植物转录因子汇总2013
Plant Transcription Factor Database
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Mimulus guttatus (spotted monkey flower) (G)
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Jin JP, Zhang H, Kong L, Gao G and Luo JC. (2014). PlantTFDB 3.0: a portal for the functional and evolutionary study
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植物转录因子及转录调控数据与分析平台
植物转录因子及转录调控数据与分析平台 PlantTFDB：植物转录因子数据库 URL: https://www.360docs.net/doc/552812822.html, 包含资源：植物转录因子的家族分类规则、基因组转录因子全谱、丰富的注释、转录因子结合图谱(binding motifs)、转录因子预测、系统发生树等 涉及物种：包含拟南芥、水稻、杨树、大豆、玉米、小麦等165个物种。 PlantRegMap：植物转录调控数据与分析平台 URL: https://www.360docs.net/doc/552812822.html, 包含资源：植物转录调控元件、植物转录调控网络、转录因子结合位点预测、转录调控预测与富集分析、GO富集分析、上游调控因子富集分析等。 涉及物种：包含拟南芥、水稻、杨树、大豆、玉米、小麦等156个物种。 ATRM: 拟南芥转录调控网络及其结构和演化分析 URL: https://www.360docs.net/doc/552812822.html, 包含资源：基于文本挖掘和人工校验的拟南芥转录调控网络、植物转录调控网络的结构和演化特征 涉及物种：拟南芥 植物转录因子及转录调控数据与分析平台(导航页) 我们致力于为广大科研人员提供一个关于植物转录因子和转录调控、集数据和分析于一体的高质量平台，为研究和理解植物转录调控系统保驾护航。 植物转录因子数据库(PlantTFDB) 一套完整的植物转录因子分类规则 覆盖绿色植物各大分支的转录因子全谱 丰富的功能和演化注释 基因组范围的高质量转录因子结合矩阵（156个物种） 在线转录因子预测平台 植物转录调控数据与分析平台(PlantRegMap) 基于高通量实验(ChIP-seq和DNase-seq)和比较基因组方法鉴定的多种转录调控元件 基于转录因子结合矩阵和转录调控元件推测的转录调控网络 涉及165物种的GO注释 一套植物转录调控预测与分析工具，包括转录因子结合位点预测、转录调控预测与富集分析、GO富集分析及上游调控因子富集分析等 拟南芥转录调控网络及其结构和演化特征(ATRM) 基于文本挖掘和人工校验的拟南芥转录调控网络 植物转录调控网络的结构和演化特征
植物MYB类转录因子研究进展
综 述R evie w 2002201215收到,2002201228接受。 国家重点基础研究发展规划项目(973项目G 1999011604)资助。3联系人,E 2mail :zywang @https://www.360docs.net/doc/552812822.html, ,Tel :02126404209024423。 植物MYB 类转录因子研究进展 陈 俊 王宗阳3 (中国科学院上海植物生理研究所,上海200032) 摘要:植物M Y B 转录因子以含有保守的M Y B 结构域为共同特征,广泛参与植物发育和代谢的调节。含单一M Y B 结构域的M Y B 转录因子在维持染色体结构和转录调节上发挥着重要作用,是M Y B 转录因子家族中较为特殊的一类。含两个M Y B 结构域的 M Y B 转录因子成员众多,在植物体内主要参与次生代 谢的调节和控制细胞的形态发生。含3个M Y B 结构域的M Y B 蛋白与c 2M Y B 蛋白高度同源,可能在调节细胞周期中起作用。 关键词:M Y B 结构域,M Y B 转录因子,组合调控学科分类号:Q74 随着多种模式生物基因组计划的完成,如何 从这些浩如烟海的DNA 序列中揭示基因的功能以及它们有序的时空表达,已成为后基因组时代的重要课题。人类基因组计划的完成显示人类只有30000～50000个基因,生命体是如何以如此少的 基因完成如此复杂的生命活动的呢?很重要的一点在于基因的表达调控,使得每一个基因能适时、适地、适量地表达,并且使得某些基因可以产生多种功能各异的蛋白质。真核基因的表达随细胞内外环境的改变而在不同层次上受到精确调控,如染色体DNA 水平、转录水平及转录后水平的调控等。而转录水平的调控发生在基因表达的初期阶段,是很多基因表达调控的主要方式。转录水平的调控指一类称为转录因子(有时又称反式作用因子)的蛋白质特异结合到靶基因调控区的顺式作用元件上,或调节基因表达的强度,或应答激素刺激和外界环境胁迫,或控制靶基因的时空特异性表达。 转录因子通常是一种模块化的蛋白,一般由几个独立的功能域组成,包括DNA 结合功能域,转录激活功能域,蛋白2蛋白相互作用功能域,信号分子结合功能域,核定位信号区等。根据DNA 结合功能域的结构,转录因子可分为以下几类:bHL H (碱性螺旋2环2螺旋)、bZIP (碱性亮氨酸拉链)、homeodomain 蛋白、MADS 2box 蛋白、zinc 2finger 蛋 白、Myb 蛋白、Ap2/EREBP 蛋白、HSF 蛋白、HM G 蛋白和A T hook 蛋白等(Schwechheimer 和Bevan 1998)。 本文试以植物中数量最多、功能最多样化的M Y B 类转录因子为例,对该类转录因子的研究历 史和现状作一简单介绍。阐述了M Y B 转录因子的结构、功能和进化,并举例说明M Y B 类转录因子如何与其它转录因子家族成员相互作用,通过组合调控(combinatorial control )的方式实现对靶基因的精密调控。 1 MYB 类转录因子 M Y B 类转录因子家族是指含有M Y B 结构域 的一类转录因子。M Y B 结构域是一段约51～52个氨基酸的肽段,包含一系列高度保守的氨基酸残基和间隔序列(图1)。首先是每隔约18个氨基酸规则间隔的色氨酸(W )残基,它们参与空间结构中疏水核心的形成。有时色氨酸残基会被某个芳香族氨基酸或疏水氨基酸所取代,尤其是在植物R2R32M Y B 转录因子中,R3M Y B 结构域的第一 个色氨酸经常被亮氨酸、异亮氨酸或苯丙氨酸所取 代。其次,在每个保守的色氨酸前后都存在一些高度保守的氨基酸,例如在第一个色氨酸的C 2末端通常是一簇酸性氨基酸(图1)。正是上述这些保守的氨基酸残基使M Y B 结构域折叠成螺旋2螺旋2转角2螺旋(helix 2helix 2turn 2helix )结构。 1982年K lempnauer 等在禽成髓细胞瘤病毒(avian myeloblastosis virus )中鉴定出一个能直接导致急性成髓细胞白血病(acute myeloblastic leukemia )的癌基因,称为v 2myb ,不久发现在正常动物细胞中也存在相应的原癌基因c 2myb ,随后研究结果表明v 2M Y B ,c 2M Y B 蛋白都定位在细胞核中,与核基质和染色质紧密相连,而且都具有DNA 1 8植物生理与分子生物学学报,J ournal of Plant Physiology and Molecular Biology 2002,28(2):81-88
《植物的主要类群》教案
《植物的主要类群》教案 教学目标 1、初识植物系统进化树，了解不同植物类群之间的亲缘关系；认识不同植物类群的形态结构特征、生活方式、与人类的关系 2、通过“观察比较不同的植物”活动，提高观察能力、比较思维能力、分析问题能力和语言表达能力 3、通过对不同类群植物的学习，进一步体会植物种类的多样性；强化生物进化的观点 4、通过对不同类群植物与人类关系的学习，增强生物科学的价值观，强化热爱植物、保护植物的情感。 教学重难点 1、认识植物系统进化树；组织“观察比较不同的植物”的活动 2、藻类植物、苔藓植物、蕨类植物、种子植物的形态结构特征，认识种子植物是植物界最高等的类群 3、各个植物类群与人类的关系 教学流程： 第一课时 《一》创设情景，引入新课 播放一段植物类群的录像，向同学展现丰富多彩的植物世界。 【引入】：据植物科学家估计，自然界中已知的植物约有33万种，遍布地球上的各种生态环境。那不同植物类群之间的差异有多大，它们之间有没有亲缘关系呢？这节课就让我们一起来认识生物圈中有哪些绿色植物，它们都有哪些特点。首先我们来讨论植物的主要类群到底有哪些呢？ 【学生活动】：藻类植物、苔藓植物、蕨类植物、种子植物 《二》植物系统进化树 【提问】：我们知道地球上的动物和植物都是由原始生命进化来的，动植物的进化有什么共同的规律呢？ 请同学们观察植物进化树（出示植物进化树的挂图），从植物进化树图片中你获取哪些信息？请同学分组讨论并思考，注意如下两个问题： （1）观察植物系统进化树，分析不同植物类群的进化关系。 （2）辨别各种植物类群的特征，“观察比较不同的植物”活动 【学生活动】：学生仔细观察植物进化树图片，辨别课桌上所摆放的各种植物，并经过讨论将结果填写在书上的空格里面。
植物bHLH转录因子研究进展_刘文文
生物技术进展 2013年第3卷第1期7 11 Current Biotechnology ISSN 2095-櫅櫅櫅櫅櫅櫅櫅櫅櫅櫅櫅櫅櫅櫅殯 殯 殯 殯 2341 进展评述 Reviews 收稿日期：2012-12-12；接受日期：2012-12-31基金项目：国家自然科学基因项目（30970221）资助。 作者简介：刘文文，硕士研究生，研究方向为玉米氮利用效率生理学及拟南芥抗逆作用机制。*通讯作者：李文学，研究员，博士，主要 从事小RNA 功能及植物抗逆机制研究。E- mail ：liwenxue@caas．cn 植物bHLH 转录因子研究进展 刘文文，李文学 * 中国农业科学院作物科学研究所，北京100081摘 要：bHLH （basic helix-loop-helix protein ）是真核生物中存在最广泛的一大类转录因子，其通过特定的氨基酸残基与 靶基因相互作用，进而调节相关基因的表达。系统发育分析表明植物的bHLH 转录因子为单源进化。bHLH 转录因子不仅对于植物的正常生长和发育必不可缺，同时参与植物适应多种逆境胁迫的反应过程。然而，由于植物bHLH 家族成员众多、 参与的生物过程复杂，对于其了解还不是十分清楚。本文针对植物bHLH 的进化、结构特点、生物功能，尤其是在适应逆境胁迫中作用等的最新研究结果进行综述，以期为进一步深入了解植物bHLH 转录因子的功能提供理论参考。关键词：bHLH ；结构特点；生物学功能DOI ：10．3969/j．issn．2095-2341．2013．01．02 Progress of Plant bHLH Transcription Factor LIU Wen-wen ，LI Wen-xue * Institute of Crop Science ，Chinese Academy of Agricultural Sciences ，Beijing 100081，China Abstract ：Basic helix-loop-helix proteins （bHLHs ）are found throughout the eukaryotic kingdom ，and constitute one of the largest families of plant transcription factors．They can regulate gene expression through interaction with specific motif in target genes．Phylogenetic analysis indicates that plant bHLHs are monophyletic．bHLHs are necessary for plant normal growth and development ，and play important roles in abiotic-stress responses．However ，we know little about their origins ，structures ，and functions due to the large quantities and complexity of plant bHLH family．This paper reviews on the evolution ，structure characteristics ，biological function of plant bHLHs ，especially their functions in adapting to abiotic-stress tolerance ，so as to provide a theoretical reference for further research on the function of plant bHLH transcription factors．Key words ：bHLHs ；structural features ；biological function bHLH 转录因子广泛存在于真核生物。自 bHLH 发现以来，越来越多的研究表明该转录因子对于真核生物的正常生长及发育必不可缺。在酵母等单细胞真核生物中，bHLH 参与染色体的分离、新陈代谢调节等过程［1］ ；在动物中，bHLH 主要与感知外界环境、调节细胞周期、组织分化等 相关 ［2 4］ 。植物中bHLH 家族成员数量众多，仅 次于MYB 类转录因子，譬如在拟南芥中有超过140个bHLH 转录因子，水稻中则超过160个。家族的庞大不可避免的造成功能冗余，使研究单个bHLH 转录因子的功能相对困难。本文拟对有限的植物bHLH 家族研究结果，尤其是参与植物 适应逆境胁迫过程中的作用进行综述，以期为进 一步深入了解植物bHLH 转录因子的功能的提供理论参考。 1 植物bHLH 的结构特点、家族分类及 进化 1．1 bHLH 的基本结构 bHLH 转录因子因含有bHLH 结构域而得名。bHLH 结构域由50 60个氨基酸组成，可分为长度为10 15个氨基酸的碱性氨基酸区和40个氨基酸左右的α-螺旋-环-α-螺旋区（HLH 区）。
(完整版)植物的主要类群.
植物的主要类群还有什么样的植物呢？地球上除了绿色开花的植物 以外，换句话说，包括绿色开花的植物在内，地球上共有几大类植物呢？根据形态、结构和生活习性的不同，植物有四个主要类群：藻类植物、苔藓植物、蕨类植物、种子植物。 第一节藻类植物 第二节苔藓植物 第三节蕨类植物 种子植物第四节 藻类植物
藻类植物的种类很多，大都生活在水中。生活在海水中的叫做海藻；生活在河流、湖泊、池塘中的叫做淡水藻。水绵就是一种常见的淡水藻。在水池和小溪中生活着一些丝状绿水绵的形态结构和生活习性的特点藻，其中往往就有水绵。在显微镜下可以看到，每条水绵都是由许多个结构相同的长筒状的细胞连接而成的。每个水绵细胞都有细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核，在细胞质中有液泡和叶绿体。水绵的叶绿体像带子，螺旋状地排列在细胞里（下图）。 水绵和它的生活环境水绵的叶绿体里含有叶绿素，所以能够进行光合作用，利用自己制造的有机物来维持生活，这样的营养方式叫做自养。自养是各类绿色植物共有的一个重要特征。阳光充足的时候，水绵的光合作用旺盛，放出的氧积存在一起，能使水绵形成的丝团漂浮到水面上来。有些藻类植物是单细胞的，例如其他的藻类植物和藻类植物的主要特征：生活在池水中的衣藻（下图左）。 海衣藻 紫菜带 海带（上图中）、紫菜（上图右）是常见的食用海藻。它们与水绵一样，都是多细胞的藻类植物。海带和紫菜的结构也很简单，都没有根、叶、茎等器官的分化。从外表看去，像根的部分只是起固着作用的根状物，像叶的部分叫做叶状体。海带的叶绿体里除了含有叶绿素以外，还含有大量的藻黄素，所以它呈现褐色。紫菜的叶绿体里除了含有叶绿素以外，还含有大量的藻红素，所以它呈现紫红色（彩图）。 下面以水绵、海带和紫菜作实验材料，来观察藻类植物的形态和颜色。 实验观察藻类植物 藻类植物的主要特征是： 一、单细胞的和多细胞的，结构都比较简单，都没有根、叶、茎等器官的分化。
植物转录因子汇总2013
Plant Transcription Factor Database v3.0 Center for Bioinformatics , Peking University , China Previous versions:v1.0v2.0 Home | Blast | Search | Download | Prediction | Help | About | Links LFY) Browse by Species open all | close all Taxonomic Group (83 species) (G)-species with genome sequence Chlorophyta (10 species)Bryophyta (1 species) Lycopodiophyta (1 species)Coniferopsida (4 species) Basal Magnoliophyta (1 species)Monocot (17 species) Eudicot (49 species) Bathycoccus prasinos (G)Chlamydomonas reinhardtii (G)Chlorella sp. NC64A (G)Coccomyxa sp. C-169 (G) Micromonas pusilla CCMP1545 (G)Micromonas sp. RCC299 (G) Ostreococcus lucimarinus CCE9901 (G)Ostreococcus sp. RCC809 (G)Ostreococcus tauri (G) Volvox carteri (G) Physcomitrella patens subsp. patens (G) Selaginella moellendorffii (G)Picea abies (Norway spruce) (G)Picea glauca (white spruce)Picea sitchensis (Sitka spruce) Pinus taeda (loblolly pine) Amborella trichopoda (G)Aegilops tauschii (Tausch's goatgrass) (G) Brachypodium distachyon (purple false brome) (G)Hordeum vulgare (barley) (G)Musa acuminata (dwarf banana) (G)Oryza barthii (African wild rice) (G)Oryza brachyantha (malo sina) (G)Oryza glaberrima (African rice) (G)Oryza punctata (G) Oryza sativa subsp. indica (Indian rice) (G)Oryza sativa subsp. japonica (Japanese rice) (G)Phoenix dactylifera (date palm) (G) Phyllostachys heterocycla (moso bamboo) (G)Saccharum officinarum (sugarcane)Setaria italica (foxtail millet) (G)Sorghum bicolor (sorghum) (G)Triticum aestivum (wheat)Triticum urartu (G) Zea mays (maize) (G)Aquilegia coerulea (columbine) (G) Asterids (9 species) Artemisia annua (sweet wormwood)Capsicum annuum (chilli pepper)Helianthus annuus (sunflower) Lactuca sativa (garden lettuce) Mimulus guttatus (spotted monkey flower) (G)
茶树2个MYB转录因子基因的克隆及表达分析
第48卷第3期2012年3月 林 业科 学 SCIENTIA SILVAE SINICAE Vol.48，No.3 Mar．， 2012茶树2个MYB 转录因子基因的克隆及表达分析 * 马春雷 姚明哲王新超金基强陈亮 （中国农业科学院茶叶研究所国家茶树改良中心杭州310008） 摘 要： MYB 类转录因子是一类包含一段保守的DNA 结合结构域的基因家族，广泛地参与植物发育和植物次生 代谢的调节。根据前期芯片杂交和文库筛选得到的2个MYB 转录因子的部分序列，采用RT-PCR 和RACE 技术分离得到它们的全长基因：CsMYB1和CsMYB2， 在GenBank 的登录号分别为HQ660373和HQ660374。序列分析表明：CsMYB1基因全长1132bp ，开放阅读框长879bp ，编码292个氨基酸，推测的蛋白分子量约为32.9ku ，理论等电点为8.13；CsMYB2基因全长1020bp ， 其中开放阅读框长675bp ，编码224个氨基酸，推测的蛋白分子量约为25.4ku ，理论等电点为9.05。2个基因编码的蛋白均具有明显的R2R3MYB 结构域，且在R3结构域的下游都含有1个相对保守的C1（LIXXGIDPXTHR ）基序。同源性分析表明：茶树CsMYB1和CsMYB2编码的氨基酸序列与其他植物的MYB 类转录因子具有较高的相似性， 其中CsMYB1编码的氨基酸序列与陆地棉MYB1的相似性为57%，CsMYB2编码的氨基酸序列与葡萄MYBC2的相似性为75%。利用荧光定量PCR 技术检测2个转录因子基因在遮荫处理条件下的表达规律， 及其在茶树不同组织中的表达特性，结果表明：CsMYB1和CsMYB2在不同组织中均有表达，但表达量具有明显区别，其中CsMYB2在叶片中的相对表达量是根中的100多倍；而遮荫处理能明显降低叶片中的花青素含量，并提高CsMYB1的表达，但对转录因子CsMYB2的影响不大。关键词： 茶树；MYB 转录因子；基因克隆；表达分析 中图分类号：S718.46；Q943.2 文献标识码：A 文章编号：1001－7488（2012）03－0031－07 收稿日期：2011－07－04；修回日期：2011－11－07。 基金项目：“国家茶叶产业技术体系”项目（CARS －23）；国家自然科学基金项目（31100504；31170624；30901159）；浙江省自然科学基金项目（Y3100291；Y3090041；Y3110260）。 *陈亮为通讯作者。 Cloning and Expression of Two MYB Transcription Factors in Tea Plant （Camellia sinensis ） Ma Chunlei Yao Mingzhe Wang Xinchao Jin Jiqiang Chen Liang （National Center for Tea Improvement Tea Research Institute ，Chinese Academy of Agricultural Sciences Hangzhou 310008） Abstract ：MYB transcription factors represent a family of genes that include the conserved MYB DNA-binding domain ， and they are widely involved in the regulation of plant development and secondary metabolism．In this study ，Part of sequences of two MYB transcription factors was determined through the cDNA microarray hybridization and selection of cDNA library derived from tender shoots．The full-length cDNAs of the genes were obtained with RT-PCR and RACE ，and they were 1132bp and 1020bp ，named as CsMYB1and CsMYB2（GenBank accession No．HQ660373and HQ660374），and contained ORFs of 879bp and 675bp encoding 292and 224amino acids ， respectively．Sequences analysis showed that the deduced protein molecular weight of the two genes were 32．9ku and 25．4ku ，and the proteins contained two conserved MYB domains near the N-terminus and a conserved C1motif near the R3domains．The deduced amino acid sequence of CsMYB1and CsMYB2from tea plant showed high identity with that of other plants ，for instance CsMYB1shared 57%homology with MYB1of Gossypium hirsutum and CsMYB2shared 75%homology with MYBC2of Vitis vinifera．The result of real time-PCR analysis showed the two genes were expressed constitutively in all tissues with different expression levels ，e．g．the relative expression level of CsMYB2in leaf was hundred times higher than that in root．Additionally ，shading enhanced CsMYB1expression ，while the treatment did not alter the expression level of CsMYB2．Key words ： tea plant （Camellia sinensis ）；MYB transcription factors ；gene cloning ；expression 转录因子是一类通过特异的结合靶基因启动子 区的顺式作用元件来调节目标基因表达的DNA 结
转录因子蛋白质结构分析
植物转录因子蛋白质结构 转录因子是生物体内直接结合或间接作用于基因启动子区域、形成具有RNA聚合酶活性的转录复合体的蛋白质因子，通过其调控基因的表达来影响生物的表型及对外界刺激的保护，从而完成了生物在转录水平的调控。按功能可分为通用转录因子、序列特异性转录因子、辅助转录因子等。而与RNA聚合酶I、Ⅱ、Ⅲ相对应的有3类转录因子，分别是TFI、TFⅡ、TFⅢ。锌指蛋白就是属于其中的TFⅢ型转录因子，它是生物中发现种类最多、研究较为广泛、在真核生物中具有重要调控作用的一类转录因子。 通过对蛋白质的结构进行分析表明，典型的植物转录因子一般由DNA结合区(DNA—binding domain)、寡聚化位点(oligomerization site)、转录的调控区(transcription regulation domain)、细胞核定位信号区(nuclear localization signal，NLS)组成，这些功能区域决定了各个转录因子的具体功能。 DNA结合区(DNA—binding domain)DNA序列中有许多具有重要作用的顺式作用元件，能够识别并与之结合的氨基酸序列就是转录因子的DNA结合区。相同类型的转录因子都能够识别比较保守的氨基酸序列(DNA结合区)。而且植物转录因子的分类依据就是DNA结合区和寡聚化位点的保守区的差异。其中bHLH结构域、bZIP结构域、锌指结构域、MADS结构域、MYC 结构域、MYB结构域和类Myc蛋白等都是典型的植物转录因子的DNA结合区。这些典型的结合区与顺式作用元件识别及结合的特异性由DNA结合区中特定的氨基酸序列来决定。它们与顺式作用元件的亲和性和特异性由DNA结合区的二级结构来决定。 bHLH(basichelix-loop-helix)家族转录因子普遍存在于真核生物中。目前,已在拟南芥中发现了147个bHLH家族转录因子基因。bHLH转录因子约由60个氨基酸残基组成,因HLH结构上游富含碱性氨基酸而得名,含有两个相连的基本亚区,即HLH Motif及其上游富含碱性氨基酸基序,其中碱性氨基酸基序与DNA结合有关,对基因的转录发挥调控作用。bHLH转录因子的HLH 区长为40-50个氨基酸残基,参与二聚体形成,有HLH蛋白的共同模体,即具有两条短小的既亲水又亲脂的两性α-螺旋,螺旋区的长度为15-16个氨基酸,含有各种保守的氨基酸残基,两个α-螺旋由连接区(环)相连,连接环的长度不等,由12-28个氨基酸组成,螺旋的一侧有疏水氨基酸。bHLH转录因子两条α-链依赖疏水氨基酸的相互作用形成同型或异型二聚体,从而与启动子的不同部位相结合。缺少碱性区的HLH蛋白可以与bHLH蛋白形成二聚体,但无结合DNA 的能力。 bZIP转录因子是真核生物转录因子中分布最广泛、最保守的一类转录因子。几乎所有真核细胞中都发现了bZIP结构域的转录冈子。根据植物bZlP转录因子结构特点和功能可以将bZIP 家族划分为10个亚族。所有的bZIP转录因子除了都具有两种保守的结构域外，同一个亚族内的bZIP转录因子还有额外的共有特征，如亮氨酸拉链的大小、类似的DNA结 合碱性结构域和类似的cis元件等。植物bZIP类转录因子的共同结构特点是：(1)含有与特异DNA序列相结合的碱性结构域，大约由20个氨基酸组成，紧靠亮氨酸拉链结构域的N末端，能与专一的DNA序列进行相互作用；(2)参与寡聚化作用的亮氨酸拉链区与碱性区紧密相连，每7个氨基酸的第7位含有一个亮氨酸。亮氨酸拉链形成一个两亲的螺旋结构，该结构参与bZIP蛋白与DNA结合之前的二聚体化；(3)转录因子的N末端含有酸性激活区；(4)以二聚体形式结合DNA，肽链N末端的碱性区与DNA直接结合。 至今，发现了三类锌指结构。一类是类似TFIIIA，如哺乳动物细胞的SP1。第二类锌指结构是通过NMR（核磁共振）检测到的，这类结构有点类似于HTH结构。它是由两个环-螺旋结构组成，命名为“双环-锌-螺旋”（double loop-Zn-helix），锌离子与在环开始部分中的两个半胱氨酸和两个а-螺旋的N端的两个氨基酸残基作用，靠近第一个а-螺旋N端的残基决定了
辣椒MYB转录因子基因的克隆及表达分析
辣椒MYB转录因子基因的克隆及表达分析辣椒素是辣椒属植物特有的次生代谢,是物辣椒素类物质中的主要组成部分,也是辣椒辛辣味道的主要来源。众多研究表明辣椒素在新型农药、镇痛、抗疲劳、抗肿瘤、美容、抗菌等领域具有重要的作用,因此研究辣椒素的合成途径调控机制具有重要意义。 辣椒素是由苯丙氨酸途径合成的香草基胺和由支链脂肪酸途径合成的8-甲基-6-癸烯酰经辣椒素合成酶(CS)催化缩合而成。CS基因启动子含有TATA-box、CAAT-box、W-box、GATA-box、ABRE、TCA-element等多个顺式作用元件,以及包含一个能够与MYB转录因子结合的结合位点(CAACTG)。 因此可以推测,MYB转录因子可以通过与CS启动子序列中的MYB结合位点结合,产生互作,激活或者抑制辣椒素合成酶基因(CS)的表达,影响辣椒素合成途径,最终影响了辣椒素的合成。本研究通过PCR技术在黄灯笼椒中获得一个MYB转录因子基因,命名为Ccmyb,全长1038bp,编码345个氨基酸。 经过网站预测分析,Ccmyb包含有两个螺旋-转角-螺旋机构的MYB转录因子结构域,属于R2R3-MYB转录因子家族。经过同源性分析发现与Lycopersicon esculentum Mill(番茄)和Solanum pennellii(野生种潘那利番茄)转录因子MYB44-like同源关系比较近。 利用https://www.360docs.net/doc/552812822.html,网站对Ccmyb的蛋白进行分析,可知pI为 8.57,Mw为38241.06,是一类定位在细胞核中的蛋白,无跨膜组织。利用RT-PCR 技术分析了Ccmyb基因与3个辣椒素合成相关基因基因(Pun1,PAL,KAS)在黄灯笼椒根、茎、叶、花、果实、种子、胎座以及坐果期、绿熟期、转色期、成熟期的果实的表达情况。
植物的主要类群教案_1
第二节植物的主要类群 教学内容 本节内容在教科书第37——46页。内容包括：植物系统进化树, 藻类植物、苔藓植物、蕨类植物和种子植物的形态、结构特征、生活方式以及他们对生物圈中的作用和与人类的关系。 知识与能力： 初步认识植物系统进化树，了解不同植物类型之间的亲缘关系， 通过“观察比较不同的植物”的活动，以及对植物类群的各种学习活动，认识不同的植物类群的形态、结构特征、生活方式，与人类的关系，并通过对不同植物类群的比较，进一步理解植物进化树。 通过“观察比较不同的植物”的活动，提高观察能力、比较分析 能力；通过对不同植物类群的学习，增强分析问题及语言表达的能力。过程与方法 实验观察、比较、讨论和讲述藻类、苔藓、蕨类和种子植物。 情感、态度与价值观 体会植物种类的多样性，强化生物进化的观点，增强生物科学价 值观，培养学生关注和保护生物圈中多种多样的绿色植物情感。 教学重、难点 重点:
1、“观察比较不同的植物”的活动，了解在不同的环境中分布着不同的生物类群（藻类、苔藓、蕨类），以及这些植物类群的形态、结构特征。 2、各个植物类群与人类的关系。 难点： 认识植物系统进化树，组织“观察比较不同的植物”的活动，认识苔藓、蕨类植物的形态特征，认识种子植物是植物界最高等的植物类群。教学步骤： 教学准备： 1、准备植物系统进化树图片，藻类、苔藓、蕨类和种子植物的实物、标 本、挂图、投影片、模型、实物投影仪。 2、实物材料及用具：新鲜的水绵、海带、紫菜（带根状物）、葫芦藓或 墙藓、肾蕨、铁钱蕨、带球果的松枝、蚕豆花及果实、放大镜、镊子。 创设情景，引入新课
植物系统进化树
植物中的MYB转录因子
植物中的MY B转录因子 王希庆1 陈柏君2 印莉萍1 (1首都师范大学生物系,北京100037;2北京大学生命科学学院,北京100871) 摘 要: M Y B转录因子是植物转录因子中最大的家族之一。概述M Y B蛋白的结构、功能、进化以及与DNA结合的多样性。另外,对是否存在冗余M Y B蛋白的问题亦进行了探讨。 关键词: M Y B转录因子 结构 功能 冗余 The Plant MYB T ranscription F actors Wang Xiqing1 Chen Bojun2 Y in Liping1 (1Depart ment of Biology Capital Normal U niversity,Beiji ng100037; 2College of L if e Science Peki ng U niversity,Beiji ng100871) Abstract: The M Y B transcription factors comprise one of the largest families in plant transcription factors.This paper is a survey of main achievements in M Y B proteins’structure、function、evolution and diversity of interaction with DNA.And it is also discussed that whether there is redundant M Y B proteins. K ey words: M Y B transcription factors Structure Function Redundancy 1 引言 在植物的生长发育中,之所以各细胞之间出现了分化,就是因为细胞内基因的表达存在着时间和空间的差异,导致这种差异的主要原因之一就是转录因子(transcription factor,TF)在转录水平上的调节作用[1] 。 转录因子也称为反式作用因子,是指能够与真核基因的顺式作用元件发生特异性相互作用,并对转录有激活或抑制作用的DNA结合蛋白[2]。根据与DNA结合的方式可以把TF分为两类:普遍性转录因子(general transcription factor,GTF)和特异性转录因子(sequence2specific transcription fac2 tor)[3,4,5]。GTF能和启动子的核心序列TA TA框结合,可以激活所有基因的转录,而特异性转录因子和DNA序列上的其它调节元件结合,只能激活特定的基因。 典型的转录因子一般具有4个功能区:DNA结合区、转录调控区、核定位信号区和寡聚化位点。通常根据保守性较强的DNA结合区把转录因子分类,例如螺旋2转角2螺旋(helix2turn2helix)、锌指(zinc finger)结构、亮氨酸拉链(leucine zipper)和MADS盒等结构。M Y B转录因子也是其中非常重要的一类,而且是植物转录因子中最大的家族之一。 最早的M Y B转录因子(v2M Y B)是从鸟类的白血病病毒AMV和E26中发现的,一般认为,v2M Y B 是其前体c2M Y B在氨基端和羧基端缩减部分氨基酸残基而成。玉米的cl基因所编码的蛋白是一个从植物中发现的M Y B转录因子,后来研究发现,在拟南芥和玉米中都存在着大量的M Y B转录因子,它们在转录调节中起着多方面的重要作用。 2 MY B转录因子的结构特征 一般每个M Y B区域,即DNA结合区(DNA2 binding domain)含有51～53个氨基酸,在c2M Y B 蛋白中,含有3个串联的、不完全重复的M Y B区(R1、R2和R3)(图1)[6] ,每个M Y B区折叠成螺旋2转角2螺旋的形式参与与DNA大沟的结合。在每个M Y B区域中,一般都含有3个保守的色氨酸残基(其间隔18～19个氨基酸),起着疏水核心的作用,对于维持HTH的构型有着特别重要的意义[7]。 在c2M Y B的DNA结合区的羧基端有一个酸性的转录激活区(transcription activation domain)[8],一般折叠成双亲性的α2螺旋发挥作用,而且作用有一定的可塑性。一般认为转录激活区区域的氨基酸顺序保守性不是很强,在拟南芥R2R3M Y B家 生物技术通报 ?综述与专论? B IO TECHNOL O G Y BULL ETIN 2003年第2期
越橘果实转录组及R2R3-MYB转录因子分析
园艺学报，2015，42 (12)：2383–2394. Acta Horticulturae Sinica doi：10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0373；http：//www. ahs. ac. cn 2383 越橘果实转录组及R2R3-MYB转录因子分析 宋杨，刘红弟，张红军*，窦连登 （中国农业科学院果树研究所，农业部园艺作物种质资源利用重点实验室，辽宁兴城 125100） 摘 要：以‘泽西’越橘（Vaccinium corymbosum‘Jersey’）不同发育阶段的果实为试材，构建De novo 转录组测序文库并进行数据分析，利用WebLogo 3、CLC Sequence Viewer 6等软件和荧光定量PCR技术 对所获数据中的R2R3-MYB转录因子进行生物信息学分析和表达分析。结果表明，转录组测序共获得有 效数据6.01 Gb，通过组装得到Unigene序列60 481个。功能注释结果显示，有39 612个Unigene可以注 释到GO和COG等数据库上；20 869个Unigene无匹配信息。利用GO和COG分类工具可将这些序列 分别划分为55个和25个功能类别，涉及信号转导和转录调控等功能。利用所获数据分析越橘R2R3-MYB 基因，结果表明共得到21个R2R3-MYB。序列分析显示，这21个基因均含有完整的R2R3-MYB区域， 在此区域内2（G）和4（W）等30个氨基酸保守不变。进化树分析结果显示，越橘R2R3-MYB基因分 为11个亚组。其中，S4、S5和S6亚组中有6个基因涉及到花青苷生物合成。荧光定量PCR结果分析显 示，这6个基因在果实发育的7个阶段均能表达，但表达模式不同，这6个基因可能对越橘果实着色具 有一定作用。 关键词：越橘；转录组测序；R2R3-MYB；转录因子；生物信息学 中图分类号：S 663.2 文献标志码：A 文章编号：0513-353X（2015）12-2383-12 Analysis of Transcriptome and R2R3-MYB Transcription Factors in Blueberry Fruit SONG Yang，LIU Hong-di，ZHANG Hong-jun*，and DOU Lian-deng （Research Institute of Pomology，Chinese Academy of Agricultural Sciences；Key Laboratory of Biology and Genetic Improvement of Horticultural Crops（Germplasm Resources Utilization），Ministry of Agriculture，P. R. China，Xingcheng，Liaoning 125100，China） Abstract：The transcriptomes of blueberry fruit（Vaccinium corymbosum‘Jersey’）were analyzed by sequencing transcripts combined from fruits of different development stages. Twenty-one R2R3-MYB genes were identified and further analyzed by WebLogo 3，CLC Sequence Viewer 6 and real-time PCR. In total，6.01 Gb transcriptomic data were obtained，from which 60 481 unigenes were assembled. The quality of the data was proven acceptable. Functional annotation analysis showed that 39 612 unigenes had homologs in GO and COG public database though no hits were found for the rest 20 869 unigenes. These unigenes were assigned into 55 and 25 function categories including signal transduction mechanisms，transcription and metabolism etc. by GO and COG terms，respectively. The putative protein sequences of the 21 R2R3-MYB genes contained the conserved domain of R2R3 and the conserved amino residues of 收稿日期：2015–08–28；修回日期：2015–12–08 基金项目：国家自然科学基金项目（31301754）；辽宁省农业领域青年科技创新人才培养计划项目（2015059） * 通信作者Author for correspondence（E-mail：zhanghongjun@https://www.360docs.net/doc/552812822.html,）