蛋白质组学的应用研究进展_尹稳
蛋白质组学研究进展及其应用前景
蛋白质组学研究进展及其应用前景第一章：引言蛋白质是生命体系中最重要的分子之一，它们扮演着多种生理和生化功能。
随着科技的进步，研究人员越来越关注蛋白质的研究。
蛋白质组学作为一门新兴的学科，不断为生物医学领域带来新的科学突破。
本文将介绍蛋白质组学的研究进展及其应用前景。
第二章：蛋白质组学的研究进展1. 蛋白质组学的概念蛋白质组学是指利用各种现代高通量技术手段，系统地研究生物体内所包含的所有蛋白质的表达、定位、相互作用、代谢过程等，从而揭示蛋白质组在细胞、组织、生理、病理等层面上的功能及其与疾病的关系。
2. 蛋白质组学的技术手段蛋白质组学的技术手段主要包括：二维凝胶电泳、液相色谱-质谱联用技术、蛋白质芯片技术、分子成像等。
3. 蛋白质组学在疾病研究中的应用蛋白质组学可以对疾病发生发展及治疗过程进行深入的研究。
通过分析病人及对照组的蛋白质组差异，可以筛选出与疾病有关的蛋白质标记，从而帮助临床医生进行早期诊断、病因探究及治疗评估等方面的工作。
第三章：蛋白质组学在不同领域中的应用1. 蛋白质组学在药物研发中的应用蛋白质组学对药物的研发有着重要的作用。
通过蛋白质组分析，可以研究靶标蛋白的结构、生理功能及其与药物的作用机制，从而为药物研究提供有力的支持。
2. 蛋白质组学在食品安全中的应用蛋白质组学可以对食品中的蛋白质成分进行分析，快速寻找致敏、毒性等有害成分，从而为食品质量控制提供重要的科学支持。
3. 蛋白质组学在植物研究中的应用蛋白质组学可以研究植物的生长发育过程、各器官的特定蛋白质、产量和品质等方面，从而为农业生产提供重要的技术支持。
第四章：结论蛋白质组学的研究进展及其应用前景十分广阔。
未来，随着蛋白质组学技术的不断进步，该领域的应用范围必将不断扩大，为生命科学领域带来更多新的科学育成。
蛋白质组学的应用研究进展
蛋白质组学的应用研究进展蛋白质组学的应用研究进展尹稳1 伏旭2 李平1（1. 兰州大学第二医院，兰州 730030 ；2. 兰州大学第二医院急救中心，兰州730030）摘要：蛋白质组学（Proteomics）是一门大规模、高通量、系统化的研究某一类型细胞、组织或体液中的所有蛋白质组成及其功能的新兴学科。
虽然基因决定蛋白质的水平，但是基因表达的水平并不能代表细胞内活性蛋白的水平，蛋白质组学分析是对蛋白质翻译和修饰水平等研究的一种补充，是全面了解基因组表达的一种必不可少的手段。
蛋白质组学相关技术的发展极大地推动了蛋白质组学的研究进展，使其在各研究领域得到了广泛的应用。
对蛋白质组学相关技术及其在各领域的应用进行了综述，最后对蛋白质组学的发展趋势和应用前景作出展望。
关键词：蛋白质组学双向凝胶电泳质谱生物信息学应用现状Application Research Progress of Proteomics（1. Lanzhou University Second Hospital，Lanzhou 730030 ；2. Department of Emergency，Lanzhou University SecondHospital，Lanzhou 730030）Abstract: Proteomics is an emerging discipline for studying proteins composition and function in a type of cell, tissue or body fluids in a large-scale, high-throughput and systematic level. While genes determine the level of protein, but the level of gene expression can not represent theintracellular reactive protein levels. Proteomic analysis is a complement to the study of translation and modification and also an indispensable tool for a comprehensive understanding of genome expression. The development of proteomic technologies has greatly promoted the progress of proteomic research, and it has been widely used in various research fields.This paper revieweded the proteomic technologies and the applications in various fields are also briefly reviewed. Finally, some future issues are presented.Keywords: Proteomics Two-dimensional gel electrophoresis Massspectrometry Bio-informactics Application statusYin Wen1 Fu Xu2 Li Ping1随着基因组计划的完成，生命科学研究开始进入以基因组学、蛋白质组学、营养组学、代谢组学等“ 组学” 为研究标志的后基因组时代。
蛋白质组学技术研究进展及应用
蛋白质组学技术研究进展及应用一、本文概述蛋白质组学，一门专注于研究生物体内所有蛋白质的表达、结构、功能和相互作用的科学，已经成为现代生物学的重要分支。
随着科学技术的飞速发展，蛋白质组学技术在方法学上取得了显著的进步，其应用领域也在不断扩大。
本文旨在综述近年来蛋白质组学技术的最新研究进展，并探讨其在生命科学、医学、农业、工业等领域的应用。
我们将首先回顾蛋白质组学技术的发展历程，然后重点介绍当前的研究热点和前沿技术，最后展望其未来的发展趋势和潜在应用。
通过本文的阐述，我们希望能够为读者提供一个全面而深入的蛋白质组学技术研究进展及应用的概览。
二、蛋白质组学技术进展随着科技的飞速发展，蛋白质组学技术也取得了显著的进步，为生命科学的研究开辟了新的道路。
蛋白质组学技术主要包括蛋白质分离、鉴定、定量以及相互作用分析等关键技术环节。
在蛋白质分离技术方面，二维凝胶电泳（2D-PAGE）仍然是经典的蛋白质分离方法，但其分辨率和重现性有待进一步提高。
近年来，液相色谱（LC）和毛细管电泳（CE）等新技术逐渐崭露头角，这些技术具有更高的分离效率和分辨率，为复杂样品中的蛋白质分析提供了有力工具。
蛋白质鉴定技术也取得了显著进展。
传统的质谱技术（MS）已经得到了广泛应用，而新一代质谱仪器如质谱成像技术（MSI）和单分子质谱技术（SMS）的出现，极大地提高了蛋白质鉴定的准确性和灵敏度。
生物信息学和数据库技术的不断发展，也为蛋白质鉴定提供了更加完善的数据支持。
在蛋白质定量方面，稳定同位素标记技术（SILAC）和同位素编码亲和标签技术（ICAT）等定量方法的出现，使得对蛋白质表达水平的精确测量成为可能。
这些技术不仅提高了定量的准确性，还能够在复杂样品中同时检测多个蛋白质，大大提高了研究的效率。
蛋白质相互作用分析是蛋白质组学研究的另一个重要领域。
传统的酵母双杂交技术和免疫共沉淀技术仍然是常用的方法，但近年来，基于质谱的蛋白质相互作用分析技术（如亲和纯化质谱技术）的发展，为蛋白质相互作用研究提供了新的视角。
人类蛋白质组学的研究进展和前景
人类蛋白质组学的研究进展和前景在过去的几十年里，人类蛋白质组学取得了突破性的进展，为我们对人类生命的理解提供了重要的基础。
蛋白质组学是研究生物体内蛋白质组成、结构、功能和相互作用的科学领域。
本文将对人类蛋白质组学的研究进展和前景进行探讨。
一、蛋白质组学的研究方法现代蛋白质组学研究主要基于质谱技术和基因组学的进展，以及生物信息学和计算方法的应用。
质谱技术是一种用于测定蛋白质质量和结构的方法，通过将蛋白质样品分离并将其离子化，然后使用质谱仪测量质谱图来分析蛋白质的信息。
基因组学的快速发展也为人类蛋白质组学的研究提供了关键的支持。
基因组学的技术进展使得我们能够更好地理解基因与蛋白质之间的关系，并从基因组水平上揭示蛋白质的功能和相互作用。
此外，生物信息学和计算方法的应用使得我们能够高效地处理和分析大规模的蛋白质组数据。
二、蛋白质组学的研究进展1. 蛋白质组的鉴定随着质谱技术的发展，我们能够高通量地鉴定蛋白质组中的蛋白质。
高通量质谱技术如串联质谱（MS/MS）和蛋白质组学方法的不断创新，使得大规模蛋白质组的鉴定变得更加准确和高效。
2. 蛋白质亚细胞定位的研究蛋白质在细胞中的定位是其功能的关键。
蛋白质组学通过对蛋白质组中蛋白质的亚细胞定位信息的收集和分析来揭示蛋白质的功能和相互作用。
通过整合不同层次的定位数据，我们能够更好地理解蛋白质在细胞中的分布和功能。
3. 蛋白质组的动态变化蛋白质组在不同生理和病理状态下呈现出动态的变化。
蛋白质组学的发展使得我们能够研究蛋白质组的动态变化，并揭示这种变化与疾病的关系。
例如，通过比较正常组织和癌症组织中的蛋白质组，在蛋白质水平上发现了许多与癌症相关的标记物。
三、蛋白质组学的未来前景1. 个体化医学蛋白质组学的研究为个体化医学的发展提供了基础。
通过对不同个体的蛋白质组进行研究，我们可以了解不同个体在蛋白质水平上的差异，并为个体化的诊断和治疗提供依据。
个体化医学将更加精准地预测个体的疾病风险，并为其提供个体化的治疗方案。
蛋白质组学在自身免疫性疾病中的应用研究进展
身 免 疫受 损为 特征 的一 类 疾病 ， 全球 约 ３ ％ 人 口罹 患 Ａ Ｉ Ｄ ｓ 。 目前 ， 许多 Ａ Ｉ Ｄ ｓ的 发 病 机 制 仍 不 清 楚 ， 其 诊 断 主要 依靠 临床 表 现 结 合 实 验 室检 测 到一 种 或 几 种 高 效价 的 自身 抗 体来 确定 ； 自身 抗 体 不 仅 是 Ａ Ｉ Ｄ ｓ
的生 物标 志 ， 还参与 了 Ａ Ｉ Ｄ ｓ的发 病 机制 。蛋 白质
领域 ： ① 用 于大规 模鉴 定蛋 白质 及其 翻译后 修饰 的 蛋
白质微 特征 ； ②“ 差异显示” 蛋 白质 组 学 在 广 泛 的疾 病 中有 潜在应 用 价值 ； ③研究 蛋 白质 与蛋 白质之 间 的
相 互 作 用 。
组 学从 整体 上 分 析动 态 变 化 的蛋 白质 的组 成 、 表达 、 修饰 、 调控 以及 蛋 白质 之 间相 互 作 用 ， 是 后 基 因 组学
的重 要 内容 之一 ， 可 为疾病 在 蛋 白质水平 上 发生 的变 化提 供更 全 面完 整 的认 识 。近 年来 ， 越来 越 多 的研 究
在 蛋 白质 水 平 上 研 究 临 床疾 病 的 发 生 和 发 展 ， 在Ａ Ｉ Ｄ ｓ中 可用 于鉴 定 新 的 自身抗 原／ 抗体 、 筛选 诊 断 相关 候 选 蛋 白 、 寻 找 疾 病 活 动
性相关蛋 白、 发 现 有 效 治 疗 靶 点 及 评 估 临床 疗 效 。
关 键 词 自身 免 疫 性疾 病 中图 分 类 号 Ｒ ５ 蛋 白质 组 学 蛋 白质 微 阵列 Ｄ０Ｉ １ ０ ． １ １ ９ ６ ９ ／ ｊ ． ｉ ｓ ｓ ｎ ． １ ６ ７ ３ — ５ ４ ８ Ｘ ． ２ ０ １ ７ ． １ １ ． ０ ０ ５ 文 献 标 识 码 Ａ
蛋白质组学的研究方法和进展
蛋白质组学的研究方法和进展蛋白质是细胞中最重要的一类生物大分子，不仅构成生物体的大部分物质，而且参与多种生物过程。
在生物学的研究中，蛋白质组学就是广泛用于研究蛋白质及其解析结构、功能和相互作用的一种技术。
蛋白质组学技术的不断发展，为科学家们提供了更广阔的研究领域和更深入的认识和理解。
一、蛋白质分离技术蛋白质在细胞中有着多种不同的类型和数量，分离这些蛋白质对于进一步的研究至关重要。
凝胶电泳是一种最早应用于蛋白质分离的技术，在这一技术中，蛋白质被分离到一条凝胶条中，并且能够根据其分子量进行鉴定。
近年来，液相色谱技术得到快速发展，以逆相高效液相色谱（RP-HPLC）为主的技术广泛应用于蛋白质的分离、富集和纯化中。
二、蛋白质鉴定技术现代蛋白质组学技术的特点是高通量、高分辨率、高灵敏度和准确率。
鉴定样品中的所有蛋白质非常复杂，多组学技术的整合在蛋白质组学的研究中显得尤为重要。
代表性的鉴定技术是质谱法，可将蛋白质析出后离线或在线进行鉴定。
其中，MALDI-TOF 质谱技术是蛋白质鉴定中的重要方法之一，该技术使用激光脱附离子化（MALDI）策略以减少化学修饰和分离过程对蛋白质结构的影响。
三、蛋白质表达技术从DNA转录到蛋白质翻译的过程，是生物体逐步实现功能的一个重要环节。
蛋白质表达技术是在外部体系中重现这一过程的有效方法，在研究中应用极为广泛。
常见的蛋白质表达系统有大肠杆菌、酵母、哺乳动物等，其中，大肠杆菌是最常用的单细胞表达体系。
近年来，蛋白质表达与修饰的转化药学已经成为一个热门领域，各种新型表达体系也层出不穷。
四、蛋白质数据分析鉴定蛋白质，只是蛋白质组学研究的第一步，有关数据分析和解释的关键环节，对于进一步的研究显得尤为重要。
目前，由于蛋白质比较庞大并且互相之间联系复杂，因此数据分析技术的不断发展就格外重要了。
从最初的数据搜索和标识，到后来的蛋白质序列分析、结构预测、功能预测和网络分析等，蛋白质数据分析技术已经成为蛋白质组学研究的重要环节。
蛋白质组学的研究进展及应用
蛋白质组学的研究进展及应用摘要21世纪是生命科学的时代。
随着人类基因组序列的完成，生命科学跨入后基因组时代，研究这些基因的表达和调控成为首要任务，所以，蛋白质组学的研究成为21世纪生命科学的战略任务。
蛋白质组学是研究生物体的全部或部分蛋白在生命活动过程中的作用与功能，可以说它是现代生物学研究的必备手段。
本文通过分析蛋白质组学的内涵与研究进展，同时介绍了蛋白质组学的应用领域，来帮助人们更好地了解蛋白质组学的重要意义，推动蛋白质组学更好地发展。
关键词蛋白质组学；研究；应用中图分类号R341 文献标识码 A 文章编号2095-6363（2017）17-0045-021 蛋白质组学1.1 蛋白质组学的概念蛋白质组学（Proteomics，又称作蛋白质体学）产生于20世纪90年代，是以生物体的全部或部分蛋白为研究对象，研究一个生物、一个细胞（组织）或基因组的蛋白质的变化规律的一门学科。
蛋白质组学能够在整体水平上研究蛋白质的表达和调控的水平和规律，目的是了解蛋白质间的联系与相互作用，为生命活动规律提供理论和物质基础，也为人类的健康事业带来理论依据和解决方案。
随着人类基因组序列的完成，生命科学的研究重心向基因的表达产物，即蛋白质的研究上转变，蛋白质组学成为21世纪生命科学研究的战略任务与重点。
1.2 蛋白质组学的研究内容传统的蛋白质研究注重的是单一的蛋白质的研究，而蛋白质组学注重的是生物体的全部或部分蛋白质的研究。
随着学科的逐步发展，蛋白质组学的研究内容也在不断更新与完善。
蛋白质研究中的翻译后修饰研究成为蛋白质组学研究中的重要内容，是因为翻译后修饰是蛋白质调节功能的重要方式。
不同的细胞类型在发育期、成长期和不同病理条件下的基因表达是不同的，因此精确到细胞甚至是亚细胞上的蛋白质组学的研究是非常必要的。
最后是二维电泳分离蛋白质。
不同种类的蛋白质通过二维电泳按照等电点和分子量的差异进行分离，经过分离并进行技术处理的蛋白质就可以在质谱系统中得到分析，从而得到蛋白质的定性数据。
蛋白质组学技术研究进展及应用
蛋白质组学技术研究进展及应用随着基因组学研究的深入，人们发现基因组学存在一定的局限性，在这种背景下，20世纪90年代产生了一门以蛋白质组为研究对象，在整体水平上研究细胞内蛋白质的组成及其活动规律的新兴学科——蛋白质学。
随着人类基因组草图2001年的正式发表和2003年4月的最终完成，科学家们又进一步提出了后基因组计划，蛋白质组(proteome)研究便是其中一个很重要的内容。
蛋白质组学(Proteomics)是作为功能基因组学的重要支柱，并已同基因组学(Genomics)和生物信息学(Bioinformatics)一起成为新世纪生命科学研究的前沿和热门领域，Nature，Science杂志在公布基因组序列草图的同时，分别发表了述评和展望，将蛋白质组学的地位提到前所未有的高度，认为它是功能基因组学前沿研究的战略制高点和新世纪最大的战略资源——“有用基因”争夺战的重要“战场”。
1 蛋白质组学的概念、研究内容及意义蛋白质组(proteome)源于protein和genome两词的杂合，最早是由澳大利亚的WILKINS等于1995年提出，其定义为“一种基因组所表达的全部蛋白质”。
因蛋白质组具有时空性和可调节性，蛋白质组的概念实际指在特定时刻、特定环境和实验条件下基因组所表达的全部蛋白质。
蛋白质组学的核心在于大规模地对蛋白质进行综合分析，通过对某种物种、个体、器官、组织或细胞的全部蛋白质性质(包括表达水平、结构、分布、功能、丰度变化、翻译后修饰、细胞内定位、蛋白质与蛋白质的相互作用、蛋白质与疾病的关联性)的研究，对蛋白功能做出精细和准确的阐述。
蛋白质组学最有价值的优势是它可以观察在特定的时间下一个完整的蛋白质组或蛋白亚型在某种生理或病理状态中，发生的相应的变化。
蛋白质组学的研究内容主要有两方面：结构蛋白质组学和功能蛋白质组学。
结构蛋白质组学主要是蛋白质表达模式的研究，包括蛋白质氨基酸序列分析及空间结构的解析。
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・综述与专论・2014年第1期生物技术通报BIOTECHNOLOGY BULLETIN随着基因组计划的完成，生命科学研究开始进入以基因组学、蛋白质组学、营养组学、代谢组学等“组学”为研究标志的后基因组时代。
蛋白质组（proteome）一词最早是由澳大利亚科学家Wilkins 和Williams 于1994年提出［1］，1995年7月最早见诸于Electrophoresis 杂志［2］，意指一个细胞或组织中由基因组表达的全部蛋白质。
蛋白质组学（proteomics）是一门大规模、高通量、系统化的研究某一类型细胞、组织、体液中的所有蛋白质组成、功能及其蛋白之间的相互作用的学科。
虽然基因决定蛋白质的水平，mRNA 只包含了转录水平的调控，其表达水平并不能代表细胞内活收稿日期：2013-09-05基金项目：甘肃省科技计划基金资助项目（0708NKCA129），兰州大学第二医院医学研究基金项目（YJ2010-08）作者简介：尹稳，女，硕士，研究方向：蛋白质组学；E -mail ：yinwen0508@ 通讯作者：伏旭，男，硕士，研究方向：生物化学与分子生物学；E -mail ：fuxu0910@蛋白质组学的应用研究进展尹稳1 伏旭2 李平1（1.兰州大学第二医院，兰州 730030；2.兰州大学第二医院急救中心，兰州 730030）摘 要： 蛋白质组学（Proteomics）是一门大规模、高通量、系统化的研究某一类型细胞、组织或体液中的所有蛋白质组成及其功能的新兴学科。
虽然基因决定蛋白质的水平，但是基因表达的水平并不能代表细胞内活性蛋白的水平，蛋白质组学分析是对蛋白质翻译和修饰水平等研究的一种补充，是全面了解基因组表达的一种必不可少的手段。
蛋白质组学相关技术的发展极大地推动了蛋白质组学的研究进展，使其在各研究领域得到了广泛的应用。
对蛋白质组学相关技术及其在各领域的应用进行了综述，最后对蛋白质组学的发展趋势和应用前景作出展望。
关键词： 蛋白质组学 双向凝胶电泳 质谱 生物信息学 应用现状Application Research Progress of ProteomicsYin Wen 1 Fu Xu 2 Li Ping 1（1. Lanzhou University Second Hospital ，Lanzhou 730030；2. Department of Emergency ，Lanzhou University SecondHospital ，Lanzhou 730030）Abstract: Proteomics is an emerging discipline for studying proteins composition and function in a type of cell, tissue or body fluids in a large -scale, high -throughput and systematic level. While genes determine the level of protein, but the level of gene expression can not represent the intracellular reactive protein levels. Proteomic analysis is a complement to the study of translation and modification and also an indispensable tool for a comprehensive understanding of genome expression. The development of proteomic technologies has greatly promoted the progress of proteomic research, and it has been widely used in various research fields.This paper revieweded the proteomic technologies and the applications in various fields are also briefly reviewed. Finally, some future issues are presented.Key words: Proteomics Two -dimensional gel electrophoresis Mass spectrometry Bio -informactics Application status性蛋白的水平［3］，且转录水平的分析不能反应翻译后对蛋白质的功能和活性起至关重要作用的蛋白修饰过程［4］，如酰基化、泛素化、磷酸化或糖基化等。
而蛋白质组学除了能够提供定量的数据以外，还能提供包括蛋白定位和修饰的定性信息。
只有通过对生命过程中蛋白质功能和蛋白质之间的相互作用以及特殊条件下的变化机制进行研究，才能对生命的复杂活动具有深入而又全面的认识。
近年来，蛋白质组学技术取得了长足的发展，随着新技术的不断涌现，其应用范围也不断扩大。
本文对蛋白质组学相关技术及其在各研究领域的应用进行了简要的归纳和评述，并对蛋白质组学的发展趋势和应用前景2014年第1期33尹稳等：蛋白质组学的应用研究进展作出展望。
1 蛋白质组学的分类根据研究目的和手段的不同，蛋白质组学可以分为表达蛋白质组学、结构蛋白质组学和功能蛋白质组学。
表达蛋白质组学用于细胞内蛋白样品表达的定量研究。
其研究技术为经典的蛋白质组学技术即双向凝胶电泳和图像分析。
在蛋白质组水平上研究蛋白质表达水平的变化等，是应用最为广泛的蛋白质组学的研究模式。
以绘制出蛋白复合物的结构或存在于一个特殊的细胞器中的蛋白为研究目标的蛋白质组学称为“细胞图谱”或结构蛋白质组学，用于建立细胞内信号转导的网络图谱并解释某些特定蛋白的表达对细胞产生的特定作用［5］。
功能蛋白质组学以细胞内蛋白质的功能及其蛋白质之间的相互作用为研究目的，对选定的蛋白质组进行研究和描述，能够提供有关蛋白的糖基化、磷酸化，蛋白信号转导通路，疾病机制或蛋白-药物之间的相互作用的重要信息。
2 蛋白质组学的主要研究技术蛋白质组学研究的进展是由技术推动的，同时也受到技术的限制。
蛋白质组学研究的技术水平很大程度上决定了研究成功的可能性。
蛋白质组学研究的核心就是能够系统地鉴定一个细胞或组织中表达的每一个蛋白质并确定每一个蛋白质的突出性能。
蛋白质组学的主要相关技术有双向凝胶电泳、差异凝胶电泳、质谱分析等。
其中双向电泳技术从开发到应用已经30多年［6］，是蛋白质组学研究的核心技术之一；差异凝胶电泳技术［7］能够进行大样本统计分析，且灵敏度高；质谱技术包括生物质谱、飞行时间质谱、电喷雾质谱等，通常与双向电泳等蛋白分离技术相联用，具有灵敏、准确、自动化程度高等特点，是蛋白鉴定的核心技术。
除了上述几种主要的技术外，近年来蛋白质芯片技术、酵母双杂交系统和生物信息学分析也应用于蛋白质组学。
由于其操作简便，样品用量少并能对多个样品进行平行检测，蛋白质芯片技术与其他常规方法相比具有明显优势［8］；酵母双杂交系统主要针对活细胞内蛋白质的研究，近年来已经发展到检测小分子-蛋白质，DNA-蛋白质及RNA-蛋白质之间的相互作用上；物信息学是蛋白质组学研究的核心技术之一，由于通过双向电泳，质谱或蛋白质芯片所获得的数据通常都是高通量且比较复杂，只有通过生物信息学分析才能对蛋白质的种类、结构和功能进行分析确定。
3 蛋白质组学的应用现状3.1 蛋白质组学在疾病研究中的应用蛋白质组学在疾病研究中的应用主要是发现新的疾病标志物，鉴定疾病相关蛋白质作为早期临床诊断的工具，以及探索疾病的发病机制和治疗途径。
人类的许多疾病已经从蛋白质组学方向展开研究，并取得了一定的进展。
Lei等［9］通过2-DE和基质辅助激光解析电离飞行时间质谱等蛋白质组学相关技术对膀胱癌患者的尿蛋白进行分离鉴定，获得14个差异表达的蛋白质，这些差异表达的蛋白可能是诊断和检测膀胱癌的潜在尿标志物。
McKinney等［10］应用亚细胞蛋白质组学方法对原发性和转移性的4个胰腺癌细胞差异表达的蛋白质进行鉴定，有540个蛋白质是原发性癌细胞特异性的，487个具有转移部位癌细胞特异性。
通过统计学分析鉴定出134个显著性差异表达的蛋白质，可用于进一步研究以确定其在肿瘤发生和转移过程中的作用。
Tetaz等［11］应用尿蛋白质组学方法对肾移植后3个月获得的29个尿样进行分析，鉴定出18个预测慢性移植肾功能障碍（CAD）的生物标志物，其中8.860 kD的蛋白标志物在预测CAD方面具有最高的诊断性能。
这些生物标记物在肾移植后3个月即可检测出，最长可以鉴定出在移植后4年可能发生CAD的病人。
Brea 等［12］应用双向电泳联合质谱技术，对12例心源性脑栓塞症患者和12例粥样硬化血栓性梗死患者的血清蛋白进行差异比较，发现触珠蛋白相关蛋白和淀粉样蛋白A等蛋白质在粥样硬化血栓性梗死患者中的血清水平显著升高。
Wen等［13］对人类美洲锥虫病患者的血清蛋白质组学进行了研究，以探索其潜在的病理生理学机制。
通过MALDI-TOF MS/MS 对高丰度和低丰度锥虫病患者的血清蛋白进行分析，分别获得80和14个差异表达的蛋白质。
检测出的心脏相关蛋白和黏着斑蛋白与血纤维蛋白溶酶原的表达水平的增加为临床人类美洲锥虫病心肌损伤和发展的研究提供了一组比较全面的生物标志物。
生物技术通报Biotechnology Bulletin2014年第1期34Kikuchi等［14］首次应用标准的散弹蛋白质组学分析方法对非小细胞肺癌的两种主要亚型和正常肺组织进行了深入蛋白质组学分析，鉴定出许多新的可作为潜在诊断和治疗的分子标志物的差异表达蛋白。
3.2 蛋白质组学在遗传病学研究中的应用蛋白质组学在遗传病学中的应用主要是为了探索遗传病的发病机制，寻找用于遗传病的早期诊断的生物标记和特异性的药物靶点等。
常见的遗传病主要包括：单基因遗传病，多基因遗传病，线粒体遗传病及体细胞遗传病等。
Polprasert等［15］应用蛋白质组学方法对遗传性球形红细胞增多症（HS，单基因遗传病）的红细胞膜蛋白变化进行研究，分离鉴定出56个差异表达的蛋白质，通过蛋白质网络分析出包括细胞死亡，细胞循环及遗传性和血液性紊乱3个HS相关的重要网络，为进一步研究和了解HS相关的发病机制提供了参考。
Yang等［16］对阿尔茨海默病（多基因遗传病）模型大鼠的脑突触体进行了蛋白质组学分析，得到14种差异表达的蛋白质，通过MALDI-TOF MS鉴定出α-2-珠蛋白链和与细胞凋亡和信号转导有关的肽基脯氨酸反式异构酶A与丝切蛋白-1三种蛋白，这些差异表达的蛋白有助于对阿尔茨海默病发病机制的了解。