药物基因组学相关数据库
生物信息学数据库分类整理汇总
生物信息学数据库分类整理汇总生物信息学数据库是存储和管理生物学领域的大量数据的重要工具和资源，对于生物信息学研究、基因组学、蛋白质组学、转录组学等领域的研究具有重要的意义。
本文将对生物信息学数据库进行分类整理和汇总，方便生物信息学研究者更好地使用和了解这些数据库。
1.基因组数据库：- GenBank：美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的基因序列数据库，包含已知基因的核酸序列。
- Ensembl：英国恩格斯尔基因组项目维护的一个综合性基因组数据库，包含多种物种的基因组数据。
- UCSC Genome Browser：加利福尼亚大学圣克鲁兹分校开发的一个基因组浏览器，提供多种物种的基因组序列和注释信息。
2.蛋白质数据库：- UniProt：一个综合性的蛋白质数据库，集成了多个蛋白质序列和注释信息资源。
- Protein Data Bank (PDB)：存储大量已解析的蛋白质结构数据的数据库，提供原子级别的结构信息。
- Protein Information Resource (PIR)：收集和整理蛋白质序列、结构和功能信息的数据库。
3.转录组数据库：- NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)：存储和共享大量的高通量基因表达数据的数据库。
- ArrayExpress：欧洲生物信息学研究所（EBI）开发的一个基因表达数据库，包含多种生物组织和疾病的表达数据。
4.疾病数据库：- Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)：记录人类遗传疾病和相关基因的数据库。
- Orphanet：收集和整理罕见疾病和相关基因的数据库。
5.代谢组数据库：- Human Metabolome Database (HMDB)：一个综合性的人类代谢物数据库，包括代谢产物的结构和功能信息。
- Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)：包含多种生物体代谢途径的数据库。
disgenet筛选标准
Disgenet是一个基于网络的药物基因组学数据库，旨在提供一个集中的、综合性的工具，以研究基因在疾病发展中的作用。
在Disgenet中，疾病靶点筛选需要依据一系列标准，这些标准主要包括以下几个方面：
1.基因功能研究：通过基因敲除、转基因、基因编辑等实验方法研究基因在生
物体内的功能以及在疾病发展中的可能角色。
2.基因变异与疾病关联：研究基因变异与疾病的关联，包括变异类型、频率、
分布等，以确定与特定疾病相关的基因变异。
3.药物靶点研究：通过研究药物与基因的相互作用，确定药物的作用机制和靶
点，为药物研发提供参考。
4.基因组学和表观遗传学研究：综合利用基因组学和表观遗传学的研究方法，
全面了解基因在疾病发展中的调控机制。
总之，Disgenet的疾病靶点筛选标准综合考虑了基因功能、变异、药物靶点以及基因组学和表观遗传学等多方面的研究结果，为药物研发提供了重要的参考依据。
药物基因组学相关大数据库
药物基因组学数据库1、Drugbank.drugbank.ca/2、dgidb/3、pharmGKBhttps:///4、cancercommoncancercommon./5、ChEMBLhttps:///chembldb/6、mycancergenome/7、TTD.sg/group/cjttd/8、guidetopharmcology/9、clearityfoundation/10、CIViChttps:///#/home11、DoCM/1 Drugbank药物和药物靶标资源库。
DrugBank是一个独特的生物信息学/化学信息学资源，它结合了详细的药物（例如化学制品）数据和综合的药物靶点（即：蛋白质）信息。
该数据库包含了超过4100个药物条目，包括超过800个FDA认可的小分子和生物技术药物，以及超过3200个试验性药物。
此外，超过1.4万条蛋白质或药物靶序列被到这些药物条目。
每个DrugCard条目包含超过80个数据域，其中一半信息致力于药物/化学制品数据，另一半致力于药物靶点和蛋白质数据。
许多数据域超到其他数据库（KEGG、PubChem、ChEBI、Swiss-Prot和GenBank）和各种结构查看小应用程序。
该数据库是完全可搜索的，支持大量的文本、序列、化学结构和关系查询搜索。
DrugBank的潜在应用包括模拟药物靶点发现、药物设计、药物对接或筛选、药物代谢预测、药物相互作用预测和普通药学教育。
DrugBank可以在www.drugbank.ca使用。
广泛应用于计算机辅助的药物靶标的发现、药物设计、药物分子对接或筛选、药物活性和作用预测等。
在查询中，每一种药物对应1个DrugCard，即我们所得到的检索结果。
每一个DrugCard都包含的数据信息分为药物、靶标和酶三部分。
药物信息包括了该药物的CAS号、商品名、分子式、分子量、SMILES、2D和3D结构、logP、logS、pKa、熔点、吸收性、Caco-2细胞穿透性、药物类别和临床使用、性质描述、剂型与给药途径、半衰期、体的生物转化、毒性、作用于哪些生物体、食物对服用的影响、与其它药物的相互作用、作用机理、代谢途径、药理学特征、与蛋白质的结合情况、溶解度、物质形态、同义词、关于合成的相关文献等，还与ChEBI、GenBank、PubChem等外部数据库有。
常用的生物数据库(一)
常用的生物数据库（一）引言概述：本文将介绍一些常用的生物数据库，这些数据库在生命科学研究中起到了重要的作用。
生物数据库是存储和管理生物学数据的平台，为科学家们提供了丰富的数据资源，便于他们进行进一步的研究和分析。
在本文中，我们将介绍五个常用的生物数据库，分别是A数据库、B数据库、C数据库、D数据库和E数据库。
正文：一、A数据库1. A数据库是一个广泛应用于基因组学研究的生物数据库。
2. A数据库提供了大量的基因序列和蛋白质序列，以及与这些序列相关的注释信息。
3. A数据库还提供了丰富的基因组数据和表达数据，可以帮助研究人员了解基因的功能和调控机制。
4. A数据库还提供了工具和资源，用于基因组比较和功能注释分析。
5. A数据库不仅仅适用于基础研究，也为生物技术和药物开发提供了重要的数据支持。
二、B数据库1. B数据库是一个专门用于蛋白质相关研究的生物数据库。
2. B数据库提供了大量的蛋白质序列和结构信息，以及与这些蛋白质相关的功能和互作信息。
3. B数据库还提供了工具和资源，用于预测蛋白质结构和功能，并对蛋白质相互作用网络进行分析。
4. B数据库不仅仅适用于基础研究，也为药物设计和生物工程提供了重要的数据支持。
5. B数据库的数据来源于多个实验室的研究成果，经过严格的质量控制和标准化处理。
三、C数据库1. C数据库是一个应用于植物研究的生物数据库。
2. C数据库提供了大量的植物基因组数据和表达数据，以及与这些数据相关的注释信息和功能注释分析结果。
3. C数据库还提供了工具和资源，用于植物基因功能分析和代谢途径研究。
4. C数据库不仅仅适用于基础研究，还为农业和生物能源领域的研究提供了重要的数据支持。
5. C数据库的数据来源于多个研究机构和实验室的合作项目，经过严格的数据收集和整理。
四、D数据库1. D数据库是一个广泛应用于微生物研究的生物数据库。
2. D数据库提供了大量的微生物基因组数据和表达数据，以及与这些数据相关的功能注释信息和分类信息。
kegg 解读
kegg 解读Kegg（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个广泛被应用于生物信息学领域的数据库。
它的主要目标是将基因组、化学物质和其他生物大分子有机地整合在一起，为生物学家、生物信息学家和医学研究人员提供有关代谢途径、生物网络和相关信息的详细数据。
本文将对Kegg数据库进行解读，介绍其功能和应用。
一、Kegg数据库简介Kegg数据库是由日本京都大学生物信息中心创建和维护的一个综合性数据库。
它通过整合基因组、代谢物和附加信息，提供了生物学大分子的全面知识库。
Kegg数据库的内容包括基因功能、生物化学途径、代谢物结构和化学反应等。
目前，Kegg数据库涵盖了大量的物种，包括人类、动物、植物、微生物等。
二、Kegg数据库的功能1. 基因功能注释Kegg数据库提供了基因功能注释的工具和资源，帮助研究人员从大量的基因序列中识别和注释功能。
可以通过Kegg的基因分类方式，将基因按照功能进行分类，并提供详细的注释信息和功能预测。
2. 代谢途径分析Kegg数据库中包含了大量的代谢途径信息，可以帮助研究人员理解生物体代谢的整体框架。
通过Kegg的图谱展示和路径分析工具，可以可视化地展示代谢途径，并分析其中的关键代谢步骤和相互作用。
3. 疾病相关信息Kegg数据库还提供了与疾病相关的信息，包括疾病的发病机制、相关基因和蛋白质等。
对于研究人员来说，这意味着可以通过Kegg数据库寻找潜在的药物靶点和疾病相关的代谢通路，以及潜在的治疗策略。
4. 生物网络分析Kegg数据库中的生物网络信息可用于研究基因、蛋白质和代谢物之间的相互作用。
通过分析这些生物网络，可以揭示基因调控网络、蛋白质相互作用和信号转导途径等重要生物学过程。
三、Kegg数据库的应用1. 基因组学研究Kegg数据库为基因组学研究提供了宝贵的资源和工具。
研究人员可以利用Kegg的代谢途径信息，推断基因在代谢网络中的功能和相互作用，帮助揭示生物的生理和代谢特征。
NCBI功能详介
NCBI功能详介NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是全球最大的生物信息学数据库之一，也是生物医学研究领域最重要的资源之一、NCBI提供了广泛的生物学和医学数据库和工具，以帮助科学家们进行基因组学、蛋白质学、遗传学、药物研发等方面的研究。
NCBI的主要功能包括：1. PubMed：NCBI的PubMed是最大的生物医学文献数据库。
它收录了全球范围内的生物医学文献，并提供了非常强大的功能，以帮助科学家们找到自己感兴趣的论文。
3. BLAST：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是NCBI 提供的一种重要的生物信息学工具。
它可以用来比对生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列），以找到相似的序列或已知的序列。
BLAST对生物学研究非常重要，可以用于序列比对、功能注释、物种分类等各种应用。
4. Entrez数据库：Entrez是NCBI提供的一种综合性数据库工具，可以用来访问和多个数据库，如PubMed、GenBank、Protein、Nucleotide等。
用户可以使用Entrez来查找和获取各种类型的生物学数据，如文献、序列、蛋白质结构等。
5. PubChem：PubChem是一个提供生物化学信息的数据库，包含大量的有关化合物的实验数据、化学结构、药物作用等信息。
它可以帮助研究人员进行药物发现、化合物筛选和毒性评估等方面的研究。
6. dbSNP：DBSNP（Single Nucleotide Polymorphism Database）是一个用于存储和查询单核苷酸多态性数据的数据库。
它收集了全球范围内各种不同物种的单核苷酸变异信息，包括单核苷酸变异的位点、变异类型、频率等。
7. GEO：GEO（Gene Expression Omnibus）是一个用于存储和共享基因表达数据的数据库。
生物学基因组学数据库的发展及其应用前景
生物学基因组学数据库的发展及其应用前景近年来，随着生物技术的快速发展，生物学基因组学数据库在生物学研究中起着越来越重要的作用。
基因组学数据库是存储和共享生物学基因组学数据的重要平台，通过整合、组织和分析大量的基因组数据，为研究者提供了研究基因功能和遗传变异的重要资源。
在本文中，我们将探讨生物学基因组学数据库的发展历程以及它们在生物学研究中的应用前景。
生物学基因组学数据库的发展可以追溯到上世纪80年代，当时人类基因组计划的启动为这一领域的快速发展奠定了基础。
自那时以来，越来越多的基因组学数据库相继建立起来。
其中最著名的数据库包括GenBank、EMBL和DDBJ等。
这些数据库收集了全球各地研究者提交的大量基因组数据，为研究人员提供了查找和共享基因组数据的重要工具。
此外，还有一些专门致力于特定物种的数据库，如Ensembl和NCBI的基因数据库，它们提供了特定物种的详细基因组信息，帮助研究者更深入地了解不同物种的基因功能和结构。
随着高通量测序技术的广泛应用，大量的基因组序列数据不断产生，这给基因组学数据库带来了巨大的挑战，即如何有效存储和处理这些大规模的数据。
为了应对这一问题，不断涌现出新的生物学基因组学数据库，包括GEO、ArrayExpress和SRA等。
这些数据库主要存储和管理生物学实验中获得的基因组数据，如基因表达数据、甲基化数据和复杂疾病的基因变异数据。
同时，还有一些数据库专门用于存储和共享人类疾病相关的基因组数据，如ClinVar和GWAS Catalog等。
这些数据库提供了研究人员进行生物学实验数据的挖掘和分析的重要资源，进一步促进了生物学研究的发展。
生物学基因组学数据库的发展不仅在基础生物学研究中发挥着重要作用，还在医学研究和临床实践中得到广泛应用。
基因组学数据库为研究人员提供了参考标准，帮助他们理解基因组中的变异，并研究它们与疾病之间的关联。
通过比较患者和正常人基因组数据的差异，研究人员可以发现特定基因变异与疾病之间的关系，从而推动精准医学的发展。
ncbi使用指导
ncbi使用指导NCBI是美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information）的缩写，是一个提供生物医学和遗传学相关数据和信息的数据库。
NCBI提供了许多工具和资源，以帮助研究人员在基因组学、蛋白质学、遗传学和生物信息学等领域进行研究。
以下是使用NCBI的一些基本指南：1. 访问NCBI网站：使用任何现代网络浏览器，打开NCBI的主页（https://）即可开始使用。
2. 搜索文献：在NCBI主页上的搜索框中，输入你要搜索的关键词，如基因名、疾病名或其他相关的信息。
点击“搜索”按钮，即可看到与你的搜索关键词相关的论文和研究。
3. 搜索序列：如果你希望搜索某个特定基因或蛋白质的序列，可以使用“基因”或“蛋白质”选项卡下的搜索工具。
在搜索框中输入你要搜索的序列信息，点击“搜索”按钮，即可找到与该序列相关的信息和研究。
4. 访问数据库：NCBI提供了许多数据库，如GenBank（基因组数据库）、PubMed（文献数据库）和BLAST（序列比对工具）。
你可以使用NCBI的导航菜单，选择你感兴趣的数据库进行浏览和搜索。
5. 下载数据：在NCBI的数据库中，你可以找到大量的基因组序列、蛋白质序列和其他相关数据。
你可以通过点击数据记录的链接，进入详情页，然后选择下载你需要的数据文件或信息。
6. 利用NCBI工具：NCBI还提供了一些生物信息学工具，如BLAST（序列比对工具）、Primer-BLAST（引物设计工具）和Gene Expression Omnibus（基因表达数据库）。
你可以使用这些工具进行基因序列比对、引物设计和基因表达分析等。
7. 阅读文献：NCBI的PubMed数据库是一个广泛的生物医学文献数据库，你可以使用关键词搜索文献，并阅读或下载全文。
你还可以使用PubMed Central（PMC）访问免费的全文文章。
总之，NCBI是一个丰富的生物医学信息资源，提供了许多工具和数据库，以帮助研究人员进行基因组学和生物信息学研究。
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药物基因组学数据库
1、Drugbank
2、dgidb
3、pharmGKB
4、cancercommon
5、ChEMBL
6、mycancergenome
7、TTD
8、guidetopharmcology
9、clearityfoundation
10、CIViC
11、DoCM
1 Drugbank
药物和药物靶标资源库。
DrugBank是一个独特的生物信息学/化学信息学资源，它结合了详细的药物（例如化学制品）数据和综合的药物靶点（即：蛋白质）信息。
该数据库包含了超过4100个药物条目，
包括超过800个FDA认可的小分子和生物技术药物，以与超过3200个试验性药物。
此外，超过1.4万条蛋白质或药物靶序列被链接到这些药物条目。
每个DrugCard条目包含超过80个数据域，其中一半信息致力于药物/化学制品数据，另一半致力于药物靶点和蛋白质数据。
许多数据域超链接到其他数据库（KEGG、PubChem、ChEBI、Swiss-Prot 和GenBank）和各种结构查看小应用程序。
该数据库是完全可搜索的，支持大量的文本、序列、化学结构和关系查询搜索。
DrugBank的潜在应用包括模拟药物靶点发现、药物设计、药物对接或筛选、药物代谢预测、药物相互作用预测和普通药学教育。
DrugBank可以在使用。
广泛应用于计算机辅助的药物靶标的发现、药物设计、药物分子对接或筛选、药物活性和作用预测等。
在查询中，每一种药物对应1个DrugCard，即我们所得到的检索结果。
每一个DrugCard都包含的数据信息分为药物、靶标和酶三部分。
药物信息包括了该药物的CAS号、商品名、分子式、分子量、SMILES、2D和3D结构、logP、logS、pKa、熔点、吸收性、Caco-2细胞穿透性、药物类别和临床使用、性质描述、剂型与给药途径、半衰期、体内的生物转化、毒性、作用于哪些生物体、食物对服用的影响、与其它药物的相互作用、作用机理、代谢途径、药理学特征、与蛋白质的结合情况、溶解度、物质形态、同义词、关于合成的相关文献等，还与ChEBI、GenBank、PubChem等外部数据库有链接。
靶标的信息包括ID、名称、靶标基因的名称、蛋白质序列、残
基数目、分子量、等电点、功能和活性、参与的代谢途径和反应、体内分布、靶标信号、跨膜区域、靶标基因序列与其在GenBank、HGNC 等外部数据库中的ID和链接、参考文献，以与在GenBank和Swiss-Prot中的链接。
酶的信息包括名称、蛋白质序列、基因名称、在Swiss-Prot 等数据库中的链接。
在DrugBank的主界面上，在Browse菜单下可以浏览数据库的内容，其中PharmaBrowse为用户提供了分类浏览的功能。
这为药剂师、医生以与寻找潜在药物的研究人员提供了方便。
在Search下拉菜单下，就是Drug Bank的4类检索方式。
ChemQuery允许用户通过绘制结构图或书写SMILES、分子式进行结构搜索。
在检索过程中还可以对搜索药物类型、分子量范围、搜索结果相似度、结果数量最大值等进行设置。
TextQuery则为文本检索功能。
文本检索支持逻辑运算符连接与在特定领域内搜索。
例如，在“dextromethorphan”中检索混合物，可以键入“mixtures：dextromethorphan”，即用分号在后面输入领域，同时可以加入逻辑运算符，例如，在“dextrome thorphan”和“doxylamine”2个领域进行检索，可以键入“mixtures:dextromethorphan AND mixtures:doxylamine”。
SeqSearch为用户提供了通过序列检索蛋白质的功能。
Data Extractor是1个组合检索工具。
用户可以对DrugCard所包含的信息进行选择性的组合检索
（1）Browse按钮：Drug Browse、Category Browse、Geno Browse、Reaction Browse、Pathway Browse、Class Browse、Target Browse；
（2）Search按钮：ChemQuery Structure Search、Interax Interaction Search、Sequence Search、Advanced Search、MS Search、MS/MS Search、GC/MS Search、1D NMR Search、2D NMR Search；（3）其他Tool按钮：HMDB、T3DB、SMPDB、FooDB、PPT-DB、CSF、Serum Metabolome、CCDB、YMDB、BMDB、ECMDB、MarkerDB、BacMap、Ref-DB。
Drug Browse：小分子药物、生物技术药物、显示药物在DrugBank 中的ID、药物名称、分子量、化学式、化学结构、药物类型、治疗症状。
Drugs：显示ID、药物名称、治疗疾病
Drugs and Targets：显示ID、药物名称、作用位点（靶标）、靶标类型
总结：可以查找药物名称、分子量、化学式、分子结构、药物所属类型、靶标、靶标类型、治疗疾病、代谢途径等，还可链接到相关网站。
（较实用）
Drug Browse：药名、分子量、化学式、化学结构、药物分类、药效
Geno Browse：药物名称，相互作用的基因/酶，SNP位点、等位基因名称、碱基变化、副作用
Pathway Browse：可查看代谢通路
Classification Browse：药物分类
Target Browse：查靶标与靶标分类和详细细节（药物分类、药理学等）
2 ChEMBL
生物活性药物类小分子数据库。
总结：输入分子结构或已知靶标描述或靶标蛋白，每条记录都包括分子的分类、名称、ChEMBI ID、功能、毒性、亚细胞定位、结构、序列、参考文献等。
（偏向于化学）
3 clearityfoundation
关于卵巢癌的公益网站。
治疗卵巢癌复发、有关肿瘤分子信息、临床试验、卵巢癌诊断和治疗分析、新型靶向制剂的临床开发、治疗结果。
（基本无用）
4 DoCM
位点突变数据库，
总结：查找染色体、基因、疾病、突变类型、氨基酸、起始位置、参考文献（稍微简单了点）
5 CIViC
Search：查找描述、疾病名称、疾病DOID、药物PubChem ID、药物名称、证据水平、基因名、PubChem ID、突变位点等查找相关信息。
总结：evidence ID、基因、氨基酸变化、描述、病名、药物、evidence level（A：经过验证的；B：临床；C：临床前；D：个体研究；E：推理的）、evidence type (predictive、diagnostic、prognostic）、evidence direction(supports、dose not support)、clinical significance(sensitivice/resistance or non-response/better outcome/poor outcome/positive/negative)、variant
origin(somatic/germline)、trust rating(1/2/3/4/5 stars)，可
链接到代谢途径与下载。
（比较实用）Search：可按不同类型搜索
输入要搜索的单词，如“breast cancer”
点击一个基因/疾病
单击“View Full Detials from MyGene info”，查基因介绍、蛋白结构域、通路。