LAMMPS in文件注意事项及详细解释
lammps输入文件命令中文详解
作者: 御剑江湖收录日期: 2011-03-31 发布日期: 2011-03-24Commands描述了lammps输入文件的格式和在定义lammps模拟所需要的命令.1.1 LAMMPS input script我们用lammps做分子动力学模拟, 需要一个输入文件. lammps在执行计算的时候, 从这个文本文件中逐行读入命令. 大多数情况, lammps输入文件中各个命令的顺序并不是很重要. 但是你要注意以下几点:(1) lammps并不是将你的输入文件全部读入之后才开始进行计算的, 或者说, 每条命令在它被读入之后就会起作用了. 注意, 下面两组命令的执行效果是不相同的.timestep 0.5run 100run 100和run 100timestep 0.5run 100(2) 有些命令只有在另一些命令已经被定义的情况下才有效. 例如如果你要设定一组原子的温度, 那么用group命令定义哪些原子属于这个组才行.(3) 还有一种情况就是: 命令B要用到命A 设置的一些数值, 这样你也不能颠倒这两个命令的顺序.每个命令的详细介绍中的Restrictions部分会说明要使用该命令定义的时候哪些命令必须要被预先定义.如果你的输入文件书写的格式有问题,lammps在执行的时候会提示ERROR或者WARNING , 出现类似信息时, 你可以到手册的第九章中查询原因.1.2 Parsing rules输入文件中的每一非空行都被认为是一条命令. lammps中命令的书写是对大小写敏感的, 不过一般的命令和参数都是小写的, 大写字母用于极少数的情况.(1) 命令行后的& 表示这一行跟下一行是同一条命令. 这一点跟FORTRAN很像.(2) 命令行最开始的# 表示这一行在执行过程中被忽略, 你可以用它来写注释.(3) $ 是跟声明变量有关系的, 我暂时还没用到过, 具体请参阅variable命令的详细介绍.(4) 命令行被tabs, spaces间隔成各个“words”, 注意这里的“words”可以包含字母、数字、下划线、或标点符号.(5) 一行中第一个词是命令名, 后续的词是相关的参数.(6) 双引号内的文字空格被整体地当作一个参数, 其中的# 或$ 就没有前面说的作用了.1.3 Input script structurelammps的输入文件一般分为4个部分Initialization, Atom definition, Settings, Run a simulation后面的两个部分可以按照需要多次重复. Remember that almost all the commands need only be used if a non-default value is desired.(1) Initialization在你的模拟体系定义之前, 一些参数必须要被设置. 相关的命令有:units, dimension, newton, processors, boundary, atom_style, atom_modify.units: 选择单位系统, lammps提供了lj、real、metal三种单位系统dimension: 2d模拟还是3d模拟, 默认是3dboundary: 边界条件：周期性边界or自由边界atom_style: 定义你的模拟体系中的原子属性, 注意这个style要区分后面设置力场参数时命令里提到的atom type还有, 这些命令告诉lammps在你的模拟中使用何种力场: pair_style, bond_style, angle_style,dihedral_style, improper_style.(2) Atom definitionlammps提供3种方式定义原子:①通过read_data或read_restart命令从data或restart文件读入, 这些文件可以包含分子拓扑结构信息.②按照晶格的方式创建原子(不包含分子拓扑信息), 你会用到这几个命令: lattice, region, create_box, create_atoms.③已经设置好的原子可以用replicate命令复制以生成一个更大规模的模拟体系.(3)Settings原子和分子的拓扑信息定义好后, 你要制定一系列的设置: 力场系数、模拟参数、输出选项等等.力场系数可以通过这些命令定义: pair_coeff, bond_coeff, angle_coeff, dihedral_coeff, improper_coeff, kspace_style, dielectric, special_bonds. 注意, 其实力场系数也可以在data 文件中制定, 详见read_data命令介绍.各种模拟参数由这些命令设置: neighbor, neigh_modify, group, timestep, reset_timestep,run_style, min_style, min_modify.我觉得fix命令是lammps中很重要的一个命令, 它包括很多子命令, 可以施加一系列的边界条件、时间积分、诊断选项等等.模拟过程中通过下面的命令制定lammps进行各种计算: compute, compute_modify, variable.输出选项由thermo, dump, restart命令设置.(4)Run a simulation使用run命令开始一个分子动力学模拟, 用minimize命令来实施能量最小化(molecular statics),使用temper命令来进行parallel tempering(replica-exchange) simulation.1.4 Commands listed by category这一节分门别类地列出了lammps的所有命令. 注意有些命令的有些选项是特定的lammps package的一部分, 也就是说只有在编译lammps的时候包括了这些packages, 这些命令才能被使用. 默认情况下编译lammps并不包括所有的packages. 这些依赖关系在相关命令的详细介绍中Restrictions部分中列出了.Initialization: atom_modify, atom_style,boundary, dimension, newton, processors, unitsAtom definition: create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicateForce fields: angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, dihedral_coeff, dihedral_style, improper_coeff, improper_style, kspace_modify, kspace_style, pair_coeff, pair_modify, pair_style, pair_write, special_bondsSettings: communicate, dipole, group, mass, min_modify, min_style, neigh_modify, neighbor, reset_timestep, run_style, set, shape, timestep, velocityFixes: fix, fix_modify, unfixComputes: compute, compute_modify, uncomputeOutput: dump, dump_modify, restart, thermo, thermo_modify, thermo_style, undump, write_restartActions: delete_atoms, delete_bonds, displace_atoms, displace_box, minimize, run, temperMiscellaneous: clear, echo, if, include,jump, label, log, next, print, shell, variable作者：御剑江湖一、各种文件的介绍：1 in file:建立该文件以便程序的写入2 log file：写入状态信息（if the switch is used?）3 screen file 决定结果的是否进行屏幕输出4 var name file 定义一个变量，name指变量名，可为字母也可为字符串，形式$x / $ {abc}二、屏幕输出：结果显示在屏幕上，同时在log file 中。
lammps的in文件详解
lammps的in文件详解例一unitmetal#单位为lammp中的metel类型boundaryppp#周期性边界条件atom_tyleatomic#原子模式latticefcc3.61#Cu的晶格常数3.61regionbo某block040404#某,y,z各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小create_bo某1bo某#将上述区域指定为模拟的盒子create_atom1bo某#将原子按晶格填满盒子pair_tyleeam#选取Cu的EAM 势作为模型pair_coeff某某Cu_u3.eam#EAM势文件名称run0#运行0步，仅为启动lammp的热力学数据计算variableEequalpe#定义变量E为系统总势能variableNequalatom#定义变量N为系统总原子数print\打印信息create_atom1ingle2.452.052.05#在该位置插入一个原子min_tyled#能量最小化模式，dminimize1.0e-121.0e-1210001000#能量最小化参数，指数越大最小化程度越深print\run1000#运行1000步print\fi某1allnvt1000.0001100drag0.2#nvt系综，温度由100K到0.0001Krun1000#运行1000步dump1allcutom1dump.atomid某yzc_3c_4c_5#将信息写入dump.atommin_tyledminimize1.0e-121.0e-121000010000#再次能量最小化print\打印信息~例二boundaryp#边界条件，拉伸方向是周期性，其余是自由边界；如果是薄膜拉伸则是两个周期性，块体则是三个周期性unitmetal#单位制定义为metalatom_tyleatomic#原子类型自动neighbor2.0bin#截断半径相关的东西neigh_modifydelay1checkye#邻近原子列表更新速度#creategeometrylatticefcc3.61#定义晶胞为fcc，晶格常数3.61Aregionbo某block0300303#定义一个长方体区域叫bo某，长30，宽和高是3create_bo某1bo某#创建了这样一个bo某create_atom1bo某#在bo 某里创建了一种原子ma163.546#定义这种原子的质量是63.546#potentialpair_tyleeam#定义势函数是EAMpair_coef某某Cu_u3.eam#势所需要的参数在此文件里#definegroupregion1blockINF1INFINFINFINF#定义了一个叫1的区域groupleftregion1#定义此区域里的原子叫leftregion2block29INFINFINFINFINF#定义了一个叫2的区域grouprightregion2#定义此区域里的原子叫rightgroupboundaryunionleftright#定义left+right=boundarygroupmobileubtractallleft#定义mobile=all-left#initialvelocitievelocityleftet0.00.00.0#设置原子初速度为0variablepre某equalc_p[1]#定义变量pre某=c_p[1],c_p[1]的意思是p里第一个值variablepreyequalc_p[2]#定义变量prey=c_p[2],c_p[2]的意思是p 里第二个值variableprezequalc_p[3]#定义变量prez=c_p[3],c_p[3]的意思是p 里第三个值thermo_tylecutomteptempetotalprev_pre某v_preyv_prezvoldump1allatom1000dump.tenile#输出结果到dump.tenileminimize1.0e-61.0e-610001000#驰豫fi某1leftetforce0.0NULLNULL#固定左边的原子fi某2allnpt1.01.01.0anio0.00.0NULLNULLNULLNULL10.0drag1.0 thermo1000#每1000步输出一次结果run10000#运行10000步unfi某2fi某3allnvefi某4alltemp/recale1001.01.051.0fi某5alldeform1000某erate0.002unitbo某#设置沿某方向拉伸，应变率为0.002(1/p)variabletreaequalc_trea/vol#定义变量trea=trea/vol,vol是体积thermo_tylecutomteptempetotalprev_treav_trebv_trecvolrun3000 00。
lammps的in文件案例
lammps的in文件案例（原创版）目录MMPS 简介MMPS 的 IN 文件MMPS IN 文件案例分析MMPS IN 文件的编写规则5.总结正文一、LAMMPS 简介LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款在大规模并行计算机上模拟原子/分子系统的开源软件。
它被广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域，为用户提供了一个高效、灵活的研究平台。
二、LAMMPS 的 IN 文件在 LAMMPS 中，IN 文件是用于描述模拟系统的输入文件。
它包含了模拟过程中所需的所有信息，如原子/分子的类型、数目、位置和相互作用力等。
通过编写 IN 文件，用户可以自定义模拟的参数，从而实现对系统的精确控制。
三、LAMMPS IN 文件案例分析下面是一个简单的 LAMMPS IN 文件案例：```# LAMMPS input file# Simulation parameterstimestep = 1000000 # Time step (in picoseconds)temperature = 300.0 # Temperature in Kelvin# Atomic dataspecies atomic_number = 1species name = Lispecies mass = 6.941species atomic_number = 2species name = Clspecies mass = 35.453# Molecular datamolecule name = LiClmolecule num_atoms = 2# Position dataxyz10.0 0.0 0.011.0 0.0 0.0```该案例描述了一个简单的锂氯化合物（LiCl）模拟系统。
首先，我们定义了模拟的时间步长（timestep）和温度（temperature）。
lammps模拟水合物生成的in文件
lammps模拟水合物生成的in文件LAMMPS模拟水合物生成的in文件前言：在LAMMPS分子模拟软件中，通过编写in文件来模拟水合物的生成过程，以揭示其结构与性质之间的关系。
本文将从人类视角出发，以叙述的方式描述水合物模拟的过程，力求使读者感受到仿佛亲身参与其中的真实感。
一、引言水合物作为一种重要的化学物质，广泛存在于自然界中。
它由水分子与其他分子或离子结合而成，具有独特的结构和性质。
为了深入了解水合物的形成机制和相互作用规律，我们使用LAMMPS软件进行模拟，以模拟水合物的生成过程。
二、模拟设置在LAMMPS中，我们首先需要定义水分子和溶质分子（或离子）。
通过设定分子的初始位置、速度和力场参数等，来模拟溶剂和溶质之间的相互作用。
我们还需要设定模拟的时间步长、温度和压力等参数，以控制模拟的过程。
三、模拟过程1. 初始构型设定我们首先在模拟空间中随机分布水分子和溶质分子（或离子），以模拟初始构型。
为了增加模拟的准确性，我们还可以根据实验数据进行优化，使初始构型更加合理。
2. 相互作用计算通过设定分子之间的相互作用势能函数，我们可以计算出模拟系统中每对分子之间的相互作用能。
这些能量包括键能、角能、电荷相互作用能等。
通过计算相互作用能，我们可以了解溶剂和溶质之间的相互作用强度。
3. 动力学模拟在模拟过程中，我们根据经典力学原理，通过求解牛顿方程来模拟分子的运动。
利用Verlet算法或其他数值积分方法，我们可以得到模拟系统在不同时间点的分子位置和速度。
4. 结果分析通过模拟得到的分子轨迹和能量变化曲线，我们可以分析水合物的结构和稳定性。
可以计算分子间距离、键角、电荷分布等物理量，以了解水合物的空间结构和分子间相互作用。
四、结论通过LAMMPS软件的模拟，我们可以模拟水合物的生成过程，并揭示其结构与性质之间的关系。
通过分析模拟结果，我们可以进一步了解水合物的组成、稳定性和相互作用规律，为相关领域的研究提供重要参考。
LAMMPS_in文件注意事项及详细解释
LAMMPS in文件注意事项及详细解释lammps做分子动力学模拟时，需要一个输入文件（input script），也就是in文件，以及关于体系的原子坐标之类的信息的文件（data file）。
lammps在执行计算的时候，从这个in文件中读入命令，所以对LAMMPS的使用最主要的就是对in文件的编写和使用。
下面介绍一些关于in文件的事项：每一非空行都被认为是一条命令（大小写敏感，但极少有命令或参数大写的）。
in文件中各命令的顺序可能会对计算产生影响，但大部分情况下不会有影响。
每行后的“&”表示续行（类似fortran）。
“#”表示注释（类似bash）。
每行命令中的不同字段由空格或者制表符分隔开来，每个字段可以由字母、数字、下划线、或标点符号构成。
每行命令中第一个字段表示命令名，之后的字段都是相关的参数。
很多命令都是在需要修改默认值的情况下才特别设置的。
in文件整体来看分为4个部分Initialization这一部分包含了关于计算体系最基本的信息，例如：units: 单位系统(units style)，lammps现在提供包括lj、real、metal、si和cgs几种单位系统。
dimension: 定义了两维或者三维模拟（默认是三维）。
boundary: 定义了分子动力学体系使用的边界条件，例如周期性边界条件或者自由边界条件等。
atom_style: 定义模拟体系中的原子属性，这一命令与力场设置的参数中的原子类型（atom type）不同。
pair_style: 相互作用力场类型，例如范德化势或者硬球势等。
bond_style: 键合相互作用势类型。
angle_style: 键角作用势类型。
dihedral_style: 二面角作用势类型。
improper_style: 混合作用势类型。
其他还有一些参数设置，例如newton, processors,boundary, atom_modify等。
2.LAMMPS分子动力学模拟-in文件编写
二、LAMMPS分子动力学模拟-in文件编写教程1.说明：in文件是LAMMPS软件的运行程序文件，该文件程序描述了模拟需求指令。
所有模拟指令需根据LAMMPS用户手册，即LAMMPS Users Manual （）文件进行编写。
2.以下将根据一个简单案例进行in文件基本结构说明，该案例中的结构并不固定，可根据需要进行调整。
3.in文件案例：-------------------------------------------------模型基本指令设置------------------------------ # Lennard-Jones crystal （#符号表示不执行该条指令）units real （此命令用于设置模拟的单位类型，有lj or real or metal or si orcgs or electron or micro or nano多种类型，每种类型有各自的单位设定，在后续程序编写中要注意所有数据的单位）boundary p p p （该指令用于设置模型每个维度的边界类型，p为periodic边界，三个p代表x,y,z三个方向都是周期边界）atom_style full （定义在模拟中使用的原子类型，样式的选择决定了data文件中分子结构数据所包含的要素）-------------------------------------------------分子结构模型设置------------------------------#read_data X.data （读入包含lammps运行模拟所需信息的数据文件，data文件中包含了原子坐标、种类、键、角和所带电荷等信息；分子结构也可以通过set，box等指令在in文件中进行设定）read_restart poly.restart.100000 （读入前次模拟保存的运行结果文件，从中断的模拟位置重新启动模拟）---------------------------------原子间作用势类型和参数设定------------------------------ pair_style lj/cut/coul/cut 12 12 （设置用来计算原子对相互作用的势能公式）pair_coeff 1 1 10 10 （根据指定的原子对势能函数，设置势能参数）pair_coeff 2 2 100 10pair_coeff 1 2 10 10------------------------------------键、角类型和参数设定------------------------------------- bond_style harmonicbond_coeff 1 450 1.0bond_coeff 2 500 1.45angle_style harmonicangle_coeff 1 55 109.0angle_coeff 2 55 109.28dihedral_style harmonicdihedral_coeff 1 0.062 1 3dihedral_coeff 2 0.062 1 3---------------------------系统能量最小化方法和参数设定-------------------------------- #min_style sd （选择执行最小化命令时要使用的最小化算法）#minimize 1.0e-5 1.0e-5 100 100 （通过迭代调整原子坐标，实现系统的能量最小化，该指令设置迭代终止条件）--------------------------------------其它模拟相关指令设定----------------------------------- #velocity all create 300.0 200000 （设置或改变一组原子的速度）#velocity all scale 300.0fix 1 all nvt temp 873.0 873.0 1 （设置NVT系综）#fix 2 all temp/rescale 50 673 673 10 1.0 （通过重新调整原子群的速度来重置原子群的温度）compute KE all ke/atom （对一组原子执行计算）variable temp atom c_KE/0.0001292355 （此命令将数值或公式计算结果指配给变量名，以便稍后在输入脚本或模拟过程中使用该变量进行计算）fix 6 all ave/time 10 10000 100000 v_temp file tem.profile （输出时间平均计算结果，写入一个命名为tem.profile的文件）-----------------------------------模拟结果输出相关指令设定------------------------------- timestep 1 （设置分子模拟的时间步长大小）thermo_style custom time temp press density pe （设置将热力学数据打印到屏幕和日志文件的样式和内容）thermo_modify lost ignore flush yesthermo 50restart 100000 poly.restart （每隔这么多个时间步写出一个包含当前模拟数据的重新启动文件）dump 1 all atom 100000 mmpstrj （每100000个时间步将Atom数据转储到mmpstrj文件）run 50000000 （指定运行的步数）。
lammps的in文件案例
lammps的in文件案例一、LAMMPS简介LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款面向大规模原子和分子系统的并行模拟软件。
LAMMPS具有丰富的功能，可以应用于多种领域，如材料科学、生物物理、化学反应等。
在LAMMPS中，IN文件是控制模拟的关键文件，用于设置模拟参数、定义系统结构和初始化条件等。
二、IN文件概述IN文件是LAMMPS的输入文件，采用ASCII格式，用户可以自由编辑。
文件主要包括以下几个部分：1.模拟设置：包括模拟类型、计算精度、时间步长等。
2.系统定义：包括原子类型、原子数、晶格结构等。
3.相互作用参数：包括势能函数、截断半径等。
4.边界条件：包括周期性边界、固定温度/固定体积等。
5.初始化条件：包括原子位置、速度、温度等。
6.输出控制：包括输出文件格式、频率等。
7.计算任务：包括平衡、动力学、热力学等。
三、IN文件案例解析以下为一个简单的IN文件案例：```# Simulation settingsdimension = 3boundary_style = "periodic"timestep = 0.001# System definitionatoms = Atoms(numbers = 2, positions = [[0, 0, 0], [1, 1, 1]])# Interaction parameterspotential = "pair_harmonic"cutoff = 2.5# Output controloutput_style = "custom"custom = "lammps_output.txt"# Calculation tasksequilibrate(temperature = 300, time = 100)run(time = 10)```该案例设置了一个2原子系统，采用周期性边界条件，模拟时间为100时间步长，温度为300K。
lammps的in文件案例
lammps的in文件案例摘要：一、引言mmps 简介2.in 文件的作用二、in 文件的编写案例1.模型的定义2.模拟的设置3.相互作用参数的定义4.输出与分析三、in 文件的实际应用与优化1.模拟不同体系2.调整模拟参数以优化结果四、总结1.in 文件在lammps 模拟中的重要性2.未来发展趋势与前景正文：一、引言LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款开源的分子动力学模拟软件，广泛应用于材料科学、生物科学、化学等领域。
在lammps 中，in 文件是用于定义模拟系统的关键文件，包含了模型的定义、模拟的设置、相互作用参数的定义以及输出与分析等重要信息。
本文将通过一个具体的in 文件案例，详细介绍其编写方法及应用。
二、in 文件的编写案例1.模型的定义首先，我们需要定义模拟的体系，包括原子类型、原子数量、原子坐标等信息。
以下是一个模型定义的示例：```# 定义原子类型1 type1# 定义原子数量2 atom_num = 2# 定义原子坐标1 1.0 1.0 1.02 2.0 2.0 2.0```2.模拟的设置接下来，我们需要设置模拟的基本参数，如温度、压强、时间步长等。
以下是一个模拟设置的示例：```# 设置温度1 temp 300.0# 设置压强1 pressure 1.0# 设置时间步长1 timestep 0.001```3.相互作用参数的定义在lammps 中，相互作用参数对于模拟结果至关重要。
我们需要根据实际情况定义相互作用参数，如原子间势能、弹簧系数等。
以下是一个相互作用参数定义的示例：```# 定义原子间势能1 pair_style eam2 eam_potential SiO2# 定义弹簧系数1 spring constant 1.0```4.输出与分析为了更好地了解模拟过程，我们需要设置输出与分析参数，如每步输出的能量、结构等。
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LAMMPS in文件注意事项及详细解释
lammps做分子动力学模拟时，需要一个输入文件（input script），也就是in文件，以及关于体系的原子坐标之类的信息的文件（data file）。
lammps在执行计算的时候，从这个in文件中读入命令，所以对LAMMPS的使用最主要的就是对in文件的编写和使用。
下面介绍一些关于in文件的事项：
1.每一非空行都被认为是一条命令（大小写敏感，但极少有命令或参数大写的）。
2.in文件中各命令的顺序可能会对计算产生影响，但大部分情况下不会有影响。
3.每行后的“&” 表示续行（类似fortran）。
4.“#”表示注释（类似bash）。
5.每行命令中的不同字段由空格或者制表符分隔开来，每个字段可以由字母、数字、下划
线、或标点符号构成。
6.每行命令中第一个字段表示命令名，之后的字段都是相关的参数。
7.很多命令都是在需要修改默认值的情况下才特别设置的。
in文件整体来看分为4个部分
1.Initialization
这一部分包含了关于计算体系最基本的信息，例如：
units: 单位系统(units style)，lammps现在提供包括lj、real、metal、si和cgs几种单位系统。
dimension: 定义了两维或者三维模拟（默认是三维）。
boundary: 定义了分子动力学体系使用的边界条件，例如周期性边界条件或者自由边界条件等。
atom_style: 定义模拟体系中的原子属性，这一命令与力场设置的参数中的原子类型（atom type）不同。
pair_style: 相互作用力场类型，例如范德化势或者硬球势等。
bond_style: 键合相互作用势类型。
angle_style: 键角作用势类型。
dihedral_style: 二面角作用势类型。
improper_style: 混合作用势类型。
其他还有一些参数设置，例如newton, processors,boundary, atom_modify等。
2.Atom definition
lammps提供3种定义原子方式：
➢通过read_data或read_restart命令从data或restart文件读入，这些文件可以包含分子拓扑结构信息，这一方法在续算上也很有用。
➢按照晶格的方式创建原子，这种方式不包含分子拓扑信息，可能会用到例如如下的一些命令：lattice, region, create_box, create_atoms。
➢对已经设置好的原子可以用replicate命令复制后生成一个更大规模的计算体系。
3.Settings
原子或分子的拓扑信息定义好后，就需要制定一系列的设置，例如力场系数、模拟参数、输出选项等。
力场系数可以通过例如这样的一些命令来定义：pair_coeff, bond_coeff, angle_coeff, dihedral_coeff, improper_coeff, kspace_style, dielectric, special_bonds
等。
实际上力场系数也可以在关于体系的原子坐标之类的信息的文件（data file）中制定，这样具体参考read_data命令的相关介绍。
各种模拟参数可以由如下这样一些命令来设置：neighbor, neigh_modify, group, timestep, reset_timestep, run_style, min_style, min_modify等。
模拟过程中通过compute, compute_modify, variable等一些命令来制定。
而输出选项可以由thermo, dump, restart等一些命令来设置。
4.Run a simulation
通常run命令被设置在in文件的最后，使用run命令来开始一个分子动力学模拟的过程。
另外，使用minimize命令来实施能量最小化计算。
使用temper命令来进行复制品交换采样模拟。
其他一些重要的命令被分类列于如下：
Initialization: atom_modify, atom_style, boundary,dimension, newton, processors, units
Atom definition: create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate
Force fields: angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, dihedral_coeff, dihedral_style,improper_coeff, improper_style, kspace_modify, kspace_style, pair_coeff, pair_modify, pair_style, pair_write,special_bonds
Settings: communicate, dipole, group, mass, min_modify, min_style, neigh_modify, neighbor, reset_timestep, run_style, set, shape, timestep, velocity
Fixes: fix, fix_modify, unfix
Computes: compute, compute_modify, uncompute
Output: dump, dump_modify, restart, thermo, thermo_modify, thermo_style, undump, write_restart
Actions: delete_atoms, delete_bonds, displace_atoms, displace_box, minimize, run, temper
Miscellaneous: clear, echo, if, include, jump, label, log, next, print, shell, variable 关于LAMMPS计算前后的处理问题，计算前的原子初始形态文件的生成，由read_data读入一个data文件，这个文件包括体系中各个原子的xyz坐标等等相关参数，或者由其他软件生成并修改后符合LAMMPS的输入文件格式生成。
而计算后的输出，因为LAMMPS不支持图形输出，需要借助第三方可视化软件实现，例如VMD。
LAMMPS的输出文件主要可以分为三种：
一种是mmps，这里面记录了整个计算过程屏幕上显示的所有信息，可由thermo、thermo_modify等命令控制；
另一种是输出应力、能量、原子位置、速度等等信息，由dump命令控制输出文件；
第三种是断点续算的restart文件输出信息，由write_restart命令控制。