蛋白质组学操作规程蛋白质组学样品制备规程01P1
蛋白质组学操作规程蛋白质组学样品制备规程01P1
第一部分蛋白质组学操作规程一、蛋白质组学样品制备规程（01 ）P1. 双向电泳样品缓冲液选用的基本原则P3. 细胞样品制备（分步）操作规程P4. 细胞总蛋白提取操作规程P5. 螺旋藻组织蛋白质提取方法P6. 嗜热菌蛋白质提取方法P7. TCA- 丙酮沉淀法样品制备操作规程P9. 植物材料可溶性蛋白的双乙法制备流程P10. 动物细胞的样品制备P10. 动物组织的样品制备——胃P11. 肺癌组织样品制备P12. 食管癌样品制备P13. 羊绒/毛蛋白提取P13. 大鼠海马组织蛋白提取P14. 使用Cibacron Blue 3GA Agarose 去除小鼠血浆/血清中的白蛋白P15. E.Coli 样品制备方法P15. 微生物细胞样品制备操作规程P16. 去除血浆/血清中的白蛋白和Ig-GP17. 植物根蛋白提取方法P17. 2D-LC鼠肝样品shotgun消化实验路线P18. 小鼠肝组织蛋白质提取方法P18. 小鼠肝脏亚细胞器蛋白质提取方法（线粒体胞浆微粒体） P25. 人肝蛋白质组织提取方法P27. 人肝脏亚细胞器蛋白质提取方法（线粒体胞浆微粒体）P27. 丙酮丁醇菌蛋白质提取方法（选用嗜热菌蛋白质提取方法） P27. 嗜碱菌蛋白质提取方法（尚在摸索阶段）P27. 脑脊液蛋白质提取方法二、蛋白质定量标准操作规程（02 ）P1. 改良的Bradford 法测定蛋白质含量P3. Lowry 法（DC 试剂）测定蛋白质含量P5. Lowry 法测定蛋白质含量（自配试剂）P7. 安玛西亚定量试剂盒使用方法P8. 利用微板（96 孔板）定量测定蛋白质浓度P9. BIO-RAD PROTEIN ASSAY 使用方法P10. BCA Protein Assay Kit 使用操作规程三、蛋白质电泳及凝胶染色操作规程（03）P1. SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳P3. 固相pH 梯度-SDS 双向凝胶电泳实验操作程序P5. 平衡及SDS-PAGEP7. Western blotting Protocol（辣根标记ECL 显色方法碱性磷酸酶标记显色方法\DAB 等）P8. 考马斯亮蓝染色操作规程P8. 银染操作规程P10. ELISA 操作规程P12. 非变性聚丙烯跣胺蛋白质电泳操作方法P14. 梯度SDS-PAGE 的灌制及电泳四、图象分析软件操作规程（04）1. Phoretix 2D v2003.02 胶图分析软件操作规程2. Imagemaster platinum v5.0 操作指南.pdf五、蛋白质酶解操作规程（05）P1. 有还原烷基化蛋白质消化操作流程P2. 双向电泳考染点无还原烷基化胶内消化操作流程P3. 全蛋白溶液消化操作规程六、蛋白质组培训文档资料（06）1. 双向电泳培训班讲义（bio-rad ）2. 蛋白质电泳实验技术（书---郭绕军）3. GE 双向电泳中文手册七、实验仪器操作规范（07）P1. 超声波细胞破碎仪使用规范P1. 精密电子天平使用注意事项P2. 磁力搅拌器使用注意事项P2. PH 计使用注意事项P3. Ettan Dalt n System 操作规程（Amersham）P4. ETTAN DALT SIX 操作规程（Amersham）P6. 扫描仪使用规范P6. SE600 电泳系统操作规程（Amersham）P7. MINIVE 电泳系统操作规程（Amersham）P7. MP3 电泳系统操作规程（bio-rad）P8. Mp3 PROTEAN DODECA （7 厘米12道系统操作规程,bio-rad）P8. PROTEAN II XI 系统操作规程（bio-rad）P9. PROTEAN PLUS DODECA CELL 系统操作规程（bio-rad）P10. 国产制冰机使用方法P10. 国产恒温干燥箱使用方法P11. 国产脱色摇床使用方法P11. 干胶仪使用方法P11. 国产三孔水浴锅使用规范P11. 进口恒温水浴操作规程P12. HETO 冻干机操作规程P13. 小型低温离心机使用及保养程序八、肽质指纹图数据搜索操作规程（08）九、常用试剂配方表（09）1. 常用试剂配方表.xls2. 几种溶液的配制方法.doc十、质谱学实验方法（10）（1）Agilent LC-MSD 操作流程（01）（2）Autoflex tof 操作流程（02）（肽质指纹图数据搜索操作规程）（3）Ettan TOF 操作流程（03）（4）Finnigan LCQ 操作流程（04）（5）Ultraflex tof/tof 操作流程（05）（6）毛细管反相色谱柱制作流程（06）（7）柱效测试（07）Page 3 of 3。
使用质谱仪进行蛋白质组学研究的实验流程与建议
使用质谱仪进行蛋白质组学研究的实验流程与建议蛋白质组学是一门研究生物体内蛋白质的种类、结构和功能的重要科学领域。
质谱仪作为蛋白质组学研究的重要工具，能够通过分析蛋白质样本中的质谱数据，揭示蛋白质的组成和特性。
本文将介绍使用质谱仪进行蛋白质组学研究的实验流程，并提出一些建议。
1. 样品制备样品制备是蛋白质组学研究的第一步，其质量直接影响后续实验结果的准确性和可靠性。
在样品制备过程中，需要注意以下几点：a. 样品的来源：样品可以是细胞、组织或生物体液等，根据研究目的选择合适的样品来源。
b. 蛋白质提取：选择合适的蛋白质提取方法，确保提取得到高质量的蛋白质。
c. 蛋白质浓度测定：使用合适的方法测定蛋白质的浓度，以确保实验中使用的样品浓度一致。
2. 蛋白质分离蛋白质分离是质谱分析的关键步骤之一，常用的方法包括凝胶电泳、液相色谱等。
在进行蛋白质分离时，需要注意以下几点：a. 样品预处理：根据样品的特性选择合适的预处理方法，如还原、脱氧核糖核酸酶处理等。
b. 分离条件优化：根据样品的特性和研究目的，优化分离条件，如凝胶电泳的电压、电流和染色剂的选择等。
c. 蛋白质纯化：对分离得到的蛋白质进行纯化，去除杂质，提高质谱分析的准确性。
3. 质谱分析质谱分析是蛋白质组学研究的核心内容，包括质谱仪的选择、样品的制备和质谱数据的解析等。
在进行质谱分析时，需要注意以下几点：a. 质谱仪的选择：根据研究目的和实验需求选择合适的质谱仪，如质谱仪的分辨率、灵敏度和质谱图的分析软件等。
b. 样品的制备：根据质谱仪的要求，对样品进行适当的处理，如蛋白质的消化、衍生化等。
c. 质谱数据的解析：对质谱数据进行解析和鉴定，确定蛋白质的氨基酸序列、翻译后修饰等信息。
4. 数据分析与解释质谱数据的分析与解释是蛋白质组学研究的最后一步，它对于揭示蛋白质的功能和生物学意义至关重要。
在进行数据分析与解释时，需要注意以下几点：a. 数据的统计学分析：对质谱数据进行统计学分析，确定差异表达的蛋白质，寻找潜在的生物标志物。
蛋白质与蛋白质组学实验指南
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感谢支持！(Thank you for downloading and checking it out!)蛋白质与蛋白质组学实验指南一、蛋白质组学基础蛋白质组学是一门综合性学科，旨在研究生物体内所有蛋白质的结构、功能、表达调控以及相互作用。
蛋白质组学研究对于揭示生物学过程中的分子机制、疾病发生发展规律以及药物作用机理具有重要意义。
本文将从蛋白质组学概述、蛋白质组学研究方法以及蛋白质组学应用领域三个方面进行介绍。
蛋白质组学概述蛋白质组学是在基因组学、转录组学和翻译组学的基础上发展起来的，它研究的是生物体内所有蛋白质的表达、修饰、相互作用以及功能。
蛋白质组学的发展涉及到多个学科，如生物信息学、生物技术、生物物理学和分子生物学等。
蛋白质组学研究对象不仅包括蛋白质的结构和功能，还包括蛋白质的表达水平、翻译后修饰以及蛋白质之间的相互作用等。
蛋白质组学研究方法蛋白质组学研究方法主要包括蛋白质分离、蛋白质鉴定、蛋白质定量以及蛋白质功能分析等。
在蛋白质分离方面，常用的技术有凝胶渗透色谱、离子交换色谱、亲和色谱等。
蛋白质鉴定主要采用质谱技术，通过测定蛋白质的肽质量指纹图谱来识别蛋白质。
蛋白质定量方法有西方印迹法、定量PCR等。
此外，蛋白质组学还可以采用蛋白质芯片技术、蛋白质蛋白质相互作用网络分析等方法来研究蛋白质的功能。
蛋白质组学应用领域蛋白质组学在多个领域具有广泛的应用，包括疾病机理研究、药物研发、生物标志物发现、个性化医疗等。
在疾病机理研究中，蛋白质组学可以帮助研究者发现与疾病相关的蛋白质及其相互作用网络，从而揭示疾病的发生发展规律。
蛋白质谱样品制备指南
蛋白质谱样品制备指南英文回答：Protein sample preparation is a crucial step in proteomics research. It involves a series of procedures to extract, purify, and concentrate proteins from biological samples for further analysis by mass spectrometry. In this guide, I will provide you with a step-by-step approach to protein sample preparation.1. Sample Collection:The first step is to collect the biological sample, such as cells, tissues, or body fluids. It is essential to handle the samples carefully and ensure their integrity during collection to obtain reliable results. For example, when collecting blood samples, it is important to use sterile collection tubes and avoid hemolysis.2. Sample Lysis:After sample collection, the next step is to lyse the cells or tissues to release the proteins. This can be achieved by using lysis buffers containing detergents, protease inhibitors, and other additives. Gentle homogenization or sonication can also be employed to facilitate cell lysis. For instance, I typically use RIPA buffer supplemented with phenylmethylsulfonyl fluoride (PMSF) and phosphatase inhibitors to lyse cells.3. Protein Extraction:Once the cells or tissues are lysed, the proteins need to be extracted from the cellular debris and other contaminants. This can be accomplished by centrifugation at high speeds to pellet the insoluble material, followed by careful collection of the supernatant containing the soluble proteins. It is important to avoid contamination from DNA, RNA, or other interfering substances during this step. For example, I often perform a phenol-chloroform extraction to remove nucleic acids from my protein samples.4. Protein Quantification:After protein extraction, it is crucial to determinethe protein concentration accurately. This can be doneusing various methods such as the Bradford assay, bicinchoninic acid (BCA) assay, or spectrophotometry.Protein quantification allows for the normalization of sample loading in downstream analyses. For instance, I frequently use the BCA assay to quantify my protein samples.5. Protein Digestion:To analyze proteins by mass spectrometry, they need to be digested into smaller peptides. The most commonly used protease for this purpose is trypsin. The protein digestion is typically performed in a buffered solution at an appropriate temperature for several hours. It is importantto optimize the digestion conditions to achieve completeand reproducible digestion. For example, I usually digestmy proteins overnight at 37°C using a tryp sin-to-protein ratio of 1:50.6. Peptide Cleanup:After protein digestion, the resulting peptide mixture needs to be cleaned up to remove salts, detergents, and other contaminants. This can be achieved using solid-phase extraction (SPE) cartridges or other purification methods. It is important to ensure efficient peptide recovery and minimal sample loss during this step. For instance, I often use C18 SPE cartridges to purify my peptide samples.7. Sample Concentration:Finally, the purified peptides need to be concentrated to a suitable volume for mass spectrometry analysis. This can be done using techniques such as vacuum centrifugation or solid-phase extraction. The concentrated peptide sample is then ready for further downstream analysis, such as liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS). For example, I typically use vacuum centrifugation to concentrate my peptide samples.中文回答：蛋白质样品制备是蛋白质组学研究中至关重要的一步。
尿液蛋白质组 实验流程
尿液蛋白质组实验流程一、实验准备样本收集选择清洁无菌的尿液收集容器，避免样本被污染。
采集早晨第一次尿液样本，因其含有的蛋白质浓度较高，能更好地代表体内状态。
标记样本，记录收集时间和其他相关信息。
样本处理收集的尿液样本应立即处理，以防蛋白质降解。
样本处理步骤如下：将尿液样本离心，去除沉淀物和细胞碎片。
将上清液转移至干净的离心管中，进行冷冻保存。
保存温度通常为80℃。
处理样本时，应穿戴适当的防护装备，并在无菌条件下操作。
二、蛋白质提取样本解冻取出冷冻的尿液样本，放置于4℃冰箱中解冻。
解冻过程应缓慢进行，以避免蛋白质变性。
蛋白质沉淀通过加入适当的沉淀剂（如三氯乙酸、冰醋酸等），使尿液中的蛋白质沉淀。
常见的沉淀方法包括：加入沉淀剂后，充分混匀样本，通常在室温下静置一定时间。
通过离心分离沉淀的蛋白质，弃去上清液。
用适当的缓冲液洗涤沉淀物，以去除多余的沉淀剂。
蛋白质溶解将洗涤后的沉淀物重新溶解在适当的缓冲液中，通常使用含有去垢剂（如尿素、硫脲）的溶液，以帮助溶解蛋白质。
三、蛋白质定量与分离蛋白质定量使用比色法（如BCA法、Bradford法）测定蛋白质浓度。
定量方法的选择应根据实验需求和样本特性来决定。
蛋白质分离常用的蛋白质分离方法包括：SDSPAGE：用于初步分离蛋白质，评估样本中蛋白质的分子量范围。
液相色谱：例如反相色谱（RPHPLC）和离子交换色谱（IEC），用于进一步分离和纯化蛋白质。
四、蛋白质鉴定与分析蛋白质酶解将分离纯化后的蛋白质进行酶解，常用的酶有胰蛋白酶。
酶解过程如下：根据蛋白质的性质选择合适的酶解条件。
在适宜的温度和pH条件下进行酶解，通常在37℃的水浴中进行。
酶解完成后，将消化液进行冷冻保存，或立即进行下一步的分析。
质谱分析采用质谱（MS）技术进行蛋白质鉴定和定量。
常见的质谱方法包括：MALDITOF MS：用于蛋白质的质谱分析，适用于大分子蛋白质。
LCMS/MS：液相色谱联用质谱技术，适用于复杂样本的详细分析。
定量蛋白质组学操作步骤
定量蛋白质组学操作步骤1试剂配制裂解缓冲液：8M 尿素，PBS缓冲体系, pH8左右, 1 mM PMSF, 1 mM蛋白酶抑制剂cocktailBCA试剂盒用于测定蛋白浓度，平行测定三次胰蛋白酶（1 μg/μL，Promega质谱级）二硫苏糖醇（1M，用超纯水配制），碘乙酰胺（1M，用超纯水配制），三氟乙酸，乙腈注意：裂解缓冲液必须要有缓冲体系（PBS或者Tris-HCl），防止蛋白聚沉；8M尿素配制好后，避免长时间放置于室温，可存放在-20°或者现配先用。
2 蛋白提取（1）向细胞或者研磨好的组织中加入裂解缓冲液，PMSF用时现加，充分混匀；（2）超声裂解细胞及核酸，至溶液没有粘稠感，比较澄清；（3）于4°条件下以12000 rpm离心20-30 min，取上清；（4）用BCA试剂盒测定蛋白浓度，适当稀释蛋白，使得测定的浓度在标准曲线的线性范围之内，最终原始蛋白浓度应该在1 mg/mL以上；（5）取100-200 μg蛋白用于溶液内酶解。
3 溶液内酶解（1）将100-200 μg蛋白的体积，用含8M尿素的PBS将浓度调至1 mg/mL，即最终体积在100 μL-200 μL；（2）加入一定量的二硫苏糖醇，终浓度为5 mM，室温放置1 h；（3）加入一定量的碘乙酰胺，终浓度为12.5 mM，避光室温放置30 min以上；（4）将样品从黑暗环境中取出，室温不避光放置5-10 min，终止碘乙酰胺的反应；（5）缓慢的向样品中注入5倍体积的PBS，将尿素浓度稀释至1.5 M以下；（6）按照蛋白：胰蛋白酶=100:1的比例，加入胰蛋白酶酶，混匀后放置于37°，12-16 h；（7）2000×g离心，10 min，取上清；（8）加入0.4%的TFA，将pH调至2以下；（9）用Sep-Pak柱子（Waters）除盐；（10）干燥除盐后的样品。
注意：蛋白浓度不宜过大，否则后续处理中蛋白容易聚沉；一定要用含8M尿素的PBS调节蛋白浓度，并且该缓冲液中不用加入任何蛋白酶抑制剂，否则容易影响胰蛋白酶的酶解效率；二硫苏糖醇和碘乙酰胺的浓度不宜过大，加入的二硫苏糖醇和碘乙酰胺的体积应该不会样品的最终体积；加入胰蛋白酶前的稀释步骤，一定要缓慢加入PBS，否则容易沉淀，并且，在稀释时，有少许沉淀，不用离心，经过过夜的酶解，胰蛋白酶会将沉淀酶解成肽段；如果在稀释后有沉淀并且高速离心，会导致蛋白量受损，而且胰蛋白酶无法将这些沉淀酶解开；在用三氟乙酸终止酶解反应前，一定要2000×g离心，取上清再调节pH，否则之前的沉淀在调节pH时会导致更多的沉淀。
tmt定量蛋白质组学的操作流程
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蛋白质组学技术流程
蛋白质组学技术流程
蛋白质组学是研究蛋白质表达、结构、功能以及相互作用的学科,它是基因组学的延伸和补充。
蛋白质组学技术广泛应用于疾病诊断、药物研发、农业育种等领域。
下面是蛋白质组学的典型技术流程: 1. 样品制备
- 从生物体(如细胞、组织、血液等)中提取蛋白质
- 去除污染物并使用适当的缓冲液溶解蛋白质
2. 蛋白质分离
- 基于蛋白质的大小、电荷、疏水性等理化性质进行分离
- 常用技术包括二维凝胶电泳(2D-GE)和液相色谱(LC)
3. 蛋白质鉴定
- 利用质谱技术(如基质辅助激光解吸/离子化飞行时间质谱、液质联用等)测定蛋白质的分子量和氨基酸序列
- 通过搜索蛋白质数据库鉴定蛋白质
4. 生物信息学分析
- 利用生物信息学工具对鉴定的蛋白质进行功能注释
- 分析蛋白质的结构域、修饰位点、亚细胞定位等信息
- 构建蛋白质相互作用网络
5. 数据整合与解释
- 整合不同实验条件下的蛋白质数据
- 鉴定差异表达的蛋白质及其功能
- 提出生物学假设并进行验证
蛋白质组学技术与基因组学、代谢组学等组学技术相结合,有助于全面理解生命过程中的分子机制,为疾病诊断和治疗提供新的思路。
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第一部分蛋白质组学操作规程
一、蛋白质组学样品制备规程（01）
P1. 双向电泳样品缓冲液选用的基本原则
P3. 细胞样品制备（分步）操作规程
P4. 细胞总蛋白提取操作规程
P5. 螺旋藻组织蛋白质提取方法
P6. 嗜热菌蛋白质提取方法
P7. TCA-丙酮沉淀法样品制备操作规程
P9. 植物材料可溶性蛋白的双乙法制备流程
P10. 动物细胞的样品制备
P10. 动物组织的样品制备——胃
P11. 肺癌组织样品制备
P12. 食管癌样品制备
P13. 羊绒/毛蛋白提取
P13. 大鼠海马组织蛋白提取
P14. 使用Cibacron Blue 3GA Agarose去除小鼠血浆/血清中的白蛋白P15. E.Coli样品制备方法
P15. 微生物细胞样品制备操作规程
P16. 去除血浆/血清中的白蛋白和Ig-G
P17. 植物根蛋白提取方法
P17. 2D-LC鼠肝样品shotgun消化实验路线
P18. 小鼠肝组织蛋白质提取方法
P18. 小鼠肝脏亚细胞器蛋白质提取方法( 线粒体\胞浆\微粒体)
P25. 人肝蛋白质组织提取方法
P27. 人肝脏亚细胞器蛋白质提取方法( 线粒体\胞浆\微粒体)
P27. 丙酮丁醇菌蛋白质提取方法(选用嗜热菌蛋白质提取方法)
P27. 嗜碱菌蛋白质提取方法(尚在摸索阶段)
P27. 脑脊液蛋白质提取方法
二、蛋白质定量标准操作规程（02）
P1. 改良的Bradford法测定蛋白质含量
P3. Lowry法（DC试剂）测定蛋白质含量
P5. Lowry法测定蛋白质含量(自配试剂)
P7. 安玛西亚定量试剂盒使用方法
P8. 利用微板（96孔板）定量测定蛋白质浓度
P9. BIO-RAD PROTEIN ASSAY 使用方法
P10. BCA Protein Assay Kit 使用操作规程
三、蛋白质电泳及凝胶染色操作规程（03）
P1. SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳
P3. 固相pH梯度-SDS双向凝胶电泳实验操作程序
P5. 平衡及SDS-PAGE
P7. Western blotting Protocol(辣根标记ECL显色方法\碱性磷酸酶标记显色方法\DAB等) P8. 考马斯亮蓝染色操作规程
P8. 银染操作规程
P10. ELISA操作规程
P12. 非变性聚丙烯跣胺蛋白质电泳操作方法
P14. 梯度SDS-PAGE的灌制及电泳
四、图象分析软件操作规程（04）
1. Phoretix 2D v2003.02胶图分析软件操作规程
2. Imagemaster platinum v5.0 操作指南.pdf
五、蛋白质酶解操作规程（05）
P1. 有还原烷基化蛋白质消化操作流程
P2. 双向电泳考染点无还原烷基化胶内消化操作流程
P3. 全蛋白溶液消化操作规程
六、蛋白质组培训文档资料（06）
1. 双向电泳培训班讲义（bio-rad）
2. 蛋白质电泳实验技术(书---郭绕军)
3. GE双向电泳中文手册
七、实验仪器操作规范（07）
P1. 超声波细胞破碎仪使用规范
P1. 精密电子天平使用注意事项
P2. 磁力搅拌器使用注意事项
P2. PH计使用注意事项
P3. Ettan Dalt ⅡSystem 操作规程(Amersham)
P4. ETTAN DALT SIX 操作规程(Amersham)
P6. 扫描仪使用规范
P6. SE600 电泳系统操作规程(Amersham)
P7. MINIVE电泳系统操作规程(Amersham)
P7. MP3电泳系统操作规程(bio-rad)
P8. Mp3 PROTEAN DODECA (7厘米12道系统操作规程,bio-rad)
P8. PROTEAN II XI 系统操作规程(bio-rad)
P9. PROTEAN PLUS DODECA CELL 系统操作规程(bio-rad)
P10. 国产制冰机使用方法
P10. 国产恒温干燥箱使用方法
P11. 国产脱色摇床使用方法
P11. 干胶仪使用方法
P11. 国产三孔水浴锅使用规范
P11. 进口恒温水浴操作规程
P12. HETO冻干机操作规程
P13. 小型低温离心机使用及保养程序
八、肽质指纹图数据搜索操作规程（08）
九、常用试剂配方表（09）
1. 常用试剂配方表.xls
2. 几种溶液的配制方法.doc
十、质谱学实验方法（10）
（1）Agilent LC-MSD 操作流程（01）
（2）Autoflex tof 操作流程（02）（肽质指纹图数据搜索操作规程）（3）Ettan TOF 操作流程（03）
（4）Finnigan LCQ 操作流程（04）
（5）Ultraflex tof/tof 操作流程（05）
（6）毛细管反相色谱柱制作流程（06）
（7）柱效测试（07）。