微生物分类
微生物的分类
型（Type）：亚种以下的细分。当同种或同亚
种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚 种时，可细分为不同的型。如血清型、噬菌型、 致病型、生物型、形态型等。
菌株（Strain）：从自然界中分离得到的任何
一种微生物的纯培养物。又叫品系。 菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体
培养物：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物，如 微生物的斜面培养物、摇瓶培养物。
群（Group）：
指微生物的一个种在生长繁殖过程中，可 能变异形成另外的种及一些过渡类型的变 种，把这些亲缘关系比较近的菌种，统称 为群。如大肠菌群。
属（Genus）：
具有某些共同特征或密切相关的种归为一 个高一级的分类单元，称之属。以此类推 归为科、目、纲、门、界。
由于微生物分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一
GC% 、核酸分子杂交、 rRNA序列相似 DNA遗传特征 性、微生物全基因组序列
（1） GC含量分析
DNA碱基对的序列、数量和比例是稳定的。 (G+C) mol% = （G+C）/（A+T+ G+C ）× 100% 分类学上，用G+C占全部碱基的克分子百分数来表 示各类生物的DNA碱基组成特征。
Staphylococcus aureus Rosenbach 1884
葡萄球菌属 金黄色 人名 时间
（3）三名法
有亚种或变种时，学名由“三名法”构成 学名=属名 + 种名加词 + subsp. 或 var. + 亚种或变种的加词 斜 体 正体（可省略） 斜体（不可省略）
Alcaligenes
属名
denitrificans
标准，为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成 的混乱，微生物系统分类也采用“模式概念”
微生物的分类及特点
微生物的分类及特点
微生物是一类单细胞生物，根据其生物学特征和遗传关系，可以
将微生物分成五大类：
1. 真核微生物：具有真核细胞，包括原核生物、原生动物、真菌
和动物病毒等。
2. 细菌：无真核细胞，呼吸是厌氧或者有氧的，可以自由地移动
或者生长。
3. 古菌：包括在极端环境下生活的微生物，如在高温、高压、强
酸或高盐度环境下生活的微生物。
4. 原核生物：无细胞核，包括细菌和古菌。
5. 病毒：非细胞性微生物，依靠寄生于宿主细胞内进行生存和繁殖。
微生物具有以下特点：
1. 单细胞生物，体积小，一般无肉眼可见。
2. 生命历程短暂，繁殖快速。
3. 以化学合成方式获取能量，对环境的依赖程度高。
4. 生存在各种环境中，可以生存于高温、高压、高酸碱度、寒冷、高辐射等极端环境下。
5. 可以合成多种物质，如有机物质、药物、酶和激素等，其中一部分物质对人类有很大的作用。
6. 可以成为人类和其他生物的病原体，引发疾病。
四类微生物的等级划分依据
四类微生物的等级划分依据
微生物按照其分类等级可以根据不同的依据进行划分。
下面是一种常见的分类依据，将微生物划分为四个等级：
1. 域（Domain）：域是生物分类的最高等级，将生物分为三个主要的域：真核域（Eukarya）、细菌域（Bacteria）和古细菌域（Archaea）。
这一分类依据基于生物的细胞结构和基因组特征。
2. 界（Kingdom）：界是在域之下的次级分类，将生物划分为不同的大类群。
在真核域中，常见的界包括动物界（Animalia）、植物界（Plantae）、真菌界（Fungi）和原生生物界（Protista）等。
在细菌域和古细菌域中，界的划分相对较少。
3. 门（Phylum）：门是在界之下的更具体的分类级别，用于划分生物的主要分支。
每个界下可以有多个门。
例如，在动物界中，门的划分包括脊索动物门（Chordata）、节肢动物门（Arthropoda）、软体动物门（Mollusca）等。
4. 种（Species）：种是生物分类中最基本的单位，用于描述具有相似形态、生理特征和遗传信息的个体。
种是生物学中最常用的分类级别，每个种通常由两个名称组成，包括属名和种加词。
例如，人类的
学名为Homo sapiens，其中Homo是属名，sapiens 是种加词。
需要注意的是，这只是一种常见的分类依据，实际上微生物的分类体系非常复杂，还涉及到更多的分类级别和分类方法。
此外，随着科学研究的发展，微生物分类体系也可能会随之更新和改变。
微生物分类的方法
微生物分类的方法
1.形态学分类：
-非细胞型微生物（病毒）：根据其核酸类型、壳体结构、基因组大小和结构等特征分类。
-原核细胞型微生物（细菌、古菌）：通过显微镜观察它们的形态如形状、排列方式（杆菌、球菌、螺旋菌等）、染色反应（革兰氏阳性菌或革兰氏阴性菌）、鞭毛结构以及特殊结构（芽孢、荚膜等）来初步分类。
-真核细胞型微生物（真菌、原生动物等）：根据孢子形态、菌丝构造、繁殖方式等进行区分。
2.生理生化特征：
-进行一系列生化实验，例如糖发酵试验、氧化酶试验、触酶试验、脂肪酸组成分析等，以确定微生物在新陈代谢上的差异并据此分类。
3.分子生物学方法：
-DNA-DNA杂交技术：比较不同微生物间全基因组或者特定基因序列的相似度，以此作为分类依据。
-16SrRNA基因测序：这是细菌和古菌分类的金标准，通过分析16SrRNA基因序列的同源性和系统发育关系进行分类。
-基因组学分析：随着高通量测序技术的发展，对微生物全基因组进行测序，通过比对基因组序列构建系统发育树，实现更精细的分类。
4.生态分布与功能特性：
-微生物在自然环境中的分布、生存策略及所起的生态功能也是分类的重要参考因素。
微生物的定义和分类
微生物是一类形态微小、结构简单、肉眼看不见的微小生物，包括细菌、病毒、真菌和微藻等。
它们在自然界中广泛存在，是生物界中最重要的生物群体之一，在生态系统中扮演着重要角色。
微生物的分类可以从以下几个方面进行：
1. 细胞结构：微生物可以分为原核细胞型微生物和真核细胞型微生物。
原核细胞型微生物主要包括细菌、支原体、衣原体、立克次氏体、螺旋体和放线菌；真核细胞型微生物主要包括真菌和微藻。
2. 遗传特征：微生物可以分为需氧微生物和厌氧微生物，还可以根据代谢产物类型、酶系统等遗传特征进行分类。
3. 生理特点：微生物的生理特点包括生长速度、营养需求、抵抗力等。
根据这些特点，可以将微生物分为不同种属的细菌、放线菌、真菌等。
4. 生物分类：微生物在生物分类中属于原生生物门、真菌界、细菌界等。
微生物在自然界中分布广泛，具有重要的作用：
1. 微生物是生态系统中重要的分解者，在物质循环中扮演重要角色。
它们通过分解有机物，将有机物转化为无机物，参与生态系统中的物质循环。
2. 微生物也是生态系统中的生产者，一些自养型微生物可以通过化学合成有机物，是生态系统中的重要生产者。
3. 微生物在工农业生产中也有重要的作用，例如作为发酵剂和食品添加剂等。
4. 微生物在医疗保健领域也具有广泛的应用，例如抗生素的制造和应用等。
总之，微生物是一类重要的生物群体，具有广泛的应用价值。
随着科学技术的不断发展，人们对微生物的认识也越来越深入，对微生物的应用也更加广泛。
微生物的概念,特点和分类
微生物的概念,特点和分类
微生物是一类极小的生物体，只能在显微镜下才能看到其形态。
它们具有以下特点：
1. 极小体积：微生物的体积很小，通常只有几微米到几百微米。
2. 单细胞结构：微生物通常由单个细胞组成，与多细胞生物不同。
3. 单细胞功能：微生物的每个细胞可以完成自身的代谢、增殖、发育和功能。
4. 快速繁殖：由于微生物的繁殖速度较快，它们可以快速适应环境变化。
5. 大量分类：微生物包括细菌、真菌、病毒、原生动物和微型藻类等，它们在形态、结构和生活方式上存在差异。
微生物的分类如下：
1. 细菌：单细胞生物，形态各异，无真正的细胞核，可以以不同的方式进行代谢。
2. 真菌：多数为多细胞生物，有真正的细胞核，不进行光合作用，通过分解有机物质为能量。
3. 病毒：非细胞生物，由蛋白质和核酸组成，必须寄生在宿主
细胞中才能生存和繁殖。
4. 原生动物：单细胞或多细胞生物，可以自由生活或寄生在其他生物体内。
5. 微型藻类：单细胞或多细胞生物，进行光合作用，能够产生氧气。
微生物的分类方法
微生物的分类方法微生物是指肉眼无法看到的微小生物，主要包括原核生物和真核生物两大类。
原核生物主要包括细菌和蓝藻，真核生物则包括真菌、原生动物和微藻等。
对于微生物的分类，科学家们采用了多种方法，其中最常用的是基于形态学、生理学、生态学和分子生物学的分类方法。
下面将介绍这些分类方法的主要内容。
1.形态学分类：这是最早也是最基础的分类方法，主要根据微生物的形态特征进行分类。
例如，根据细菌的形状，可以将其分为球形细菌（如链球菌）、杆状细菌（如大肠杆菌）和螺旋细菌（如梅毒螺旋体）等。
此外，还可以根据真核微生物的细胞结构和生殖特征进行分类。
3.生态学分类：这种分类方法是根据微生物在自然界中的生活习性和分布情况进行分类。
例如，根据微生物生活的环境，可以将其分为土壤微生物（如放线菌）、水体微生物（如蓝藻）和肠道微生物（如乳酸菌）等。
此外，还可以根据微生物在生态系统中的作用，将其分为分解者、产生者和共生微生物等。
4.分子生物学分类：这种分类方法是根据微生物的基因组序列和分子结构进行分类。
利用分子生物学技术，可以通过测定微生物的DNA序列，比较不同微生物之间的遗传关系和相似性，从而将其分类到不同的系统发生树分支上。
此外，还可以利用分子标记的方法，如PCR和基因测序，快速鉴定微生物的种类。
除了以上分类方法外，还有一些更细致和专业的分类方法，比如对特定微生物群体进行研究的分类方法。
例如，对细菌进行分类可以使用质谱分析技术，对真菌进行分类可以使用菌株的生长特性和生殖结构等特征。
总的来说，微生物的分类方法是一个不断发展和完善的过程。
随着技术的进步和对微生物世界的深入了解，我们对微生物的分类将更加准确和精细，为微生物相关领域的研究和应用提供更好的支持。
微生物的分类方法
微生物的分类方法微生物是一类微小的生物体，包括细菌、真菌、原生动物和病毒等多种类型。
为了便于研究和分类微生物，科学家们使用了多种分类方法。
下面将介绍一些常见的微生物分类方法。
一、分类方法的发展概述微生物分类方法的发展可以追溯到17世纪的拉特内尔系统。
他通过观察和描述微生物的形态特征，将微生物分为三个大类：细菌、真菌和原生动物。
之后，人们发现微生物还包括病毒等特殊类型，为了更准确地分类微生物，不断有新的分类方法被提出。
基于形态特征的分类方法是最早也是最常用的分类方法之一、细菌可以根据形状（球形、杆状、螺旋形）、大小、颜色等特征进行分类。
真菌可以根据菌丝形态、子实体的形状、颜色等特征进行分类。
原生动物可以根据鞭毛、纤毛、假足、鳞片等结构特征进行分类。
这种方法的优势是直观、简单，但有时不够准确，因为不同种类的微生物可能存在相似的形态特征。
生物化学分类方法利用微生物在生化反应上的差异进行分类。
细菌可以根据其对不同营养源的利用能力、产气能力、氧需求、酶活性等生化特征进行分类。
真菌可以根据其对碳源和氮源的利用能力、酶的产生能力等生化特征进行分类。
利用生化方法可以确定微生物的代谢途径、生态位、对环境的适应能力等，有助于更深入地了解微生物的功能和特性。
随着遗传学的发展，基于遗传特征的分类方法被广泛应用于微生物分类。
该方法利用微生物的基因组DNA序列进行分类。
通过序列比对和构建系统发育树，可以确定不同微生物之间的亲缘关系和进化关系。
常用的是16SrRNA基因，这个基因片段在细菌和原生动物中普遍存在。
利用这一方法，可以准确地确定一些微生物属于哪个科、属和种。
利用微生物的免疫学特性进行分类也是一种常见的方法。
通过检测微生物产生的抗原和体液抗体的相互作用关系，可以将微生物分成不同的免疫血清型，进而进行分类。
这种方法被广泛应用于病原微生物的分类和诊断。
例如，人们常用血清学方法来鉴别细菌和病毒等病原微生物种类。
总结起来，微生物的分类方法有形态特征、生物化学特征、遗传特征和免疫学特征等。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
二 、真菌（菌物）分类系统简介
一、 原核微生物分类系统
（一）《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(1860-1937)
伯杰氏手册:
是目前进行细菌分类、鉴定的最重要参考书，
（二）伯杰氏系统细菌学手册 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
第一版 1984年问世，至1989年出齐，共4卷。
第二版 由George Garrity主编分为5卷，将从2000年起
陆续出版。这一版纳入了研究核糖体RNA测序所产生
的许发育)分类系统。
第四节 微生物的鉴定
经典分类鉴定方法、现代分类鉴定方法。
第一节
通用分类单元
分类是认识客观事物的一种基本方法。我们
要认识、研究和利用各种微生物资源也必须对它 们进行分类。
分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分：
分类、
命名、 鉴定
分类(classification)：根据一定的原则对微生物进行分群归类， 根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征
界（Kingdom）
（1977，Carl Woese）
域（domain）
Bacteria(细菌) 原核生物 Archaea(古生菌) Eukarya(真核生物)
（1990，Carl Woese）
2）建立16 S r RNA系统发育树的意义
a）使生物进化的研究范围真正覆盖所有生物类群； 传统生物进化研究主要基于复杂的形态学和化石记载，因此多限 于研究后生生物，而后者仅占整个生物进化历程的1/5
部17：γ -变形细菌(γ -Proteobacteria，150属854种) 部18：δ -变形细菌(δ -Proteobacteria，39属128种) 部19：ε -变形细菌(ε -Proteobacteria，6属56种)
部20：梭菌(Clostridia)和相关细菌(73属403种)
部21：柔膜菌(Mollicutes，10属191种) 部22：芽胞杆菌和乳杆菌(Bacilli和Lactobacilli，55
2. 特征序列或序列印记（signature sequence）
通过对r RNA全序列资料的分析比较（特别是 采用计算机）发现的在不同种群水平上的特 异特征性寡核苷酸序列，或在某些特定的序 列位点上出现的单碱基印记。
特征序列有助于迅速确定某种微生物的 分类归属，或建立新的分类单位。
3. 系统发育树(phylogenetic tree)
也在一定程度上支持了三界生物的划分。
Carl Woose的rRNA进化树完美无缺？
随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定，
人们发现生物在进化中存在着非常广泛的水平基因 转移现象，很多科学家都认为不能仅靠对16SrRNA 的序列比较来确定生物之间的亲缘关系，还必须借 助各种信息对这个进化树进行改进。
4）种（species）： 物种，生物分类中基本的分类单元
高等生物中，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准 微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其 他类群的菌株有很明显的区别。
二、微生物的命名
双名法，由二个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成，
一般用斜体表示
属名在前，一般用拉丁字名词表示，字首字母大写
《伯杰氏系统细菌学手册》第二版
分古细菌和真细菌2个界，下设18门、 27纲、73目、186科，包括870余属和 4900多个种。
• 界Ⅰ：古细菌(Archaeota)
• 部1：热变形菌、硫化叶菌、嗜压菌(Thermoprotei、
Sulfolobi、Barophiles，21属36种)
• 部2：产甲烷菌(Methanogens，21属97种)
第二节 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说
两界系统
三界系统
四界系统
五界系统
六界系统
二、三域学说及其发展
利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家
Carl Woese
三、rRNA和系统发育树
1. rRNA的顺序和进化 培养微生物 rRNA序列测定 提取并纯化rRNA
分析比较
微生物之间的系统发育关系
第九章
微生物的分类和鉴定
地球上的物种估计大约有150万，
其中微生物超过10万种，而且其数目还
在不断增加。
生物分类的二种基本原则：
a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种
表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生 物亲缘关系为目标。 b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标 是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系 统发育的分类系统。
子囊菌亚门：半子囊菌纲 不整囊菌纲 核菌纲
盘菌纲 腔菌纲 虫囊菌纲
担子菌亚门 ：冬孢菌纲 层菌纲 腹菌纲
半知菌亚门： 芽孢纲 丝孢纲 腔孢纲
第四节
微生物分类鉴定的方法
生物分类的传统指标
分子生物学指标 微型、简便、快速或自动化鉴定技术
细菌的数值分类
生物分类的传统指标
• 部13：蓝细菌(Cyanobacteria，69属73种)
• 部14：绿菌(Chlorobia，6属17种)
• 部15：α-变形细菌(α-Proteobacteria，117属392 种) • 部16：β-变形细菌(β-Proteobacteria，53属204 种)
界Ⅱ：真细菌(Bacteria)
部8：异常球菌(Deinococci，1属8种)
部9：栖热菌和归属不明的属(Thermi，10属21种)
部10：产菌黄(Chrysiongenes,1属2种)
部11：绿屈挠菌和滑柱菌(Chloroflexi和
Herpetosiphons，5属11种)
界Ⅱ：真细菌(Bacteria)
• 部12：热微菌(Thermomicrobia,1属2种)
种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写 若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp来表示，
例如 Bacillus sp
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱，
细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则 生物系统学(systematics)
章节内容
第一节 通用分类单元
系统分类单元、种的概念、学名、亚种
第二节 微生物在生物界的地位
生物界级分类学说、五界系统、三域学说及其发展、 ※微生物的进化
第三节 各大类微生物的分类系统纲要
原核微生物分类系统纲要、真菌的分类系统纲要
不可培养微生物（uncultured microorganisms）
从环境中直接分离并克隆rRNA并分析其序列
和在分子进化树上的位置等方法而发现的的目前尚
不能在人工条件下获得培养的微生物。
不可培养的微生物与生物多样性
3）三（界)域生物的主要特征 三界理论虽然是根据16SrRNA序列的比
较提出的，但其他特征的比较研究结果
（把全部生物先分为 古生菌域、细菌域和 真核生物域， 域下面再分界。）
常用的细菌分类学术语：
1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长
物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。
2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯
培养物都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法(如通过诱变) 所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便 与原来的菌株相区别。
通过比较生物大分子序列差异的数值构
建的系统树称为分子系统树，其特点是用一
种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间
的亲缘关系。
16 S r RNA系统发育树
1）生命的第三种形式——古生菌
动物界和植物界
原核生物和真核生物（20世纪60年代）
古细菌(archaebacteria) 真细菌(Eubacteria) 真核生物(Eukaryotes)
界Ⅱ：真细菌(Bacteria)
部28：黄杆菌(Flavobacteria，15属72种)
部29：鞘氨醇杆菌(Sphingobacteria，22属76
训) 部30：梭形菌(Fusoforms，6属29种) 部31：疣微菌和相关细菌(Verrucomicrobium， 2属5种)
二
真菌（菌物）分类系统简介
进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定；
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个 专有的名称；
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物
分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未 明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。
b）提出了一种全新的正确衡量生物间系统发育关系的方法；
c）对探索生命起源及原始生命的发育进程提供了线索和理论依据； d）突破了细菌分类仅靠形态学和生理生化特性的限制，建立了全 新的分类理论；
e）为微生物生物多样性和微生物生态学研究建立了全新的研究理 论和研究方法，特别是不经培养直接对生态环境中的微生物进 行研究。
• 部3：盐杆菌(Halobacteria，14属50种)
• 部4：热原体(Thermoplasma，2属4种)
• 部5：热球菌(Thermococci，5属19种)