质粒绘图及克隆流程图软件使用说明书
质粒克隆
质粒克隆，转化及抽提操作流程一载体酶切:载体切2-5 µg vector1.在微量离心管中配制下列反应液, 全量定容至100 μlDNA sample 3-5μg10× Buffer 10 μlEnzyme A 2 μlEnzyme B 2 μlO up to 100 μlH237℃或酶的最适温度, 120分钟,2. Alkaline Phosphatase的去磷酸反应直接在从中促反应液中加10×Alkaline Phosphatase Buffer 12 μlCIAP（10～30 U/μl） 1 μlO 7 μldH2Total 120μl37℃反应60分钟。
三纯化：苯酚法a)加dHO至350μl（目的是减少纯化损失）2b)加350μl苯酚/氯仿/异戊醇（25：24：1）抽提1次。
仔细取上清，不要吸下层和中间蛋白质层。
取大约330μlc)加330 （要与3.2以的量相等）氯仿/异戊醇（24：1）抽提1次。
取300μl上清。
（可能损耗15%）d 添加30 μl的3 M NaOAC（10分之一体积）。
e 添加750 μl的（2.5倍量）冷95%乙醇，在-20℃下保冷30分钟。
f 12000转，4℃离心,15 min，回收沉淀，g 用500 μl的70％冷乙醇（用95%制备）洗一次，12000转，4℃离心, 5 minh. 弃上清，反扣管口在清互的滤纸上吸净残余的上清，空气干燥10-15分钟。
I. 用水或TE Buffer溶解沉淀z。
具体如下2μg 20μl3μg 25 μl4μg 30 μl5μg 35 μl3.8 测OD,并在1%AGAROSE 电泳检测。
Note: 浓度需大于50ng/μl二．连接以下反应均在冰上操作。
在微量离心管中配制下列反应液, 全量定容至10 μl酶切载体100 ng待连接片断30-100 ng (载体摩尔数的1-3倍)2× T4 RAPID ligase buffer 5 μlT4 ligase (3U/μl) 1 μlO up to 10 μlH222℃连接1小时，或是过夜三．转化:1.连接产物5μl, 加100 μl感受态细胞DH5α,NOTE：如是质粒直接转化，通常只需要1 ng,，感受态细胞20 μl2.混均置冰上, 30 min,3.42度,热激60秒, 置冰上2 min 以上,4.加入900 μl SOC培养液, 37度,180 RPM , 1 小时5.取100 μl直接涂布于LB+ 50 ug/ml kan 的平板上6.6000 RPM 离心, 3 分钟, 弃上清,NOTE：若是质粒直接转化，无需离心，只需取5 μl-10μl直接铺板7.加100 μl SOC 培养液, 混均, 每块平板取100 ΜL涂布于LB+ 抗生素的平板上,8.37 度, 12-18 小时,NOTE：在使用AMP+时，时间长，可能会出现卫星克隆。
常用生物学软件简介
网址：/ 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能：a) 已知一个PC R引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。
b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。
c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。
d) 设计多重PCR引物。
e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。
f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。
g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。
h) 增强了的引物/探针搜寻手段。
设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm值范围和引物3’端的稳定性等。
i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。
网址：Oligo 6.71 Demo（引物设计软件）：/Soft/2006/112.htmOligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）Oligo 6 Tour 主要功能介绍/2．Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。
主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。
Vector⑴NTI：作为Vecto r NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。
Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。
实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。
Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。
用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。
设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。
Plasmid Premier中文使用说明书
Plasmid Premier 2.02Plasmid Premier是由加拿大的Premier Biosoft公司推出的用于质粒作图的专业软件，主要用于进行质粒作图，质粒特征分析和质粒设计。
其主要界面分为序列编辑窗口（Genetank），质粒作图窗口（Plasmid Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗口（Motif）。
打开程序就进入以下的序列编辑窗口，可以直接打开Genbank或Vector数据库中已知质粒的序列文件，将序列读入，并将有关于质粒的各种特征，包括编码区，启动子，多克隆位点以及参考文献等信息保存在Header中；也可以直接输入序列进行未知质粒的设计。
在该窗口中显示质粒序列的方式可以有按照正向链，反向链和双链格式显示，并在显示碱基分组上选择3个/组或10个/组，以及用5’ Seq No命令选择在环形质粒中开始编辑的序列5’端位置。
该程序提供的翻译功能是该程序独到的地方，可以实现DNA，RNA和蛋白序列之间的互相翻译，并且提供目前已知的所有密码表来进行翻译，还能够是用户可以对密码表进行编辑，有很高的自由度。
最为重要的是该程序提供了由蛋白向DNA按照IUPAC密码表进行逆向翻译的功能，得到了Translated DNA序列，通过在该序列中寻找序列中简并性低的区段由于进行猜测体探针的设计，这是该程序提供的在质粒作图之外的一个比较有特点的用途。
在序列编辑窗口中可以通过点击按钮进入以下的质粒作图界面在质粒图谱中主要包括质粒的四种特征元素，包括限制性酶切位点，特征序列（纹基，motif），开读框（ORF）和其他质粒特征（feature如编码区）。
其中前三种元素都是直接由程序对序列直接分析获得，也可以由用户再通过analyze 菜单再作进一步分析，而最后一中元素可以由header头信息定义，也可以由用户自由添加。
并切均可获得四种元素的列表。
对于图谱中各种元素，Plasmid Premier提供良好的图象处理支持，可以自由拖拽图中显示的各个元素，改变各个元素的显示，包括各个元素的字体，名称，位置和色彩等，并且通过点击途中的各个元素来获得其在序列上的相应位置，并且可以通过选择按钮选择只显示其中的一种元素，使界面简洁，易于进行编辑处理。
质粒绘图的专业软件——Winplas 使用说明
质粒绘图的专业软件——Winplas 2.7使用说明作者：佚名来源：生物秀时间：2008-6-27实验仪器大全实验试剂大全Winplas作为一个质粒绘图的专业软件，功能强大，而且极易上手，它可以绘制出具有发表质量的质粒图谱。
可广范应用于论文、教程的质粒插图，它的特性包括：1，无论是否知道质粒的原始序列都能绘制质粒图，像Vector NTI等综合软件也能绘制质粒图，但有一个前提就是首先得知道质粒得原始序列；2，可读入各种流行得序列格式文件，能方便地导入各种序列信息；3，可自动在识别序列中的限制性酶切位点；4，可对序列进行各种编辑，如：从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删除等5，绘图功能强大，如：位点标签、任意位置文字插入、生成彩图、线性或环形质粒图谱，可输出到剪贴板或图像文件。
软件下载地址：/Soft/2008/2571.htm一，在不知道序列结构时绘制质粒图：1，点击File菜单中地New命令，出现一个MapView窗口，同时工具栏中地绘图命令显亮。
2，点击“Insert”菜单中的“Blank Seqment”命令，出现一个“Create New Plasmid”对话框。
－在Title栏中填入质粒名称，如pUC18。
－在Base Pairs栏中填入质粒大小，如3000。
－在Type单选框中设制质粒图谱为线型还是环形。
3，点击OK后，在Map View窗口就会出现一个圆环，其中有质粒名称及质粒大小。
4，下面的工作就是向圆环上添加文字描述、标记及弧。
①点击“Insert”菜单中的“Text”命令，或直接点击工具栏中的“Text”按纽，出现“Edit Text object”对话框。
－在“Text”书签中填入“Text”的内容，如：This is PUB 18’s map，选择左右对齐及居中。
－选定相应字符可以加黒、斜体等。
－在Font书签中改变字体格式、大小及颜色。
－文字就出现在Map View窗口中，使用鼠标左健，就可以随意拖动其位置。
最经典的Bioedit使用说明书-文档资料
Region 2: Position 1206 to 1222 Consensus: 1206 ACACGCGGGCUACAAUG 1222 Segment Length: 17 Average entropy (Hx): 0.0182 Position 1206 : 0.0000 Position 1207 : 0.0000 Position 1208 : 0.0000 Position 1209 : 0.0000 Position 1210 : 0.0708 Position 1211 : 0.0708 Position 1212 : 0.0000 Position 1213 : 0.1679 Position 1214 : 0.0000 Position 1215 : 0.0000 Position 1216 : 0.0000 Position 1217 : 0.0000 Position 1218 : 0.0000 Position 1219 : 0.0000 Position 1220 : 0.0000 Position 1221 : 0.0000 Position 1222 : 0.0000
4.General Vector properties
载体属性可通过选 “Vector” 菜单中的“Properties ”来更 改：
可以通过指定起点和末端位置，来增加多接头按 钮。多接头显示为“Courier New ”字体。 在这个对话框中，特征可以被编辑、增加或者删 除。想要编辑或删除一个现存的特征，在“Features” 下拉式菜单中选择特征，并点击合适的按钮。点击 “Add New” 按钮，可以增加一个新的特征。 现在只有一个圆形、单链质粒是有效的。在以后 的版本中中将会改进。
BioEdit version 5.0.9
用DNAMAN画质粒图谱
2010年06月
打开DNAMAN程序
单击此处
DNAMAN
质粒绘图
双击图形区
Properties General
环状
线条粗细
质粒直径
Properties Elements
Properties Text
Properties Sites
示例
用DNAMAN的质粒绘图功能画一幅图如下.
方法 Draw a new map
单击此处
1. 创建图谱
双击图形区
名称: pXYZ, 尺寸: 2000Fra bibliotek修改字体
双击此处
点击此处
修改字体
设为“粗体”、16号字
2. 添加酶切位点
3、进行设定 1、单点此处
2、单击此处
3. 添加元素
1、单击此处
2、单击此处
进行设定
完成后点击OK得到右图
添加多克隆位点
在多克隆位点处添加酶切位点
使用“Adding site”功能把HindIII, SmaI, PstI, KpnI和XbaI位点分别加在1320， 1330，1340，1350和1360位置。
添加ori
移动一个对象
将鼠标移动到任何对象上面 使显示十字形后，即可进行任意移 动。
操作练习
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件一、基因芯片：1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision 7.0一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。
phoretix™Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。
J-express挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。
2、基因芯片阅读图像分析软件ScanAlyze 2.44，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。
输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、基因芯片数据分析软件Cluster斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。
SAMSignificance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
4．基因芯片聚类图形显示TreeView 1.5斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。
现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。
FreeView是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
5．基因芯片引物设计Array Designer 2.00DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二级结构。
RNA Structure 3.5RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。
质粒绘图及克隆流程图软件使用说明书
软件担保限制
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诺京公司保证，正如“软件”用户使用手册和光盘中所记录的，原购买商保存本软件的光盘在正 常使用条件下30天内（以收货凭证复印件时间为准）出现材料或质量上的问题，诺京公司将免费 提供更换。 无论任何情况下，诺京公司都不对丧失利益，丢失数据所造成的损害、其他附带性或后果性的损 害、其他使用“软件”中所出现的或“软件”无法使用的类似要求所造成的损害负责，即使诺京 公司已经向用户告知这些损害出现的可能性 软件将以现状被许可或发布。除上述产品质量担保外，诺京公司不承担任何明示或暗示的担保、 法律或其他规定的担保以及任何用于特殊用途的关于本“软件”和“软件”用户手册的律不允许排除或限制必然或偶然的损害赔偿责 任，因此上述限制可能不适用于您。
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目录
第一章 简介和安装....................................................................................................................... 6 1.1 NoeClone 独有新颖的特征................................................................................................ 6 1.2 注册你的 NoeClone 副本.................................................................................................. 6 1.3 技术支持................................................................................
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
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第一章 简介和安装....................................................................................................................... 6 1.1 NoeClone 独有新颖的特征................................................................................................ 6 1.2 注册你的 NoeClone 副本.................................................................................................. 6 1.3 技术支持............................................................................................................................ 7 1.4 硬件与软件配置要求 ........................................................................................................ 7 1.5 程序下载............................................................................................................................ 7 1.6 NoeClone 程序打包中的文件............................................................................................ 8 1.7 在微软操作系统上安装 NoeClone................................................................................... 8 1.8 在 Mac OS X 系统上安装软件....................................................................................... 12 1.9 在 Linux 操作系统中安装软件 ...................................................................................... 15 第二章 快速启动和教程............................................................................................................... 18 2.1 概念和界面...................................................................................................................... 18 2.2 指南.................................................................................................................................. 25 第三章 绘制分子图谱................................................................................................................... 28 3.1 开始新的图谱.................................................................................................................. 28 3.2 酶切位点的操作.............................................................................................................. 31 3.3 区域操作.......................................................................................................................... 34 3.4 图谱对象的操作.............................................................................................................. 39 3.5 在同一窗口中处理多个图谱 .......................................................................................... 42 第四章 序列操作......................................................................................................................... 45 4.1 利用 NoeClone 中的 DNA 序列 ..................................................................................... 45 4.2 限制性内切酶分析 .......................................................................................................... 48 4.3 创建限制性内切酶位点概览 ................................................................................................................................................................................... 55 4.5 其他序列分析功能 .......................................................................................................... 57 第五章 虚拟克隆......................................................................................................................... 64 5.1 克隆的基本原理.............................................................................................................. 64 5.2 定义插入片段.................................................................................................................. 65 5.3 创建连接反应.................................................................................................................. 68 5.4 高通量克隆...................................................................................................................... 74 5.5 快速简单的克隆.............................................................................................................. 74 5.6 Gateway 克隆 ................................................................................................................... 78 5.7 TOPO 克隆 ....................................................................................................................... 80 5.8 定义 PCR 反应 ............................................................................................................... 81 第六章 凝胶模拟........................................................................................................................... 83 6.1 凝胶概览.......................................................................................................................... 83 6.2 铺制凝胶.......................................................................................................................... 83 6.3 点样.................................................................................................................................. 84 6.4 调整凝胶展示.................................................................................................................. 87 6.5 以文本描述凝胶.............................................................................................................. 88 第七章 文件管理......................................................................................................................... 90 7.1 文件类型.......................................................................................................................... 90