第4章 化学软件ChemOffice
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化学软件chemoffice安装和基本教程
➢改变元素:
双击需要改变元素符号的原子，弹出输入框，输入元素符号，按回车 键完成原子序号的更改。若原子的三维结构中显示孤对电子，执行关闭 “Tools”菜单中的“Show H’s ans Lp’s”命令，可不显示氢原子和孤对电子。
ChemDraw结构式与3D模型的转换
（1）ChemDraw结构式转换为3D模型 （2）3D模型转换为平面结构式
化学物质检索方法
“ChemFinder”对话框
图 4-40分子结构信息对话框
请按
化学反应的检索
查找免费网络资源
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分子模型及仿真软件Chem3D
主界面
3D模型绘制与编辑
（1）利用键工具建立模型 （2）利用文本工具建立模型
（3）利用子结构建立3D模型
子结构模型库
使用模板建立3D模型
利用模板建立富勒烯 3D模型
改变元素序号与替换元素 ➢ 改变元素序号:
首先选中模型。执行“Edit”菜单中的“Select All”命令或ctrl + A快捷键； 然后整理结构，执行“Tools”菜单中的“Clean Up Structure”菜单命令。 使用垂直工具栏中 的工具，双击需要改变序号的原子，弹出输入框， 输入原子序号，按回车键完成原子序号的更改。
结构式 名称
(2) 结构式名称
预测核磁共振化学位移（structure---predict 1H-NMR shifts）
Structure—predict 1H-NMR shifts
分析结构估计性质
（3）化学反应方程式绘制举例
OH
(CH3CO)2 70°C80°C 15min水浴
COOH
OOCCH3 COOH
➢环己烷的椅式构型直接点击为水平放置，按Shift键点 击可由水平变为垂直。
双击需要改变元素符号的原子，弹出输入框，输入元素符号，按回车 键完成原子序号的更改。若原子的三维结构中显示孤对电子，执行关闭 “Tools”菜单中的“Show H’s ans Lp’s”命令，可不显示氢原子和孤对电子。
ChemDraw结构式与3D模型的转换
（1）ChemDraw结构式转换为3D模型 （2）3D模型转换为平面结构式
化学物质检索方法
“ChemFinder”对话框
图 4-40分子结构信息对话框
请按
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分子模型及仿真软件Chem3D
主界面
3D模型绘制与编辑
（1）利用键工具建立模型 （2）利用文本工具建立模型
（3）利用子结构建立3D模型
子结构模型库
使用模板建立3D模型
利用模板建立富勒烯 3D模型
改变元素序号与替换元素 ➢ 改变元素序号:
首先选中模型。执行“Edit”菜单中的“Select All”命令或ctrl + A快捷键； 然后整理结构，执行“Tools”菜单中的“Clean Up Structure”菜单命令。 使用垂直工具栏中 的工具，双击需要改变序号的原子，弹出输入框， 输入原子序号，按回车键完成原子序号的更改。
结构式 名称
(2) 结构式名称
预测核磁共振化学位移（structure---predict 1H-NMR shifts）
Structure—predict 1H-NMR shifts
分析结构估计性质
（3）化学反应方程式绘制举例
OH
(CH3CO)2 70°C80°C 15min水浴
COOH
OOCCH3 COOH
➢环己烷的椅式构型直接点击为水平放置，按Shift键点 击可由水平变为垂直。
Office软件在化学化工中的应用
会严重变形。 比较有效的图象格式: JPEG压缩 格式 扫描图的修饰：用附件的画图程序 照片的修饰：用PhotoShop修饰。
矢量图
图像
（5）插入“书签”，设置“超级链接”
书签： 执行“插入/书签”命令，在文件当前光标位置给以名字
超级链接： 定义一个对象（一段文字或图象等），执行“插入/超级链 接”，可以链接到互连网网址、电子邮件、本地硬盘的其他 文件、当前文件的书签处。
目的：实现跳转
（6）特殊格式处理
自动编辑目录 节的使用：编辑页眉、页码
作业或上机题
1 造出化学上常用的标准态符号 和反应符号 等，并用区位码输入该字。
2．输入如下规范的内容
(p+na2/V2)(V-nb)=nRT，E=10V，p=101.325kPa
多水盐 CuSO4.5H2O H2(g) + O2(g) →H2O (l) 3. 用公式编辑器输入如下规范的文字
（3）可将其它各种软件制作好的流程图粘 贴到WORD文档。
流程图制作中的小技巧
1、在图形绘制过程中，常常需要进行一些大小和位置的移 动，选中要移动的目标，然后按住Ctrl，再按上下左右 移动键进行移动，可以将选中的目标移到合适位置。
2、图中的一些文字标注，可利用插入文本框，将文本框移 到合适位置，并设置文本框为透明、无线条的颜色。
为d；若输入的大写D，则为D。若装入多种字体，就可实 现多种字符的输入。具体见下表。
1 a b c d e f g h I j k l mn o p q r s t u v wx y z 2 d 3 D *1．Times New Roman 字体， 2. Symbol 字体 ， 3. 大写的 Symbol 字体
3、图绘制及表注完成后，利用选择对象功能，选中全图及 表注，点击绘图（R）选择组合，将图作为一个整体， 有利于以后的排版工作。
矢量图
图像
（5）插入“书签”，设置“超级链接”
书签： 执行“插入/书签”命令，在文件当前光标位置给以名字
超级链接： 定义一个对象（一段文字或图象等），执行“插入/超级链 接”，可以链接到互连网网址、电子邮件、本地硬盘的其他 文件、当前文件的书签处。
目的：实现跳转
（6）特殊格式处理
自动编辑目录 节的使用：编辑页眉、页码
作业或上机题
1 造出化学上常用的标准态符号 和反应符号 等，并用区位码输入该字。
2．输入如下规范的内容
(p+na2/V2)(V-nb)=nRT，E=10V，p=101.325kPa
多水盐 CuSO4.5H2O H2(g) + O2(g) →H2O (l) 3. 用公式编辑器输入如下规范的文字
（3）可将其它各种软件制作好的流程图粘 贴到WORD文档。
流程图制作中的小技巧
1、在图形绘制过程中，常常需要进行一些大小和位置的移 动，选中要移动的目标，然后按住Ctrl，再按上下左右 移动键进行移动，可以将选中的目标移到合适位置。
2、图中的一些文字标注，可利用插入文本框，将文本框移 到合适位置，并设置文本框为透明、无线条的颜色。
为d；若输入的大写D，则为D。若装入多种字体，就可实 现多种字符的输入。具体见下表。
1 a b c d e f g h I j k l mn o p q r s t u v wx y z 2 d 3 D *1．Times New Roman 字体， 2. Symbol 字体 ， 3. 大写的 Symbol 字体
3、图绘制及表注完成后，利用选择对象功能，选中全图及 表注，点击绘图（R）选择组合，将图作为一个整体， 有利于以后的排版工作。
理论课9-ChemOffice
9
Multiple Bonds 多键
箭头 Arrows
轨道 Orbitals
括号 Brackets
绘图元素 Drawing Elements
化学符号 Chemical Symbols
模板 Templates 查询工具 Query Tools
10
氨基酸模板工具 芳香化合物模板工具 双环模板工具 生物模板工具 玻璃仪器模板工具(I) 玻璃仪器模板工具(II) 构象异构体模板工具
ChemNMR：预测13C和1H的NMR光谱， 节省实验的花费
ChemProp：预测BP、MP、临界温度、 临界气压、吉布斯自由能、logP、折 射率、热结构等性质
ChemSpec：可让输入JCAMP及SPC频 谱资料，用以比较ChemNMR预测的结果
ClipArt：高品质的实验室玻璃仪器图库。 Name=Struct：输入IUPAC化学名称后就可自动产生ChemDraw结构
Chemoffice主要包括 ChemDraw Ultra 化学结构绘图 Chem3D Ultra 分子模型及仿真 ChemFinder 化学信息搜索整合
2
1.1 ChemDraw Ultra
ChemDraw 是世界上最受欢迎的化学结构绘图软件，是各论文期 刊指定的格式。内置功能有：
AutoNom：可自动依照IUPAC的标准 命名化学结构
9 MDL MolFile (*.mol)：MolFile文件格式用于其它一些在Windows、Macintosh和Unix环境下的化学
12
12 MSI ChemNote(*.msm)：一种ASCII文本文件，可以用于像ChemNote一类的应用程序 13 SMD 4.2 (*.smd) ：ASCII文本文件，用于检索化学文摘数据库 14 Windows Metafile(*.wmf)：图片文件格式，将ChemDraw图片传输到其它应用程序中。
化学绘图软件Chemoffice
1
第一节 Chemoffice
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1 Chem3D 是一个用于设计化学模型的应用 软件，它是一个简单易用的图形界面和界 面脚本将构建、分析、计算工具融于一体。 将二维平面的有机分子结构图形转化成三 维的空间结构，在分子和原子水平上模拟 和分析分子的立体构象是Chem3D的一大 特点。此外Chem3D还提供一些辅助的计 算工具，例如优化模型，构象搜索、分子 动力学和计算分子的单点能量等。
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Chemoffice是美国CambridgeSoft公司 出的重要产品之一，ChemOffice 是世界 上最优秀的桌面化学软件，集强大的应用功 能于一身，为您提供了优秀的化学辅助系统， 使您的研究工作达到一个新的高度。 ChemOffice Ultra 包括 ChemDraw Ultra 化学 结构绘图、Chem3D Ultra 分子模型及仿真、 ChemFinder Ultra 化学信息搜寻整合系统等 一系列完整的软件。可以将化合物名称直接 转为结构图，省去绘图的麻烦。
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6
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二 工作界面 1 标题栏 2 菜单栏 3 工具栏
7
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三 文件的基本操作 1 新建文件 2 打开文件 3 保存文件
8
第四节 自定义Chem3D的工作界面
1 页面参数的设置 files→Preferences 2 文档的设置 files→Model Setting 3 工具条的现实与隐藏 View → Toolbars
14
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5 使用绘图模板绘制
1 files→Sample Files→Inorganic
操作简易的化学画图软件ChemWindow
操作简易的化学画图软件ChemWindow初步认识ChenWindow一.ChemWindow简介：ChemWindow是一个能绘出各种结构和形状的化学分子结构及化学图形软件。
是Soft shell Intern.Ltd.于1989年推出的产品, 较新版本为6.0 版。
原版为英文版,但因为在我国化学界较为有名,所以部分版本为中文版.用户可以根据需要下载相应版本. ChemWindow为免费软件,可在Internet 上相关网站下载,可运行于Microsoft Windows 9X \ 2000 \ XP 版下。
这里主要介绍ChemWindow 6.0版本。
ChemWindow 6.0 与旧版本相比有很大的扩展,包括:⑪绘画分子结构。
⑫化学反应式和化学实验装置;光谱曲线处理。
⑬SymApps 6.0 三维立体化学和点群计算。
二.下载与安装Chemwindow 6. 0 标准版在中国化学软件网( ) 及中国化学化工网() 上都能搜索到。
程序软件包下载后,双击Chemwindow 图标进行安装, 然后进入标准Windows 程序安装向导,依次按向导提示,点击按钮将文件安装到缺省目录下,并在“开始”菜单或桌面上建立的快捷方式图标。
三.启动和设置⑪启动安装后的Chemwindow 6.0 可以在“开始”菜单的“程序”项中点击启动,也可以直接从桌面上双击Chemwindow 图标。
⑫设置在Chemwindow 6.0 的程序界面是标准的Win98 窗口,可以方便地对所绘图形进行预定设置。
打开“View”菜单,点击相关的工具条,即在界面上弹出工具按钮,在绘制分子结构时,直接点出相应按钮即可得到随心所欲的结构式,十分方便、友好。
四.功能ChemWindow 6.0 主要有4 个功能模块组成:[1] 分子结构绘制,包括化学键绘制、各种环结构绘制、化学反应机理的表示、相应文字说明、电子云表示等功能;[2] 化学实验装置图绘制,包括各种接口的玻璃仪器的图形模板;[3] 化工工艺流程图绘制,具有各类化工设备的示意图形库;[4] 提供大量的各种复杂分子结构通用模板,直接提取应用。
化学软件 ChemOffice 的使用
蓬罩 橡皮 文本 笔 箭头 轨道 绘图元素 基元 化学符号 弧形 原子反应 模板 环丁烷环 环己烷环 环辛烷环 环己烷椅式 苯环
ChemDraw——工具 键工具
模板工具
8
箭头工具
轨道工具
画图工具
基元工具符号工具Leabharlann 弧形工具原子反应工具
键及元素文本属性的设置
4. ChemDraw——主要操作
主要绘制一些结构式、反应方程式、搭建化学反应仪器等。
13CNMR预测
13CNMR预测结果
部分预测结果
四、绘制化学反应方程式：
化学反应方程式的绘制
四、搭建实验装置：
化学软件 ChemOffice 的使用
2013/09/24
主要内容
1
Chemoffice 的概述
2
ChemDraw 介绍及操作
ChemDraw 的界面
ChemDraw 的工具
ChemDraw 主要操作
1. ChemOffice 概述
ChemOffice 软件是由剑桥化学软件公司开发的集成化学软件桌面系 统，集成了Chem3D、ChemDraw、ChemFinder 和 ChemInfo，以及Chem TableEditor等软件，具有强大的高端开发功能。
➢ ChemDraw Ultra 11.0 化学结构绘图 ➢ Chem3D Ultra 11.0 分子模型及仿真 ➢ ChemFinder Pro11.0 化学信息搜寻整合系统 ➢ E2Notebook Ultra11.0 ➢ BioAssay Pro11.0 ➢ 量化软件MOPAC、Gaussian 和GAMESS 的界面 ➢ ChemSAR Server Exce ➢ ClogP，CombiChemPExcel
介绍一个实用的化学绘图软件Chemwindow
介绍一个实用的化学绘图软件—Chemwindow随着电子计算机应用的不断发展与普及，各行各业对软件的要求也不断地增加。
对于一个非计算机专业的用户来说就是如何选择与获得最好的软件为自己的生活和工作带来便利。
作为化学教学或科研工作者，以往常常为画出标准的各式各样的化学分子结构式及化学图形而费不少心机。
而在微机不断普及的今天，如能用一化学软件来完成此项工作，无疑将会给自己的科研和工作带来事半功倍的效果。
Chemwindow软件正是解决此问题的有力工具。
ChemWindow 由Softshell Intern.Ltd.1989年推出首版，到1993年发行了3.0版。
该软件主要功能是能绘出各种结构和形状的化学分子结构式及化学图形，具有一般其它绘图软件所不具备的化学分子图形编辑功能。
ChemWindow运行于Microsoft Windows95或3.x版下，由于Windows环境下具有的友好用户界面和便利的切换功能，使得其资料可共享于各软件之间。
一、ChemWindow软件的特点及功能该软件具有快速便捷的操作工具、用来画分子图形的各种常用操作均用图标示于工具箱中，不必记忆任何操作口令，亦不必采用下拉式菜单(虽然也配有此功能）。
如对分子图形的组合、水平、垂直翻转及任意角度旋转等操作直接从工具箱中用鼠标点相应图标即可完成。
该软件还提供了大量画分子式或分子图形所需的各种“散装元件”，如各种类型的化学键、分子母环（从三元到八元环，包括六元环的船式和椅式构型）、化学分子轨道、圆电荷、球（椭球）等。
在模板工具中存储有大量常用的杂环、稠环供选择。
使用户在使用过程中变得象小孩子玩积木那样简单，在3.0版中具有丰富的图形屏幕显示，对图形不同部分可用不同的颜色进行显示。
该软件另一大特点就是强大的分子图形编辑功能。
对分子图形可进行组合，分块处埋，即可将许多物体结合成一个物体进行处理，或将一个物体分解成许多部分，使得在编辑时可根据需要用不同的方式来编辑。
画图软件Chemwindow使用课件
出高质量的化学结构图形。因而，为化学出版物、
构图形、３Ｄ转换以及基本的分子模型等。
Chemwindow软件应用十分广泛，它具有以下主 要特点：
１.构建分子图形的各种常用操作均以图标的形式
放置于工具箱中，不必记忆任何操作口令，也不
必采用下拉菜单式菜单（虽然也配有此功能）；
２.提供了大量构建分子式、分子图形、化学仪器
2. 利用连接工具构建乙烷的构型
3. 利用连接工具构建D-(+)-葡萄糖 4. 利用基本工具构建1，3-己二烯-5-炔
5. 构建环形分子结构
6. 构建维生素A的结构
7. 完成MS分裂（拆分）
8. 利用模板工具构建二苯并-18-冠-6分子
9. 利用基本工具构建下列位能曲线图（见左下图）
10. 按照杂化轨道理论，苯分子中六个碳原子都是
图形和化学反应装置图所需的各种模板，供用户
选择；
３.具有强大的分子图形编辑功能；
４. 有相应的３Ｄ软件，可以清晰美观地表现所
绘制的分子式的三维构型；
５. 可以计算分子点群和特征表，显示出构建分
子的对称元素；
６. 利用插件，还可以进行光谱数据的分析。
Chemwindow界面结构
Chemwindow软件最大的特点就是界面结构简单， 包括文件窗口和绘图窗口两大部分，文件窗口包
sp2杂化，键角为1200，每个碳还有一个垂直于s平面
的p轨道，请构建出苯的分子轨道。（见右上图）
11. 请构建出HCl分子的电子式
12. 请为下面的溴代烷烃的C添加标签
Chemwindow图库的调用
C：\Program Files\Bio-Rad Laboratories\ChemWin\Libraries
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•文件命令对话框
图4-4 文件命令的对话框
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（2）
主 工 具 图 标 板
图 4-5主工具图标板
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4.3分子模型及仿真软件Chem3D
4.3.1 主界面
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4.1概述
ChemOffice软件是由剑桥化学软件公司开发的集成化 学软件桌面系统，集成了Chem3D、ChemDraw、 ChemFinder和ChemInfo，以及Chem TableEditor等软件， 具有强大的高端开发功能。 ChemDraw Ultra 8.0 化学结构绘图 Chem3D Ultra 8.0 分子模型及仿真 ChemFinder Pro8.0 化学信息搜寻整合系统 E2Notebook Ultra8.0 BioAssay Pro8.0 量化软件MOPAC、Gaussian 和GAMESS 的界面 ChemSAR Server Exce ClogP，CombiChemPExcel
双击需要改变元素符号的原子，弹出输入框，输入元素符号，按回车 键完成原子序号的更改。若原子的三维结构中显示孤对电子，执行关闭 “Tools”菜单中的“Show H’s ans Lp’s”命令，可不显示氢原子和孤对电子。
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4.3.2 3D模型绘制与编辑
（1）利用键工具建立模型 （2）利用文本工具建立模型
图 4-26胡萝卜素立体分子模型
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（3）利用子结构建立3D模型
子结构模型库
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•结构的复制及旋转
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• 两个结构的连接
连接前的胡萝卜素结构
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辑、翻转、旋转、缩放、存储、复制、粘贴等多种操作。 用它绘制的图形 可以直接复制粘贴到Word 软件中使用。 最新版本的软件还可以生成分子模型、建立和管理化学信 息库、增加了光谱化学工具等功能。
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OH
OOCCH3
(CH3CO)2 70° C80° 15min水浴 C
COOH COOH
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图4-18复制修改得到的乙酰水杨酸结构式
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主 工 具 图 表 板
图 4-6主工具图表板的子图标板
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4.2.2模板
图4-7 模板工具图标板示例
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点位位于一键的起点（显示小蓝块），沿键拖动会产生重键。
点位为于键中间，单击同样可以产生重键（三键点击后变单键）。
②元素符号的输入：
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图4-9官能团或元素符号的输入
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③ 键及元素文本属性的设置：
图4-2 ChemDraw的菜单栏
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“File”菜单命令
图4-3 文件命令的下拉菜单
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（4） 使用模板建立3D模型
利用模板建立富勒烯 3D模型
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（5）改变元素序号与替换元素 改变元素序号:
首先选中模型。执行“Edit”菜单中的“Select All”命令或ctrl + A快捷键；
然后整理结构，执行“Tools”菜单中的“Clean Up Structure”菜单命令。 使用垂直工具栏中 的工具，双击需要改变序号的原子，弹出输入框，
输入原子序号，按回车键完成原子序号的更改。
改变元素:
图4-13 连接点及单键的产生
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图4-14 长链的生成
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4.3.3ChemDraw结构式与3D模型的转换
（1）ChemDraw结构式转换为3D模型
（2）直接打开ChemDraw文件
（3）3D模型转换为平面结构式
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图4-10 目标设置窗口
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（2）环工具：主工具面板中提供了10种
环工具命令，其中在模板命令中还有芳香 化合物模板和双环模板可以绘制环状化合 物。
•环的绘制 •环的连接
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（2）方程式的建立
•箭头的选择 •利用绘图工具选择合适的阴影框罩住方程式
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（3）化学反应方程式绘制举例
乙酰水杨酸又称为阿司匹林，为常用的退热镇痛药物。制备乙酰水杨酸 最常用的方法是将水杨酸与乙酐作用，生成乙酰水杨酸。
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面板中选取相应的环命令后，直接在绘制区点击可产 生相应的环。点住鼠标左键不放，拖动鼠标可以对环的 大小，放置的角度进行自由改变。 环己烷的椅式构型直接点击为水平放置，按Shift键点 击可由水平变为垂直。 在面板中任选一环命令，按Ctrl键点击，可以在环中 产生不定域共轭圈。
4.2.4化合物结构与命名
4-17命名示例图示表
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4.2.5绘制化学反应方程式
（1）反应物结构式的绘制 • 普通分子结构的绘制
• 离子结构的绘制 • 中间体结构的绘制 • 立体结构的绘制
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4-19 乙酰水杨酸合成反应方程式
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图4-20符号窗口
图4-21 字体选项
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（3）链工具
① 链的绘制
选取长链工具，在需要进行的连接原子或环上点击或拖动可产生链； 同时弹出链长对话框，可以选择增长链的长度。
图4-11链长对话框
② 链属性的设置
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4.2 化学结构绘图软件ChemDraw
ChemDraw 软件功能十分强大，可以编辑、绘制与化学 有关的一切图形，如建立和编辑各类分子式、方程式、结
构式、立体图形、对称图形、轨道等，并能对图形进行编
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第4章 化学软件ChemOffiDRAW
4.3分子模型及仿真软件CHEM3D
4.4化学信息搜索引擎CHEMFINDER
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选择键命令或环命令，直接在环的任何一个节点处点击 或拖动可以实现键的连接或环与环的点连接。
选择环的一个节点，按住鼠标左键，从一个节点拖至另 一个节点，可以实现环与环的双点连接。 元素符号的输入与目标参数的设置与键操作类似，同样 在“Structure”菜单中可以对选择的键的属性进行设定。
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