一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具

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怎样搜索化学结构式

怎样搜索化学结构式化学结构式是用来描述化合物构成和连接方式的图形表示方法。

在化学领域，结构式的搜索是非常重要的，可以用于寻找特定的化合物、了解其性质和应用等。

下面将介绍一些常用的方法和工具，来帮助大家进行化学结构式的搜索。

1. 化学数据库化学数据库是存储大量化合物信息的资源，其中包含了化合物的结构式、性质、制备方法等。

通过查询化学数据库，可以找到想要的化合物的结构式。

一些常用的化学数据库包括：PubMed、ChemSpider、PubChem等。

在这些数据库中，用户可以通过关键字、化学式、结构式等进行搜索，并且可以进行进一步的筛选和排序来获取满足条件的化合物。

同时，一些化学数据库还提供了化学品的商品信息和供应商等相关信息。

2. 结构搜索引擎结构搜索引擎是专门用于搜索、检索和比对化学结构式的工具。

它们通过将用户输入的结构式与数据库中的化合物进行比对，从而找到相似的化合物或满足特定条件的化合物。

常见的结构搜索引擎有：ChemSpider、SciFinder等。

这些工具可以根据用户的需求，进行精确搜索或模糊搜索，并提供相应的结果和相关信息，如物理性质、制备方法、毒性等。

3. 软件和应用程序除了化学数据库和结构搜索引擎外，还有一些软件和应用程序可以帮助进行化学结构式的搜索。

例如，ChemDraw是一款常用的化学作图软件，可以通过绘制结构式来搜索相应的化合物。

此外，一些化学计算软件和模拟工具也提供了结构式的搜索功能，如Gaussian、VASP等。

这些工具除了能够搜索化合物，还可以用于分子建模、计算性质等应用。

4. 文献和专业资源除了在线数据库和搜索引擎外，还可以通过查阅相关的文献和专业资源来获取化学结构式。

化学期刊、学术论文、专利文献等都是搜集化学结构式的重要来源。

通过查询相关文献，可以了解到已有的研究工作、新发现的化合物等信息。

此外，一些化学参考书和手册也提供了大量的化学结构式的资料，可以作为补充参考。

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化学行业免费的谱图数据库18个

化学专业免费的谱图数据库18个1、【名称】ChemExper化学品目录CDD (包括MSDS、5000张红外谱图）【资源简介】The database contains currently more than 70 000 chemicals, 16000 MSDS, 5000 IR spectra and more than 20 suppliers. It is the only chemical database that lets you SUBMIT your own data! 【检索途径】You can find a chemical by its molecular formula, IUPAC name, common name, CAS number, catalog number, substructure or physical characteristics【地址】http://www.chemexper.be/【名称】 (NMR谱图数据库及NMR谱图预测)【资源简介】This is a web-based approach implementing a new java applet that enables to assign a chemical structure to the corresponding NMR spectrum by simply drawing lines between atoms and automatically characterized signals.This NMR predictor allows to predict the spectrum from the chemical structure based on Spinus (Structure-based Predictions In NUclear magnetic resonance Spectroscopy), which is an on-going project for the development of structure-based tools for fast prediction of NMR spectra developed by Gasteiger (http://www2.chemie.uni-erlangen.de/services/spinus/index.html). SPINUS - WEB currently accepts molecular structures via a Java molecular editor, and estimates 1H NMR chemical shifts.【地址】/2、【名称】BioMagResBank (BMRB): 多肽、蛋白质、核酸等的核磁共振数据存储库【资源简介】IntroductionBioMagResBank (BMRB) is the publicly-accessible depository for NMR results from peptides, proteins, and nucleic acids recognized by the International Society of Magnetic Resonance and by the IUPAC-IUBMB-IUPAB Inter-Union Task Group on the Standardization of Data Bases of Protein and Nucleic Acid Structures Determined by NMR Spectroscopy. In addition, BMRB provides reference information and maintains a collection of NMR pulse sequences and computer software for biomolecular NMR. Access to data in BMRB is free directly from its web site (URL ) and ftp site () and will remain so as public funding permits. The concept of a biomolecular NMR data bank developed under a five-year research grant awarded to the University of Wisconsin-Madison from the National Library of Medicine, National Institutes of Health. This grant was phased out after that period, and a Request for Applications was issued by the NIH for future support of this activity. BMRB at t he University of Wisconsin-Madison won this competition, has been supported since 1 September 1996 by the National Library of Medicine, NIH under grant 1 P41 LM05799. The current award for five years expires on 31 August 2004.AimsIn collaboration with the Protein Data Bank (PDB, Brookhaven National Laboratories) and Nucleic Acid Data Bank (NDB, Rutgers University), BMRB aims to develop into the collection site for structural NMR data in proteins and nucleic acids. Steps are being taken at BMRB to achieve this capability, which will include transmission of all relevant data to the PDB and NDB collections. In addition, BMRB has the goal of archiving NMR-specific data including assigned chemical shifts, J-couplings, relaxation rates, and chemical information derived from NMR investigations (for example, hydrogen exchange rates and pKa values). In developing these collections BMRB intends to be responsive to the needs and priorities of the scientific community. The operating policy at BMRB is monitored and shaped by its Advisory Board which meets once each year to review progress and set priorities. The Advisory Board is composed ofrepresentatives from laboratories that originate and/or use data within the BMRB p urview.【地址】/3、【名称】NIST Chemistry WebBook【资源简介】The November 1998 release of The NIST WebBook is the fifth edition of the NIST Chemistry WebBook. It contains thermochemical data for over 5000 organic and small inorganic compounds, reaction thermochemistry data for over 8000 reactions, IR spectra for over 5000 compounds, mass spectra for over 10,000 compounds, electronic / vibrational spectra for over 3000 compounds, constants ofdiatomic molecules (spectroscopic data) for over 600 compounds, Ion energetics data for over 14,000 compounds, and thermophysical property data for 16 fluids There are many avenues for searching the database. Structures are given for most species, as well as common and commercial names.【检索途径】Formula NamePartial formulaCAS registry numberStructure basedIon energeticsVibrational and electronic spectraMolecular weightAuthor【地址】/chemistry4、【名称】粉末衍射模式数据库PowBase (Powder Patterns Database)【资源简介】PowBase is a "minimum database" of constant wavelength powder patterns. The data files (zipped) contain either a CIF file or a .dat file (the latter can be viewed by WinPLOTR, option INSTRM=0).The search output produces entry numbers with hyperlink to the raw data (zipped files), the formula, wavelength, a comment, and a reference with email address. Some pertinent hyperlinks may be added, and also a VRML 3D view, sometimes.【地址】http://sdpd.univ-lemans.fr/powbase/5、【名称】上海有机化学所:化学数据库【资源简介】上海有机化学研究所的化学专业数据库由多个数据库组成，注册后可免费使用。

化学材料工程师常用物性数据专业网站集锦

化学材料工程师常用物性数据专业网站集锦化学和材料工程师常常需要使用物性数据来进行实验设计、材料选择和工艺优化等工作。

这些数据包括物质的化学成分、物理性质、热力学参数和机械性能等。

为了方便工程师们查找和使用这些数据，一些专业网站提供了大量的实验数据和计算工具。

在本篇文章中，我将介绍一些化学、材料工程师常用的物性数据专业网站。

1. NIST化学物性数据库（NIST Chemistry WebBook）2.物性数据库网（物性网）物性数据库网是一个专门收集整理物性数据和提供计算工具的网站，涵盖了多个领域的物质和性质。

网站提供了大量的物性数据，包括金属材料的力学性能、塑料材料的热性能、化学物质的热力学参数以及液体和气体的传输性质等。

此外，物性数据库网还提供了丰富的计算工具，例如物质浓度计算、流体力学计算和燃烧特性计算等。

3.ASM材料数据库ASM国际是一个材料工程师的专业组织，他们维护了一个名为“ASM 材料数据库”的网站，提供了包括金属材料、陶瓷材料和聚合物材料在内的大量材料的物性数据和相关信息。

这个数据库包括了各类材料的力学性质、热物性、电子性质和腐蚀性质等。

ASM材料数据库还提供了材料选择工具、相图计算和材料热处理指南等实用工具和技术手册。

4.化学品物性查询（化学物质数据库）5. 化学信息资源中心（Chemical Information Resources Center）总结起来，化学和材料工程师常用的物性数据专业网站集锦包括NIST化学物性数据库、物性数据库网、ASM材料数据库、化学品物性查询和化学信息资源中心等。

这些网站提供了大量的物性数据和相关信息，帮助工程师们获得准确和及时的物性数据，促进化学和材料工程的研究和应用。

化学研究常用数据库

Journal of the Chemical Society, Perkin Transactions, Part 2: An International Journal of Physical Organic Chemistry《英国化学会志：柏尔金汇刊第二辑（物理有机化学）》英国
Chemical Communications《化学通讯》英国
Talanta《塔兰塔》荷兰
方正阿帕比-阅读分享
/idoican/index.html
ScienceDirect - Home（常用的外文论文数据库，推荐使用）
/
IEEE Xplore- Guest Home Page（IEEE数据库）
542B0006-1B Journal of Physical chemistry B: Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical《物理化学杂志，B辑：材料、表面、界面与生物物理》美国
International Journal of Chemical Kinetics《国际化学动力学杂志》美国
/Xplore/guesthome.jsp
Elsevier —— 全球（主要是欧洲）学术书刊出版集团，提供论文在线投稿服务
/wps/find/homepage.cws_home
Engineering Village （著名的EI数据库）
Synthetic Communications《合成通讯》美国
Synthesis(Text in English) 《合成》德国
Research on Chemical Intermediates《化学媒介物研究》荷兰

绝对干货分享200个免费化学化工网站

绝对干货分享200个免费化学化工网站1、Web of Knowledge中ISI proceedings（ISTP的网络版）：/portal.cgi 它是检索国际著名会议、座谈会、研讨会及其他各种会议录用论文的综合性多学科的权威数据库。

2、IEL（IEEE/IEEE Electronic Library）全文库：收录了美国电气与电子工程师（IEEE）学会和英国电气工程师学会（IEE）自1988年以来出版的约6000多种会议录（全文）。

3、INSPEC（英国科学文摘）：/portal.cgi 由英国电气工程师学会（IEE）出版的文摘数据库，是物理学、电子工程、电子学、计算机科学及信息技术领域的权威性文摘索引数据库。

4、国家科技图书文献中心（NSTL）：/ 提供了其下属成员馆馆藏外文会议论文的题录文摘。

5、CALIS学术会议论文库：/ 收录来自于之前称为“211工程”的61所重点学术每年主持的国际会议的论文。

6、国家科技图书文献中心的中文学位论文数据库（免费-文摘）：/NSTL/7、中国优秀博硕士学位论文全文数据库（文摘免费，全文收费）：/kns/brief/result.aspx?dbPrefix=CDMD8、目前提供电子版中文学位论文全文的数据库主要包括：中国优秀博硕士学位论文全文数据库（），其题录文摘库是免费查询的，查询全文需购买。

9、人大复印库：/Home/RDFUKIndex中国人民大学“复印报刊资料”数据库，源自1958年，致力于为人文社科学者、学术机构提供精优学术资源。

10、查询国外学位论文的途径可使用PQDD-B（UMI博硕士论文数据库）：/可查询欧美1000余所大学1861年以来的160多万篇学位论文的信息，其中1997年以来的部分论文不但能看到文摘索引，还可以看到前24页的原文。

11、NASA Scientific and Technical Information Program：NASA（National Aeronautices & Space Administrantion）提供的有关航空航天方面的丰富的科技报告全文。

一些计算化学相关的免费的在线数据库

一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具1 在线信息数据库部分ChemSpider小分子信息整合数据库：简介：是当前众多的在线分子数据库的信息整合，便于用户搜索，数据来自200种数据库。

根据分子俗名、系统命名、Smile/InChI字符串、注册号、分子式等方式搜索，会列出分子平面结构、实验测定和实时估算的理化性质（含LogP等）、毒性、分子简介、Smile/InChI/InChIKey字符串、在其它分子数据库中的编号和链接、相关文章及专利、同义词、相关蛋白质、NMR/IR光谱图等，某些分子还可以链入web CSD获得三维结构。

√ SDBS光谱数据库：http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。

含3万余个化合物，其中以商业化学试剂为主，约2/3的数据是6碳至16碳的化合物。

数据大部分是其自行测定的，并不断添加。

可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。

生物核磁共振数据库：http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/depositCRYSTAL程序基组数据库：/~mdt26/crystal.htmlTURBOMOLE程序基组数据库：/TURBOMOLE_BASISSET_LIBRARY/tbl.html√ 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB)：简介：此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果，也包含实验数据。

可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加。

√ 量化频率计算校正因子：/vibscale.asp简介：实际上就是CCCBDB的一个子页面，比较重要故单独列出。

IUPAC金属络合物稳定常数数据库：注：需要付费，可免费下载试用版。

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一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具1 在线信息数据库部分√ SDBS光谱数据库：http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。

含3万余个化合物，其中以商业化学试剂为主，约2/3是6碳至16碳的化合物。

数据大部分是其自行测定的，并不断添加。

可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS 注册号、元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。

生物核磁共振数据库：http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/depositCRYSTAL程序基组数据库：/~mdt26/crystal.html√ 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB)：简介：此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果，也包含实验数据。

可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加。

√ 量化频率计算校正因子：/vibscale.asp简介：实际上就是CCCBDB的一个子页面，比较重要故单独列出。

IUPAC金属络合物稳定常数数据库：注：需要付费，可免费下载试用版。

√ NIST化学数据库：/chemistry简介：是美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库。

输入分子查找条件，可获得分子量、CAS登记号、各种热力学数据、谱图等信息，部分分子包含3D结构。

RESP ESP charge DDataBase(REDDB)：/REDDB/index.php 简介：分子的RESP电荷的数据库Uppsala Electron Density Server：http://eds.bmc.uu.se/eds简介：用于评价蛋白质数据库中晶体结构电子密度。

输入pdb ID（比如1cbs）进入后可以对各种内容做图。

点击EDS Summary下面的Go按钮可以自动启动基于java的电子密度图可视化程序观看电子密度图，注意不要开启浏览器的弹出窗口过滤。

√ 上海有机所化学专业数据库：http://202.127.145.134/scdb/default.htm简介：十分有用的数据库，免费注册。

可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、毒性、生物活性以及相关反应等。

还包括中英互译、药品名称检索等功能。

√ EMSL基组数据库：https:///bse/portalClarkson大学相对论有效势数据库：/~pac/reps.html含重原子全电子STO基组数据库：/Downloads/zorabasis/Welcome.html原子间势参数数据库：/PotentialsStuttgart赝势参数数据库：http://www.theochem.uni-stuttgar ... ls/clickpse.en.htmlChemBioFinder：http://chembiofinder.cambridgeso ... r/SimpleSearch.aspx简介：根据分子质量、名称或者自行绘制结构，从几十万分子中搜索，得到二维结构、Smiles、InCHI字符串、分子量等简单信息。

Sigma-Aldrich公司产品数据库：/Area ... /United_States.html 简介：主要用来获得化合物IR、NMR谱图。

右上角输入化合物的名字，搜索到后进入相应条目，如果在左侧有FT-IR Raman、FT-NMR字样，就可以进入察看，没有则说明此化合物无光谱数据。

也可以获得化合物的一些物性数据，但不全面。

基本物理常数数据库：/cuu/Constants/index.html简介；可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系，如hartree->eV百奥知识数据库：/html/sites/database/index.htm简介：一个生物信息数据库的比较全的列表，每个数据库有简单官方介绍。

=====================2 结构数据库部分GLYCAM寡糖数据库：/CCRC/Library/index.jsp√ ICSD无机晶体数据库：http://icsd.ill.fr/icsd/index.php简介：免费在线提供部分晶体结构信息及cif文件。

√ NDB核酸数据库：简介：根据NDB ID，获得核酸坐标文件、出处等信息，类似RCSB蛋白质数据库。

PDBbind-CN：/index.asp简介：收集了pdb数据库中的生物分子复合物。

给出受体、配体名称、亲和性、序列等信息，可在线观看或下载结构，可根据配体名称、结构搜索含有此配体的复合物。

PDB Wiki：/index.php/Main_Page简介：基于PDB数据库，对蛋白质进行了简单分类，访问者可以给每个蛋白添加注释。

sc-PDB：http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB简介：收集了PDB数据库中含有可以为药物结合的位点的蛋白。

可根据配体、蛋白、结合方式为特征进行搜索。

√ RCSB PDB数据库：/pdb/home/home.doHPDB蛋白质数据库：简介：河北大学的蛋白质数据库，可通过此库间接下载到RCSB蛋白质数据库的文件。

有中文PDB文件格式的介绍，比较有用，还有另外一介绍蛋白质的些文章。

√ ZINC化合物虚拟筛选数据库：/index.shtml简介：根据自定义的化合物的性质，在800万种以上可买到的产品中进行筛选。

可以下载到结构文件。

√ PubChem：简介：NCBI下属的小分子数据库，包括化合物、物质、生物活性三大数据库，含上千万条目并不断增加。

可通过分子结构、名称、分子式、分子量、XLogP、氢键信息方式查询。

可以得到分子的简介、化学结构、XLogP（自动计算）、同义词、生物活性、毒性、药理学信息及分类、SMILE和InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。

一些结构还有3D SDF 结构文件，进入条目后可在页面最下面点SDF按钮保存，可被一些软件直接读取，如ChemBio3D。

是一个很有用的获得小分子三维结构的方法。

SuperNature天然产物数据库：http://bioinformatics.charite.de/supernatural简介：几万种天然产物数据库，可通过名称、结构、相似度、LogP、分子量、分子式等信息搜索，也可以绘制结构或根据结构模版搜索，可在线观看结构，并获得净电荷、偶极矩、手形中心数目、可旋转键数目、氢键受/配体等信息。

蛋白质pKa数据库(PPD)：/PPD蛋白质分类数据库(CATH)：简介：其中结构来自PDB数据库，半自动地对每个结构根据二级结构、形状、拓扑、同源性进行了分类，可以根据这些特点进行分类查询。

蛋白质结构分类数据库(SCOP)：/scop简介：和CATH的功能类似，包含几万个蛋白质结构。

但是是人工对每个蛋白结构进行分类，比CATH的分类更为合理。

结构分类基于四个层次：class、fold、superfamily、family。

结构相似蛋白质家族数据库(FSSP)：/srsbin/cgi- ... i2u1RffMj+-lib+FSSP 简介：此数据库对pdb数据库中的结构使用Dali算法进行了相似度计算，用以找到相似蛋白质。

=========================3 在线工具部分√ Dali server：http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server简介：输入PDB ID或者上传PDB，服务器会对此结构与PDB数据库中的结构用dali算法计算，将其中有一定结构相似度的PDB列出。

通过复选框选择几个结构，可以对比序列，以及在线观看它们重叠后的3D结构。

Dali Database(http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/start)每年更新两次，如果是在更新日期以前发布的pdb，可以直接在Dali Database里面查询之前已算好的结果，而不必在Dali server里面重新计算。

在线生成金刚石结构（包括同晶体结构的硅、锗）：/research/diamondonline.html在线生成石墨结构：/research/graphiteonline.html在线生成碳纳米管结构：/research/tubegenonline.htmlADIT蛋白质检查工具：/adit简介：可以自行上传pdb文件，通过Validate操作，自动通过PROCHECK程序绘制出各种图表用以检查蛋白质。

包括ramachandran图，chi1-chi2图，主链/侧链信息图（解析度标准偏差、不合理接触等）、二级结构图、扭转角分布、键长距离分布、侧链上平面结构偏差分布、主链键长键角扭曲情况。

webPIPSA(Protein Interaction Property Similarity Analysis)：/pipsa简介：上传pdb/pqr或输入pdb ID，自动调用APBS/UHBD计算它们的静电势，根据一定规则绘制成距离矩阵，并做簇分析。

可以分析不同蛋白质在相互作用上的相似性。

可以下载到运行期间的中间文件，包括转化后的pqr和计算得到的grid格点文件，可被vmd等软件读取。

CASTp：/castp/calculation.php简介：找出某蛋白所有口袋或孔洞，并得到它们的容积和表面积，有助于研究潜在的配体结合位点。

SFoldRate预测蛋白质折叠速率：/lab/tools/foldingrate/fr0.htmlALOGPS：/lab/alogps简介：在线上传分子结构，计算LogP、水溶性、PKa、SMILE字符串等信息。

支持分子结构格式十分多。

CORINA：/online_demos/corina_demo.html简介：通过SMILE字符串得到分子的结构文件一些有用的晶体学工具：http://www.cryst.ehu.esGETAREA：/getarea.html简介：计算分子SASA和溶解能，服务器不太稳健DockingServer：/web/?简介：在线分子对接，须注册，对免费用户功能有限制GLYCAM在线构建糖、糖蛋白结构：/ccrc/biombuilder/biomb_index.jspMolEdit：http://159.149.163.21/moledit.htm简介：在线绘制2D结构，自动转化为三维坐标文件，支持格式很多。

√ E-Babel：/lab/babel简介：相当于在线版的Babel，可以支持几十种结构文件格式的转换。