辣椒SSR标记的开发和高密度遗传连锁图谱的构建

基于 GBS 技术的玉米高密度遗传图谱构建及 QTL 定位

诺禾致源重测序基于 GBS 技术的玉米高密度遗传图谱构建及 QTL 定位 BMC Genomics 首页科技服务医学检测科学与技术市场与支持加入我们关于我们中国农业科学院作物研究所研究人员携手诺禾致源重测序团队，采用 GBS 技术，对314株高世代群体（RILs）进行低深度测序，检测 SNP，开发 Bin 标记，构建高密度遗传图谱，并对株型相关性状进行了定位，筛选出候选基因。研究成果发表于2016年3月的 BMC Genomics 杂志（IF：3.986）。玉米株型相关性状（株高、穗高等）与玉米产量、抗倒伏等密切相关，研究其遗传特点具有重要意义。现存的低密度遗传图谱限制了 QTL 作图的高效性和准确性。基于二代测序的 GBS 技术已成为一种构建高密度遗传图谱的有力工具。本文采用 GBS 技术与高世代作图群体（RILs）相结合，极大的提升了 QTL 作图的有效性以及对复杂农艺性状的研究。研究背景 NGS项目文章实验材料和方法研究结果取材测序技术测序平台 Ye478（母本）和 Qi319（父本）RILs (F11代)，314株亲本全基因组重测序，测序深度分别为29.5X 和33.7X; 子代 GBS 测序，平均测序深度约0.07X 亲本（Illumina HiSeq 2000 PE125测序），子代（Illumina HiSeq 2500 PE125测序） 1 亲本重测序和子代 GBS 测序 Ye478（母本）和 Qi319（父本）进行全基因组重测序，测序深度分别为29.5x 和33.7x，与参考基因组（B73RefGen_V3）进行比对后，分别获得678,819,425和803,698,828条reads，亲本间纯合且有差异的 SNP 共有3,549,088个（图1）。子代 RILs 群体进行 GBS 测序，共获得137,699,000条 reads，平均每个个体357,376条 reads，相当于玉米基因组大小的0.07x。通过标记筛选，剩余88,268个 SNPs 可用于 bin 标记开发。 2 基于bin 标记的遗传图谱构建以100Kb大小为间隔，若相邻的100Kb间隔在整个 RILs 群体中都没有发生重组事件，则相邻的100Kb间隔被连接成 bins，这些 bins 被当做遗传标记（markers），共开发出4,183个 bin 标记。基于这些 bin 标记构建玉米高密度遗传图谱，遗传距离总长为1,545.65cM，标记间平均遗传距离为0.37cM，平均物理间隔0.51Mb（图2，表1）。 3 图谱质量评估将遗传图谱与玉米参考基因组进行共线性分析，获得了良好的结果。为评估该图谱用于性状定位的效果，使用该图谱对玉米棒颜色性状（cob color）进行了 QTL 分析。在1号染色体上检测到QTL qC1，该 QTL 所在区域包含已克隆的基因 pericarp color 1(P1)，LOD 值为80.78。 4 株型性状相关的Bin 标记株型相关的三个性状：株高（PH），穗高（EH）和节间数量（IN）都具有较高的遗传力，以 PH 遗传力最高，为94.87%，其次为 EH 和 IN 分别是85.24%和82.33%。基于 bin map，对三个环境下的三个性状进行定位，共鉴定出35个 QTL，每个 QTL 解释表型变异2.6％～15.68%。在三个环境中都检测到多效 QTL（pQTL10），位于标记mk4012和 mk4037间，物理距离约14.6 Mb，表明其与三个性状都相关。 5 候选基因预测根据玉米基因注释结果，qPH10包含45个蛋白编码的基因，但是只有7个具有功能注释。其中，2个为 MYB 转录因子家族的基因：GRMZM2G325907和GRMZM2G108892，可能调节株高性状，是qPH10的候选基因。表1 玉米高密度遗传图谱结果统计 Chr.a No.markers b Physical distance (Mb) Genetic distance (cM) Avg.distance between markers (cM) <5cM Gap Max.gap (cM) 18.483723.084.93234.103837139.463354.064.15198.732733275.547443.033.36132.232674315.654473.022.36130.242744425.268453.068.07139.712784511.544353.083.02183.961643649.249363.042.34118.671593769.27534.066.24153.571853851.1112383.050.22120.751323911.547274.079.82136.941672015 1.119 6147 3.05 6.54517 .95023 814l a t o T a Chr.,indicates chromosome b No.markers,the number of markers on chromosome 图4 三个环境下的PH性状相关QTL在染色体上的分布图3 玉米棒颜色性状相关QTL在染色体上的分布图1 亲本间多态性SNP在全基因组及外显子区域的分布图2 玉米 bin map (横轴表示染色体编号，纵轴表示样本数；红色表示与亲本Qi319基因型相同，蓝色表示与亲本Ye478相同；黄色：杂合基因型)

遗传图谱

学情分析基础，对于知识不能灵活运用课题遗传图谱分析学习目标与考点分析学习目标：1、对基因的分离定率和基因的自由组合定律能熟练的牢记把握考点分析：1、遗传图谱的分析与把握学习重点重点：1、基因的分离定律和自由组合定律学习方法讲练结合练习巩固学习内容与过程知识点梳理第三章遗传和染色体第一节基因的分离定律一、相对性状性状：生物体所表现出来的的形态特征、生理生化特征或行为方式等。相对性状：同一种生物的同一种性状的不同表现类型。二、孟德尔一对相对性状的杂交实验 1、实验过程（看书） 2、对分离现象的解释（看书） 3、对分离现象解释的验证：测交（看书）例：现有一株紫色豌豆，如何判断它是显性纯合子(AA)还是杂合子(Aa)？相关概念 1、显性性状与隐性性状显性性状：具有相对性状的两个亲本杂交，F1表现出来的性状。隐性性状：具有相对性状的两个亲本杂交，F1没有表现出来的性状。附：性状分离：在杂种后代中出现不同于亲本性状的现象） 2、显性基因与隐性基因显性基因：控制显性性状的基因。隐性基因：控制隐性性状的基因。附：基因：控制性状的遗传因子（DNA分子上有遗传效应的片段P67）等位基因：决定1对相对性状的两个基因（位于一对同源染色体上的相同位置上）。 3、纯合子与杂合子纯合子：由相同基因的配子结合成的合子发育成的个体（能稳定的遗传，不发生性状分离）：显性纯合子（如AA的个体）隐性纯合子（如aa的个体）杂合子：由不同基因的配子结合成的合子发育成的个体（不能稳定的遗传，后代会发生性状分离）4、表现型与基因型表现型：指生物个体实际表现出来的性状。基因型：与表现型有关的基因组成。（关系：基因型＋环境→表现型） 5、杂交与自交

大白菜永久高密度分子遗传图谱的构建(精)

园艺学报 2005, 32(2 :249~255 大白菜永久高密度分子遗传图谱的构建张立阳 1, 2张凤兰 13王美 1刘秀村 1赵岫云 1薛林宝 2 (1北京市农林科学院蔬菜研究中心 , 北京 100089; 2扬州大学农学院园艺系 , 扬州 225009 摘要 :以大白菜高抗 Tu MV 白心株系 912112和高感 Tu MV 桔红心株系 T12219为亲本建立的小孢子培养 DH 系作为图谱构建群体 , 构建了包含 10个连锁群、 406个标记位点的分子连锁图谱 , 图谱总长度 82613c M , 标记间的平均图距为 210c M , 连锁群数目和染色体数相等。每个连锁群上的标记数在 7~111个之间 , 连锁群的长度在 2614~15611c M 的范围内 , 平均图距在 110~318c M 之间。该连锁图谱包括 246个 AF LP 标记、 135个 RAP D 标记、 11个 SSR 标记和 12个同工酶标记、 1 个 SCAR 标记和 1个形态标记。关键词 :大白菜 ; 分子标记 ; 遗传图谱 ; DH 群体中图分类号 :S 63413文献标识码 :A 文章编号 :05132353X (2005 022******* A L i n kage M ap Con structi on for Ch i n ese Cabbage Ba sed on AFL P, SSR, RAPD and Isozy m e M arkers Usi n g D H Popul a ti on Zhang L iyang 1, 2, Zhang Fenglan 13, W ang Mei 1, L iu Xiucun 1, Zhao Xiuyun 1, and Xue L inbao 2

遗传题练习(系图谱和概率题)汇总

遗传系谱图的解题方法及练习高中生物学会考要求学生对遗传系谱图应达到综合分析水平。遗传系谱题多涉及一系列问题的解答，如①判别遗传类型、②写出指定个体的基因型、③计算患病机率。而教材中有关内容又较少，因而准确分析遗传系谱即成为一个难点。对学生来说经常出现听得懂，看得明白，就是不会做题。学生普遍认为解题过程中思路不清晰，书写紊乱。因此我认为突破这一难点的有效方法首先是：帮学生理顺解题思路，排除干扰解题的非智力因素；其次，加强变式训练。遗传病特点病例常染色体显性①代代相传②发病率高 ③男女发病率相等多指（趾）、并指、软骨发育不良常染色体隐性①可隔代遗传②发病率在近亲结婚时较高③男女发病率相等白化、苯丙酮尿症双眼皮 X染色体显性①连续遗传②发病率高③女性患者多于男性患者④男性患者的母女都是患者抗维生素D性佝偻病 X染色体隐性①隔代遗传或交叉遗传②男性患者多于女性患者③女性患者的父亲、儿子都是患者色盲、血友、进行性肌营养不良 Y染色体遗传①患者都为男性②父传子、子传孙（患者的儿子都是患者）外耳廓多毛症细胞质遗传母系遗传紫茉莉质体的遗传二、解题思路（一）遗传系谱图的判定第一步：根据题干。如果题干中已告之是“色盲”，则马上可判定此病为伴X隐性遗传病；如告之是“白化病”，则可判定此病为常染色体隐性遗传病。如果题干没告之具体的病例，则往下看第二步。第二步： 1、先确定是否为细胞质遗传 (1)若系谱图中，女患者的子女全部患病，正常女性的子女全正常（即母系遗传）则为细胞质遗传 (2)若系谱图中，出现母亲患病，孩子有正常情况，或者，孩子患病母亲正常，则不是细胞质遗传 2、确定是否为伴Y遗传（1）若系谱图中患者全为男性，而且男性全为患者，女性都正常，正常的全为女性，则为伴Y遗传。（2）若系谱图中，患者有男有女，则不是伴Y遗传 3、确定是显性遗传病还是隐性遗传病（1）无病的双亲，所生的孩子中有患者，即“无中生有”，或患者隔代才有，即“隔代遗传，则为隐性遗传。（2）有病的双亲，所生的孩子中出现无病的，即“有中生无”，或连续几代有患者，即“连续遗传”，则为显性遗传。 4、确定是常染色体遗传还是伴X遗传（1）若已确定是显性遗传 ①男患者的母亲和女儿均为患者，即“子病母不病，父病女不病”，正常女性的父子均正常，患者中女性多于男性为Ｘ染色体显性遗传； ②男患者的母亲和女儿中有正常者，或正常女性的父子有患者为常染色体显性遗传。（2）若已确定是隐性遗传 ①女患者的父亲和儿子均为患者，即“母病子不病，女病父不病”，正常男子的母女均正常，患者中男性多于女性，甚无女患者为Ｘ染色体隐性遗传； ②女患者的父亲或儿子中有正常者，或正常男性的母女有患者为常染色体隐性遗传。例题1： [解析] 据图母亲有病，子女均有病，子女有病，母亲必有

分子标记遗传图谱的构建方法---完整

分子标记遗传图谱的构建检测出的每个分子标记反映的都是相应染色体座位上的遗传多态性状态。为了有效地分析利用分子标记所提供的遗传信息，人们希望知道不同分子标记在染色体上的相对位置或排列情况，也就是要构建分子标记的遗传连锁图谱。利用DNA标记构建遗传连锁图谱在原理上与传统遗传图谱的构建是一样的。其基本步骤包括：选择适合作图的DNA标记；根据遗传材料之间的DNA多态性，选择用于建立作图群体的亲本组合；建立具有大量DNA标记处于分离状态的分离群体或衍生系；测定作图群体中不同个体或株系的标记基因型；对标记基因型数据进行连锁分析，构建标记连锁图。至今为止，已构建了许多植物的高密度分子标记连锁图。本章侧重介绍利用DNA标记构建分子遗传连锁图谱的原理与方法。第一节作图群体的建立要构建DNA标记连锁图谱，必须建立作图群体。建立作图群体需要考虑的重要因素包括亲本的选配、分离群体类型的选择及群体大小的确定等。一、亲本的选配 / 亲本的选择直接影响到构建连锁图谱的难易程度及所建图谱的适用范围。一般应从四个方面对亲本进行选择，首先要考虑亲本间的DNA多态性。亲本之间的DNA多态性与其亲缘关系有着密切关系，这种亲缘关系可用地理的、形态的或同工酶多态性作为选择标准。一般而言，异交作物的多态性高，自交作物的多态性低。例如，玉米的多态性极好，一般自交系间配制的群体就可成为理想的RFLP作图群体；番茄的多态性较差，因而只能选用不同种间的后代构建作图群体；水稻的多态性居中，美国康乃尔大学实验室1988年发表的RFLP连锁图谱是以籼稻和爪哇稻之间的杂交组合为基础构建的（McCouch et al. 1988）。在作物育种实践中，育种家常将野生种的优良性状转育到栽培种中，这种亲源关系较远的杂交转育，DNA 多态性非常丰富。第二，选择亲本时应尽量选用纯度高的材料，并进一步通过自交进行纯化。第三，要考虑杂交后代的可育性。亲本间的差异过大，杂种染色体之间的配对和重组会受到抑制，导致连锁座位间的重组率偏低，并导致严重的偏分离现象，降低所建图谱的可信度和适用范围；严重的还会降低杂种后代的结实率，甚至导致不育，影响分离群体的构建。由于各种原因，仅用一对亲本的分离群体建立的遗传图谱往往不能完全满足基因组研究和各种育

大型真菌分子遗传连锁图谱研究进展

大型真菌分子遗传连锁图谱研究进展刘伟肖扬边银丙* 华中农业大学应用真菌研究所武汉430070 A review of research advance of molecular genetic linkage map in macrofungi LIU Wei XIAO Yang BIAN Yin-Bing* The Institute of Applied Mycology, Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070, China 大型真菌（macrofungi）中包括一些重要的食用真菌和药用真菌，在人类的经济生活中占有十分重要的地位（Chang & Miles 1989）。真菌学研究是生物学研究中的一个重要分支，但对大型真菌遗传学的系统研究目前仍集中在少数分类单元中，例如子囊菌中的链孢属Alternaria、Neurospora及担子菌中的鬼伞属Coprinopsis和裂褶菌属Schizophyllum （Peever et al. 1999；Nargang & Rapaport 2007；Kües 2000；Clark & Anderson 2004）。近年来，随着现代生物学研究技术和方法的飞速发展，真菌分子生物学研究也不断深入，在系统发育、遗传作图、基因定位、基因克隆及遗传转化等方面都有了长足的发展（Hamer & Givan 1990；Zhong et al. 2002；Fincham 1989）。分子遗传连锁图谱（genetic linkage map）是基因组内反映基因以及专一性多态性DNA标记相对位置的图谱，能显示标记和基因在染色体上的相对位置，有利于更好地理解基因组结构和进化，是进行基因组系统研究的基础，也是遗传学研究的重要方向（Botstein et al. 1980；Marra et al. 2004；de Vos et al. 2007；Manzo-Sánchez et al. 2008；Xu et al. 2009）。遗传连锁图谱的构建以及建立在此基础上

遗传学图谱

基因组学基因组学杭州师范大学生命与环境科学学院杭州师范大学生命与环境科学学院向太和向太和遗传图绘制 §2.1 2.1 遗传学图与物理图遗传学图与物理图§2.2 2.2 遗传学作图的标记遗传学作图的标记§2.3 2.3 遗传学作图的方法遗传学作图的方法§2.4 2.4 人类遗传图人类遗传图

中国测序论坛基因组学基因组学杭州师范大学生命与环境科学学院杭州师范大学生命与环境科学学院向太和向太和为何要绘制遗传图与物理图？ 1)基因组太大,必需分散测序,然后将分散的顺序按原来位置组装,需要图谱进行指导。2)基因组存在大量重复顺序,会干扰排序,因此要高密度基因组图。 3)遗传图和物理图各有优缺点,必须相互整合校正。

中国测序论坛基因组学基因组学杭州师范大学生命与环境科学学院杭州师范大学生命与环境科学学院向太和向太和?结构基因组的研究策略结构基因组的研究策略

中国测序论坛基因组学基因组学杭州师范大学生命与环境科学学院杭州师范大学生命与环境科学学院向太和向太和基因组测序的策略---由上至下(左)和由下至上的测序(右) 克隆重叠群指导的测序重叠群（重叠群（contig): contig): contig): 指相互间存在重叠顺序的一组克隆。指相互间存在重叠顺序的一组克隆。

中国测序论坛基因组学基因组学杭州师范大学生命与环境科学学院杭州师范大学生命与环境科学学院向太和向太和Clone-by-clone 测序

中国测序论坛基因组学基因组学杭州师范大学生命与环境科学学院杭州师范大学生命与环境科学学院向太和向太和鸟枪法测序

遗传系谱图与遗传图解图文稿

遗传系谱图与遗传图解集团文件发布号：（9816-UATWW-MWUB-WUNN-INNUL-DQQTY-

一、区分遗传系谱图和遗传图解的方法遗传系谱图和遗传图解是两种不同的表现形式。遗传系谱图明显的特征是用“□”表示男性，“○”表示女性。男女患者分别用“■”“●”。而遗传图解在第一列分别用“亲代”“子代”（多数题目还必须标出“配子”）。也可以从世代关系的符号判断---遗传系谱图是“Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ”，遗传图解是“↓”。对遗传系谱图和遗传图解的区分，我们才能快速并准确把握出题者的目的，这是解题的关键。在解题过程中，想要完整画出遗传系谱图或遗传图解，就必须熟悉它们各自的格式和组成要素。笔者通过分析大量相关题型后，总结出一些基本的要点。二、遗传系谱图和遗传图解的书写规范和要求 1.遗传系谱图的书写规范和要求：（1）遗传系谱图的书写规范 “□”表示男性，“○”表示女性。男女患者分别用“■”“●”。表示世代关系的符号是“ ”，（2）遗传系谱图的书写要求系谱图书写完后，还必须在图的右上侧写出相关的图例说明，如：“□”表示正常男性，“○”表示正常女性，“■”表示男患者，“●”表示女患者。如果遗传系谱图表示子代数量较多，还必须在图的左侧用“Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ”等表明。 2.遗传图解的书写规范和要求：

（1）遗传图解的书写规范：第一行：亲本（亲代）——基因型和表现型，交配（或婚配）符号；第二行：两亲本产生的配子。第三行：F1（子代）——基因型和表现型。第四行：F1（子代）——基因型、表现型的比。（2）遗传图解的书写要求要把各代的基因型都写对。只知道表现型的，也可以用A_B_这种样式表示。其次是相关的符号，如自交符号、杂交符号、箭头；亲本P、配子、子一代F1等。如果与性别有关的，还应标注性别符号。最后是相关的文字说明，另外箭头不能缺少。三、遗传系谱图和遗传图解的得分点熟悉此类题型的得分点，可以尽量避免失分。一个完整的遗传系谱图一般要求标出每个个体的基因型，表明各个体的世代关系。而遗传图解通常要表明个体的相应性状。要特别提醒的是遗传系谱图只能用“ ”，不能用箭头表示世代关系；要求画遗传图解的题目，如果没有特别强调，必须写出配子的类型，并且一个配子对应一个箭头。遗传图解的最后一行记住要用文字说明基因型、表现型的比例，这是常见的失分点。

重测序-产品类-GBS遗传图谱

方案设计诺禾致源最新发表GBS遗传图谱文章 123 微生物基因组测序16S/18S/ITS等扩增子测序细菌基因组 de novo 测序真菌基因组 de novo 测序微生物重测序宏基因组测序动植物基因组测序全基因组survey 全基因组 de novo 测序泛基因组测序变异检测BSA性状定位遗传图谱全基因组关联分析群体进化Hi-C测序人类基因组测序全基因组测序外显子测序目标区域测序单细胞基因组测序建库测序建库测序诺禾致源微信文章精彩阅读 >> 版权所有：北京诺禾致源科技股份有限公司转录调控测序真核有参转录组测序医学转录组测序真核无参转录组测序比较转录组与泛转录组测序原核转录组测序宏转录组测序单细胞转录组测序 LncRNA测序 circRNA测序 small RNA测序 ChiP-seq RIP-seq 全基因组甲基化测序图1 亲本间多态性SNP在全基因组及外显子区域的分布图4 遗传图谱与物理图谱共线性分析图2 玉米 bin map (横轴表示染色体编号，纵轴表示样本数；红色表示与亲本Qi319基因型相同，蓝色表示与亲本Ye478相同；黄色：杂合基因型) 图3 三个环境下的PH性状相关QTL在染色体上的分布GBS遗传图谱代表文献中国农业科学院作物研究所研究人员携手诺禾致源重测序团队，采用GBS技术，利用Illumina HiSeq 2500测序平台，对314株高世代群体（RILs）进行双末端PE125低深度测序（平均测序深度 0.07×），检测群体SNP，并进行遗传标记开发，亲本间多态性 SNP标记分布如右图所示（图1）。基于该图谱，对玉米3个株型相关的性状进行了定位，并且在3个环境中定位出了主效QTL。通过这些定位出的QTL，预测到2个候选基因，为后续进行基因的准确鉴定奠定了基础（图3）。案例1 基于GBS技术的玉米高密度遗传图谱构建和株型相关性状定位案例西北农林科技大学研究人员与诺禾致源重测序团队合作，采用GBS技术，对枣树F 1群体的145个个体利用Illumina HiSeq PE150平台测序，检测群体SNP，并进行遗传标记开发，构建遗传图谱。本研究共得到12个连锁群，上图标记数为2540个，遗传距离总长为1456.53cM，标记间平均距离为0.88cM。 2 基于GBS技术构建枣树F 1代高密度遗传图谱本研究通过亲本及子代SNP基因分型，开发bin 标记，基于4183个 bin 标记构建玉米高密度遗传图谱，遗传距离总长为1545.65cM，标记间平均距离为0.37cM, 平均物理距离为0.51Mb（图2）。类别作物类林木类作物类作物类林木类作物类作物类发表时间2016201620152015201420132013发表刊物BMC Genomics Tree Genetics & Genomes Molecular Breeding BMC Genomics G3:Gene Genomes Genetics BMC Genomics Plos Genetics IF 3.8672.1322.1083.8672.913.8676.661策略GBS GBS GBS GBS GBS GBS GBS link link link link link link link 物种玉米[1] 枣树[2] 狼尾草[3] 木薯[4] 苹果[5] 覆盆子[6] 柳枝稷[7]

利用SLAF-seq技术构建高密度丹参连锁图谱

利用SLAF-seq技术构建高密度丹参连锁图谱丹参为唇形科鼠尾草属多年生草本植物,丹参的根及根茎,是我国重要的大宗药材之一。丹参用药量巨大,但目前丹参育种主要以引种和选种为主,遗传改良进程缓慢、优良品种缺乏。丹参农艺性状与丹参产量和品质有直接关系,间接影响着丹参的经济效益。丹参农艺性状多为多基因控制的数量性状,而数量性状遗传规律的研究往往是传统育种的难点,也是影响育种效率的主要制约因素,是造成丹参经济效益低的重要因素。构建高密度丹参分子标记遗传连锁图,对控制产量相关性状QTL进行精细定位,明确其在染色体上的位置和效应,对于丹参产量相关性状的遗传改良具有重要意义。目前仅有一张由本实验室构建的丹参遗传连锁图谱,丹参高密度遗传连锁图谱还未见报道。本研究以丹参品系“紫花74”为母本,“白花18”为父本,杂交得到的98 个F1个体为作图群体,利用SLAF-seq技术开发SLAF标记,构建了国内外首张高密度丹参遗传连锁图谱,并对丹参叶片、花、根部相关农艺性状进行了初步的QTL 分析。主要结果如下:利用SLAF-seq技术,测序共得到155.96 M原始数据,包含155,958,181条测序序列。通过信息分析,共得到151,035个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签64,022,多态率为41.60%,亲本平均测序深度为83.43X;子代平均测序深度10.36X。标记的五个分离类型(ab×cd,ef×eg,hk×hk,lm×lm,nn×np)被用于遗传图谱构建,共有23,890个SLAFs(比率为15.82%)。通过筛选去除质量低、缺少亲本信息、严重偏分离和其他不适合构建图谱的

菠菜高密度遗传图谱构建及性别决定基因XY的精细定位

菠菜高密度遗传图谱构建及性别决定基因X/Y的精细定位菠菜（Spinacia oleracea L.）,黎科菠菜属二倍体植株（2n=12）,是以绿叶为主要产品的重要蔬菜作物。菠菜是典型的雌雄异株植物,少量植株表现为两性株,其雌雄性别受X/Y基因的控制,是研究雌雄异株植物性别决定及分化机制的一种理想材料。目前国内外已构建的菠菜遗传图谱分子标记数量较少且不便于使用,缺乏高密度遗传图谱,且菠菜性别决定基因尚未精细定位及克隆,性别调控机制仍不明确。因此,本研究利用特异位点扩增片段测序（SLAF-seq）技术结合HighMap软件构建了菠菜高密度遗传图,并通过SRAP-BSA及super-BSA对菠菜性别决定基因X/Y进行了精细定位,借助基因注释获得了一些菠菜激素调控和开花相关的候选基因。主要研究结果汇总如下:1、利用SLAF-seq技术结合HighMap构建了菠菜高密度遗传图。该图谱包含4080个SLAF标记,共划分为6个连锁群,总图距为 1,125.97cM,相邻标记间的平均图距为0.31cM,这是目前研究中密度最高的菠菜遗传图谱。 2、利用SRAP-BSA法对菠菜性别决定基因X/Y进行初步定位,通过雌雄基因池对1280个SRAP引物组合进行筛选,其中20个引物组合与性别基因紧密连锁。结合前人研究相关标记,利用含148个单株的BC₁群体构建了一个15.9cM的菠菜性别区域连锁图,平均图距为0.72 cM,将性别决定基因定位在一个0.4 cM的区间内。 3、利用super-BSA法对性别决定基因X/Y进行精细定位。通过50个雌性单株和50个雄性单株测序数据混池寻找菠菜性别性状关联区域。

连锁遗传规律(习题)

第四章连锁遗传规律（习题） 1. 在果蝇中，显性性连锁棒眼基因B在染色体图57的基因座位上，隐性淡红眼基因car 在62基因座位上。在+car//B+ x +car//Y的1000子代中，各种表现型及基因型分别是多少？ 2. 基因a和b之间的图距是20个单位。在ab//++ x ab//ab杂交后代中仅发现18%的重组体，问基因a和b之间的双交换值是多少？ 3. 在小麦中，Th//tH基因型的植株自交，其数目最少的子代类型为全部子代群体的 0.25%，那么T和H两基因间的图距是多少？ 4. 两个连锁群如图： A B D E F当都为相引连锁时，配子 10 20 25 5 15 Aef占AaBbDdEeFf杂种所形成的总配子的比例是多少？ 5. 设果蝇有三对连锁基因，顺序为ABD，AB间为19个遗传单位，BD间为20个遗传单位，符合系数为0.6。若基因型为AbD//aBd的雌果蝇与基因型abd//abd的雄果蝇杂交。问1000个子代果蝇中基因型种类及数目如何？ 6. 假定三基因的顺序为ABD，且A、B间的距离是30个遗传单位,B、D间是20个遗传单位, 如果在无干扰情况下ABD/ abd个体预期产生的配子类型和比列是多少? 7. 有下一个杂交结果如图: AABB×aabb ↓ AaBb ↓ A B A bb aaB aabb 580 162 168 90 问：基因间是否连锁？为什么？若连锁，A与B间的距离是多少？ 8. 玉米第9染色体三个基因连锁图 64 69 79 假如一点发生交换，其邻近 a b c 区段的交换便不再发生。写出杂合体+++/abc所产生的各种配子类型和比例？ 9. 一株三基因A、B、C全杂合的植株与一株三基因隐性纯合植株杂交，得下列结果： ABC 325 aBc 305 ABC 128 abc 142 aBC 36 Abc 34 ABc 17 abC 13 问：a. 三基因是否连锁？b. 杂种亲本的基因型是相引还是相斥？c. 基因的排列顺序

遗传家族图谱和遗传实验快速解题技巧

秒杀遗传系谱图的极速判定法以下是极速判断常染色体还是X染色体遗传方法一、口诀速判法： 1、找三人速判隐：双无生有为隐性，先管基因后管病；（从隐性入手，此隐性可以是患病也可以是正常，即显性病也从隐性的表现型正常入手）。第二个图可以不管，即白色正常的也是双无生有为隐性。 2、看孩子分常伴：女隐为常百分百；男隐为伴父有话（有条件）；（即父母为显女孩隐一定为常，男孩隐则常伴两难分，若伴其父定有话（条件），男隐若伴父显必不携带。）。 3、假设法：女隐父（或）子显不为伴（反过来就是“女隐伴性，其父子必致病”，也即X隐“母病外公和子必病”）。【解析】： 1、若女儿为X隐性，若其2条X染色体都携带有隐性基因，则其父子不可能为显性。 2、如果儿子为隐性则常染色体和X染色体两种情况都可以；只有其父不是携带者，才是伴X隐性；故题目一定要有一句话“其父不是携带者或者不带致病基因等（子不算）”； 3、如果没有三个人可以定“双无生有为隐性”，则假设女孩为隐性，其父或子若显不为伴。显性病也从正常的女隐入手。（一）、直解法：“女隐为常百分百”题都不用看！直接看图；“男隐为伴父有话”，题目一定要有一句话“其父不是携带者或者不带致病基因等（子不算）”；图大都不用看，有这句话基本是伴X遗传。例、(2014广东28）图是某家系甲、乙、丙三种单基因遗传病的系谱图，其基因分别用A、a，B、b和D、d表示。甲病是伴性遗传病，Ⅱ7不携带乙病的致病基因。在不考虑家系内发生新的基因突变的情况下，请回答下列问题： ⑴甲病的遗传方式是，乙病的遗传方式是，丙病的遗传方式是，Ⅱ6的基因型是。 ⑵Ⅲ13患两种遗传病的原因是。 ⑶假如Ⅲ15为乙病致病基因的杂合子、为丙病致病基因携带者的概率是1/100，Ⅲ15和Ⅲ16结婚，所生的子女只患一种病的概率是，患丙病的女孩的概率是。 ⑷有些遗传病是由于基因的启动子缺失引起的，启动子缺失常导致缺乏正确的结合位点，转录不能正常起始，而使患者发病。【答案】（1）伴X染色体显性遗传伴X染色体隐性遗传常染色体隐性遗传DDX AB X ab或DdX AB X ab（2）Ⅱ-6在减数分裂第一次分裂前期，两条X染色体的非姐妹染色单体之间发生交换，产生X Ab 的配子（3）301/1200 1/1200 （4）RNA聚合酶【解析】：首先从丙病入手，Ⅲ17马上可以确定为常染色体dd（女隐为常百分百）,Ⅲ12男隐确定为X b Y，（因为Ⅱ7不携带乙病的致病基因）；然后甲病是伴性遗传病，那么是显还是隐呢？从女隐入手，先假定Ⅲ14为X aＸa隐性，则不符合（女隐父子显不为伴），所以Ⅲ14是X AＸa显性病。

遗传连锁

一、基因的连锁互换定律灰身长翅果蝇的灰身基因和长翅基因位于---------上，以( )表示。黑身残翅果蝇的黑身基因和残翅基因位于---------上，以( )表示。连锁：位于一对同源染色体上的两对（或两对以上）等位基因，在向下一代传递时，同一条染色体上的不同基因连在一齐不相分离的现象。连锁：位于一条染色体上邻近位置的Gene表现相伴随遗传的现象，称为连锁。连锁群：位于同一条染色体上的GENE 彼此间必然是相互连锁的，构成一个连锁群（linkage group）完全连锁：控制不同性状的非等位基因位于同源染色体的不同位置上，在产生配子时，连锁基因连在一起不分离，随配子共同传递给后代。（后代只表现出亲本类型，完全连锁的代表：雄果蝇、雌家蚕）不完全连锁：由于同源染色体之间发生互换，而使原来在同一染色体的基因不再共同遗传的现象（杂种F1测交后代与自由组合相比，亲组合>>重组合，绝大多数生物为不完全连锁遗传）

二连锁互换与基因的自由组合的关系位于非同源染色体上的两对（或多对）基因，是按照自由组合定律向后代传递的，而位于同源染色体上的两对（或多对）基因，则是按照连锁和互换定律向后代传递的交换值：通常称为重组值。但严格说，交换值不能等同于重组值，因为若两个基因座之间相距较远，其间发生偶数次多重交换时，结果不形成重组型配子，用重组值代表交换值会造成偏低的估计。

交换率×2=发生基因互换的初级性母细胞的比值（%） 1.100个精母细胞在减数分裂中，有50个细胞的染色体发生了一次交换，在所形成的配子中，交换型的百分率占 A 5％ B 15％ C 25％ D 35％ 2．两只动物交配，其基因型均为AaBb，A和b位于同一染色体上。双亲的配子中都有20％是重组的，预期“AB”个体在子代中的百分率（AB个体表示其表型相当于双显性的）是 A 40％ B 48％ C 51％ D 66％ 3. 某生物个体的基因型为AaBb，其中A基因和B基因连锁，且相距20个图距单位，若这个生物自交,其后代出现纯合体的概率是多少呢? A1% B16% C34% D 72% 4. AaBbCc与隐性个体测交,得到下列表型及数目:abc211 ABC209 aBc212 AbC208,则连锁基因间的重组值是多少? 一、等位基因位于一对同源染色体上 1.两对等位基因位于一对同源染色体上 (1)由双亲配子推子代概率：这是最基础的一类题。 5 某生物减数分裂后产生Yr，yR，YR，yr四种配子比值为4：4：1：1，若此生物自交，后代出现纯合体的概率为A. 1/100 B. 34/100 C. 1/20 D. 1/8 技巧1：具有两对等位基因的某一个体产生四种配子，若四种配子的几率相等，说明两对等位基因位于两对同源染色体上独立遗传，符合基因的自由组合规律；若四种配子的几率两多两少，说明两对等位基因位于一对同源染色体上，符合基因的连锁互换规律 6 基因型为Ab//aB的生物体在减数分裂时，重组新类型的配子占总配子的30%，问此生物体内，一个发生着互换现象的初级性母细胞产生AB型卵细胞的可能性为 A. 30% B. 60% C. 25% D .15% 分析：一个发生互换的初级性母细胞会产生比例相等的四种子细胞，其中两种为亲本型，另两种为重组型，即：Ab和aB为亲本型，AB和ab为重组型，所以Ab=aB=AB=ab=25%。技巧2：一个发生互换的初级性母细胞只会产生比例相等的四种子细胞。