苏云金芽孢杆菌基因组研究概况

基因组学与应用生物学，2009年，第28卷，第1期，第202－208页Genomics and Applied Biology,2009,Vol.28,No.1,202－208

专题介绍Review

苏云金芽孢杆菌基因组研究概况

谭寿湖1,3张文飞1,3叶大维2*

1广西大学生命科学与技术学院,南宁,530005;2南开大学生命科学院,天津,300071;3海南海德热带农业资源研究所,三亚,572025*通讯作者,yehtawei@https://www.360docs.net/doc/6d8941114.html,

摘

要

迄今为止，全球已有2个Bt 株菌株完成了全基因组测序，1个Bt 菌株正在拼接中，15个Bt 菌株正在

进行测序中。已有22个Bt 质粒完成了全序列测定。Bt 是作为生物农药使用最广泛的微生物菌株，也是最为成功地将其杀虫晶体蛋白基因应用于植物转基因的微生物。在基因组进化、新基因发现、基因表达调控等方面一

直是科学家研究的热点，并取得了相当多的成果。本文概述了苏云金芽孢杆菌基因组测序现状、基因组特征及比较基因学等方面的研究进展。

关键词苏云金芽孢杆菌,Bt 基因组,质粒基因组,比较基因组

Summary of Research Progress in the Genomics of Bacillus thuringiensis

Tan Shouhu 1,3

Zhang Wenfei 1,3Ye Dawei 2*

1College of Life and Technology Science,Guangxi University,Nanning,530005;2College of Life Sciences,Nankai University,Tianjin,300071;3Haide Institute of Tropical Agricultural Resources,Sanya,572025*Corresponding author,yehtawei@https://www.360docs.net/doc/6d8941114.html,

Abstract Presently,there are two Bt strains that have completed whole genomic sequencing,while one Bt strain is being assembled,and 15Bt strains are in progress.Furthermore,22Bt plasmids have completed sequencing.Bt is the most widely used microbial strains as a biological pesticide and also have the most successful application in genetically modified plant with the use of its insecticidal protein gene.Scientists have been looking at the genomic evolution,new gene discovery,gene expression and regulation with considerable achievements.This article pro-vides an overview on the latest research development of Bt genome sequencing,genome characteristics and com-parative genomics studies.Keywords

Bacillus thuringiensis ,Bt Genome,Plasmid genome,Comparative genome

基金项目：本研究由国家863项目(2006AA022189)资助

随着基因组测序技术的快速发展，测序成本的降低，对任何生物的基因组进行测序变得现实和可能(Marguerat et al.,2008)。自1995年首次完成流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae )的全基因组序列以来，已有大量的微生物菌株基因组全序列测定完成。截止到2009年2月3日，全球已经完成基因组测序的微生物菌株有834株，有643株微生物菌株的基因组正处在拼接阶段，此外，有797株微生物菌株的基因组由于各种原因只完成了基因组草图。在已经完成测序的微生物中，有779株为真细菌，55株为古生菌(https://www.360docs.net/doc/6d8941114.html,/genomes/lproks.cgi)。

苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis ,简称Bt )在《伯杰氏系统细菌学手册》(第九版)中被列为第2类

第18群中的芽孢杆菌属。与蜡状芽孢杆菌(B.cereus )，炭疽芽孢杆菌(B.anthracis )同属于蜡状芽孢杆菌群细菌(Rasko et al.,2005)。

Bt 广泛存在于土壤、

虫尸、污水、淤泥、尘埃以及叶面等介质中，是一种广泛存在于自然界的革兰氏阳性细菌。苏云金芽孢杆菌也是一种典型的昆虫病

原菌，对鳞翅目(Lepidoptera )、

双翅目(Diptera )、鞘翅目(Coleoplera )、膜翅目(Hymenoptera )、同翅目(Ho －

moptera )、

直翅目(Orthoplera )、食毛目(Mallophaga )等多种昆虫，以及线虫、

螨类和原生动物等具有特异的毒性活性，由此成为目前世界上研究最深入，应用最广泛的农业害虫生物防治细菌(Crickmore et al.,1998;喻子牛等,1996)。

1苏云金芽孢杆菌基因组测序概况

迄今为止，已有2个Bt菌株完成了全基因组测序，1个Bt菌株正在拼接，15个Bt菌株正在进行测序中(表1)。

第一个完成全基因组测序的苏云金芽孢杆菌菌株是B.thuringiensis97－27。它的序列测定工作由设立在加利福尼亚的美国能源部联合基因组研究所(DOE Joint Genome Institute)于2004年6月30日宣布完成。事实上，该菌株是从人体的坏死组织上分离得到的，并被认为是能够引起人体感染的病原菌。AFLP和MLST的分析也显示该菌株在种系发生树上与炭疽芽孢杆菌更为接近。之所以把它归类为苏云金芽孢杆菌，是因为该菌株能够产生Bt菌所特有的伴孢晶体，且各项生理生化指标与Bt菌的极为相似。令人惊奇的是该菌株没有任何的杀虫活性，利用已知的杀虫基因序列对该基因组序列进行Blast，没有发现任何已知cry、cyt或vip基因或这些基因的同源基因(Hernandez et al.,1998;Rasko et al.,2005)。显然，B.thuringiensis97－27菌株是不是一株典型意义上的苏云金芽孢杆菌值得商榷。

另一株完成全基因组测序的苏云金芽孢杆菌菌株是B.thuringiensis Al Hakam。该菌株由United Nations Special Commission收集于伊拉克的一个被怀疑为生化武器制造工厂(Al Hakam)(Radnedge et al., 2003)。Bt Al Hakam的全基因组测序也是由美国能源部联合基因组研究所使用plasmid文库和fosmid文库方法完成的。基因组全长5.31Mb，包含两个复制子：一个环形染色体(5.26Mb)，G+C含量为35%，至少编码4969个开放阅读框；一个pALH1质粒，G+C 含量为36%，编码62个开放阅读框。不幸的是序列分析也没有发现任何已知cry、cyt或vip基因或这些基因的同源基因(Challacombe et al.,2007)。

苏云金芽孢杆菌YBT－1520的基因组测序是由华中农业大学与中国农科院植保所等在国家863计划的支持下进行的，由杭州华大基因研发中心承担测序工作。Bt YBT－1520菌株是华中农业大学分离的一株高毒力Bt菌株。其伴孢晶体对鳞翅目、双翅目、鞘翅目的昆虫，及螨类和动植物寄生线虫都有一定的毒性，其中，对小菜蛾和棉铃虫的毒力特别高。Bt YBT－1520染色体全长为5402170bp，含有5639个可读框(ORF)，同时它还含有10个质粒，大小从2kb 到130kb不等。已有的研究表明，Bt YBT－1520含有cry1Aa、cry1Ab、cry1Ac、cry2Aa和cry2Ab等5种杀虫晶体蛋白基因(刘超,2007)。遗憾的是该菌株的全基因组序列拼接似乎存在困难，至今尚未见到完整序列的发表或报道。

在Integrated Genomics进行的苏云金芽孢杆菌以色列亚种(Bacillus thuringiensis serovar israelensis)菌株ATCC35646的基因组测序也即将完成(Anderson et al.,2005)。初步的数据显示该菌株的基因组大小为5880839bp。DNA编码序列4649355bp，G+C含量35%，DNA contigs为866，ORFs总数为6 451个，其中有指定功能的有2103个。

2苏云金芽孢杆菌基因组结构及其特征

苏云金芽孢杆菌染色体为环状DNA，GC含量一般在32%~35%之间，基因组大小2.4~5.7Mb不等(Schnepf et al.,1998)。目前已经公开的关于苏云金芽孢杆菌全基因组的信息菌株有Bt serovar konkukian str.97－27和Bt str.Al Hakam，本文以Bt97－27为例，介绍Bt基因组结构及其特征(图1)。

B.thuringiensis97－27基因组全长5314794bp，G+C百分含量为35.1%。包含两个复制子：一个环形染色体，至少编码5198个开放阅读框及一个pBT9727质粒。Bt97－27染色体为环状单链DNA，大小为5237682bp。G+C百分含量35%。编码序列为4379823bp，约占整个染色体序列的84%。ORF总数为5263，平均长度为856bp。CDS总共有5118个，其中有3828个具有指定的功能，1198个编码保守的假定蛋白，即这些CDS在数据库中存在着功能未知的同源序列，其余的92个编码假定蛋白，即这些CDS 在数据库中找不到同源序列(Han et al.,2006)。

3苏云金芽孢杆菌质粒基因组结构及其特征

苏云金芽孢杆菌的绝大多数野生菌株含有丰富多样的内生质粒，其质粒DNA的含量可以占到细胞总DNA含量的10%~20%(Aronson,1993)。苏云金芽孢杆菌的内生质粒，在细胞内呈共价闭合环状的形式(cccDNA)，它们不仅在数量及分子大小上差异很大，而且这些内生质粒在拷贝数、复制方式及稳定性等特性上也尽不相同。迄今为止，根据NCBI的数据统计，已有22个质粒完成了全序列测定(表2)。

最为典型的Bt菌测序质粒应该是pBtoxis质粒(图2)，该质粒来源于苏云金芽孢杆菌以色列亚种(Bacillus thuringiensis subsp israelensis,简称Bti)，质粒上有4个cry基因(cry4Aa,cry4Ba,cry10Aa,cry11Aa)和3个cyt基因(cyt1Aa,cty2Ba,cyt1Ca)。此外还有一

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Genomics and Applied Biology

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表2苏云金芽孢杆菌质粒测序概况

Table 2The plasmid sequencing of Bacillus thuringiensis 菌株名称Strain name

Bt serovar israelensis Bt serovar israelensis Bt serovar israelensis Bt YBT －1520Bt YBT －1520Bt LBIT －113Bt serovar israelensis Bt H1.1Bt 4Q2Bt str.97－27Bt INTA Mo14－4Bt HD －3a3b Bt C002Bt str.Al Hakam Bt K1

Bt strain YBT －1520Bt INTA-FR7－4Bt INTA-FR7－4Bt INTA-FR7－4Bt serovar kurstaki Bt YBT －1765

Bt strain YBT －1520质粒名称Plasmid name

pTX14－3pTX14－1pGI3pBMB2062pBMB9741pUIBI －1pBtoxis pGI1pTX14－2pBT9727pBMBt1Miniplasmid pDAN-involved pALH1pK1S1pBMB67

pFR55pFR12.5pFR12pAW63pBMB175

pBMB7635

GC 含量(%)G +C content (%)35363134323232323632323432

363232332931333132

质粒大小(bp)Size (bp)

764954151136520626578467112792382546829771126700205869095593954756715955712124591209571777148417635复制模式Replication mode RCR RCR RCR RCR RCR RCR θReplication RCR RCR θReplication RCR RCR RCR θReplication RCR

θReplication θReplication RCR RCR θReplication RCR RCR

登录代码Accession number X56204U67921Y11173

AF050161AF202532AF516904AL731825AY138809AY138808CP000047AY822042S49203

AY126018CP000486EF406356DQ363750EU362919EU362918EU362917DQ025752DQ364061EU130936完成时间Completed 1991/05/291996/10/131997/07/011998/03/121999/12/212002/06/272002/07/012002/10/072002/10/072004/12/302005/02/042005/07/222005/07/222006/11/292007/02/232007/09/252008/01/252008/01/252008/01/252008/04/142008/06/172009/01/02参考文献

References

Andrup et al.,1994Unpublished Hoflack et al.,1997

Unpublished Unpublished Unpublished Berry et al.,2002

Andrup et al.,2003Andrup et al.,2003Han et al.,2006

Loeza-Lara et al.,2005Marin et al.,1992

Unpublished Challacombe et al.,2007Unpublished

Liu et al.,2007Unpublished Unpublished Unpublished van der Auwera et al.,2005

Huang et al.,2007Unpublished

菌株名称Strain name

Bt serovar konkukian str.97－27Bt str.Al Hakam

Bt serovar israelensis ATCC 35646Bt YBT －1520Bt Bt407Bt IBL200Bt IBL4222

Bt serovar andalousiensis BGSC 4AW1Bt serovar berliner ATCC 10792

Bt serovar huazhongensis BGSC 4BD1Bt serovar kurstaki str.T03a001Bt serovar monterrey BGSC 4AJ1Bt serovar pakistani str.t13001

Bt serovar pondicheriensis BGSC 4BA1Bt serovar pulsiensis BGSC 4CC1Bt serovar sotto str.T04001

Bt serovar thuringiensis str.T01001Bt serovar tochigiensis BGSC 4Y1表1苏云金芽孢杆菌基因组测序概况

Table 1The genome sequencing of Bacillus thuringiensis 测序机构

Sequencing center

DOE Joint Genome Institute DOE Joint Genome Institute Integrated Genomics

Huazhong Agricultural University Naval Medical Research Center Naval Medical Research Center Naval Medical Research Center Naval Medical Research Center Naval Medical Research Center Naval Medical Research Center Naval Medical Research Center Naval Medical Research Center Naval Medical Research Center Naval Medical Research Center Naval Medical Research Center Naval Medical Research Center Naval Medical Research Center Naval Medical Research Center

测序进度

Sequencing status Complete Complete Assembly Assembly In progress In progress In progress In progress In progress In progress In progress In progress In progress In progress In progress In progress In progress In progress

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图2pBtoxis 质粒圈图（引自Berry et al.,2002）

注:外边两圈表示正反链上预测的基因,外圈刻度标尺的单位为kb;最里面一圈表示GC 偏好性,黄褐色表示值>1,紫色表示值<1;第2圈表示（G +C ）含量

基因由不同的颜色来代表如下:灰色—毒素和肽类抗生素;粉红色—转座子相关;橙色—保守假定的;红色—DNA 代谢;蓝色—调控;鲜绿色—表面关联的;灰绿色—未知;黄色—各种代谢因子

Figure 2Circular representation of pBtoxis (Adopted from Berry et al.,2002)

Note:The outer two circles represent predicted genes on the re-verse and forward strands.The outer scale is marked in kilobases.The inner circle represents GC bias,with positive values in khaki and negative values in purple;the second circle represents G +C content

Color coding for the genes is as follows:Gray,Toxin and peptide antibiotic;Pink,Transposon related;Orange,Conserved hypo-thetical;Red,DNA metabolism;Blue,Regulatory;Bright green,Surface associated;Pale green,Unknown;Yellow,Miscellaneous metabolic genes

的62%，ORF 平均长度725bp ，CDS 总数为125个，其中编码蛋白的有113个，编码保守的假定蛋白的有20个，还有11个编码假定蛋白(Berry et al.,2002)。

4比较基因组学研究

关于Bt 的比较基因组学研究主要集中在群中炭疽芽孢杆菌和蜡状芽孢杆菌之间的分析比较。Bt 97－27与蜡状芽孢杆菌群中的B.an thracis Ames (Read et al.,2003)、B.cereus ATCC 14579(Ivanova et al.,2003)和B.cereus ATCC10987(Rasko et al.,2004)有很高的相似性，共同拥有3917种假定蛋白。也存在各自特有的基因。

在Bt 97－27的5199种预测蛋白中，图1Bt 97－27的染色体圈图(引用自Han et al.,2006)注:最外面两圈表示基因的起始位点和指定的功能分类;第1圈包括正链基因产物;第2圈包括负链基因产物;第3圈和第4圈表示特有基因;第5圈和第6圈表示原噬菌体基因;第7圈表示插入序列元件;第8圈表示(G +C)含量;第9圈表示GC 偏好性(卡其色表示值>1,紫色表示值<1)

颜色代表功能分类如下:浅蓝色—氨基酸的生物合成;浅肉色—辅助因子的生物合成;暗肉色—细胞膜;橙色—细胞加工;橙红—重要中间代谢;绿色—能量代谢;黑色—脂肪酸和磷脂代谢;青色—其他分类;暗灰色—蛋白凋亡;黄色—嘌呤、嘧啶、核苷和核苷酸;浅绿色—调控功能;蓝色—复制;浅灰色—转录和翻译;洋红色—转运和结合蛋白;褐色—未指定的编码;红色—未知功能

Figure 1Circular representation of the Bt 97－27genome (Adopt-ed from Han et al.,2006)

Note:The outermost two circles indicate start sites of genes and assigned functional categories

Circle 1consists of forward-strand gene products;Circle 2con-sists of reverse-strand gene products;Circles 3and 4:Unique genes;Circles 5and 6:Prophage genes;Circle 7:IS elements;Circle 8:G +C content;Circle 9:GC bias ((G-C/G +C),khaki indi-cates values >1,purple <1)

Colors represent the following functional categories:Light blue,Amino acid biosynthesis;Light salmon,Biosynthesis of cofac-tors;Dark salmon,Cell envelope;Orange,Cellular processes;Salmon,Central intermediary metabolism;Green,Energy metabolism;Black,Fatty acid and phospholipid metabolism;Cyan,Other categories;Dark gray,Protein fate;Yellow,Purines,pyrimidines,nucleosides,and nucleotides;Light green,Regulatory functions;Blue,Replication;Light gray,Transcription and trans-lation;Magenta,Transport and binding proteins;Brown,Unas-signed;Red,Unknown

function

些插入序列，如编码作为分子伴侣促进晶体形成和

增强细胞活性的P19和P20蛋白。pBtoxis 质粒为环状单链DNA ，全长127923bp ，G +C 百分含量为32.42%，编码序列长度为79312bp ，占质粒全长序列

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基因组学与应用生物学

Genomics and Applied Biology https://www.360docs.net/doc/6d8941114.html,

307个染色体编码基因及66个质粒编码基因是特有的(Han et al.,2006)。然而Bt97－27却与蜡状芽孢杆菌的其他成员共有一套致病因子。这些共有的致病因子包括3个非溶血性肠毒素，2个通道形成三型肠毒素，1个产气荚膜梭菌溶血素，1个磷脂酰肌醇特异性磷脂酶及1个磷脂酰胆碱偏好性磷脂酶，1个RNA聚合酶sigma-B因子，1个p60细胞外蛋白酶。此外还有一个编码细胞毒素K的基因。Bt97－27含有包括溶血肠毒素基因hblCDBA的hbl操纵子。Bt 分离株通常都含有编码杀虫晶体蛋白的cry、cyt和(或)vip基因，然而Bt97－27基因组中却没有发现任何的cry、cyt或vip基因。且Bt97－27大多数基因的氨基酸序列与蜡状芽孢杆菌的其他物种基因具有80%以上相似性(Han et al.,2006)。

苏云金芽孢杆菌与蜡状芽孢杆菌以及炭疽芽孢杆菌关系紧密，它们具有相似的形态特征和较高DNA同源性(Rasko et al.,2005)。蜡状芽孢杆菌和苏云金杆菌间的区别仅仅在于后者在芽孢形成时能产生位于芽孢孢外膜外的伴孢晶体，该性状由杀虫质粒编码。该质粒的丢失可使苏云金杆菌转化成蜡状芽孢杆菌，反之亦然(Damgaard,1995)。基因组同源性分析也表明这两种细菌在DNA水平上无明显的差别(Rasko et al.,2005)。研究表明，在自然环境中，两者染色体体外遗传物质可以出现高度重组(袁志明等, 2001)，在DNA水平也具有较高的同源性，只有个别碱基有差异(Giffel et al.,1997)。由于Bt与Bc的相似性，许多细菌分类学家认为Bt与Bc应为同一个种(Bavykin et al.,2004)。宋树森等(2007)采用肠杆菌基因间重复一致序列—PCR(ERIC-PCR)技术，对6株苏云金芽孢杆菌和3株蜡状芽孢杆菌及对照菌株的基因组DNA进行扩增，对其指纹图谱进行分析，结果表明，与蜡状芽孢杆菌相比。苏云金芽孢杆菌菌株间基因组DNA指纹图谱较一致。

由于苏云金杆菌和蜡状芽孢杆菌间的高度同源性，苏云金杆菌安全性问题越来越受到人们的重视。1995年有报道称苏云金杆菌生产菌株能产生腹泻型肠毒素(Damgaard,1995)。此后的许多研究也证实在苏云金杆菌中广泛存在肠毒素基因(Perani et al.,1998; Yuan et al.,2002)。胡晓敏等(2007)对26株蜡状芽孢杆菌群菌株进行了肠毒素基因及其它病原相关因子的检测。苏云金芽孢杆菌菌株中溶血素hbl基因和非溶血素nhe基因的阳性检出率为83%。目前已经完成全基因组测序的苏云金芽孢杆菌B.thuringiensis 97－27、B.thuringiensis Al Hakam序列分析表明该菌株含有3个非溶血毒素基因(nheABC)及包括溶血毒素hblCDBA基因的hbl操纵子。

6结语

毫无疑问，能在芽孢形成过程中伴随产生杀虫晶体蛋白的菌株，约定俗成称为苏云金芽孢杆菌。因此，作为苏云金芽孢杆菌应该含有编码杀虫晶体蛋白的cry、cyt或vip基因(Crickmore et al.,1998)。然而，已经完成全基因组测序的两株Bt菌，Bt97－27和Bt Al Hakam，其基因组中却没有发现任何的cry、cyt或vip基因或这些杀虫基因的同源基因是不可思议的。显然，华中农业大学用于基因组测序的菌株Bt YBT－1520是一个真正的苏云金芽孢杆菌。我们期待这个菌株的全基因组序列能够尽快正式公布于世。

致谢

作者对海南省热带农业资源研究所所长方宣钧博士为本论文进行严格的评阅和提出宝贵的修改意见，表示诚挚的感谢！

参考文献

Anderson I.,Sorokin A.,Kapatral V.,Reznik G.,Bhattacharya A., Mikhailova N.,Burd H.,Joukov V.,Kaznadzey D.,Walunas T.,Larsen N.,Pusch G.,Liolios K.,Grechkin Y.,Lapidus A., Goltsman E.,Chu L.,Fonstein M.,Ehrlich S.D.,Overbeek R., Kyrpides N.,and Ivanova N.,2005,Comparative genome analysis of Bacillus cereus group genomes with Baeillus subtilis,FEMS Microbiol.Lett.,250(2):175-184

Andrup L.,Damgaard J.,Wassermann K.,Boe L.,Madsen S.M., and Hansen F.G.,1994,Complete nucleotide sequence of the Bacillus thuringiensis subsp.israelensis plasmid pTX14－3 and its correlation with biological properties,Plasmid,31(1): 72-88

Andrup L.,Jensen G.B.,Wilcks A.,Smidt L.,Hoflack L.,and Mahillon J.,2003,The patchwork nature of rolling-circle plasmids:comparison of six plasmids from two distinct Bacillus thuringiensis serotypes,Plasmid,49(3):205-232 Aronson A.I.,1993,The two faces of Bacillus thuringiensis:in-secticidal proteins and post-exponential survival,Mol Mi-crobial.,7(4):489-496

Bavykin S.G.,Lysov Y.P.,Zakhariev V.,Kelly J.J.,Jackman J., Stahl D.A.,and Cherni1A.,2004,Use of16S rRNA,23S rRNA,and gyrB gene sequence analysis to determine phylo-genetic relationships of Bacillus cereus group microorgan-isms,Journal of Clinical Microbiology,42(8):3711-3730 Berry C.,O'Neil S.,Ben-Dov E.,Jones A.F.,Murphy L.,Quail

206

M.A.,Holden M.T.,Harris D.,Zaritsky A.,and Parkhill J., 2002,Complete sequence and organization of pBtoxis,the toxin-coding plasmid of Bacillus thuringiensis subsp.israe－lensis,Appl.Environ.Microbiol.,68(10):5082-5095 Challacombe J.F.,Altherr M.R.,Xie G.,Bhotika S.S.,Brown N., Bruce D.,Campbell C.S.,Campbell M.L.,Chen J.,Chertkov O.,Cleland C.,Dimitrijevic M.,Doggett N.A.,Fawcett J.J., Glavina T.,Goodwin L.A.,Green L.D.,Han C.S.,Hill K.K., Hitchcock P.,Jackson P.J.,Keim P.,Kewalramani A.R., Longmire J.,Lucas S.,Malfatti S.,Martinez D.,McMurry K., Meincke L.J.,Misra M.,Moseman B.L.,Mundt M.,Munk

A.C.,Okinaka R.T.,Parson-Quintana

B.,Reilly L.P.,

Richardson P.,Robinson D.L.,Saunders E.,Tapia R.,Tes-mer J.G.,Thayer N.,Thompson L.S.,Tice H.,Ticknor L.O., Wills P.L.,Gilna P.,and Brettin T.S.,2007,The complete genome sequence of Bacillus thuringiensis Al Hakam,J.

Bacteriol,189(9):3680-3681

Crickmore N.,Zeigler D.R.,Feitelson J.,Schnepf E.,van Rie J., Lereclus D.,Baum J.,and Dean D.H.,1998,Revision of the nomenclature for the Bacillus thuringiensis pesticidal crystal proteins,Microbiol.Mol.Biol.Rev.,62(3):807-813 Damgaard P.H.,1995,Diarrhoeal enterotoxin production by strains of Bacillus thuringiensis isolated from commercial Bacillus thuringiensis-based insecticides,FEMS Immunolo-gy&Medical Microbiology,12(3-4):245-250

Giffel M.C.,Beumer R.R.,Klijn N.,Wagendorp A.,and Rom-bouts F.M.,1997,Discrimination between Bacillus cereus and Bacillus thuringiensis using specific DNA probes based on variable regions of16S rRNA,FEMS Microbiology Let-ters,146(1):47-51

Han C.S.,Xie G.,Challacombe J.F.,Altherr M.R.,Bhotika S.S., Brown N.,Bruce D.,Campbell C.S.,Campbell M.L.,Chen J., Chertkov O.,Cleland C.,Dimitrijevic M.,Doggett N.A., Fawcett J.J.,Glavina T.,Goodwin L.A.,Green L.D.,Hill K.

K.,Hitchcock P.,Jackson P.J.,Keim P.,Kewalramani A.R., Longmire J.,Lucas S.,Malfatti S.,McMurry K.,Meincke L.

J.,Misra M.,Moseman B.L.,Mundt M.,Munk A.C.,Okina-ka R.T.,Parson-Quintana B.,Reilly L.P.,Richardson P., Robinson D.L.,Rubin E.,Saunders E.,Tapia R.,Tesmer J.

G.,Thayer N.,Thompson L.S.,Tice H.,Ticknor L.O.,Wills

P.L.,Brettin T.S.,and Gilna P.,2006,Pathogenomic se-quence analysis of Bacillus cereus and Bacillus thuringiensis isolates closely rela ted to Bacillus anthracis,J.Bacteriol., 188(9):3382-3390

Hernandez E.,Ramisse F.,Ducoureau J.P.,Cruel T.,and Cavallo J.D.,1998,Bacillus thuringiens subsp.konkukian(serotype H34)Superinfection:case report and experimental evidence of pathogenicity in immunosuppressed mice,J.Clin.Mi-crolol,36(7):2138-2139Hoflack L.,Seurinck J.,and Mahillon J.,1997,Nucleotide se-quence and characterization of the cryptic Bacillus thuringiensis plasmid pGI3reveal a new family of rolling circle replicons,J.Bacteriol,179(16):5000-5008

Hu X.M.,Cai Y.J.,Zhou G.P.,and Yuan Z.M.,2007,Detection of some toxin genes related to pathogenicity in Bacillus cereus group strains,Weishengwu Xuebao(Acta Microbio-logica Sinica),47(3):392-395(胡晓敏,蔡亚君,周帼萍,袁志明,2007,蜡状芽孢杆菌群菌株中部分病原相关因子的检测,微生物学报,47(3):392-395)

Huang J.Y.,Han D.M.,Yu Z.N.,and Sun M.,2007,A novel cryptic plasmid pBMB175from Bacillus thuringiensis sub-sp,tenebrionis YBT－1765,Arch Microbiol,188(1):47-53 Ivanova N.,Sorokin A.,Anderson I.,Galleron N.,Candelon B., Kapatral V.,Bhattacharyya A.,Reznik G.,Mikhailova N., Lapidus A.,Chu L.,Mazur M.,Goltsman E.,Larsen N., D'Souza M.,Walunas T.,Grechkin Y.,Pusch G.,Haselkorn R., Fonstein M.,Ehrlich S.D.,Overbeek R.,and Kyrpides N., 2003,Genome sequence of Bacillus cereus and comparative analysis with Bacillus anthracis,Nature,423(6935):87-91 Liu C.,2007,Initial analysis of the whole genome sequence of Bacillus thuringiensis strain YBT－1520,Dissertation for Ph.D., Huazhong Agricultural University,Supervisor:Yu Z.N.,pp.27 (刘超,2007,苏云金芽孢杆菌菌株YBT－1520全基因组序列的初步分析,博士学位论文,华中农业大学,导师:喻子牛,pp.27)

Liu C.,Bao Q.Y.,Song F.P.,Sun M.,Huang D.F.,Liu G.M.,and Yu Z.N.,2007,Complete nucleotide sequence of pBMB67, a67－kb plasmid from Bacillus thuringiensis strain YBT－1520,Plasmid,57(1):44-54

Loeza-Lara P.D.,Benintende G.,Cozzi J.,Ochoa-Zarzosa A., Baizabal-Aguirre V.M.,Valdez-Alarcón J.J.,and López-Meza J.E.,2005,The plasmid pBMBt1from Bacillus thuringiensis subsp.darmstadiensis(INTA Mo14－4)replicates by the rolling-circle mechanism and encodes a novel insecticidal crystal protein-like gene,Plasmid,54(3):229-240 Marguerat S.,Brian T.,Wilhelm,and B覿hler J.,2008,Next-gen-eration sequencing:applications beyond Genomes,Biochem.

Soc.Trans,36:1091-1096

Marin R.,Tanguay R.M.,Valero J.,Letarte R.,and Bellemare G., 1992,Isolation and sequence of a2－kbp miniplasmid from Bacillus thuringiensis var.kurstaki HD－3a3b:relationship with miniplasmids of other B.thuringiensis strains,FEMS Microbiol.Lett.,73(3):263-269

Perani M.,Bishop A.H.,and Vaid A.,1998,Prevalence of be-ta-exotoxin,diarrhoeal toxin and specific delta-endotoxin in natural isolates of Bacillus thuringiensis,FEMS Microbiol.

Lett.,160(1):55-60

Radnedge L.,Agron P.G.,Hill K.K.,Jackson P.J.,Ticknor L.O.,

苏云金芽孢杆菌基因组研究概况

Summary of Research Progress in the Genomics of Bacillus thuringiensis

207

基因组学与应用生物学

Genomics and Applied Biology https://www.360docs.net/doc/6d8941114.html,

Keim P.,and Andersen G.L.,2003,Genome differences that distinguish Bacillus anthracis from Bacillus cereus and Bacillus thuringiensis,Appl.Environ.Microbiol,69: 2755-2764

Rasko D.A.,Aitherr M.R.,Han C.S.,and Ravel J.,2005,Ge-nomics of the Bacillus cereu s group of organisms,FEMS Microbiol.Rev.,29(2):303-329

Rasko D.A.,Ravel J.,覫kstad O.A,Helgason E.,Cer R.Z.,Jiang L.,Shores K.A.,Fouts D.E.,Tourasse N.J.,Angiuoli S.V., Kolonay J.,Nelson W.C.,Kolst覬A.B.,Fraser C.M.,and Read T.D.,2004,The genome sequence of Bacillus cereus ATCC10987reveals metabolic adaptations and a large plas-mid related to Bacillus anthracis pXO1,Nucleic Acids.Res., 32(3):977-988

Read T.D.,Peterson S.N.,Tourasse N.,Baillie L.W.,Paulsen I.T., Nelson K.E.,Tettelin H.,Fouts D.E.,Eisen J.A.,Gill S.R., Holtzapple E.K.,Okstad O.A.,Helgason E.,Rilstone J.,Wu M.,Kolonay J.F.,Beanan M.J.,Dodson R.J.,Brinkac L.M., Gwinn M.,DeBoy R.T.,Madpu R.,Daugherty S.C.,Durkin

A.S.,Haft D.H.,Nelson W.C.,Peterson J.D.,Pop M.,

Khouri H.M.,Radune D.,Benton J.L.,Mahamoud Y.,Jiang L.X.,Hance I.R.,Weidman J.F.,Berry K.J.,Plaut R.D., Wolf A.M.,Watkins K.L.,Nierman W.C.,Hazen A.,Cline R.,Redmond C.,Thwaite J.E.,White O.,Salzberg S.L., Thomason B.,Friedlander A.M.,Koehler T.M.,Hanna C.P., Kolsto A.B.,and Fraser C.M.,2003,The genome sequence of Bacillus anthracis Ames and comparison to closely relat-ed bacteria,Nature,423(6935):81-86

Schnepf E.,Crickmore N.,van Rie J.,Lereclus D.,Baum J.,Feit-elson J.,Zeigler D.R.,and Dean D.H.,1998,Bacillus

thuringiensis and its pesticidal crystal proteins,Microbiol.

Mol.Biol.Rev.,62(3):775-806

Song S.S.,Jin L.L.,Wang F.,Li Q.,Meng F.B.,and Wang Q.Y., 2007,Study on genetic relationship between Bacillus thuringiensis and bacillus cereus,Zhongguo Gonggong Weisheng(Chinese Journal of Public Health),23:3321-323 (宋树森,金莉莉,王芳,李强,孟凡彪,王秋雨,2007,苏云金芽孢杆菌与蜡状芽孢杆菌亲缘关系研究,中国公共卫生,23:321-323）

van der Auwera G.A.,Andrup L.,and Mahillon J.,2005,Con-jugative plasmid pAW63brings new insights into the gene-sis of the Bacillus anthracis virulence plasmid pXO2and of the Bacillus thuringiensis plasmid pBT9727,BMC Ge-nomics,6(1):103

Yu Z.N.,Sun M.,Liu Z.D.,Dai J.Y.,Chen Y.H.,Yu L.,and Luo X.X.,1996,The classification of Bacillus thuringiensis and their billogical active protein genes,Zhongguo Shengwu Fangzhi(Chinese Journal of Biological Control),12(2):85-89 (喻子牛,孙明,刘子铎,戴经元,陈亚华,喻凌,罗曦霞, 1996,苏云金芽孢杆菌的分类及生物活性蛋白基因,中国生物防治,12(2):85-89)

Yuan Z.,Hansen B.M.,Andrup L.,and Eilenberg J.,2002,De-tection of enterotoxin genes in mosquito-larvicidal Bacillus species,Curr.Microbiol.,45(3):221-225

Yuan Z.M.,Cai Q.X.,Pang Y.,Andrup L.,and Eilenberg J., 2001,Detection of enterotoxin genes in Bacillus thuringiensis by PCR,Weishengwu Xuebao(Acta Microbiologica Sinica), 41(2):148-154(袁志明,蔡全信,庞义,Andrup L.,Eilenberg J.,2001,苏云金芽孢杆菌肠毒素基因的PCR检测,微生物学报,41(2):148-154)

208