细菌分类鉴定-第二部分
合集下载
章十 微生物的分类和鉴定
1. 2. 3. 4. rRNA普遍存在,易于提取; rRNA重要恒定的生理功能; 在细胞中含量大，易于提取； 编码rRNA的基因在细胞中不像质粒DNA那样会转移，而是十 分稳定的 ； 5. rRNA的非常保守性--进化尺度; 6. 16S/18S rRNA 核苷酸数量适中, 信息量大,易于分析。在原 核生物核糖体所含的三种rRNA（23S，16S和5S，见图11-11） 中，其核苷酸数分别约为2900、1540和120个，其中的 16SrRNA不但核苷酸数适中，而且信息量较大且易于分析， 故是理想的研究材料。
亚种以下的分类单元
亚种（subspeciers）：种的进一步细分，一般指其某 一民而稳定的特征与模式中不同的种常在种名、署名 的加词后写上subsp.然后再写具体亚种的加词； 变种（ variety）：容易引起混乱； 型 form：使用中用型作为后缀；表示细菌菌株，现已 作废； 类群（group）：没有分类地位非正式地指定一组具有 某些共同性状的生物； 菌株（strain）：表示任何由一个独立分离的单细胞繁 殖而成的纯种群体极其一切后代；实际上是一个微生 物达到遗传性纯的标志。 小种（race）：涵义较乱，在不同分支学科中由不同 涵义； 相（phase）：自然界存在的微生物交互变异的一定阶 段； 态（state）：通常指微生物的菌落变异状态。
《伯杰氏系统细菌学手册》
1st ed, 1984-1989, 分为4卷；是在《伯杰氏鉴定细菌 手册》 8th ed 的基础之上增加了大量的分子生物学资料。 但由于当时细菌系统发育的资料仍较零碎，所以有相当一 部分类群未能科目级别分类，从实际需要出发，主要根据 表型特征将整个原核生物分为33组，33个组的划分见表。 国际上最为流行的版本。微生物分类技术和学术理论的发 展促进了生物科学的进步。 2ed ed, 2000开始出版，分为5卷，提出完整的系统分类， 将原核生物分为：古细菌界（2门、5组、8纲、11目、17科、 63属、208种）；细菌界：（16门、26组、27纲、62目、 163科、814属、4727种）；反映了人们对生物系统发育的 深刻认识。
亚种以下的分类单元
亚种（subspeciers）：种的进一步细分，一般指其某 一民而稳定的特征与模式中不同的种常在种名、署名 的加词后写上subsp.然后再写具体亚种的加词； 变种（ variety）：容易引起混乱； 型 form：使用中用型作为后缀；表示细菌菌株，现已 作废； 类群（group）：没有分类地位非正式地指定一组具有 某些共同性状的生物； 菌株（strain）：表示任何由一个独立分离的单细胞繁 殖而成的纯种群体极其一切后代；实际上是一个微生 物达到遗传性纯的标志。 小种（race）：涵义较乱，在不同分支学科中由不同 涵义； 相（phase）：自然界存在的微生物交互变异的一定阶 段； 态（state）：通常指微生物的菌落变异状态。
《伯杰氏系统细菌学手册》
1st ed, 1984-1989, 分为4卷；是在《伯杰氏鉴定细菌 手册》 8th ed 的基础之上增加了大量的分子生物学资料。 但由于当时细菌系统发育的资料仍较零碎，所以有相当一 部分类群未能科目级别分类，从实际需要出发，主要根据 表型特征将整个原核生物分为33组，33个组的划分见表。 国际上最为流行的版本。微生物分类技术和学术理论的发 展促进了生物科学的进步。 2ed ed, 2000开始出版，分为5卷，提出完整的系统分类， 将原核生物分为：古细菌界（2门、5组、8纲、11目、17科、 63属、208种）；细菌界：（16门、26组、27纲、62目、 163科、814属、4727种）；反映了人们对生物系统发育的 深刻认识。
细菌学：第二章 细菌的分类形态和进化
• 用于沙门氏菌、葡萄球菌毒素、 E.ColiO157 和单核细胞增生李斯特氏菌等 快速检测
免疫学技术
• 2、酶免疫技术 • 利用抗原、抗体反应高度特异性和酶
促反应高度敏感性，通过肉眼或显微 镜观察及分光光度计测定，达到在细 胞或亚细胞水平上示踪抗原或抗体部 位，及对其进行定量目的。
免疫学技术
• 3、免疫印迹技术
↓ cDNA序列测定
↓ 反推rRNA序列 – 细菌基因组16S rDNA 可以直接以PCR 放大，然后测序
Eubacteria （真细菌界）
Archaebacteria （古细菌界）
Eukarya （真核生物界）
利用16SrRNA建立分子进化树
• 同一菌种的各个细菌，在某些方面仍有一定的差异， 可再分成亚种（subspecies）
☆分类是根据微生物的相似性和亲缘关系，将微生物归入不同的分类类群。 ☆鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的分类单元的过程。
☆命名是根据国际命名法规给微生物分类单元以科学的名称。
5 界 论
6 界 论
8 界 论
三域学说
古古生生菌菌
– 系统分类学Phylogenetic Classification
• 亚种以下的分类等级为型（type），以区别某些特殊 的特征。
• 例如：抗原结构不同而分的血清型（serotype）；对 噬菌体敏感性不同的噬菌体型（phagetype）；对细菌 素敏感性不同的细菌素型（bacteriocin-type），生化 反应和某些生物学性状不同的生物型（biotype）。
4）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易于提取；
5）16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同 源分子是18SrRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。
免疫学技术
• 2、酶免疫技术 • 利用抗原、抗体反应高度特异性和酶
促反应高度敏感性，通过肉眼或显微 镜观察及分光光度计测定，达到在细 胞或亚细胞水平上示踪抗原或抗体部 位，及对其进行定量目的。
免疫学技术
• 3、免疫印迹技术
↓ cDNA序列测定
↓ 反推rRNA序列 – 细菌基因组16S rDNA 可以直接以PCR 放大，然后测序
Eubacteria （真细菌界）
Archaebacteria （古细菌界）
Eukarya （真核生物界）
利用16SrRNA建立分子进化树
• 同一菌种的各个细菌，在某些方面仍有一定的差异， 可再分成亚种（subspecies）
☆分类是根据微生物的相似性和亲缘关系，将微生物归入不同的分类类群。 ☆鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的分类单元的过程。
☆命名是根据国际命名法规给微生物分类单元以科学的名称。
5 界 论
6 界 论
8 界 论
三域学说
古古生生菌菌
– 系统分类学Phylogenetic Classification
• 亚种以下的分类等级为型（type），以区别某些特殊 的特征。
• 例如：抗原结构不同而分的血清型（serotype）；对 噬菌体敏感性不同的噬菌体型（phagetype）；对细菌 素敏感性不同的细菌素型（bacteriocin-type），生化 反应和某些生物学性状不同的生物型（biotype）。
4）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易于提取；
5）16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同 源分子是18SrRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。
2第二章 原核生物
如果泛指某一属的微生物，或某菌种，知 其属但种名未定，可用“sp” “spp”作加词 如 Bacillus sp：一个尚未定名的芽胞杆菌 Bacillus spp：泛指芽胞杆菌属的菌种
同一菌种在一篇文章中首次出现时写全称， 第二次出现时，属名可缩写： Escherichia coli 缩写为E. coli
一、生物的系统发育与进化计时 形态学特征分类存在的问题： 1、微生物可利用的形态特征少，很难将所 有生物放在同一水平上比较。 2、形态特征在不同类群中进化速度差异很 大。
生物进化计时器：蛋白质、DNA、RNA 选择合适分子标尺： 1、普遍存在与各个生物类群中。 2、各个生物中功能同源的大分子。 3、既有保守序列又有可变序列。 4、序列变化缓慢，变化进程应覆盖整个进化 历史。 5、大小适中。
（三）分子分类法
G+C百分比测定 核酸杂交：DNA与DNA杂交 16SrRNA碱基测序 RAPD （随机扩增多态性DNA） 遗传重组：接合、转化等重组方式只 发生在同源的染色体之间，如：转化 通常只在同属内的不同种之间发生， 很少在属间出现
数据库和计算机程序的应用 数据库： NCBI GenBank EMBL 分析软件： Vector NTI ; Winplas ; ClustalX; 生物软件网 Emboss
（二）三名法
学名=属名+种加词+符号subsp.或var.+亚种或变种加词
斜体字
正体字（一般省略）
斜体字
例1.苏云金芽孢杆菌腊螟亚种
Bacillus thuringiensis subsp. galleria
例2. 丁香假单胞烟草致病变种 Pseudomonas syringae pv. tabaci
微生物的分类与鉴定
因此1980年起开始编《伯杰氏系统细菌学手 册》简称《系统手册》
23
➢ 《伯杰氏系统细菌学手册》1984-1989（第一版） ➢ 1986年第一卷 :一般医学上或工业的重要的革兰
氏阴性菌 ➢ 1988年第二卷:除了放线菌之外的革兰氏阳性菌 ➢ 1989年第三卷:古细菌、蓝细菌和第一卷以外的
其余的G-菌 ➢ 1989年第四卷:放线菌
生物分类的传统指标
形态学特征、 生理学特征、 生态学特征
从不同层次(细胞的、分子的)，用不同学科(化学、物理学、遗传 学、免疫学、分子生物学等)的技术方法来研究和比较不同微生 物的细胞、细胞组分或代谢产物，从中发现的反映微生物类群特征 的资料。
在现代微生物分类中，任何能稳定地反映微生物种类特征的资料， 都有分类学意义，都可以作为分类鉴定的依据。
生物分类学上种以下的分类单位。但其基本特征仍未超脱原种范 围的一群个体。
种内某一个体可能由于突变而发生变异，在自然选择和人工选择 下，这种变异会在种内不断扩散，最后形成某些遗传性不同于原 种的一个群体。
变种仍能和原种进行基因交流。 变种和亚种没有本质差别，有时常混用。
指某一明显而稳定的特征与模式种不同的种，有时称 小种。
一、分类单元及其等级
界 （Kingdom） (Regnum) 门 （Phylum） (Phylum) 纲（Class） (Classis) 目（Order） (Ordo) 科（Family） (Familia)
属（Genus） (Genus) 种（Species） (Species)
微生物的分类单位
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
23
➢ 《伯杰氏系统细菌学手册》1984-1989（第一版） ➢ 1986年第一卷 :一般医学上或工业的重要的革兰
氏阴性菌 ➢ 1988年第二卷:除了放线菌之外的革兰氏阳性菌 ➢ 1989年第三卷:古细菌、蓝细菌和第一卷以外的
其余的G-菌 ➢ 1989年第四卷:放线菌
生物分类的传统指标
形态学特征、 生理学特征、 生态学特征
从不同层次(细胞的、分子的)，用不同学科(化学、物理学、遗传 学、免疫学、分子生物学等)的技术方法来研究和比较不同微生 物的细胞、细胞组分或代谢产物，从中发现的反映微生物类群特征 的资料。
在现代微生物分类中，任何能稳定地反映微生物种类特征的资料， 都有分类学意义，都可以作为分类鉴定的依据。
生物分类学上种以下的分类单位。但其基本特征仍未超脱原种范 围的一群个体。
种内某一个体可能由于突变而发生变异，在自然选择和人工选择 下，这种变异会在种内不断扩散，最后形成某些遗传性不同于原 种的一个群体。
变种仍能和原种进行基因交流。 变种和亚种没有本质差别，有时常混用。
指某一明显而稳定的特征与模式种不同的种，有时称 小种。
一、分类单元及其等级
界 （Kingdom） (Regnum) 门 （Phylum） (Phylum) 纲（Class） (Classis) 目（Order） (Ordo) 科（Family） (Familia)
属（Genus） (Genus) 种（Species） (Species)
微生物的分类单位
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
细菌分类分类学
第二节细菌分类分类学内容涉及三个相互依存又有区别的组成部分:分类(classification)是根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定；命名(nomenclature)是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称；鉴定(identification或determination)则是指借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。
一、分类单元及其等级分类单元(taxon,复数taxa)是指具体的分类群，如原核生物界(Procaryotae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)等都分别代表一个分类单元。
细菌的分类单元分为七个基本的分类等级(rank或category)或分类阶元，由上而下依次是：界、门、纲、目、科、属、种在分类中，若这些分类单元的等级不足以反映某些分类单元之间的差异时也可以增加"亚等级"即：亚界、亚门……亚种，在细菌分类中，还可以在科(或亚科)和属之间增加族和亚族等级。
值得强调的是，分类单元的等级(阶元)只是分类单元水平的概括，它并不代表具体的分类单元。
在细菌分类中，还使用一些非正式的类群术语。
(1)培养物(culture)，是指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。
如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。
如果某一培养物是由单一微生物细胞繁殖产生的，就称之为该细菌的纯培养物(pure culture)。
（2）菌株(strain)，从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物或用实验方法(如通过诱变)所获得的某一菌株的变异型，（但为另一新菌种）菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体。
菌株名称常用数字编号、字母、人名、地名等表示。
简述细菌种属的分类鉴定流程
简述细菌种属的分类鉴定流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。
文档下载后可定制随意修改，请根据实际需要进行相应的调整和使用，谢谢!并且，本店铺为大家提供各种各样类型的实用资料，如教育随笔、日记赏析、句子摘抄、古诗大全、经典美文、话题作文、工作总结、词语解析、文案摘录、其他资料等等，如想了解不同资料格式和写法，敬请关注!Download tips: This document is carefully compiled by theeditor. I hope that after you download them,they can help yousolve practical problems. The document can be customized andmodified after downloading,please adjust and use it according toactual needs, thank you!In addition, our shop provides you with various types ofpractical materials,such as educational essays, diaryappreciation,sentence excerpts,ancient poems,classic articles,topic composition,work summary,word parsing,copy excerpts,other materials and so on,want to know different data formats andwriting methods,please pay attention!简述细菌种属的分类鉴定流程一、准备工作阶段。
在进行细菌种属的分类鉴定之前，需要进行充分的准备工作。
细菌的分类和鉴定
（一）生理学与生化学分类法
主要以细菌的形态、染色以及细菌的特 殊结条件等等。 主要有两种方法 1、传统分类法
2、数值分类法
1、传统分类法
主要以细菌的形态、生理特征为分类基 础，选择一些较稳定的生物学性状如细菌的 形态结构、染色性、培养特性、生化反应、 抗原性等作为依据，然后按主次顺序逐级区 分。
（二）生理生化特征
包括营养类型、与氧的关系、对温度的适应 性、碳水化合物的代谢试验、蛋白质和氨基酸的 代谢试验及的碳源和氮源利用试验、各种酶类试 验、抑菌试验等等。 生理生化特征特点： 对微生物生理生化特征的比较也是对微生物 基因组的间接比较； 测定生理生化特征比直接分析基因组要容易；
六、微生物分类鉴定的依据
根据微生物分类学中使用的技术和方法，可 把它们分成四个不同的水平：
①细胞形态和行为水平； ②细胞组分水平； ③蛋白质水平； ④基因组水平。
在微生物分类学发展的早期，主要的分类鉴 定指标是以在细胞形态和习性为主，可称为经典 的分类鉴定法
七、细菌的分类方法
生物分类的传统指标
1、DNA G+C mol%测定
DNA分子两条链上4种碱基的总分子量 为100，测定其中G+C或A+T摩尔百分比， 能反应出细菌间DNA分子的同源程度，习惯 上以G+C 作为细菌的分类标记。 不同菌属间的G+C mol%范围很大，在 25%~75%之间，但同一种细菌G+C mol% 相当稳定，不受菌龄、培养条件和其它外界 因素影响，亲缘关系越近的细菌，它们G+C mol%越接近（但并非G+C mol%越接近， 亲缘关系就越近？？？）。
细菌的命名依据“国际细菌命名法规” 的规 定，学名用拉丁文，遵循“双名法”。即每一种 细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分构成，属
实验二 革兰氏(Gram)染色法、芽孢染色法
实验报告
• 1 绘图表示大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的形 并注明两菌的革兰氏染色结果。 态，并注明两菌的革兰氏染色结果。 • 2 绘图表示你所观察到的枯草芽孢杆菌的芽 孢形态特征（ 注意芽孢的形状、 孢形态特征 （ 注意芽孢的形状 、 着生位置 及芽孢囊的形态特征） 及芽孢囊的形态特征）
预 习
细菌的荚膜染色法和鞭毛染色法
革兰氏染色法（ 革兰氏染色法（Gram Stain） ）
步骤：
涂片固定 结晶紫初染 碘液媒染 乙醇脱色 番红复染
关键步骤及注意事项
1、涂片时，生理盐水及取菌不宜过多，涂片 、涂片时，生理盐水及取菌不宜过多， 应尽可能均匀。 应尽可能均匀。 2、乙醇脱色是革兰氏染色的关键环节，严格 、乙醇脱色是革兰氏染色的关键环节， 掌握脱色时间。 掌握脱色时间。
芽孢染色结果
（芽孢呈绿色，营养体及芽孢囊呈红色） 芽孢呈绿色，营养体及芽孢囊呈红色）
实验器材
1.菌种：枯草芽孢杆菌斜面培养物 菌种： 菌种 2.染色剂：5%孔雀绿水溶液，0.5%番红 染色剂： 孔雀绿水溶液 孔雀绿水溶液， 染色剂 番红 水溶液 3.仪器或其他用具：载玻片，木夹子， 仪器或其他用具： 仪器或其他用具 载玻片，木夹子， 酒精灯，显微镜等。 酒精灯，显微镜等。
实验方法： 实验方法：
切勿让染 料干涸
制片→染色（孔雀绿加热 水洗→ 制片 染色（孔雀绿加热5min）→水洗 染色 ） 水洗 复染（番红 水洗→干燥 复染（番红2-3min）→水洗 干燥 镜检 ） 水洗 干燥→镜检
思考题
（1）作革兰氏染色涂片为什么不能过于浓厚？其 ）作革兰氏染色涂片为什么不能过于浓厚？ 染色成败的关键为什么是乙醇脱色？ 染色成败的关键为什么是乙醇脱色？ （2）当你对一株未知菌进行革兰氏染色时，怎样 ）当你对一株未知菌进行革兰氏染色时， 能确证你的染色技术操作正确，结果可靠？ 能确证你的染色技术操作正确，结果可靠？ （3）若涂片中观察到的只是大量游离芽孢，很少 ）若涂片中观察到的只是大量游离芽孢， 看到芽孢囊及营养细胞，你认为这是什么原因？ 看到芽孢囊及营养细胞，你认为这是什么原因？
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
种和亚种指定模式菌株（type strain）；
亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）；
模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
新名称的发表
根据细菌命名法规的规定，有效发表新的细菌名称应在公 开发行的刊物上进行，在菌种目录 、会议记录、会议论文摘 要等均不能视为有效发表。此外，若新名称是在国际系统与 进化微生物学杂志(International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, IJSEM )以外的其他杂志上发表 的，要取得国际上承认和学名优先权，还必须经过新名称的 合格化发表，即将有效发表的英文附本送交IJSEM审查，被 认为合格后，在该杂志上定期公布，命名日期即从公布之日 算起，否则不算合格发表也不能取得国际上的承认。发表新 名称时，应在新名称之后加上所属新分类等级的缩写词，如 新目“ord.nov.”、新属“gen.nov.”、新种“sp.nov.”等, 例如： Pyrococcus furiosus sp.nov.表明该菌(猛烈火球菌)是一个 新发表的种。
生物体基因在域和界水平即存在大量转移
2001年5月18日 美国《Science》周刊292卷 第5520期
人类基因组中的细菌基因？
一项新的研究指出，在我们体内的每个细胞中有40个左右的细菌基因。这个由细 菌到人类寄主的所谓的“横向转移(lateral transfer)”给进化生物学带来了极大的问题， 它可能意味着直到现在细菌可能一直在为其自身利益操纵着人类的基因组。
伯杰氏手册是目前进行细菌分类、鉴定的
最重要依据，其特点是描述非常详细，包括对 细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验 的具体方法。
《伯杰氏鉴定细菌学手册》
(Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
1984~1989
《伯杰氏系统细菌学手册》
(Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp来表示，
例如 Bacillus sp
1、属名 属名用一个单数主格名词或当作名词用的形容词
来表示，可以是阳性、阴性或中性，首字母要大写。 例如：Bacillus(芽孢杆菌属)(阳性)，拉丁词，原 意为“小杆菌”，因该属菌有芽孢而译为“ 芽孢杆菌 属”。 Clostridium(梭菌属)(中性)，源于希腊词， 原意为“纺缍状菌”。 Salmonella(沙门氏菌属)(阴 性)，以美国细菌学家D.E.Salmon的姓氏来命名的。
他类群的菌株有很明显的区别。
Section 4 Nomenclature of Bacteria
双名法(binomial nomenclature) ，由二个拉丁字或希腊字 或拉丁化了的其它文字组成，一般用斜体表示
属名在前，一般用拉丁字名词表示，首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写
Section 5 伯杰氏手册
60年代以前，国际上不少细菌分类学家都曾对细菌进行过全面 的分类，提出过一些在当代有影响的细菌分类系统。但70年代 以后，对细菌进行全面分类的、影响最大的是"伯杰氏手册 "。 所以该书目前已成为对细菌进行分类鉴定的主要参考书。
"伯杰氏手册"最初是由美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey) (1860-1937)及其同事为细菌的鉴定而编写的，名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey‘s Manual of Determinative Bacteriology)。该书自1923年问世以来， 已进行过九次修订。1957年第七版后，由于越来越广泛地吸收了国际上细菌 分类学家参加编写(如1974年第八版，撰稿人多达130多位，涉及15个国家； 现行版本撰稿人多达300多人，涉及近20个国家)，所以它的近代版本反映了 出版年代细菌分类学的最新成果，因而逐渐确立了在国际上对细菌进行全面 分类的权威地位。70年代以来该书所提出的分类系统已被各国普遍采用。尽 管该书编辑们一再坚决否认，还是被人称之为"官方的分类"。
Steven L. Salzberg和他的同事们与过去的研究人员一样，将人类基因组和已经测 序的真核细菌基因组做比较，来识别同时在人类和细菌中出现的“细菌到脊椎动物转 移”的基因(bacteria to vertebrate transfers,简称BVTs)。Salzberg的小组分析的数据包 括了塞莱拉的基因组序列和过去没有被分析过的寄生物谱系的蛋白，但他们排除了在 序列还没有完全测出的真核细菌中有变异的基因。
致依病根据型据，基不p因同at序h型ov列的ar 来细分菌种之，间pa如t存ho把t在ypDe鉴N别A性杂特交征同对的源宿差主性致异在病，6性0命的~ 差7名0异%或以鉴上定，不 噬同菌或的型者型1必6pS需hraR有goNv分aAr类序学列依同据源pha。性go达typ9e7ly%so以typ上e 的对菌噬株菌体定溶为解一反应个的种差。异 形态微型生物m的o种rph：ova具r 有高度mo特rph征oty相pe似性的菌特株殊群的形，态这学个特征菌株群与其
(根据现有数据建立系统的过程)
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个 专有的名称；
(分类系统建立过程中的步骤之一)
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类 系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类 地位的微生物所应归属分类群的过程。
他们的结果建议，许多共有的基因在其他真核细菌中丢失了，在进化率不同的生 物体中有变化，采样大小的不同对结果也有影响。在一篇相关的研究评述中，JanO. Andersson和Camilla L. Nesbo进一步讨论了这些发现。
报告：Microbial Genes in the Human Genome: Lateral Transfer or Gene Loss?, by Steven L. Salzberg, et al.
categories of Bacteria 2000-2004 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd
1984 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, volume I- IV (33 sections in total) Volume I : Sections 1-11 Volume II : Sections 12-17 Volume III : Sections 18-25 Volume IV : Sections 26-33 Kingdom Procaryotae Division I Gracilicutes (薄壁细菌门) Division II Firmicutes (坚壁细菌门) Division III Tenericutes (柔膜细菌门) Division IV Mendosicutes(疵壁细菌门)
2、种ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ:
第二个词为种名，常用形容词(要与属名性别一致)，也可以用人名、地名、病 名或其他名词(名词用主格或所属格形式)，种名首字母不大写。例如： Pseudomonas aeruginosa。其中Pseudomonas是属名(假单胞菌属)(阴性 )； aeruginosa是种名加词，是拉丁语形容词(阴性)，原意为“铜绿色的”。 Mycobacterium tuberculosis。其中Mycobacterium是属名(分枝杆菌属)， 系 希腊词源的复合词(中性)，tuberculosis是种名加词，是希腊词和拉丁词缀合成 的名词所属格形式，意为“结核病的”。
Topic:
Classification and identification of Bacteria Department of Microbiology Faculity : Xiancai Rao
Discussion
Carl Woose的rRNA进化树完美无缺？
随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定，人们 发现生物在进化中存在着非常广泛的水平基因转移现 象，很多科学家都认为不能仅靠对16SrRNA的序列比 较来确定生物之间的亲缘关系，还必须借助各种信息 对这个进化树进行改进。
菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体
Bacillus subtilis ASI.398 生产蛋白酶 Bacillus subtilis BF7658 生产α淀粉酶
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种 不同菌株之间的性状差异，不足以分为 新的亚种时，可以细分为不同的型。
伯杰氏手册修订
1923 The first edition 1925 The second 1930 The third 1934 the fourth 1939 the fifth 1948 the sixth 1957 the seventh 1974 The eighth edition, 19 parts in total 1984 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 1994 Ninth edition, 35 Groups within 4 major
例如抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解 反应的不同分为不同的噬菌型等
4）中文种译（名spe推ci荐es使）用：的物名称种，以生前物使用分的类同中义基词本应的用分于类只单有元下列和性分状类的等菌级株 。 菌株与型的区别：
生血菌物清高株型型等之生间bs物不eiorv中o存avra，在r “鉴别生性殖特sb隔eior征otyt离yp的pee”差被异看，作命是名不特区不同殊分同的的抗生物的原理种菌特生的株征化标性无状准需分类学
种和亚种指定模式菌株（type strain）；
亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）；
模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
新名称的发表
根据细菌命名法规的规定，有效发表新的细菌名称应在公 开发行的刊物上进行，在菌种目录 、会议记录、会议论文摘 要等均不能视为有效发表。此外，若新名称是在国际系统与 进化微生物学杂志(International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, IJSEM )以外的其他杂志上发表 的，要取得国际上承认和学名优先权，还必须经过新名称的 合格化发表，即将有效发表的英文附本送交IJSEM审查，被 认为合格后，在该杂志上定期公布，命名日期即从公布之日 算起，否则不算合格发表也不能取得国际上的承认。发表新 名称时，应在新名称之后加上所属新分类等级的缩写词，如 新目“ord.nov.”、新属“gen.nov.”、新种“sp.nov.”等, 例如： Pyrococcus furiosus sp.nov.表明该菌(猛烈火球菌)是一个 新发表的种。
生物体基因在域和界水平即存在大量转移
2001年5月18日 美国《Science》周刊292卷 第5520期
人类基因组中的细菌基因？
一项新的研究指出，在我们体内的每个细胞中有40个左右的细菌基因。这个由细 菌到人类寄主的所谓的“横向转移(lateral transfer)”给进化生物学带来了极大的问题， 它可能意味着直到现在细菌可能一直在为其自身利益操纵着人类的基因组。
伯杰氏手册是目前进行细菌分类、鉴定的
最重要依据，其特点是描述非常详细，包括对 细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验 的具体方法。
《伯杰氏鉴定细菌学手册》
(Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
1984~1989
《伯杰氏系统细菌学手册》
(Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp来表示，
例如 Bacillus sp
1、属名 属名用一个单数主格名词或当作名词用的形容词
来表示，可以是阳性、阴性或中性，首字母要大写。 例如：Bacillus(芽孢杆菌属)(阳性)，拉丁词，原 意为“小杆菌”，因该属菌有芽孢而译为“ 芽孢杆菌 属”。 Clostridium(梭菌属)(中性)，源于希腊词， 原意为“纺缍状菌”。 Salmonella(沙门氏菌属)(阴 性)，以美国细菌学家D.E.Salmon的姓氏来命名的。
他类群的菌株有很明显的区别。
Section 4 Nomenclature of Bacteria
双名法(binomial nomenclature) ，由二个拉丁字或希腊字 或拉丁化了的其它文字组成，一般用斜体表示
属名在前，一般用拉丁字名词表示，首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写
Section 5 伯杰氏手册
60年代以前，国际上不少细菌分类学家都曾对细菌进行过全面 的分类，提出过一些在当代有影响的细菌分类系统。但70年代 以后，对细菌进行全面分类的、影响最大的是"伯杰氏手册 "。 所以该书目前已成为对细菌进行分类鉴定的主要参考书。
"伯杰氏手册"最初是由美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey) (1860-1937)及其同事为细菌的鉴定而编写的，名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey‘s Manual of Determinative Bacteriology)。该书自1923年问世以来， 已进行过九次修订。1957年第七版后，由于越来越广泛地吸收了国际上细菌 分类学家参加编写(如1974年第八版，撰稿人多达130多位，涉及15个国家； 现行版本撰稿人多达300多人，涉及近20个国家)，所以它的近代版本反映了 出版年代细菌分类学的最新成果，因而逐渐确立了在国际上对细菌进行全面 分类的权威地位。70年代以来该书所提出的分类系统已被各国普遍采用。尽 管该书编辑们一再坚决否认，还是被人称之为"官方的分类"。
Steven L. Salzberg和他的同事们与过去的研究人员一样，将人类基因组和已经测 序的真核细菌基因组做比较，来识别同时在人类和细菌中出现的“细菌到脊椎动物转 移”的基因(bacteria to vertebrate transfers,简称BVTs)。Salzberg的小组分析的数据包 括了塞莱拉的基因组序列和过去没有被分析过的寄生物谱系的蛋白，但他们排除了在 序列还没有完全测出的真核细菌中有变异的基因。
致依病根据型据，基不p因同at序h型ov列的ar 来细分菌种之，间pa如t存ho把t在ypDe鉴N别A性杂特交征同对的源宿差主性致异在病，6性0命的~ 差7名0异%或以鉴上定，不 噬同菌或的型者型1必6pS需hraR有goNv分aAr类序学列依同据源pha。性go达typ9e7ly%so以typ上e 的对菌噬株菌体定溶为解一反应个的种差。异 形态微型生物m的o种rph：ova具r 有高度mo特rph征oty相pe似性的菌特株殊群的形，态这学个特征菌株群与其
(根据现有数据建立系统的过程)
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个 专有的名称；
(分类系统建立过程中的步骤之一)
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类 系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类 地位的微生物所应归属分类群的过程。
他们的结果建议，许多共有的基因在其他真核细菌中丢失了，在进化率不同的生 物体中有变化，采样大小的不同对结果也有影响。在一篇相关的研究评述中，JanO. Andersson和Camilla L. Nesbo进一步讨论了这些发现。
报告：Microbial Genes in the Human Genome: Lateral Transfer or Gene Loss?, by Steven L. Salzberg, et al.
categories of Bacteria 2000-2004 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd
1984 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, volume I- IV (33 sections in total) Volume I : Sections 1-11 Volume II : Sections 12-17 Volume III : Sections 18-25 Volume IV : Sections 26-33 Kingdom Procaryotae Division I Gracilicutes (薄壁细菌门) Division II Firmicutes (坚壁细菌门) Division III Tenericutes (柔膜细菌门) Division IV Mendosicutes(疵壁细菌门)
2、种ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ:
第二个词为种名，常用形容词(要与属名性别一致)，也可以用人名、地名、病 名或其他名词(名词用主格或所属格形式)，种名首字母不大写。例如： Pseudomonas aeruginosa。其中Pseudomonas是属名(假单胞菌属)(阴性 )； aeruginosa是种名加词，是拉丁语形容词(阴性)，原意为“铜绿色的”。 Mycobacterium tuberculosis。其中Mycobacterium是属名(分枝杆菌属)， 系 希腊词源的复合词(中性)，tuberculosis是种名加词，是希腊词和拉丁词缀合成 的名词所属格形式，意为“结核病的”。
Topic:
Classification and identification of Bacteria Department of Microbiology Faculity : Xiancai Rao
Discussion
Carl Woose的rRNA进化树完美无缺？
随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定，人们 发现生物在进化中存在着非常广泛的水平基因转移现 象，很多科学家都认为不能仅靠对16SrRNA的序列比 较来确定生物之间的亲缘关系，还必须借助各种信息 对这个进化树进行改进。
菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体
Bacillus subtilis ASI.398 生产蛋白酶 Bacillus subtilis BF7658 生产α淀粉酶
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种 不同菌株之间的性状差异，不足以分为 新的亚种时，可以细分为不同的型。
伯杰氏手册修订
1923 The first edition 1925 The second 1930 The third 1934 the fourth 1939 the fifth 1948 the sixth 1957 the seventh 1974 The eighth edition, 19 parts in total 1984 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 1994 Ninth edition, 35 Groups within 4 major
例如抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解 反应的不同分为不同的噬菌型等
4）中文种译（名spe推ci荐es使）用：的物名称种，以生前物使用分的类同中义基词本应的用分于类只单有元下列和性分状类的等菌级株 。 菌株与型的区别：
生血菌物清高株型型等之生间bs物不eiorv中o存avra，在r “鉴别生性殖特sb隔eior征otyt离yp的pee”差被异看，作命是名不特区不同殊分同的的抗生物的原理种菌特生的株征化标性无状准需分类学