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临床检验知识点总结

临床检验知识点总结

临床检验知识点总结
临床检验是医学中非常重要的一环,它涉及到对病人的血液、体液、分泌物等样本进行检测和分析,以协助医生做出准确的诊断和治疗方案。

以下是临床检验的一些重要知识点总结:
1. 临床检验的意义:临床检验通过对病人的各种标本进行检测和分析,可以协助医生做出准确的诊断和制定合适的治疗方案,提高患者的治疗效果和康复水平。

2. 检验标本的采集:采集标本是临床检验的重要步骤,采集的方法和时间会影响到检验结果。

医生或护士需要按照规定的方法和时间采集标本,以确保结果的准确性。

3. 检验项目的分类:临床检验的项目非常多,可以根据需要分为不同的类型,如血常规、尿常规、生化检查、免疫检查等。

这些项目可以单独或组合使用,以协助医生做出准确的诊断。

4. 检验结果的解读:检验结果出来后,医生需要对结果进行解读。

解读结果时需要考虑到标本的采集方法、检验方法、参考值范围等多个因素,以确保结果的准确性。

5. 临床检验的质量控制:为了保证检验结果的准确性,需要实施严格的质量控制。

质控的方法包括室内质控和室间质评,通过这些方法可以监测检验过程的稳定性和准确性。

6. 检验仪器和设备:临床检验需要使用各种仪器和设备,如血细胞分析仪、生化分析仪、免疫分析仪等。

使用这些仪器和设备需要遵循操作规程,确保结果的准确性。

7. 检验技术的发展趋势:随着科技的不断进步,临床检验的技术也在不断发展。

未来的发展趋势包括自动化、智能化、微流控、分子诊断等新技术,这些技术可以提高检验的效率和准确性,为医生提供更好的诊断依据。

高通量测序常用名词科普

高通量测序常用名词科普

高通量测序常用名词汇总一代测序技术:即传统的Sanger测序法,Sanger法是根据核苷酸在待定序列模板上的引物点开始,随机在某一个特定的碱基处终止,并且在每个碱基后面进行荧光标记,产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸,每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸dNTP,并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸ddNTP;由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH 基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T 或C处终止,使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物;它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,通过检测得到DNA碱基序列;二代测序技术:next generation sequencingNGS又称为高通量测序技术,与传统测序相比,二代测序技术可以一次对几十万到几百万条核酸分子同时进行序列测定,从而使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序Deep sequencing;NGS主要的平台有Roche454 & 454+,IlluminaHiSeq 2000/2500、GA IIx、MiSeq,ABI SOLiD等;基因:Gene,是遗传的物质基础,是DNA或RNA分子上具有遗传信息的特定核苷酸序列;基因通过复制把遗传信息传递给下一代,使后代出现与亲代相似的性状;DNA:Deoxyribonucleic acid,脱氧核糖核酸,一个脱氧核苷酸分子由三部分组成:含氮碱基、脱氧核糖、磷酸;脱氧核糖核酸通过3',5'-磷酸二酯键按一定的顺序彼此相连构成长链,即DNA链,DNA链上特定的核苷酸序列包含有生物的遗传信息,是绝大部分生物遗传信息的载体;RNA:Ribonucleic Acid,,核糖核酸,一个核糖核苷酸分子由碱基,核糖和磷酸构成;核糖核苷酸经磷酯键缩合而成长链状分子称之为RNA链;RNA是存在于生物细胞以及部分病毒、类病毒中的遗传信息载体;不同种类的RNA链长不同,行使各式各样的生物功能,如参与蛋白质生物合成的RNA有信使RNA、转移RNA和核糖体RNA等;16S rDNA:"S"是沉降系数,是反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标,值越高,说明分子越大;rDNAribosome DNA指的是原核生物基因组中编码核糖体RNArRNA分子对应的DNA序列,16S rDNA 是原核生物编码核糖体小亚基16S rRNA的基因;细菌rRNA核糖体RNA按沉降系数分为3种,分别为5S、16S和23S rRNA;16S rDNA是细菌染色体上编码16S rRNA相对应的DNA序列,存在于所有细菌染色体基因中;16S rRNA 普遍存在于原核生物中;16S rRNA 分子,其大小约1540bp,既含有高度保守的序列区域,又有中度保守和高度变化的序列区域,其可变区序列因细菌不同而异,恒定区序列基本保守,所以可利用恒定区序列设计引物,将16S rDNA片段扩增出来,通过高通量测序利用可变区序列的差异来对不同菌属、菌种的细菌进行分类鉴定;cDNA:complementary DNA,互补脱氧核糖核酸,与RNA链互补的单链DNA,以RNA为模板,在反转录酶的作用下所合成的DNA;Small RNA:生物体内一类高度保守的重要的功能分子,其大小在18-30nt,包括microRNA、siRNA、snRNA、snoRNA和piRNApiwi-interacting RNA等,它的主要功能是诱导基因沉默,调控细胞生长、发育、基因转录和翻译等生物学过程;以miRNA为例介绍它们的功能:miRNA 与RNA诱导沉默复合体RNA induced silencing complex, RISC结合,并将此复合体与其互补的mRNA序列结合,根据靶序列与miRNA的互补程度,从而导致靶序列降解或干扰靶序列蛋白质的翻译过程;SD 区域:Segment duplication,串联重复是由序列相近的一些 DNA 片段串联组成;串联重复在人类基因多样性的灵长类基因中发挥重要作用;Genotype and phenotype:基因型与表型,基因型是指某一生物个体全部基因组合的总称;表型,又称性状,是基因型和环境共同作用的结果;基因组:Genome,单倍体细胞核、细胞器线粒体、叶绿体或病毒粒子所含的全部DNA分子或RNA分子;全基因组de novo测序:又称从头测序,它不依赖于任何现有的序列资料,而直接对某个物种的基因组进行测序,然后利用生物信息学分析手段对序列进行拼接、组装,从而获得该物种的基因组序列图谱;全基因组重测序:对已有参考序列Reference Sequence物种的不同个体进行基因组测序,并以此为基础进行个体或群体水平的遗传差异性分析;全基因组重测序能够发现大量的单核苷酸多态性位点SNP、拷贝数变异Copy Number Variation,CNV、插入缺失InDel,Insertion/Deletion、结构变异Structure Variation,SV等变异类型,以准确快速的方法将单个参考基因组信息上升为群体遗传特征;转录组:Transcriptome,是指特定生长阶段某组织或细胞内所有转录产物的集合;狭义上指所有mRNA的集合;转录组测序:对某组织在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA进行测序,获得特定状态下的该物种的几乎所有转录本序列信息;通常转录组测序是指对mRNA进行测序获得相关序列的过程;其根据所研究物种是否有参考基因组序列分为转录组de novo测序无参考基因组序列和转录组重测序有参考基因组序列;外显子组:Exome,人类基因组全部外显子区域的集合称为外显子组,是基因中重要的编码蛋白的部分,并涵盖了与个体表型相关的大部分的功能性变异;外显子组测序:是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法;外显子测序相对于基因组重测序成本较低,对研究已知基因的SNP、InDel 等具有较大的优势;目标区域测序:应用相关试剂盒对基因组上感兴趣的目标区域进行捕获富集后进行大规模测序,一般需要根据目标区域专门定制捕获芯片;宏基因组:Metagenome,指特定生活环境中全部微小生物遗传物质的总和;它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因;目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和;宏基因组16S rRNA测序:可以对特定环境下的细菌和古细菌群体的微生物种类和风度进行有效的鉴定;对不同地点、不同条件下的多个样本16S rRNA的PCR产物平行测序,可以比较不同样本间的微生物组成及成分差异,进而阐明物种丰度、种群结果等生态学信息;表观遗传学:Epigenetics,是指在基因组DNA序列没有改变的情况下,基因的表达调控和性状发生了可遗传的变化;表观遗传的现象很多,已知的有DNA甲基化DNA methylation,基因组印记genomic impriting,母体效应maternal effects,基因沉默gene silencing,核仁显性,休眠转座子激活和RNA编辑RNA editing等;全基因组甲基化测序:DNA 甲基化是指在 DNA 甲基化转移酶的作用下,在基因组 CpG 二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共价键结合一个甲基基团;DNA 甲基化已经成为表观遗传学和表观基因组学的重要研究内容;甲基化是基因表达的主要调控方式之一,研究染色体DNA甲基化情况是了解基因调控的重要手段;对已经有参考基因组的物种的基因组DNA用标准亚硫酸氢盐Bisulfite处理后,未甲基化的胞嘧啶C会脱氨基形成尿嘧啶U,经PCR扩增,U替换为胸腺嘧啶T,而发生甲基化的胞嘧啶C保持不变;将处理组与参考基因组序列进行比对,可发现甲基化位点并对甲基化情况进行定量分析的方法叫做全基因组甲基化测序;ChIp-Seq:Chromatin Immunoprecipitation sequencing,即染色质免疫共沉淀-测序技术,即通过染色质免疫共沉淀技术特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段;对富集得到的DNA片段进行纯化与文库构建,然后进行高通量测序,从而得到全基因组范围内可以与目的蛋白相互作用的DNA片段的方法叫做ChIP-Seq;数字表达谱:Digital Gene Expression Profile,利用新一代高通量测序技术和高性能计算分析技术,能够全面、经济、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下的基因表达情况,即运用特定的酶对mRNA距polyA tail 21-25nt的位置进行酶切,所获得的带polyA尾的序列Tag通过高通量测序,该tag被测得的次数即是对应基因的表达值;数字基因表达谱已被广泛应用于基础科学研究、医学研究和药物研发等领域;特点是经济,但获得的数据量有限;若想获得转录本的更多信息的话,一般都采用转录组测序的方法来测序;SBS:sequencing by synthesis,边合成边测序反应,是指在DNA聚合酶的作用下延伸碱基所进行的测序;Run:指高通量测序平台单次上机测序反应;图1. Flow Cell结构示意图Lane:也叫channel,单泳道,每条泳道包含2列column,每列分布有多个小区tile,如图1;不同的测序平台Flow Cell中所含的Lane不一样,如HiSeq 2000是2个flow cell,每个flow cell中含有8个lane;HiSeq 2500是包含2个mini flow cell快速运行模式和2个high output flow cell,两个模式不能同时运行,其中每个mini flow cell包含2个lane,每个high output flow cell中包含8个lane;Miseq系统的flow cell仅含有1个lane; Tile:小区,每条Lane中有2列tile,合计120个小区;每个小区上分布数目繁多的簇结合位点,如图1;Cluster:簇,在Illumina测序平台中会采用桥式PCR方式生产DNA簇,每个DNA簇才能产生亮度达到CCD可以分辨的荧光点;Index:标签,在Illumina平台的多重测序Multiplexed Sequencing过程中会使用Index 来区分样品,并在常规测序完成后,针对Index部分额外进行7个循环的测序,通过Index的识别,可以在1条Lane中区分12种不同的样品;Barcode:与Index同义,多指在Roche GS FLX 454测序平台的16S PCR产物的测序过程中接头序列所包含的的用来区分不同样本的序列;PF%:PF%是指符合测序质量标准的簇的百分比,与测序的通量相关联;Fasta:一种序列存储格式;一个序列文件若以FASTA格式存储,则每一条序列的第一行以“>”开头,而跟随“>”的是序列的ID号即唯一的标识符及对该序列的描述信息;第二行开始是序列内容,序列短于61nt的,则一行排列完;序列长于61nt的,则每行存储61nt,最后剩下小于61nt的,在最后一行排列完;第二条序列另起一行,仍然由“>”和序列的ID号开始,以此类推;Fastq:Fastq是Solexa测序技术中一种反映测序序列的碱基质量的文件格式;第一行以“”符号开头,后面紧跟一个序列的描述信息;第二行是该序列的内容;第三行以“+”符号开头,后面可以是该序列的描述信息,也可省略;而第四行是第二行中的序列内容每个碱基所对应的测序质量值;Read:高通量测序平台产生的序列标签就称为 reads;基因组组装:进行基因组或转录组de novo测序时,物种基因组经构建不同的文库测序所得的片段需经过生物信息学手段对其进行整理拼接,并通过一定的标准如N50对后续组装结果进行质量评估等,最终获得高准确度的基因组序列的过程;基因组测序深度:测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值;如测一个物种的全基因组的重测序,基因组大小约为5G,测序获得100G的数据量,则测序深度为20×;基因组覆盖率:指测序获得的序列占整个基因组的比例;由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在,测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域,这部分没有获得的区域就称为Gap;例如一个细菌基因组测序,覆盖率是98%,那么还有2%的序列区域是没有通过测序获得的;Contig:在de novo测序中拼接软件基于 reads 之间的 overlap 区,拼接获得的中间没有gap的序列称为 Contig重叠群;Scaffold:基因组 de novo 测序,通过 reads 拼接获得 Contigs 后,往往还需要构建 454 Paired-end 库或 Illumina Mate-pair 库,以获得一定大小片段如 3Kb、8Kb、10Kb、20Kb 两端的序列;基于这些序列,可以确定一些Contig 之间的顺序关系,这些先后顺序已知的Contigs 组成 Scaffold;Contig N50:Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs;将所有的Contig长度相加,能获得一个Contig总长度;然后将所有的Contigs按照从长到短进行排序,如获得Contig 1,Contig 2,Contig 3……Contig 25;将Contig按照这个顺序依次相加,当相加的长度达到Contig总长度的一半时,最后一个加上的Contig长度即为Contig N50;举例:Contig 1+Contig 2+ Contig 3 +Contig 4=Contig总长度1/2时,Contig 4的长度即为Contig N50;Contig N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准;Scaffold N50:Scaffold N50与Contig N50的定义类似;Contigs拼接组装获得一些不同长度的Scaffolds;将所有的Scaffold长度相加,能获得一个Scaffold总长度;然后将所有的Scaffolds按照从长到短进行排序,如获得Scaffold 1,Scaffold 2,Scaffold 3……Scaffold 25;将Scaffold按照这个顺序依次相加,当相加的长度达到Scaffold总长度的一半时,最后一个加上的Scaffold长度即为Scaffold N50;举例:Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold 3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold总长度1/2时,Scaffold 5的长度即为Scaffold N50;Scaffold N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准;Isotig:指在转录组de novo测序时,用454平台测序完成后组装出的结果,一个isotig可视为一个转录本;Isogroup:指转录组de novo测序中,用454平台测序完成后组装出的结果获得的可聚类到同一个基因的转录本群;GC%:GC含量,全基因组范围内或在特定基因组序列内的4种碱基中,鸟嘌呤和胞嘧啶所占的比率;SNP:single nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性,个体间基因组DNA序列同一位置单个核苷酸变异替代、插入或缺失所引起的多态性;不同物种个体基因组 DNA 序列同一位置上的单个核苷酸存在差别的现象;有这种差别的基因座、DNA序列等可作为基因组作图的标志;SNP 在CG序列上出现最为频繁,而且多是C转换为T ,原因是CG中的C 常为甲基化的,自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶;一般而言,SNP 是指变异频率大于 1 %的单核苷酸变异,主要用于高危群体的发现、疾病相关基因的鉴定、药物的设计和测试以及生物学的基础研究等;InDel:Insertion/Deletion,插入/缺失,在基因组重测序进行mapping时,进行容Gap的比对并检测可信的Short InDel,如基因组上小片段>50bp的插入或缺失;在检测过程中,Gap 的长度为1~5个碱基;CNV:copy number variation,基因组拷贝数变异,是基因组变异的一种形式,通常使基因组中大片段的DNA形成非正常的拷贝数量;如人类正常染色体拷贝数是2,有些染色体区域拷贝数变成1或3,这样,该区域发生拷贝数缺失或增加,位于该区域内的基因表达量也会受到影响;如果把一条染色体分成A-B-C-D四个区域,则A-B-C-C-D/A-C-B-C-D/A-C-C-B-C-D/A-B-D 分别发生了C区域的扩增及缺失,扩增的位置可以是连续扩增如 A-B-C-C-D 也可以是在其他位置的扩增,如A-C-B-C-D;SV:structure variation,基因组结构变异,染色体结构变异是指在染色体上发生了大片段的变异;主要包括染色体大片段的插入和缺失引起 CNV 的变化,染色体内部的某块区域发生重复复制、翻转颠换、易位、两条染色体之间发生重组inter-chromosome trans-location 等;基因表达差异:是指某一物种或特定细胞在特定时期/功能状态下,多样本间不同基因在mRNA水平上表达量的差异,可通过RPKM/FPKM值来体现;RPKM:Reads Per Kilobase per Million mapped reads Mortazavi etal., 2008,是指每 1 百万个map 上的reads 中map 到外显子的每1K 个碱基上的reads 个数;计算公式四RPKM=106C/NL/103,其中C为唯一比对到目的基因的reads数;N为唯一比对到参考基因的总reads数,L是目的基因编码区的碱基数;RPKM法可以消除基因长度、数据量之间的差异进行计算基因表达量;可变剪切:alternative splicing大多数真核基因转录产生的mRNA前体是按一种方式剪接产生出一种mRNA,因而只产生一种蛋白质;但有些基因产生的mRNA前体可按不同的方式剪接,产生出两种或更多种mRNA,即可变剪接;基因融合:Gene fusion,将基因组位置不同的两个或多个基因中的一部分或全部整合到一起,形成新的基因,称作融合基因或嵌合体基因,该基因有可能翻译出融合或嵌合体蛋白;基因家族分析:通过进行BLASTN/ HMM比对等查找基因归属的基因家族并添加相关功能注释;基因组注释:Genome annotation是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释,是当前功能基因组学研究的一个热点;基因组注释的研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面;基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置;常见的基因组注释有GO注释、pathway分析;GO注释:gene ontology是指对基因功能的注解;GO强调基因产物在细胞中的功能;GO不能反映此基因的表达情况,即是否在特定细胞中、特定组织中、特定发育阶段或与某种疾病相关,但GO支持其他的OBOopen biology ontologies成员成立其他类型的本体论数据库如发育本体学、蛋白组本体学、基因芯片本体学等Pathway注释:是指对功能基因参与的信号通路等进行分析注释;甲基化率:是指在甲基化测序中,发生甲基化的胞嘧啶占所有胞嘧啶的比率;CpG岛:CpG island 是指DNA上一个区域,此区域含有大量相联的胞嘧啶C、鸟嘌呤G,以及使两者相连的磷酸酯键p;基因组中长度为300~3000 bp的富含CpG二核苷酸的一些区域,主要存在于基因的5’区域;启动子区中CpG岛的未甲基化状态是基因转录所必需的,而CpG序列中的C的甲基化可导致基因转录被抑制;Q20,Q30:基因的二代测序中,每测一个碱基会给出一个相应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的;碱基的质量值13,错误率为5%,20的错误率为1%,30的错误率为0.1%;行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比;例如一共测了1G的数据量,其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20,那么Q20则为90%;Q20值是指的测序过程碱基识别Base Calling过程中,对所识别的碱基给出的错误概率;质量值是Q20,则错误识别的概率是1%,即错误率1%,或者正确率是99%;质量值是Q30,则错误识别的概率是0.1%,即错误率0.1%,或者正确率是99.9%;质量值是Q40,则错误识别的概率是0.01%,即错误率0.01%,或者正确率是99.99%;全基因组测序全基因组测序-技术路线提取基因组DNA,然后随机打断,电泳回收所需长度的DNA片段0.2~5Kb,加上接头, 进行基因簇cluster制备或电子扩增E-PCR,最后利用Paired-EndSolexa或者Mate-PairSOLiD的方法对插入片段进行测序;然后对测得的序列组装成Contig,通过Paired-End的距离可进一步组装成Scaffold,进而可组装成染色体等;组装效果与测序深度与覆盖度、测序质量等有关;常用的组装有:SOAPdenovo、Trimity、Abyss等;全基因组测序-原理双末端Paired-End测序原理测序深度Sequencing Depth:测序得到的碱基总量bp与基因组大小Genome的比值,它是评价测序量的指标之一;测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系,测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降;重测序的个体,如果采用的是Paired-End 或Mate-Pair方案,当测序深度在10~15X以上时,基因组覆盖度和测序错误率控制均得以保证;测序深度对基因组覆盖度和测序错误率的影响HOM:纯合体 HET:杂合体全基因组测序-分析流程1.数据量产出总碱基数量、Totally mapped reads、Uniquely mapped reads统计,测序深度分析;2.一致性序列组装与参考基因组序列Reference genome sequence的比对分析,利用贝叶斯统计模型检测出每个碱基位点的最大可能性基因型,并组装出该个体基因组的一致序列;3.SNP检测及在基因组中的分布提取全基因组中所有多态性位点,结合质量值、测序深度、重复性等因素作进一步的过滤筛选,最终得到可信度高的SNP数据集;并根据参考基因组序列对检测到的变异进行注释; 4.InDel检测及在基因组的分布在进行mapping的过程中,进行容Gap的比对并检测可信的Short InDel;在检测过程中,Gap 的长度为1~5个碱基;5.Structure Variation检测及在基因组中的分布目前SBC能够检测到的结构变异类型主要有:插入、缺失、复制、倒位、易位等;根据测序个体序列与参考基因组序列比对分析结果,检测全基因组水平的结构变异并对检测到的变异进进行注释;全基因组重测序生物信息学分析流程。

转基因检测的主要技术方法及基本流程

转基因检测的主要技术方法及基本流程

In the wild world of modern agriculture, genetically modified organisms (GMOs) have be the rock stars of the crop game. These supercharged plants offer a whole host of benefits, like cranking up crop yields, telling pests and diseases to buzz off, and even packing some extra nutritional punch. But hold on to your hats, folks, because the rise of GMOs has also sparked some real head-scratchers about how they might affect our health and the environment. That's why we're in the market for snazzy new methods to suss out if there are GMOs hiding in our food and farm goodies. It's like a high-stakes game of hide and seek, but with science! Let's roll up our sleeves and get sleuthing for those sneaky GMOs. Go, team science!在现代农业的野外世界中,转基因生物(GMOs)一直是作物游戏的摇滚明星。

这些超充电的植物提供了一大堆好处,比如刺激作物产量,告诉害虫和疾病发作,甚至包装一些额外的营养打击。

VI-5K AOI检测技术(教材)

VI-5K AOI检测技术(教材)
2.5维修站基本设置
2.5.1 随机电脑将设备检查到的不良通过网络传送到维修站电脑,用于人工确认
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第二单元 AOI基本操作 --- 维修站操作与设置
2.5.2 机台电脑与维修站电脑之间的网络设置,假设维修站电脑名为”C6-Repair” 2.5.2.1 点击下图的”Maintenance”
2.3.2.3 程序调用完成,点击下图按钮即可运行程序进行检测
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第二单元 AOI基本操作 --- 程序调用
2.3.3 跳板检测 2.3.3.1 选择需要调用的程序,然后点击”Skip”
2.3.3.2 接着弹出下图窗口,选择需要跳过的单板号(可选择多项)
第22页 / 共62页
第二单元 AOI基本操作 --- 程序调用
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第一单元 AOI基本结构 --- 硬件结构
1.1.8 机台后预览 56.XY轴、相机光源、传 输轨道后门 57.紧急停止开关 58.XY轴控制箱后门 59.风扇 60.设备出厂标记
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第一单元 AOI基本结构 --- 硬件结构
1.1.9 轴系统控制器和设备对外接口 61. 115/230VAC变压器 62. ACS轴控制系统 63. 电源输入、网络、SMEMA接口
2.5.2.2 弹出如下窗口,然后点击”Parameters”
2.5.2.3 弹出设置窗口
第26页 / 共62页
第二单元 AOI基本操作 --- 维修站操作与设置
Writing in database:需要打钩。设置是否将检测PCB板后的不良信息保存到数 据库中
Save images:需要打钩。设置是否将检测PCB板后的不良图片进行保存 Use online repair station:需要打钩。设置是否由机台电脑直接启动维修站电脑 Server name(IP):设置设备检测完PCB板后的不良信息保存位置,应设置为维 修站电脑名 Conveyor type:默认设置为VI210 Repair station name:设置维修站软件的路径,应设置为维修站电脑名

oxford nanopore长读测序方法

oxford nanopore长读测序方法

Oxford Nanopore长读测序技术(Oxford Nanopore Long-Read Sequencing)是一种先进的DNA测序方法,通过利用纳米孔技术实现对DNA分子的高效测序。

本文将从技术原理、应用优势以及发展前景等方面对Oxford Nanopore长读测序方法进行详细介绍。

一、技术原理Oxford Nanopore长读测序技术是利用纳米孔中的离子传导来测序DNA分子。

具体而言,当DNA分子通过纳米孔时,其碱基序列会引起离子通道电流的微小变化。

通过检测这些电流变化,就可以确定DNA分子的碱基序列。

其测序原理更加简单易行,相较传统测序方法,Oxford Nanopore长读测序技术显著降低了测序成本和时间。

二、应用优势1. 长读长度:Oxford Nanopore长读测序技术能够实现长达数十KB的DNA分子测序,使其在测序复杂基因组、发现基因组结构变异等领域具有明显优势。

2. 实时测序:相较于传统测序方法,Oxford Nanopore长读测序技术可以实现实时测序,极大地提高了测序效率。

3. 便携性:该技术的测序设备小巧轻便,可随时携带进行测序实验,极大提高了测序的灵活性和便捷性。

三、应用前景Oxford Nanopore长读测序技术已经在各个领域展现出了广阔的应用前景。

在生物医学领域,它可以用于快速测序病原体、分析个体基因组结构等实践;在农业科学领域,可应用于植物和动物基因组的测序和改良;在环境保护领域,可用于测序微生物裙落等。

Oxford Nanopore长读测序技术以其独特的测序原理、应用优势和潜在前景,成为DNA测序领域中备受瞩目的技术之一。

在未来,随着技术不断的改进和完善,相信这一技术将会在各个领域发挥更加重要的作用。

四、技术改进与发展Oxford Nanopore长读测序技术自问世以来,经过不断改进和发展,已经取得了巨大的进展。

在测序精度上,科研人员通过改进纳米孔技术和信号处理算法,大幅度提高了测序的准确性,尤其是在重复序列和基因组结构变异的测序中取得了显著的改进。

高通量测序基础知识

高通量测序基础知识

高通量测序基础知识简介陆桂什么是高通量测序?高通量测序技术(High-throughput sequencing,HTS)是对传统Sanger测序(称为一代测序技术)革命性的改变,一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing,NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。

什么是Sanger法测序(一代测序)Sanger法测序利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。

直到掺入一种链终止核苷酸为止。

每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。

由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。

终止点由反应中相应的双脱氧而定。

每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整,使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。

它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。

什么是基因组重测序(Genome Re-sequencing)全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行基因组测序,并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。

随着基因组测序成本的不断降低,人类疾病的致病突变研究由外显子区域扩大到全基因组范围。

通过构建不同长度的插入片段文库和短序列、双末端测序相结合的策略进行高通量测序,实现在全基因组水平上检测疾病关联的常见、低频、甚至是罕见的突变位点,以及结构变异等,具有重大的科研和产业价值。

什么是de novo测序de novo测序也称为从头测序:其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序,利用生物信息学分析手段对序列进行拼接,组装,从而获得该物种的基因组图谱。

一代、二代、三代测序技术

一代、二代、三代测序技术

一代、二代、三代测序技术(2014-01-22 10:42:13)转载▼第一代测序技术-Sanger链终止法一代测序技术是20世纪70年代中期由Fred Sanger及其同事首先发明。

其基本原理是,聚丙烯酰胺凝胶电泳能够把长度只差一个核苷酸的单链DNA分子区分开来。

一代测序实验的起始材料是均一的单链DNA分子。

第一步是短寡聚核苷酸在每个分子的相同位置上退火,然后该寡聚核苷酸就充当引物来合成与模板互补的新的DNA链。

用双脱氧核苷酸作为链终止试剂(双脱氧核苷酸在脱氧核糖上没有聚合酶延伸链所需要的3-OH基团,所以可被用作链终止试剂)通过聚合酶的引物延伸产生一系列大小不同的分子后再进行分离的方法。

测序引物与单链DNA模板分子结合后,DNA聚合酶用dNTP延伸引物。

延伸反应分四组进行,每一组分别用四种ddNTP(双脱氧核苷酸)中的一种来进行终止,再用PAGE分析四组样品。

从得到的PAGE胶上可以读出我们需要的序列。

第二代测序技术-大规模平行测序大规模平行测序平台(massively parallel DNA sequencing platform)的出现不仅令DNA测序费用降到了以前的百分之一,还让基因组测序这项以前专属于大型测序中心的“特权”能够被众多研究人员分享。

新一代DNA测序技术有助于人们以更低廉的价格,更全面、更深入地分析基因组、转录组及蛋白质之间交互作用组的各项数据。

市面上出现了很多新一代测序仪产品,例如美国Roche Applied Science公司的454基因组测序仪、美国Illumina公司和英国Solexa technology公司合作开发的Illumina测序仪、美国Applied Biosystems公司的SOLiD 测序仪。

Illumina/Solexa Genome Analyzer测序的基本原理是边合成边测序。

在Sanger等测序方法的基础上,通过技术创新,用不同颜色的荧光标记四种不同的dNTP,当DNA聚合酶合成互补链时,每添加一种dNTP就会释放出不同的荧光,根据捕捉的荧光信号并经过特定的计算机软件处理,从而获得待测DNA的序列信息。

cv2.read返回的frame格式

cv2.read返回的frame格式

CV2是一个用于计算机视觉的开源库,它提供了许多功能以及用于图像处理和计算机视觉任务的工具。

其中,cv2.read是用于读取图像文件的函数,它返回的是一个包含两个元素的元组,分别是布尔值和图像像素矩阵。

1. 返回值含义cv2.read函数返回一个元组,第一个元素是一个布尔值,用来表示是否成功读取了图像文件。

如果成功读取,则返回True;如果读取失败,则返回False。

第二个元素是一个图像像素矩阵,它是一个3维的numpy数组,包含了图像的像素信息。

2. 读取图像文件使用cv2.read函数可以读取多种格式的图像文件,包括常见的JPEG、PNG等格式。

在读取图像文件时,需要指定文件的路径,并将读取结果赋值给一个变量,以便后续对图像进行处理或显示。

3. 图像像素矩阵cv2.read返回的图像像素矩阵是一个3维的numpy数组,其中第一个维度表示图像的高度,第二个维度表示图像的宽度,第三个维度表示图像的通道数。

通道数根据图像的类型而定,对于RGB图像来说,通道数为3,分别表示红、绿、蓝三个通道的像素值;对于灰度图像来说,通道数为1,表示灰度像素值。

4. 图像的显示和保存读取图像文件后,可以使用cv2.imshow函数显示图像,也可以使用cv2.imwrite函数将图像保存为其他格式的文件。

在显示图像时,需要创建一个窗口,并指定显示的位置和大小;在保存图像时,需要指定保存的文件路径和格式。

5. 错误处理在使用cv2.read函数读取图像文件时,可能会出现文件不存在、格式不支持等错误。

在使用该函数时,需要进行错误处理,可以通过捕获异常或检查返回值来处理可能的错误情况。

cv2.read返回的frame格式是一个包含布尔值和图像像素矩阵的元组,通过对图像像素矩阵的处理,可以实现对图像文件的读取、显示和保存等操作。

在使用cv2.read函数时,需要注意对读取结果进行错误处理,以确保程序的稳定性和可靠性。

CV2作为一个功能强大的计算机视觉库,为图像处理和计算机视觉任务提供了丰富的工具和函数,能够满足各种需求。

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例题
选用位移传感器应注意哪些问题?
选用位移传感器时,除应符合一般传感器的选用原则外,其测量范围、线性度和精确度对传 感器的合理选用尤为重要。
1)测量范围:小位移测试可用电感式、差动变压器式、电容式、涡流式、压电式等,大位移测 试可采用光栅、感应同步器、磁栅等。数字式位移传感器确定测量范围的原则是:测量上 限不准传感器过载,测量下限应考虑示值相对误差。
一、线位移测量 1、接触式线位移测量: (1) 电感位移传感器: 自感式传感器: 原理:位移 → 线圈电感变化 特点:可靠,非线性严重 范围:测量微位移(<1mm)
互感式传感器: 原理:位移 → 两线圈互感变化 特点:非线性小 范围:测量大范围位移(<100mm)
U 0j(M 1M 2)I
(2) 透射式光栅:
差压式液位计
2. 钢带浮子式液位计
右图为直读式钢带浮子式液位计,这是一种最 简单的液位计,一般只能就地显示。
3、电容式物位计 R L
L H
3、电容式物位计 ❖大致可分成三种工作方式
棒状电极 导电容器 物料非导电液体
棒状电极 非金属容器
物料为非导电性液体
棒状电极 导电容器 物料为导电性液体
4、超声波物位计
(3)表面粗糙度:零件表面中峰谷的波长和波高之比 小于50 成为表面粗糙度。
2、粗糙度的定义:
粗糙度定义:表面粗糙度是一种微观的 几何形状误差。
粗糙度特点:量值小(小于1mm),变化频率高。
对零件性能的影响:
•影响零件的耐磨性。 •影响配合性质的稳定性。 •影响零件的疲劳强度。 •影响零件的抗腐蚀性。 •影响零件的密封性。 •影响零件的外观、测量精度、表面光学性能 •影响导电导热性能和胶合强度等
第五章 长度测量技术
第一节 长度检测概述 第二节 尺寸测量 第三节 形位误差测量 第四节 表面粗糙度测量 第五节 线位移与距离测量
一、粗糙度的基本概念
1、零件表面的形貌:
具有微小峰谷,可分为三种情况:
(1)形状误差 :零件表面中峰谷的波长和波高之比 大于1000的不平程度属于形状误差。
(2)表面波纹度:零件表面中峰谷的波长和波高之比 等于50~1000的不平程度称为波纹度。 会引起零件运转时的振动、噪声,
位移传感器:电感传感器、压电传感器
触针式轮廓仪:
2、粗糙度的非接触式测量:
工作原理:激光束聚焦于被测表面, 反射光束至光电探测器, 表面微观轮廓引起离焦, 控制物镜系统重新聚焦, 输出控制信号大小(电流)。
光学轮廓仪
第五章 长度测量技术
第一节 长度检测概述 第二节 尺寸测量 第三节 形位误差测量 第四节 表面粗糙度测量 第五节 线位移与距离测量 第六节 物位检测技术
定义:光栅是在基体上刻有 均匀分布条纹的 光学元件。 构成:主光栅(标尺光栅)、指示光栅、光 路系统、光电元件。
工作原理:叠合在一起形成一个小角度, 移动时,形成明暗相间的条纹--莫尔条纹
莫尔条纹宽度:
B
W
W
W=a+b:W-栅距, a-线宽,b-缝宽
2sin(/2)
特点: 精度高:误差平均效应
范围大:取决于定尺长度
(2) 电涡流位移传感器
原理: 交变电流I1
交变磁场H2
参数变化 传感器线圈
电涡流I2
输出信号 交变磁场H1
被测导体
线圈与导体距离变化 --电感、阻抗、品质因数等变化 --- 输出信号
特点:不受液体、油污、灰尘等介质的影响 测量范围有限:仅适于近距离测试 数百毫米 非线性,精度不高 体积大,功耗高
6.1 液位检测方法 6.2 料位检测方法 6.3 相界面的检测
1、 压力式物位计 原理:液体对容器底面位 计
H P g
(a) 压力表式液位计 (b)法兰式液位变送器
对于密闭容器中的液位测量,还可用差压法进行测量,消除液面上部气压及气压波动对示值的影 响。
(3) 激光位移传感器:
构成:激光器:发射激光束 发射端镜头:准直、汇聚 接收端镜头:成像 接收器:光电转换(CCD, PSD)
原理:(激光三角形测量法) 传感器探头发射出的激光,通过特殊的透镜被汇聚成一个直径极小的光束,此光束被测量表面漫反射到 一个分辨率极高的CCD或PSD探测器上,通过CCD或PSD所感应到光束位置的不同,精确测量被测物 体位置变化。
谷深平均值的绝对值和
(3) 轮廓最大高度Ry:
RY YPmaxYVmax
在取样长度内,被测实际轮廓上峰顶 与谷底之间距离
二、粗糙度的测量方法 1、粗糙度的接触式测量:
工作原理:触针接触被测表面, 移动一段长度(切断长度), 传感器输出位移信号
测量头:导头-保持移动方向,近似测量基准 触针-获取轮廓信号
H 1vt,v为传播速度 2
5、雷达物位计
雷达物位计也采用发射—反射—接收的工作模式。 雷达物位计的天线发射出电磁波,这些波经被测对象表面反射后,再被天线接收,电磁波从发射到
接收的时间与到液面的距离成正比。
D=CT/2 D——雷达物位计到液面的距离 C——光速 T——电磁波运行时间
采用一体化设计,无可动部件,不存在机械磨损,使用寿命长; 几乎能用于所有液体的液位测量; 采用非接触式测量,不受槽内液体的密度、浓度等物理特性的影响; 测量范围大,最大可达0~35m,可用于高温、高压的液位测量。
响应快:光电式,适于动态
uu0U m sin(2 x/W )
2、非接触式线位移测量:
(1) 电容位移传感器:
原理:位移 → 极板移动→极距变化→电容变化
初始电容量:
C0
A 0
C
C0 0
特点:
分辨力极高:位移1nm 动极板质量小,惯性小,动态响应好; 非接触,自身发热和功耗小; 非线性严重
范围:测量微位移(<1mm)
3、粗糙度评定基准:
评定基准:表面粗糙度的基准线, 评定表面粗糙度的一段参考线。
国家标准规定:评定基准为轮廓中线。 包括:最小二乘中线和算术平均中线
最小二乘中线:使轮廓上各点至该线的 距离平方和为最小。
算术平均中线:将实际轮廓划分上下两部分, 且使上下面积相等的直线 。
基准线
L
L
L
L
L
n
F1
F2
y=f(x)
检测技术基础Read
2020/11/26
1
第三节 形位误差测量
一、形位误差的基本概念
形位误差测量是将被测要素和理想要素进行比较,从而用数值描述实际要素与理想要素形状或位 置上的差异。每个参数的测量过程包括测量和评定两个阶段。
形位误差的分类
形状误差
形状误差评定时,理想要素的位置应符合最小条 件。 最小条件:是指被测实际要素对其理想要素的最大 变动量为最小。
2)线性度:由于一些位移传感器本身是非线性的,为了满足测试精确度要求,在位移测试中常 采用适当方法给予校正、补偿。
3)精确度:根据测试的目的和被测位移实际要求,尽可能选择精确度较低的传感器,以获得最 佳的技术经济效益。
汇报结束 谢谢大家!
请各位批评指正
2020/11/26
38
特点:测量精度高(0.03%),分辨率高(0.005%)。 与被测体无关(软硬、颜色、冷热、材料…) 量程可达数百毫米。
二、距离测量
1、飞行时间测距:
原理: 激光器发出单个激光脉冲, 并返回发射端接收
激光器
被测距离:
dct/2 c --- 光速 t --- 往返飞行时间
特点:对时间测量精度要求高,适于测量超长距离
位置误差
位置误差:实际要素的位置与理想位置差异。 位置公差:被测要素的实际位置对基准在一定方向或位置上的允许的变动量。
第三节 形位误差测量 一、圆度误差定义: 圆度误差指包容同一正截面实际轮廓且半径差为最小的两同心圆的距离fm。
fmRmaxRmin
最小包容区域法最小,最小 二乘法稍大
最小包容区域法、最小外接圆法 最大内切圆法,最小二乘圆法
0
G1
G2
L
Fn
x Gm
4、粗糙度的评定参数:
评定參數:通常采用下列參數之一来定量评定表面粗糙度。
(1) 轮廓算术平均偏差Ra:
Ra
1 n
n i1
yi
在取样长度内,被测实际轮廓上各点
至中线距离绝对值的平均值
(2) 微观不平度十点高度Rz:
5
5
Rz ( ypi yvi)/5
i1
i1
在取样长度内,被测实际轮廓上5点最大峰高平均值与5点最大
最小包容区域:即包容圆的显示 轮廓且与该显示轮廓相间接触点 不少于四个的两个理想的同心圆。
圆度误差测量
圆度仪测量法:测量时将被测零件安置在量仪工作台上,调整其轴线与量仪回转轴线同轴。记录被 测零件在回转一周内截面各点的半径差,绘制出极坐标图,最后评定出圆度误差。
第三节 形位误差测量 二、直线度误差的测量
测量方法:
单测头法
自准直仪法
评定方法:计算最小二乘平面, 计算各点与平面的距离δi, 平面度误差ΔP=δmax-δmin
激光干涉法
第三节 形位误差测量 四、圆柱度误差的测量
圆柱度误差:是指实际圆柱轮廓表面对其理想圆柱面的变动量。
被测圆柱面必须位于半径差为公差值0.05mm两同轴圆柱面间的区域内。
第三节 形位误差测量 圆柱度误差的测量,可在圆度测量基础上,测头沿被测圆柱表面作轴向运动测得。
直线度误差:包容被测直线实际轮廓 且距离为最小的两平行直线的距离
测量方法:
实际线
包容直线 ΔS
刀口尺法
评定方法:求最小二乘直线,计算各点与直线的 距离δi,直线度误差ΔS=δmax-δmin
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