苹果黑星病菌遗传多样性的SSR分析
新疆苹果黑星病菌野生型菌株对腈菌唑的敏感性基线
R e s e a r c h p a p e rDOI: 10.13346/j.mycosystema.200223研究论文22 March 2021, 40(3): 547-556 Mycosystema ISSN1672-6472 CNU-5180/Q新疆苹果黑星病菌野生型菌株对腈菌唑的敏感性 基线高立强106李贤成m杨家荣1西北农林科技大学植物保护学院陕西杨凌712100摘要：为建立苹果黑星菌对腈菌唑的敏感性基线，对田间苹果黑星菌的抗药性监测和病害防治提供科 学指导，选用从新疆长期未施任何化学农药的废弃果园中采集分离的37个苹果黑星菌野生型菌株，采用 分生孢子萌发法和菌丝生长速率法进行不同浓度梯度杀菌剂腈菌唑（m y c l o b u t a n i l )的敏感性测定。
结果 表明：苹果黑星菌对腈菌唑的敏感性分布范围为0.028-1.017m g /L ,平均值为0.283m g /L »本研究结果和 检测方法对监测施药果园中苹果黑星菌对腈菌唑敏感性的动态变化，以及为指导病害防治有效药剂的选 择和风险评估提供了理论依据。
关键词：苹果黑星菌，腈菌唑，野生型菌株，敏感性[引用本文】高立强，李贤成，杨家荣，2021.新疆苹果黑星病菌野生型菌株对腈菌唑的敏感性基线.菌物学报，40(3>:547-556 Gao LQ, Li XC, Yang JR, 2021. Baseline sensitivities of apple scab (V e n tu ria in o e q u a lis ) to myclobutanil in Xinjiang, northwestern China. Mycosystema, 40(3): 547-556Baseline sensitivities of apple scab (Venturia inoequalis) to myclobutanil in Xinjiang, northwestern ChinaGAO Li -Qiang 100LI Xian -Cheng 1®YANG Jia -Rong 1College of Plant Protection, Northwest A & F University, Yangling, Shaanxi 712100, ChinaAbstract: Thirty-seven wild isolates of Venturia inaequolis , causal agent of apple scab , werecollected from abolished orchards without application of fungicides in Xinjiang for determining the baseline sensitivity of the pathogen to myclobutanil in order to monitor fungicide-resistance of the pathogen and disease control in the field . Baseline sensitivity of Venturia inoequalis to myclobutanil were tested by use of in vitro bioassay methods of determining conidial germ tube elongation and monoconidial hyphal growth rates of the fungus cultivated on fungicide-amended基金项目：高等学校学科创新引智计划（B 07049);中央高校基本科研业务费（Z109021203);陕西省科技统筹创新工程 计划项目（2015TTC-N-10-5)Supported by the Program of Introducing Talents of Discipline to Universities (B07049), Central University Basic Research Service Fee (Z109021203), and Shaanxi Provincial Science and Technology Co-ordination and Innovation Project Program (2015TTC-N-10-5). o Corresponding author. E-mail: *********************.cn o Contributed equally to this work.Received: 2020-07-07, accepted: 2020-08-17Copyright © 2021 Institute of Microbiology, CAS. All rights reserved. | **********.cnKctp://Tel: +86-10-64807521菌物学报547高立强等/新疆苹果黑星病菌野生型菌株对腈菌唑的敏感性基线R e se a rch p ap e ragar with various concentrations of myclobutanil.The EC5〇of the baseline population was determined,ranging from 0.028mg/L to 1.017mg/L,with a mean value of0.283mg/L.The tested isolates show certain sensitivities to myclobutanil,and no resistant isolates are found in the treated orchard.The in vitro tests imply that the baseline of0.460mg/L could be used as a value to monitor V.inaequalis resistance to myclobutanil and disease control risk assessment for fungicide application in orchard.Key words:Venturia inaequalis,myclobutanil,wild type,baseline sensitivities苹果黑星病是由苹果黑星菌Venrur/cf /'naequa//_s侵染引起的苹果上的重要病害，发 病严重时通常造成叶片畸形脱落，果面形成 黑色疮痂，病果率可达70%以上（Machardy 1996)。
SSR标记在植物遗传育种中的应用
Ｓ Ｒ标记 具 有 的主 要优 点 ：① 数 量丰 富 ，均 匀 、随机 、广 泛地 分布 于植 物基 因组 中 ， Ｓ
覆 盖整 个基 因组 ；② 每个 位 点均 有许 多等 位形 式 ， 多态性 丰 富 ，信息 含量 高 ；③ 以孟 德
尔方 式 遗传 ，呈共 显 性 ，能够 鉴别 出纯合 基 因型和 杂 合基 因型 。揭示 等位 位 点的差 异 ，
遗 传 学家 Ｉｔ１Ｊｔ研 究 了几个 Ｓ Ｒ 位 点上 的ｌ个 等位 基 因 时发 现 ，这 些序 列 中有 ３个 ｉ￣ Ｉ ｙ ｔ ］ｕ Ｓ ２
２ ８
小
麦
研
究
３ 卷 ２
（ ＡＡＴ 或４ （ ）ｎ 个 ＡＧＡ ）ｎ 核苷 酸 重复 的序 列 ， Ｔ 并将其 命 名 为Ｍｉｒｓｔｌｔ即微 卫星 。 Ｓ ｃ０ａｅｌｅ ｉ ＳＲ 这一 技 术一 经 问世 ，便 很 快在 动植 物 的遗 传分 析 中得到 广 泛应用 。 １ ２ Ｓ Ｒ标 记 的原 理 ． Ｓ 由于基 因组 中某一 特 定 的微卫 星 的侧 翼序 列通 常都 是保 守性 较 强 的单一 序列 ，因而 可 以将 微 卫 星侧 翼 的 ＤＮ 片段 克 隆 、测序 ，然后 根据 微卫 星 的侧 翼序列 就 可 以人工 合 Ａ 成 引物 进 行 Ｐ Ｒ扩增 ，从而 将 单个微 卫 星位 点扩 增 出来 。由于单 个微 卫星 位 点重 复单 元 Ｃ
由于 Ｓ Ｒ标记 具 有诸 多优 点 ， Ｓ 使得 其在 构 建植物 遗 传 图谱 、 传 多样性 、 因定位 、 遗 基 抗病 基 因的筛 选 等方 面广 泛 应用 。 ２ １ 建 遗 传图 谱 ．构
Ｓ Ｒ是共 显 性标 记 ，多态 性 高 ，适宜 构 建 高密 度 的遗 传 图谱 。 白 Ｒ ｄｒ “ 发 表 了 Ｓ ｏｅ 等
新疆野苹果和栽培苹果特异性SSR标记开发及应用
于少帅，赵文霞，姚艳霞，等．新疆野苹果和栽培苹果特异性ＳＳＲ标记开发及应用［Ｊ］．江苏农业科学，２０２０，４８（２１）：６８－７３，８３．ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０２０．２１．０１２新疆野苹果和栽培苹果特异性ＳＳＲ标记开发及应用于少帅１，赵文霞２，姚艳霞２，淮稳霞２，覃伟权１，阎 伟１（１．中国热带农业科学院椰子研究所，海南文昌５７１３３９；２．中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所／国家林业和草原局森林保护学重点实验室，北京１０００９１） 摘要：根据全基因组测序已完成的栽培苹果基因组，设计、筛选针对新疆野苹果的特异性ＳＳＲ引物。
通过ＰＣＲ扩增、基因测序筛选了１５对可以在新疆野苹果和栽培苹果中扩增出稳定性高且具备多态性目的条带的特异性ＳＳＲ引物；其中８对仅能在栽培苹果中扩增出特异性目的条带。
１５对特异性ＳＳＲ引物对新疆野苹果和栽培苹果不同居群的ＳＳＲ分析表明，新疆野苹果遗传多样性较为丰富，与栽培苹果不同居群分化程度较为显著，基因流水平较低。
聚类分析表明，这１５对特异性ＳＳＲ引物可以将新疆野苹果和栽培苹果不同居群清晰区分。
本研究利用新开发的ＳＳＲ引物不仅可以揭示新疆野苹果和栽培苹果的遗传多样性和系统发育关系，对初步了解ＳＳＲ变异位点的生物学功能以及丰富新疆野苹果和栽培苹果基因组的认识也有一定的作用，从而为更好地有效利用相关资源提供研究基础。
关键词：新疆野苹果；栽培苹果；ＳＳＲ标记；遗传多样性 中图分类号：Ｓ６６１．１０１ 文献标志码：Ａ 文章编号：１００２－１３０２（２０２０）２１－００６８－０６收稿日期：２０２０－０２－０２基金项目：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金（编号：ＣＡＦＹＢＢ２０１７ＳＺ００３）；国家重点研发计划（编号：２０１６ＹＦＣ０５０１５０３）。
作者简介：于少帅（１９８７—），男，山东莱阳人，博士，助理研究员，主要从事分子植物病理学相关研究。
苹果属种质资源亲缘关系的SSR分析_高源
美国 Ａｍｅｒｉｃａ， 偶然实生 Ｏｃｃｕｒｒｅｎｔ ｓｅｅｄｌｉｎｇ
Ｍ． ｄｏｍｅｓｔｉｃａ Ｂｏｒｋｈ．
美国 Ａｍｅｒｉｃａ， 偶然实生 Ｏｃｃｕｒｒｅｎｔ ｓｅｅｄｌｉｎｇ
Ｍ． ｄｏｍｅｓｔｉｃａ Ｂｏｒｋｈ．
新西兰 Ｎｅｗ Ｚｅａｌａｎｄ，
（ 元帅×橘苹）×金冠（ Ｄｅｌｉｃｉｏｕｓ×Ｋｉｄｄ’ｓ Ｏｒａｎｇｅ Ｒｅｄ） ×Ｇｏｌｄｅｎ Ｄｅｌｉ
学名
原产地和／或亲本
Ｂｏｏｋ ｎａｍｅ
Ｐａｒｅｎｔａｇｅ ａｎｄ ｏｒｉｇｉｎ
Ｍ． ｄｏｍｅｓｔｉｃａ Ｂｏｒｋｈ．
俄罗斯 Ｒｕｓｓｉａ， 不详 Ｕｎｋｎｏｗｎ
Ｍ． ｄｏｍｅｓｔｉｃａ Ｂｏｒｋｈ．
美国 Ａｍｅｒｉｃａ， ７７３４９×乔纳红 ７７３４９×Ｊｏｎａｒｅｄ
Ｍ． ｄｏｍｅｓｔｉｃａ Ｂｏｒｋｈ．
１３０
果树学报
２４ 卷
表 １ 供试苹果属种质资源材料 Ｔａｂｌｅ １ Ｍａｌｕｓ ｇｅｒ ｍｐｌａｓｍ ｒ ｅｓｏｕｒ ｃｅｓ ｆｏｒ ＳＳＲ ａｎａｌｙｓｉｓ
编号 Ｃｏｄｅ
１ ２ ３ ４ ５ ６ ７ ８
９ １０ １１ １２ １３ １４ １５ １６ １７ １８ １９ ２０ ２１ ２２ ２３ ２４ ２５ ２６ ２７ ２８ ２９ ３０ ３１ ３２ ３３ ３４ ３５ ３６ ３７ ３８ ３９ ４０ ４１ ４２ ４３ ４４ ４５ ４６ ４７ ４８ ４９ ５０ ５１ ５２ ５３ ５４ ５５ ５６ ５７ ５８ ５９
孢粉学、同工酶等方面研究苹果亲缘演化关系的结 果和已知苹果种质资源的系谱进行验证， 为苹果属 植物新的分类系统提供分子水平的证据。
１ 材料和方法
供试的５９ 份苹果属 材 料 均 取 自 辽 宁 兴 城 中 国 农业科学院果树研究所国家苹果种质资源圃， 分别 为 栽 培 品 种 、新 疆 的 野 生 苹 果 、地 方 品 种 、野 生 种 或 其变种（ 表 １） 。
基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究
基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究1. 引言1.1 研究背景烟草是世界上重要的经济作物之一，而烟草的品质和产量受到遗传因素的影响。
烟草品质的提高和烟草新品种的培育需要对烟草种质资源的遗传多样性进行深入研究。
传统的遗传多样性分析方法存在着效率低、成本高以及信息有限的缺点。
利用SSR（Simple Sequence Repeat）分子标记技术对烤烟种质资源的遗传多样性进行研究具有重要意义。
SSR是一种微卫星DNA序列，具有高度可变性，是遗传研究中常用的分子标记。
通过SSR分子标记技术，可以快速准确地对烤烟种质资源进行遗传多样性分析，揭示不同品种之间的遗传关系和遗传变异。
利用SSR分子标记技术对烤烟种质资源的遗传多样性进行研究，有助于为烟草品质改良和新品种选育提供科学依据，促进烤烟产业的可持续发展。
本研究旨在利用SSR分子标记技术对部分烤烟种质资源的遗传多样性进行系统研究，为烟草遗传资源的保护与利用提供科学依据。
1.2 研究目的研究目的：通过基于SSR分子标记的方法，对烤烟种质资源的遗传多样性进行系统研究和分析，旨在揭示烤烟种质资源的遗传背景和遗传变异情况，为烤烟品种改良和新品种选育提供科学依据。
具体目的包括：1.探究烤烟种质资源的遗传多样性水平，分析其遗传结构和遗传距离，为种质资源的保护和利用提供理论基础；2.研究烤烟种质资源的遗传多样性分布规律，揭示其潜在遗传变异特点，为烤烟遗传改良及种质改进提供参考；3.探讨烤烟种质资源的遗传多样性对抗逆境胁迫的响应机制，为烤烟的抗逆性育种提供科学依据；4.总结烤烟种质资源的遗传多样性特点和利用潜力，为烤烟种质资源的有效保护、合理利用和可持续发展提供科学指导。
通过以上研究目的的实现，可以深入了解烤烟种质资源的遗传多样性特征，为保护和利用烤烟遗传资源提供科学参考和理论支撑。
1.3 研究意义烤烟是重要的经济作物之一，其遗传多样性的研究对于研究其遗传演化、育种和种质资源保护具有重要意义。
苹果黑星病菌
苹果黑星病摘要：苹果黑星病的病原菌是苹果黑星菌，属子囊菌亚门真菌。
苹果黑星病主要危害叶片和果实。
叶片上病斑近圆形或呈放射状，初期叶上生绿褐色霉层，稍后霉层渐变为褐色至黑色。
是世界性苹果病害，欧洲、美国及日本等国危害严重，中国的北方多省市都有此病害。
1基本信息中文学名：苹果黑星病拉丁学名：Venturia inaequalis（Cook）Wint.,（Spilocaea pomi Fr.）别称：疮痂病病原中文名：苹果黑星菌病害类型：真菌主要危害作物：苹果主要为害部位：叶片和果实2病害症状主要危害叶片和果实。
叶片上病斑近圆形或呈放射状，初期叶上生绿褐色霉层，稍后霉层渐变为褐色至黑色。
严重时病斑布满全叶，叶片枯焦，易早期脱落。
叶柄、叶脉及果实等上的症状都与梨黑星病相似，特点是后期在病斑上均覆盖一层黑霉（即病菌的分生孢子梗和分生孢子）。
3病原特性苹果黑星菌，属子囊菌亚门真菌；无性世代：Fusicladium dendriticum（wallr.）Fuck.称树状黑星孢，属半知菌亚门真菌。
也有报道其无性世代为。
Spilocaea pomiFr.属半知菌亚门真菌。
菌丝初无色，后变为青褐色至红褐色，在培养基上灰色，分枝，有隔。
分生孢子梗丛生，深褐色，大小50～60×4～6微米，屈膝状或结节状，短而直立，无隔或具1～2个隔膜。
梗顶着生一个单细胞（少数双细胞）的分生孢子。
分生孢子梭形或长卯圆形，深褐色，大小12～22×6～9微米。
病菌在腐生阶段可形成假囊壳，球形或近球形，褐色至黑色，子囊平行排列于假囊壳基部，子囊长棍棒形或圆筒形，具短柄，内含8个子囊孢子。
排列成两行。
子囊孢子卵圆形，青褐至黄褐色，双细胞，上面的细胞较小而稍尖。
4发病特点发病特点：苹果黑星病菌以菌丝体在枝溃疡和芽鳞内或子囊壳在落叶上越冬。
子囊孢子到第二年春季成熟，田间分生孢子在6～7月份最多。
病菌也可被蚜虫传播。
寄主最易受害时期为花蕾开放与花瓣脱落期间，萼片上的病斑为以后侵染果实的最好菌源。
“中医农业”投入品生物活力碘防治苹果黑星病效果试验
“中医农业”投入品生物活力碘防治苹果黑星病效果试验作者：张会民王新郭东峰张宁来源：《西北园艺·果树》2023年第06期摘要基于苹果黑星病发生规律与特点，运用中医农业理念，遴选中医药肥生物活力碘，实施了生物活力碘单剂、生物活力碘与化学农药混配、常规化学药剂处理对苹果黑星病防治效果对比试验，结果表明：生物活力碘对苹果黑星病有一定的防控作用，若混配化学治疗剂+保护剂（生物活力碘500倍液+40%氟硅唑6 000倍液+40%苯醚甲环唑 3 000倍液），防效更加明显，而且可以对斑点落叶病、褐斑病起到兼防兼治作用。
需要注意的是，黑星病发病早、周期长，建议做好病害发生前的预防和发病初期的治疗。
关键词苹果黑星病；生物活力碘；防治效果苹果黑星病又称苹果疮痂病，属陕西省植物病害检疫对象，可危害苹果叶片、果实、叶柄、花、芽及嫩枝等多个器官，尤其对叶片和果实危害较大，从落花后开始至苹果成熟期均可侵染发病，病菌主要靠风雨传播，开花前后是侵染高峰期。
叶片发病通常在5月中旬以后，6—7月份发病集中，进入发病高峰。
叶片受害，初期表现为淡黄绿色圆形或放射状病斑，后病斑渐变为褐色，最终变为黑色。
病情严重者，叶片扭曲或卷曲，影响光合作用，造成早期落叶。
果实受害，初期表现为淡黄绿色圆形或椭圆形病斑，后病斑渐变为褐色或黑色，表面产生黑色绒状霉层。
随病果膨大，病斑逐渐凹陷、硬化、龟裂，严重影响果实品质。
近年来，由于气候环境影响，苹果花期以后降雨量明显增大，阴雨低温时间长，果园湿度大，导致苹果黑星病大发生，尤其瑞雪、瑞香红、嘎拉、红富士发病率高。
为有效防控苹果黑星病发生蔓延，我们借助2022—2023年咸阳中医农业科技特派员计划项目支持，开展了中医农药生物活力碘单剂、生物活力碘与化学农药混配、常规化学农药3个处理对苹果黑星病进行了防控效果对比试验。
1 材料与方法1.1 试验地概况试验设在陕西省淳化县城关镇柳沟村陕西淳农农业科技有限公司苹果生产基地，果园总面积60亩，矮化栽培模式，树龄 6～8年，主栽品种为瑞阳、瑞雪，参试品种为瑞雪，行株距3.5 m×1.2 m，果实全套袋，树下铺设黑色地布，行间种植黑麦草，果园管理精细，机械化水平较高。
SSR分析遗传多样性
SSR分析遗传多样性1 SSR简介简单重复序列，也称微卫星（SSR），其串联重复的核心序列为1-6bp，其中最常见的是双核苷酸重复，即（CA）n和（TG）n，在植物基因组中（AT）n最多，长度一般在100bp以内。
尽管微卫星DNA分布于整个基因组的不同位置，但其两端序列多是保守单拷贝序列，因此可以根据这两端的序列设计以对特异引物，通过PCR技术将其间的核心微卫星DNA序列扩增出来，利用电泳分析技术就可以获得其长度多态性。
SSR标记的高度多态性主要来源与串联数目的不同。
根据分离片段的大小决定基因型，并计算等位基因发生频率。
2 SSR的分类根据SSR核心序列排列方式的不同，可分为3种类型：1）完全型，指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA。
如：ATATATATATATATATATATATATATATATATAT；2）不完全型，指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基，但两端的连续重复核心序列重复数大于 3 。
如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT；3）复合型，指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开，但这种连续性的核心序列重复数不少于5 。
如：ATATATATATATATGGGATATATATATATA 。
3种类型中完全型是SSR标记中应用较多的一种类型。
3 SSR在植物基因组中的分布在植物中，平均23.3kb就有一个SSR；双子叶植物中的SSR数量大于单子叶植物，前者两个SSR之间的平均间距为21.2kb，后者为64.6kb；绝大多数单碱基重复型及2碱基重复型SSR存在于非编码区，3碱基重复型多位于编码区。
4 SSR标记的应用目前SSR分子标记已成为系谱分析、分类鉴定、亲缘关系分析、体细胞杂种鉴定、遗传图谱构建、基因定位、育种材料早期选择首选的分子标记之一。
SSR技术已在苹果、梨、桃、杏、葡萄、柑橘、称猴桃、板栗、核桃、樱桃、山植、椰子等果树上有了很多的应用。