基于高密度遗传图谱定位栽培种花生主茎高、第一侧枝长和分枝数的QTL研究

基于 GBS 技术的玉米高密度遗传图谱构建及 QTL 定位

诺禾致源重测序基于 GBS 技术的玉米高密度遗传图谱构建及 QTL 定位 BMC Genomics 首页科技服务医学检测科学与技术市场与支持加入我们关于我们中国农业科学院作物研究所研究人员携手诺禾致源重测序团队，采用 GBS 技术，对314株高世代群体（RILs）进行低深度测序，检测 SNP，开发 Bin 标记，构建高密度遗传图谱，并对株型相关性状进行了定位，筛选出候选基因。研究成果发表于2016年3月的 BMC Genomics 杂志（IF：3.986）。玉米株型相关性状（株高、穗高等）与玉米产量、抗倒伏等密切相关，研究其遗传特点具有重要意义。现存的低密度遗传图谱限制了 QTL 作图的高效性和准确性。基于二代测序的 GBS 技术已成为一种构建高密度遗传图谱的有力工具。本文采用 GBS 技术与高世代作图群体（RILs）相结合，极大的提升了 QTL 作图的有效性以及对复杂农艺性状的研究。研究背景 NGS项目文章实验材料和方法研究结果取材测序技术测序平台 Ye478（母本）和 Qi319（父本）RILs (F11代)，314株亲本全基因组重测序，测序深度分别为29.5X 和33.7X; 子代 GBS 测序，平均测序深度约0.07X 亲本（Illumina HiSeq 2000 PE125测序），子代（Illumina HiSeq 2500 PE125测序） 1 亲本重测序和子代 GBS 测序 Ye478（母本）和 Qi319（父本）进行全基因组重测序，测序深度分别为29.5x 和33.7x，与参考基因组（B73RefGen_V3）进行比对后，分别获得678,819,425和803,698,828条reads，亲本间纯合且有差异的 SNP 共有3,549,088个（图1）。子代 RILs 群体进行 GBS 测序，共获得137,699,000条 reads，平均每个个体357,376条 reads，相当于玉米基因组大小的0.07x。通过标记筛选，剩余88,268个 SNPs 可用于 bin 标记开发。 2 基于bin 标记的遗传图谱构建以100Kb大小为间隔，若相邻的100Kb间隔在整个 RILs 群体中都没有发生重组事件，则相邻的100Kb间隔被连接成 bins，这些 bins 被当做遗传标记（markers），共开发出4,183个 bin 标记。基于这些 bin 标记构建玉米高密度遗传图谱，遗传距离总长为1,545.65cM，标记间平均遗传距离为0.37cM，平均物理间隔0.51Mb（图2，表1）。 3 图谱质量评估将遗传图谱与玉米参考基因组进行共线性分析，获得了良好的结果。为评估该图谱用于性状定位的效果，使用该图谱对玉米棒颜色性状（cob color）进行了 QTL 分析。在1号染色体上检测到QTL qC1，该 QTL 所在区域包含已克隆的基因 pericarp color 1(P1)，LOD 值为80.78。 4 株型性状相关的Bin 标记株型相关的三个性状：株高（PH），穗高（EH）和节间数量（IN）都具有较高的遗传力，以 PH 遗传力最高，为94.87%，其次为 EH 和 IN 分别是85.24%和82.33%。基于 bin map，对三个环境下的三个性状进行定位，共鉴定出35个 QTL，每个 QTL 解释表型变异2.6％～15.68%。在三个环境中都检测到多效 QTL（pQTL10），位于标记mk4012和 mk4037间，物理距离约14.6 Mb，表明其与三个性状都相关。 5 候选基因预测根据玉米基因注释结果，qPH10包含45个蛋白编码的基因，但是只有7个具有功能注释。其中，2个为 MYB 转录因子家族的基因：GRMZM2G325907和GRMZM2G108892，可能调节株高性状，是qPH10的候选基因。表1 玉米高密度遗传图谱结果统计 Chr.a No.markers b Physical distance (Mb) Genetic distance (cM) Avg.distance between markers (cM) <5cM Gap Max.gap (cM) 18.483723.084.93234.103837139.463354.064.15198.732733275.547443.033.36132.232674315.654473.022.36130.242744425.268453.068.07139.712784511.544353.083.02183.961643649.249363.042.34118.671593769.27534.066.24153.571853851.1112383.050.22120.751323911.547274.079.82136.941672015 1.119 6147 3.05 6.54517 .95023 814l a t o T a Chr.,indicates chromosome b No.markers,the number of markers on chromosome 图4 三个环境下的PH性状相关QTL在染色体上的分布图3 玉米棒颜色性状相关QTL在染色体上的分布图1 亲本间多态性SNP在全基因组及外显子区域的分布图2 玉米 bin map (横轴表示染色体编号，纵轴表示样本数；红色表示与亲本Qi319基因型相同，蓝色表示与亲本Ye478相同；黄色：杂合基因型)

大白菜永久高密度分子遗传图谱的构建(精)

园艺学报 2005, 32(2 :249~255 大白菜永久高密度分子遗传图谱的构建张立阳 1, 2张凤兰 13王美 1刘秀村 1赵岫云 1薛林宝 2 (1北京市农林科学院蔬菜研究中心 , 北京 100089; 2扬州大学农学院园艺系 , 扬州 225009 摘要 :以大白菜高抗 Tu MV 白心株系 912112和高感 Tu MV 桔红心株系 T12219为亲本建立的小孢子培养 DH 系作为图谱构建群体 , 构建了包含 10个连锁群、 406个标记位点的分子连锁图谱 , 图谱总长度 82613c M , 标记间的平均图距为 210c M , 连锁群数目和染色体数相等。每个连锁群上的标记数在 7~111个之间 , 连锁群的长度在 2614~15611c M 的范围内 , 平均图距在 110~318c M 之间。该连锁图谱包括 246个 AF LP 标记、 135个 RAP D 标记、 11个 SSR 标记和 12个同工酶标记、 1 个 SCAR 标记和 1个形态标记。关键词 :大白菜 ; 分子标记 ; 遗传图谱 ; DH 群体中图分类号 :S 63413文献标识码 :A 文章编号 :05132353X (2005 022******* A L i n kage M ap Con structi on for Ch i n ese Cabbage Ba sed on AFL P, SSR, RAPD and Isozy m e M arkers Usi n g D H Popul a ti on Zhang L iyang 1, 2, Zhang Fenglan 13, W ang Mei 1, L iu Xiucun 1, Zhao Xiuyun 1, and Xue L inbao 2

花生的资料(完整版)

花生的资料别名：落花生、落生、长生果、长寿果、长果、番豆无花果、地果、唐人豆。科属分类域：真核域 Eukarya 界：植物界 Plantae 门：被子植物门 Magnoliophyta 纲：双子叶植物纲 Magnoliopsida 目：豆目 Fabales 科：豆科 Fabaceae 属：落花生属 Arachis 种：落花生 A. hypogaea 亚种：蝶形花亚种 Faboideae 简述花生长于滋养补益，有助于延年益寿，所以民间又称“长生果”，并且和黄豆一样被誉为“植物肉”“素中之荤”。花生的营养价值比粮食高，可与鸡蛋、牛奶、肉类等一些动物性食物媲美。它含有大量的蛋白质和脂肪，特别是不饱和脂肪酸的含量很高，很适宜制造各种营养食品。现在又有一种彩色花生，又称多彩花生，多色花生，五彩花生。

花生的种子(俗称-花生仁) 彩色花生是普通花生因果仁外皮颜色变异产生多种颜色而来。彩色花生主要分为富硒黑花生、白玉花生、珍珠花生等几个品种，其中按果仁外皮颜色又能分为黑、紫黑、白、紫红、红白，彩粒等几个色系。五彩花生有黑色、雪白、白底红花纹、黑底黄花纹、黄底黑花纹等颜色。长出的秧蔓与普通花生没有区别，只是叶片稍大一些。按粒色可分为两粒黑，四粒黑，两粒彩，四粒彩，双粒花，双粒白等。性味归经及药用性味归经：甘、平，入脾、肺。功能作用：健脾和胃、利肾去水、理气通乳、治诸血症。花生中的维生素K有止血作用。花生红衣的止血作用比花生更高出50倍，对多种出血性疾病都有良好的止血功效。花生含有维生素E和一定量的锌，能增强记忆，抗老化，延缓脑功能衰退，滋润皮肤。花生含有的维生素C有降低胆固醇的作用，有助于防治动脉硬化、高血压和冠心病。

分子标记遗传图谱的构建方法---完整

分子标记遗传图谱的构建检测出的每个分子标记反映的都是相应染色体座位上的遗传多态性状态。为了有效地分析利用分子标记所提供的遗传信息，人们希望知道不同分子标记在染色体上的相对位置或排列情况，也就是要构建分子标记的遗传连锁图谱。利用DNA标记构建遗传连锁图谱在原理上与传统遗传图谱的构建是一样的。其基本步骤包括：选择适合作图的DNA标记；根据遗传材料之间的DNA多态性，选择用于建立作图群体的亲本组合；建立具有大量DNA标记处于分离状态的分离群体或衍生系；测定作图群体中不同个体或株系的标记基因型；对标记基因型数据进行连锁分析，构建标记连锁图。至今为止，已构建了许多植物的高密度分子标记连锁图。本章侧重介绍利用DNA标记构建分子遗传连锁图谱的原理与方法。第一节作图群体的建立要构建DNA标记连锁图谱，必须建立作图群体。建立作图群体需要考虑的重要因素包括亲本的选配、分离群体类型的选择及群体大小的确定等。一、亲本的选配 / 亲本的选择直接影响到构建连锁图谱的难易程度及所建图谱的适用范围。一般应从四个方面对亲本进行选择，首先要考虑亲本间的DNA多态性。亲本之间的DNA多态性与其亲缘关系有着密切关系，这种亲缘关系可用地理的、形态的或同工酶多态性作为选择标准。一般而言，异交作物的多态性高，自交作物的多态性低。例如，玉米的多态性极好，一般自交系间配制的群体就可成为理想的RFLP作图群体；番茄的多态性较差，因而只能选用不同种间的后代构建作图群体；水稻的多态性居中，美国康乃尔大学实验室1988年发表的RFLP连锁图谱是以籼稻和爪哇稻之间的杂交组合为基础构建的（McCouch et al. 1988）。在作物育种实践中，育种家常将野生种的优良性状转育到栽培种中，这种亲源关系较远的杂交转育，DNA 多态性非常丰富。第二，选择亲本时应尽量选用纯度高的材料，并进一步通过自交进行纯化。第三，要考虑杂交后代的可育性。亲本间的差异过大，杂种染色体之间的配对和重组会受到抑制，导致连锁座位间的重组率偏低，并导致严重的偏分离现象，降低所建图谱的可信度和适用范围；严重的还会降低杂种后代的结实率，甚至导致不育，影响分离群体的构建。由于各种原因，仅用一对亲本的分离群体建立的遗传图谱往往不能完全满足基因组研究和各种育

遗传学图谱

基因组学基因组学杭州师范大学生命与环境科学学院杭州师范大学生命与环境科学学院向太和向太和遗传图绘制 §2.1 2.1 遗传学图与物理图遗传学图与物理图§2.2 2.2 遗传学作图的标记遗传学作图的标记§2.3 2.3 遗传学作图的方法遗传学作图的方法§2.4 2.4 人类遗传图人类遗传图

中国测序论坛基因组学基因组学杭州师范大学生命与环境科学学院杭州师范大学生命与环境科学学院向太和向太和为何要绘制遗传图与物理图？ 1)基因组太大,必需分散测序,然后将分散的顺序按原来位置组装,需要图谱进行指导。2)基因组存在大量重复顺序,会干扰排序,因此要高密度基因组图。 3)遗传图和物理图各有优缺点,必须相互整合校正。

中国测序论坛基因组学基因组学杭州师范大学生命与环境科学学院杭州师范大学生命与环境科学学院向太和向太和?结构基因组的研究策略结构基因组的研究策略

中国测序论坛基因组学基因组学杭州师范大学生命与环境科学学院杭州师范大学生命与环境科学学院向太和向太和基因组测序的策略---由上至下(左)和由下至上的测序(右) 克隆重叠群指导的测序重叠群（重叠群（contig): contig): contig): 指相互间存在重叠顺序的一组克隆。指相互间存在重叠顺序的一组克隆。

中国测序论坛基因组学基因组学杭州师范大学生命与环境科学学院杭州师范大学生命与环境科学学院向太和向太和Clone-by-clone 测序

中国测序论坛基因组学基因组学杭州师范大学生命与环境科学学院杭州师范大学生命与环境科学学院向太和向太和鸟枪法测序

重测序-产品类-GBS遗传图谱

方案设计诺禾致源最新发表GBS遗传图谱文章 123 微生物基因组测序16S/18S/ITS等扩增子测序细菌基因组 de novo 测序真菌基因组 de novo 测序微生物重测序宏基因组测序动植物基因组测序全基因组survey 全基因组 de novo 测序泛基因组测序变异检测BSA性状定位遗传图谱全基因组关联分析群体进化Hi-C测序人类基因组测序全基因组测序外显子测序目标区域测序单细胞基因组测序建库测序建库测序诺禾致源微信文章精彩阅读 >> 版权所有：北京诺禾致源科技股份有限公司转录调控测序真核有参转录组测序医学转录组测序真核无参转录组测序比较转录组与泛转录组测序原核转录组测序宏转录组测序单细胞转录组测序 LncRNA测序 circRNA测序 small RNA测序 ChiP-seq RIP-seq 全基因组甲基化测序图1 亲本间多态性SNP在全基因组及外显子区域的分布图4 遗传图谱与物理图谱共线性分析图2 玉米 bin map (横轴表示染色体编号，纵轴表示样本数；红色表示与亲本Qi319基因型相同，蓝色表示与亲本Ye478相同；黄色：杂合基因型) 图3 三个环境下的PH性状相关QTL在染色体上的分布GBS遗传图谱代表文献中国农业科学院作物研究所研究人员携手诺禾致源重测序团队，采用GBS技术，利用Illumina HiSeq 2500测序平台，对314株高世代群体（RILs）进行双末端PE125低深度测序（平均测序深度 0.07×），检测群体SNP，并进行遗传标记开发，亲本间多态性 SNP标记分布如右图所示（图1）。基于该图谱，对玉米3个株型相关的性状进行了定位，并且在3个环境中定位出了主效QTL。通过这些定位出的QTL，预测到2个候选基因，为后续进行基因的准确鉴定奠定了基础（图3）。案例1 基于GBS技术的玉米高密度遗传图谱构建和株型相关性状定位案例西北农林科技大学研究人员与诺禾致源重测序团队合作，采用GBS技术，对枣树F 1群体的145个个体利用Illumina HiSeq PE150平台测序，检测群体SNP，并进行遗传标记开发，构建遗传图谱。本研究共得到12个连锁群，上图标记数为2540个，遗传距离总长为1456.53cM，标记间平均距离为0.88cM。 2 基于GBS技术构建枣树F 1代高密度遗传图谱本研究通过亲本及子代SNP基因分型，开发bin 标记，基于4183个 bin 标记构建玉米高密度遗传图谱，遗传距离总长为1545.65cM，标记间平均距离为0.37cM, 平均物理距离为0.51Mb（图2）。类别作物类林木类作物类作物类林木类作物类作物类发表时间2016201620152015201420132013发表刊物BMC Genomics Tree Genetics & Genomes Molecular Breeding BMC Genomics G3:Gene Genomes Genetics BMC Genomics Plos Genetics IF 3.8672.1322.1083.8672.913.8676.661策略GBS GBS GBS GBS GBS GBS GBS link link link link link link link 物种玉米[1] 枣树[2] 狼尾草[3] 木薯[4] 苹果[5] 覆盆子[6] 柳枝稷[7]

利用SLAF-seq技术构建高密度丹参连锁图谱

利用SLAF-seq技术构建高密度丹参连锁图谱丹参为唇形科鼠尾草属多年生草本植物,丹参的根及根茎,是我国重要的大宗药材之一。丹参用药量巨大,但目前丹参育种主要以引种和选种为主,遗传改良进程缓慢、优良品种缺乏。丹参农艺性状与丹参产量和品质有直接关系,间接影响着丹参的经济效益。丹参农艺性状多为多基因控制的数量性状,而数量性状遗传规律的研究往往是传统育种的难点,也是影响育种效率的主要制约因素,是造成丹参经济效益低的重要因素。构建高密度丹参分子标记遗传连锁图,对控制产量相关性状QTL进行精细定位,明确其在染色体上的位置和效应,对于丹参产量相关性状的遗传改良具有重要意义。目前仅有一张由本实验室构建的丹参遗传连锁图谱,丹参高密度遗传连锁图谱还未见报道。本研究以丹参品系“紫花74”为母本,“白花18”为父本,杂交得到的98 个F1个体为作图群体,利用SLAF-seq技术开发SLAF标记,构建了国内外首张高密度丹参遗传连锁图谱,并对丹参叶片、花、根部相关农艺性状进行了初步的QTL 分析。主要结果如下:利用SLAF-seq技术,测序共得到155.96 M原始数据,包含155,958,181条测序序列。通过信息分析,共得到151,035个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签64,022,多态率为41.60%,亲本平均测序深度为83.43X;子代平均测序深度10.36X。标记的五个分离类型(ab×cd,ef×eg,hk×hk,lm×lm,nn×np)被用于遗传图谱构建,共有23,890个SLAFs(比率为15.82%)。通过筛选去除质量低、缺少亲本信息、严重偏分离和其他不适合构建图谱的

花生生长过程管理

花生生长过程的管理一、叶面喷“三肥” 花生是豆科作物，喜磷、钼、硼。在花生生长发育中后期，可采用根外追肥的方法，通过茎叶的吸收功能，叶面喷施“三肥”即磷、钼、硼肥，一般可使荚果增产8％～15％。 1.喷磷：在花生中后期叶面喷施过磷酸钙，每隔7～10天喷1次，连喷2～3次。具体做法：将1.5～2公斤过磷酸钙兑水50公斤，搅拌后浸泡24小时，取过滤液施用，每亩喷肥液60～75公斤。如花生长势较弱，可加入尿素150～200克混合喷施。 2.喷钼：在花生花期或下针结荚期，亩用150～200克钼酸铵，兑水60～75公斤，叶面喷施1～2次，每次间隔6～8天。如果加上2％～4％的过磷酸钙澄清液混合喷施，则效果更佳。 3.喷硼：亩用100～150克硼砂，用少量热水化开后，兑水50～60公斤，喷施1～2次。花生叶面喷肥需注意，在早晨有露水、中午高温和阴雨天不要喷施；喷洒要均匀。二、巧喷花果肥花生从始花到单株盛花期间，对氮、磷、钾的吸收量约为全生育期的22％～33％；结荚期对氮、磷、钾的吸收量分别占42％、50％、66％。若叶片浅黄而小，叶脉失绿，是缺氮的表现，应亩追氮素化肥15～20公斤；植株生育不良，叶片呈蓝绿色并向上卷曲，是缺磷表现，可亩追磷酸二铵7.6～10公斤；叶片呈深绿色，边缘干枯，幼嫩茎叶变黄，根系细弱，是缺钾的表现，可亩追钾素化肥10～15公斤或草木灰50～100公斤。如植株生长缓慢，空壳率高，为缺钙所致，应亩追40～50公斤石灰。三、培土迎果针大批果针入土前，趁田间刚封垄，少数果针已入土时，须及时进行培土迎果针。培土的方法和要求是：深锄猛拉，深锄沟，浅锄背，穿沟不伤根，培土不压蔓，培成沟窄、垄胖、坡陡、顶凹的M形，为高节位果针入土结实创造条件。四、浇水与排涝花生生育中期适宜的土壤水分为田间持水量60％～70％。如土壤含水量不

菠菜高密度遗传图谱构建及性别决定基因XY的精细定位

菠菜高密度遗传图谱构建及性别决定基因X/Y的精细定位菠菜（Spinacia oleracea L.）,黎科菠菜属二倍体植株（2n=12）,是以绿叶为主要产品的重要蔬菜作物。菠菜是典型的雌雄异株植物,少量植株表现为两性株,其雌雄性别受X/Y基因的控制,是研究雌雄异株植物性别决定及分化机制的一种理想材料。目前国内外已构建的菠菜遗传图谱分子标记数量较少且不便于使用,缺乏高密度遗传图谱,且菠菜性别决定基因尚未精细定位及克隆,性别调控机制仍不明确。因此,本研究利用特异位点扩增片段测序（SLAF-seq）技术结合HighMap软件构建了菠菜高密度遗传图,并通过SRAP-BSA及super-BSA对菠菜性别决定基因X/Y进行了精细定位,借助基因注释获得了一些菠菜激素调控和开花相关的候选基因。主要研究结果汇总如下:1、利用SLAF-seq技术结合HighMap构建了菠菜高密度遗传图。该图谱包含4080个SLAF标记,共划分为6个连锁群,总图距为 1,125.97cM,相邻标记间的平均图距为0.31cM,这是目前研究中密度最高的菠菜遗传图谱。 2、利用SRAP-BSA法对菠菜性别决定基因X/Y进行初步定位,通过雌雄基因池对1280个SRAP引物组合进行筛选,其中20个引物组合与性别基因紧密连锁。结合前人研究相关标记,利用含148个单株的BC₁群体构建了一个15.9cM的菠菜性别区域连锁图,平均图距为0.72 cM,将性别决定基因定位在一个0.4 cM的区间内。 3、利用super-BSA法对性别决定基因X/Y进行精细定位。通过50个雌性单株和50个雄性单株测序数据混池寻找菠菜性别性状关联区域。

花生生长发育周期(优质参考)

花生系豆科落花生属一年生草本植物。从种子的发芽到荚果的成熟大致经过如下七个阶段： (一)种子的发芽和出苗花生种子的形状、颜色、大小等是鉴别品种的重要根据。花生种子是由种皮和胚两部分组成。种皮主要起保护作用。胚包括胚芽、胚轴、胚根和子叶四部分。胚芽位于两子叶之间，由主芽和侧芽组成。主芽以后发育成主茎，侧芽发育成第一对侧枝。胚芽的下端为粗壮的胚轴和突出的胚根。成熟的种子内，主茎已有两片幼小的复叶，其内尚有3—4片小复叶或叶原基；侧芽上可见2片苞叶或l片苞叶和l片真叶，其内也有2—3片叶原基，在其苞叶叶腋内已有l一2个二次芽原基。所以花生种子实际上已是一株分化相当完全的幼小植株。花生种子成熟以后，给予最适宜的发芽条件也不能正常发芽，这种特性称为休眠。种子休眠所需的时间称为休眠期(从花生成熟收获日起至可以发芽时止)。不同品种的种子，休眠期长短差异很大，一般珍珠豆型和多粒型品种休眠期短，在种子收获前如遇土壤湿度大、温度较高时，有的便可在土中发芽；而普通型和龙生型品种，休眠期较长。播前带壳晒种，种子加温处理以及用乙烯利打破种子的休眠，对加速酶的活性，提早种子发芽有较好的作用。种子发芽出苗过程：发育完全的种子，在完成一定时间的休眠以后，在适宜的条件下，就可以发芽出苗。发芽时，胚根先突破种皮向地下迅速生长，长到l厘米左右时，胚轴迅速分化向地上伸延，将子叶和胚轴推向地表。当子叶顶破土面见光，胚轴即停止伸长，而胚芽急速生长出第一片真叶展开时即为出苗。春播花生从种子发芽到出苗，早熟品种约需10一15天；中熟品种约需15—20天。花生种发芽要求较高的温度。珍珠豆型和多粒型早熟小花生，种子发芽最低温度为12℃，普通型花生最低温度为15℃。发芽最适温度，早熟小花生23℃左右，大花生26—30℃。温度过低种子不能发芽，常会引起烂子；温度过高(40℃以上)，胚根发育受阻，发芽率下降。花生从播种到出苗约需积温200-300℃。在一般情况下，种子吸水量相当本身重量的40％一6O％的水分才能萌动，到出苗时需消耗种子重量4倍的水分。幼苗出土最适宜的土壤持水量为50％一6O％，低于40％或高于70％均会影响种子正常发芽和出苗。 (二)根、茎、枝、叶的生长 1．根系的生长和根瘤的形成花生的根由主根、侧根和很多次生细根组成。种子发芽后，胚根迅速生长深人土中成为主根，主根上长出四列侧根，呈明显的十字排列，侧根上又长许多次生细根，形成强大的圆锥根系。主根人土深度可达l 米以上，甚至2米左右，但主要根群分布在10—30厘米土层中。根系横向分布可达60多厘米。花生的根部生有根瘤。一般在幼苗主茎长出五片真叶以后，根