中国微生物物种多样性研究进展_郭良栋.
银杏叶部内生真菌多样性的研究
图1 银杏叶片和叶柄内生真菌菌群分离率随季节的变化
Fig. 1 The seasonal change of isolation rate of endophytic fungi in blade and petiole of Ginkgo biloba. Spr., Spring; Sum., Summer; Aut., Autumn; NJ, Nanjing; TX, Taixing; QD, Qidong; PZ, Pizhou; TC, Tancheng.
1.3 内生真菌的分离、纯化及保藏
采用常规的真菌组织分离法（方中达 1998）。叶片剪成0.5cm×0.5cm左右的组织小块，叶柄剪成1cm长的小段。每次分离均选取叶片组织块200个，叶柄组织块50个。
表1 银杏叶组织采样地点及其生境
Table 1 Sampling site and habitat of the leaves of Ginkgo biloba
Key words: isolation rate, isolation frequency, dominant population, diversity index, similarity coefficient
从de Bary在1866年指出植物中存在有内生微生物，特别是从上个世纪80年代至今，大量的植物内生真菌资源被发掘出来，从而也证实了内生真菌在植物体内是普遍存在的（郭良栋 2001）。从不同植物中分离到的内生真菌数量不同，Fisher et al.（1993）从光叶大戟Eucalyptus nitens Maiden上分离到60多种内生真菌。但是仅凭种数多寡来评价某种植物的内生真菌多样性丰富与否虽然直观却不够科学、客观和准确。另一方面，已有的研究资料表明：由于协同进化的作用使得某些内生真菌具有宿主专一性，平均每种植物有4－5种专性内生真菌（Petrini 1991），因此，选择特有植物根据分离率分析内生真菌的特定组成和演替变化、运用多样性指数来评价其内生真菌的丰富度将有助于植物内生真菌多样性研究的深入。
微生物群落结构和多样性解析技术研究进展
生态环境 2005, 14(1): 127-133 Ecology and Environment E-mail: editor@基金项目：国家863高技术研究发展专项资助项目（2002AA601150）作者简介：车玉伶（1972－），女，工程师，硕士研究生，主要研究方向为微生物种群结构解析与功能调控。
E-mail: cheyl02@ 收稿日期：2004-09-20微生物群落结构和多样性解析技术研究进展车玉伶1，王 慧1，胡洪营1，梁 威2，郭玉凤11. 清华大学环境科学与工程系，北京 100084；2. 中国科学院水生物所，湖北 武汉 430072摘要：微生物群落结构和多样性是微生物生态学和环境科学研究的热点内容，对于开发微生物资源，阐明微生物群落与其生境的关系，揭示群落结构与功能的联系，从而指导微生物群落功能的定向调控具有重要意义。
基本按照年代顺序概述了常用的微生物群落结构及多样性解析技术，同时也体现了解析技术由片面向全面、由低分辨水平向高分辨水平的发展过程。
20世纪70年代以前，对环境微生物群落结构及多样性的认识依赖传统的培养分离方法，方法的分辨水平低，认识是不全面的和有选择性的；20世纪70年代和80年代，在微生物化学成分分析的基础上建立了生物标记物方法（醌指纹法、磷脂脂肪酸法等），对微生物群落结构和多样性的认识进入到较客观的层次上；在80和90年代，以DNA 为目标物的现代分子生物学技术（rRNA 基因测序技术、基因指纹图谱等）比较精确地揭示了微生物种类和遗传的多样性，并给出了关于群落结构的直观信息。
指出了每种解析技术的功能特点和局限性，并展望了解析技术的发展趋势是原位、快速、灵敏、高通量和准确定量。
关键词：微生物群落结构；微生物多样性；解析技术；研究进展中图分类号：Q938.1 文献标识码：A 文章编号：1672-2175（2005）01-0127-07微生物群落的种群多样性一直是微生物生态学和环境学科研究的重点。
中国湖泊微生物多样性及方法研究
中国湖泊微生物多样性及方法研究摘要：本文对我国湖水微生物种群多样性分布及研究方法进行综述，有利于阐明淡水湖泊微生物群体对营养环境的反应变化规律，也有利于全面剖析湖泊湿地生态系统的结构与功能，有利于开发利用微生物资源，还可望为预测湖泊生态系统水环境变化提供依据。
关键词：多样性；细菌多样性；16SrRNA1.中国湖泊资源介绍湖泊是由湖盆、湖水及水中所含的矿物质、有机质和生物等所组成的复杂的生态经济系统，是自然万物和人类文明的繁盛之地。
通常按湖水含盐量的高低，将其分为淡水湖、咸水湖和盐湖三类。
中国古代就有关于各大湖的位置、面积、变证、水位、沙情、围垦和渔业等情况的记载。
对全国面积大于10平方公里的湖泊分类统计，其中淡水湖245个，面积3.1万平方公里，储水量约2231亿立方米，其面积和储水量分别占总面积和总储水量的40%和30%。
咸水湖215个，面积2.8万平方公里，储水量4610亿立方米，面积和储水量分别占总面积和总储水量的36%和62%。
盐湖133个，面积和储水量分别占13%和8%。
干盐湖44个，面积占11%[3]。
2.我国湖泊微生物多样性的研究现状湖泊是重要的淡水系统，是自然界中重要的生态系之一。
由于湖泊生境类型的各不相同，使得湖泊微生物的多样性非常丰富。
2.1古细菌域随着分子生物学技术的发展，人们发现古细菌不只生存于极端的高盐、高温、厌氧等环境中[4]，在非极端环境中同样存在。
古细菌在不同湖泊中的种类和数量分布极其不平衡。
湖泊中大多数的古细菌都属于Eurvarchaeota和Crenarchaeota。
2.2细菌域目前已报到的从湖泊中分离得到的主要细菌类群大多数都属于变形细菌门，拟杆菌门，蓝细菌门，放线菌门，疣微菌门，绿菌门，浮霉菌门，厚壁菌门等。
2.3真核生物域微型真核生物是单细胞真核生物的统称，也地球上数量最多的真核生物，其粒径的大小在0.22 μm和2-3 μm之间。
主要广泛存在于全球海洋生态系统中，其丰度高达102-104CFU/mL，主要包括：甲藻、绿藻等主要种类，并有大量未分类未知菌群的存在，可见其多样性非常丰富。
微生物的分布与多样性研究
微生物的分布与多样性研究微生物是指那些无法肉眼看到的微小生物，包括了细菌、真菌、病毒和原生生物等。
微生物虽然体积很小，但是却在我们的身体和周围环境中广泛分布。
研究微生物的分布与多样性，可以帮助我们更好地了解微生物世界，同时也可为医学、农业、环保等领域提供重要的科学支持和应用价值。
一、微生物分布微生物广泛分布于自然界中的各种环境，包括土壤、水体、大气、植物、动物体内以及人类内部等。
以土壤为例，据统计，每立方厘米土壤中典型的杆菌数量可达上万个，灰霉菌和酵母菌数量也非常多。
而在海洋中，微生物数量要更为庞大，仅真菌就占海洋微生物的40%以上。
二、微生物多样性微生物在形态、生理特点、代谢方式和生态环境等方面具有极为丰富的多样性。
比如，细菌的形态包括球形、棒形、螺旋形等多种类型，不同的菌株之间也具有很大的生理和代谢差异；真菌则分为单细胞和多细胞两种，外形也千姿百态，其中的霉菌是微生物界最复杂的生物之一。
此外，不同种类的微生物在生态环境等方面也有着显著的差异，比如某些细菌可以在高盐环境中生存，而其他细菌则可以在制酸和高温等严酷环境中生存。
三、微生物的研究方法要研究微生物的分布和多样性，需要使用现代生物技术手段。
常见的微生物研究方法包括菌落计数法、微生物培养法、分子生物学技术和生态学方法等。
1. 菌落计数法：通过对样品进行稀释，然后在富含营养物质的培养基上培养微生物，最后计算出菌落数目来评价样品的微生物数量。
2. 微生物培养法：将样品接种到特定的培养基上，并在不同的环境下进行培养，从而分离出感兴趣的微生物，并了解它们的特点和生态习性。
3. 分子生物学技术：通过对微生物的DNA或RNA进行提取和测序，可以获得微生物的基因组信息，了解微生物的遗传特征和进化关系。
4. 生态学方法：通过采集不同样品中的微生物，并对它们进行DNA测序和分析，可以了解微生物的种类、数量以及它们在不同环境下的分布情况。
四、微生物研究的应用价值随着微生物研究技术的不断发展和深入，微生物在人类生产和生活中的应用日益广泛。
国家自然科学基金委员会生命科学部2015年度青年基金项目_
第27卷第12期2015年12月生命科学Chinese Bulletin of Life SciencesV ol. 27, No. 12Dec., 2015文章编号：1004-0374(2015)12-1570-60国家自然科学基金委员会生命科学部2015年度青年基金项目DOI: 10.13376/j.cbls/2015210项目名称申请人依托单位1微生物学暗黑鳃金龟幼虫肠道秸秆降解复合菌系的协同降解机制圣 平江西省科学院滇重楼根茎内生细菌生物多样性研究杨玲玲云南大学根瘤菌适应性进化过程中共生固氮能力丧失的分子机制研究冀照君内蒙古民族大学基于单核苷酸多态性位点的军团菌系统分类和嗜肺军团菌分型研究詹晓勇广州医科大学基于基因组的苏云金芽胞杆菌资源的多样性研究郑金水华中农业大学糖基水解酶第五家族趋异进化同长白山温泉圈微生物适应性进化关系的生物学机制研究王红蕾长春工业大学腾冲热泉嗜热细菌新资源的挖掘及木聚糖酶活性菌株筛选与酶学特性研究明 红新乡医学院药用牡丹内生细菌抗菌抗肿瘤活性次生代谢产物的研究杨瑞先洛阳理工学院恒河猴肠道细菌多样性及抗耐药肺炎病原菌放线菌资源初探朱文勇中国医学科学院医学生物学研究所来源于放线多孢菌的CRISPR/Cas系统的分析及功能鉴定罗晓霞塔里木大学拟黑多刺蚁共生放线菌的种群组成及其代谢新活性化合物研究刘重喜东北农业大学钩丝孢属真菌资源和系统学研究郝玉娥南华大学广义散斑壳属真菌分类与系统发育学研究王士娟安徽农业大学广义透孢黑团壳属Massarina分类与分子系统学研究张 凰昆明理工大学荒漠地衣石果衣真菌(Endocarpon pusillum)抗旱基因的功能分析及利用研究王延延中国科学院微生物研究所孑遗蕨类桫椤属植物内生真菌多样性与生态分布机制臧 威绍兴文理学院金牛肝菌属的起源与区域物种分化研究吴 刚中国科学院昆明植物研究所山东省高盐环境中耐(嗜)盐真菌物种多样性研究潘好芹潍坊科技学院手状孢丝孢菌(cheirosporous hyphomycetes)的资源、分类与分子系统学研究胡殿明江西农业大学印度块菌复合群的系统发育和生物地理学研究乔 鹏山东省农业科学院中国东北地区茎点霉系统分类研究白庆荣吉林农业大学中国红菇属的DNA条形码研究李国杰中国科学院微生物研究所竹种子内生真菌多样性及其抑菌活性的研究申小叶首都师范大学cyAbrB蛋白在高产氢蓝藻—蓝杆藻氢代谢中的调控作用张晓辉西南大学产丁醇梭菌属微生物木糖与葡萄糖同步利用调控机制研究张 杰山东省科学院超嗜热古菌嗜热球菌新型DNA复制蛋白TK1046的性质鉴定与功能分析李 卓国家海洋局第三海洋研究所创新霉素生物合成途径的阐释和异源表达卞小莹山东大学反式-4-羟基-L-脯氨酸合成途径在大肠杆菌中的构建和代谢调控机制研究周海岩浙江工业大学谷氨酸棒杆菌MFS木糖转运蛋白研究李燕军天津科技大学谷氨酸棒杆菌Na+/H+逆向转运蛋白及其在压力应答中的机理研究徐 宁中国科学院天津工业生物技术研究所第12期1571国家自然科学基金委员会生命科学部2015年度资助项目海洋链霉菌LZ35中对三联苯糖苷的生物合成朱 敬山东大学基于Rho GTP水解酶功能的细胞形态重塑提高酿酒酵母乙醇李 倩大连大学耐受性机理研究基于TALE-TF技术调控纤维堆囊菌埃博霉素高效生物合成叶 伟广东省微生物研究所及其机制研究基于动静态联合调控与优化的甘草酸酵母全合成刘 敏华东理工大学基于土壤微生物宏基因组发掘新颖活性卤化天然产物曹明明南京农业大学酵母菌铁载体新合成途径菌株的构建及其铁载体合成与调控的研究池 哲中国海洋大学耐盐放线菌Streptomyces thermolilacinus SPC6来源的新型羊毛张 琪复旦大学硫肽化合物土曲霉LYT10中衣康酸降解途径的鉴定及其生理意义研究陈 梅中国科学院青岛生物能源与过程研究所微生物降解吡唑醚菌酯的代谢途径及机理研究刘晓璐北京科技大学希瓦氏菌内源性质粒pMR-1中两对毒素-抗毒素系统的功能研究郭云学中国科学院南海海洋研究所新型海洋低温几丁质酶持续作用机制的研究王晓辉大连大学亚麻酸及其氧合物调控黄曲霉毒素合成的机理研究晏石娟广东省农业科学院农业生物基因研究中心一氧化氮在铜绿假单胞菌对异噻唑啉酮类杀菌剂抗性机制中周 刚广东省微生物研究所的分子作用有效供液促进里氏木霉固态发酵高产纤维素酶的机理研究贺 芹南京农业大学转录激活蛋白YLGat1介导氮饥饿与油脂合成偶联的分子机制研究王致鹏中国水产科学研究院黄海水产研究所2型登革热病毒蛋白酶NS2B-NS3p活性构象的晶体结构研究李 华广州医科大学QuikChangeTM定点突变中具有同源末端线性DNA分子形成夏永振山东大学机制的研究YdiV促ClpXP蛋白酶降解FlhDC复合物的分子机制研究李冰清山东省医学科学院基于PPTase对聚酮和聚肽合成酶修饰活化挖掘放线菌天然产物张本印武汉大学细菌角蛋白酶KerF降解角蛋白过程与分子机制边 斐山东省农业科学院分子伴侣CsgE/CsgF调控Curli分泌和组装的结构和功能研究温玉荣西安交通大学马克斯克鲁维酵母细胞壁改构对其表面展示系统的调节作用李 阳河南科技大学YCR007c基因抑制木糖异构酶途径酵母木糖发酵的分子机制研究王 智中国农业科学院作物科学研究所病原细菌中转移酶固有耐药组的发现及其进化研究张 刚中国科学院微生物研究所改造葡聚糖蔗糖酶用于天然产物糖基化的研究梁朝宁中国科学院微生物研究所解脂耶氏酵母双极出芽地标蛋白的鉴定和功能研究李运清济宁医学院枯草芽孢杆菌稳定期高效表达启动子P16功能元件的解析及优化刘晓青中国农业科学院生物技术研究所两种抗菌素中稀有L-别异亮氨酸结构单元生物合成酶的结构秦湘静中国科学院南海海洋研究所与催化机理研究苜蓿中华根瘤LsrB调节3-磷酸甘油代谢的机制研究唐桂容上海大学沙漠核爆区微生物新型RNA伴侣蛋白Csp相关功能域研究周正富中国农业科学院生物技术研究所细菌信使RNA非翻译区衍生小RNA的生物学功能研究王 川复旦大学烟曲霉T-DNA插入突变筛选和分离到的卡泊芬净耐药新基因仲国维南京医科大学batA的功能特征和耐药机制研究雨生红球藻厚壁孢子形成对虾青素合成的相关基因转录调控万民熙华东理工大学的影响机制重组大肠杆菌中靛玉红合成关键酶基因的鉴定、表达及功能研究杜纪坤广东医学院Bacillus subtilis芽孢合成期乙偶姻合成代谢流重排研究张 显江南大学腾冲嗜热厌氧杆菌EndoTT作用的分子机制研究王 川甘肃农业大学提高产溶剂梭菌双链切口修复效率以实现高效基因组编辑杨俊杰中国科学院上海生命科学研究院在丝状真菌中开发连续基因打靶的新工具王 玮华东理工大学刺糖多孢菌中多杀菌素生物合成关键代谢节点的解析及工程改造谭高翼武汉大学甘氨酸和甘氨酰tRNA合成代谢对弹性丝蛋白在地衣芽胞杆菌中王 勤湖北大学表达的影响机制1572生命科学第27卷寡核苷酸介导的DNA组装方法的开发及其在代谢工程中的应用赵学金中国科学院微生物研究所基于芯片DNA合成和单细胞拉曼表型分选的基因体内功能筛选张 佳中国科学院青岛生物能源与过程研究所新方法研究可利用纤维素盐单胞菌PHA合成途径的改造岳海涛新疆农业科学院莱茵衣藻的高通量基因组编辑技术研究蒋永光深圳大学乙醇酸合成途径基因在大肠杆菌中的模块化协调表达邓 禹江南大学雌性激素减少导致尿路微生态失调及其与绝经后尿路感染的关系曹 敏重庆医科大学基于BIPES指导的肠道微生物的新培养体系研究张国霞南方医科大学基于II类内含子的新一代基因组编辑系统崔古贞中国科学院青岛生物能源与过程研究所掘氏梅里菌与侵染线虫相关的非核糖体多肽生物合成与作用张礼文中国农业科学院生物技术研究所机理研究AM真菌和植物根系通过VOCs的相互识别及其机制研究孙学广贵州大学Gordonia sp.QH-11对邻苯二甲酸酯的关键生物降解机制研究金德才中国科学院生态环境研究中心根癌农杆菌GW4中磷酸盐转运调控因子PhoB介导的砷氧化黄 静华中农业大学调控机制谷氨酸棒杆菌中蛋白分枝硫醇化修饰调控抗氧胁迫的分子机制研究司美茹曲阜师范大学红平红球菌二苯并噻吩脱硫“4S”途径的转录调控研究王丽娟山东理工大学基于宏基因组学的铬污染土壤微生物群落结构与功能研究钟 慧中南大学基于结构和进化信息的间位开环产物水解酶半理性设计周 豪大连理工大学基于趋化微流控芯片的除草剂降解菌的高通量筛选与降解特性陈栋炜中国科学院微生物研究所的研究极小单胞菌T2代谢尼古丁的分子机制研究邱吉国浙江工业大学砷氧化根癌农杆菌中砷氧化与砷趋化的共调控机制王 倩华中农业大学微生物-电极耦合系统强化底泥中氯代抗菌剂降解及分子机制梁 斌中国科学院生态环境研究中心新疆酿酒葡萄栽培气候区的酵母菌多样性研究肖 婧石河子大学转录因子IscR调控睾丸酮丛毛单胞菌对重金属锑和头孢氨苄刘红亮山东理工大学的共抗性机制Mlp21720/Mlp21700 TCS调控积磷小月菌Poly-P代谢过程钟传青山东建筑大学的分子机制研究基于微生物生态系统代谢网络构建的功能菌群对芘胁迫共王 慧中国科学院烟台海岸带研究所适应机制研究假交替单胞菌SCSIO11900鞭毛介导运动性在微生物被膜形成中蔡兴盛中国科学院南海海洋研究所的作用施氏假单胞菌JP1厌氧降解多环芳烃机制的研究梁 磊南昌师范学院一株表面活性剂产生菌的抑藻作用过程与机理研究郑 伟厦门大学2型糖尿病小鼠肠道菌群宏转录组及代谢组对GLP-1类药物冉艳红暨南大学干预应答特征研究肠道微生物梭杆菌对肠粘膜屏障的影响在结肠癌发生发展中的作用武 娜北京大学肠道共生细菌与七鳃鳗可变淋巴细胞受体VLRA、VLRC交联李莹莹辽宁师范大学对话(Cross-talk)机制研究传统食品发酵环境宏基因组文库中新型氨肽酶的筛选及功能研究叶 茂广东轻工职业技术学院大肠杆菌基因变异株对秀丽隐杆线虫衰老与寿命的影响及其魏 婷中国科学院深圳先进技术研究院机理研究基于EBPR菌群模式体系的微生物聚集体生长动力学及相关郭 峰厦门大学代谢网络研究通过瘤胃微生物宏基因组学特征分析揭示牦牛较黄牛适应高寒黄小丹兰州大学逆境的低甲烷排放机理异养氨氧化细菌中氮代谢新途径的研究刘 缨中国科学院微生物研究所国家自然科学基金委员会生命科学部2015年度资助项目第12期1573自养型同步脱氮颗粒污泥处理猪场粪污的效能障碍因子识别王 兰农业部沼气科学研究所及其微生物学机理研究瓜类果斑病菌vgrG基因在T6SS介导毒力作用中的功能研究田艳丽南京农业大学产气荚膜梭菌ε毒素细胞作用受体的分离与鉴定辛文文中国人民解放军军事医学科学院AbfR调控表皮葡萄球菌生物膜形成的分子机制研究刘 幸中国科学院上海药物研究所SK2b型A族链球菌激活纤溶酶原的分子机制的研究张跃灵中国农业科学院哈尔滨兽医研究所SuhB调控铜绿假单胞菌泳动能力的分子机制研究李科伟温州医科大学大蒜精油活性组分对铜绿假单胞菌QS猝灭效应和分子机理研究李文茹广东省微生物研究所泛耐药肺炎克雷伯氏菌耐药基因分布、多态性及新型耐药周英顺泸州医学院基因挖掘研究伤寒沙门菌yncD基因参与铁摄取的功能研究熊 坤中国人民解放军第三军医大学铜绿假单胞菌VI型分泌系统新型磷脂酶毒力因子PA0260的功能江 峰中国医学科学院病原生物学研究所鉴定铜绿假单胞菌中c-di-GMP信号途径的调控机制及其与慢性感染孔伟娜西北大学的关系致病性小肠结肠炎耶尔森菌O:3与O:9血清型在中国流行强度梁俊容中国疾病预防控制中心传染病预防控制所变迁机制研究RhoGTP酶激活蛋白MoLrg1生化活性及其调控稻瘟病菌致病叶文雨福建农林大学过程的机制研究大丽轮枝菌外泌致病因子VdCRP1与寄主靶标的作用机制华辰雷中国科学院微生物研究所及种间变异分析电子传递黄素蛋白ETF调控稻瘟病菌脂肪酸代谢和附着胞功能李 亚福建农林大学的机制研究辣椒疫霉菌效应蛋白RxLR23晶体结构及转运机制研究朱春原山东农业大学烟曲霉唑类药物耐药突变体的筛选及其发生耐药的分子机制研究陈培英中国人民解放军南京军区南京总医院本生烟赖氨酸组氨酸转运蛋白1在影响BBSV复制侵染过程中徐 进中国农业大学的机制研究叶绿体蛋白PsbO在马铃薯X病毒侵染过程中的作用研究鲁宇文浙江省农业科学院146N糖基化位点对禽流感病毒神经氨酸酶活性的影响陈闻天西北大学H5N1亚型流感病毒编码miRNA的发现及其功能研究李稀罕南京大学单颗粒病毒实时示踪方法研究杆状病毒AcMNPV转导不同组织郑方亮辽宁大学来源人源细胞的机制杆状病毒聚合酶亚基LEF-9参与病毒晚期基因转录起始位点选择陈 瑶湖北工业大学及催化RNA合成的功能和机制研究基于基因序列的高致病性禽流感H5N1病毒抗原进化计算研究彭友松湖南大学细胞自噬对猪传染性胃肠炎病毒感染的抑制作用研究郭龙军中国农业科学院哈尔滨兽医研究所宿主eIF4AII因子与传染性法氏囊病病毒VP1相互作用对病毒高 立中国农业科学院哈尔滨兽医研究所复制的影响及其机制研究猪流行性腹泻病毒纤突蛋白受体的鉴定及功能研究马苑媚浙江农林大学CD147在HCMV感染入侵人胚脑神经细胞及导致神经中枢系统陈 俊中国人民解放军第四军医大学损伤中的作用机制研究HCV NS2-5B/GBV-B嵌合病毒对小型灵长类动物狨猴感染性研究李婷婷南方医科大学HSV-2包膜糖蛋白与受体HVEM相互作用介导HIV-1感染非靶标胡 凯中国科学院武汉病毒研究所细胞的研究MVP在甲型流感病毒诱导的细胞因子风暴中的作用及机制研究刘 实武汉大学SMARCB1介导HBV cccDNA微染色体染色质重塑调控cccDNA杭小锋中国人民解放军第二军医大学转录的机制研究UB2V2等与人巨细胞病毒相互作用的宿主蛋白的鉴定及功能分析张磊砢中国科学院武汉病毒研究所1574生命科学第27卷γ疱疹病毒间质蛋白ORF45参与病毒形态发生的分子机制研究沈 胜中国科学院生物物理研究所不同冠状病毒nsp16的2’-O-甲基转移酶活性的激活机制差异性杨中正武汉大学的分子机制研究肝细胞癌相关乙肝病毒突变体的构建及功能研究张 琪中国人民解放军南京军区军事医学研究所甲型H7N9禽流感神经氨酸酶耐药分子机理和传播性研究高海女浙江大学利用诱饵多肽分离和鉴定人外周血单个核细胞的HBV受体田景惠泰山医学院轮状病毒P[19] VP8*蛋白与组织血型抗原相互作用的结构孙晓曼中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所与功能基础内质网应激介导疱疹病毒激活潜伏感染EBV的机制研究姚文霞广州医科大学人博卡病毒1型与分化的人气道上皮细胞膜蛋白的相互作用研究刘文宽广州医科大学人副流感病毒3型磷酸蛋白氨基端功能区域的研究张胜威湖北中医药大学外泌体(exosomes)介导肝癌诊断标志物GP73调控丙型肝炎病毒胡龙波广州医科大学粒子释放的分子机制研究我国狂犬病病毒种群划分系统的建立陶晓燕中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所宿主蛋白GRAF抗HIV-1机制研究杨 炜中国科学院生物物理研究所宿主限制因子IFITM3对人肠道病毒71型的抑制及其作用机制叶晓华中国科学院上海巴斯德研究所的研究用计算与实验相结合的方法筛选针对流感病毒聚合酶组装李春峰中国医学科学院的新型抑制剂组蛋白去乙酰化酶9对丙型肝炎病毒生活周期的影响陈继征中国科学院武汉病毒研究所LysKP2和LysKP1在噬菌体JD001侵袭及裂解肺炎克雷伯菌中崔泽林上海交通大学的作用与机制苏云金芽胞杆菌噬菌体受体结合蛋白决定其宿主特异性机制研究袁益辉中国科学院武汉病毒研究所穿透支原体Ferritin蛋白的结构和功能研究李冉辉南华大学重组噬菌体对沙眼衣原体作用及机制的探索邵丽丽天津医科大学2植物学Ca2+调控柑橘属果实分泌囊细胞凋亡的作用机制研究白 玫华南农业大学马铃薯AGP基因控制块茎发育的分子机理研究马浩力西北农林科技大学微管切割蛋白Katanin调控花瓣表皮细胞极性生长和花瓣形态任慧波福建农林大学建成的研究拟南芥组蛋白去乙酰化酶调控维管形成层多能干细胞特性李 慧北京林业大学的分子机制研究豹子花属杂交物种形成研究高云东中国科学院成都生物研究所变豆菜属的分子系统学和生物地理学研究王奇志华侨大学杜鹃花科越橘属南烛组和坛花组的分类学研究童毅华中国科学院华南植物园国产盆距兰属(Gastrochilus)的分类修订刘 强中国科学院西双版纳热带植物园国产千里光属(菊科：千里光族)的分类学研究唐 明江西农业大学毛鳞菊属泛喜马拉雅分支的分子系统学研究王泽欢中国科学院昆明植物研究所亚洲檬果樟属(樟科)的分类学研究刘 冰中国科学院植物研究所东亚和东南亚地区唇鳞苔属分类学研究叶 文中国科学院华南植物园国产金星蕨科的分类学研究李中阳赣南师范学院中国石蕊科地衣共生藻的分类及分子系统学研究李 博太原师范学院中国西南地区膜叶铁角蕨属的多倍体起源和网状进化研究常艳芬中国科学院西双版纳热带植物园喜马拉雅-横断山区高山植物钟花报春组(报春花科)的谱系地理学张彩云华南农业大学研究云南轿子雪山高山树线树木分生组织生长动态及其低温阈限王文礼云南大学豆科植物属水平的生命之树及其时空演化李洪雷华南农业大学第12期1575国家自然科学基金委员会生命科学部2015年度资助项目泛菊亚纲基部类群花粉进化的限制性研究俞 英中国科学院昆明植物研究所红景天属三裂红景天组的物种形成和分化研究张建强陕西师范大学基于叶绿体基因组的石竹目系统发育基因组学研究姚 纲中国科学院昆明植物研究所结合分子系统学、化石和生态位模拟来推导朴属(Celtis L.)的生物杨美青中国科学院昆明植物研究所地理进化历史木质素多聚体合成相关的LAC基因家族的进化研究刘平丽北京林业大学葡萄科崖爬藤属的系统发育和多样化研究鲁丽敏中国科学院植物研究所人工合成水稻杂交种和四倍体核质协同进化宫 磊东北师范大学广西崇左地区更新世岩溶洞穴堆积物孢粉研究及古生态环境重建李素萍中国地质科学院地质研究所保守型植物抗病基因——XTNX类基因的起源及演化研究张艳梅江苏省中国科学院植物研究所东亚—北美间断分布草本菝葜类群的物种形成和谱系地理学研究李 攀浙江大学还亮草(毛茛科)不同类型花瓣身份决定的分子机制研究张文根江西农业大学横断山区高山垫状植物与其它植物双向协作共存机制及其陈建国中国科学院昆明植物研究所对高山生态系统功能及意义研究基于群体转录组研究南荻早期适应的分子机制徐 芹中国科学院植物研究所基于转录组的花瓣状苞片遗传调控机制和演化模式的研究余 岩四川大学毛茛属植物适应水生环境的关键基因及功能验证研究赵淑颖中国科学院武汉植物园远志科龙骨花的发生、发育及其分子机理研究胡 瑾深圳市仙湖植物园管理处植物C类MADS-box基因的分子进化和功能分化研究公丕昌中国科学院植物研究所盗蜜对高山植物麻花艽自交率和近交衰退的影响张 婵河南师范大学两型花柱克隆植物波缘报春克隆生长对有性繁殖的协同作用朱兴福中国科学院西双版纳热带植物园拟南芥PPR蛋白FBA2调控叶绿体ATP合酶基因表达的分子机理研究李文静中国科学院植物研究所拟南芥叶绿体蛋白HPE1参与光合作用调控及其作用机理研究靳红磊中山大学RND1调控根瘤形成和侧根发育分子机制的研究张晓伟中国科学院上海生命科学研究院植物磺肽素在豆科植物根瘤发育过程中的功能及作用机制研究于亮亮上海大学PPR184参与玉米籽粒发育和线粒体细胞色素c成熟的分子机理研究孙 峰山东大学拟南芥MGT6在高镁条件下运输镁离子的作用机制研究毛丹丹湖南师范大学印度芥菜BjHMA4转运蛋白C-末端结构域的位置和功能研究王建武榆林学院高粱茎秆蜡层缺失突变体sb1基因克隆及功能研究张丽霞辽宁省农业科学院脂类代谢重要基因ACBP在水稻脂类降解中的作用机制及功能研究孟 威东北林业大学AHA1调节气孔免疫的分子机制周朝阳中国科学院遗传与发育生物学研究所DELLA家族在花生干旱/高盐胁迫响应中的功能研究侯 蕾山东省农业科学院NtMTP蛋白在烟草Cd转运及分配过程中的功能分析刘继恺西南科技大学Raf36介导拟南芥感染寄生疫霉菌的机制研究赵 华西北农林科技大学TIFY 转录因子参与水稻耐寒过程的机理研究黄小贞贵州大学不同染色体倍性桦木属树种的水力结构研究郝广友中国科学院沈阳应用生态研究所番茄DDB1与ATR激酶互作参与基础免疫应答的分子机理研究张丹凤合肥工业大学脉冲电场作用对植物释放负离子的机理研究吴仁烨福建农林大学帽结合蛋白CBP20/CBP80调控植物响应冷胁迫的机理研究孔祥翔中国科学院昆明植物研究所拟南芥丙酮酸转运体参与植物干旱胁迫响应的分子机制研究李春龙山东大学拟南芥抗铝毒的转录调控机制丁忠杰浙江大学拟南芥组蛋白HIS1-3与WRKY1互作调控盐胁迫响应的分子机理樊婷婷合肥工业大学染色质重构蛋白CHR5在拟南芥抗病免疫反应中的功能研究邹保红南京农业大学鼠耳芥ARGONAUTE2/5基因在植物锌/镉耐受性和超富集中许长征西南大学的作用机制水稻OsSLC7基因在其胁迫反应和生长发育中的功能机制研究李生平中国科学院福建物质结构研究所水稻OsSRO1c基因在干旱胁迫诱导的叶片衰老中的功能研究游 均中国科学院武汉植物园水平基因转移参与小立碗藓耐旱的功能研究关艳龙中国科学院昆明植物研究所。
微生物多样性与肠道菌群的关联性研究
微生物多样性与肠道菌群的关联性研究肠道是人体内最大的微生物生态系统之一，其中存在着复杂的微生物群落，包括细菌、真菌和病毒等。
这些微生物通过共生关系与人体相互作用，对人体的健康和免疫系统发挥重要作用。
微生物多样性是指微生物群落中不同种类的微生物的丰富度和多样性水平。
近年来，微生物多样性与肠道菌群的关联性的研究取得了一系列重要发现，为人们更好地理解肠道微生物群落的组成和功能奠定了基础。
首先，微生物多样性的研究揭示了不同人群之间的肠道微生物群落差异。
人体的肠道微生物群落具有个体差异和地域差异。
通过对不同地区和不同健康状况的人群进行微生物多样性研究，发现不同地域和不同群体之间的微生物多样性存在明显的差异。
这些差异可能与饮食结构、生活习惯、环境因素等有关。
例如，素食者和草食动物的肠道微生物群落相比于肉食者和食肉动物的群落更为多样化。
其次，微生物多样性与肠道健康的关系备受研究关注。
研究发现微生物多样性丰富的肠道菌群和健康状况密切相关。
微生物多样性的降低与多种疾病的风险增加有关，包括肥胖症、炎症性肠病、自身免疫性疾病等。
这些研究结果表明，微生物多样性的提高对维持肠道健康和抵抗疾病具有重要作用。
此外，微生物多样性的变化与肠道菌群的失衡相关。
肠道微生物群落的失衡指微生物群落中某些菌种的数量和种类发生改变，其中某些有益菌数量减少，有害菌增加。
肠道菌群的失衡常见于使用抗生素、肠胃感染和不良饮食习惯等状况下。
这种失衡状态可能导致肠道疾病的发生，并对免疫系统产生负面影响。
通过微生物多样性的研究可以了解肠道菌群的失衡情况，为预防和治疗肠道相关疾病提供参考依据。
总结起来，微生物多样性与肠道菌群的关联性的研究为我们认识肠道微生物群落的结构与功能提供了深入的理解。
通过研究微生物多样性，我们可以更好地了解肠道微生物群落的差异、与健康的关系以及失衡状态的形成机制。
未来研究应该进一步探索微生物多样性与肠道菌群之间的相互作用机制，并为肠道菌群的调控和治疗提供更多的科学依据。
微生物多样性研究进展
微生物物种多样性研究进展微生物是分布最为广泛的生命形式，几乎分布到地球上的所有生境，可利用各种有机化合物、无机盐等作为能源，在有氧或无氧条件下，在寒冷的极地、高达100℃的热泉或高盐碱度等极端环境中生活。
微生物具有丰富的物种和遗传多样性，并以高度的变异性适应不同的生境。
作为生态系统中的重要组分，微生物在自然界的物质与能量循环、生态系统的演替以及生物多样性的维持中发挥重要的生态功能。
微生物与人类的生活休戚相关，在直接或间接地为人类提供了极其丰富的物质资源的同时，也为人类带来了巨大危害。
Woese和Fox(1977)以核糖体RNA(rRNA)的小亚基(原核生物的16S、真核生物的18S基因)序列为依据，提出了独立于真细菌(Eubacteria)和真核生物 (Urkaryotes) 之外的第三种生命形式——古菌 (Archaea)，认为它和真核生物以及真细菌是从一个具有原始遗传机制的共同祖先分别进化而来。
随后 Woese等(1990)提出了三域(Domain)分类系统，将地球上的生物分别归为细菌域(Domain Bacteria)、古菌域 (Domain Archaea)和真核生物域(Domain Eukarya)，其中古菌在进化谱系上更接近真核生物，但在细胞构造上与细菌较为接近，同属原核生物而真菌与动物、植物等生物属于真核生物域。
我国地域辽阔，跨越热带至寒温带，气候条件多样，地理环境与生态系统类型复杂，是世界上生物多样性最丰富的国家之一。
而多样的生境蕴藏着丰富的微生物多样性。
特别是近年来微生物多样性的研究由传统的培养方法，逐渐转向以免培养的分子生物学技术为主，如DNA的指纹图谱、分子杂交、克隆文库测序、高通量测序(pyroseqencing)、稳定性同位素探测(stable isotope probing，SIP)、基因芯片(gene chip)以及转录组学等技术。
我国学者利用先进的分子生物学技术，极大地提高了我国微生物多样性的研究水平。
庐山石韦内生真菌多样性及地下部分显微结构观察
庐山石韦内生真菌多样性及地下部分显微结构观察詹寿发;彭琴;陈晔;樊有赋;甘金莲;任林【摘要】[Objective]Endophytic fungi resources and distribution regularity of Pyrrosia sheareri (Bak.)Ching were studied in order to provide references for better protection and management of P. Sheareri. [ Method ]The endogenous fungi from P. Sheareri were isolated into different parts (root, stem, leaf, and petiole) and identified based on morphological characteristics. The microstructure of the adventitious roots and rhizomes were observed using paraffin section and microtechnique. [ Result ]Fifty-three strains of endophytic fungi were separated from P. Sheareri, amongst which 50 strains belonged to 14 genera,7 families,5 orders, and 2 classes,while the other 3 strains belonged to Rhizoctonia and Sclerotium of Agno-mycetales. Phomopsis was the dominant genus in the 16 genera, accounting for 18.87% of the total strains, followed by Phyllosticta and Cephalosporium, which accounted for 15.09% and 13.21% of total strains, respectively. Adventitious roots of P. Sheareri have similar structure with primary roots of seed plants and the vascular bundle of rhizome had no cambium. [ Conclusion ] Endophytic fungi in P. Sheareri showed rich diversity; the cortical parenchyma was the main dwelling region for endophytic fungi.%[目的]探索庐山石韦(Pyrrosia sheareri)内生真菌资源和分布规律,为更好地保护和开发利用庐山石韦资源提供依据.[方法]从庐山石韦不同部位(根、茎、叶、叶柄)分离纯化内生真菌,运用形态学特征对菌株进行分类鉴定；采用石蜡切片法和显微技术观察庐山石韦不定根与根状茎的显微结构.[结果]从庐山石韦中分离得到53株内生真菌,其中50株分别属于14个属、7个科、5个目、2个纲,另外3株为无孢目的丝核菌属(Rhizoctonia)和小菌核属(Sclerotium).在16属内生真菌中,以拟茎点霉属(Phomopsis)为优势属,占总株数的18.87％,其次是叶点霉属(Phyllosticta)和头孢霉属(Cephalosporium),分别占总株数的15.09％和13.21％.庐山石韦不定根的结构与种子植物初生根结构相似,其根状茎维管束无形成层.[结论]庐山石韦植物内生真菌具有丰富的多样性,皮层薄壁组织是内生真菌主要的寄居区域.【期刊名称】《南方农业学报》【年(卷),期】2012(043)009【总页数】5页(P1320-1324)【关键词】庐山石韦;显微结构;内生真菌;生物多样性【作者】詹寿发;彭琴;陈晔;樊有赋;甘金莲;任林【作者单位】九江学院生命科学学院,江西九江332000;九江学院生命科学学院,江西九江332000;九江学院生命科学学院,江西九江332000;九江学院生命科学学院,江西九江332000;九江学院生命科学学院,江西九江332000;九江学院生命科学学院,江西九江332000【正文语种】中文【中图分类】Q939.5【研究意义】庐山石韦［Pyrrosia sheareri（Bak.）Ching］为水龙骨科石韦属蕨类植物，主要分布于长江以南各省区，生长在海拔500～2290 m的岩石缝中或树干上。
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生物多样性 2012, 20 (5): 572–580 Doi: 10.3724/SP.J.1003.2012.10129 Biodiversity Science http: //—————————————————— 收稿日期: 2012-06-13; 接受日期: 2012-08-10基金项目: 国家自然科学基金重点项目(30930005) ∗通讯作者 Author for correspondence. E-mail: guold@中国微生物物种多样性研究进展郭良栋*(中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室, 北京 100101)摘要: 微生物是分布最为广泛的生命形式, 几乎分布到地球上的所有生境, 具有丰富的物种多样性。
我国地域辽阔, 跨越热带至寒温带, 气候条件多样, 地理环境与生态系统类型复杂, 是世界上生物多样性最丰富的国家之一。
我国已开展了大量微生物多样性研究, 并证实我国多样的生境蕴藏着丰富的微生物物种多样性。
目前我国已报道真核微生物(菌物)约14,700种, 其中包括真菌约14,060种、卵菌约300种、黏菌约340种, 而真菌中有药用菌473种、食用菌966个分类单元。
特别是近年来通过免培养的分子生物学技术发现我国存在丰富的原核微生物多样性。
本文概述了传统方法和现代分子生物学技术在我国原核微生物(古菌、细菌)和真核微生物(真菌、卵菌、黏菌)物种多样性研究的最新进展。
关键词: 真核微生物, 原核微生物, 物种多样性, 培养方法, 分子技术Progress of microbial species diversity research in ChinaLiangdong Guo *State Key Laboratory of Mycology, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101Abstract: Microbes with rich species and genetic diversity are widely distributed throughout various habitats in the world. China possesses a variety of climate zones, geographic environments, and complex ecosystems, which play a large role shaping the complex biodiversity of this country. Microbial diversity has been widely studied and well documented by Chinese scientists. For example, a total of ca. 14,700 eukaryotic microbe species have been recorded, including ca. 14,060 fungi, ca. 300 oomycetes, and ca. 340 slime molds. Within the Fungi, there have been 473 medicinal fungal species and 966 edible fungal taxa recorded. However, re-cent studies have documented much high species diversity of prokaryotic microbes using molecular tech-niques, which have greatly promoted the study level of microbial diversity in China. This review paper sum-marizes recent research progress of microbial (i.e., archaea, bacteria, fungi, oomycetes, and slime molds) di-versity in China based on traditional and molecular techniques.Key words: eukaryotic microbe, prokaryotic microbe, species diversity, cultivation method, molecular technique微生物是分布最为广泛的生命形式, 几乎分布到地球上的所有生境, 可利用各种有机化合物、无机盐等作为能源, 在有氧或无氧条件下, 在寒冷的极地、高达100℃的热泉或高盐碱度等极端环境中生活。
微生物具有丰富的物种和遗传多样性, 并以高度的变异性适应不同的生境。
作为生态系统中的重要组分, 微生物在自然界的物质与能量循环、生态系统的演替以及生物多样性的维持中发挥重要的生态功能。
微生物与人类的生活休戚相关, 在直接或间接地为人类提供了极其丰富的物质资源的同时, 也为人类带来了巨大危害。
Woese 和Fox(1977)以核糖体RNA(rRNA)的小亚基(原核生物的16S 、真核生物的18S 基因)序列为依据, 提出了独立于真细菌(Eubacteria)和真核生物(Urkaryotes)之外的第三种生命形式——古菌(Archaea), 认为它和真核生物以及真细菌是从一个具有原始遗传机制的共同祖先分别进化而来。
随后Woese 等(1990)提出了三域(Domain)分类系统, 将第5期郭良栋: 中国微生物物种多样性研究进展 573地球上的生物分别归为细菌域(Domain Bacteria)、古菌域(Domain Archaea)和真核生物域(Domain Eukarya), 其中古菌在进化谱系上更接近真核生物, 但在细胞构造上与细菌较为接近, 同属原核生物；而真菌与动物、植物等生物属于真核生物域。
我国地域辽阔, 跨越热带至寒温带, 气候条件多样, 地理环境与生态系统类型复杂, 是世界上生物多样性最丰富的国家之一。
而多样的生境蕴藏着丰富的微生物多样性。
特别是近年来微生物多样性的研究由传统的培养方法, 逐渐转向以免培养的分子生物学技术为主, 如DNA的指纹图谱、分子杂交、克隆文库测序、高通量测序(pyroseqencing)、稳定性同位素探测(stable isotope probing, SIP)、基因芯片(gene chip)以及转录组学等技术。
我国学者利用先进的分子生物学技术, 极大地提高了我国微生物多样性的研究水平。
本文概述了我国近年来在原核微生物(古菌、细菌)和真核微生物(真菌、卵菌、黏菌)多样性研究的最新进展, 并展望微生物多样性的研究前景。
1古菌多样性目前古菌域包括5个门: 广古菌门、泉古菌门、奇古菌门、纳米古菌门和初古菌门。
古菌主要生活在极端环境中, 如海底、陆地热泉、火山口以及盐碱湖等, 最近发现古菌也在土壤、湖泊以及动物肠道等中温环境中广泛存在。
据Mora等(2011)的不完全统计, 目前全世界已报道可培养的古菌有503种。
我国在古菌多样性研究方面取得了重要进展, 如在ISI Web of Knowledge数据库中检索结果表明, 自1999年以来我国学者在国际微生物分类学界公认的权威期刊International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM, 2000年前为International Journal of Systematic Bacteriology)和Extremophiles上发表了50篇古菌分类文章, 总共报道了61种可培养的古菌新种。
如Xu等(1999)从我国西藏盐碱湖底泥中分离到两种嗜盐碱古菌新种Natronorubrum bangense和N. tibetense, 随后我国学者相继从新疆的盐湖、内蒙古碱湖、云南腾冲热泉、江苏和福建等地的盐场、山东胜利油田、青藏高原高寒湿地和柴达木盆地内陆咸、淡水湖, 以及黑龙江大庆的盐碱地土壤等样本中分离得到了嗜/耐盐碱古菌、嗜热酸的硫化叶菌、产甲烷古菌、极端嗜热古菌新种(Xin et al., 2000; Xu et al., 2001; Xiang et al., 2003; Cheng et al., 2007; Cui et al., 2007, 2010; Tian et al., 2010; Wang et al., 2010; Liu et al., 2011; Zhu et al., 2011b)。
由于古菌常生活在极端环境中, 仅凭常规的分离培养方法难以全面反映自然环境中古菌的多样性。
因此, 近年来我国学者利用免培养的分子生物学技术开展了大量的古菌多样性与功能研究。
如利用克隆文库测序和SIP技术发现水稻根际土壤中具有丰富的古菌多样性, 而且RC-I (Rice Cluster I)古菌类群在稻田CH4的产生过程中起着重要的作用(Lu & Conrad, 2005); 通过克隆文库测序和实时荧光定量PCR技术发现我国南方红壤中存在丰富的氨氧化古菌(ammonia-oxidizing archaea, AOA), 且施肥处理明显影响AOA的群落组成与丰度(He et al., 2007), 并进一步利用SIP技术证实我国南方红壤中AOA的丰度与氨氧化速率呈显著正相关(Zhang et al., 2012a)。
Cao等(2012)分析北京、天津、山东、河南、湖南等5省市的4种土壤类型(褐土、棕壤、潮土、红壤)中16S rRNA基因序列表明, 红壤中的古菌类型以Crenarchaeota group 1.3和1.1c为主, 而其他3种土壤类型中的古菌以Crenarchaeota group 1.1b和1.1a为主。
利用实时荧光定量PCR和克隆文库测序技术发现青海湖底泥中的古菌是原核微生物的优势类群, 主要包括深海群体MBG-B, -C和-D (Marine Benthic Group-B, -C, -D)和MCG (Miscella- neous Crenarchaeotic Group)等(Jiang et al., 2008), 而在青藏高原若尔盖湿地中Zoige cluster I (ZC-I)是优势的产甲烷古菌类群(Zhang et al., 2008)。