MPI安装

《并行算法与编程》课程

----MPI安装报告

一、安装环境

1、计算机：Win7，32位操作系统；

2、C的运行平台：Microsoft Visual Studio

3、MPI安装包：mpich2-1.4.1p1-win-ia32.msi 即下图：

二、安装过程文件夹下。安装在我将MPIC:\Program Files\MPICH2 具体安装过程如下：、安装1

2、验证安装是否正确完成：

（1）查看C:\Program Files\MPICH2目录是否存在'.

（2）查看“任务管理器”中的“进程”选项卡，查看是否有一个mpd.exe 进程。

3、注册：

这里要注意：用户名和密码必须是有管理员权限的密码，否则在运行该软件的时候将会出错。且用户名必须是计算机的真实用户名，而不是修改过的。

4、以管理员身份启动命令名提示符：

5、配置：

运行C:\Program Files\MPICH2\bin目录下的wmpiconfig

三、在C语言上编写并运行MPI程序：

以我电脑上安装的Visual studio 2010为例说明1、新建一个空项目

2、添加C++资源文件

MPI编程环境配置与示例

目录一、系统安装 (1) 1、下载地址 (1) 2、安装步骤 (1) 3、Visual Stdio设置 (1) 二、实验程序 (2) 1、简单得MPI编程示例 (2) 2、消息传递MPI编程示例1 (3) 3、消息传递MPI编程示例2 (4) 4、Monte Carlo方法计算圆周率 (6) 5、计算积分 (8) 三、心得体会 (9) 一.系统安装 1.下载地址 FTP匿名登陆，在pub/mpi/nt文件夹中 2.安装步骤 1)在安装有MPI得计算机上要建立一个有管理员权限得账户，不可以没有密码； 2)双击exe文件，按默认设置安装MPI； 3)注册MPI账户，调用MPIRegister、exe，用户名与密码即为第一步中得账户。 3.Visual Stdio设置为避免每新建一个项目都要设置一次，可以对它进行通用设置。打开视图-其她窗口-属性管理器，点击Debug|Win32目录下得Microsoft、Cpp、Win32、user，在VC++目录下得包含目录中添加MPICH得Include路径，库目录中添加MPICH得Lib路径；在链接器-输入目录下得附加依赖项中添加mpich、lib、mpe、lib、mped、lib、mpichd、lib。

二.实验程序 1.简单得MPI编程示例 1)源代码 #include #include int main(int argc, char* argv[]) { int num, rk;

MPI_Init(&argc, &argv); MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &num); MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rk); printf("Hello world from Process %d of %d\n", rk, num); MPI_Finalize(); return 0; } 2)运行截图 2.消息传递MPI编程示例1 1)源代码 #include #include int main(int argc, char** argv) { int myid, numprocs,source; MPI_Status status; char messages[100]; MPI_Init(&argc, &argv); MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &numprocs); MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &myid); if (myid != 0)

MPI安装与运行报告

MPI 安装于运行报告本机运行环境：机器型号：联想G450 处理器：Pentium（R）Dual-Core CPU T4200 @ 2.00GHz 运行内存（RAM）：2GB 操作系统：Windows 7（32 位）程序开发环境：Visual Studio 2008 MPI 版本： mpich2-1.3.2p1-win-ia32 安装程序详细安装步骤： 1、运行mpich2-1.3.2p1-win-ia32.msi。安装过程中，会要求设置一个passphrase我的机器上默认的passphrase是beHappy,很有意思的密码。设置这个东西很重要，一定要记住；下面会说到为什么。 2、安装完之后,不知道下一步怎么进行了。打开刚才安装的MPICH2 的快捷方式目录，发现了一个README文件。打开之后，发现了MPICH2的使用方法介绍,于是按照其中的指示,我进行了第一个MPI 并行程序的编写。我使用的是VC++2008首先创建一个新的工程，取名为MPITes。添加MPI 库的支持：按照README中的指导，应该首先将MPI的头文件目录包含到项目中去。结果在项目属性中找了半天，也没有找到添加头文件目录的位置，只找到了包含库文件的位置，我安装MPICH2的目录为D:\Program Files\MPICH2将MPICH2的库文件添加到如下面图1所示的位置即可。最后才反应过来，这个工程还是空的，没有任何文件，可能跟这个有关系吧。于是，马上新建了一个Cpp文件main.cpp，将老师PPT中的例子程序拷贝进去。

图1 果然，新建了这个cpp文件之后，项目属性中多出了C/C++这样一项, 于是，就可以在其中设置包含文件的目录了，相应的配置如下面图2所示图2 设置好这些文件之后，编译程序，结果在连接的时候报错，类似于 main.obj : error LNK2019:无法解析的外部符号_MPI_Finalize,该符号在函数_main中被引用”这样的错误出现了六个。再看READM文档，发现了这样? 句话：

MPI环境搭建

MPI 并行环境的搭建 1、在计算机中，安装两个CentOS系统 2、[root@node1 etc]# ifconfig #查看ip 192.168.241.128 [root@node2 etc]# ifconfig 192.168.241.129 3、互ping [root@node1 etc]# ping 192.168.241.129 #测试网络是否联通 [root@node2 etc]# ping 192.168.241.128 4、修改/etc/hosts文件，在节点设置节点名称 192.168.241.128 node1 192.168.241.129 node2 [root@node1 etc]# source /etc/hosts [root@node2 etc]# source /etc/hosts 5、各个节点是否互通 [root@node1 etc]# ping node2 #测试主机名修改是否成功 [root@node2 etc]# ping node1 6、关闭iptables防火墙 [root@node1 etc]# serviceiptables stop [root@node2 etc]# serviceiptables stop

在各个节点设置iptables 防火墙开机关闭 [root@node1 usr]# chkconfigiptables off #设置iptables开机关闭 [root@node2 usr]# chkconfigiptables off #设置iptables开机关闭7、在各个节点创建共享目录 [root@node1 etc]#mkdir /usr/cluster [root@node2 etc]#mkdir /usr/cluster 在node1上修改/usr/cluster为777 [root@node1 etc]#chmod –R 777 /usr/cluster 8、挂在nfs文件系统 /etc/exports文件配置在node1(主节点)节点配置 [root@node1 etc]# vi /etc/exports usr/cluster 192.168.241.128(rw) /usr/cluster 192.168.241.129(rw) 启动nfs服务在node1节点执行 [root@node1 usr]# yum install nfs-utilsrpcbind #安装nfs [root@node1 usr]# service rpcbind start #启动rpc [root@node1 usr]# service nfs start #启动nfs服务 [root@node1 usr]# chkconfigrpcbind on #设置rpcbind开机启动[root@node1 usr]# chkconfignfs on #设置nfs开机启动在node2节点执行

关于vc++6.0安装配置MPI

关于在vc++6.0中安装配置MPI 1、下载安装MPICH，安装过程中最好把密码设置为自己的开机密码关于安装完成后设置对MPICH2的wmpiregister.exe 设置用户名密码，是计算机名和开机密码可以来个简单的测试，打开wmpirexec.exe 在application中添加Program Files (x86)\MPICH2\examples中例子，选中“run in an separate window”然后点击execute…(如果有问题，有可能是wmpiregister.exe用户名设置的问题) 现在设置vc++6.0------------------------------------------------------------------ 2、打开vc++6.0 在（工具-选项-目录）把mpich相对应的include和lib添加到include files/library files

3、新建一个工程，可以写mpitest.cpp，为了避免宏定义冲突，在#include”mpi.h”之前要加入#include MPICH_SKIP_MPICXX(这样就可以通过编译) 4、编译通过了，但是链接仍然会出错继续设置（在工程—>设置->链接中的对象/库模板块后加入mpi.lib）上图这样就可以通过链接了(每次建工程都要加入mpi.lib的操作)

再贴一个简单的例子吧 #define MPICH_SKIP_MPICXX #include "mpi.h" #include #include double f(double); double f(double a) { return (4.0 / (1.0 + a*a)); } int main(int argc,char *argv[]) { int done = 0, n, myid, numprocs, i; double PI25DT = 3.141592653589793238462643; double mypi, pi, h, sum, x; double startwtime = 0.0, endwtime; int namelen; char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME]; MPI_Init(&argc,&argv); MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&numprocs); MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&myid); MPI_Get_processor_name(processor_name,&namelen); /* fprintf(stdout,"Process %d of %d is on %s\n", myid, numprocs, processor_name); fflush(stdout); */ while (!done) { if (myid == 0) { fprintf(stdout, "Enter the number of intervals: (0 quits) "); fflush(stdout); if (scanf("%d",&n) != 1) { fprintf( stdout, "No number entered; quitting\n" ); n = 0; } startwtime = MPI_Wtime();

MPI并行计算环境的建立

MPI并行计算环境的建立一、配置前的准备工作假设机群是3个节点。 1.安装Linux(CentOS 5.2)系统，并保证每个节点的sshd服务能正常启动。笔者并没采用真实的3台机器，而是利用虚拟机(VMware Workstation6.5)在一台装有XP系统的机器上安装多个Linux系统进行模拟。注意事项：（1）因为笔者采用mpich2-1.3.2p1.tar.gz，此版本对gcc、autoconf等软件包版本要求较高，为避免出错，尽量安装最新的Linux系统。（2）在用VMware Workstation安装Linux系统时可能会遇到磁盘类型不兼容的问题，笔者采用的版本就出现了这样的问题，解决要点如下： a.启动Workstation选择创建定制的虚拟机； b.SCSI适配器类型选LSI Logic (Linux内核在2.4以下的选择BusLogic)； c.选择虚拟磁盘类型(IDE)。（3）安装VMware Workstation tools。 Linux系统启动后，选择菜单栏——虚拟机——安装VMware tools，按照提示将相应的安装包复制到你想要的目录下，执行命令： tar zxvf vmware-tools.tar.gz cd vmware-tools（进入解压目录） ./install.pl（因版本不同，名字不一定相同，读者注意，执行名字类似的即可） 2.为每个节点分配IP地址，IP地址最好连续分配，如192.168.1.2、192.168.1.3、192.168.1.4、......。（不要分配192.168.1.1） 3.配置/etc/hosts文件，该文件可以实现IP地址和机器的对应解析，所有节点的该文件均要按下面的内容修改： 192.168.1.2 node1 192.168.1.3 node2 192.168.1.4 node3

win7下vs+ivf+mpi配置

Win7/win8系统下visual studio+intel visual fortran 的安装 & windows 下mpi配置第一部分所需组件：虚拟光驱daemon tools(免费的lite版就可以)或者Ultra iso Visual studio 2012.iso 安装文件更新补丁文件patch_KB2781514.exe,没有补丁，装完Visual Studio之后点击更新程序提示进行更新也可以。 Intel visual fortran composer XE 2013 及注册.lic文件 Mpi实现（32位机和64位机选用）第二部分软件安装先安装Visual studio 2012再安装Intel visual fortran，最后安装mpich2。Visual studio 2012的安装， 1、安装虚拟光驱daemon tools 图略。 2、载入VisualStudio2012镜像

3、载入之后再磁盘窗口可以看到下图 4、点击进入，双击运行安装程序 5、接下来就是30分钟左右的等待时间（vs的确很庞大。。）

6、安装完vs2012之后，在开始菜单找到程序运行，第一次运行默认环境设置选择C++，如图

7、这时，右下角会出现更新提示，点击进行更新 8、这两个更新是比较慢的，可以省略这一步，直接安装前面提到的补丁patch_KB2781514.exe 直接双击安装，大概5分钟装完。 9、至此VS2012安装完毕，注意补丁是必须的。 IVF的安装 1、直接双击安装文件安装， 2、下一步，下一步，直到Activation,选择choose alternative activation

MPICH 的安装使用和MPI原理分析

MPICH 的安装使用和MPI原理分析MPICH的安装和使用运行mpich2-1.3.2p1-win-ia32.msi，填写passphrase，默认为behappy，选择默认路径安装。运行wmpiregister, 注册当前的管理员用户。使用建立和编译MPI程序：新建一个项目，设置项目属性，将MPICH2\lib 目录添加到C++连接的library path内，将MPICH2\include 目录添加到C++链接的Include Path内，在程序属性的链接器->命令行中添加mpi.lib，编译和生成程序。将结果exe程序拷贝到MPICH2\bin 目录下，运行mpiexec程序，在Application内添加要我们运行的exe程序。选择进程数目，然后Execute，就会显示多个进程的执行情况。 MPICH程序原理 MPI过程就好像一个几步的过程调用，通过初始化，设置进程数，运行进程，进程间发送和接受消息，结束这些步骤来完成。每个步骤都有基本函数相对应。 MPI_Init (*argc,*argv);//初始化MPI环境 MPI_Comm_size (comm,*size) ;//返回同组内进程数 MPI_Comm_rank (comm,*rank) ;//返回该进程在组内的进程号，从0开始 MPI_Send(buf,count,datatype,dest,tag,comm); //向目标进程发送buf内的count个datatype数据 MPI_Recv(buf,count,datatype,source,comm,status);//接收消息 MPI_Finalize ();//结束 MPIπ的计算程序说明 #include "mpi.h" #include #include double f(double x) { return(4.0/(1.0+x*x)); } int main (int argc,char * argv[]) { int done =0,n,myid,numprocs,i; double PI25DT=3.141592653589793238462643; double mypi,pi,h,sum,x;

mpiblacs安装

在进行mpiblacs安装前需要先安装g77 （一）参考别人的博客－－－"现在编译器变化很快，一不小心就落后于时代。过去的不少程序都是用g77编译的，在新的Ubuntu 10.10 Linux系统下，g77已经被gfortran完全替代了。然而，问题是gfortran并不能完全兼容过去的g77，完成修改程序似乎也是个不大可能的任务。。无奈，只好已业余者的身份自己摸索。" 我用的Ubuntu 10.04，可以自动安装新版gcc(但是已经没有了g77)。我是用如下方法安装g77的。 1. 在/etc/apt/source.list中最后头添加如下源(以root的身份，或用 sudo)： deb https://www.360docs.net/doc/b711706655.html,/ubuntu/ hardy universe deb-src https://www.360docs.net/doc/b711706655.html,/ubuntu/ hardy universe deb https://www.360docs.net/doc/b711706655.html,/ubuntu/ hardy-updates universe deb-src https://www.360docs.net/doc/b711706655.html,/ubuntu/ hardy-updates universe 2. 安装aptitude sudo apt-get install aptitude 3. 然后执行如下： sudo aptitude update sudo aptitude install g77 4. 现在用g77就可编译我原来的程序了。（二）BLACS安装官方参考文档：blacs_install 1．下载相关文件https://www.360docs.net/doc/b711706655.html,/blacs/Blacs.html 我的安装目录是/mpi/blacs/ 2．解压文件gunzip –c Blacs(文件名) | tar xvf – 3．在安装目录/mpi/blacs/下创建文件Bmake.inc 4．选择自给所用系统的类型，BLACS/BMAKES/中包含了针对不同系统的Bmake.in c，拷贝合适的文件到第3步创建的Bmake.inc。我的系统用的是MPI的LINUX系统，操作如下： cp BMAKES/Bmake.MPI-LINUX Bmake.inc 5．配置Bmake.inc

在windows下运行MPI配置

MPICH2的配置 Windows环境下 1．安装MPICH2，假设程序安装在C:\Program Files\MPICH2目录下 2．将MPICH2路径C:\Program Files\MPICH2\bin加入到PA TH路径下： 3．注册MPICH2，有两种方式１．窗口式：点击C:\Program Files\MPICH2\bin目录下的wmpiregister.exe, 出现如下窗口输入本地计算机的用户名和密码，点击Register，点击OK ２．命令行式，开始->运行…->输入cmd->输入mpiexec –register, 出现如下窗口

依次输入用户名和密码再确认一次，即可输入 4．打开MPICH进程管理器服务程序：控制面板->管理工具->服务，找到如下服务确认其已经打开 5．在VC项目中的程序配置 1．打开VC6，在菜单工具->options…下的Directories下添加Include files: 2．添加Library files:

3．以C项目为例，新建一个C项目MPITest，新建一C文件HelloWorld.c, 文件内容如下： #include “mpi.h” #include int main(int argc, char** argv) { MPI_Init(&argc, &argv); printf(“Hello World!\n”); MPI_Finalize(); return 0; } 4．编译与连接：在工程菜单下的Setting…下选择Link选项卡，加入库文件mpi.lib，对于C++文件，加入cxx.lib和mpi.lib文件，对于fortran文件，VC6中加入fmpich2s.lib，VC2008中加入fmpich2.lib文件

HPC安装mpi

Quick Install of Open MPI with Grid Engine
A prerequisite to this install log is a configured and validated Sun Grid Engine (SGE) installation. Read more about that at Deploying Sun Grid Engine on a Cluster.
The Open MPI Project is an open source MPI-2 implementation that is developed and maintained by a consortium of academic, research, and industry partners. Open MPI is therefore able to combine the expertise, technologies, and resources from all across the High Performance Computing community in order to build the best MPI library available. https://www.360docs.net/doc/b711706655.html,
Download and build the source rpm:
# cd /usr/global/src/ # # rpm -ihv openmpi-1.4.1-1.src.rpm # rpmbuild -bb --define 'configure_options --with-sge --with-contrib-vt-flags=--disable-iotrace' /usr/src/redhat/SPECS/openmpi-1.4.1.spec wget https://www.360docs.net/doc/b711706655.html,/software/ompi/v1.4/downloads/openmpi-1.4.1-1.src.rpm
Note that building with the "--with-sge" option enables openmpi to be gridengine-aware. Also note that the option "--with-contrib-vt-flags=--disable-iotrace" fixes the following compiler error:
vt_iowrap.c:1242: error: expected declaration specifiers or '...' before numeric constant vt_iowrap.c:1243: error: conflicting types for '__fprintf_chk'
Install the binary rpm on the head node and create a parallel execution environment template file.
# rpm -ihv /usr/src/redhat/RPMS/x86_64/openmpi-1.4.1-1.x86_64.rpm # vim ompi.template
Paste the following into the ompi.template file:
pe_name slots user_lists xuser_lists start_proc_args ompi 64 NONE NONE /bin/true

Abaqus安装步骤(自己总结)

Abaqus安装一，安装visual.studio.2008 虚拟光驱打开，只需在安装时选择custom，然后在C++下选X64位。二、fortan安装虚拟光驱载入https://www.360docs.net/doc/b711706655.html,piler.Professional.v11.1.038-SPYRAL,安装，需要license文件时，选择E:\张海\新程序\新 ABAQUS\fortranv9.1\https://www.360docs.net/doc/b711706655.html,piler.Pro.v9.1.024\Crack文件夹中的intel_TBE. 三、ABAQUS安装 1.虚拟光驱载入DVD2，安装document，直接安装即可。 2.虚拟光驱载入DVD1，安装license和product，首先安装license，安装license utility。 3.安装之后，点程序abaqus licensing 中licensing utilities，配置license service。点config service，service name可随便起，path to the lmgrd.exe,可直接点browse 打开lmgrd.exe。在abaqus盘中，crack文件夹中aba6101，复制到其它目录下，用记事本打开，把第一行的server变为计算机的名字。然后path to the license file，选择刚改过的aba6101.dat文件。Log file是不需要的。配置完成，点use service 和 start server at power up,然后点save service。然后点start/stop/reread,点start server。 4.之后开始安装products，其中一部中license server 1 应填写27011@zhanghai（计算机名）。然后装products其中有一部是microsoft HPC MPI Redistributable Pack可能安装不了，这个是做并行计算用的，可不用管，直接继续安装abaqus。四、调整 1.找fortran安装文件夹中C:\Program Files (x86)\Intel\Compiler\11.1\038\bin\intel64\ifortvars_intel64.bat，将ifortvars_intel64.bat，找到这个路径。 2.打开abaqus安装目录的command文件夹D:\SIMULIA\Abaqus\Commands，找aba6101这个文件，点编辑，原来为 @echo off "d:\SIMULIA\Abaqus\6.10-1\exec\abq6101.exe" %* 改为 @call "C:\Program Files (x86)\Intel\Compiler\11.1\038\bin\intel64\ifortvars_intel64.bat" @echo off "d:\SIMULIA\Abaqus\6.10-1\exec\abq6101.exe" %* 然后保存即可。五、验证程序-abaqus6.10-1,——abaqus verification，进行验证。

MPI安装与运行报告

MPI安装于运行报告本机运行环境：机器型号：联想G450 处理器：Pentium（R）Dual-Core CPU T4200 @ 2.00GHz 运行内存（RAM）：2GB 操作系统：Windows 7(32位) 程序开发环境：Visual Studio 2008 MPI版本： mpich2-1.3.2p1-win-ia32安装程序详细安装步骤： 1、运行mpich2-1.3.2p1-win-ia32.msi。安装过程中，会要求设置一个passphrase。我的机器上默认的passphrase是beHappy，很有意思的密码。设置这个东西很重要，一定要记住；下面会说到为什么。 2、安装完之后，不知道下一步怎么进行了。打开刚才安装的MPICH2 的快捷方式目录，发现了一个README文件。打开之后，发现了MPICH2的使用方法介绍，于是按照其中的指示，我进行了第一个MPI并行程序的编写。我使用的是VC++2008。首先创建一个新的工程，取名为MPITest。添加MPI库的支持：按照README中的指导，应该首先将MPI的头文件目录包含到项目中去。结果在项目属性中找了半天，也没有找到添加头文件目录的位置，只找到了包含库文件的位置，我安装MPICH2的目录为D:\Program Files\MPICH2，将MPICH2的库文件添加到如下面图1所示的位置即可。最后才反应过来，这个工程还是空的，没有任何文件，可能跟这个有关系吧。于是，马上新建了一个Cpp文件main.cpp，将老师PPT中的例子程序拷贝进去。

图 1 果然，新建了这个cpp文件之后，项目属性中多出了C/C++这样一项，于是，就可以在其中设置包含文件的目录了，相应的配置如下面图2所示。图 2 设置好这些文件之后，编译程序，结果在连接的时候报错，类似于“main.obj : error LNK2019: 无法解析的外部符号_MPI_Finalize，该符号在函数 _main 中被引用”，这样的错误出现了六个。再看README文档，发现了这样一句话：

MPI安装、设置以及运行

MPI安装、VS设置以及运行一安装 MPICH2的安装很简单，按照步骤来就行了。 Intel cluster tool 安装参照install-cluster说明，找到license file即可。安装完成后在“任务管理器”进程中能找到“smpd.exe”进程说明安装成功。如下图二VS设置（c语言）首先按照VS步骤新建空项目，编辑源文件。完成源文件c后，需对其属性进行如下设置才能成功生成exe文件。 1、添加include 在工具栏中选择“项目”——“test1属性”，将出现test1属性页，选择“配置属性”——“c/c++”——“常规”，在右侧“附加包含目录”中添加MPI的“include”文件夹，如下图

2、添加lib 同样在属性页中选择“配置属性”——“链接器”——“常规”，在右侧“附加库目录”中添加“lib”文件夹，如下图

3、设置参数同样在属性页中选择“配置属性”——“链接器”——“输入”，在右侧“附加依赖项”中输入“mpi.lib”. 如下图确定，然后退出，完成设置，可以生成exe文件。三运行生成的exe文件运行exe文件有两种方法，一种通过“开始”——“程序”——“MPICH2”——“wmpiexec.exe”运行，另一种是通过“命令提示符”窗口运行。但运行前都需要注册，MPI要求电脑设置管理员用户和密码，在注册时采用相同用户名和密码。设置步骤如下： 1、设置电脑管理员用户名和密码 2、“开始”——“程序”——“MPICH2”——“wmpiregister.exe”出现如下界面，输入用户名及密码，register，完成注册。

带MPI的fftw 3 的安装和使用

带MPI的fftw 3 的安装和使用 2007-10-08 16:26 https://www.360docs.net/doc/b711706655.html,/motioo/blog/item/d44e6fd32c6ae7033af3cfbc.html 0. 下载程序，解压下载程序https://www.360docs.net/doc/b711706655.html, http:fftw-3.2alpha2.tar.gz (ftp:fftw-3.2alpha2.tar.gz) (3.1MB) mkdir -p /home/tlu/proj/ cp fftw-3.2alpha2.tar.gz /home/tlu/proj/ cd /home/tlu/proj/ tar xzvf fftw-3.2alpha2.tar.gz cd fftw-3.2alpha2 1. configure 后面参数--prefix=/home/tlu表示安装的位置是/home/tlu/include 和/home/tlu/lib/下 --enable-mpi 表示要使用并行的MPI ./configure --prefix=/home/tlu --enable-mpi 2. 编译 make 3. 安装 make install 4. 安装后的头文件和库文件 tlu:~$ ls -rclt include/ lib/ lib/: 总用量1336 drwxr-xr-x 2 tlu tlu 4096 2007-10-08 16:17 pkgconfig -rwxr-xr-x 1 tlu tlu 774 2007-10-08 16:17 libfftw3_https://www.360docs.net/doc/b711706655.html, -rwxr-xr-x 1 tlu tlu 762 2007-10-08 16:17 https://www.360docs.net/doc/b711706655.html, -rw-r--r-- 1 tlu tlu 1238492 2007-10-08 16:17 libfftw3.a -rw-r--r-- 1 tlu tlu 103388 2007-10-08 16:17 libfftw3_mpi.a include/: 总用量32 -rw-r--r-- 1 tlu tlu 16236 2007-10-08 16:17 fftw3.h -rw-r--r-- 1 tlu tlu 2447 2007-10-08 16:17 fftw3.f -rw-r--r-- 1 tlu tlu 9342 2007-10-08 16:17 fftw3-mpi.h 5. 只要把include 和lib下的文件copy到另一台机器上同样的位置，另一台机器就安装好了。使用的例子 /** * ===============================================================

MPI的安装和配置

MPI MPI ?.MPI的安装 1.下载MPICH2软件包官?：https://www.360docs.net/doc/b711706655.html,/downloads/。本次安装直接选择已经下载好的mpich2-1.4.1p1-win-ia32.man（32位）进?安装。 2.先安装NET Framework 3.5 步骤1点“mpich2-1.4.1p1-win-ia32.man（32位）”可能会发现?法进?安装，直接弹出官?下载MPICH2软件包的情况。这是因为电脑上没有配置NET Framework3.5的原因，所以要先在电脑上安装NET Framework3.5或者NET Framework2.0。如果电脑上已经安装有NET Framework 3.5，跳过此步骤。先百度下载NET Framework 3.5，打开后按照提?进程依次点NEXT就可以安装好NET Framework 3.5。 3.按照提?进程进?安装。安装?录默认：C：\Program Files (x86)\MPICH2即可。如下截图： 4.加?mpich2的路径：计算机---属性---?级系统设置---?级---环境变量---path中加?C:\Program Files (x86)\MPICH2\BIN路径。如下截图：

5.双击运?C:\Program Files\MPICH2\bin ?录下的wmpiregister （1）、输?账户的?户名与密码（2）、点击Register注册（3）、点击OK，确认如下截图

6、 1.、以管理员?份启动命令名提?符：找到命令处理程序C:\Windows\System32\cmd.exe 点击右键：选择以管理员?份运?（2）、在C:\Program Files（x86）\MPICH2\bin?录下运?： smpd -install -Pumbaa（账户名） *******（账户密码）如下截图

傻瓜式安装openmpi

傻瓜式安装openmpi：安装 1) 下载openmpi 2) tar -xzvf openmpi-1.4.3.tar.gz 3) cd openmpi-1.4.3 4) ./configure --prefix=/usr/local/openmpi | tee ../install.log 5) make all | tee ../make.log 6) make install | tee ../install2.log 配置环境 7) vi /etc/ld.so.conf 最后增加一行 /usr/local/openmpi/lib 保存退出 8）/sbin/ldconfig 回车等待。 9）vi /etc/profile，最后增加一行： PATH=${PATH}:/usr/local/openmpi/bin 保存退出 10）执行 . /etc/profile 测试 10）cd examples 11) make 12) mpirun -np 4 ./hello_f90 可以得到类似ppt中的输出 mpi多机时，需要有machines文件。文件内容如下： tp1 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi tp2 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi tp3 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi 分别表示机器名/ip，进程个数，进程名（进程名可以没有）；当使用机器名时，则需要架设DNS服务器。

mpirun -machinefile ./machine.linux -np 4 ./hello_f90 安装mpiBlast.1.6.0 mkdir -p /usr/local/bio/mpiblast-1.6.0 tar -xzvf mpiBLAST-1.6.0.tgz cd mpiblast-1.6.0 ./ncbi/make/makedis.csh #1.6.0自带ncbi ./configure --prefix=/usr/local/bio/mpiblast-1.6.0/ --with-mpi=/usr/local/openmpi make make install 然后配置。。。？？？https://www.360docs.net/doc/b711706655.html,/view/f993570f76c66137ee061965.html

MPICH2的下载及安装

1、从网址https://www.360docs.net/doc/b711706655.html,/mpi/mpich/处下载MPICH 最新版本的源程序, 文件名为mpich2-1.x.x.tar.gz, 其中1.x.x 为MPICH 的版本号(目前的最新版本为mpich2-1.1.1p1.tar.gz)。在下面描述的过程中需用MPICH 的实际版本号替换1.x.x 2、展开MPICH 源程序: tar zxvf mpich2-1.1.1p1.tar.gz 3、配置、编译MPICH: cd mpich2-1.1.1p1 ./configure -prefix=/usr/local/mpi --disable-weak-symbols make 上述命令生成的MPICH 库应该使用ch_p4 进行底层通信。选项--disable-weak-symbols 的使用是为避免MPICH 1.2.5 的一个bug, 否则产生的库中将没有MPI_File_xxxx 等函数(只有PMPI_File_xxx 等函数) 4、安装MPICH: make install 这一步必须以root 身份执行, 它将MPICH 的文件安装到目录/usr/local/mpi 中。安装完毕后可以删除MPICH 源文件目录。 5、添加环境变量分别将“/usr/local/mpi/bin” 和“/usr/local/mpi/man” 加入到环境变量PATH 和MANPATH 中。只需在目录/etc/profile.d 中创建两个文件mpich.sh 和mpich.csh, 它们分别对Bourne shell和C shell 起作用, 这两个文件的内容如下: – /etc/profile.d/mpich.sh : #!/bin/bash export MANPATH=${MANPATH}:/usr/local/mpi/man export PATH=${PATH}:/usr/local/mpi/bin – /etc/profile.d/mpich.csh : #!/bin/csh if ( $?MANPATH == 0 ) then setenv MANPATH :/usr/local/mpi/man else setenv MANPATH ${MANPATH}:/usr/local/mpi/man endif setenv PATH ${PATH}:/usr/local/mpi/bin 6、测试MPICH: C 程序 cp /usr/local/mpi/examples/cpi.c . mpicc -o cpi cpi.c . mpirun -np 1 cpi mpirun -np 2 cpi

MPI+SSH集群安装配置指南

1.linux系统安装，开启ssh服务，保证各节点能够相互ssh访问。 2.主机名：node1......noden 修改/etc/hosts文件，将各节点hostname及其ip对应，如： 127.0.0.1 myhost localhost.localdomain localhost 192.168.8.1 node1 ...... 192.168.8.n noden 如此可以保证通过各节点的hostname访问节点，而不必使用其ip。 3.修改/etc/hosts.equiv文件，允许其它节点远程访问，如： node1 #允许本地访问 node2 ...... noden 4.修改~/.bash_profile文件在各节点上建立用于科学计算的用户名，如mpiuser，并使用相同的密码，将来的计算程序必须放在相同的路径上，如/home/mpiuser/mpirun/a.out 修改~/.bash_profile文件，添加如下内容： export PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin export MPI_USEP4SSPORT=yes export MPI_P4SSPORT=22 export P4_RSHCOMMAND=ssh 在此预定将mpich的运行环境安装在/usr/local/mpich下面，其余的三个变量是用来通知mpi运行环境采用ssh来作为远程shell。 3.配置ssh 用mpiuser登录后，运行ssh-keygen，产生一对私有/公开密钥，分别放在~/.ssh相应文件里，以实现ssh无需密码，而是通过密钥登陆。 4.下载、编译、安装mpich 1.2.3 下载最新的mpich 1.2.3：ftp://https://www.360docs.net/doc/b711706655.html,/pub/mpi/mpich.tar.gz。拷贝到一个临时目录下，我放在/root/install下了。用root用户登录进行编译。首先，用tar xvfz mpich.tar.gz解压。生成mpich-1.2.3目录。切换到mpich-1.2.3目录。运行预处理：./configure --prefix=/usr/local/mpich -rsh=ssh 这里我们通知编译系统mpich的安装位置为/usr/local/mpich，运行环境的远程shell为ssh。