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计算化学的发展与应用

计算化学的发展与应用

计算化学的发展与应用计算化学是最近几十年发展起来的一门新型学科,它强调将计算机技术与化学相结合,借助计算机程序来模拟传统实验室方法难以解决的一些问题。

计算化学是应用数学、物理、化学和计算机科学等学科成果,利用模型和计算方法在分子结构与性质的研究中发挥作用的一门学科。

在计算机的广泛应用背景下,计算化学正逐渐得到人们的认可和重视,它在化学研究中的应用越来越广泛,已成为化学科学研究的重要手段之一。

那么,计算化学究竟是如何发展起来的呢?随着计算机技术的快速发展,人们对于计算方法有了更多的期望。

自20世纪50年代以来,出现了一批以分子轨道、分子结构等为基础的量子化学计算方法,如自洽场方法(HF)、密度泛函理论(DFT)、多体微扰(MP)方法、配置相互作用(CI)等等,一时风靡科学界。

自此之后,计算化学和高性能计算在越来越广泛的范畴应用领域中发挥着巨大的作用。

计算化学发展起来后,人们发现在很多情况下,计算机模拟的结果比实验结果更加接近真实情况,特别是当实验结果容易受环境或者其他因素的影响时。

因此,人们越来越多地利用计算机来进行化学研究。

计算化学可以提供我们大量的信息,不仅可以提供物质分子的结构、能量、振动谱、电子光谱等实验测量难以获得的信息,同时还可以预测物质的性质、反应机理和反应动力学等,被广泛地应用于化学反应、材料科学、医药、环境科学、生命科学和新能源等领域的研究。

比如计算机模拟可以帮助人们预测一些药物对人体的影响,同时还可以预测一些反应中间体和反应能量,从而更好地了解机理。

此外,计算机模拟还可以帮助人们开发更加环境友好的新材料和减少生产成本。

计算化学在各方面的应用,都极大地丰富了我们对于物质的认识,为人们提供了更多探究自然的角度和途径。

同时,也为各个行业的研究和发展提供了有力的支撑。

计算化学综述

计算化学综述

计算化学是根据基本的物理化学理论及大量的数值运算方式研究分子、团簇的性质及化学反应的一门学科,它以量子化学理论和计算、分子反应动力学理论等来解释实验中各种化学现象,帮助化学家以较具体的概念来了解、分析观察到的结果,并预测未知的化学系统。

除此之外,计算化学也常被用来验证、测试、修正或发展较高层次的化学理论。

化学的进步必须依靠实验、理论和计算方法的支撑,精确计算纠正实验的错误、考察实验难以确认的中间微观过程,合理定量而有效地解释隐藏在现象背后的原因从而揭示其本质、在总结规律的基础上做出预示甚至设计新的分子或功能材料,已经成为现实。

自从量子化学计算方法的建立,理论和计算方法的应用将大大加强,理论和实验更加密切结合。

今后在该领域的研究应该是向应用领域开拓,在不断开拓其应用领域的过程中逐步改善其方法。

目前,计算机的飞速发展,使计算化学在各行各业得到广泛的应用,逐渐与各相关学科形成了一些崭新的边缘或交叉学科,如微观反应动力学、量子催化、量子电化学和量子生物化学等。

与生命科学、材料科学的结合将会更加有力地推动分子生物学、药物设计、新材料的“分子设计”向纵深发展。

同时,随着学科之间的交叉和相互渗透,也将启发我们参考、借鉴其他学科的研究方法,使其相互结合,扬长避短,走向一个新的高度。

由于计算化学主要是依靠计算机作为硬件载体和实施手段的一门学科,因此,计算机技术的发展将对其起到一定的促进作用。

长远而言,或许光学计算机甚至于量子计算机将会提供现今无法想象的计算速率。

然而,计算化学要有真正突破性的发展,除了硬件的进步外,理论上的研究似乎更为重要。

目前对于大分子的计算限于理论的复杂性只能使用分子力学或半经验法;而且就算计算机功能上能有1000倍的提升,距离准确的量子仿真仍有一段距离。

目前的理论方法,仅能对大约小于十个原子的系统达到化学误差(1-2 kcal/mo1)内的准确度;而且这些准确的计算方法的计算量大约是跟系统大小的七次方成正比。

天津大学《量子化学》 计算化学简介

天津大学《量子化学》 计算化学简介
-Dirac本人对量子力学在化学上的应用 前景十分悲观。
-1952年H. Schull等三人用手摇计算机花 两年才完成一个N2分子的从头算。
-有人断言:用尽世界上的纸张恐亦无 法完成一个Fe原子的计算。
➢ 除了最简单的分子外,在有限的计算资源下, 对一般化学系统应用上需要做太大的简化, 所以通常最多也只能提供定性的预测,而且 在使用上需要非常专业的量化训练及计算能 力,因此量化计算在80年代以前只是非常少 数理论物理化学家的研究工具。
这就有可能恢复理论、实验和简单概念、模 型之间的物理清晰度。
二.计算化学的计算类别
计算化学有四种主要的计算类别:分子力学 (MM)、半经验算法、密度泛函理论(DFT) 和从头算(Ab initio)。
➢ 分子力学(MM)并不基于量子力学原理。
➢ 半经验算法、密度泛函理论和从头算的 理论基础都是量子力学。
从头算方法 (Ab initio)
一.什么是从头算(Ab initio) 1. 从头算的定义 a) “从头算”译自拉丁文“Ab initio”,即 进行全电子体系非相对论的量子力学方 程计算,对分子的全部积分严格进行计 算,不作任何近似处理,也不借助任何 经验或半经验参数。
b) 又称为“Hatree-Fock计算”,物理上常 称为“第一性原理(First principles)”计算。
2. 对基组要求是: a)能反映有意义的化学结果的真实波函数; b)预测的能量能够达到化学精度; c)在实际计算中的所耗用的时间比较适中; d)可移植性强,即能够适用不同的成键环境。
➢一般讲基组越大越好,越接近真实,但对计算 的困难也越大(积分数目与N4成正比),所以 要在二者之间取一。
3. 基组的类型
c) 从头算法是分子轨道法的主流。较之更 加精确的“Post-Hatree-Fock”处理,或各 种较粗略的半经验量子化学计算方法, 都是由从头算法派生出来的。

计算化学概述

计算化学概述

设计
量子化学的研究对象
• 主要:分子、团簇等孤立体系 • 常规处理的体系规模:几个至几百个原子(半经验房卡可到上万) • 能解决的问题:计算反应的快慢和难易、计算各类化学过程的能
量变化、探究反应的机理、预测和解释各类光谱、预测分子结构、 预测分子各种性质(如稳定性、极化率、反应活性、芳香性反应 位点、结合位点)、探究成键与电荷分布等 • 第一性原理研究领域侧重于固体与表面问题,和材料关系密切。 如计算不同晶型的稳定性、声子谱、晶格常数、掺杂和缺陷的影 响、固体表面吸附和催化、材料的导电性、温度和压力的影响。
计算化学解决问题的思想:模型化
➢建立合理的假想模型,或将复杂的实际问题忽略掉次要因素后 简化成有限计算能力下易于求解的简单模型。栗:固体性质计 算简化成单个晶胞、溶液的光谱计算简化为单个分子+溶剂环 境、酶催化计算只考虑活性位点及其附近原子。
➢在有限的计算能力下,针对体系规模和具体问题,采取最合 适的计算方法去研究,eg
• 微观性质、特征、结构
• 原子的空间分布、运动轨迹 • 构象、构型分布(玻尔兹曼分布) • 体系柔性、结构波动程度 • 氢键、盐键、水桥、π-π堆积等 • 非平衡过程中结构变化过程、扩散/吸附等
过程 • 。。。。
• 热容
• pKa
• 。。。。
研究体系可自由搭建,环境模拟(温度、压力、外场
等)可自由设定,体系中的一切信息尽在掌握
蒙特卡罗模拟:。。。。。
可视化、建模程序
• GaussView、Chem3D、Multiwfn、VMD、Avogadro、ChemCraft、 Gabedit、Molekel、Chimera、Molden、很多很 多、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、 、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、 、、、、、、、、、、、、、

计算化学论文

计算化学论文

计算化学论文一、引言计算化学是一门应用计算机来解决化学问题的学科,它通过构建和模拟分子的模型,预测化学物质的性质和反应机理。

计算化学在现代化学研究中起着至关重要的作用,可以加速实验设计和减少实验成本,为化学研究提供重要的理论指导。

本文综述了计算化学的发展历程、常用的计算方法和应用在各个领域的案例研究,以期为读者提供对计算化学的全面了解和深入认识。

二、发展历程2.1 早期计算化学方法最早的计算化学方法可以追溯到20世纪40年代,当时由于计算机技术的限制,研究人员主要使用经验方法,如半经验力场和经验量子化学方法。

这些方法能够对分子进行简单的近似计算,但在描述分子复杂性和准确性方面存在局限性。

2.2 理论计算方法的发展随着计算机技术的进步,理论计算方法开始得到广泛应用。

量子化学方法成为计算化学的核心。

量子化学方法基于量子力学原理,通过求解薛定谔方程来计算分子的能量、结构和其他性质。

常用的量子化学方法包括密度泛函理论(DFT)、Hartree-Fock方法和多体微扰理论等。

2.3 分子模拟和机器学习方法的兴起随着计算机技术的不断发展,分子模拟和机器学习方法在计算化学中起到越来越重要的作用。

分子模拟方法通过模拟分子运动,预测分子的结构、动力学和热力学性质。

机器学习方法则通过建立分子性质和结构的定量模型,通过学习和推断来预测未知分子的性质。

三、常用的计算方法3.1 密度泛函理论密度泛函理论是计算化学中最常用的方法之一,它基于电子密度来描述分子的性质。

密度泛函理论的优势在于具有较高的计算效率和较好的精度,在计算电子结构、化学反应和材料性质等方面有广泛应用。

3.2 分子力场方法分子力场方法是一类经验力场方法,通过定义原子之间的势能函数来描述分子的力学性质。

分子力场方法主要用于分子模拟和分子动力学研究,可以预测分子的构象变化、能量变化和动力学行为。

3.3 量子化学方法量子化学方法基于量子力学原理,通过求解薛定谔方程来计算分子的能量、结构和其他性质。

计算化学在化学化工中的应用综述

计算化学在化学化工中的应用综述

计算化学在化学化工中的应用综述摘要:计算化学在最近十年中是发展最快的化学研究领域之一,通过对具体的分子系统进行理论分析和计算,能比较准确地回答有关稳定性、反应机理等基本化学问题。

如今计算化学已被广泛用于材料、催化和生物化学等研究领域。

本文主要就计算化学的背景、计算化学常用的方法及其在化学化工中的应用等几个方面作一简单介绍。

关键词:计算化学原理材料催化应用引言计算化学是根据基本的物理化学理论(通常指量子化学、统计热力学及经典力学)及大量的数值运算方式,应用计算机技术,通过理论计算研究化学反应的机制和速率,总结和预见化学物质结构和性能关系的规律的学科。

计算化学是化学、计算机科学、物理学、生命科学、材料科学以及药学等多学科交叉融合的产物,而化学则是其中的核心学科[1]。

可以用来解释实验中各种化学现象,了解、分析实验结果,预测化学反应方向,还可以用来验证、测试、修正或发展较高层次的化学理论。

准确高效的理论计算方法也是计算化学领域中非常重要的一部分。

近二十年来,计算机技术的飞速发展和理论计算方法的进步使理论与计算化学逐渐成为一门新兴的学科[2]。

今天,理论化学计算和实验研究的紧密结合大大改变了化学作为纯实验科学的传统印象,有力地推动了化学各个分支学科的发展。

随着人们对“化学不再是纯实验科学”论断认识的不断提高,计算化学将在各个化学研究领域和交叉学科领域发挥作用。

特别是随着当前世界学科前沿的发展趋势,材料、生命、医药、环境等学科越来越被政府和科学家们重视,计算化学也将在这几个方面发挥重大作用[3]。

1 计算化学常用的方法及其介绍下面对计算化学中常用的几种理论计算方法作一个简单的介绍:1.1 从头算方法从头算方法仅使用一些最基本的物理常数(如光速、普朗克常数等)作为已知参数,完全利用数学工具来求解薛定锷方程,而不引入任何经验性质的化学参数。

由于绝大多数化学体系的薛定锷方程没有严格的解析解,只能在求解的过程中引入各种数学近似,使用数值解法得到结果。

《计算化学简介》课件

《计算化学简介》课件

3 分子模拟在纳米材料研究中的应用 4 计算机辅助药物设计
通过模拟纳米材料的结构和性质,提供设 计和优化纳米材料的指导。
利用计算方法筛选药物分子,加速新药开 发和优化过程。
计算化学未来的发展方向与挑战
大数据和人 工智的应用
利用大数据和人工 智能技术,提高计 算化学的速度和准 确性。
宏观化学过 程的计算模 拟
发展能够模拟宏观 化学过程的计算方 法,如催化剂反应 和材料合成。
多尺度计算 的发展
将不同尺度的计算 方法结合,实现对 分子和材料性质的 准确预测。
挑战与机遇
面临着大规模计算、 能源和环境问题等 挑战,同时也具备 推动计算化学发展 的巨大机遇。
通过计算和分析分子的轨道来预测和解释其性 质和反应。
常用的计算化学软件工具
如Gaussian、VASP和GAMESS等,提供各种计算 化学方法和模拟工具。
计算化学在化学研究中的应用
1 结构优化和反应动力学模拟
2 化学反应机制的研究
通过计算方法优化分子结构,模拟和预测 化学反应的速率和机理。
揭示化学反应的过程和机理,为实验设计 和化学品的合成提供指导。
2
发展历程
经过半个多世纪的快速发展,在理论、方法和应用方面都取得了重大突破和进展。
3
应用领域
被广泛应用于药物设计、材料科学、反应机制研究等领域,对推动化学发展起到了积 极作用。
计算化学所需的数学和物理基础知识
量子力学基础
研究微观粒子的行为和性质,是计算化学的 基石。
统计力学
研究集合中的微观粒子的统计性质,为模拟 和预测宏观行为提供基础。
《计算化学简介》
计算化学是研究如何运用计算方法解决化学问题的学科。本PPT课件将介绍计 算化学的概念、发展历史、基本方法和常用软件工具、应用领域以及未来发 展方向和挑战。

计算化学在化学研究中的应用及发展趋势

计算化学在化学研究中的应用及发展趋势

计算化学在化学研究中的应用及发展趋势计算化学是应用计算机方法解决化学问题的学科,它包括了从基础的量子化学到分子模拟的广泛领域。

作为一门交叉学科,计算化学在当前化学研究中扮演着极其重要的角色,其应用范围涉及药物设计、材料研究、环保治理、化学分析等多个领域。

本文将从计算化学的基础原理、应用场景和未来发展趋势三方面介绍计算化学在化学研究中的应用及发展趋势。

一、计算化学的基础原理:计算化学的核心是运用量子力学原理及其数学表述来描述化学反应,最终达到预测性化学反应信息的目的。

在化学中,一个化学反应可以描述为原子(或分子)之间的电子转移。

在计算化学中,电子被视为运动在特定位置上的波,可以使用量子力学方程式(如Schrodinger方程式)来描述波函数。

因此,计算化学可以被认为是一种使用计算机对这个波函数进行解析的学科。

二、计算化学的应用场景:2.1 药物设计:药物研究是计算化学应用的重要领域之一。

目前,新药研究的首要问题是如何通过有效的途径获得更多的化合物的相互作用信息。

计算化学可以模拟蛋白质识别、药物毒性等方面的计算模型,为药物研究提供技术支持,帮助研发人员在预测化合物结果,优化药物分子构象,减少药物开发成本和时间等方面提供帮助。

2.2 材料研究:材料科学对于新能源、新材料等领域的发展具有至关重要的作用,计算化学可以用来预测材料的性能和动力学,为理解材料的结构和特性提供支持。

例如,在生物材料研究中,计算化学在开发介孔材料、功能材料等方面的应用发挥了积极的作用。

2.3 环保治理:环境问题越来越受到人们的关注,计算化学在解决环境污染方面也发挥着重要的作用。

例如,可以通过计算模拟物质传输、反应等过程,对环境污染动力学进行预测和控制。

此外,在空气污染和水污染等方面,计算化学都可以提供有效的解决方案。

2.4 化学分析:计算化学还可以用于化学分析中。

计算化学方法可以辅助实验室测定,例如在核磁共振(NMR)光谱数据分析方面。

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Ψ ( r1 , r2 ,..., rn ) = ψ 1 (r1 )ψ 2 (r2 )... ψ n (rn )
From Quantum Mechanism to Computational Chemistry ‘Orbital’ Approximation (single-electronic Approximation): • The Pauli principle needs that the total electronic wave function must be antisymmetric. • The wave function in Slater determination is antisymmetric. ψ (r )ψ (r )...ψ (r )
Pµν =
OCC i =1
∑ 2Cµ Cν
i
i
S µν = < φµ | φν >
Ab Initio
Hartree-Fock-Rootheen Equation
ε = 2∑ H ii + ∑ ∑ (2 J ij − K ij )
i i j n n n
= 2∑ ε i − ∑ ∑ (2 J ij − K ij )
HeΨi = EeΨi
Zα Z β Zα 1 1 2 H e =− ∑ ∇i + ∑ ∑ + ∑∑ − ∑∑ 2 i α β >α Rαβ α i i> j r i r ij iα
From Quantum Mechanism to Computational Chemistry ‘Orbital’ Approximation (single-electronic Approximation): • Consider each electron to move in some sort of "average potential" which incorporates the interactions with all the nuclei and an "averaged interaction" with the other electrons. • The wavefunction is taken to be a product of one electron wavefunctions (Molecular Orbital, MO):
– The Møller-Plesset Perturbation Theory (MP) – Configuration Interaction (CI) – Coupled Claser (CC)
Take into consideration electron correlation
Ab Initio
µ
Ab Initio
Hartree-Fock-Rootheen Equation
FC = SCE
1 Fµν = H µν + ∑ Pλσ ( µν | λσ ) − ( µλ | νσ ) 2 λσ
ˆ |φ 〉 〈φµ | h H µν = ν ZC 1 2 = 〈φµ | − ∇ | φν 〉 + 〈φµ | −∑ | φν 〉 2 C rC
1 1 2 1 N 1
Ψ SD
1 ψ 1 (r2 )ψ 2 (r2 )...ψ N (r2 ) = N ! ................................ ψ 1 (rN )ψ 2 (rN )...ψ N (rN )
Ab Initio
Hartree-FockTheory Or self-consistent field method (SCF)
From Quantum Mechanism to Computational Chemistry Time-independent Schrödinger Equation HΨ = EΨ Relativistic Approximation
Born-Oppenheimer Approximation
Ab Initio
Møller-Plesset Perturbation Theory
• Adding electron correlation effects by means of Rayleigh– Schrödinger perturbation theory (RS-PT). • Usually to second (MP2), third (MP3) or fourth (MP4) order. • The unperturbed Hamilton operator is taken as a sum over Fock operators. Then
• Assumes that the exact, N-body wave function of the system can be approximated by a single Slater determinant. • MO’s were assumed to be a linear combination of a finite number of basis functions. (LCAO)
i i j
n
n
n
=
( ε ∑ii+ H ii )
2.0∑ P µν ( H µν + Fµν )
µ ,ν
Solve HFR equation iteratively
Ab Initio
Closed Shell and Open Shell
• Closed
Shell: RHF • Open Shell: UHF, ROHF
• MP0 = E(MP0) =
∑ε
i =1
N
i
• MP1 = MP0 + E(MP1) = E(HF)
• E ( MP 2)
= ∑∑
i < j a <b
occ vir
[< φiφ j | φaφb > − < φiφ j | φbφa >]2
εi + ε j − εa − εb
Ab Initio
α β
RHF singlet
UHF doublet
Based on Hartree-Fock-Roothaan Equation
SE
Post SCF
FC=SCE
VB MM
DFT
Ab Initio
Ab Initio
• Ab initio translated from Latin means “from first principles.” This refers to the fact that no experimental data is used and computations are based on quantum mechanics. • Different Levels of Ab Initio Calculations
Electronic Correlation
• The interaction between electrons in the electronic structure of a quantum system. • Correlation Energy
Ab Initio
Electronic Correlation
Configuration Interaction
• Configuration, for example, (1s)2(2s)2(2p)1... • Generally, using the linear combination of Slater determinants descripts configuration wave function. (For the closed shell grounded state, one SD is enough.) • Interaction means the mixing (interaction) of different electronic configurations (states). • CI wave function:
Computational Chemistry and Software
Computational chemistry: A branch of chemistry that uses principles of computer science to assist in solving chemical problems. • Use the results of theoretical chemistry • Incorporate into efficient computer programs • Calculate the structures and properties of molecules and solids. --- Wikipedia (维基百科)
• Coulomb correlation: Because single determinant wavefunction • Fermi correlation: Preventing two parallel-spin electrons from being found at the same point in space • Dynamic correlation: is the correlation of the movement of electrons (CI) • Static correlation: is important for molecules where the ground state is well described only with more than one (nearly-)degenerate determinant (MCSCF)
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