ChembioOffice-软件的操作与使用

执行【Structure】/【Predict 1H-NMR-Shift】菜单命令
分别执行【View】/【Show Analysis Window】和 【View】/【Show Chemical Properties Window】 菜单命令
执行【View】/【Show Period Table Window】 菜单命令，并可以得到 该元素的物理性质
2.2
2.2.1 概述
ChemDraw的使用
2.2.2 化学结构绘图 2.2.3 ChemNMR-核磁谱的计算 2.2.4 ChemProp-分子物理化学性质计算和标准 命名
2.2.5 原子轨道和分子轨道图的制作
2.2.1 概述
ChemDraw奉行的理念是： 化学家能懂的， ChemDraw也应该能懂
关键在于第五个碳原子的向下方 向的键，为了避免与其他键交叉 需要按住Alt键再绘制。接着选中 整个图形，按住Shift键进行缩放 （不对称缩放），把高度缩小至 50%，用文本输入工具输入相应 的基团，再用楔键工具修改即可
使用单键工具按 住Alt键绘制，适 当减少长度以免 与下面的键接触
绘制这个图形使用单键、文本、楔键
执行【Structure】/【Clean Up Structure】菜单命令，整理图形 到最佳状态。
OH
aspirin
图形存盘 ChemDraw文件的扩展名为“cdx”，执行 【File】/【Save As】菜单命令，即可保存。
图形的旋转与缩放 检查结构错误和整理结构式
执行【Structure】/Check Structure】功能自动执行 执行【Structure】/【Convert Name to Structure】菜单命令 如aspirin、EDTA、morphine、 2-acetoxybenzoic acid等
箭头、轨道、绘图元素、括弧、 化学符号、询问工具模板 氨基酸模板 芳香族、双环、生物艺术模板 玻璃仪器模板 构象异构体模板 环戊二烯、环烷模板 DNA、RNA模板
超分子模板
绘图实例
绘制阿司匹林结构式
O
利用模板按左图绘制出简式；
O
O
单击选取框按钮，选中画好的 阿司匹林结构式；
绘制实验装置图
执行【View】/【Other Toolbars】/ 【Clipware，Part1或Part2】菜单命令 可以用磨口玻璃仪器接插件迅速搭 建化学反应装置
2.2.4 ChemProp—— 分子物理化学性质计算和标准命名
7.2.5 原子轨道图与分子轨道图的制作
ChemDraw绘制轨道的方法是使用轨道绘制工具箱，这 个工具箱能够绘制s轨道、σ轨道、单瓣轨道、p轨道、 杂化轨道、d轨道和dz2轨道。每种轨道都包括有三种填 充类型：背景色、阴影和纯色，具体的颜色则可以自己 设置。下图是一个例子：
第二个图形是使用Object 菜单的ShowStereochemistry 命令建立的 第三个图形是第二个图 形水平反转的结构
第四个图形是第三 个图形垂直旋转180度 的结果
为了出现Rotate180 Vertical，这个菜单项 需要同时按住Alt键
2.2.3 ChemNMR-核磁谱的计算
以乙烯为例，首先使用文本输入工具输入分子式CH 2CH 2， 则会自动生成3D的乙烯分子，然后使用Analyze菜单的 Extended Huckel Surfaces功能，再使用View菜单的Molecular Orbitals（显示各种分子轨道），出现对话框后可以选择显示 HOMO还是LUMO，根据参数的不同产生的轨道形状不同， 还可以选择不同的表面显示效果。
第二章 化学编辑排版和分子模 拟计算
第二章 化学编辑排版和分子模 拟计算
化学办公软件
第二部分 ChembioOffice 软件 的使用
2. 1 简 介 2. 2 ChemDraw的使用 2. 3 Chem3D的使用 2. 4 ChemFinder的使用
分子式和结构式是化学家的语言
目录
主要内容
第一部分：化学结构绘制软件ChemWin 1. ChemWin简介 2.键、环、箭头箭头工具 3.编辑工具、原子标记、轨道、组合工具、菜单命令等 第二部分：集成化学软件桌面系统ChemOffice 1. Chem Draw 2.Chem 3D 3.ChemFinder 第三部分：数学公式及长篇文章排版 1.Mathtype 2.长篇文章排版
2.1 简介
美国剑桥(CambridgeSoft)公司() 其最新版本ChemOffice Ultra 2010是目前世界上最优秀、最 重要和最权威的桌面化学办公应用软件，集强大的应用功能 于一身，为化学工作者提供了优秀的化学辅助系统。 它既可以轻松的绘出分子结构图和化学反应方程式、实验
模型窗口 旋转柄 旋转柄
建立3D模型的方法 利用键工具建立
线状模型 棒状模型 球棍模型 圆柱键模型 比例模型
利用文本工具建立
使用子结构建立 使用模板建立
ChemDraw结构式与3D模型间的转换
ChemDraw结构式转换为3D模型 选中结构式，复制到3D窗口中，自动转变成3D模型。 直接打开ChemDraw文件 在3D窗口中执行【File】/【Open】菜单命令，在【文件类 型】窗口中选中“ChemDraw（*.cdx,*chm）”类型，单击 “打开”按钮打开文件。 3D模型转换为平面结构式 选中3D模型，执行【Edit】/【Copy As】/【chemDraw Structure】菜单命令，复制该模型粘贴到ChemDraw窗口中。
根据化合物名称得到结构式
根据结构得出化合物命名 预测核磁共振化学位移 分子结构估计性质 元素周期表
符号、字体和颜色
快捷菜单和快捷键 绘制化学反应式 绘制实验装置
2.2.2 结构绘制功能
1. 简单的无机反应式和有机分子式
ChemDraw中可以一次性输入反应式文本，在应用 “Formula” 进行优化，其Formula格式化的智能程度较其他软件有所增 强。
2. 3 Chem3D的使用
Chem3D是与ChemDraw配合使用的软件，主要是为了打开三维结构， 再使用各种量子化学软件计算和预测该结构的各种性质。 它能很好地同ChemDraw一起协同工作，ChemDraw上画出的二维结构 式可以正确地自动转换为三维结构，
旋转柄
垂直工具栏
Chem3D中α-D-葡萄 糖的显示效果图
主
菜单栏
结构工具栏
主工具栏
格式栏
界
面
模板工具栏
绘图区
状态 波浪键 表格 长链 环丙烷环 环戊烷环 环庚烷环 环己烷椅式 环戊二烯环
14
蓬罩 橡皮 文本 笔 箭头 轨道 绘图元素 基元 化学符号 弧形 原子反应 模板 环丁烷环 环己烷环 环辛烷环 环己烷椅式 苯环
整理结构与简单优化
执行【Edit】/【Select All】菜单 命令，将模型全部选中； 执行【Tools】/【Clean Up Structure】菜单命令，整理结构 执行【MM2】/【Minimize】菜 单命令，弹出【Minimize Energy】对话框。 单击RUN按钮开始对模型进行 优化，最终给出能量最低状态。
O H2N CH CH2 C OH
N NH
H OH H HO H H OH OH OH H O
HO H
H
O
H
OH H HO H OH OH
模 板
垂直工具栏上的【模板】按钮包含了常 用的和重要的模板如多种较复杂的分子 种类和玻璃仪器模板 官能团模板 己糖模板 苯环模板 多面体模板 立构中心模板
单键工具
文本 工具
这根直线其实是五个单键连起来的
2. Haworth（霍沃思）投影式
下图为α-D-葡萄糖的Haworth投影式
首先建立一个六元环（环己烷），选中六元环并旋转90度（用鼠标或 Object菜单的Rotate命令），用文本输入工具把六元环中的一个碳原子变 为氧原子，然后使用单键工具栏建立其他化学键。
显示3D模型信息
将鼠标移动至3D模型的原子上，会弹出一个窗口显示该 原子的相关信息； 将鼠标移动至3D模型的化学键上，会弹出一个窗口显示 该化学键的相关信息，包括键长、键级等。 按住【Shift】键不动，用鼠标顺序选中连续的3个原 子，然后将鼠标停留在任一个原子上，即可显示这3个 原子形成的键角； 要显示更详细的信息，可执行【Analyze】/【Show Measurements】/【Show Bond Lengths】菜单命令
下图是选择LUMO（N=7）的显示效果
2. 4 ChemFinder的使用
2.4.1 概述
ChemFinder是一个智能型的快速化学搜寻引擎，所提 供的ChemInfo是目前世界上最丰富的数据库之一，他可以 从本机或网上搜寻分子结构文件。 根据结构式检索 根据分子式检索
根据化学名称检索
ChemDraw提供了核磁位移的估计计算，可以在 选定分子后在Estimate菜单选择1H NMR Shift或1C NMR Shift，相应给出分子各个H或C的位移。列表 给出详细资料：
心血管药物心得安 （propranolol）
执行【Structure】/【Predict 13C-NMR-Shift】菜单命令
根据相对分子量检索 使用化学反应数据库 查找免费网络资源
2.4.2 根据结构式检索
ChemFinder自带多个数据库，其扩展名为 “sfw” 启动ChemFinder 打开对话框，其中包括3个选项卡，单击 【Existing】选项卡 单击选中“CS_DEMO”数据库，单击“打 开”按钮
等工具和对象的旋转、缩放等操作
3. Newman（纽曼）投影式