蛋白质相互作用的研究方法
五种蛋白质互作技术
五种蛋白质互作技术介绍由于蛋白质在生物系统中发挥着重要的作用，研究蛋白质的相互作用对于理解生物学过程以及开发药物具有重要意义。
近年来，研究人员开发了许多蛋白质互作技术，用于识别、检测和研究蛋白质间的相互作用关系。
本文将介绍五种主要的蛋白质互作技术。
1. 酵母双杂交技术（Y2H）酵母双杂交技术是一种常用的蛋白质互作检测方法。
该技术利用酵母细胞内的功能酶来检测蛋白质间的相互作用。
其基本原理是将目标蛋白质与一个激活域和一个DNA结合域融合，形成Y2H信号报告蛋白。
当与目标蛋白质相互作用的蛋白质结合至Y2H信号报告蛋白上时，报告蛋白会激活酵母中的启动子，从而导致报告基因的表达。
2. 色谱共轭技术（CCT）色谱共轭技术是一种结合色谱和特定化合物的方法，用于分析和检测蛋白质间的相互作用。
该技术基于蛋白质与特定配体的结合，并利用色谱柱中的固定相与流动相的相互作用将蛋白质分离出来。
通过监测流出的溶液中的吸光度或荧光强度，可以确定蛋白质的浓度和结合状态。
3. 免疫共沉淀技术（IP）免疫共沉淀技术是一种通过免疫学方法来检测蛋白质间的相互作用关系的技术。
该技术首先需要对目标蛋白质进行免疫反应，然后利用抗体与蛋白质结合形成复合物。
通过添加沉淀试剂，使复合物沉淀下来。
最后，通过洗涤、离心等步骤，将复合物从混合液中分离出来，并用于后续的分析。
4. 双标记荧光共振能量转移技术（FRET）双标记荧光共振能量转移技术是一种通过检测荧光共振能量转移来研究蛋白质间的相互作用的技术。
该技术利用两种不同荧光染料标记待检测的蛋白质。
当这两种染料的光谱特性符合一定条件时，能量可以从一个染料转移到另一个染料，这种能量转移随着蛋白质间的相互作用而改变。
通过检测蛋白质标记物的荧光强度变化，可以确定蛋白质间的相互作用状态。
5. 表面等离子共振（SPR）技术表面等离子共振技术是一种通过检测蛋白质的结合与解离过程来研究蛋白质相互作用的技术。
该技术利用光学原理，将待检测蛋白质固定在金属薄膜表面。
蛋白互作方法
蛋白互作方法
蛋白互作是指蛋白质与其他蛋白质或分子之间的相互作用。
研究蛋白互作的方法有多种，其中一些常用的方法包括：
酵母双杂交（Yeast Two-Hybrid）：酵母双杂交是一种常用的蛋白互作筛选技术。
该方法基于酵母细胞内的转录激活子域和DNA结合域的分离，将目标蛋白的编码序列与转录激活子域和DNA结合域分别构建为酵母表达载体，通过检测启动子激活来判断目标蛋白与其他蛋白的相互作用。
共免疫沉淀（Co-immunoprecipitation）：共免疫沉淀是一种常用的直接检测蛋白互作的方法。
该方法基于特异性抗体对目标蛋白的识别，通过免疫沉淀将目标蛋白与其互作蛋白一起从细胞或组织中富集出来，然后通过免疫印迹等技术进行检测。
逆向沉淀（Pull-down Assay）：逆向沉淀是一种常用的筛选蛋白互作的方法。
该方法基于将目标蛋白固定在固相载体上，然后使用该固相载体富集与目标蛋白相互作用的蛋白。
通过检测沉淀下来的蛋白，可以鉴定与目标蛋白发生互作的蛋白。
质谱分析（Mass Spectrometry）：质谱分析是一种高通量的方法，用于识别和定量蛋白质及其相互作用伴侣。
该方法基于将蛋白样品分离、消化成肽段，并通过质谱仪进行质谱分析。
通过分析质谱数据，可以鉴定蛋白质的互作伙伴。
这些方法在蛋白质互作研究中发挥重要作用，可以帮助科学家理解蛋白质功能和相互作用网络的复杂性。
研究人员通常会根据具体的研究目的和样品特点选择合适的方法来研究蛋白互作。
研究蛋白质相互作用的九种方法，写标书用得上
研究蛋白质相互作用的九种方法，写标书用得上寒风凛冽，又到了一年一度写标书的季节，你开始准备了么？在分子机制的研究中，蛋白和蛋白之间的互作研究可以说是非常经典了，研究蛋白互作的方法有很多，今天我们来介绍九种。
1、免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，CoIP）CoIP其实就是两个蛋白相互的IP（免疫沉淀反应）实验，在已知蛋白B和C之间有相互作用的前提下，这种前提一般需要有一个酵母双杂实验或者Pulldown实验来作为支持。
IP就是用来验证蛋白C和蛋白B之间相互作用的。
如果在Agarose珠上的Protean A/G所结合的抗体，可以结合并拉下蛋白B，那用Western Blot即可检测出蛋白C的表达，反之亦然，通过这种相互间免疫共沉淀的实验，就可以明确地验证出，B与C之间的相互作用了。
比如这份标书：PYK2促进肝癌细胞迁移的一个新的分子机制研究：结合并磷酸化E-cadherin？（百度检索题目可查到全文）2、Pull-down实验这个实验跟免疫共沉淀实验很像，不同的是免疫共沉淀是在细胞里进行的，在众多的蛋白里，拉住A蛋白的同时,把B蛋白也给拉出来了，这还不能证明是直接的结合，很有可能是A 拉住了C，而C拉住了B，这样拉住A蛋白的同时也能把B蛋白也给拉出来。
要证明直接的结合就是Pull-down实验。
提纯所要研究的两个蛋白（一般是在BL21等菌种表达提纯），这两个蛋白带上不同的标签（提纯蛋白一般带GST或者HIIS标签），然后将他们放在同一个体系里，使用GST-beads或者NI-beads,把其中一个蛋白拉下来，用WB检测另一个蛋白的存在。
比如这份标书：恶性肿瘤的发生、发展的细胞表观遗传学机制。
（同样可以百度检索到全文）3、免疫荧光（Immunofluorescence，IF）——共定位将免疫学方法(抗原抗体特异结合)与荧光标记技术结合起来研究特异蛋白抗原在细胞内分布的方法。
由于荧光素所发的荧光可在荧光显微镜下检出，从而可对抗原进行细胞定位。
蛋白质与蛋白质相互作用的研究方法
蛋白质与蛋白质相互作用的研究方法蛋白质是生物体内最重要的大分子有机化合物之一，其功能多样且复杂。
蛋白质与蛋白质之间的相互作用在维持细胞结构和功能、调控信号传导、催化代谢反应等方面起着重要作用。
研究蛋白质与蛋白质相互作用的方法有很多种，本文将重点介绍几种常用的方法。
一、免疫共沉淀法（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）免疫共沉淀法是研究蛋白质与蛋白质相互作用的常用方法之一。
该方法利用特异性抗体与目标蛋白结合，将目标蛋白及其相互作用的蛋白质一起从混合溶液中沉淀下来，然后通过Western blot等技术检测共沉淀的蛋白质。
这种方法可以鉴定蛋白质的相互作用伙伴，帮助我们了解蛋白质的功能和调控机制。
二、酵母双杂交技术（Yeast Two-Hybrid，Y2H）酵母双杂交技术是一种广泛应用于蛋白质相互作用研究的方法。
该技术利用酵母细胞内的转录激活子域和DNA结合域分别与目标蛋白和其相互作用蛋白质融合，形成蛋白质复合物，从而激活报告基因的表达。
通过观察报告基因的表达情况，可以判断目标蛋白与其相互作用蛋白质之间的相互作用关系。
三、双光子共聚焦显微镜（Two-Photon Confocal Microscopy，TPCM）双光子共聚焦显微镜是一种高分辨率的显微镜技术，可以实时观察蛋白质在活细胞中的相互作用。
该技术利用激光激发样品中的荧光物质，通过检测荧光信号的强度和位置来观察蛋白质的相互作用。
通过双光子共聚焦显微镜，可以直接观察蛋白质在细胞内的空间分布和动态变化，有助于研究蛋白质的功能和相互作用机制。
四、质谱联用技术（Mass Spectrometry，MS）质谱联用技术是一种高灵敏度的蛋白质相互作用研究方法。
该技术将蛋白质样品进行分离和纯化后，通过质谱仪对样品中的蛋白质进行分析。
通过质谱联用技术，可以鉴定蛋白质的相互作用伙伴，确定蛋白质的修饰模式，揭示蛋白质的功能和调控机制。
以上介绍的几种方法只是蛋白质相互作用研究中的一部分，随着科学技术的不断进步，新的研究方法不断涌现。
研究蛋白质与蛋白质相互作用方法总结实验步骤
研究蛋白质与蛋白质相互作用方法总结实验步骤蛋白质与蛋白质相互作用是生物学领域中的一个重要研究方向，可以揭示生命活动的基本机理以及药物设计和治疗疾病的潜在靶点。
本文将总结蛋白质与蛋白质相互作用的研究方法以及实验步骤。
一、蛋白质与蛋白质相互作用研究方法总结：1.蛋白质-蛋白质亲和层析法：该方法通过利用蛋白质与目标蛋白质之间的亲和力，将目标蛋白质与其他非特异结合的蛋白质分离，可用于筛选靶向蛋白质的抑制剂或开发特定结合位点。
2.酵母双杂交方法：该方法是通过融合目标蛋白质与一组已知蛋白质相互作用的底物，通过检测底物报告基因（比如启动子）的表达来确定两个蛋白质相互作用的情况。
3.免疫共沉淀法：该方法通过利用抗体的特异性，将目标蛋白质和与其相互作用的蛋白质一同从细胞裂解液中沉淀下来，以证明它们之间存在相互作用关系。
4.光学双光子显微镜或荧光共振能量转移法：这些方法可以利用荧光染料标记的蛋白质，通过观察它们之间的相互作用情况来研究蛋白质与蛋白质之间的相互作用。
5.表面等离子体共振（SPR）：该方法通过在金属表面固定一个蛋白质，然后观察黄金膜表面等离子体共振信号的变化来研究蛋白质与蛋白质之间的相互作用过程。
6.核磁共振（NMR）：该方法利用蛋白质中的^1H、^13C和^15N原子的自旋，通过一系列的波形解析来确定蛋白质与蛋白质之间的相互作用，可以提供高分辨率的结构和动力学信息。
7.体外重组蛋白质表达和结合实验：利用大肠杆菌或霞赤红热单核细胞感染表达载体后表达目标蛋白质，以及通过重组技术制备的其他蛋白质，通过混合这些重组蛋白质来研究它们之间的相互作用。
二、蛋白质与蛋白质相互作用实验步骤：1.实验前准备：根据研究目的选择适当的实验方法和方法，准备相应的试剂和材料。
2.原料处理：获得目标蛋白质样品后，进行必要的纯化或浓缩处理，以去除其他污染物，并保持蛋白质的活性。
3.实验设计：根据研究目的设计实验方案，比如确定实验条件、控制实验和重复实验。
研究蛋白质的相互作用的方法
研究蛋白质的相互作用的方法一、酵母双杂交系统酵母双杂交系统是当前广泛用于蛋白质相互作用组学研究的一种重要方法。
其原理是当靶蛋白和诱饵蛋白特异结合后，诱饵蛋白结合于报道基因的启动子，启动报道基因在酵母细胞内的表达，如果检测到报道基因的表达产物，则说明两者之间有相互作用，反之则两者之间没有相互作用。
将这种技术微量化、阵列化后则可用于大规模蛋白质之间相互作用的研究。
在实际工作中，人们根据需要发展了单杂交系统、三杂交系统和反向杂交系统等。
Angermayr等设计了一个SOS蛋白介导的双杂交系统。
可以研究膜蛋白的功能，丰富了酵母双杂交系统的功能。
此外，酵母双杂交系统的作用也已扩展至对蛋白质的鉴定。
二、噬茵体展示技术在编码噬菌体外壳蛋白基因上连接一单克隆抗体的DNA序列，当噬菌体生长时，表面就表达出相应的单抗，再将噬菌体过柱，柱上若含目的蛋白，就会与相应抗体特异性结合，这被称为噬菌体展示技术。
此技术也主要用于研究蛋白质之间的相互作用，不仅有高通量及简便的特点，还具有直接得到基因、高选择性的筛选复杂混合物、在筛选过程中通过适当改变条件可以直接评价相互结合的特异性等优点。
目前，用优化的噬菌体展示技术，已经展示了人和鼠的两种特殊细胞系的cDNA文库，并分离出了人上皮生长因子信号传导途径中的信号分子。
三、等离子共振技术表面等离子共振技术(Surface Plasmon Resonance，SPR)已成为蛋白质相互作用研究中的新手段。
它的原理是利用一种纳米级的薄膜吸附上“诱饵蛋白”，当待测蛋白与诱饵蛋白结合后，薄膜的共振性质会发生改变，通过检测便可知这两种蛋白的结合情况。
SPR技术的优点是不需标记物或染料，反应过程可实时监控。
测定快速且安全，还可用于检测蛋白一核酸及其它生物大分子之间的相互作用。
四、荧光能量转移技术荧光共振能量转移（FRET ）广泛用于研究分子间的距离及其相互作用;与荧光显微镜结合，可定量获取有关生物活体内蛋白质、脂类、DNA 和RNA 的时空信息。
蛋白互作常用的研究方法
蛋白互作常用的研究方法
蛋白质互作常用的研究方法包括酵母双杂交技术、免疫共沉淀和GST pull-down实验。
1. 酵母双杂交技术：主要用来进行互作蛋白的筛选，缺点就是假阳性较高，所以需要进行结果验证，一般可采用免疫共沉淀或GST-pull down实验进
行验证。
2. 免疫共沉淀：是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。
是确定两种蛋白质在完整细胞内相互作用的有效方法。
当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。
当用预先固化在argarose beads上的蛋白质A 的抗体免疫沉淀A蛋白，那么与A蛋白在体内结合的蛋白质B也能一起沉
淀下来。
再通过蛋白变性分离，对B蛋白进行Western blot检测，进而证明两者间的相互作用。
3. GST pull-down实验：是一个行之有效的验证酵母双杂交系统的体外试
验技术。
其基本原理是先构建靶蛋白-GST融合蛋白载体，然后进行体外表
达及纯化。
但是也存在一定局限性。
这些方法各有优缺点，应根据研究目的和具体情况选择合适的方法。
验证蛋白互作的方法
验证蛋白互作的方法生物学研究中，蛋白质互作是一个重要的研究领域，因为它关系到生命体的许多生物学过程如细胞周期、细胞信号转导、细胞凋亡等。
蛋白质互作研究的目的是了解蛋白质之间的相互作用，以及这些作用对于生物体内功能的影响。
为了获得这些信息，科学家们需要开发一些工具和技术来研究蛋白质之间的相互作用。
本文讲述了几种常用的蛋白互作验证方法。
一、酵母双杂交（Y2H）法酵母双杂交法是最常用的蛋白质互作验证方法之一。
由于其名称中含有“双杂交”，因此可以理解为将两个蛋白质“杂交”在一起，然后观察它们是否相互作用。
首先，将两个蛋白质分别构建成两个不同的来源的表达向量。
然后，在酵母细胞中，将这两个表达向量分别与GAL4激活子和GAL4结合蛋白相连，形成一个杂交蛋白。
如果这两个蛋白质发生相互作用，它们将结合并形成GAL4转录激活子，从而激活报告基因进行表达。
最终，研究人员可以通过观察转录活性的变化来判断这些蛋白质之间是否存在相互作用。
虽然酵母双杂交法是一种比较简单的技术，但有一些潜在问题需要研究人员注意。
首先，该方法只能检测蛋白质之间的直接相互作用，无法检测多个蛋白质之间的复杂相互作用。
其次，酵母细胞内的反应条件与活性可能与真实环境中相差很大，这可能导致结果的误判。
二、共免疫沉淀法（Co-IP）共免疫沉淀法是一种可以定量检测蛋白质相互作用的技术。
它的原理是将两个蛋白质在细胞内共同表达，并通过特异的抗体沉淀来寻找这两个蛋白质之间的相互作用。
具体来说，将目标蛋白质和其交替作用的伴侣蛋白质在细胞内共同表达。
然后，通过特异的抗体与其中一个蛋白质发生特异性结合，可以选择性地沉淀出另一个蛋白质。
最后，通过Western blot等技术检测被沉淀下来的伙伴蛋白的数量。
如果目标蛋白质和其伴侣蛋白相互作用，那么其它蛋白质沉淀下来时就会被一同检测到。
这种方法可以用来研究多个蛋白质相互作用的情况，还能够定量地衡量它们之间的相互作用强度。
不过该方法对于选择适当的抗体是非常准确的，因此需要仔细设计和验证实验条件来确保免疫沉淀过程的特异性和有效性。
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举世瞩目的基因组计划使大量的新基因不断被发现，然而单纯的基组DNA序列尚不能解答许多生命问题。
基因是相对静态的，而基因编码的产物－蛋白质则是动态的，具有时空性和调节性，是生物功能的主要体现者和执行者。
蛋白质的表达水平、存在方式以及相互作用等直接与生物功能相关。
在所有生命活动中，蛋白质之间的相互作用是必不可少的，它是细胞进行一切代谢活动的基础。
细胞接受外源或是内源的信号，通过其特有的信号途径，调节其基因的表达，以保持其生物学特性。
在这个过程中，蛋白质占有很重要的地位，它可以调控，介导细胞的许多生物学活性。
虽然有一些蛋白质可以以单体的形式发挥作用，但是大部分的蛋白质都是和伴侣分子一起作用或是与其他蛋白质形成复合物来发挥作用的。
因此，为了更好地理解细胞的生物学活性，必须很好地理解蛋白质单体和复合物的功能，这就会涉及到蛋白质相互作用的研究。
在现代分子生物学中，蛋白质相互作用的研究占有非常重要的地位。
因此，揭示蛋白质之间的相互作用关系、建立相互作用关系的网络图，已成为蛋白质组学研究中的热点。
一、生物物理学方法1. 融合蛋白pull-down实验融合蛋白pull-down技术基本原理是将一种蛋白质固定于某种基质上（如Sepharose），当细胞抽提液经过该基质时，可与该固定蛋白相互作用的配体蛋白被吸附，而没有被吸附的“杂质”则随洗脱液流出。
被吸附的蛋白可以通过改变洗脱液或洗脱条件而回收下来。
为了更有效地利用pull-down技术，可以将待纯化地蛋白以融合蛋白地形式表达，即将“诱饵”蛋白与一种易于纯化地配体蛋白相融合。
1988年Smith等利用谷胱甘肽－S－转移酶（glutathione-S-transferase ，GST）融合标签从细菌中一步纯化出GST融合蛋白。
从此GST融合蛋白在蛋白质相互作用研究领域里得到了极大的推广。
GST融合蛋白在经过固定有GST（glutathione）的色谱柱时，就可以通过GST与GSH的相互作用而被吸附。
当再有细胞抽提物过柱，就可以得到能够与“诱饵”蛋白相互作用的兴趣蛋白。
一般来说，GST融合蛋白pull-down方法用于两个方面：一是鉴定能与已知融合蛋白相互作用的未知蛋白质；二是鉴定两个已知蛋白质之间是否存在相互作用。
该方法比较简便，避免了使用同位素等危险物质，在蛋白质相互作用研究中有很广泛的应用。
类似的融合蛋白很多，如与葡萄球菌蛋白A融合的“诱饵”蛋白可以通过固定有IgG的色谱柱进行纯化；与寡聚组氨酸肽段融合的“诱饵”蛋白可以通过结合Ni2+的色谱柱进行纯化；与二氢叶酸还原酶融合的“诱饵”蛋白可以通过固定有氨甲喋呤的色谱柱进行纯化等等。
2. 亲和印迹亲和印迹是将聚丙烯酰胺凝胶电泳分离后的蛋白样品转移到硝酸纤维素膜上，然后检测哪种蛋白能与标记了的“诱饵”蛋白发生作用。
此方法所要考虑的是如何保持膜上蛋白的生物活性，如何得到纯化的“诱饵”蛋白等。
3. 免疫共沉淀如果在非变性的条件下裂解细胞，蛋白质之间的相互作用还可以保持，所以就可利用免疫共沉淀方法找出相互作用的蛋白质。
这其中的例子包括Harlow等。
利用抗体沉淀腺病毒的EIA蛋白时发现了真核细胞中有与EIA蛋白特异结合的蛋白质；McMahon等利用该方法确定了转录结构域相关蛋白质可以与E2F1和c-Myc转录因子相互作用的蛋白质。
免疫共沉淀既可以用于检验已知的两个蛋白质在体内的相互作用，也可以找出未知的蛋白质相互作用，不管是两者的哪个，其原则都是一样的，都需要用特异性的抗体与其中的一种蛋白质结合，之后通过蛋白质A或蛋白质G-琼脂糖微珠将复合物沉淀下来，然后用SDS-PAGE 鉴定。
免疫共沉淀中设置正确的对照非常重要，因为该方法可能出现假阳性的概率比较高，设置的对照包括：在对照组中使用对照抗体，以缺失目的蛋白的细胞系作为阴性对照等等。
4. 荧光共振能量转移技术荧光共振能量转移技术的原理是：处于激活状态的供体，可以将其本身的荧光传递到与之十分邻近（通常在10 nm 之内）的受体上。
因此，如果用遗传突变的绿色荧光蛋白（GFP）或是合成的荧光染料标记蛋白质，则可以通过荧光体之间的能量传递来确定两蛋白质的相互作用。
这种方法较之上述的方法有两个优点：（1）蛋白质之间的相互作用是发生在完整细胞里，比较完整地反映了蛋白质在生理状态的活动。
（2）利用这种方法，可以观察到蛋白质在细胞内的定位。
二、分子生物学方法1. 噬菌体展示技术噬菌体展示技术是在深刻理解噬菌体遗传学和生理学特性的基础上产生的。
其原理是将蛋白质文库整合到一个简单的噬菌体颗粒中，利用目的蛋白质与特异配基的亲和力，筛选和配基特异结合的蛋白质。
噬菌体展示技术一般要经过多轮的筛选，这样就可以得到在文库中含量很低的与配基特异作用的蛋白质。
2. 酵母双杂交1989年Field等发明了酵母双杂交系统。
该系统利用了酵母的生长转录因子GAL4含有的两个结构域，DNA 结合域（DNA binding domain，BD）及转录激活域（DNA activating domain，AD），将已知基因（诱饵基因）和靶基因或含有靶基因的cDNA分别构建在含BD及AD质粒载体上，当这两种质粒共同转化酵母感受态细胞，若BD结合的诱饵蛋白能够与AD结合的靶蛋白或文库中某些cDNA编码的蛋白相互作用、彼此间结合时，则会导致位于侧翼的BD 与AD在空间上接近，呈现GAL4转录因子的完全活性，启动下游的报告基因如His及LacZ 等基因的表达，从而在特定的缺陷培养基上生长。
因此，利用酵母双杂交系统能够筛选与诱饵蛋白相互作用的蛋白，还可以研究已知蛋白间的相互作用。
利用酵母双杂交技术筛选cDNA文库分离与诱饵蛋白相互作用的蛋白或研究蛋白间的相互作用，一般首先考虑的问题是诱饵载体的构建。
编码诱饵蛋白的基因经酶切处理后，按照正确的读码框与诱饵载体如pGBTK7相连接，再经酶切或测序做进一步的验证分析。
构建好诱饵载体还要同时转化诱饵蛋白酵母菌株如Y187和靶蛋白酵母菌株如AH109，进行毒性和自激活性检测，证明诱饵蛋白的表达对酵母正常生长没有毒性，同时也不能自身激活酵母报告基因的表达，可用于筛选文库或研究蛋白间的相互作用。
第二个要考虑的问题就是靶蛋白载体或酵母双杂cDNA文库的构建。
一般在编码靶蛋白的基因或cDNA两端加上同源重组序列，然后与靶蛋白载体如pGADT72Rec 共同转化靶蛋白酵母菌株如AH109，在酵母同源重组酶的作用下，靶蛋白基因或cDNA序列整合到载体上，完成靶蛋白载体或cDNA文库的构建。
最后一步就是筛选文库或直接研究两个蛋白间的相互作用。
分别含有诱饵蛋白载体和靶蛋白载体的酵母杂交后，在酵母体内融合表达BD诱饵和AD靶蛋白。
诱饵蛋白和靶蛋白的相互作用，导致位于侧翼的BD与AD在空间上接近，呈现GAL4转录因子的完全活性，启动下游的报告基因如His及LacZ等基因的表达，根据报告基因的表达情况，从而达到分离蛋白或研究蛋白互作的目的。
三、遗传学技术合成致死筛选合成致死效应是指两个基因同时发生突变时会产生致死效应，而当每个基因单独发生突变时，则无致死效应。
这总遗传学方法可以用于分析两个育幼相同重要功能的蛋白之间的相互作用。
由于合成致死突变株是不能存活的，不能直接得到致死菌株，因此，在实验室中多使用条件突变菌株。
如温度敏感菌株是可以在某些温度条件下致死的突变型。
合成致死筛选所得到的两种相互作用蛋白可能是同一复合物的两种组分或是一种蛋白对另一种蛋白所有的调节作用。
四、展望蛋白质组学的发展促进了多种研究技术的开发和完善，越来越多的技术趋向于大规模、高通量方向发展。
同时，物理学、化学、信息学等基础学科研究的发展也大大促进了这些技术的改进。
新近发展的计算机分析方法，以基因序列和基因组信息为基础预测蛋白质相互作用，并涉及对参与蛋白质相互作用的表面残基的预测。
依赖基因序列来分析蛋白质相互作用的分析方法正在形成。
而这些先进的、简易的、大规模分析蛋白质相互作用的技术发展又推动了蛋白质组学的进步。
可以预见在不久的将来，随着基因组研究和蛋白质组学的不断深入，生命科学中的种种疑难将被逐一攻破。
蛋白质之间的相互作用蛋白质之间的相互作用，我个人认为可能可以从六个角度理解：蛋白质-蛋白质的相互作用，蛋白质-DNA的相互作用，蛋白质-RNA的相互作用，从生物信息学和系统生物学角度研究生物大分子相互作用，研究具体的基因的功能，蛋白质在相互作用过程中的结构改变或重折叠或者去折叠。
下面分别简单叙述一下。
蛋白质-蛋白质的相互作用研究技术：酵母双杂交，免疫共沉淀，蛋白质-蛋白质共结晶后X-raydiffraction,NMR,pull-down，质谱（ESI-MS可以用检测蛋白质-蛋白质的相互作用），荧光共振能量转移，电子晶体学，电子显微镜直接观测，全内反射荧光显微术(TIRFM)，原子力显微镜观测，化学或酶试剂对于蛋白质进行裂解确定蛋白质-蛋白质的相互作用位点确定，突变（定点突变，结构域转换等）与蛋白质再/去折叠对蛋白质-蛋白质的相互作用位点，低温冷冻电镜观测等，光镊技术目前尚在研究开发阶段。
蛋白质之间的相互作用如果不是直接相互作用，也可以通过蛋白质-RNA的相互作用和蛋白质-DNA的相互作用而间接产生。
蛋白质-DNA的相互作用：EMSA，足迹法，干扰法，CHIP,DNA-蛋白质共结晶后X-ray diffraction,NMR,pull-down，光共振能量转移，电子晶体学，电子显微镜直接观测，全内反射荧光显微术(TIRFM)，原子力显微镜观测，化学或酶试剂对于蛋白质进行裂解确定蛋白质-DNA 的相互作用位点确定，突变（定点突变，结构域转换等）与蛋白质再/去折叠对蛋白质-DNA 的相互作用位点，低温冷冻电镜观测，蛋白质-DNA的相互作用的特异作用位点的化学交联等。
蛋白质-RNA的相互作用：EMSA，足迹法，干扰法，RNA-蛋白质共结晶后X-ray diffraction（核糖体大小亚基的晶体结构就是这样测定的）,NMR,pull-down，光共振能量转移，电子晶体学，电子显微镜直接观测，全内反射荧光显微术(TIRFM)，原子力显微镜观测，化学或酶试剂对于蛋白质进行裂解确定蛋白质-RNA的相互作用位点确定，突变（定点突变，结构域转换等）与蛋白质再/去折叠对蛋白质-RNA的相互作用位点，低温冷冻电镜观测，蛋白质-RNA的相互作用的特异作用位点的化学交联等。
另外，可以从生物信息学和系统生物学角度研究生物大分子相互作用，比如可以模拟与预测生物大分子相互作用前后的结构变化推测计算出具体的相互作用位点和构象和能量变化等，生物大分子相互作用在细胞中构成复杂的网络-----比如小世界网络，等级网络，scale-free网络等，可以应用系统生物学的和图论的方法探测出细胞在基因表达的某些方面的相互作用分子体系构成的网络，然后根据网络的抽象的一般特征去研究有关分子间的可能的作用机理和网络整体运行机制。