基因工程第七章 重组子选择筛选与分析

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重组子的筛选和鉴定

重组子的筛选和鉴定

重组子的筛选和鉴定
重组子可通过酶切进行鉴定,也可以利用扩增引物通过PCR 进行鉴定,阳性重组子能切出所需要的片段或得到相应片段的PCR 产物。

1. 用牙签挑取平板上的菌落接种于2ml 含适当抗生素的LB 培养基中,37℃摇床培养过夜。

2. 次日取菌液0.2-0.5ml,12,000rpm×3min 离心,弃上清,加入20μl ddH2O 和20μl 酚/ 氯仿,震荡混匀,12,000rpm×5min 离心。

3. 取上清进行琼脂糖电泳,加入载体质粒DNA 作为阴性对照,根据质粒大小初步筛选重组子,重组子的泳动速度应该慢于载体质粒。

4. 用碱法小量制备可能是重组子的质粒DNA。

5. 选取适当的酶,对重组子进行酶切分析,酶切体积均为10μl 体系。

酶切样品进行琼脂糖电泳鉴定是否有所需片段。

6. 酶切分析正确的重组子分成两份,一份进行测序反应,另外一份保种。

7. 若用PCR 法鉴定,则在第 2 步时每个样本取0.5-1.0μl 菌液为模板进行PCR 反应,每管反应体系最低可少至10μl ,PCR 产物电泳,能得到所需条带的样本进一步提取质粒酶切鉴定或送样品测序。

重组子筛选与鉴定

重组子筛选与鉴定
即重组子只能在Ap板上形成菌落,而不能在Tc板上形成 菌落,而非重组子在这两种平板上都能形成菌落,比较两 种平板上对应的转化子的生长状况,即可Ap板上挑出重 组子。
(3)插入表达筛选法——利用目的基因插入载体后能激活 标记基因而筛选
与(2)法相反,该法是利用外源目的基因插入特 定载体后能激活筛选标记基因的表达,由此进行 转化子的筛选。
蓝-白筛选示意图
蓝-白筛选
利用蓝色化合物的形成作为指示剂,筛选带重组质粒的细菌。
载体:编码β-半乳糖 苷酶N端序列
(IPTG 存在下)
宿主: 编码β-半乳糖 苷酶C端序列
α-互补
细菌表达: β-半乳糖苷酶活性↑
5-溴-4-氯-3-吲哚( X-gal) → 形成蓝色菌落
当在质粒中插入外源DNA→β-半乳糖苷酶的N端基因失活→
Luc基因在植物细胞内正常表达,可用于监测各种启动子 活性,测定与Luc基因嵌合的目的基因的表达情况,也用 于调控序列和基因的组织特异性表达。
③ 荧光素酶(LUC)基因
特点:迅速,灵敏,成本低,不存在放射性同位 素对人体健康和环境生态危害,也无内源荧光产 生的背景干扰,故Luc是一种理想的报告基因。
① β-葡萄糖酸苷酶(Gus)基因
Gus基因最早是从E.coli 12中克隆出来的,能编码稳定的 Gus产物。与抗生素抗性基因不同的是Gus基因并非正选 择标记。
作为报告基因的重要依据:作为一种水解酶,转化植物细 胞所产生的β-葡萄糖酸苷酶,能够催化某些特殊反应的进 行,通过荧光、分光光度和组织化学的方法对这些特殊反 应产物的检测,即可确定gus报告基因的表达情况,从而 区分是否是转化子。
②二氢叶酸还原酶(DHFR)基因
DHFR催化二氢叶酸还原成四氢叶酸,dhfr突变 体细胞不能够合成四氢叶酸,阻断了正常核酸代 谢途径,故不能在常规培养基上生长。

基因工程重组体克隆的筛选和鉴定

基因工程重组体克隆的筛选和鉴定

基因功能的正向遗传筛选技术
突变体库的构建
通过化学诱变、同源重组 等技术构建大规模突变体 库。
表型筛选
通过特定表型筛选出具有 特定功能的突变体。
突变基因的鉴定
通过测序等技术鉴定出突 变基因,并研究其功能。
05
克隆基因的应用前景
克隆基因在医学上的应用
疾病诊断与治疗
利用克隆技术获取特定基因,可用于疾病诊断、药物研发和个性化治疗。
基因敲入
将特定基因敲入生物体基因组,观察 生物体表型变化,以确定该基因的功 能。
基因表达干扰
通过转录因子或RNAi技术干扰特定 基因的表达,观察生物体表型变化, 以确定该基因的功能。
正向遗传筛选
通过突变体库筛选具有特定表型的突 变体,鉴定突变基因,以研究该基因 的功能。
基因敲除和敲入技术
基因敲除技术
基于测序的筛选
对转化子进行全基因组测序或目的基因片段测序,与已知序列进行比 对,判断是否含有目的基因。
蓝白筛选法
原理
步骤
利用载体上标记基因的表达产物对转化子 进行筛选,通过菌落颜色的变化判断是否 含有目的基因。
将转化子涂布在含有抗生素的培养基上, 培养后观察菌落颜色变化,蓝色菌落为阳 性克隆,白色菌落为阴性克隆。
基因表达的蛋白质印迹分析
原理
利用特异性抗体检测样品中特定蛋白质的表达情况,通过显 色反应或荧光信号对蛋白质进行定性或定量分析。
用等 方面的研究。
04
克隆基因的功能研究
基因功能研究的方法
基因敲除
通过基因工程技术将特定基因敲除, 观察生物体表型变化,以确定该基因 的功能。
Northern印迹杂交
原理
基于RNA的电泳分离和转移,将RNA 片段与标记的探针进行杂交,以检测 特异的RNA转录本。

基因工程重组体克隆筛选和鉴定

基因工程重组体克隆筛选和鉴定
第22页/共89页
插入片段探针杂交结果
酶切前
酶切后
载体含 插入片段
第23页/共89页
插入片段
Southern blot 筛选
结果
第24页/共89页
(1)原位杂交筛选 特点: 对应的菌斑或噬菌斑位置不变, 可以直接找出阳性菌落。
第25页/共89页
第26页/共89页
(2)R-环检测法
1)R-环:
第20页/共89页
第四节 核酸杂交检测法
一、原理:
1. 核酸杂交
重组克隆与探针杂交。
2. 检测用的探针
与外源DNA插入片段互补的序列。
3. 识别标记
(1)放射性同位素 32P 或 125I 。
(2)非放射性标记 荧光素
第21页/共89页
二、核酸杂交检测方法 1. Southern blotting 用DNA(或RNA)探针检测DNA样品。 从宿主细胞中提取DNA(或质粒 载体),再用探针杂交。 只有带有插入片段的重组载体才能 与探针杂交,在底片上曝光显示。
第6页/共89页
(2)氨苄青霉素抗性插入失活选择过程
如果Ampr上插入外源DNA,导致氨苄青霉素抗性 基因失活,可用碘-青霉素指示液选择。也可以用 含青霉素的培养基直接筛选。青霉素分子不消耗碘, 其降解产物青霉酮酸消耗碘,因此可根据碘的显色 反应确定氨苄青霉素抗性基因是否失活。
蓝色
碘没有消耗 青霉素没降解
第7页/共89页阳性克隆抗药性标记选择应 Nhomakorabea意的问题
抗药性标记选择如果用药物直接筛选,观察和确定 转化子菌落的培养时间不宜过长,以12-16小时为 宜,否则会出现假阳性转化子菌落。因为转化子菌 落会降解选择药物,导致非阳性转化子菌落周围选 择药物浓度降低。

重组子的筛选与鉴定

重组子的筛选与鉴定

1.2 -半乳糖苷酶显色反应选择法
1.2.1. 原理:载体上有一段-半乳糖苷酶基因(Lac Z)的 片段(氨基端),其上有外源DNA的插入位点。 受体 菌基因组中有突变的-半乳糖苷酶基因( 片段缺失)。 可以被IPTG诱导表达。 载体和受体菌基因组可以互补 形成完整有功能的-半乳糖苷酶。-半乳糖苷酶能把无 色的化合物Xgal分解成半乳糖和一个深蓝色的物质5-溴 -4-氯靛蓝。
2.1 Southern blotting
Southern印迹杂交是由E Southern于1975年首先 建立并使用的,故名之。它是根据毛细管作用的 原理,使在电泳凝胶中分离的DNA片段转移并结 合在适当的滤膜上,然后通过与已标记的单链 DNA或RNA探针的杂交作用以检测这些被转移的 DNA片段。
A
B
A或B
不同克隆的酶切结果
筛A 选A过程T T
TA AT
表型筛选加酶切筛选
3、PCR扩增检测法
3.1 原理 PCR能在模(或DNA)。 (2)用外源DNA插入片断引物作PCR。 (3)电泳PCR产物。 (4)检查是否有PCR产物。 (5)PCR产物的长度是否与外源基因一致。
④漂洗去除游离的没有杂交上的探针分子,经放 射自显影后,便可鉴定出与探针的核昔酸序列同 源的待测DNA片段。据此可以将含有外源DNA片段 的重组子筛选出来。
酶切前
酶切后
载体
插入片断
Southern blot 筛选 结果
2.2菌落印迹原位杂交
是直接把菌落或噬菌斑印迹转移到硝酸纤维素滤膜上, 不必进行核酸分离纯化、内切酶酶解及电泳分离等操作, 而是经溶菌和变性处理后使DNA暴露出来并与滤膜原位 结合,再与特异性DNA或RNA探针杂交,筛选出含有插入 序列的菌落或噬菌斑。由于生长在培养基平极上的菌落 或噬菌斑,是按照其原来的位置不变地转移到滤膜上, 然后在原位发生溶菌、DNA变性和杂交作用,所以菌落 杂交或噬菌斑杂交隶属原位杂交范畴。以菌落原位杂交 为例,操作步骤如下:

基因工程第七章 重组子的筛选和鉴定

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等。常见的污染来源包括实验室环境、加样器、操 作中形成的喷雾、 试剂及任何与扩增产物接触的东 西。
菌落PCR出现假阴性 避免将琼脂培养基挑到PCR管中及其他原因:
酶失活;引物质量不好(设计、合成、保存);物 理原因(变性、退火的温度、时间)。
一般重组子克隆的PCR反应条带比较亮且宽, 形状较规则,而假阳性和假阴性的PCR条带,多数 不太亮,条带细而且不规则,有时拖尾。
4、Broome-Gilbert双位点检测法 可用于检测融合蛋白。 既检测外源基因产物又检测载体基因产物。 质粒基因A 插入基因B
重组质粒
表达 融合蛋白 质粒蛋白A 外源蛋白B
固相支 持滤膜
抗A抗体 质粒蛋白A 外源蛋白B
固相支 持滤膜
125I标记的 抗A抗体 质粒蛋白A 外源蛋白B 抗B抗体
发光,底片曝光
硝酸银: 灵敏度高、可检出2-5ng/带。
② 转到膜上进行染色。
直接染色电泳结果
2、Western blotting
(1)Western(转膜) 电泳胶里的蛋白质带可以用电转的方法,转 到膜上(硝酸纤维素膜、中性尼龙膜等)。
胶里的蛋白质带在电场 的作用下横向转移到正
94℃ 10min
94℃ 5min
94℃ 40s 62℃ 30s 72℃ 90s 25~30 cycle
94℃ 40s 58℃ 30s 72℃ 90s 35~40 cycle
72℃ 7min 4℃ for ever
72℃ 7min 4℃ for ever
预变性时间延长为10 min, 使得细菌能够充分 破裂,DNA 大量释放并充分变性。
菌落),用无菌牙签挑选单菌落,将菌落转至 PCR管中(牙签在无菌水中洗一下),然后将牙 签点在LB(+Amp)平板,记录号码。 在PCR管中加其他成分(最后加酶) 设定PCR程序,开始PCR。 电泳检测。 LB平板过夜培养,选取正确的菌落。

重组子筛选

重组子筛选
此法简便快速,但灵敏度低,抗体消耗量大
37℃培养
外源基因产物检测
聚丙烯酰胺凝胶电泳法
如果待筛选鉴定的目标蛋白既 不能测定生物活性,又无现成的抗 体使用,则可采用聚丙烯酰胺凝胶 电泳进行粗略的筛选
遗传学直接筛选法
抗药性 显色反应 营养缺陷型 噬菌斑形成能力等
此法简便快速,可以在大量群 体中进行筛选。但由于目的基 因插入重组分子的方向,多聚 体假阳性等原因,可靠性较差
酶切载体
蓝色菌落(自连)
白色菌落(重组子)
DNA片段
未转化的受体菌 (AmpS)
连接液 E.coli 感受态细胞
显标记主要区分 重组子 与 非重组子
LB + Amp + X-gal + IPTG 抗药性标记主要区分
转化子 与 非转化子
Amp lzcZ’
自连质粒转化子 (AmpR , lzcZ’ )
重组质粒1 重组质粒2 载体对照
克隆DNA序列检测
限制性酶切图谱法
限制性酶切图谱法就是对载体上插入的外源DNA片段进行酶切图 谱分析,并以此与目的基因的已知图谱对比,因此利用这种方法 不仅能区分重组子与非重组子,而且还能鉴定目的重组子。
但这种方法在用于数千规模的转化子筛选时,工作量极大,实验 成本也高。
lacZ△M15
AmpR
lacI lacP ,O lacZ´
NH2–
a-互补
–COOH
lacI lacP ,O lacZ△M15
X-gal → 半乳糖+ 5-溴-4-氯-靛蓝
a-互补(lacZ’ )筛选原理
带有 lacZ’ 基因的质粒转入宿主菌后,在诱导物 IPTG(异丙基-b-D-
硫代半乳糖苷,isopropylthio-b-D-galactoside)诱导下,lacZ’ 基因合 成半乳糖苷酶 N-端片段,宿主菌染色体上的 lacZ△M15 基因合成半乳 糖苷酶 C-端片段。质粒编码的半乳糖苷酶 N-端片段可与宿主菌编码的 半乳糖苷酶 C-端片段结合,形成有酶学活性的 b-半乳糖苷酶。在呈色 底物 X-gal(5-溴-4-氯-3-吲哚-b-D-半乳糖苷,5-bromo-4-chloro-3indolyl-b-D-galactoside)存在时,形成蓝色菌落。

重组子筛选与鉴定

重组子筛选与鉴定
即重组子只能在Ap板上形成菌落,而不能在Tc板上形成 菌落,而非重组子在这两种平板上都能形成菌落,比较两 种平板上对应的转化子的生长状况,即可Ap板上挑出重 组子。
(3)插入表达筛选法——利用目的基因插入载体后能激活 标记基因而筛选
与(2)法相反,该法是利用外源目的基因插入特 定载体后能激活筛选标记基因的表达,由此进行 转化子的筛选。
蓝-白筛选示意图
蓝-白筛选
利用蓝色化合物的形成作为指示剂,筛选带重组质粒的细菌。
载体:编码β-半乳糖 苷酶N端序列
(IPTG 存在下)
宿主: 编码β-半乳糖 苷酶C端序列
α-互补
细菌表达: β-半乳糖苷酶活性↑
5-溴-4-氯-3-吲哚( X-gal) → 形成蓝色菌落
当在质粒中插入外源DNA→β-半乳糖苷酶的N端基因失活→
有些载体在设计时,在筛选标记基因年前面加上 一段负调控序列,当插入失活该负调控序列时, 其下游的筛选标记基因才能表达。
(4)显色筛选法
常用的显色剂是x-gal(5-溴 4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷)。
具有完整的乳糖操纵子的菌体能转译β-半乳糖苷酶、透过 酶和乙酰基转移酶,当培养基中存在诱导物IPTG(异丙 基-β-D-半乳糖苷)和x-gal时,可产生蓝色沉淀物,使菌 体成为蓝色,如果在载体DNA上组入lacZ部分缺失的片段 lacZ’,则重组DNA分子转化lacZ’互补型菌株,则在含有 x-gal和IPTG的培养基中得到的转化子是蓝色菌落,而 lacZ’得到的转化子是白色菌落。
pBR322 4362bp
ori
克隆位点
(
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1. 根据载体选择标记基因初步筛选转化子
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2.利用报告基因筛选植物转化细胞 在植物转基因研究中,载体携带的选择标记基因(selective gene)经常称为报告基因(reportor gene),常用的报告基因有 抗生素抗性基因以及编码某些酶类或其他特殊产物的基因等。
(1)利用抗生素报告基因筛选植物转化细胞 ① 新霉素磷酸转移酶(neomycinephosphotransferase-II, NPTII)基因 新霉素(neomycin)与卡那霉素(kanamycin)、庆大霉素和 G418 等均属于氨基环醇类的抗生素,它们的结构相似,能抑制原核 细胞核糖体70S起始复合物的形成,从而阻碍了蛋白质的合成, 进一步抑制了细胞的生长。NptII基因催化ATP上- 磷酸基团转 移到上述抗生素分子的某些基团上,从而阻碍抗生素分子与靶 位点的结合,并使抗生素失活。因此,在含有上述抗生素的选 择培养基上培养植物转化材料仅有携带NptII基因的转化植物细 胞才能存活下来。
(1)抗药性筛选
这是利用载体DNA分子上的抗药性筛选标记进行筛选的方法。主要用 于重组质粒DNA分子的转化子筛选。重组质粒DNA分子携带特定的抗 药性选择标记基因,在含有相应选择药物的选择培养基上正常生长。 ① 氨苄青霉素(ampicillin,Ap 或Amp): 含bla基因的菌体能转译 丙酰胺酶(-lactarnase),可降解Ap。 ② 氯霉素 (chloramphenicol, Cm 或 Cmp): 含 cat基因的菌体能转译氯 霉素乙酰转酰酶 (chloramphenicol acetyltransferase),使Cm乙酰化 而失效。 ③ 卡那霉素 (kanamycin, Kn或 Kan): 含Kan抗性基因菌体转译一种能 修饰Kn的酶,阻碍Kn对核糖体的干扰。 四环素(tetracymic, Tc或 Tet): 含Tc抗性基因的菌体转译一种能改变细 菌膜的蛋白,防止Tc 进入细胞后干扰细菌蛋白质的合成。 ⑥ 链霉素(strentomycin, Sm或 Str): 含Str 抗性基因的菌体转译一种能 修饰Sm的酶,抑制Sm与核糖体结合。
(2)插入失活筛选法 外源DNA片段插入载体DNA的BamHI位点,导致载体Tcr基因 失活,重组子具有AprTcs的遗传表型,而非重组子则为AprTcr, 重组子只能在Ap板上形成菌落而不能在Tc板上生长;非重组子 却在两种平板上都能生长。
β-galactosidase X-gal IPTG blue-coloured
1
第一节 转基因筛选和选择的方法 转化子:将导入外源DNA分子后能稳定存在的受体细 胞称为转化子 重组子:含有重组DNA分子的转化子被称为重组子 阳性克隆子:如果重组子中含有外源目的基因则又称 为阳性克隆子或期望重组子。 克隆子的筛选或选择:经过各种方法将外源DNA分子 导入受体细胞后,获得所需阳性克隆子的过程称为克 隆子的筛选或选择。
(3)插入表达筛选法 插入表达法是利用外源目的基因插入特定载体后能激活筛 选标记基因的表达,由此进行转化子的筛选。例如pTR262质 粒载体,其Tcr基因的上含有一段噬菌体DNA的CI阻遏蛋白编 码基因及其调控序列,CI基因表达的阻遏蛋白可以抑制Tcr基因 的表达。当外源DNA片断插入CI基因的 HindIII 或 Bgl I 位点上 时,CI基因失活,Tcr基因因阻碍解除而得以表达,故阳性重组 子为Tcr表型,含有外源DNA插入片断的阳性重组子的转化菌才 能生长成菌落。
(2)利用生化报告基因筛选植物转化细胞
① -葡萄糖酸苷酶(-Glucuronidase, GUS)基因 作为一种水解酶,转化植物细胞所产生的-葡萄糖酸苷酶能够催化某些特殊反应的 进行,通过荧光、分光光度和组织化学的方法对这些特殊反应产物的检测即可确定 Gus报告基因的表达情况,以此区分转化子和非转化子。
பைடு நூலகம்
② 潮酶素磷酸转移酶(hygromycin phosphotransferase, HPT)基因 某些植物细胞株系(如水稻)对卡那霉素具有一定的抗性,利 用卡那霉素筛选NptII基因转化体时假阳性率高,这时可采用 Hpt报告基因进行筛选。潮霉素原是一种链霉菌的产物,通过 与70S和50S核糖体的结合来抑制许多原核生物与真核生物的 生长。HPT酶能催化ATP上的- 磷酸基团转移至潮霉素分子上 而使之失活。潮霉素是致癌物质,操作时应慎重。 ③ 氯霉素乙酰转移酶(chloraphenicol acetyltransferase, CAT)基因 氯霉素可选择性地与原核细胞核糖体50S亚基结合,抑制肽酰 基转移酶的活性,从而阻断肽键的形成并最终抑制细胞生长。 CAT基因催化乙酰辅酶A转乙酰基,使氯霉素失活。
1.根据载体选择标记初步筛选转化子 载体DNA分子上通常携带了一定的选择遗传标记基因,可 进行转化子或重组子初步筛选。做法是将转化处理后的菌液 (包括对照处理)适量涂布在选择培养基上,在最适生长温度 条件下培养一定时间,观察菌落生长情况,即可挑选出转化子。 对于受体细胞而言,通常用LB培养基,在LB 培养基中加入 适量的某种选择物,即为选择培养基。选择物是由载体DNA分 子上携带的选择标记基因所决定。 (1)抗药性筛选法 (2)插入失活筛选法 (3)插入表达筛选法
第七章 重组子选择、筛选和分析
( The Selection, screening and analysis of recombinants)
教学目的与要求: 1 ) Genetic selection and screening methods 2) Screening clone banks by nucleic acid hybridization (Southern blotting,Northern blotting) 3) Immunological screening for expressed genes (Western blotting) 4) Analysis of cloned genes (Restriction mapping, DNA sequencing)
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