化学软件chemoffice安装和基本教程
chemdoffice-软件使用简介

用于多类应用程序间互换信息的通用格式
一、Chemdraw简介
5 DARC-F1 (*.fld)——Questel DARC系统中存储结构的原本文件 格式 6 DARC-F1 Query(*.flq)——Questel DARC系统中存储查询的原本
文件格式
7 ISIS Reaction(*.rxn)——MDL开发的格式,用于存储元素反应信息 8 ISIS Sketch(*.skc)——在Windows或Macintosh环境下,存储并传输 到另外的ISIS应用程序中
一、Chemdraw简介
9 MDL MolFile (*.mol)——MDL(分子设计有限公司) MolFile文件 格式用于其它一些在Windows、Macintosh和Unix环境下的化学 数据库和绘画应用软件 10 Galactic Spectra(*.spc)——银河图谱文件格式
11 Jcamp Spectra(*.jdx,*.dx)——图谱文件格式,可读入紫外、
一、Chemdraw简介
菜单栏
工具栏
主工具图标板
编辑区
滚动栏 状态/信息栏
一、Chemdraw简介 主工具图标板
套索 实键 双键 虚键 切割键 切割楔键 黑体键 黑体楔键 空心楔键 波浪键 表格 长链 环丙烷环 环戊烷环 环庚烷环 环己烷椅式 环戊二烯环 蓬罩(选取框) 橡皮 文本 笔 箭头 轨道 绘图元素 基元 化学符号 弧形 质询工具 模板 环丁烷环 环己烷环 环辛烷环 环己烷椅式 苯环
一、Chemdraw简介
模板工具 官能团模板工具
一、Chemdraw简介
模板工具 己糖模板工具
一、Chemdraw简介
模板工具
苯环模板工具
一、Chemdraw简介
chemoffice安装和基本教程

分子模型及仿真软件Chem3D
主界面
3D模型绘制与编辑
(1)利用键工具建立模型 (2)利用文本工具建立模型
(3)利用子结构建立3D模型
子结构模型库
使用模板建立3D模型
利用模板建立富勒烯 3D模型
改变元素序号与替换元素 改变元素序号:
首先选中模型。执行“Edit”菜单中的“Select All”命令或ctrl + A快捷键;
选择键命令或环命令,直接在环的任何一个节点处点击 或拖动可以实现键的连接或环与环的点连接。
选择环的一个节点,按住鼠标左键,从一个节点拖至另 一个节点,可以实现环与环的双点连接。 元素符号的输入与目标参数的设置与键操作类似,同样 在“Structure”菜单中可以对选择的键的属性进行设定。
(3)链工具
图4-18复制修改得到的乙酰水杨酸结构式
乙酰水杨酸合成反应方程式
图4-20符号窗口
图4-21 字体选项
图4-22“Color”菜单选项
图4-23调色板
绘制实验装置
利用实验仪器模板工具1和实验仪器模板工具2进行实验装置的绘制,在模板 中选择所需的实验仪器,单击产生相应的玻璃仪器。玻璃仪器连接处为阴影。通 过旋转选择框改变角度和大小进行玻璃仪器的连接。示范图例见下图4-24。
• 两个结构的连接
连接前的胡萝卜素结构
CH3 CH3 CH3 CH3 CH3 H C CH 3 3
H3C CH3
H3C
绘制
修正
图形存盘
图形旋转和缩放
检查结构错误
结构式 名称
(1)名称结构(structure convert name to structure) 先靠文字输入
结构式 名称
化学软件 ChemOffice 的使用

蓬罩 橡皮 文本 笔 箭头 轨道 绘图元素 基元 化学符号 弧形 原子反应 模板 环丁烷环 环己烷环 环辛烷环 环己烷椅式 苯环
ChemDraw——工具 键工具
模板工具
8
箭头工具
轨道工具
画图工具
基元工具符号工具Leabharlann 弧形工具原子反应工具
键及元素文本属性的设置
4. ChemDraw——主要操作
主要绘制一些结构式、反应方程式、搭建化学反应仪器等。
13CNMR预测
13CNMR预测结果
部分预测结果
四、绘制化学反应方程式:
化学反应方程式的绘制
四、搭建实验装置:
化学软件 ChemOffice 的使用
2013/09/24
主要内容
1
Chemoffice 的概述
2
ChemDraw 介绍及操作
ChemDraw 的界面
ChemDraw 的工具
ChemDraw 主要操作
1. ChemOffice 概述
ChemOffice 软件是由剑桥化学软件公司开发的集成化学软件桌面系 统,集成了Chem3D、ChemDraw、ChemFinder 和 ChemInfo,以及Chem TableEditor等软件,具有强大的高端开发功能。
➢ ChemDraw Ultra 11.0 化学结构绘图 ➢ Chem3D Ultra 11.0 分子模型及仿真 ➢ ChemFinder Pro11.0 化学信息搜寻整合系统 ➢ E2Notebook Ultra11.0 ➢ BioAssay Pro11.0 ➢ 量化软件MOPAC、Gaussian 和GAMESS 的界面 ➢ ChemSAR Server Exce ➢ ClogP,CombiChemPExcel
ChemOffice2008实用教程

图2-4 主工具栏
图2-5 文本工具栏
23
2.1.5 图形工具箱
图2-6 图形工具箱
24
2.2 文件基本操作
1 2 3 4 5
新建文件 打开文件 保存文件 打印文件 关闭文件
25
2.2.1 新建文件
• 在ChemDraw的文件操作中,当打开软件时会默认建立一个 新的文件,默认的文件名为“Untitled Document-1”。 • 通过单击菜单栏中的“File(文件)”→“New(新建)”(快捷 键为<Ctrl+N>)或“Open Special”命令建立一个新的文件。 • 通过单击工具栏中的“新建(New)”按钮来新建文件。
33
2.3.2 撤销和重做命令
与Word等软件相同,ChemDraw具有保持前一步所做工作的功能。在 绘图区右击,弹出的快捷菜单中即包括“Undo(撤销)”和“Redo(重 做)”命令; 也可以单击工具栏中的(Undo)和(Redo)按钮进行操作。
34
2.3.3 插入对象
图2-12 “Insert Object(插入对象)”对话框
图3-9 “GUI(图形用户界面)”选项 卡
图3-10 “Popup Info.(弹出信息)”选 项卡
45
3.1.4 自定义Chem3D的工作界面
图3-11 “File(文件)”选项及设置
图3-12 “Dhedral Driver(二 面角设置)”选项卡
46
3.1.4 自定义Chem3D的工作界面
工作环境 文件基本操作 图形基本操作 自定义工作界面
40
3.1.1 工作环境
图3-2 标准工具栏
图3-3 构建工具栏
图3-4 动画工具栏
ChemOffice2004使用手册

ChemOffice 2004使用手册CS ChemOffice 2004是由美国剑桥软件公司开发,包括增强版和标准版。
CS ChemOffice包括三个软件:ChemDraw、Chem3D、ChemFinder。
其中Chemdraw主要用来绘制分子结构式、反应方程式;Chem3D可以显示分子的三维立体图象;ChemFinder可以建立自己的数据库。
这三部分既可以单独使用,又可以联合起来应用到教学和编辑的工作之中。
该软件可以运行于Microsoft Windows98、2000以及Windows NT下,也可以运行在多种操作系统中。
由于Windows环境下具有的友好用户界面的切换功能,使得其资料可更加方便地共享于各软件之间。
§2.1 ChemDraw的使用ChemDraw的特点ChemDraw的程序界面是标准的Windows窗口(图1),在窗口中点击左键以激活快捷工具。
用来画分子图形的各种常用操作均用图标形式显示于左边的工具箱中,不必记忆任何操作命令,亦可采用下拉式菜单方式使用。
有的工具按钮上有“向右的小三角”图标,表明有多重选项。
如果需要对分子图形进行放大和缩小或者进行任意角度旋转等操作,可以直接用鼠标选中相应的结构,就可进行操作。
该软件提供了各种类型的化学键、化学分子轨道、电荷、球(椭球);并且自带了12类几百个模板,从芳环、多元环、羰基化合物到糖、氨基酸等应有尽有,使用十分方便;ChemDraw还具有了分子结构的扩展,例如在写分子式时可以用Me代替甲基,Ph代表苯环,在利用展开分子式功能可以将这些缩写展开。
图1 ChemDraw的主窗口ChemDraw的一大特点是具有强大的分子图形编辑功能。
对分子图形可以进行组合与分块处理——即可以将许多分块的结构组合成为一个结构来进行处理,或者将一个结构分解成若干个小结构进行处理,这就使得使用者可以根据需要用不同的方式对化学结构进行编辑。
ChemDraw具有对化学分子式的上下标记功能,使得对于图形的各种处理,特别是局部的处理提供了很大的灵活性。
chemoffice的介绍

chemoffice的介绍
ChemOffice是一款综合性科学应用软件包,主要用于化学和生物研究领域的科研人员个人使用。
它主要包含以下几款软件:
1. ChemDraw:这是一款专业的化学结构绘图软件,提供完整的结构绘图解决方案,让用户可以快速绘制各种化学结构,包括分子、配合物、离子、微量元素、金属离子等。
同时,它还支持各种模拟实验,比如电荷分布、强度分析、结构优化等。
2. Chem3D:这是一款用于模拟分子结构的计算机程序,它能够用于建立、编辑和模拟分子结构,以及帮助科学家们对分子结构进行分析。
它使用一种称为Molecular Mechanics的技术来模拟分子结构,可以帮助科学家们更好地理解分子行为和性质。
3. ChemFinder:这是一款专业的化学信息检索软件,它可以帮助用户快速查找和获取有关化学物质的信息。
ChemFinder可以搜索和检索来自多种数据库的化学物质的数据,以及与化学有关的文献、图片、简介、结构式、分子量等信息。
它也可以帮助用户查找化学物质的物理性质、生物活性、生物类型、结构式等信息。
此外,ChemOffice还支持实验室科学家的实验、研究和教学活动,可以帮助科学家更有效地组织和管理实验数据,更有效地分析和可视化实验结果,更有效地分享实验结果。
ChemBioOffice教程0

M2 Constant Value Quality Cubic stretch constant-2.000 4 Quartic stretch constant2.333 4 X-B,C,N,O-Y Stretch-Bend interaction force constant0.120 X-B,C,N,O-H Stretch-Bend interaction force constant0.090 Sextic bending constant (* 10**8)7.000 4 Cutoff distance for charge/charge interactions35.000 4 Cutoff distance for charge/dipole interactions25.000 4 Cutoff distance for dipole/dipole interactions18.000 4 Cutoff distance for van der Waals interactions10.000 4
Chem3D详解
计算模块 Mopac计算界面
作业类型 方法 波函数 优化方法 溶剂模型 限制性优化 收敛要求 坐标
Chem3D详解
计算模块 Mopac计算界面 电荷 偶极 静电势 生成焓 超精细耦合常数 电离能 极化率 电荷 溶剂介电常数
Chem3D详解
分子面模块
分子面 探测半径 显示模式 颜色模式 分辨率 选择分子轨道 等值面值 溶剂面 总电子密度面 总自旋密度面 静电势面 分子轨道 清除所有面
Chem3D详解
计算方法
计算模块
GAMESS 密 度 泛 函 理 论
基 态
从头算理论 激 发 态
Chem3D详解
化学软件chemoffice安装和基本教程

图4-18复制修改得到的乙酰水杨酸结构式
乙酰水杨酸合成反应方程式
图4-20符号窗口
图4-21 字体选项
图4-22“Color”菜单选项
图4-23调色板
绘制实验装置
利用实验仪器模板工具1和实验仪器模板工具2进行实验装置的绘制,在模板 中选择所需的实验仪器,单击产生相应的玻璃仪器。玻璃仪器连接处为阴影。通 过旋转选择框改变角度和大小进行玻璃仪器的连接。示范图例见下图4-24。
Chemdraw主界面
(1)菜单栏
菜单栏共有11个下拉菜单,每一个下拉菜单中都包括相应的命令。 其中如果相应的命令前有√,则该条命令已经被执行;若命令后有小 三角表示该指示条有子菜单;指示条灰色表示该命令未激活。
“File”菜单命令
•文件命令对话框
(2)
主 工 具 图 标 板
主 工 具 图 表 板
化学软件
Chem Office使用方法简介
概述
ChemOffice软件是由剑桥化学(Cambridge Soft)软件公司开 发的集成化学软件桌面系统,集成了Chem3D、ChemDraw、 ChemFinder和ChemInfo,以及Chem TableEditor等软件,具有强 大的高端开发功能。
链的绘制链长对话框链属性的设置4化合物结构绘制示例ch胡萝卜素结构连接点及单键的产生长链的生成?结构的复制及旋转两个结构的连接连接前的胡萝卜素结构绘制绘制修正修正图形存盘图形存盘图形旋转和缩放图形旋转和缩放检查结构错误检查结构错误结构式结构式名称名称1名称名称结构结构structurestructureconvertnamestructureconvertnamestructure先靠文字输入先靠文字输入结构式结构式名称名称结构式结构式名称名称预测核磁共振化学位移预测核磁共振化学位移structurestructurepredictpredict11hhnmrshiftsnmrshiftsstructurepredict1hnmrshifts分析结构估计性质分析结构估计性质3化学反应方程式绘制举例ohcoohoocchcoohch70c80c15min水浴图418复制修改得到的乙酰水杨酸结构式乙酰水杨酸合成反应方程式图420符号窗口图421字体选项图422color菜单选项图423调色板绘制实验装置利用实验仪器模板工具1和实验仪器模板工具2进行实验装置的绘制在模板中选择所需的实验仪器单击产生相应的玻璃仪器
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
双击需要改变元素符号的原子,弹出输入框,输入元素符号,按回车 键完成原子序号的更改。若原子的三维结构中显示孤对电子,执行关闭 “Tools”菜单中的“Show H’s ans Lp’s”命令,可不显示氢原子和孤对电子。
ChemDraw结构式与3D模型的转换
(1)ChemDraw结构式转换为3D模型 (2)3D模型转换为平面结构式
化学物质检索方法
“ChemFinder”对话框
图 4-40分子结构信息对话框
请按
化学反应的检索
查找免费网络资源
免费资源查找链接
分子模型及仿真软件Chem3D
主界面
3D模型绘制与编辑
(1)利用键工具建立模型 (2)利用文本工具建立模型
(3)利用子结构建立3D模型
子结构模型库
使用模板建立3D模型
利用模板建立富勒烯 3D模型
改变元素序号与替换元素 ➢ 改变元素序号:
首先选中模型。执行“Edit”菜单中的“Select All”命令或ctrl + A快捷键; 然后整理结构,执行“Tools”菜单中的“Clean Up Structure”菜单命令。 使用垂直工具栏中 的工具,双击需要改变序号的原子,弹出输入框, 输入原子序号,按回车键完成原子序号的更改。
结构式 名称
(2) 结构式名称
预测核磁共振化学位移(structure---predict 1H-NMR shifts)
Structure—predict 1H-NMR shifts
分析结构估计性质
(3)化学反应方程式绘制举例
OH
(CH3CO)2 70°C80°C 15min水浴
COOH
OOCCH3 COOH
➢环己烷的椅式构型直接点击为水平放置,按Shift键点 击可由水平变为垂直。
➢在面板中任选一环命令,按Ctrl键点击,可以在环中 产生不定域共轭圈。
➢选择键命令或环命令,直接在环的任何一个节点处点击 或拖动可以实现键的连接或环与环的点连接。
➢选择环的一个节点,按住鼠标左键,从一个节点拖至另 一个节点,可以实现环与环的双点连接。
Chemdraw主界面
(1)菜单栏
菜单栏共有11个下拉菜单,每一个下拉菜单中都包括相应的命令。 其中如果相应的命令前有√,则该条命令已经被执行;若命令后有小 三角表示该指示条有子菜单;指示条灰色表示该命令未激活。
“File”菜单命令
•文件命令对话框
(2)
主 工 具 图 标 板
主 工 具 图 表 板
双键命令板中的子菜单中还包括12个键命令。利用键 工具进行结构绘制操作的基本操作:首先在命令面板 中选取键命令,绘制的基本操作是“点位”、 “拖 动”和“点击”。
绘制分子结构的基本操作
① 键的产生:
点位后,向某个方向拖动可以产生。 直接单击,产生所选择类型的化学键,连续点击两键
相连默认角度为120度。 点位位于一键的起点(显示小蓝块),沿键拖动会产
图4-18复制修改得到的乙酰水杨酸结构式
乙酰水杨酸合成反应方程式
图4-20符号窗口
图4-21 字体选项
图4-22“Color”菜单选项
图4-23调色板
绘制实验装置
利用实验仪器模板工具1和实验仪器模板工具2进行实验装置的绘制,在模板 中选择所需的实验仪器,单击产生相应的玻璃仪器。玻璃仪器连接处为阴影。通 过旋转选择框改变角度和大小进行玻璃仪器的连接。示范图例见下图4-24。
➢元素符号的输入与目标参数的设置与键操作类似,同样 在“Structure”菜单中可以对选择的键的属性进行设定。
(3)链工具
① 链的绘制
选取长链工具,在需要进行的连接原子或环上点击或拖动可产生链; 同时弹出链长对话框,可以选择增长链的长度。
链长对话框
② 链属性的设置
(4)化合物结构绘制示例
CH3 CH3
化学软件
Chem Office使用方法简介
概述
ChemOffice软件是由剑桥化学(Cambridge Soft)软件公司开 发的集成化学软件桌面系统,集成了Chem3D、ChemDraw、 ChemFinder和ChemInfo,以及Chem TableEditor等软件,具有强 大的高端开发功能。
生重键。 点位为于键中间,单击同样可以产生重键。
②元素符号的输入:
官能团或元素符号的输入
键及元素文本属性的设置:
(2)环工具:主工具面板中提供了10种环
工具命令,其中在模板命令中还有芳香化合物 模板和双环模板可以绘制环状化合物。
•环的绘制
•环的连接
➢面板中选取相应的环命令后,直接在绘制区点击可产 生相应的环。点住鼠标左键不放,拖动鼠标可以对环的 大小,放置的角度进行自由改变。
模板
点击模板工具栏按钮下面的右指三角箭头,单击该按钮, 不松开,就可以弹出模板信息,众多画图的起点。
【Aromatics芳香族模板】 【Bicyclics双环模板】 【Bioart生物艺术模板】
8
总结:共17个模板
绘制与编辑典型化学物质结构式
(1)键工具: 主工具图标板上提供了九个键操作的命令,其中
ChemDraw Ultra 8.0 化学结构绘图 Chem3D Ultra 8.0 分子模型及仿真 ChemFinder Pro8.0 化学信息搜寻整合系统
E2Notebook Ultra8.0
化学结构绘图软件ChemDraw
ChemDraw 软件功能十分强大,可以编辑、绘制与化 学有关的一切图形,如建立和编辑各类分子式、方程式、 结构式、立体图形、对称图形、轨道等,并能对图形进行 编辑、翻转、旋转、缩放、存储、复制、粘贴等多种操作。 用它绘制的图形可以直接复制粘贴到Word 软件中使用。最 新版本的软件还可以生成分子模型、建立和管理化学信息 库、增加了光谱化学工具等功能。
Chem3D的分子优化
(1)整理结构和简单优化
Tools- Clean up structure
(2)MM2优化 Minimize structure
(3)MOPAC优化
化学信息搜索引擎ChemFinder
ChemFinder 是一个智能型的快速化学搜寻引擎,所 提供的ChemInfo 是目前世界上最丰富的数据库之一,包 含ChemACX、ChemINDEX、ChemRXN、ChemMSDX等, 并不断有新的数据库加入。该程序可以从本机、网络、服 务器中搜索Word、ChemDraw、ISIS、Excel等格式的分子 结构文件。ChemFinder 自带多个数据库,其数据库文件 扩展名为“sfw”,这些数据库默认存放在C:\Program Files\CambridgeSoft\ChemOffice 2004\ChemFinder\Samples 文件下。
H3C
CH3
CH3
CH3
胡萝卜素结构
CH3
H3C
CH3
H3C
连接点及旋转
• 两个结构的连接
连接前的胡萝卜素结构
CH3 H3C CH3 CH3
CH3 CH3
CH3 H3C CH3 H3C
绘制
修正
图形存盘
图形旋转和缩放
检查结构错误
结构式 名称
(1)名称结构(structure convert name to structure) 先靠文字输入