛋白、蛋白质结构、相互作用、信号通路数据库核酸数据库:NCBI、ENA、DDBJ蛋白质数据库:Expasy、Uniprot蛋白质结构数据库:SOPMA、prosite、Pfam、myhit、SWISS-MODEL、RasMol蛋白质相互作用数据库:GO 、David、String、InAct蛋白质信号通路数据库:KEGG、BioCarta Pathway、Reactome pathway4.三大核酸数据库都包括哪些?Gene bank EMBL DDBJ5.三大生物大分子核心数据库包括哪些?GenBank核酸序列数据库;UniPROT蛋白质序列数据库;PDB生物大分子结构数据库;6.Genbank格式与FASTA格式Genbank序列以10个为一组,在序列上标注碱基或者氨基酸残基数,查找和检索方便FASTA格式序列文件的第一行是由大于符号(>)打头的任意文字说明,主要为标记序列用。
从第二行开始是序列本身,标准核苷酸符号或氨基酸单字母符号。
通常核苷酸符号大小写均可,而氨基酸一般用大写字母,文件中和每一行都不要超过80个字符(通常60个字符)7.BLAST的主要功能Blastp:蛋白序列与蛋白库做比对,直接比对蛋白序列的同源性。
Blastn:核酸序列对核酸库的对比,直接比较核酸序列的同源性。
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——古A.名词解释1. 生物信息学:广义是指从事对基因组研究相关的生物信息的获取,加工,储存,分配,分析和解释。
狭义是指综合应用信息科学,数学理论,方法和技术,管理、分析和利用生物分子数据的科学。
2. 基因芯片:将大量已知或未知序列的DNA片段点在固相载体上,通过物理吸附达到固定化(cDNA芯片),也可以在固相表面直接化学合成,得到寡聚核苷酸芯片。
再将待研究的样品与芯片杂交,经过计算机扫描和数据处理,进行定性定量的分析。
可以反映大量基因在不同组织或同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。
3. NCBI:National Center for Biotechnology Information.是隶属于美国国立医学图书馆(NLM)的综合性数据库,提供生物信息学方面的研究和服务。
4. EMBL:European Molecular Biology Laboratory.EBI为其一部分,是综合性数据库,提供生物信息学方面的研究和服务。
5. 简并引物:PCR引物的某一碱基位置有多种可能的多种引物的混合体。
6. 序列比对:为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性,而将它们按照一定的规律排列。
7. BLAST:Basic Local Alignment Search Tool.是通过比对(alignment)在数据库中寻找和查询序列(query)相似度很高的序列的工具。
8. ORF:Open Reading Frame.由起始密码子开始,到终止密码子结束可以翻译成蛋白质的核酸序列,一个未知的基因,理论上具有6个ORF。
9. 启动子:是RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必须的一段DNA序列。
原核生物启动子由上游调控元件和核心启动子组成,核心启动子包括-35区(Sextama box)TTGACA,-10区(Pribnow Box)TATAAT,以及+1区。
真核生物启动子包括远上游序列和启动子基本元件构成,启动子基本元件包括启动子上游元件(GC岛,CAAT盒),核心启动子(TATA Box,+1区帽子位点)组成。
10. motif:模体,基序,是序列中局部的保守区域,或者是一组序列中共有的一小段序列模式。
11. 分子进化树:通过比较生物大分子序列的差异的数值重建的进化树。
12. 相似性:序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相似DNA碱基或氨基酸残基序列所占的比例。
13. 同源性:两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论。
14. 非编码RNA:是指没有编码蛋白质功能的所有RNA,它缺乏ORF,常有编码蛋白质的基因反义转录而来。
15. miroRNA:是含有茎环结构的miRNA前体,经过Dicer加工之后的一类非编码的小RNA分子(21-23 nt)。
16.RNAi:是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。
是一种转录后水平的基因沉默(PTGS)B.简答题1.生物信息学研究内容。
答:(1)生物信息的收集、存储、管理和提供。
(2)基因组序列信息的提取和分析。
(3)功能基因组分析。
(4)生物分子设计。
(5)药物设计。
(6)生物信息分析的技术与方法研究。
(7)应用与发展研究。
(8)系统生物学研究。
2.生物信息学的应用。
答:(1)人类基因组计划。
(2)人类蛋白质组计划。
(3)新药开发中的应用。
(4)基因芯片。
(5)医学应用。
3.已测序五个植物物种,属名加种名。
答:(1)Solanum tuberosum 马铃薯(2)Musa acuminata banana 香蕉(3)Solanum lycopersicum 番茄(4)Zea mays 玉米(5)Oryza sativa 水稻(6)Arabidopsis thaliana拟南芥(7)Vitis vinifera 葡萄(8)Brassica rapa 白菜4.已测序五个动物物种,属名加种名。
答:(1)Homo sapiens 人(2)Danio rerio 斑马鱼(3)Mus musculus 小鼠(4)Drosophila melanogaster 黑腹果蝇(5)Caenorhabditis elegans 秀丽隐杆线虫(6)Felis catus 猫(7)Gallus gallus 鸡(8)Apis mellifera 蜜蜂5.画图阐述原核生物基因结构。
6.画图阐述真核生物基因结构。
7.核酸序列分析的应用。
答:(1)常规分析:A.核酸序列检索B.核酸序列组分分析C.序列变换D.限制性酶切分析E.序列注释(2)比对分析:A.BLAST比对B.双序列比对C.多序列比对(3)基因结构的识别:A.ORF识别及其可靠性验证B.重复序列分析C.非编码区及启动子分析D.其它调控位点分析:a.转录因子结合位点分析b.剪接位点分析。
8.如何做比对分析(BLAST)?答:(1)进入NCBI主页,点击BLAST进入BLAST主页。
(2)选择需要比对的类型BLASTN BLASTP BLASTX tBLASTN tBLASTX (3)在序列框中输入需要比对的序列。
(4)选择数据库。
(5)开始比对。
9.基因结构识别包括哪些内容?答:(1)ORF识别及其可靠性验证(2)非编码区及启动子区分析(3)基因组重复序列分析(4)其它调控位点分析:a.转录因子结合位点分析b.剪接位点分析。
10.蛋白质序列的基本性质分析包括哪些内容?答:(1)理化性质分析(2)亲水性/疏水性分析(3)跨膜区分析(4)信号肽预测(5)Coil 区分析(6)亚细胞定位(7)结构功能域分析11.蛋白质空间结构怎么预测,二级/三级。
答:(1)二级结构预测:使用SSPro 4.0或PORTER进行分析预测。
(2)三级结构预测:主要方法有同源模建、折叠识别和从头预测。
目前主要使用同源模建的方法来预测蛋白质三级结构,但是需要二个蛋白质序列同源性高于35%,低于30%结构不理想。
具体步骤为,a.进入SWISS-MODEL主页b.选择Automated Mode进入c.在序列框中输入蛋白质序列d.确认进行预测12.如何判断一个新的基因?答:(1)从一个新蛋白质序列开始,通过tBLASTn搜索核酸数据库,找到相应的匹配,如果是和DNA编码的已知蛋白质匹配,则可能不是新的基因;但是如果找到与DNA编码的相关蛋白质的匹配,则有可能是新的基因。
(2)然后进一步通过BLASTx或BLASTp在核酸,蛋白数据库中搜索DNA或蛋白质序列来进一步确定新的基因。
13.进化树构建过程,方法。
答:(1)进行多序列比对,确定序列之间的相似性。
(2)选择合适的建树方法。
a.序列有很高相似性时,选择最大简约法(MP)。
b.序列较高的相似性时,选择距离法,包括邻接法(NJ)。
c.序列相似性很低,选择最大似然法(ML)。
(3)使用软件建树。
a.选择MP法,使用PAUP、MEGA、或PHYLIP。
b.选择NJ法,使用PHYLIP、MEGA、或ClustalX。
c.选择ML法,使用PHYML或BioEdit。
(4)用软件评估进化树。
14.RNAi的原理。
答:(1)外源进入生物体的双链RNA(dsRNA)被一种核糖核酸酶Dicer所识别并将其切割成21~23nt的小干扰RNA(siRNA)。
(2)这种siRNA可以被RISC(RNA诱导的沉默复合物)所识别并结合,进而使siRNA发生解旋和解链。
(3)然后再siRNA反义链的引导下,寻找与siRNA具有同源序列的内源靶mRNA。
(4)RISC与内源靶mRNA同源区进行特异性结合,并切割靶mRNA,导致转录后基因沉默。
(5)siRNA不仅能引导RISC切割靶mRNA,而且可作为引物与靶mRNA结合并以mRNA为模板,在RdRP(RNA依赖的RNA聚合酶)作用下合成更多新的dsRNA,新合成的dsRNA再由Dicer切割产生大量次级siRNA,从而使RNAi的作用放大,最终将所有靶mRNA降解,导致基因的完全沉默。
15.RNAi载体构建过程。
16.高效siRNA设计步骤。
答:(1)靶基因鉴定(2)建立分析(3)序列过滤(4)序列翻译分析(5)获得序列(6)序列比对(7)选取序列(8)合成siRNA。
17.给定miRNA序列,怎么研究其功能?答:(1)上调miRNA在细胞中的含量而获得gain-of-function模型,具体可以将miRNA 的前体序列或成熟序列克隆到专门表达短片段RNA的特殊载体中。
(2)下调miRNA在细胞中的含量或直接抑制该miRNA的功能获得loss-of-function模型。
结合上调和下调结果可以确定基因的表达是否受到特定miRNA的调控。
C.论述题1.构建表达载体:①融合表达载体GUS GFP,并说明用途。
答:A. GUS基因编码β-葡萄糖酸酶,能够催化底物产生荧光物质或者蓝色产物。
可以利用GUS基因与目的基因融合表达来筛选转化子,也可用于外源基因表达产物在转化生物体中的定位分析。
B.GFP基因编码绿色荧光蛋白,在紫外光照射下发出荧光。
可以利用GFP基因和目的基因融合表达在荧光显微镜下观察目的基因编码蛋白的动态变化,筛选转化子,也可用于外源基因表达产物的定位分析。
C.构建步骤:(1)对目的基因cDNA和GUS,GFP进行限制性酶切分析,找出目的基因编码区,GUS基因编码区,GFP编码区中的酶切位点,排除这些酶切位点。
(2)选择合适的载体,如pET系列(原核)或者pCAMBIA 系列(植物)等,并找出被排除以外的酶切位点,选择3个酶切位点。
(3)设计引物扩增目的基因,GUS基因,GFP基因,如果没有选择的酶切位点,则在引物中引入酶切位点。
融合表达在前的基因终止密码子在设计引物时去掉,二个基因连接区要保证引物扩增的产物不会破坏ORF框架即起始密码子前扩增区段要保证为3联体密码。
(4)先连接目的基因与GFP或者GUS,再将融合基因与载体连接。
2.怎么样降低,升高基因的表达。
答:A.降低基因表达:设计siRNA干涉该基因的表达。
步骤:(1)选择欲干涉的靶基因的片段位置,并列出候选siRNA序列。
(2)评估候选siRNA序列,如SNP,形式功能,高级结构等。
(3)进行BLAST比对,排除与非靶基因互补的候选siRNA序列。
(4)从功能特异性角度出发,选择最终siRNA序列。
(5)合成siRNA,包括化学合成,体外转录,构建表达载体等。
(6)转入生物体内。
(7)检测干涉情况。
B.升高基因表达:将该基因转入含有病毒强启动子的载体中使基因超表达。
(以植物为例)步骤:(1)选择超表达载体,即含有病毒强启动子的表达载体。
(2)对目的基因进行限制性酶切分析,排除目的基因编码区具有的酶切位点,选择合适载体具有的酶切位点。