实战RAID5 手把手教你组磁盘阵列 5
实战RAID5 手把手教你组磁盘阵列 5
随着PC硬件的不断发展，以前多见于服务器等高端应用的RAID5技术也出现在PC机上。许多玩家开始接触到这种提升速同时也能确保数据安全性的良好的解决方案。
RAID 5 模式的入门知识
RAID 5 是一种存储性能、数据安全和存储成本兼顾的存储解决方案。它既能实现RAID 0的高速存储读取功能也能够实现RAID 1的数据恢复功能，可以说是RAID 0和RAID 1的折衷方案。
RAID 5为系统提供数据安全保障，但保障程度要比磁盘镜像低而磁盘空间利用率要比磁盘镜像高。同时RAID 5还具有和RAID 0相近似的数据读取速度，只是多了一个奇偶校验信息，而且存储成本相对较低。
RAID 5至少需要三块硬盘才能实现阵列，在阵列当中有三块硬盘时，RAID控制器将会把需要存储的数据按用户定义的分割大小把文件分成碎片再分别存储到其中的两块硬盘上，此时另一块硬盘不接收文件碎片，只用来存储其它两块硬盘的校验信息，这个校验信息是通过RAID控制器上的单独的芯片运算产生的，而且可以通过这个校验信息来恢复存储在两块硬盘上的数据。
另外，这三块硬盘的任务也是随机的，也就是说在这次存储当中可能是1号硬盘和2
好硬盘用来存储分割后的文件碎片，那么在下次存储的时候可能就是2号硬盘和3号硬盘来完成这个任务了。可以说，在每次存储操作当中，每块硬盘的任务是不一样的，不过，不管任务怎么随机分配也是两块硬盘用来存储数据信息，另一块硬盘用来存储校验信息。
RAID 5可以利用三块硬盘同时实现RAID 0的加速功能也实现RAID 1的数据备份功能，并且当其中的一块硬盘损坏之后，加入一块新的硬盘也可以实现数据的还原。
RAID 5模式并不是完全没有缺点，如果阵列当中某块硬盘上的信息发生了改变的话，那么就需要重新计算文件分割碎片，并且，校验信息也需要重新计算，这时，三个硬盘都需要重新调用那么整个系统性能将会降下来。如果要做RAID 5阵列的话，最好使用相同容量相同速度的硬盘，RAID 5模式的有效容量是阵列中容量最小的硬盘容量乘上阵列中硬盘数减一后的数目，这是因为其中有一块硬盘用来存放校验信息。
RAID 5既能够实现速度上的加倍，同时也能够保证数据的安全性，所以在很多高端系统当中都使用这种RAID模式。
如何实现RAID 5：
ATA RAID控制器目前市场上的RAID控制器主要有两种，一是主板上集成的IDE RAID控制器，现在很多高端主板都具有集成ATA RAID 控制器。
一款支持并行接口Raid 5模式的磐英I875P主板，以及单独的ATA RAID 控制卡HighPoint
的Rocket RAID 1820A。
至少需要三块以上的硬盘，建议硬盘的容量和类型相同。如果是两块容量和速度不一致的硬盘来组建RAID，根据RAID定义的规则，系统将以容量最小的容量为蓝本，以速度最抵的硬盘的速度为标准来建立RAID系统，这是RAID模式共同遵守的一个原则。
如果使用的是支持Serial ATA通道的控制卡，而没STAT硬盘，可自配装转接器
三、RAID 5 安装过程
下面是我们采用HighPoint的Rocket RAID 454来具体实现RAID 5，RocketRAID 454支持通过8个IDE通道，可支持多种RAID级别。包括RAID 0，1，5，10和JBOD。通过HPT374芯片，RocketRAID 454具有高级的缓存运算法则，PCI-X的技术结构，工作频率可达到133MHz，而且RAID管理软件。
HighPoint RocketRAID 454控制卡内包装包括RocketRAID 454磁盘阵列卡、4条IDE 硬盘排线、短挡板、驱动程序、磁盘阵列控管软件以及使用手册等实用的配件，在防震海绵的保护下，陈列于包装盒中。
将RocketRAID 454卡插到主板的PIC 插槽上（图7）用IDE硬盘排线连接RAID卡和三个相同的IDE硬盘。（图8）
2、软件设置
开机的过程中按下"Ctrl+H"便可以进入，HighPoint RocketRAID 454的BIOS控制画面。（图9）系统将显示所有连接在RAID 卡上硬盘的型号及大小。
选取上方工具列的选项，里面有RAID 0、RAID 1、RAID 0+1、RAID 5和JBOD选项。我们选择RAID 5模式，进入RAID 5设定画面之后，系统会跳出另一个窗口，我们选择“Select Devices”项，就将安装的三个硬盘都选中了。
这时我们选择“start creation ”出一个窗口提醒你“你所选择的磁盘中所有的数据都会消失，是否还要继续进行这项工作？”这时如果要继续，就按下Y，要先退出备分资料，就按下N。，按下“Y”系统开始创建RAID 5。
找一块有系统的硬盘作为启动盘开机进入操作系统后，系统将发现新硬件，并安装驱动程序。（图16），驱动程序安装完毕后，计算机管理中出现RAID 控制器，表示RAID已成功安装。
创建新分区后完成基本的安装。创建RAID 5 完成
四：RAID 5 性能测试验证。
安装完成后，我们可以通过一些简单的测试来验证RAID 5 的性能，可以选择HD Tach 这类简单易用的硬盘测试软件。HD Tach 是一款硬盘物理性能测试软件，利用VXD特定模式来获得测试最大精确度的硬盘性能测试工具，这是目前硬盘测试必备的一款工具。
三块三星硬盘构成RAID 5 磁盘阵列后突发读取速度为106.3MB/S．右图为一块三星硬盘的突发读取速度为89.2MB/S。可见相较于未作RAID5前的三星硬盘来看，突发读取效能约有将近18%性能提升。
服务器之磁盘阵列RAID——配置方法(图解)
磁盘阵列可以在安装系统之前或之后产生，系统会视之为一个（大型）硬盘，而它具有容错及冗余的功能。磁盘阵列不单只可以加入一个现成的系统，它更可以支持容量扩展，方法也很简单，只需要加入一个新的硬盘并执行一些简单的指令，系统便可以实时利用这新加的容量。 ·RAID 的种类及应用 IDE和SCSI是计算机的两种不同的接口，前者普遍用于PC机，后者一般用于服务器。基于这两种接口，RAID分为两种类型：基于IDE接口的RAID应用，称为IDE RAID；而基于SCSI接口的RAID应用则相应称为SCSI RAID。 基于不同的架构，RAID 又可以分为: ● 软件RAID (软件RAID) ● 硬件RAID (硬件RAID) ● 外置RAID (External RAID) ·软件RAID很多情况下已经包含在系统之中，并成为其中一个功能，如Windows、Netware及Linux。软件RAID中的所有操作皆由中央处理器负责，所以系统资源的利用率会很高，从而使系统性能降低。软件RAID是不需要另外添加任何硬件设备，因为它是靠你的系统——主要是中央处理器的功能——提供所有现成的资源。 ·硬件RAID通常是一张PCI卡，你会看到在这卡上会有处理器及内存。因为这卡上的处理器已经可以提供一切RAID所需要的资源，所以不会占用系统资源，从而令系统的表现可以大大提升。硬件RAID可以连接内置硬盘、热插拔背板或外置存储设备。无论连接何种硬盘，控制权都是在RAID卡上，亦即是由系统所操控。在系统里，硬件RAID PCI卡通常都需要安驱动程序，否则系统会拒绝支持。
·外置式RAID也是属于硬件RAID的一种，区别在于RAID卡不会安装在系统里，而是安装在外置的存储设备内。而这个外置的储存设备则会连接到系统的SCSI卡上。系统没有任何的RAID功能，因为它只有一张SCSI卡；所有的RAID功能将会移到这个外置存储里。好处是外置的存储往往可以连接更多的硬盘，不会受系统机箱的大小所影响。而一些高级的技术，如双机容错，是需要多个服务器外连到一个外置储存上，以提供容错能力。 ·配置RAID磁盘阵列 一、为什么要创建逻辑磁盘？ 当硬盘连接到阵列卡（RAID）上时，操作系统将不能直接看到物理的硬盘，因此需要创建成一个一个的被设置为RAID0,1和5等的逻辑磁盘（也叫容器），这样系统才能够正确识别它。 逻辑磁盘（Logic Drive）、容器(Container)或虚拟磁盘(Virtual Drive)均表示一个意思，他们只是不同阵列卡产商的不同叫法。 二、创建逻辑磁盘的方式 使用阵列卡本身的配置工具，即阵列卡的BIOS。（一般用于重装系统或没有安装操作系统的情况下去创建容器（Adaptec阵列卡）/逻辑驱动器（AMI/LSI 阵列卡）。 使用第三方提供的配置工具软件去实现对阵列卡的管理。如Dell Array Manager。（这些软件用于服务器上已经安装有操作系统） 三、正确识别您的阵列卡的型号（本文以Dell为例，其实都大同小异） 识别您的磁盘阵列控制器（磁盘阵列控制器为可选项, 如果没有购买磁盘阵列控制器的话以该步骤可以省去） 如果您有一块Adaptec磁盘阵列控制器（PERC 2,PERC2/SI,PERC3/SI,PERC3/DI）,在系统开机自检的时候您将看到以下信息: Dell PowerEdge Expandable RAID Controller 3/Di, BIOS V2.7-x [Build xxxx](c) 1998-2002 Adaptec, Inc. All Rights Reserved. <<< Press CTRL+A for Configuration Utility! >>>
引物设计基本方法
Primer 5.0搜索引物： 1.Primer Length我常设置在18－30bp,短了特异性不好，长了没有必要。当然有特殊要求的除外，如加个酶切位点什么的。 2.PCR Product size最好是100－500bp之间，小于100bp的PCR产物琼脂糖凝胶电泳出来，条带很模糊，不好看。至于上限倒也不必要求苛刻。 3.Search parameters还是选Manual吧，Search stringency应选High，GC含量一般是40－60％。其它参数默认就可以了。 4.搜索出来的引物，按Rating排序，逐个送Oligo软件里评估。当然，搜索出的引物，其扩增产物很短，你可以不选择它，或是引物3端≥2个A或T,或引物内部连续的G或C太多,或引物3端≥2个G或C，这样的引物应作为次选，没得选了就选它。对于这样的引物，如果其它各项指标还可以，我喜欢在引物末端去掉一个不满意的或加上一个碱基，看看引物的评估参数有没有变好点。 Oligo 6.0评估引物： 1.在analyze里,Duplex Formation不管是上游引物、下游引物还是上下游引物之间，The most stable 3’-Dimer绝对值应小于4.5kcal/mol, The most stable Dimer overall绝对值一般应小于多少kcal/mol跟PCR退火温度有关，我几次实验感觉在PCR退火温度在65°的时候，The most stable Dimer ove rall 6.7kcal/mol没有问题。 2.Hairpin Formation根据黄金法则 3.False priming sites: Primer的priming efficiency应该是错配地方的4倍左右，更多当然更好。 4.在PCR栏，个人感觉其所显示的optimal annealing temperature数值值得参考。在PCR摸索条件的时候，退火温度为其数值加减2的范围就可以了。 5.Internal stability很重要：我们希望引物的内部稳定性是中间高、两边低的弧形，最起码保证3端不要过于稳定。下图1引物3端过于稳定，很容易导致不适当扩增。△G参照黄金法则，这其实很好理解：把一滴水放到大海里，这滴水就会不停的扩散分布，扩散的越厉害越稳定，所以△G绝对值越大结构越稳定。 最后说一句，敢于尝试就会成功。 第二贴 －－科室工作很多，小医生了，没有办法，所以肯怕不能满足很多战友的要求（qq聊或帮助设计），在此表示抱歉。就楼上的问题我试着回答一下，不一定正确，供参考吧。 －－1、两个评价系统不一样，个人感觉oligo评价引物好点，primer出来的引物，我一般按效率排序，再结合退火温度和引物长度，选择引物到oligo测试。这是初步的选择，其实引物到了oligo里，退火温度也不一样。 －－2、3端的二聚体应该避免，这个要看你的退火温度决定，一个50°的退火温度肯定和65°对二聚体的影响不一样了，一般来讲尽量控制在－4.5kcal/mol以下（个人观点，很多东西真得还是需要自己摸索）。 －－3、个人感觉3端有A无A影响不大，3端有T的没有经验。有T是不是一定不行，个人感觉不见得。软件是评估，法则也不是没有例外，不是1＋1＝2那么确定。 －－4、错配和二聚体谁轻谁重，个人觉得“到致命的程度”谁都重要，我也说不好。我设计的时候，尽量两个都不得罪。 －－5、GC含量并非不重要，它直接影响引物各端稳定性，3端来两个G或C,稳定性就上去了，粘在模板上很牢。所以我设计的时候，尽量避免这样的情况出现。 谈一下我学这个引物设计的过程吧：
DELL RAID5 配置
此文档为自行整理，非官方提供资料，仅供参考。疏漏之处敬请反馈。 对RAID进行操作很可能会导致数据丢失，请在操作之前务必将重要数据妥善备份，以防万一。 名称解释： Disk Group：磁盘组，这里相当于是阵列，例如配置了一个RAID5，就是一个磁盘组 VD(Virtual Disk)：虚拟磁盘，虚拟磁盘可以不使用阵列的全部容量，也就是说一个磁盘组可以分为多个VD PD(Physical Disk)：物理磁盘 HS：Hot Spare 热备 Mgmt：管理 【一】，创建逻辑磁盘 1、按照屏幕下方的虚拟磁盘管理器提示，在VD Mgmt菜单（可以通过CTRL+P/CTRL+N切换菜单），按F2展开虚拟磁盘创建菜单 2、在虚拟磁盘创建窗口，按回车键选择”Create New VD”创建新虚拟磁盘
3、在RAID Level选项按回车，可以出现能够支持的RAID级别，RAID卡能够支持的级别有 RAID0/1/5/10/50，根据具体配置的硬盘数量不同，这个位置可能出现的选项也会有所区别。 选择不同的级别，选项会有所差别。选择好需要配置的RAID级别（我们这里以RAID5为例），按回车确认。
4、确认RAID级别以后，按向下方向键，将光标移至Physical Disks列表中，上下移动至需要选择的硬盘位置，按空格键来选择（移除）列表中的硬盘，当选择的硬盘数量达到这个RAID级别所需的要求时，Basic Settings的VD Size中可以显示这个RAID的默认容量信息。有X标志为选中的硬盘。 选择完硬盘后按Tab键，可以将光标移至VD Size栏，VD Size可以手动设定大小，也就是说可以不用将所有的容量配置在一个虚拟磁盘中。如果这个虚拟磁盘没有使用我们所配置的RAID5阵列所有的容量，剩余的空间可以配置为另外的一个虚拟磁盘，但是配置下一个虚拟磁盘时必须返回VD Mgmt创建（可以参考第13步，会有详细说明）。VD Name根据需要设置，也可为 空。 注：各RAID级别最少需要的硬盘数量，RAID0=1 RAID1=2 RAID5=3 RAID10=4 RAID50=6
引物设计的11条黄金法则
引物设计的11条黄金法则
PCR引物设计的11条黄金法则 1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度（primerlength）常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA聚合酶进行反应。 3.引物GC含量在40%~60%之间，Tm值最好接近72℃。 GC含量（composition）过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。另外，上下游引物的Tm值（meltingtemperature）是寡核苷酸的解链温度，即在一定盐浓度条件下，50%寡核苷酸双链解链的温度。有效启动温度，一般高于Tm值
5~10℃。若按公式Tm=4（G+C）+2（A+T）估计引物的Tm值，则有效引物的Tm为55~80℃，其Tm值最好接近72℃以使复性条件最佳。 4.引物3′端要避开密码子的第3位。 如扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。 5.引物3′端不能选择A，最好选择T。 引物3′端错配时，不同碱基引发效率存在着很大的差异，当末位的碱基为A时，即使在错配的情况下，也能有引发链的合成，而当末位链为T 时，错配的引发效率大大降低，G、C错配的引发效率介于A、T之间，所以3′端最好选择T。 6.碱基要随机分布。 引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错误引发（Falsepriming）。降低引物与模板相似性的一种方法是，引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端
HP DL380 RAID5 配置方法
HP DL380 RAID5 配置方法 HP DL380 RAID5 配置方法 一，自动配置： 通过HP SmartStart（V7.51）随机光盘自动配置RAID5，即：使用光盘引导机器，不用做任何操作，机器自动配置为RAID5 注：对于现有的4块型号大小相同的磁盘自动配置为RAID5。 二，手工配置（修改） 当通过HP SmartStart光盘引导后，画面最后停止在选择语种画面时， 选择相应的语种—点击“Next”后—出现三个按钮，分别是（Deploy Server(用于安装操作系统)、Maintain Server（用于配置机器如：磁盘阵列等）、VieW Documentation（查看文档））--点击“Maintain Server”会出现四个按钮其中第一个是：Configure Array，点击按钮 “Configure Array”进入配置画面：如下图，为配置磁盘阵列画面。 第一步：选择要配置到阵列中磁盘：（RAID5 需要最少3块磁盘），点击“”OK 第二步：创建逻辑驱动器
点击“OK”。 第四步：保存后选择 RAID卡，如下图所示：选择右侧的逻辑驱动器，点击“OK”
第五步：配置一些磁盘阵列参数，按默认即可。 可选操作 1，修改 Stripe Size：选择逻辑驱动器后，点击右侧的 Migrate RAID/Stripe Size后， 在下图所示中修改。
2，查看队列的详细信息：选择创建的队列后，点击右侧“More Information”
每次修改或配置完成后要保存，见第二步图中的（Save按钮）所示
【定量数据分析】荧光定量PCR_完整版
08 年第一期螺旋课堂--“荧光定量 PCR 技术”
螺旋网(https://www.360docs.net/doc/6d15983683.html,/)
是一个以分子生物学实验及对实验结果进行处理为核心，以生物技术前沿发 展为导向的一个专业型科学技术讨论社区。 本着“共分享，同成长”的理念，给广大生物科研工作者一个交流经验、分 享资料的平台。
螺旋网版块设置主要分为三个部分：
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欢迎广大生物专业的同学和爱好生物学的朋友加盟，共同学习， 共同进步！
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祝大家新年快乐，万事如意!
08 年第一期螺旋课堂--“荧光定量 PCR 技术”
2008 年螺旋课堂的课程计划！
2007 年已悄然逝去，2008 年已向我们扑面而来。08 年是共和国发展的关键 一年，也是螺旋网抓住机遇，加快发展的关键一年。今年螺旋网将为各位螺友提 供大量的关于生命科学的讨论主题，让各位螺友对生命科学的灵感相互碰撞，达 到共鸣。还有螺旋网将联合一批一线生命科学人员为您的研究保驾护航。同时还 将为大家提供各种资源包括各类电子书、生命科学研究进展、生物软件等。 为此，螺旋课堂 08 年的课程将围绕着最新的研究方法、研究进展进行课程 设置。具体安排如下： 第一期：荧光定量 PCR 技术 第二期：原位杂交技术 第三期：引物的设计原理及方法 第四期：BAC 库的构建技术 第五期：手把手教你进行序列分析
..................... 除以上技术外，欢迎大家点播！
以上讲座的具体时间详见论坛通知!
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两种方法做RAID5
本文将分两种方法介绍如何做RAID5，其中第一种方法是在Adaptec磁盘阵列控制器上创建Raid （容器），第二种方法是在AIM/LSI磁盘阵列控制器上创建Logical Drive（逻辑磁盘）。 1. 在Adaptec磁盘阵列控制器上创建Raid（容器） 在这种阵列卡上创建容器的步骤如下（注意：请预先备份您服务器上的数据，配置磁盘阵列的过程将会删除服务器硬盘上的所有数据!）： 如何做RAID5第1步，首先当系统在自检的过程中出现如（图1）提示时，同时按下“Ctrl+A”组合键。进入如（图2）所示的磁盘阵列卡的配置程序界面。 (图一） （图二） 如何做RAID5第2步，然后选择“Container configuration utility”，进入如（图3）所示配置界面。
（图三） 如何做RAID5第3步，选择“Initialize Drivers“选项去对新的或是需要重新创建容器的硬盘进行初始化（注意: 初始话硬盘将删去当前硬盘上的所有数据），按回车后进入如（图4）所示界面。在这个界面中出现了RAID卡的通道和连接到该通道上的硬盘，使用“Insert”键选中需要被初始化的硬盘（具体的使用方法参见界面底部的提示，下图）。 （图四） 如何做RAID5第4步，全部选择完成所需加入阵列的磁盘后，按加车键，系统键弹出如（图5）所示警告提示框。提示框中提示进行初始化操作将全部删除所选硬盘中的数据，并中断所有正在使用这些硬盘的用户。 （图五）
如何做RAID5第5步，按“Y”键确认即可，进入如（图6）所示配置主菜单（Main Menu）界面。硬盘初始化后就可以根据您的需要，创建相应阵列级别（RAID1,RAID0等）的容器了。这里我们以RAID5为例进行说明。在主菜单界面中选择“Create container”选项。 （图六） 如何做RAID5第6步，按回车键后进入如（图7）所示配置界面，用“insert”键选中需要用于创建Container（容器）的硬盘到右边的列表中去。然后按回车键。在弹出来的如（图8）所示配置界面中用回车选择RAID级别，输入Container的卷标和大小。其它均保持默认不变。然后在“Done”按钮上单击确认即可。 （图七）
怎样配置磁盘阵列RAID5
怎样配置磁盘阵列RAID5 RAID5是大型磁盘阵列中最常见的一种RAID类型，具有访问速度快，容错率高的优点。下面就详细讲解一下RAID5的常见技术常识 RAID 5 模式的入门知识 RAID 5 是一种存储性能、数据安全和存储成本兼顾的存储解决方案。它既能实现RAID 0的高速存储读取功能也能够实现RAID 1的数据恢复功能，可以说是RAID 0和RAID 1的折衷方案。 RAID 5为系统提供数据安全保障，但保障程度要比磁盘镜像低而磁盘空间利用率要比磁盘镜像高。同时RAID 5还具有和RAID 0相近似的数据读取速度，只是多了一个奇偶校验信息，而且存储成本相对较低。 RAID 5至少需要三块硬盘才能实现阵列，在阵列当中有三块硬盘时，RAID 控制器将会把需要存储的数据按用户定义的分割大小把文件分成碎片再分别存储到其中的两块硬盘上，此时另一块硬盘不接收文件碎片，只用来存储其它两块硬盘的校验信息，这个校验信息是通过RAID控制器上的单独的芯片运算产生的，而且可以通过这个校验信息来恢复存储在两块硬盘上的数据。 另外，这三块硬盘的任务也是随机的，也就是说在这次存储当中可能是1 号硬盘和2好硬盘用来存储分割后的文件碎片，那么在下次存储的时候可能就是2号硬盘和3号硬盘来完成这个任务了。可以说，在每次存储操作当中，每块硬盘的任务是不一样的，不过，不管任务怎么随机分配也是两块硬盘用来存储数据信息，另一块硬盘用来存储校验信息。 RAID 5可以利用三块硬盘同时实现RAID 0的加速功能也实现RAID 1的数据备份功能，并且当其中的一块硬盘损坏之后，加入一块新的硬盘也可以实现数据的还原。 RAID 5模式并不是完全没有缺点，如果阵列当中某块硬盘上的信息发生了改变的话，那么就需要重新计算文件分割碎片，并且，校验信息也需要重新计算，这时，三个硬盘都需要重新调用那么整个系统性能将会降下来。如果要做RAID 5阵列的话，最好使用相同容量相同速度的硬盘，RAID 5模式的有效容量是阵列中容量最小的硬盘容量乘上阵列中硬盘数减一后的数目，这是因为其中有一块硬盘用来存放校验信息。 RAID 5既能够实现速度上的加倍，同时也能够保证数据的安全性，所以在很多高端系统当中都使用这种RAID模式。 如何实现 RAID 5：
QPCR原理及应用
QPCR原理及应用 由于Real-time qPCR的众多优点，现在已经是生命科学领域的一项常规技术。越来越多的研究文章中涉及RT-PCR的实验，也基本上被real-time qPCR 所代替。由于real-time aPCR 输出的数据不同于常规的PCR 电泳检测，很多没有做过real-time qPCR的研究者常常感到高深莫测，不知从何入手；甚至一些做过次实验的研究者也会对数据处理分析感到迷惑，不知所措。 本文就从real-time qPCR的发展史说起，包括real-time qPCR的原理，实验设计，实际操作，数据分析，常见问题解答五个方面，手把手教你从各个方面了解real-time qPCR，彻底的从菜鸟到高手！ 一、Real-time qPCR发展史 Real-time qPCR就是在PCR扩增过程中，通过荧光信号，对PCR进程进行实时检测。由于在PCR扩增的指数时期，模板的Ct 值和该模板的起始拷贝数存在线性关系，所以成为定量的依据。由于常规的PCR的缺点，real-time qPCR 由于其操作简便，灵敏度高，重复性好等优点发展非常迅速。现在已经涉及到生命科学研究的各个领域，比如基因的差异表达分析，SNP检测，等位基因的检测，药物开发，临床诊断，转基因研究等。 在Real-time qPCR技术的发展过程中，定量PCR仪的发展起了至关重要的作用。1995年，美国PE公司（已经并入Invitrogen公司）成功研制了Taqman 技术，1996年推出了首台荧光定量PCR检测系统，通过检测每个循环的荧光强度，通过Ct值进行数据分析。从而荧光定量PCR获得广泛应用。现在的定量PCR 仪有ABI7000、7300、7500，7700、7900HT、StepOnePlusTM、StepOneTM、PRISM@StepOneTM系列；BIO-RAD的CFX96、iCycler iQ5@、MyiQ@、MJ Research Chromo4TM Opticon 系列；Stratagene MxTM系列；Roche LightCycler@系列；Eppendorf Masercycler@；Corbett Rotor-GeneTM；Cepheid SmartCycler@和BIOER的LineGene系列。 随国内生命科学的快速发展，科研水平不断提高，发高水平文章已不再是新鲜事。与其同时，国内公司经过长期不懈的努力，也有自主研发的real-time PCR
引物设计OLIGO图解
在专门的引物设计软件中，“Oligo”是最著名的。它的使用并不十分复杂，但初学者容易被其复杂的图表吓倒。Oligo 5.0的初始界面是两个图：Tm图和ΔG图；Oligo 6.0的界面更复杂，出现三个图，加了个Frq图。“Oligo”的功能比“Premier”还要单一，就是引物设计。但它的引物分析功能如此强大以至于能风靡全世界。oligo的下载和安装我就不多说了，打开oligo相信也无需多讲。打开oligo的页面如下： 单击file菜单再点open或点击“打开”快捷图标或者用快捷键“CTrl＋O”可打开下面的窗口：在打开的OPEN窗口内选择FreqSeq再点“打开”： 选择drosfr或者其它一个文件点击“打开”：
出现以下窗口，点击“window”再点击“Tile”： 出现以下窗口，图中显示的三个指标分别为Tm、ΔG和Frq，其中Frq是6.0版本的新功能，为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。该频率高则可增加错误 引发的可能性。因为分析要涉及多个指标，起动窗口的cascade排列方式不太方便，可从 windows菜单改为tile方式。如果觉得太拥挤，可去掉一个指标，如Frq，这样界面的结构同于Oligo 5.0，只是显示更清楚了： ?G值反映了序列与模板的结合强度，最好引物的?G值在5'端和中间值比较高，而在3'端相 对低（如图）。Tm值曲线以选取72℃附近为佳，5'到3'的下降形状也有利于引物引发聚合反应。Frq曲线为“Oligo 6”新引进的一个指标，揭示了序列片段存在的重复机率大小。选取引物时，宜选 用3'端Frq值相对较低的片段： 再点击Search再点“Fo'r Primers and probes”或使用快捷键F3：
RAID5设置操作步骤
RAID5 设置方法步骤 1.打开服务器后，待出现提示后按“Ctrl + H”进入RAID设置界面； 2.当进入Adapter Selection 界面后，选择“Start”； 3.当进入MegaRAID BIOS Config Utility Virtual Configuration 界面后，选择“Configuration Wizard”选项； 4.当进入MegaRAID BIOS Config UtilityConfiguration Wizard界面后，选择“New Configuration” 选项； 5.之后出现的Select Configuration Method 选择第一项“Manual Configuration”，然后选择 “NEXT”进入下一步； 6.进入Configuration Preview界面：将Drivers下属的所有驱动全部添加到右侧Virtual Drivers 中；添加方法如下：将鼠标点中Drivers下的Slot 单击“Add To Array”当6个全部添加完毕后，单击“Accept DG”之后单击“NEXT”进入下一步； 7.进入Span Definition界面：单击左侧Array With Free Space 下的“Driver Group”选择“Add To Span”完毕后单击“NEXT”进入下一步； 8.更改RAID Level右侧的下拉菜单选择“RAID 5”之后单击“Update Size”自动配置，选择 适当的“Select Size”单击“Accept”接受，弹出对话框选择“YES”之后“NEXT”进入下一步； 9.之后系统自动回到Configuration Preview界面：单击右侧Virtual Drivers下的“VD0：RAID5…” 选择“Accept”接受，弹出对话框选择“YES”； 10.进入Virtual Driver界面，选择“Cancel”，出现对话框选择“YES”； 11.快速安装，待安装之后返回首界面，“EXIT”离开，重新启动；
DELL服务器RAID配置详细教程
DELL服务器RAID配置教程 在启动电脑的时候按CTRL+R 进入RAID 设置见面如下图 名称解释： Disk?Group：磁盘组，这里相当于是阵列，例如配置了一个RAID5，就是一个磁盘组 VD(Virtual?Disk)：?虚拟磁盘，虚拟磁盘可以不使用阵列的全部容量，也就是说一个磁盘组可以分为多个VD PD(Physical?Disk)：?物理磁盘 HS：Hot?Spare?热备 Mgmt：管理 【一】创建逻辑磁盘 1、按照屏幕下方的虚拟磁盘管理器提示，在VD?Mgmt菜单（可以通过CTRL+P/CTRL+N切换菜单），按F2展开虚拟磁盘创建菜单 2、在虚拟磁盘创建窗口，按回车键选择”Create?New?VD”创建新虚拟磁盘 3、在RAID?Level选项按回车，可以出现能够支持的RAID级别，RAID卡能够支持的级别有RAID0/1/5/10/50，根据具体配置的硬盘数量不同，这个位置可能出现的选项也会有所区别。 选择不同的级别，选项会有所差别。选择好需要配置的RAID级别（我们这里以RAID5为例），按回车确认。 4、确认RAID级别以后，按向下方向键，将光标移至Physical?Disks列表中，上下移动至需要选择的硬盘位置，按空格键来选择（移除）列表中的硬盘，当选择的硬盘数量达到这个RAID级别所需的要求时，Basic?Settings 的VD?Size中可以显示这个RAID的默认容量信息。有X标志为选中的硬盘。 选择完硬盘后按Tab键，可以将光标移至VD?Size栏，VD?Size可以手动设定大小，也就是说可以不用将所有的容量配置在一个虚拟磁盘中。如果这个虚拟磁盘没有使用我们所配置的RAID5阵列所有的容量，剩余的空间可以配置为另外的一个虚拟磁盘，但是配置下一个虚拟磁盘时必须返回VD?Mgmt创建（可以参考第13步，会有详细说明）。VD?Name根据需要设置，也可为空。 注：各RAID级别最少需要的硬盘数量，RAID0=1，RAID1=2，RAID5=3，RAID10=4，RAID50=6 5、修改高级设置，选择完VD?Size后，可以按向下方向键，或者Tab键，将光标移至Advanced?Settings 处，按空格键开启（禁用）高级设置。如果开启后（红框处有X标志为开启），可以修改Stripe?Element?Size 大小，以及阵列的Read?Policy与Write?Policy，Initialize处可以选择是否在阵列配置的同时进行初始化。 高级设置默认为关闭（不可修改），如果没有特殊要求，建议不要修改此处的设置。 6、上述的配置确认完成后，按Tab键，将光标移至OK处，按回车，会出现如下的提示，如果是一个全新的阵列，建议进行初始化操作，如果配置阵列的目的是为了恢复之前的数据，则不要进行初始化。按回车确认即可继续。 7、配置完成后，会返回至VD?Mgmt主界面，将光标移至图中Virtual?Disk?0处，按回车。
手把手教你PCR引物设计来自小木虫
PCR引物设计的黄金法则 1. 引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度（primer length）常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA 聚合酶进行反应。 3.引物GC含量在40%~60%之间，Tm值最好接近72℃。 GC含量（composition）过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。另外，上下游引物的Tm值（melting temperature）是寡核苷酸的解链温度，即在一定盐浓度条件下，50%寡核苷酸双链解链的温度。有效启动温度，一般高于Tm值5~10℃。若按公式Tm= 4（G+C）+2（A+T）估计引物的Tm值，则有效引物的Tm为55~80℃，其Tm值最好接近72℃以使复性条件最佳。 4.引物3′端要避开密码子的第3位。 如扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。
5.引物3′端不能选择A，最好选择T。 引物3′端错配时，不同碱基引发效率存在着很大的差异，当末位的碱基为A时，即使在错配的情况下，也能有引发链的合成，而当末位链为T时，错配的引发效率大大降低，G、C错配的引发效率介于A、T之间，所以3′端最好选择T。 6. 碱基要随机分布。 引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错误引发（False priming）。降低引物与模板相似性的一种方法是，引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C，因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。 7. 引物自身及引物之间不应存在互补序列。 引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自身不能有连续4个碱基的互补。 两引物之间也不应具有互补性，尤其应避免3′ 端的互补重叠以防止引物二聚体（Dimer与Cross dimer）的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。 引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话，应尽量使其△G值不要过
手把手教你设计引物
手把手教你设计引物（图文并茂） 关键词：引物设计2014-05-14 10:33来源：丁香园点击次数：9911 不知不觉几年下来自己也快毕业了，感谢丁香园这些年来的帮助。没有什么可回报的东西，就发个帖教教新人如何设计引物吧，尽量做到手把手的教，图文并茂。 引物设计的帖子不少，以前很多战友会推荐Oligo、PrimerPremier、DNA man等等软件。这些软件设计完最后还是要去BLAST比对下，所以我教大家一种易懂实用的在线设计方法，觉得好的话请投个票。 就以人的PTEN基因为例，首先你要找到他的基因序列，如果你要用的是cDNA，就找它的mRNA序列。如果你要做的是DNA，就找DNA的序列。 以cDNA为例，普遍的一种方法是上PUBMED中GENE栏搜索找到cDNA那栏，但PUBMED 导出序列不太方便，我介绍个网站 https://www.360docs.net/doc/6d15983683.html,/index.html 1. 输入目的基因，进入 2.在左侧栏选择TRANSCRIPT，选择后进入
3. 选择PTEN-001中的TRANSCRIPT进入，点击左侧cDNA 4. 然后点击CONFIGURE THIS PAGE进入设置你要显示的内容
5. 除了第一栏SHOWEXONS选择YES外，其他的都选择NO，然后取个名字保存SAVE CONFIGURATION AS 6. 然后在左侧栏点击DOWNLOADVIEW AS RTF可下载你要的cDNA序列，这个文件可以用WORD打开，不同的颜色代表一个外显子间断
下载后打开的WORD
7. 然后根据可以根据你感兴趣的序列设计引物了，比如我在分别在第6和第7外显子分别设计上下游引物。选取并复制第6和第7外显子序列
IBM-ServeRAID 配置方法
ServeRAID MR SAS/SATA Controller WebBIOS CU配置方法 (注：本文适用于ServeRAID MR RAID controller MR-10i/ 10K/ 10M) 一启动WebBIOS CU 1. 添加有ServeRAID MR RAID controller MR-10i/ 10K/ 10M的服务器开机自检时，会有
默认界面是逻辑视图界面(左侧选项Logical View)，在右侧，上方窗口显示该控制器所连接的物理驱动器(Physical Drivers)的状态信息，下方窗口显示该控制器上已经配置的虚拟驱动器(Virtual Drivers)的状态信息。 可以通过点击左侧逻辑视图(Logical View)或物理视图(Physical View)选项，可以切换右侧窗口显示的连接到该控制器上存储设备的(Logical View)或物理视图(Physical View)。在物理视图（Physical View）界面时，右侧界面中下方窗口显示的信息是该控制器上已经配置的阵列(Array)信息。 2. 视图左侧主要选项说明
Real-time PCR数据分析
由于Real-time qPCR的众多优点，现在已经是生命科学领域的一项常规技术。越来越多的研究文章中涉及RT-PCR的实验，也基本上被real-time qPCR所代替。由于real-time aPCR 输出的数据不同于常规的PCR 电泳检测，很多没有做过real-time qPCR的研究者常常感到高深莫测，不知从何入手；甚至一些做过次实验的研究者也会对数据处理分析感到迷惑，不知所措。 本文就从real-time qPCR的发展史说起，包括real-time qPCR的原理，实验设计，实际操作，数据分析，常见问题解答五个方面，手把手教你从各个方面了解real-time qPCR，彻底的从菜鸟到高手！ 一、Real-time qPCR发展史 Real-time qPCR就是在PCR扩增过程中，通过荧光信号，对PCR进程进行实时检测。由于在PCR扩增的指数时期，模板的Ct 值和该模板的起始拷贝数存在线性关系，所以成为定量的依据。由于常规的PCR的缺点，real-time qPCR由于其操作简便，灵敏度高，重复性好等优点发展非常迅速。现在已经涉及到生命科学研究的各个领域，比如基因的差异表达分析，SNP检测，等位基因的检测，药物开发，临床诊断，转基因研究等。 在Real-time qPCR技术的发展过程中，定量PCR仪的发展起了至关重要的作用。1995年，美国PE公司（已经并入Invitrogen公司）成功研制了Taqman技术，1996年推出了首台荧光定量PCR检测系统，通过检测每个循环的荧光强度，通过Ct值进行数据分析。从而荧光定量PCR获得广泛应用。现在的定量PCR仪有ABI7000、7300、7500，7700、7900HT、StepOnePlusTM、StepOneTM、PRISM@StepOneTM系列；BIO-RAD的CFX96、iCycler iQ5@、MyiQ@、MJ Research Chromo4TM Opticon 系列；Stratagene MxTM系列；Roche LightCycler@系列；Eppendorf Masercycler@；Corbett Rotor-GeneTM；Cepheid SmartCycler@和BIOER的LineGene系列。 随国内生命科学的快速发展，科研水平不断提高，发高水平文章已不再是新鲜事。与其同时，国内公司经过长期不懈的努力，也有自主研发的real-time PCR仪器生产比如西安天隆科技公司的TL系列仪器。 二、Real-time qPCR概述 1. Real-time qPCR原理 实时PCR就是在PCR扩增过程中，通过荧光信号，对PCR进程进行实时检测。一般来讲，定量PCR仪包括：实时荧光定量PCR仪主要由样品载台、基因扩增热循环组件、微
IBM服务器RAID5配置步骤
IBM服务器RAID5配置步骤 1、启动服务器时，根据提示界面选择：CTRL+A进入RAID配置界面， 2、选择“Array configuration utility(阵列配置实用程序)”， 3、选择“Create Array(创建阵列)”， 4、分别按空格键把左边的三个硬盘添加到右击的“Selected Drives（选择驱动器）”中， 5、在“Array Type（阵列类型）”中选择“RAID5”按回车键， 6、在“Array Table(阵列名称)”中输入“RAID5”按回车键， 7、后面的配置全部默认，直接按回车键继续。 2010年9月13日RAID介绍： RAID是冗余磁盘阵列（Redundant Array of Inexpensive Disk）的简称。它是把多个 磁盘组成一个阵列，当作单一磁盘使用。它将数据以分段(striping)的方式分散存储在不 同的磁盘中，通过多个磁盘的同时读写，来减少数据的存取时间，并且可以利用不同的 技术实现数据的冗余，即使有一个磁盘损坏，也可以从其他的磁盘中恢复所有的数据。 简单地说，其好处就是：安全性高、速度快、数据容量大。 磁盘阵列根据其使用的技术不同而划分了等级，称为RAID level，目前公认的标准是RAID 0～RAID 5。其中的level并不代表技术的高低，RAID 5并不高于RAID 4 ，RAID 0并不低于RAID 2 ，至于选择哪一种RAID需视用户的需求而定。下面分别对常用的RAID 0、RAID 1、RAID 5进行简单的介绍。 1、RAID 0 特点：它是将多个磁盘并列起来，成为一个大硬盘。在存取数据时，将数据按磁盘 的个数来进行分段，然后同时将这些数据写进这些盘中。在所有的级别中，RAID 0的 速度是最快的。但没有数据冗余，阵列中任何一个磁盘坏掉，意味着所有数据丢失。 磁盘利用数：n(假设有n个磁盘)。 配置条件：最低两块磁盘，且分区大小尽量相同。 应用领域：对高磁盘容量及高速磁盘存取有特殊需求，而又不计较其高故障率的工作。 当然，如果你正在使用集群，RAID 0 无疑是提高磁盘I/O性能的最好方法，因为在这 种情况下，你就不用担心冗余的问题了。
引物设计原则(最全汇总)
引物设计原则（汇总） 普通引物设计（适用于从载体上扩增模板）： 1. 普通引物长度一般在20-30bp之间，常用24-28bp左右以保证基因特异性； 2. 下载基因序列到Vector NTI； 3. 找到所需安装载体序列； 4. 将基因序列的CDS高亮标记； 5. 寻找载体序列中常用酶切位点，一般为EcoRI、BamHI、HindIII、XhoI等等，比对检测基因序列中是否有这些位点，有的话舍弃，最后选择两个酶切位点，最好离得远一点，并且最好buffer用一样的。酶切位点一般是6bp的回文序列； 6. 从基因ATG开始往后选择10-20bp均可（我的习惯是27bp-6bp酶切位点-2bp保护碱基-xbp 补齐序列），但最好保证最后两个是G或者C，以减少错配率； 7. 将上游酶切位点序列补在A TG前方，并根据载体对框情况补足两者之间的空缺，再根据序列的GC含量和TM值在酶切位点前补足保护碱基，以保证GC和AT的含量不能过高。注意，所有的补齐不能用到终止密码子； 8. 检测上游序列的结构情况，理论上不要太多二级结构以及3’端匹配即可；不过重复的序列也不能太多，以免移码； 9. 从下游终止密码子开始向前选择10-20bp均可，但最好保证最后两个是G或者C，以减少错配率； 10. 选择complementary sequence，在N端补齐下游酶切位点，如果tag在C端（即下游），则在第9点中应该从终止密码子前开始选择（即舍弃终止密码子），并且下游引物也要对框，如果tag在N端，则下游引物不需要对框，只要在N端加上下游酶切位点，再根据情况加上2个保护碱基，然后检测二级结构，原则上3’端部匹配即可。不过重复的序列也不能太多，以免移码； 11. 将设计好的上下游引物放在一起检测二级结构，原则上3’端部匹配即可。不过重复的序列也不能太多，以免移码； 12. 最后在NCBI的primer Blast网站上比对引物序列，看是否基因特异性的。 2011年10月18日左洁 1. 引物的长度一般为15-30 bp，常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应。 2. 引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错配。引物3’端出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发机率增加。 3. 引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基，因此应当避免在引物的3’端使用碱基A。另外，引物二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败。5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。 4. 引物序列的GC含量一般为40-60%，过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。 5. 引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可使复性条件最佳。Tm值的计算有多种方法，如按公式Tm＝4(G+C)＋2(A+T)，在Oligo软件中使用的是最邻近法(the nearest neighbor method)。