福建永安市辣椒丛枝病植原体的分子检测及鉴定
辣椒病毒病病原种类检测初报
辣椒病毒病病原种类检测初报作者：陈灵芝，张茹，魏兵强，王兰兰来源：《甘肃农业科技》2017年第11期摘要：針对甘肃省农业科学院蔬菜研究所辣椒组育苗棚、试验地以及近郊辣椒种植田病毒病发病严重问题，开展了病毒病病原种类鉴定，并比较了双抗体夹心酶联免疫吸附法（DAS-ELISA）和简易试纸条对同一种病毒的检测结果。
结果检测出了TMV、PVV和PVS 3种病毒，其中TMV为优势种群，侵染率高达66.7%，未发现CMV侵染。
试验结果表明，DAS-ELISA法和简易试纸条法对同一种病毒检测结果基本一致。
关键词：辣椒；病毒；检测中图分类号：S436.418.1 文献标志码：A 文章编号：1001-1463（2017）11-0017-03doi：10.3969/j.issn.1001-1463.2017.11.006A Preliminary Report on Detection of Pathogenic Species ofVirus Disease in PepperCHEN Lingzhi， ZHANG Ru， WEI Bingqiang， WANG Lanlan（Institute of Vegetables， Gansu Academy of Agricultural Sciences， Lanzhou Gansu 730070， China）Abstract：We use DAS-ELISA method to indentify the pathogenetic virus and compare the result between DAS-ELISA and immunostrip. The result detects three virus： TMV、 PVV、 PVS，and TMV is the prevalent pathogenic virus， the detection rate is 66.7%. TMV is the daninatnt species，CMV isn’t det ected. The detection results between DAS-ELISA and immunostrip is almost accordance.Key words：Pepper；Virus；Identification辣椒病毒病是近年来危害辣椒生产的重要病害。
利用分子标记鉴定辣椒抗疫病材料
利用分子标记鉴定辣椒抗疫病材料
郭爽;黄贞;常绍东;刘玉平;曹翠文
【期刊名称】《中国农学通报》
【年(卷),期】2012(28)13
【摘要】为了利用分子标记快速准确鉴定辣椒抗疫病材料,以36份辣椒高代自交系为材料,利用与辣椒疫病紧密连锁的2对标记引物,结合田间抗疫病性调查,鉴定辣椒抗疫病种育材料。
试验结果表明,26份材料的2个标记引物的分子标记鉴定结果与田间调查结果完全吻合,包括22份抗病材料,4份感病材料;3份材料的分子鉴定结果与田间调查结果相反;4份材料在2对引物上的鉴定结果不同,这些差异可能是由于标记所连锁的抗性位点不同、抗性基因的表达形式不同造成的。
【总页数】4页(P163-166)
【关键词】辣椒;分子标记;鉴定;疫病
【作者】郭爽;黄贞;常绍东;刘玉平;曹翠文
【作者单位】广州市农业科学研究院
【正文语种】中文
【中图分类】S641.3
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维信
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两种林木植原体病害的分子鉴定
两种林木植原体病害的分子鉴定作者：辛霁航崔亚琴刘红霞游崇娟来源：《植物保护》2024年第04期关键词植原体；沙棘；油松；16S rRNA：tuf基因；RFLP分析2021年-2022年在沙棘主产区山西吕梁的沙棘Hippophae tharnnoides上出现了一种疑似植原体引起的病害，该症状与胡建忠等描述的内蒙古沙棘生态工程区发生的沙棘缩叶病的症状极为相似。
主要症状为新梢顶端生长点的幼叶变形卷缩，后逐渐向茎扩展，造成茎扭曲。
他们认为该病害是由植原体引起，但未对其病原进行鉴定。
2022年9月，在北京延庆冬奥园区内，部分油松Pi-nus tabul-iformis出现了针叶变短变小，分枝过度生长，侧枝形成球状结构等症状。
该症状与裸子植物上的植原体病害的症状极为相似，当植原体侵染松科植物后常常造成丛枝、侧枝形成球状结构、针叶短小和植株生长迟缓等症状。
目前发现至少有4个16Sr亚组的植原体可侵染松属植物并引起丛枝病害。
Schneider等首次证实德国和西班牙等地表现出典型丛枝症状的欧洲赤松是由植原体引起，并将其作为16Sr XXI组的候选种。
Sliwa等发现波兰欧洲赤松上的植原体病害也是由该种引起。
此外，研究者陆续从多种松属植物上发现多个亚组的植原体。
例如，Valiunas等认为侵染矮赤松和欧洲赤松的植原体属于16Srl-A亚组。
Babaei等报道了引起土耳其松丛枝病的16SrⅥ-A亚组植原体。
Ivanauskas等则报道了欧洲赤松上的16Sr XCl-C和亚组植原体，并证实蚜虫可携带16Sr亚组的植原体。
但截至目前，我国尚未有松科植物上的植原体相关病害的报道。
植原体phytoplasma，原称类菌原体（mycoplas-ma-like organism，MLO），隶属于细菌界Bacteria柔膜菌纲Mollicutes，是一类無细胞壁、非螺旋结构的原核生物。
植原体专性寄生在韧皮部，难以在体外人工培养，因此无法通过培养形态等传统方法进行分类和鉴定。
辣椒疫病病原菌的分离与鉴定
辣椒疫病病原菌的分离与鉴定付静;陈建中;付伟;王更先【摘要】[目的]明确发生在邯郸地区大名县辣椒大棚中的疫病病原菌.[方法]从辣椒大棚里采集辣椒疫病病样,对病原菌进行分离与纯化,并通过形态学观察、ITS序列分析及致病力测定,对病原菌进行鉴定.[结果]辣椒疫病病原菌为辣椒疫霉(Phytophthora capsici).[结论]该研究为当地辣椒疫病防治提供科学的理论依据.【期刊名称】《安徽农业科学》【年(卷),期】2019(047)004【总页数】4页(P150-152,157)【关键词】辣椒;疫病;病原菌;分离;鉴定;辣椒疫霉【作者】付静;陈建中;付伟;王更先【作者单位】邯郸学院生命科学与工程学院,河北邯郸056005;邯郸学院生命科学与工程学院,河北邯郸056005;韩国又石大学制药化妆品工程系,韩国完州55338;邯郸学院生命科学与工程学院,河北邯郸056005;邯郸学院生命科学与工程学院,河北邯郸056005【正文语种】中文【中图分类】S436.418.1辣椒疫病是辣椒生产上的重要病害，目前已广泛分布于我国的辣椒种植区。
辣椒在苗期、成株期都可感染疫病，而且在田间扩展迅速，常造成辣椒生产的毁灭性破坏[1]。
辣椒疫病的病原为辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici Leonian)，属于藻界卵菌门疫霉属，其寄主范围较广，可引起多种重要作物病害[2]。
辣椒疫霉菌以卵孢子在土壤中越冬，环境适宜时卵孢子萌发产生游动孢子侵入寄主，经风、雨、水等传播，进行初侵染和再侵染[3]。
为了明确邯郸地区辣椒疫病病原菌的分类特征及为害特点，有效地控制辣椒生产中疫病的发生危害，笔者对邯郸大名县大棚辣椒疫病的病原菌进行分离和鉴定。
1 材料与方法1.1 试验材料辣椒疫病病样采自河北省邯郸地区大名县大棚栽培辣椒的根。
病原菌的致病力测定中供试辣椒品种为“瑞丰”“长健”“瑞朗”“尖椒1号”和“133”，采用常规育苗，长至1片真叶时选择大小一致的健壮辣椒苗，移栽于盛有适量营养土的盆中，日光温室内常规管理。
辣椒基因组SSR引物的开发及品种纯度分子鉴定
辣椒基因组SSR引物的开发及品种纯度分子鉴定随着基因组学技术的发展，越来越多的植物基因组SSR引物被开发出来。
利用这些SSR引物，可以开发出高效、准确的分子标记用于遗传多样性分析、品种纯度鉴定、种质资源保护等方面的研究。
本文以辣椒为研究对象，介绍了辣椒基因组SSR引物的开发以及利用这些引物进行品种纯度分子鉴定的方法。
1. 基因组DNA提取首先需要从辣椒品种的叶片、花、果实等组织中提取基因组DNA。
常用的方法包括CTAB法、SDS法、硅胶柱法等。
其中，CTAB法对多种植物基因组DNA的提取效果较好，因此在辣椒基因组SSR引物的开发中也可采用该方法。
在DNA提取过程中，需要注意避免RNA 和蛋白质的污染。
2. SSR引物设计基于辣椒基因组序列，可以使用计算机程序（如SSRHunter、MISA等）进行SSR引物的设计。
SSR引物的设计需要考虑到多个因素，如引物长度、引物GC含量、引物Tm值、引物重复单元长度、引物重复单元数量等。
通常，引物长度在18-24 bp之间，GC含量在40%-60%之间，Tm值在55°C-65°C之间，重复单元长度为2-6 bp，重复单元数量不超过8个的引物可用于PCR扩增。
3. PCR扩增根据设计出的SSR引物，可以使用PCR技术扩增目标序列。
PCR反应条件需要根据引物的Tm值和序列长度进行优化。
一般而言，PCR反应需要加入模板DNA、引物、Taq聚合酶、dNTPs等反应试剂，并在恰当的温度下进行扩增。
辣椒基因组SSR引物的PCR扩增可以采用以下反应条件：95°C预变性2 min，95°C变性30 s，55°C退火30 s，72°C延伸1 min，共30个循环，最后72°C延伸10 min。
4. PCR产物检测PCR扩增后的产物需要进行检测。
通常可以采用琼脂糖凝胶电泳或毛细管电泳等方法对PCR产物进行分离和可视化。
桃红叶植原体检测及鉴定
桃红叶植原体检测及鉴定
张华明;蔡红;陈海如;葛晓琴
【期刊名称】《植物检疫》
【年(卷),期】2005(19)1
【摘要】对表现红叶的桃植株进行植原体 1 6SrRNA基因PCR扩增 ,得到 1 2kb 的特异片段。
将此片段与pGEMTEasy载体连接并转化到大肠杆茵DH5α感受态细胞中。
通过酶切、PCR鉴定 ,对筛选得到的重组阳性克隆进行序列测定及同源性比较分析 ,确定该株系属于翠菊黄化植原体组 (Asteryellowsgroup ,1 6SrI)。
在国内首次报道了翠菊黄化组中的植原体侵染桃树。
【总页数】5页(P7-11)
【关键词】植原体;翠菊;黄化;株系;特异片段;桃树;植株;体检;首次;DHS
【作者】张华明;蔡红;陈海如;葛晓琴
【作者单位】云南农业大学云南省植物病理重点实验室
【正文语种】中文
【中图分类】S436;S682.11
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1.苦豆子丛枝病植原体的分子检测与鉴定 [J], 李成亮;都业娟;刘娟娟;石宝萍;向本春
2.枣疯病植原体的分子检测与同源性鉴定 [J], 高静涛;牛建新;王雪莲;刘娜;叶春秀;张飞;朱天丁
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辣椒基因测定实验报告(3篇)
第1篇一、实验背景辣椒作为一种重要的调味作物，在我国有着广泛的种植和消费。
近年来，随着分子生物学技术的不断发展，辣椒基因组测序研究已成为辣椒育种和遗传研究的重要手段。
本研究旨在通过辣椒基因组测序，揭示辣椒基因组的结构和功能，为辣椒育种和遗传改良提供理论依据。
二、实验材料与方法1. 实验材料本实验以遵义市农业科学研究所选育的辣椒品种遵辣1号为研究对象，其遗传背景为栽培种。
2. 实验方法（1）基因组DNA提取采用CTAB法提取辣椒基因组DNA，并进行浓度和纯度检测。
（2）基因组测序采用Illumina HiSeq 2500测序平台进行高通量测序，获得辣椒基因组序列。
（3）基因组组装采用SPAdes软件对测序数据进行组装，得到辣椒基因组初步草图。
（4）基因组注释利用BLASTx、BLASTn等生物信息学工具，对辣椒基因组草图进行注释，包括基因结构、基因功能、转录因子等。
（5）基因家族分析采用MCL软件对辣椒基因组中的基因进行聚类，分析基因家族结构和进化关系。
（6）差异表达基因分析采用DEGseq软件对辣椒不同组织或不同发育阶段的基因表达数据进行差异分析，筛选出差异表达基因。
1. 辣椒基因组组装经过Illumina HiSeq 2500测序平台测序，共获得约120G的原始数据。
经过组装，得到辣椒基因组草图，基因组大小约为400Mb，基因组GC含量约为38%。
2. 基因组注释通过对辣椒基因组草图进行注释，共发现约3.5万个基因，其中编码蛋白的基因约为3万个。
在基因功能注释方面，涉及多个生物学过程和代谢途径。
3. 基因家族分析通过对辣椒基因组中的基因进行聚类，发现辣椒基因组中存在多个基因家族，如转录因子家族、抗逆相关基因家族等。
4. 差异表达基因分析通过对辣椒不同组织或不同发育阶段的基因表达数据进行差异分析，共筛选出约500个差异表达基因。
这些差异表达基因可能参与辣椒的生长发育、抗逆性、品质等性状的形成。
四、实验讨论1. 辣椒基因组测序的成功完成，为辣椒的遗传研究和育种提供了重要基础。
永安市辣椒植原体病害的调查研究
２ 方 法
２ ． １ 取样 根据植 原体病 害可 以使植物产生黄化、 小叶、 丛枝、
的 田块 。于 是在 ２ ０ １ ３ 年 ４月在 永安市大湖镇上 甲村大 棚 内采集 ３ 株黄椒样 品，一株为植株矮化，小叶皱缩 ，
叶色 发黄 ：一 株为 叶片黄化 斑驳 ；一株 为叶片 正常 ，
取Ｐ Ｃ Ｒ产物在 １ ％的琼脂糖凝胶 中电泳 ，使用凝 胶 成像系统观察并记录 。
Ｒ１ ６ Ｆ ２ ｎ
Ｒ１ ６ Ｒ ２
Ｔ ＧＡ Ｃ Ｇ Ｇ Ｇ Ｃ Ｇ Ｇ Ｔ Ｇ Ｔ Ｇ Ｔ Ａ Ｃ Ａ Ａ Ａ Ｃ Ｃ Ｃ Ｃ Ｇ
２ ． ３ ． ２ 直接 Ｐ Ｃ Ｒ扩增
２ ． ３ ． ４ Ｐ Ｃ Ｒ 产物 电泳分析
引物序列 （ ５ ’～ ３ ’）
ＣＡ Ｔ Ｇ Ｃ Ａ ＡＧ Ｔ Ｃ Ｇ Ａ Ａ Ｃ Ｇ Ｇ Ａ Ｃ Ｔ Ｔ Ａ Ａ Ｃ Ｃ Ｃ Ｃ Ａ Ａ Ｔ Ｃ Ａ Ｔ Ｃ Ｇ Ａ Ｃ Ｇ Ａ Ａ Ａ Ｃ Ｇ Ａ Ｃ Ｔ Ｇ Ｃ Ｔ Ａ Ａ Ｇ Ａ Ｃ Ｔ Ｇ Ｇ
生物公司 。
引物 为植 原体 １ ６ Ｓ ｒ Ｄ Ｎ Ａ的 通 用 引 物 对 。 其 中
Ｒ １ ６ ｍ Ｆ ２ ／ Ｒ ｌ ６ ｍ Ｒ ２为 外侧 引物 对，Ｒ １ ６ Ｆ ２ ｎ ／ Ｒ １ ６ Ｒ ２为 内侧
倍 液、４ ８ ％乐斯 本乳 油 ８ ０ ０倍液 、５ ％高 效氯 氰菊 酯乳 片褪绿 、变黄、萎蔫 ，植株长势逐渐衰弱 ，甚至枯 死。 油 ８ ０ ０倍 液 、９ ０ ％杀 虫 单 １ ０ ０ ０倍 液 、１ ８ ％杀 虫 双 ６ ０ ０ 倍液 、 ９ ８ ％巴丹 １ ０ ０ ０ 倍 液等。在成虫始盛期至盛 末期， 防治方法 ： （ １ ） 农业 防治。育苗 时把 苗床和生产温 室分开 ，培育 “ 无 虫苗 ”；合理 种植 ，避 免黄瓜 、番
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福建永安市辣椒丛枝病植原体的分子检测及鉴定刘建密;纪翠红;陈细红;林积秀;黄培枝;严叔平;陈文乐;陈彩霞;张宇翔【摘要】永安地区发病辣椒植株表现小叶、黄化、丛枝、簇芽等症状.利用植原体16S rDNA基因的通用引物R16mF2/R16 mR2和R16F2n/R16R2,对发病辣椒植株总DNA进行巢式PCR检测,获得约1.2 kb的特异性DNA片段.经测序并在GenBank数据库进行比对分析,共获得4条植原体特定的16S rDNA基因序列(CHY-C4-1、CHY-Y1-1、CHY-Y7-1、CHY-G1-1).将测得的4条序列与已报道的植原体序列进行同源性比对,并构建系统进化树,结果显示获得的4条植原体序列均聚类到16SrⅠ组,其中CHY-Y1-1、CHY-Y7-1、CHY-G1-1与16SrⅠ-B亚组植原体聚类到同一支,而CHY-C4-1与已报道的16SrⅠ组内的6个亚组均未聚类到一支,因此建议将CHY-C4-1命名为新的亚组.利用iPhyClassifier在线分析软件对获得的4条植原体序列进行虚拟RFLP分析,结果与进化树获得的结果一致.【期刊名称】《植物保护》【年(卷),期】2015(041)003【总页数】5页(P115-118,153)【关键词】辣椒;植原体;16S rDNA;巢式-PCR;系统进化分析【作者】刘建密;纪翠红;陈细红;林积秀;黄培枝;严叔平;陈文乐;陈彩霞;张宇翔【作者单位】福建三明市植保植检站,三明365000;福建永安市植保植检站,永安366000;福建厦门出入境检验检疫局,厦门361012;福建永安市植保植检站,永安366000;福建永安市植保植检站,永安366000;福建三明市植保植检站,三明365000;福建三明市植保植检站,三明365000;福建三明市植保植检站,三明365000;福建永安市植保植检站,永安366000【正文语种】中文【中图分类】S436.3植原体(phytoplasma)(原称类菌原体mycoplasma-like organism, MLO)为单细胞原核生物,无细胞壁,由生物膜包围,定殖于植物韧皮部筛管细胞[1],主要靠吸食植物韧皮部汁液的昆虫介体传播,如叶蝉、茶翅蝽、飞虱、蚜虫等[2]。
自20世纪60年代以来,全世界范围内的1 000余种植物病害均被发现与植原体的侵染有关,其引起的症状主要包括丛枝、黄化、小叶、花变叶、花器退化等,严重时引起植株提早衰老,直至整个植株枯死[3]。
我国也报道了100余种与之相关的植物病害[4]。
由于植原体无法人工培养[5],不能像其他原核生物一样进行系统的分类鉴定,单依靠发病植物症状、寄主或传播媒介往往不能精确地分类,比如同一植原体在不同寄主上的症状表现可能不同,不同植原体可能由同一介体昆虫传播,或引起的病害在症状表现上相同[6-9]。
最初,植原体检测主要依靠电子显微镜以及借助于组织化学的方法。
近年来,随着分子生物学技术的发展,核酸杂交和PCR等技术的广泛应用大大促进了植原体的分类鉴定[10]。
特别是植原体16S rDNA PCR产物的RFLP分析,可以作为区分和鉴定植原体的一种简便、可靠、实用的方法,有助于揭示植原体之间的同源性和系统发育关系及遗传相关性[4]。
值得一提的是,随着DNA测序技术和生物信息学技术的发展,2008年,Wei等利用计算机程序分析植原体16S rDNA的RFLP图谱,将所有的植原体划分为28个16Sr组和100个亚组[11-12]。
根据NCBI分类数据库(Taxonomy)统计结果,目前已报道的16Sr植原体组增加到32个。
辣椒(Capsicum annuum L.)广泛分布于世界各地,是重要的蔬菜之一,在我国各地普遍栽培。
辣椒上的植原体病害在亚洲、美洲和欧洲均有报道,并造成严重危害[13-16]。
目前,国内有关辣椒植原体病害的报道较少,对其尚缺乏了解,加上植原体病害的症状与病毒病的症状相似往往被误认为是病毒病,因此单从症状上难以准确诊断,这为病害的防治带来困难。
笔者对永安市辣椒田进行调查,采集的50株样本中发现有30株含有植原体,发病率达5%～30%[17],严重威胁着辣椒种植业。
基于此,本文对永安辣椒发病株进行植原体16S rDNA 巢式PCR扩增和序列测定,获取其分子生物学信息,确定其分类地位和系统发育关系,为辣椒植原体病害的早期诊断,准确和快速检测,以及防控措施的制定提供依据。
1.1 供试材料2013年07月11日和2013年07月12日在永安辣椒田采集表现为小叶、丛枝、黄化等症状的辣椒植原体病害疑似株及健康株样品,保存于4 ℃冰箱中。
试验所需引物由Invitrogen生物公司合成,其他试剂均购自天根生化科技(北京)有限公司。
1.2 辣椒叶片总DNA提取采用植物基因组提取试剂盒提取辣椒叶片总DNA,置于-20 ℃冰箱中保存,备用。
1.3 16S rDNA的PCR扩增1.3.1 引物采用植原体16S rDNA的通用引物对[18-19]。
R16 mF2/R16 mR2为外侧引物对,R16 mF2：5′-CATGCAAGTCGAACGGA-3′,R16 mR2：5′-CTTAACCCCAATCATCGAC-3′。
R16F2n/R16R2为内侧引物对, R16F2n：5′-GAAACGACTGCTAAGACTGG-3′,R16R2：5′-TGACGGGCGGTGTGTACAAACCCCG-3′。
1.3.2 直接PCR(Direct-PCR)扩增以供试样品总DNA为模板,R16 mF2/R16 mR2为扩增引物。
反应体系(25 μL)：DNA 模板1.0 μL,引物(10 μmol/L)各1.0 μL,dNTPs(10 mmol/L)1.0 μL,10×PCR buffer(MgCl2,2.5 mmol/L)2.5 μL,Taq DNA聚合酶(2.5 U/μL)0.5 μL,ddH2O 18μL。
反应条件：94 ℃预变性5 min;94 ℃变性50 s,55 ℃复性50 s,72 ℃延伸2 min,35个循环;72 ℃延伸7 min。
1.3.3 巢式PCR(Nested-PCR)扩增把1.3.2中扩增的产物作模板,以R16F2n/R16R2为引物进行巢式PCR扩增,PCR 反应体系及条件同1.3.2。
1.3.4 PCR产物电泳分析取5 μL PCR产物经1%琼脂糖凝胶电泳,EB染色,使用凝胶成像系统观察并摄影记录。
1.4 核苷酸序列测定与分析将含有目的片段的Nested-PCR产物进行序列测定,由Invitrogen生物公司完成。
将测得的16Sr DNA基因序列在NCBI数据库中进行BLAST分析,利用MEGA5与已报道的序列进行同源性比对,构建系统进化树。
1.5 植原体16S rDNA序列iPhyClassifier在线分析利用植原体分类鉴定在线工具iPhyClassifier(http：∥∕cgi-bin∕resource∕iphyclassifier.cgi)将测得16S rDNA序列(R16F2n/R16R2)进行虚拟酶切,并进行基于相似系数分析的16Sr 组/亚组的确定(16Sr group/subgroup classification based on similarity coefficient)。
2.1 感病植株症状表现如图1所示,辣椒植原体病害的症状表现为小叶,黄化,丛枝。
早期发病的植株矮小,小叶,叶色发黄,不结果或结果很少;中后期发病的植株矮化或矮化不明显,中下部叶片正常,中上部叶片狭窄皱缩,叶柄变长,发病严重的植株黄化,叶片提早掉落,偶见有黄化斑驳症状。
2.2 PCR 检测在永安市辣椒种植田取感病植株7株，分别以感病以及健康辣椒植株总DNA为模板,经R16 mF2/R16 mR2以及R16F2n/R16R2引物进行巢式PCR扩增,其中从4株发病样品中获得较亮的DNA片段,约1.2 kb,而健康植株和双蒸水对照均未扩增出特异条带。
因此,推测发病辣椒植株中含有植原体病原,将该植原体暂定为辣椒丛枝植原体(pepper witches’-broom phytoplasma),该病害命名为辣椒丛枝病。
2.3 16S rDNA序列获得以及虚拟RFLP分析将巢式PCR扩增产物进行克隆测序,共获得4条植原体序列,分别命名为CHY-C4-1(GenBank accession: KJ140783)、CHY-Y1-1(GenBank accession:KJ140784)、CHY-Y7-1(GenBank accession: KJ140785)、CHY-G1-1(GenBank accession: KJ140786)。
通过在线分析软件iPhyClassifier,将获得的4条植原体序列进行虚拟RFLP分析,结果显示CHY-Y1-1、CHY-Y7-1、CHY-G1-1与16SrI-B 亚组植原体(GenBank accession: NC_005303)相似度分别是0.98、1、0.98,因此应该归属于16SrI-B亚组;而CHY-C4-1序列与16SrI-B亚组植原体(GenBank accession: NC_005303)相似度最低,为0.97,根据Wei等[11]对植原体亚组划分的规定,建议将CHY-C4-1植原体命名为新的亚组。
2.4 16S rDNA序列系统进化树构建及分析将本研究获得的4条植原体DNA序列与GenBank中已登录的25条不同组的植原体16S rDNA 序列进行分析并构建进化树(图2)，结果表明，从发病辣椒中获得的4条植原体16S rDNA 序列均属于植原体16SrI组,其中CHY-Y1-1、CHY-Y7-1、CHY-G1-1与16SrI-B亚组植原体洋葱黄化植原体OY-M(NC_005303)以及翠菊黄化植原体(HQ646367)聚类到同一支,而CHY-C4-1与已报道的16SrI组内的6个亚组均未聚类到一支,形成一个独立的分支。
因此,根据构建进化树分析获得的结果与虚拟RFLP分析获得的结果一致。
迄今,国内关于辣椒植原体病害的记载很少,只有仵光俊等运用传统方法研究发现辣椒丛枝小叶病的病原为植原体[20]。
经比较,永安辣椒丛枝病与辣椒丛枝小叶病的症状相似,均有丛枝(簇芽)小叶的症状,病害均由植原体造成。
本研究运用分子检测鉴定的方法,对永安地区辣椒丛枝病病原进行了检测鉴定。
表明,该地区发病辣椒植株中含有16SrI组植原体,且其中3个株系属于16SrI组的B亚组,一个株系应该归属16SrI组中的新亚组。
不同国家引起辣椒植原体病害的发病症状以及病原种类不同。
西班牙辣椒僵顶病是植原体16SrⅥ组,症状表现为节间缩短,花芽变绿变大,萼片发育不完全,果实少[16];印度尼西亚红辣椒上是植原体16SrⅡ组,症状多表现为叶片斑驳,小叶聚生[13];玻利维亚甜椒上是植原体16SrⅢ组,发病植株叶片变小,节间缩短[14];古巴甜椒上是植原体16SrⅠ组,常引起叶片黄化,节间缩短[15]。