代谢组学_药物代谢组学与中医药现代化

代谢组学_药物代谢组学与中医药现代化
代谢组学_药物代谢组学与中医药现代化

中国医学科学院学报

ACT A ACADE M I A E MED I C I N AE SI N I CAE

818 D e cem be r,2007

?综 述?

代谢组学、药物代谢组学与中医药现代化

林景超

1,2

,李后开

1,2

,周明眉3,贾 伟

1,2,3

1

上海交通大学 药学院中药制剂学及天然药物研究课题组,上海200240

2

上海系统生物医学研究中心,上海200240

3

上海中医药大学 中医方证与系统生物学研究中心,上海201203

通信作者:贾 伟 电话/传真:021*********,电子邮件:weijia@sjtu 1edu 1cn

摘要:在探讨复杂生命现象时,代谢组学、药物代谢组学对机体的整体性认识与传统中医药学的思维方法有一定

的趋同性。如果在中医药现代化研究中,有效地契合代谢组学研究方法,将能够深化中药的整体疗效评价、证候的内在本质及辨证施治研究,加快传统中医药与现代生命科学技术的结合,推动中医药现代化,为中医药的发展提供新的空间。

关键词:代谢组学;药物代谢组学;中医药现代化;中药整体疗效评价;证候;辨证施治中图分类号:R241119 文献标识码:A 文章编号:10002503X (2007)0620818205

M etabonom ics,Pharmaco 2m etabonom ics,and the M odern iza tion of

Trad itiona l Ch i nese M ed ic i ne

L IN J ing 2chao

1,2

,L I Hou 2kai

1,2

,ZHOU M ing 2mei 3,J I A W ei

1,2,3

1

Group of Phar maceutics and Phar maceutical Research of Natural Medicines,

School of Phar macy,Shanghai Jiao Tong University,Shanghai 200240,China

2

Shanghai Center for System s B iomedicine,Shanghai 200240,China

3

Center for Traditi onal Chinese Medicine and System s B iology,Shanghai University of

Traditional Chinese Medicine,Shanghai 201203,China

Corres ponding author:J I A W ei Tel/Fax:021*********,E 2mail:weijia@sjtu 1edu 1cn

ABSTRACT:Facing the comp licated life phenomemon,both metabonom ics and phar maco 2metabonom ics take an organic concep tion of the human body,which confor m s to the way of thinking of traditional Chinese medicine (TC M )1The app lication of metabonom ics and phar maco 2metabonom ics in the modernization of TC M will deepen the evaluation of the therapeutic effects of TC M ,the study of intrinsic quality of TC M syndrome and the treat ment by differentiation of syndrome,facilitate the integration of TC M with modern biological science and technology,p romote the modernization of TC M ,and p rovide a new space for the development of TC M 1

Key words:metabonom ics;phar maco 2metabonom ics;modernization of traditional Chinese medicine;evaluati on of therapeu 2

tic effects of traditional Chinese medicine;traditional Chinese medicine syndrome;treat m ent by differentiati on of syndrome

Acta Acad M ed S in,2007,29(6):818-822

中医药学是我国传统医学体系中的主要组成部分,在其发展的历程中,不断吸收各个时期的先进

思想理论和科学技术,对中华民族的繁衍昌盛及世界民族医学的发展做出了不可磨灭的贡献。中医药

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学的精髓和生命力在于其理论体系所蕴涵的丰富的系统论思想,即以整体的、动态的和辨证的观点去把握人体的健康与疾病,而新近发展的代谢组学及药物代谢组学方法与突出整体效应的中医药学思想具有天然的相似性。将系统论指导下的代谢组学、药物代谢组学方法与中医药学的整体观念相结合,重点以中医证候、辨证施治及中药整体效应评价为研究对象,为中医药现代化研究提供一个很好的切入点,使中医药学由经验性描述式的科学逐步转变成定量描述和预测的科学。

代谢组学与药物代谢组学

20世纪90年代中期发展起来的代谢组学(metabonom ics )是继基因组学、转录组学和蛋白质

组学之后的又一门新兴的组学技术,是系统生物学研究不可或缺的重要基础学科之一。代谢组学是致

力于研究生物体系(细胞、组织或生物体)受外部刺激(或扰动)后所产生的所有代谢产物(内源性

代谢物)种类、数量及变化规律的科学[1]

。它是以生物整体、系统或器官的内源性代谢物质的代谢网络为研究对象,建立以各种分析手段包括核磁共振(nuclear magnetic resonance,NMR )、气相色谱串联质谱仪(gas chromatography/mass spectrometry,GC /MS )、超高压液相色谱串联质谱仪(ultra perfor mance liquid chromatography/mass spectrometry,UPLC /MS )、高分辨气相色谱2飞行时间质谱联用仪(gas chroma 2tography /ti m e 2of 2flight mass spectrometry,GC 2T OF /MS )等为核心的超微量、超并行和超灵敏的代谢分析技术体系和相应的模式识别技术体系。代谢组学自出现以来,广泛地应用于各个领域,如疾病诊断、药物毒性评价、营养科学、植物代谢组、微生物代谢组及中医药现代化研究等多个方面,有着重要的现实意义。随着代谢组学的发展,Clayton 等[2]

于2006年提出了“药物代谢组学”(phar maco 2metabonom 2

ics )的概念:以代谢组学为平台,通过给药前生物

样本的代谢轮廓分析预测给药后的药物反应表型,即以动物给药前尿液代谢物所包含的信息,预测个体对药物的代谢和毒性反应的差异。药物代谢组学是代谢组学的进一步发展,是代谢组学技术与医药学研究有机结合的产物。

代谢组学、药物代谢组学与

中医药理论体系的有机契合

中医学的理论核心是阴阳平衡和整体观念,中医重视患者的体质特征、证候特点,强调辨证施治,实施个体化诊疗。中医学认为人体疾病的发生主要是整体功能失调所致,而中药所具有的多成分、多途径、多靶点的特征正好与疾病的复杂性相一致。但是在中医药现代化研究中,目前尚缺少在理论指导、指标选择、疗效评价等方面适合中医药特征的研究方法

[3]

。近年来,代谢组学的发展和完善为中

医药现代化研究的突破提供了新的思路和方法学保障。代谢组学通过对内源性代谢物种类及数量变化的分析,对某一病症相关特定组分的共性加以分析、判断,以帮助人们更好地理解病变过程及机体内物质的代谢途径和代谢状况。即通过对体液和组织代谢物变化的分析确定整个生物体内的系统生化图谱和调控网络异常。因此,与中医学一样,代谢组学也是将人体作为一个完整的系统来研究,应用全面性系统策略理解疾病过程和机制。而在代谢组学基础上发展起来的药物代谢组学是利用给药前尿液代谢谱的差异,预测给药后药物的代谢率、毒性反应以及药理效应的差异,与中医药学中辨证施治的个体化诊疗思想相同,皆以个体的表型特征为依据,是对特定个体既有的基因信息与后天获得的环境因素的综合反应。因此,代谢组学、药物代谢组学方法“导入”中药整体疗效评价、中医证候及辨证施治研究领域,将有可能探索出中医药现代化研究的新方法和新途径。

代谢组学与中医证候

中医认为,疾病的发生主要是人体整体功能的失调。证候是对机体在疾病发展过程中的某阶段病因、病理、病机、病位的概括。它是中医对疾病某一阶段的特定病理生理过程的认识,是在机体内因和环境外因综合作用下机体的整体状态,并随着病程的发展而发生的相应变化

[4]

。中医证候学是一个

多因素参与的、多层次的、具有整体涌现性的复杂系统,面对的是复杂生命现象的功能层面、整体层面、动态层面,具有典型的开放性、层次性、涌现性和高维性特征

[5]

。但中医证候同时又具有模糊、

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笼统的缺点,缺乏统一的、客观的、定性或定量指标。而应用代谢组学研究方法则可以从整体出发认识和把握细节,寻找可分析、观测的层级结构基础和可认识、推理的层级涌现规律,从中提取有意义的功能信息,进行归纳和整合,研究证候的内在发病机制,对证候及辨证的规范化具有重要的意义。

从系统生物学的角度分析,疾病是因人体调控网络受到致病因素的“扰动”而致,而药物的干预过程,其实质是对整个系统平衡的恢复

[6]

。中医中

的“证候”可能是包括基因、蛋白在内的人体生化调节网络变化后所处的一种特异性的、在一定时间内相对稳定的生理状态,即一种特征性生理表型。该特征性表型很可能通过其分泌到血液或尿液中的内源性成分(蛋白和小分子代谢物)的表达谱的改变而客观地反映出来。因此,中医“证候”其本质可能是机体代谢网络受心理、环境、饮食和遗传等因素影响而发生的异常(该状态不一定与疾病相关)。用现代分析技术可以捕捉到这些细微的变化,获得偏离出正常范围的特征性代谢表达图谱。这些特征性代谢表达图谱可能是中医证候规律的物质基础以“组”、“群”、“谱”集成的形式在代谢物水平上的反映,由此创建一门全新的学科-证侯代谢组学。

在中医证候的研究中,肾阳虚证为历代医家所推崇。在中医学中,肾为先天之本,全身各脏的阴阳均由肾阴肾阳来“养”与“温”,五脏病久皆会及肾,肾似乎是人体各脏器的调节中心,因此,肾阳虚乃中医的基本证型之一,其特点是“因其衰而彰之”,当机体肾阳虚程度处于比较轻浅的范围内,并无显著突出的临床症状,如常感畏寒、四肢不温、小便偏多,此当属于生理状态范围内的病理改变,即属中医的肾阳虚体质。在一定因素作用下,机体的病理改变进一步加剧,从而进入疾病状态,此时对其具体的证候、体征进行概括,可诊断为肾阳虚证

[7]

。有关肾阳虚本质的现代研究已历经半个世纪,

沈自尹[8]

从肾上腺皮质功能着手,系统研究了下丘

脑2垂体2肾上腺皮质轴在肾阳虚患者中功能改变,从而得出了肾阳虚证具有下丘脑2垂体2肾上腺皮质轴功能紊乱的结论,并把24h 尿液172羟皮质类固醇下降作为肾阳虚证的特异性诊断指标,打破了中医证候诊断过程中,始终缺乏可测量与重复的定性或定量指标的困境,也为其他中医证候的现代研究提供了有利的参考。目前,肾阳虚证的研究已逐渐向微观

层面发展,加深了对肾阳虚证内涵的认识,并确立了多个特异性的诊断指标,但是在这些单个的指标尚未被整合时,难以客观地反映肾阳虚证的整体特征。有研究采用代谢组学方法,以氢化可的松复制出大鼠肾阳虚证的经典模型为研究对象,利用气相色谱串联质谱仪对大鼠造模过程中的尿液样本进行分析,结合多变量分析统计对肾阳虚证大鼠模型进行研究,结果显示正常大鼠在接受氢化可的松注射过程中,其尿液中的内源性代谢物发生明显的变化,并通过主成分分析揭示出肾阳虚大鼠体内代谢模式

随时间变化的空间轨迹(trajectory ),进一步采用多维统计分析显示,肾阳虚证动物体内的酪氨酸、酪胺、多巴胺、去甲肾上腺素等交感神经及肾上腺皮质相关的代谢物与正常对照相比,差异均有显著性,表明代谢组学方法可能为中医证候的研究提供一个全新的思路和方法

[9]

罗和古等

[10]

以慢性束缚方法制作应激大鼠肝郁

脾虚证候模型,经核磁共振数据采集与分析发现:模型组和正常组之间存在代谢产物谱的显著差异,而且模型组随着造模时间长短的不同,其代谢产物也有所变化。通过分析这些内源性代谢产物的形成、转移机制和过程,阐述肝郁脾虚的发生发展的潜在原因,进而揭示其生物学本质。由此推断中医证候的生物学基础可能从代谢组学研究中找出特异的标记物,用生物信息学方法分析生物标记物的功能,并确定与证候相关的代谢谱。

通过代谢组学方法定量地测定内源性代谢物的一系列动态变化,在分子水平上刻画出疾病状态以及药物干预下的病理变化过程的系统运行轨迹并进一步揭示与证候相关的代谢通路和调控网络上的变化规律,结合临床辨证分型,则可称为证候代谢组学,即在证候理论指导下,运用代谢组学方法,揭

示与某一证候形成相关的所有代谢物谱(metabolite

p rofiling ),从整体水平上阐明证候的本质。这将为

证候的研究提供新的视角与方法。同时,代谢组学也将有可能为传统医学中“异病同治”和“同病异治”的研究提供一个新的突破口。即通过对不同疾病中相同证候代谢表型以及同一疾病的不同个体或不同阶段中所表现的不同证候代谢表型上差异的研究,揭示传统医学中“异病同治”与“同病异治”的现代科学内涵。因此,采用代谢组学从整体水平研究和认识证候形成过程,并结合基因组学、药物基因组学、蛋白质组学,探讨中医“证”的本质,

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有望为中医的现代化研究和临床实践提供参考。代谢组学与中药整体效应评价

方剂是祖国医学整体观和辨证施治特点的集中体现,也是中医临床用药的特点和疗效的优势所在

[11]

。中药及其复方药效的特点是药效物质多成

分、多途径、多靶点的整体调节,因此中药效应评价强调人或实验动物对于药物干预体系的整体反应。中药及其复方的研究方法随着认识和技术的进步经历了“简单2复杂2系统”的发展历程,目前已进入了系统生物学研究阶段。代谢组学是作为后基因组时代的一门新兴“组学”学科,已经被应用于评价

实验动物或临床患者对外源性刺激(药物)所产生的一系列代谢过程、作用机制和靶器官效应等方面。将代谢组学技术应用到中药的整体药效评价、作用机制及药物在体内的“代谢指纹图谱”研究,不仅可监测药物本身在体内的代谢变化过程,更重要的是可以通过观察药物所引起的内源性代谢物的变化,推测体内生化过程和状态的变化进而推断中药的作用机制,利用代谢物的终端性信息寻找或阐明药[12]

干预CCl4,观,借助超高压液相色谱串联飞行时间质谱仪分析系统和主成分分析方法,明晰表征大鼠肝损伤的5个内源性生物标记物,并结合系统生物学的理论还原肝损伤的机制和实质,以及茵陈蒿汤对肝损伤的防治机理,从代谢组学角度对经典方剂防治肝损伤给出全新解释。L i 等

[13]

采用

UPLC /MS 结合多元统计分析方法对补肾中药淫羊藿

的药效物质组学及其对氢化可的松诱导肾虚证大鼠的代谢物谱的影响进行了初步研究。通过比较正常组、模型组及淫羊藿醇提取物给药组大鼠的血清及尿样的代谢谱发现淫羊藿苷和朝藿定C 可能为淫羊藿的主要药效物质基础。进而对大鼠体内基础代谢物谱、肾阳虚大鼠代谢物谱及给药淫羊藿后大鼠体内代谢物谱进行比较研究,寻找与肾阳虚大鼠相关的生物标记物,发现淫羊藿可使肾阳虚大鼠代谢网络得以修复,由此探讨了淫羊藿补肾作用的机制及药效物质。

通过对体内内源性代谢物(组)进行时间相关

性的定量测定,研究(疾病)系统在中药干预下的整体性和动态性应答,这是一种对人体的整体生理

代谢特性进行非破坏性、系统测量的全新的技术体系,有望实现对不同健康状况的人体的分类识别,以及对同一生物体在疾病发生发展过程和药物干预前后的整体生理代谢特性的动力学控制,以此作为评价中药疗效的依据。在通过多变量统计和模式识别研究宏观的代谢网络变化的同时,还应该结合对微观的细胞模型和基于关键生化指标和单一靶点的药物模型的分子生物学研究、常规的药理学研究和药物代谢动力学研究,从而对中药复方的作用机制获得深入系统的认识,形成整合代谢组学的系统药理学新方法,而这样的中药复方的系统药理学将是实现现代生物医学与中医药学融合的“契合点”[14]

。总之,代谢组学的发展将进一步发挥中药从整体和平衡上进行功能调节的治疗优势药物代谢组学与辨证施治

中医的“证”是论治的起点和核心

[14]

。证是指

在疾病的发生、发展过程中,一组具有内在联系的、能够反映疾病过程在某一阶段的病理病机,是机体对致病因素作出反应的一种功能状态。辨证是运用

四诊所获得的客观资料(即证候),用中医理论

(三因、四诊、六经、八纲、脏腑、气血等)分析辨

证,从而提高认识病因、病理、病机、病位,同时注意病情的发展趋势与邪正盛衰。辨证是对疾病某阶段病情状态的整体认识,揭示疾病阶段性的主要矛盾,强调认识个体的特殊性。辨证施治是把人体的内在联系和疾病的发展变化规律联系起来,不仅把局部病变与整体机能联系起来,而且着眼于局部病变所引起的整体病理反映。辨证施治的实质是根据个体心、身特点及其当时的疾病反应状态而有针对性地进行诊断和治疗,从而达到最佳的治疗效果。因此,辨证施治的诊治原则符合个性化治疗的思想,是个性化治疗在传统医学实践中的早期雏形。

药物代谢组学是在系统生物学的背景下,以代谢组学技术,特别是样品分析和多维数据处理技术为平台,对个体的药物反应表型进行预测以实现未来个性化治疗为目标的新的组学思想。药物代谢组学通过给药前生物样本的代谢轮廓分析,预测可以采用的药物治疗方案以及药物反应,在治疗过程中随疾病的不同表型进行针对性的药物治疗,并按疾病不同进程调整药物剂量、甚至药物的种类。与传统研究手段相比,药物代谢组学采用“自上而下”

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式的研究方法通过对代谢的终端产物进行多元化综合分析,从整体上展示生物体内在的变化状态,能够获得生物体整体性的、动态性的信息。反映药物代谢组学与中国的传统医学在整体论的“自上而下式”的思维方法上的趋近特征,提示了药物代谢组学研究方法与中医辨证施治思路的互相渗透性,并有可能促进个性化治疗目标的实现

[15]

展 望

中医药现代化研究的目的是采用现代科学语言对中医药的核心理论如辨证论治、复方配伍等进行“解剖”、理解和诠释,同时也是采用新的研究工具和视角对其理论体系进行重新审视和去伪存真的提高的过程。目前,进行中医药现代化研究可以从现代系统生物学的角度重新“自上而下”地审视和验证中医药理论,在继承和发扬中医药优势和特色的基础上,运用融整体、动态、综合分析于一体的代谢组学等技术,研究现代复杂性疾病发生、发展和转归的规律,阐明或“萃取”出中药方剂的效应物质基础以及作用机制,从而推动中医药的科学化和国际化进程。

目前,随着代谢分析技术体系和模式识别技术体系的成熟,以及人们对健康以及药物治疗的思维方式的转变,代谢组学、药物代谢组学与传统中医药学在研究相关复杂性疾病过程中越来越趋于相互渗透。这种趋势表明在探讨复杂性生命现象时多学科结合以及“医哲互融”思维的必然性和重要性。在现有的中药药理、临床病理、分子生物学基础上融入代谢组学、基因组学、蛋白质组学等研究复杂生物体系的技术手段,将使人们对中医药整体疗效评价和中医证候的认识出现质的飞跃,推动中医诊断和治疗变为科学性的量体裁衣式的个体化医学-即根据每位患者建立最有效的、最安全的、最经济的治疗方案,最终为中医药现代化研究提供全新的思路和策略。

参 考 文 献

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(2007206229收稿)

代谢组学在中药毒性与安全性评价中的应用 综述

代谢组学在中药毒性与安全性评价中的应用 【摘要】:目的:综述什么是代谢组学以及其在中药毒性与安全性评价中的应 用。方法:查阅相关文献,采用文献追踪的方法对代谢组学在中药毒性与安全性评价中的应用进行分析归纳。结论:代谢组学的出现对于中药的发展是一个很好的契机,可以预见它将成为中药安全性研究中的一个新的中药技术手段。 【关键词】代谢组学中药毒性与安全性评价关木通 代谢组学[1,2]是继基因组学、转录组学和蛋白质组学之后兴起的系统生物学 的一个新的分支,它是通过考察生物体系受刺激或扰动前后(如将某个特定的基 因变异或环境变化后)代谢产物图谱及其动态变化研究生物体系的代谢网络的一 种技术,研究对象主要是相对分子质量1000以下的内源性小分子。它是后基因 时代出现的一门新的“-omics”组学学科。Nicholson研究小组于1985年利用 核磁共振(NMR)技术分析大鼠的尿液,于1999年提出了代谢组学的概念。自1999 年提出代谢组学的概念以来,它在药物毒理研究、疾病诊断、系统生物学研究等 诸多领域里的应用日益深入。 1 代谢组学简介 1.1 代谢组学特点 代谢组学是生命学科领域中的一门新兴组学技术,它与基因组学、转录物组 学、蛋白组学等共同构成了“系统生物学”(Systems Biology) ,系统生物学强 调科学研究的整体性思维和系统论观点,其精髓是以整体论方法研究生物体系中 的构件分子族之间以及机体与环境之间的相互作用网络。基因组学只能检测静态 的基因型,而基因的表达受到环境及内在状态的影响,因此无法反映基因组动态 的生理状态,无法回答基因的变化是否能够表达。而代谢物质和代谢表型所反映 的是已经发生了的生物学事件,是基因型与环境共同作用的综合结果,是生物体 系生理和生化功能状态的直接体现。因此,作为系统生物学的一个重要组成部分, 从代谢组学中分析所获得的信息更能够揭示基因与表现型之间的关系[3]。 1.2 代谢组学的研究方法 代谢组学的研究一般包括代谢组数据的采集、数据预处理、多变量数据分析、 标记物识别和途径分析等步骤。生物样品(如尿液、血液、组织、细胞和培养液 等)采集后进行生物反应灭活、预处理。运用核磁共振、质谱或色谱等检测其中 代谢物的种类、含量、状态及其变化,得到代谢谱或代谢指纹,而后使用多变量 数据分析方法对获得的多维复杂数据进行降维和信息挖掘,并研究相关代谢物变 化涉及的代谢途径和变化规律,以阐述生物体对相应刺激的响应机制、发现生物 标记物[4]。

代谢组学在医药领域的应用与进展

代谢组学在医药领域的应用与进展 一、学习指导 1.学习代谢组学的概念及内涵,掌握代谢组学的研究对象与分析方法。 2.熟悉代谢组学数据分析技术手段 3.了解代谢组学优势特点 4.了解代谢组学在医药领域的应用 5.了解代谢组学发展趋势 二、正文 基因组功能解析是后基因组时代生命科学研究的热点之一,由于基因功能的复杂性和生物系统的完整性,必然要从“整体”层面上来理解构成生物体系的各个模块功能。随着新的测量技术、高通量的分析方法、先进的信息科学和系统科学新理论的发展,加上生物学研究的深入和生物信息的大量积累,使得在系统水平上研究由分子生物学发现的组件所构成的生命体系成为可能[1]。系统生物学家们认为,将生命科学上升为“综合”科学的时机已经成熟,生命科学再次回到整合性研究的新高度,逐步由分子生物学时代进入到系统生物学时代[2]。系统生物学不同以往的实验生物学仅关注个别基因和蛋白质,它要研究所有基因、蛋白质,代谢物等组分间的所有相互关系,通过整合各组成成分的信息,以数学方法建立模型描述系统结构[3,4]。 (一)代谢组学的概念及内涵 代谢组学是继基因组学、转录组学和蛋白质组学之后,系统生物学的重要组成部分,也是目前组学领域研究的热点之一。代谢组学术语在国际上有两个英文名,即metabolomics 和metabonomics。Metabolomics是由德国的植物学家Fiehn等通过对植物代谢物研究提出来的,认为代谢组学(metabolomics)是定性和定量分析单个细胞或单一类型细胞的代谢调控和代谢流中所有低分子量代谢产物,从而监测机体或活细胞中化学变化的一门科学[5]。英国Nicholson研究小组从毒理学角度分析大鼠尿液成份时提出了代谢组学(Metabonomics)的概念,认为代谢组学是通过考察生物体系受扰动或刺激后(如某个特定基因变异或环境变化后),其代谢产物的变化或代谢产物随时间的变化来研究生物体系的代谢途径的一种技术[6]。国内的代谢组学研究小组基本用metabonomics一词来表示“代谢组学”。严格地说,代谢组学所研究的对象应该包括生物系统中所有的代谢产物。但由于实际分析手段的局限性,只对各种代谢路径底物和产物的小分子物质(MW<1Kd)进行测定和分析。 (二)代谢组学优势特点 代谢组学作为系统生物学的一个重要组成部分,代谢组可以更好地反映体系表型生物机体是一个动态的、多因素综合调控的复杂体系,在从基因到性状的生物信息传递链中,机体需通过不断调节自身复杂的代谢网络来维持系统内部以及与外界环境的正常动态平衡[7]。

代谢组学的研究方法和研究流程

代谢组学的研究方法和研究流程分子微生物学112300003林兵 随着人类基因组计划等重大科学项目的实施,基因组学、转录组学及蛋白质组学在研究人类生命科学的过程中发挥了重要的作用,与此同时, 代谢组学(metabolomics)在20世纪90年代中期产生并迅速地发展起来,与基因组学、转录组学、蛋白质组学共同组成系统生物学。基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等各种组学0在生命科学领域中发挥了重要的作用,它们分别从调控生命过程的不同层面进行研究, 使人们能够从分子水平研究生命现象, 探讨生命的本质, 逐步系统地认识生命发展的规律.这些组学手段加上生物信息学, 成为系统生物学的重要组成部分。 代谢组学的出现和发展是必要的, 同时也是必须的。对于基因组学和蛋白质组学在生命科学研究中的缺点和不足, 代谢组学正好可以进行弥补。代谢组学研究的是生命个体对外源性物质(药物或毒物)的刺激、环境变化或遗传修饰所做出的所有代谢应答, 并且检测这种应答的全貌及其动态变化。代谢组学方法为生命科学的发展提供了有力的现代化实验技术手段, 同时也为新药临床前安全性评价与实践提供了新的技术支持与保障. 1 代谢组学的概念及发展 代谢组学最初是由英国帝国理工大学Jeremy N icholson教授提出的,他认为代谢组学是将人体作为一个完整的系统,机体的生理病理过程作为一个动态的系统来研究, 并且将代谢组学定义为生物体对病理生理或基因修饰等刺激产生的代谢物质动态应答的定量测定。2000年,德国马普所的Fiehn等提出了代谢组学的概念,但是与N ichols on提出的代谢组学不同, 他是将代谢组学定位为一个静态的过程,也可以称为/代谢物组学, 即对限定条件下的特定生物样品中所有代谢产物的定性定量分析。同时Fiehn还将代谢组学按照研究目的的不同分为4类: 代谢物靶标分析,代谢轮廓(谱)分析, 代谢组学,代谢指纹分析。现在代谢组学在国内外的研究都在迅速地发展, 科学家们对代谢组学这一概念也进行了完善, 作出了科学的定义: 代谢组学是对一个生物系统的细胞在给定时间和条件下所有小分子代谢物质的定性定量分析,从而定量描述生物内源性代谢物质的整体及其对内因和外因变化应答规律的科学。 与基因组学、转录组学、蛋白质组学相同, 代谢组学的主要研究思想是全局观点。与传统的代谢研究相比, 代谢组学融合了物理学、生物学及分析化学等多学科知识, 利用现代化的先进的仪器联用分析技术对机体在特定的条件下整个代谢产物谱的变化进行检测,并通过特殊的多元统计分析方法研究整体的生物学功能状况。由于代谢组学的研究对象是人体或动物体的所有代谢产物, 而这些代谢产物的产生都是由机体的内源性物质发生反应生成的,因此,代谢产物的变化也就揭示了内源性物质或是基因水平的变化,这使研究对象从微观的基因变为宏观的代谢物,宏观代谢表型的研究使得科学研究的对象范围缩小而且更加直观,易于理解, 这点也是代谢组学研究的优势之一. 代谢组学的优势主要包括:对机体损伤小,所得到的信息量大,相对于基因组学和蛋白质组学检测更加容易。由于代谢组学发展的时间较短, 并且由于代谢组学的分析对象是无偏向性的样品中所有的小分子物质,因此对分析手段的要求比较高, 在数据处理和模式识别上也不成熟,存在一些不足之处。同时生物体代谢物组变化快, 稳定性较难控制,当机体的生理和药理效应超敏时,受试物即使没有相关毒性,也可能引起明显的代谢变化,导致假阳性结果。 代谢组学应用领域大致可以分为以下7个方面:

《代谢组学》课程考试大纲

《代谢组学》课程考试大纲 适用专业:化学生物学,本科学制年限:四年 总学时: 32(讲课)学分: 2.0 制定者:何德审核人: 一、课程的性质与考试目的 1、课程性质:代谢组学(metabonomics/metabolomics)是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想,对生物体内所有代谢物进行定量分析,并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式,是系统生物学的组成部分。其研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。 2、考试目的:考核学生系统掌握本课程教学的基本理论、基本知识和基本技能,以及联系实际、运用所学的理论分析问题和解决问题的能力,确保学生达到本专业应掌握的基本代谢组学知识要求。 二、考试的内容与要求 第一章绪论 考试内容:代谢组学的概念,范畴;代谢组学研究的内容、对象、任务和方法。 考试要求:掌握代谢组学的基本概念和任务。 第二章代谢与代谢组学 考试内容:1、代谢2、代谢的组学研究3、代谢组与转录组学和蛋白组学的联系与区别4、代谢组学与系统生物学 考试要求:掌握代谢的组学研究;辨析代谢组与转录组学和蛋白组学以及系统生物学的相对关系 第三章代谢组学的技术平台 考试内容:代谢组学研究中所用到的技术方法以及原理:气相色谱、质谱、液质联用(LC-MS)法、傅立叶变换质谱、红外光谱、毛细管电泳-质谱联用(CE-MS)、核磁共振 考试要求:掌握毛细管电泳-质谱联用(CE-MS)、核磁共振技术。 第四章代谢组学的研究方法和步骤 考试内容:代谢组学的研究方法和步骤:样品制备,数据采集和标志物识别,数据分析,代谢途径分析 考试要求:了解和掌握代谢组学的研究方法和步骤 第五章代谢组学分析

代谢组学研究进展综述

代谢组学技术及其在中医研究中的探讨 姓名:郭欣欣学号:22009283 导师:刘慧荣 代谢组学(metabonomics) 是20世纪90年代中期发展起来的一门新兴学科,是关于生物体系受刺激或扰动后(如将某个特定的基因变异或环境变化后) 其代谢产物(内源代谢物质) 种类、数量及其变化规律的科学。它研究的是生物整体、系统或器官的内源性代谢物质的代谢途径及其所受内在或外在因素的影响。常用的方法是检测和量化一个生物整体代谢随时间变化的规律;建立内在和外在因素影响下,代谢整体的变化轨迹,反映某种病理(生理) 过程中所发生的一系列生物事件。 1 代谢组学研究技术平台 代谢组学研究的技术平台包括以下几个部分:前期的样品制备,中期的代谢产物检测、分析与鉴定以及后期的数据分析与模型建立。 前期代谢组学研究常用的检测技术,一般不需要对标本行特别的分离、纯化等。但离体条件下,细胞或组织内的代谢状态可迅速改变,代谢物的质与量亦随之变化,为正确反映在体的真实信息,须立即阻断内在酶的活性。最为常用的是冰冻/液氮降温法及冷冻、干燥的保存技术,尽管如此,细胞间仍始终有一低水平的代谢活动,需尽量避免氧化等活化因素。 中期代谢产物的检测、分析与鉴定是代谢组学技术的核心部分,最常用的是NMR及质谱(MS)两种。 核磁共振技术是利用高磁场中原子核对射频辐射的吸收光谱鉴定化合物结构的分析技术,生命科学领域中常用的是氢谱( 1H NMR ) 、碳谱(13C NMR)及磷谱(31P NMR)三种。可用于体液或组织提取液和活体分析两大类。 NMR技术在代谢组学中的应用越来越广泛,它具有如下优点: ①无损伤性,不破坏样品的结构和性质; ②可在一定的温度和缓冲范围内进行生理条件或接近生理条件的实验; ③与外界特定干预相结合,研究动态系统中机体化学交换、运动等代谢产物的变化规律; ④实验方法灵活多样。但仪器价格及维护费用昂贵限制了该技术的进一步普及。 质谱技术是将离子化的原子、分子或是分子碎片按质量或是质荷比(m/e)大小顺序排列成图谱,并在此基础上,进行各种无机物、有机物的定性或定量分析。新的离子化技术则使质谱技术的灵敏度和准确度均有很大程度的提高。NMR技术与MS技术相比,各有其优缺点,需要在研究中灵活选用。总体而言,NMR技术应用的更为广泛。此外,根据代谢组学的研究需要,还常用于其他的一些分析技术,如气相色谱(GC) ,高效液相色谱仪(HPLC) ,高效毛细管电泳(HPCE)等。它们往往与NMR或MS技术联用,进一步增加其灵敏性。但不容忽视的是,随着分析手段更新,敏感性及分辨率提高,“假阳性”的概率也就越大,可能是仪器技术方法固有的,亦或是数据分析过程中产生的。 后期代谢组学研究的后期需借助于生物信息学平台。它往往借助于一定的软件,联合多种数据分析技术,将多维、分散的数据进行总结、分类及判别分析,发现数据间的定性、定量关系,解读数据中蕴藏的生物学意义,阐述其与机体代谢的关系。如果说分析技术在我们面前打开了“一扇门”,正确的数据分析方法和模型建立便是“找到宝藏”的钥匙。 主成分分析法( PCA) 是最常用的分析方法。其将分散于一组变量上的信息集中于几个综合指标(PC)上,如糖代谢、脂质代谢、氨基酸代谢等,利用主成分描述机体代谢的变化情况,发挥了降维分析的作用,避免淹没于大量数据中。其他的模式识别技术,如聚类分析、辨别式功能分析、最小二乘法投影法等在代谢组学研究中亦有其重要的地位。 现实情况下,代谢组学的数据更为复杂,特别是NMR对病理生理过程的研究,将代谢物的表达谱与时间相联系,分析时更加困难,需要借助复杂的模型或是专家系统进行分析(在应用

药用植物代谢组学的研究进展

药用植物代谢组学的研究进展 【摘要】从技术步骤、分析方法以及实际应用三个方面对当前药用植物代谢组学研究领域的一些理论问题和实践中面临的挑战进行综述。 【关键词】药用植物;代谢组学;功能基因组学 代谢组学是对生物体内代谢物进行大规模分析的一项技术[1],它是系统生物学的重要组成部分(如图1所示),药用植物代谢组学主要研究外界因素变化对植物所造成的影响,如气候变化、营养胁迫、生物胁迫,以及基因的突变和重组等引起的微小变化,是物种表型分析最强有力的工具之一。在现代中药研究中,代谢组学在药物有效性和安全性、中药资源和质量控制研究等方面具有重要理论意义和应用价值。另外,在对模式植物突变体文库或转基因文库进行分析之前,代谢组学往往是首先考虑采用的研究方法之一。目前,国外已有成功利用代谢组学技术对拟南芥突变株进行大规模基因筛选的例子,这为与重要性状相关基因功能的阐明和选育可供商业化利用的转基因作物奠定了基础 目前,还有许多经济作物的全基因组测序计划尚未完成,由于代谢组学研究并不要求对基因组信息的了解,所以在与这些作物有关的研究领域具有更大的利用价值,这也是其与转录组学和蛋白组学研究相比的优势之一。代谢组学研究涉及与生物技术、分析化学、有机化学、化学计量学和信息学相关的大量知识,Fiehn[2]对代谢组学有关的研究方向进行了分类(见表1)。 1代谢组学研究的技术步骤 代谢组学研究涉及的技术步骤主要包括植物栽培、样本制备、衍生化、分离纯化和数据分析5个方面(见图2)。 1.1植物栽培 对研究对象进行培育的目的是为了对样本的稳定性进行控制,相对于微生物和动物而言,植物的人工栽培需要考 表1代谢组学的分类及定义略 虑更多的问题,如中药材在不同年龄、不同发育阶段、不同部位以及光照、水肥、耕作等环境因素的微小差异都可引起生理状态的变化,而这些非可控及可控双重因素的影响很难进行精确的控制,从而影响药用植物代谢组研究的重复性。为了解决以上问题,推荐使用大容量的培养箱[3],定时更换培养箱中栽培对象的位置,以及使用无土栽培技术等,Fukusaki E[4]利用无土栽培系统将水和养分直接引入植物根部,并且对供给量进行精确地控制,大大提高了实验的重复性。 1.2样本制备 为了获得稳定的实验结果,样本制备需要考虑样本的生长、取样的时间和地点、取样量以及样本的处理方法等问题,并根据分析对象的分子结构、溶解性、极性等理化性质及其相对含量大小对提取和分离的方法进行选择,逐一优化试验方案。Maharjan RP等[5]用6种方法分别对大肠杆菌中代谢产物进行提取,发现用-40℃甲醇进行提取的效果最好。现阶段代谢组学的分析对象主要集中在亲水性小分子,尤其是初级代谢产物,气相色谱 质谱联用(GC MS)和毛细管电泳 质谱(CE MS)联用都是分析亲水小分子的重要技术。Fiehn O等[6]使用GC MS 对拟南芥叶片中的亲水小分子进行了分析,发现酒石酸半缩醛、柠苹酸、别苏氨酸、羟基乙酸等15种植物代谢物。 1.3衍生化处理 对目标代谢产物的衍生化处理取决于所使用的分析设备,GC MS系统只适

浅析代谢组学技术在中药研究中的应用

浅析代谢组学技术在中药研究中的应用 摘要:人类对复杂生命体的认识循着从器官/组织、细胞到基因的方式,现在又回到了以整体性研究为特点的系统生物学(system Biology)的时代,其鲜明的特征是各种“组学”(-omics)研究的繁荣。代谢组学(metabonomics)是继基因组学(genomics)、转录组学(transcriptomics)和蛋白质组学(proteomics)后新兴的一种组学方法,是系统生物学的重要组成部分,由Nicholson于1999年首次提出。代谢组学研究的核心思想在于利用现代分析技术定量测定生物体液(如尿液、血浆、组织提取液等)中的内源性代谢产物,考察生物体在不同状态下(生理病理状态、给药前后等)其代谢产物的变化,通过代谢物图的整体分析直接认识生理病理及生化状态,结合化学信息学分析方法确定内源性小分子代谢物成分的变化模式,获得相应的生物标记物群(biomarkers),表征或揭示生物体在特定时间、环境下整体的功能状态[1,2]。其后又出现了针对植物的代谢组学研究(metabolomics)。如今代谢组学已在药物毒性及安全性评价、疑难疾病诊断、新药研发及药物作用机制研究等生命科学的多个领域展示了广阔的应用前景[4,5]。 关键词:代谢组学技术;中药研究;应用 完整的代谢组学分析流程应包括样品的采集、预处理、仪器分析与鉴定、数据分析及生物标记物意义解读,最终认识机体生化反应机理和生命现象。主要研究手段包括核磁共振谱(NMR)、气相色谱-质谱和液相色谱-质谱等各种高通量、高分辨、高灵敏度的谱学技术,特别是 以其灵敏度高、分析速度快、样品无需衍生化等优点,受到众多研究者的关注。主成分分析(PCA) 及偏最小二乘法判别分析等多元模式识别方法 是代谢组学常用的数据降维和信息挖掘方法。 中药“多组分、多靶点、整合调节作用”的特点及中医药理论的“整体观、动态观、辨证观”与代谢组学整体性、系统性、综合性相吻合。因此,以代谢组学为主体的系统生物学研究方法可能是现代科学中可以概括中医药抽象整体观 思想的重要途径。作者遴选了近年来国内外学者在中药代谢组学研究领域颇具代表性的论文作一综述,希望能够为读者提供一定参考。 1 代谢组学技术在现代中药研究中的应用 代谢组学与中医证候模型的研究 辨证论治是中医药的特色与精华,“证”是机体在疾病发展过程中某一阶段的病理概括。建立中医“证”动物模型是开展符合中医药理论药效评价的重要

代谢组学的发展与药物研究开发

专 论代谢组学的发展与药物研究开发X 刘昌孝 (天津药物研究院,天津药代动力学与药效动力学省部共建国家重点实验室,天津 300193) 摘 要 代谢组学是近年来新发展起来的一门组学,其主要研究体系有生物体液、生物组织及单个细胞的代谢组,利 用一些现代的分析技术,如N M R、L C-M S、G C-M S等,取得整个研究体系的多维数据后,利用模式识别和专家系统技术寻 找其中的系统生物学信息。本文从代谢组学的发展,代谢组学的研究范围和研究方法,以及在药物的作用机制和安全性评 价,疾病模型,特别是中药研究的应用等方面予以阐述。 关键词 代谢组学,药物研究开发,作用机制,安全性评价,中药现代研究,疾病诊断 中图分类号:R969 文献标识码:A 文章编号:1006-5687(2005)02-0001-06 Development of metabonomics and drug research and development Liu Chang xiao T ianjin K ey L abor ato ry of P harmaco kinetics and phar macodynamics,T ianjin I nstitute of Phar maceutical R esea rch,T ian-jin,300193 Abstract M etabo no mics is a new"-omics"science developed in r ecent year s.Its major r esearch objects co ver bio-fluid, bio-tissue and metabolome of sing le cell.M odern a nalyt ical techno lo gies such as N M R,L C-M S and G C-M S are used to obtain multi-dim ensio nal data fo r the w hole resear ch sy st em,then pat tern r eco gnit ion and ex pert sy stems are emplo yed to ext ract systemat ic bioinfo rmat ion.In this r eview,the development of met abo nomics,r esearch field,resear ch metho ds and applicatio ns fo r mechanism o f drug action,dr ug to xicity screening,clinical safety and disease diag no sis,specifically in tr aditio na l Chinese medicines ar e intr oduced. Key words M etabonomics,dr ug r esearch and development,m echanism o f dr ug action,dr ug to xicity,tr aditio nal Chinese medicine,disease diagnosis 1 代谢组学研究的形成和发展 基因组(g enome)是指某一生物的所有DNA;基因组学是一门研究生物的整个基因组的科学。转录物组(transcriptome)是指某一生物或细胞所有基因表达的RN A;转录物组学是一门对某一生物或细胞所有基因表达的RNA(如mRNA)进行全面分析的科学。蛋白质组(pro teom e)是指某一生物或细胞在各种不同环境条件下表达的所有蛋白质;蛋白质组学是一门对某一生物或细胞在各种不同环境条件下表达的所有蛋白质进行定性和定量分析的科学。转录组学和蛋白质组学是分别在基因的转录和转录后的蛋白质翻译与修饰两个水平上,研究基因的功能。代谢组学相对于其它组学而言还是一门较新的组学,不过已经显示了其在药物发现过程中的巨大潜力,它可以在药物发现过程的前期就能识别药物的毒性,避免了药物发现过程中的损耗。代谢组学研究有希望成为新药发现与研发过程的一个必需部分[1]。代谢组学作为一门新发展的技术,它是通过考察生物体系受刺激或扰动后(如将某个特定的基因变异或环境变化后)其代谢产物的变化或其随时间的变化,来研究生物体系的代谢途径的一种技术[2]。最初人们提出了代谢物组(m etabo lome)的概念,严格地说,代谢物组应该是指某一生物或细胞所有的代谢产物(m etabolite)。在实际工作中,由于分析手段的局限性,更多的人倾向于把代谢物组局限于某一生物或细胞中所有的低分子量代谢产物。与基因组学、转录组学和蛋白质组学相对应,即代谢物组学是一门对某一生物或细胞所有低分子量代谢产物进行定性和定量分析,以监测活细胞中化学变化的科学。 在人们逐步的研究过程中,提出了一些相关概念,如代谢物靶目标分析(m etabo lite target analysis),代谢轮廓(谱)分析(m etabolic profiling analy sis),代谢组学(metabo no mics)或代谢物组学(m etabo lomics), 1 X收稿日期:2005-04-01 作者简介:刘昌孝,男(1942-),中国工程院院士,研究员,教授,博士生导师,主要从事药理学和药物代谢动力学的研究。现任天津药代动力学与药效动力学部省共建国家实验室主任,国家医药管理局天津药代动力学与临床药理学研究室主任等职。承担国家重大研究项目25项,领导完成100余个新药的药代动力学研究,获得27项科技成果奖,在国内外发表论文200多篇,中英文版专著12部。

中药代谢组学研究中生物样品前处理方法

中药代谢组学研究中生物样品前处理方 法 (作者:_________ 单位:___________ 邮编:___________ ) 作者:邹忠杰,梁生旺,袁经权,龚梦鹃 【摘要】总结中药代谢组学研究中生物样品(尿液、血液)的前处理 方法,主要包括:尿液中加入缓冲液提供相同的pH值和离子强度, 保持代谢物化学位移的恒定。利用有机溶剂沉淀法除去血液中的大分子物质,增加色谱柱的性能和使用寿命。血液和尿液样品在进行GC'MS分析前要进行衍生化处理。同时,对尿液和血液的采集与储存方法进行了总结。 【关键词】中药;代谢组学;样品前处理 Abstract: In order to reduce the chemical shift variati on ,the pH and the con siste ncy of io nic stre ngth were con trolled by add ing buffer to uri ne samples. In an alysis of blood,efficie nt removal of macromolecules such as protei ns by orga nic solve nt precipitatio n before injectio n in to an analytical LC column was important in enhancing the performanee and extending column lifetime. Sample derivatization of blood

sample and urine sample before GC:MSanalysis was needed. And methods of collecti on and storage of urine and blood samples were also reviewed. Key words:traditional Chinese medicine; metabonomics; pretreatme nt 代谢组学(metabonomics)是继基因组学、转录组学和蛋白质组学后新兴的一种组学方法,是系统生物学的重要组成部分。中药“多组分、多靶点、整合调节作用”的特点与代谢组学整体性、系统性、综合性相吻合。因此,以代谢组学为主体的系统生物学研究方法可能是现代科学中可以概括中医药抽象整体观思想的重要途径。王广基等对 代谢组学技术在中医药关键科学问题研究中的应用前景进行了分析[1]。作者综述了代谢组学技术在中药整体疗效、作用机制及安全性等研究中的应用[2]。 代谢组学研究中的分析手段主要包括核磁共振谱(NMR)气相色谱拟质谱(GC以MS和液相色谱拟质谱(LC拟MS)等各种高通量、高分辨、高灵敏度的谱学技术[3]。NMR由于其具有很高的重现性、一次实验中实现对各种化合物的同时测定、信号强度与其摩尔浓度成正比,可以很容易进行定量分析、借助各种2D A N MR技术可以在对复杂样品不进行进一步分离的前提下实现结构鉴定等诸多优点而被广泛应用[4]。高分辨魔角旋转核磁共振技术(high拟resolution magic拟angle拟spinning NMF^pectroscopy)可以使研究者不经过提取等繁琐的步骤直接对完整的组织进行测定[5]。L C):MS特

中药现代化的必要性

中药现代化的必要性 姓名:刘曙辉学号:5801308021 摘要:中华民族五千年的悠久历史,我们的优秀文化数不胜数,中医中药作为我国的医药博大精深的理论流传到今天仍然深受人们认可,常年作为国人看 病就医的首选,它的发展也代表了中国文化精粹的传承和发扬。在工业化、信息化的当今社会,中药的现代化发展也是势在必行。 关键词:中药现代化势在必行 具有五千年历史的中医药,是中华民族优秀传统文化的重要组成部分。中药因其源自天然,毒副作用小,而具有保健、预防、治疗、康复等综合作用。近年来,人们崇尚自然、“回归自然”潮流兴起传统天然药物日益展现出巨大的开发潜力和产业前景,已成为世界医药产业的重要发展方向之一。 一、什么是中药现代化 将中药的使用从粗放型向规范化转变,与现代药学技术相接轨,这个说法说要比中药现代化更准确一些。 中医药现代化必须走系统医学的道路。也就是说,必须彻底摆脱西医的理论、方法和手段,用系统的方法来研究中医,在系统论指导下的医学研究,才是中医现代化的正确道路。中医现代化走中西方思维方式互补之路。在人类认识世界的历史进程中,形成两种思维方式:一种是西方人惯用的对象性思维方式。即将整个世界(包括人自身在内)作为一种外在的对象进行研究,将认识的主体与客体截然分开,相互对立(即主体和客体呈二元性)。 简单地说,就是从传统中药发展提高到现代化中药;具体地说,中药现代化来源于传统中药的经验和临床,依靠现代先进科学技术手段,遵守严格的规范标准,研究出优质、高效、安全、稳定、质量可控、服用方便,并具有现代剂型的新一代中药,符合并达到国际主流市场标准,可在国际上广泛流通。这个过程,就是中药现代化。其具体内容包括:中药理论现代化、中药质量标准和规范的现代化、中药生产技术的现代化、中药文化传播的现代化和提高中药产品国际市场份额。

代谢组学综述

代谢组学综述 摘要:代谢组学是20世纪90年代中期发展起来的对某一生物或细胞所有低相对分子质量代谢产物进行定性和定量分析的一门新学科,由于其广泛的应用前景,目前已成为系统生物学的重要组成部分。现简要介绍了代谢组学的含义、代谢组学研究的历史沿革、当前代谢组学研究中的分析技术、数据解析方法,综述了代谢组学在药物毒理学研究、疾病诊断、植物和中药等领域的应用情况,并对当前代谢组学研究中存在的问题及发展趋势进行探讨。 关键词:代谢组学研究技术 随着人类基因组计划等重大科学项目的实施,基因组学、转录组学及蛋白质组学在研究人类生命科学的过程中发挥了重要的作用, 与此同时, 代谢组学(metabolomics)在20世纪90年代中期产生并迅速地发展起来, 与基因组学、转录组学、蛋白质组学共同组成系统生物学。基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等各种组学0在生命科学领域中发挥了重要的作用, 它们分别从调控生命过程的不同层面进行研究, 使人们能够从分子水平研究生命现象, 探讨生命的本质, 逐步系统地认识生命发展的规律。这些组学手段加上生物信息学, 成为系统生物学的重要组成部分。 代谢组学的出现和发展是必要的, 同时也是必须的。对于基因组学和蛋白质组学在生命科学研究中的缺点和不足, 代谢组学正好可以进行弥补。代谢组学研究的是生命个体对外源性物质(药物或毒物)的刺激、环境变化或遗传修饰所做出的所有代谢应答, 并且检测这种应答的全貌及其动态变化。代谢组学方法为生命科学的发展提供了有力的现代化实验技术手段, 同时也为新药临床前安全性评价与实践提供了新的技术支持与保障。 1 代谢组学的概念及发展 代谢组学最初是由英国帝国理工大学Jeremy N icholson教授提出的, 他认为代谢组学是将人体作为一个完整的系统, 机体的生理病理过程作为一个动态的系统来研究, 并且将代谢组学定义为生物体对病理生理或基因修饰等刺激产生的代谢物质动态应答的定量测定。2000年, 德国马普所的Fiehn等提出了代谢组学的概念, 但是与N icholson提出的代谢组学不同, 他是将代谢组学定位为一个静态的过程, 也可以称为/代谢物组学, 即对限定条件下的特定生物样品中所有代

代谢组学的定义(1)

代谢组学的定义 代谢组学(metabolomics/metabonomics)[1, 2]是上世纪90 年代中期发展起来的一门新学科,它是研究生物体系受外部刺激所产生的所有代谢产物变化的科学,所关注的是代谢循环中分子量小于1000 的小分子代谢物的变化,反映的是外界刺激或遗传修饰的细胞或组织的代谢应答变化。代谢组学的概念来源于最初人们提出的“代谢物组”(metabolome),即指某一生物或细胞所有代谢产物,后来发展为代谢组学的概念。其最主要的特征是通过高通量的实验和大规模的计算,从系统生物学的角度出发,全面地综合地考察机体的代谢变化。作为一种崭新的方法学,代谢组学已成为国际上疾病与健康研究的一个重要热点。 Nicholson 研究小组于1999 年提出了metabonomics 的概念[1],并在疾病诊断、药物筛选等方面做了大量的卓有成效的工作[3, 4]。Fiehn 等[5]提出了metabolomics 的概念,第一次把代谢产物和生物基因的功能联系起来。之后很多植物化学家开展植物代谢组学的研究,使代谢组学得到了极大的发展,形成了当前代谢组学的两大主流领域:metabolomics 和metabonomics。前者是对生物系统整体的、动态的认识(不仅关心代谢物质的整体也关注其动态变化规律),而后者强调分析且是个静态的认识概念,因此可以认为metabolomics 是metabonomics 的一个组成部分。代谢组学经过不断的发展,一些相关层次的定义已被学术界广泛接受。第一个层次为靶标分析,目标是定量分析一个靶蛋白的底物和/或产物;第二个层次为代谢轮廓分析,采用针对性的分析技术,对特定代谢过程中的结构或性质相关的预设代谢物系列进行定量测定;第三个层次为代谢指纹,定性或半定量分析细胞内外全部代谢物;第四个层次为代谢组分析,定量分析一个生物系统全部代谢物,其目前还难以实现。 目前,代谢组学已在药物毒性和机理研究[6-7]、微生物和植物研究[8,9]、疾病诊断和动物模型[10, 11]、基因功能的阐明[12]等领域获得了较广泛的应用,在中药成分的安全性评估[13]、药物代谢分析[14]、毒性基因组学[15]、营养基因组[16]、药理代谢组学[17-19]、整合药物代谢和系统毒理学[20, 21]等方面也取得了新的突破和进展代谢组学的具体研究方法是:运用核磁共振(NMR)、质谱(MS)、气质联用(GC-MS)、高效液相色谱(HPLC)等高通量、高灵敏度与高精确度的现代分析技术,通过对细胞提取物、组织提取物、生物体液(血浆、血清、尿液、胆汁、脑脊液等)和完整的脏器组织等随时间变化的代谢物浓度进行检测,结合有效的模式识别方法进行定性、定量和分类,并将这些代谢信息与生理病理过程中的生物学事件关联起来,从而了解机体生命活动的代谢过程[22]。 基于核磁共振的代谢组学 作为众多化学分析方法中的一种,NMR 在代谢组学的研究中起着非常重要的作用。首先,NMR 分析生物体液或活体组织等复杂样品时,预处理过程简单,测试手段丰富,包括液体高分辨NMR、高分辨魔角旋转(HRMAS) NMR 和活体磁共振定域谱(MRS),因此能够在最接近生理状态的条件下对不同类型的样品进行检测。其次,NMR 是一种无创性的多参数动态分析技术,同时具有定性分析和定量分析的能力;NMR 谱本身携带有丰富的分子结构和动力学信息,通过扫描生物样品可以得到其所有含NMR 可观测核的、且含量在NMR 检测限上的代谢物的特征NMR 谱。再次,NMR 检测可以在很短的时间内完成(一般5 ~ 10 分钟),这对于实现高通量样品检测,并保证样品在检测期内维持原有生化性质至关重要。此外,低温探头、自动进样技术的出现和日趋完善,也使检测灵敏度和速度不断提高。最

代谢组学在中药药理研究中的应用

【摘要】笔者结合多年的工作经验,针对代谢组学在中药药理研究中的应用进行研究讨论,具体介绍了这种组学方法的特点,并得出以下相关结论,以供参考。 【关键词】代谢组学;中药药理;研究应用 0.引言 代谢组学当今一种全新的生物系统研究方法,其主要是对生物体系中的数量、代谢物质种类等进行研究分析。这种中医学方法在我国中药药理研究中得到了十分广泛的应用。通过采用先进的检测技术,以及相关专业的计算方法,以此来判断中药体内代谢组的变化规律,从而对中药的疗效和安全性进行评价。因此,本文针对代谢组学在中药药理研究中的应用进行探讨阐释,从而总结出一些自身的看法与观点。 1.在中药药效物质基础研究中的应用 随着药学技术的不断进步与发展,相关的组学方法也取得了较大的完善与改革。而代谢组学正是在这一发展过程中所累积的产物。自从其被提出以来,受到了我国中药医学界的高度关注,并对其进行了实质性的科研研究,尤其是在对中药药效物质基础方面,很多医学学者进行了深入的探索,并得到了十分显著的成果。在早期的医学研究过程中,已经有部分学者利用代谢组学法,以及先进的分析仪器来对黄芩苷体进行了实验研究,从中发现了三种不同的代谢产物,这就说明这三种化学结构在分解吸收后分别形成了代谢物质,而黄芩甘体则是代谢产物中的主体结构,从而共同组成了该中药的药效物质。 在对钩藤多动合剂的生物化学机制研究中,发现了具有疗效的生物标志物,并证明这种药物是通过调节单胺类神经递质的失衡而发挥作用。有学者对肾虚证的大鼠给予淫羊藿治疗,运用超高效液相色谱质谱结合主成分分析的方法研究发现淫羊藿苷和朝藿定可能为淫羊藿的主要药效物质基础。一些实验结果表明,尖萼耧斗菜的作用靶标与其他9种常用抗菌素一样都是作用于蛋白质的合成,发挥抗菌作用的主要活性物质可能是木兰碱。还有学者实验比较了款冬的花蕾和叶轴水提液对氨诱导的小鼠咳嗽的药效,通过对代谢物的lh―nmr光谱和多远数据分析发现,款冬花蕾的止咳和化痰功效可能与其高浓度的绿原酸、3,5咖啡酰奎宁酸及芸香苷相关。 2.在中药及中药复方作用机制研究中的应用 通常情况下,对于一些药效成分复杂的中药复方进行研究时,代谢组学方法反而能发挥更好的研究作用。因此,针对这一问题,我国某个药学学者就进行了相关的实验研究,通过利用先进的快速液相色谱串联离子阱飞行时间质谱技术对研究物的血液代谢物进行探索研究,从中发现研究物中的胆固醇代谢、氨基酸代谢、等代谢发生了较大的变化。 运用代谢组学的方法结合气相色谱一质谱(gc―ms)的检测手段探讨了下淤血汤对cc1诱导的肝纤维化大鼠的治疗作用机理,通过主成分分析(pca)、最小偏二乘法(pls-da)等模式识别方法,证明了cc1所致的代谢紊乱在下淤血汤的干预下得到恢复,鉴定了10个与调节能量代谢、微生物菌群、氨基酸及脂肪酸代谢相关的生物标志物。下淤血汤的作用机理可能包括这些过程。另外,对心气不足证的代谢组学特征和温心方对其治疗作用进行了实验研究,采用uplc―ms联用技术、多变量分析和数据库检索等方法,鉴定出了17个生物标志物,通路分析提示心气不足证的糖酵解、糖异生代谢,不饱和脂肪酸、脂肪酸及嘌呤的生物合成代谢网络被严重扰乱,而温心方通过调节多个通路紊乱至正常水平而具有潜在的药理作用。运用代谢组学方法对逍遥散抗抑郁的作用机制进行了实验研究,以核磁共振(nmr)结合多变量分析的方法对血浆代谢物组进行鉴定和分析,发现了11个潜在的生物标志物,且与对照组比较抑郁治疗组的氧化三甲胺、丙氨酸、羟基丁酸、缬氨酸、亮氨酸/异亮氨酸、低密度/极低密度脂蛋白和脂肪含量降低,卵磷脂、高密度脂蛋白、胆碱。 3.在中药安全性和毒性研究中的应用

药物代谢动力学

药物代谢动力学(pharmacokinetics)简称药代动学或药动学,主要是定量研究药物在生物体内的过程(吸收、分布、代谢和排泄),并运用数学原理和方法阐述药物在机体内的动态规律的一门学科。确定药物的给药剂量和间隔时间的依据,是该药在它的作用部位能否达到安全有效的浓度。药物在作用部位的浓度受药物体内过程的影响而动态变化。在创新药物研制过程中,药物代谢动力学研究与药效学研究、毒理学研究处于同等重要的地位,已成为药物临床前研究和临床研究的重要组成部分。包括药物消除动力学:一级消除动力学(单位时间内消除的药量与血浆药物浓度成正比,又叫恒比消除)和零级消除动力学(单位时间内体内药物按照恒定的量消除,又叫恒量消除) 药物代谢动力学的重要参数: 1、药物清除半衰期(half life,t1/2),是血浆药物浓度下降一半所需要的时间。其长短可反映体内药物消除速度。 2、清除率(clearance,CL),是机体清除器官在单位时间内清除药物的血浆容积,即单位时间内有多少体积的血浆中所含药物被机体清除。使体内肝脏、肾脏和其他所有消除器官清除药物的总和。 3、表观分布容积(apparent volume of distribution,V d),是指当血浆和组织内药物分布达到平衡后,体内药物按此时的血浆药物浓度在体内分布时所需的体液容积。 4、生物利用度(bioavailability,F),即药物经血管外途径给药后吸收进入全身血液循环药物的相对量。可分为绝对生物利用度和相对生物利用度。 体内过程 即药物被吸收进入机体到最后被机体排出的全部历程,包括吸收、分布、代谢和排泄等过程。其中吸收、分布和排泄属物理变化称为转运。代谢属于化学变化亦称转化。机体对药物作用的过程,表现为体内药物浓度随时间变化的规律。药物动力学是研究药物体内过程规律,特别是研究血药浓度随时间而变化的规律。 1.吸收(absorption) 药物从给药部位进入血液循环的过程称为吸收。影响吸收的因素主要有: 1、给药途径:吸收速度:吸入>舌下>肌注>皮下>直肠>口服>皮肤。 2、药物性质: (1)脂溶性:脂溶性越大,吸收越快; (2)水溶性:易溶于水的药物易吸收; (3)离解度:不解离部分脂溶性较大,易吸收;而解离部分,由于带有极性,脂溶性低,难以吸收。。 口服药物被吸收进入体循环的比率,即给药量与吸收量的比率称为生物利用度(或生物可用度)。 2.分布(distribution) 药物吸收后从血液循环到达机体各个器官和组织的过程称为分布。 影响药物分布的主要因素有: 1、药物的性质:脂溶性大分布到组织器官的速度快。 2、药物与组织的亲和力:有些药物对某些组织器官有特殊的亲和力。药物对组织器官的亲和力与疗效及不良反应有关。

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