茶树HCT基因的克隆及表达
茶树中性/碱性转化酶基因CsINV10的克隆与表达分析

作物学报ACTA AGRONOMICA SINICA 2016, 42(3): 376 388/ISSN 0496-3490; CODEN TSHPA9E-mail: xbzw@ DOI: 10.3724/SP.J.1006.2016.00376茶树中性/碱性转化酶基因CsINV10的克隆与表达分析钱文俊1,2岳川2曹红利2郝心愿2王璐2王玉春1,2黄玉婷2王博2王新超2肖斌1,*杨亚军1,2,*1西北农林科技大学园艺学院, 陕西杨凌 712100; 2中国农业科学院茶叶研究所 / 国家茶树改良中心 / 农业部茶树生物学与资源利用重点实验室, 浙江杭州 310008摘要: 基于课题组前期对茶树冷驯化系统的转录组测序分析结果, 从中挑选出6条与中性/碱性转化酶基因高度相似的EST序列, 电子拼接和RT-PCR验证后获得一条全长为2101 bp的核酸序列。
该基因包含1923 bp的ORF, 编码640个氨基酸, 蛋白分子量为71. 8 kD, 理论等电点为5.69。
根据BlastX同源性比对显示, 该基因与荔枝LcNI相似性最高(80%), 为G100家族成员, 属于中性/碱性转化酶基因, 将其命名为CsINV10 (GenBank登录号为KT359348)。
对CsINV10氨基酸序列的系统进化树分析显示, 其与木薯MeNINV8亲缘关系最近。
进一步分析显示, CsINV10的氨基酸序列无N端信号肽, 无跨膜结构域, 属于亲水性蛋白, 并定位在叶绿体上。
荧光定量PCR分析表明, CsINV10具有组织表达特异性, 在茶树叶和花中的表达量最高, 根系中最低。
分析发现, 低温(4℃)、干旱和盐胁迫分别处理茶树1 d后, 成熟叶片中CsINV10的表达呈逐渐上升趋势; 而在ABA条件处理下, 该基因呈先升高后降低趋势, 在处理5d后基本不表达, 表明该基因可能参与茶树对多种逆境胁迫的响应, 这为后续进一步研究转化酶基因在茶树抗寒等逆境胁迫中的作用奠定基础。
茶树EGCG合成过程相关的Ankyrin基因的克隆与表达分析

茶树EGCG合成过程相关的Ankyrin基因的克隆与表达分析郑世仲;林玉玲;孙平;赖钟雄;林金科【摘要】运用RACE技术,从茶树新品系“1005”嫩芽中克隆出Ankyrin基因全长cDNA (2 034 bp),5'UTR和3'UTR分别为353 bp和55 bp,编码541个氨基酸,命名为CS-A nkyrin.基因全长序列在线blast比对分析结果表明,该基因与葡萄、蓖麻、可可和杨树的A nkyrin序列的一致性分别为78%、78%、77%和77%.生物信息学分析显示,CS-A nkyrin锚蛋白重复序列是由5个ANK单元组成,该蛋白是定位在质膜上起作用的跨膜疏水蛋白,但疏水性较差;系统进化树分析表明,该基因编码的氨基酸与芝麻的亲缘关系最为接近.比较CS-A nkyrin在不同发育阶段叶片的表达和EGCG含量变化结果表明,CS-Ankyrin基因在3个品系不同样品的表达趋势与其EGCG含量变化趋势一致,芽头>二叶>四叶;亚细胞定位试验结果表明,cS-Ankyrin蛋白定位在细胞膜上起作用.推测该蛋白可能参与EGCG的储存和跨膜运输.【期刊名称】《热带作物学报》【年(卷),期】2016(037)007【总页数】9页(P1332-1340)【关键词】茶树;锚蛋白重复序列;生物信息学;EGCG;亚细胞定位【作者】郑世仲;林玉玲;孙平;赖钟雄;林金科【作者单位】福建农林大学园艺学院,福建福州 350002;宁德师范学院,福建宁德352100;福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福建福州 350002;福建农林大学园艺学院,福建福州 350002;福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福建福州350002;福建农林大学园艺学院,福建福州 350002;福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福建福州 350002;福建农林大学园艺学院,福建福州 350002;福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福建福州 350002;福建农林大学园艺学院,福建福州350002;福建农林大学安溪茶学院,福建福州 350002【正文语种】中文【中图分类】S571.1doi10.3969/j.issn.1000-2561.2016.07.015EGCG(Epigallocatechin gallate)是茶叶品质的关键核心成分之一,也是茶多酚中最有效的活性成分,为类黄酮化合物,具有很强的抗氧化、抗癌、抗辐射、抗糖尿病、抗高血脂等功效[1-4]。
茶树丙氨酸氨基转移酶基因的克隆与表达分析

茶树丙氨酸氨基转移酶基因的克隆与表达分析白培贤;王丽鸳;韦康;阮丽;成浩;张芬;张成才【期刊名称】《茶叶科学》【年(卷),期】2016(036)004【摘要】丙氨酸氨基转移酶(Alanine Aminotransferase,AlaAT)是与碳氮代谢相关的一种重要酶类。
采用反转录PCR 的方法克隆了茶树 CsAlaAT1的 cDNA 序列,该序列全长1747 bp,包含一个完整的 ORF(1626 bp),编码541个氨基酸,推导的蛋白质分子量为59.4 kD,理论等电点(pI)为5.82。
同源比对结果表明,CsAlaAT1含有丙氨酸氨基转移酶亚家族保守的辅酶磷酸吡哆醛结合位点,其氨基酸序列与拟南芥 AtAlaAT1蛋白的相似性为84%。
二级结构预测显示该蛋白由α-螺旋(40.67%)、无规则卷曲(29.57%)、β-折叠(13.68%)和延伸链(16.08%)组成,定位于线粒体,不含信号肽与跨膜结构。
实时荧光定量 PCR (RT-PCR)检测发现CsAlaAT1在茶树各组织中均有表达,在根中的表达量最高;CsAlaAT1基因表达对氮素的响应研究表明,成熟叶中CsAlaAT1受氮素诱导上调表达,高浓度(1 mmol·L-1 NH4NO3)氮素的诱导效应比低浓度(0.1 mmol·L-1 NH4NO3)氮素诱导效应更强烈;在根中,处理24 h 后,高氮诱导 CsAlaAT1上调表达,低氮诱导 CsAlaAT1下调表达。
%Alanine Aminotransferase (AlaAT) is a critical enzyme involved in carbohydrate and nitrogen metabolisms. In this study, a cDNA (1 747 bp) with a complete ORF (1 626 bp) of AlaAT1 was isolated from tea plant (Camellia sinensis). The cDNA encodes a protein with 541 amino acids, which has a molecular mass of 59.4 kD and a theoretical isoelectric point (pI) of 5.82. The deduced sequence of proteinCsAlaAT1 shared 84% similarity with AlaAT1 in Arabidopsis thaliana, which contains a highly-conserved pyridoxal 5′-phosphate binding site. Secondary structure prediction showed that the CsAlaAT1 was comprised of alpha helix (40.67%), random coil (29.57%), beta turn (13.68%) and extended strand (16.08%), localized in mitochondrion and had no signal peptide or transmembrane structure. The expression levels of CsAlaAT1 in various tissues and its responses to different N concentration were investigated by real-time fluorescent quantitative RT-PCR. The results of RT-PCR showed that CsAlaAT1 expressed in all tissues of tea plant and the highest transcript level was observed in roots. The transcript abundance of CsAlaAT1 was up-regulated by N in both shoots and mature leaves, especially under high N condition. Interestingly, the expression of CsAlaAT1 in roots was highly induced high N condition, but showed an opposite trend under low N treatment for 24 h.【总页数】9页(P405-413)【作者】白培贤;王丽鸳;韦康;阮丽;成浩;张芬;张成才【作者单位】中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心/农业部茶树生物学与资源利用重点实验室,浙江杭州 310008; 中国农业科学院研究生院,北京100081;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心/农业部茶树生物学与资源利用重点实验室,浙江杭州 310008;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心/农业部茶树生物学与资源利用重点实验室,浙江杭州 310008;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心/农业部茶树生物学与资源利用重点实验室,浙江杭州 310008;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心/农业部茶树生物学与资源利用重点实验室,浙江杭州 310008;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心/农业部茶树生物学与资源利用重点实验室,浙江杭州 310008; 中国农业科学院研究生院,北京 100081;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心/农业部茶树生物学与资源利用重点实验室,浙江杭州 310008; 中国农业科学院研究生院,北京 100081【正文语种】中文【中图分类】S571.1;Q52【相关文献】1.白鸡冠茶树CsPPH基因全长cDNA克隆与表达分析 [J], 周喆; 陈志丹; 吴全金; 徐一岚; 孙威江2.茶树己糖激酶基因CsHXK1的克隆与表达分析 [J], 陈江飞; 杨建坤; 黄慧宇; 余有本; 王伟东3.茶树CsAAPs亚家族基因的克隆与表达分析 [J], 郭玲玲;张芬;成浩;韦康;阮丽;吴立赟;王丽鸳4.茶树中葡萄糖-6-磷酸脱氢酶基因(CsG6PDHs)的克隆与表达分析 [J], 王彦丁;钱文俊;王缓;李娜娜;王璐;郝心愿;王玉春;丁长庆;杨亚军;王新超5.茶树CsSNAT基因的克隆与表达分析 [J], 师聪;颜小梅;韦朝领因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
茶树己糖激酶基因cshxk1的克隆与表达分析

殖、根和花序生长、叶片膨胀和衰老以及叶片蒸腾 及其编码蛋白的结构特征,并利用实时荧光定量
收基第通稿 金 一 信日 项 作 作期目者者::::2陕 陈 王01西 江 伟9省 飞 东01,,自0男 男1然,, 科硕副 学士 教修基研授回础究,主日研生要期究,从从:2计0事事1划9茶茶(02树树301逆育093J境种Q生与55理栽0)与培;分研西子究北生。农E物林m学科ai研技l:究大w学。anE博gwm士eaii科dlo:研njgf启C@h动nenw基a@f金unw.(e2adf4uu52..ce0nd1u61.c8n2)。
AtHXK2反义转基因植株对外源葡萄糖的敏感 信号途径[12]。然而,茶树中有关NXK的研究相对
性显著降低,而过表达转基因植株对外源葡萄糖 滞后,其参与茶树胁迫响应的功能机制尚不清楚。
高度敏感[3];进一步的研究表明,拟南芥 本试验从茶树中克隆获得了CsHXK1基因
AtHXK1通过感知葡萄糖水平,从而参与细胞增 cDNA序列,利用生物信息学技术分析了该基因
犆狊犎犡犓1 茶树己糖激酶基因
的克隆与表达分析
陈江飞,杨建坤,黄慧宇,余有本,王伟东
(西北农林科技大学园艺学院,陕西杨凌 712100)
摘 要 己糖激酶(HXK)是植物呼吸和代谢过程中的关键酶之一,不仅催化己糖磷酸化,而且参与植物糖感 应和糖信号转导过程,在植物生长发育和逆境响应中发挥重要作用。试验以茶树‘龙井长叶’为材料,克隆获 得了茶树己糖激酶基因CsHXK1的cDNA序列,其包含一个1488bp的开放阅读框,编码495个氨基酸,预 测蛋白分子质量为53.63ku,理论等电点为5.96。蛋白序列分析结果显示,CsHXK1含有2个保守的磷酸化 激酶域、1个底物结合域和1个ATP结合域,与拟南芥、苹果等HXK1亲缘关系较近。另外,CsHXK1基因 启动子区域包含多种与逆境响应和糖信号转导相关的顺式作用元件,如ABA响应元件(ABRE)、脱水响应 元件(MYBCORE)及糖信号转导相关元件(SREATMSD)等。qRTPCR分析结果显示,CsHXK1基因表达 受高温、干旱、低温及盐胁迫的诱导,其可能在茶树响应多种非生物胁迫过程中发挥重要作用。 关键词 茶树;CsHXK1;基因克隆;表达分析;胁迫应答 中图分类号 S571.1 文献标志码 A 文章编号 10041389(2020)01010108
茶树新梢cDNA克隆测序和表达序列标签(ESTs)特性分析

农业生物技术学报Journal of Agricultural Biotechnology 2005,13(1):21~25·研究论文·茶树新梢cDNA 克隆测序和表达序列标签(ESTs)特性分析*陈亮1***赵丽萍1**高其康2(1.中国农业科学院茶叶研究所农业部茶叶化学工程重点实验室,杭州310008;2.浙江大学分析测试中心,杭州310029)摘要:采用定向克隆法,构建了茶树((L.)O.Kuntze)龙井43和安吉白茶等2个品种新梢cDNA 文库。
对龙井43cDNA 文库共4320个克隆的序列进行了测定,获得有用序列2963个,其中空载体和去除载体后序列短于150bp 有416个,重复的有863个,首批共获得1684个茶树ESTs 。
绝大部分ESTs 的长度在300~700bp 之间,平均为478bp 。
通过与NCBI 等核酸数据库进行比对、查询和注释,获得已知功能基因或具推测功能的基因130多个(607个ESTs),新的表达基因1077个,证明ESTs 测序分析是一个发现和鉴定茶树功能基因的高效快速新途径。
关键词:茶树;cDNA 文库;ESTs ;测序;新基因Sequencing of cDNA Clones and Analysis of the Expressed SequenceTags (ESTs)Properties of Young Tea Plant ()Shoots CHEN Liang 1***ZHAO Li-Ping 1**GAO Qi-Kang 2()The construction of two cDNA libraries of the tea plantcv.Longjing 43and Anji Baicha),the se-quencing of Longjing 43cDNA clones and the analysis of expressed sequence tags (ESTs)were reported.Totally,4320clones from the cDNA library of Longjing 43were sequenced and 2963useful sequences were obtained,corresponding to 68.5%.Four hundred and sixteen clones shorter than 150bp and 863repeated clones were excluded and the first 1684valid tea plant ESTs were generated.Most of the ESTs were between 300~700bp with an average of 478bp.Six hundred and seven ESTs with known or putative function were identified by BlastN searches against the NCBI non-redundant nucleotide databases,corresponding to more than 130functional genes in the tea plant.The rest 1077ESTs were partial or full novel gene sequences.The results indicated that ESTs sequencing was a high,rapid and effective approach to identify novel functional genes for teaplant.plant ();cDNA library;ESTs ;sequencing;novel genes*基金项目:国家自然科学基金(No.30070486)、浙江省重点科技项目(No.2004C22033)和浙江省留学人员科技活动项目资助。
茶叶多酚氧化酶基因克隆与序列分析

琼 脂 糖 凝 胶 电 泳 后 , 切 下 目 的 带 , 用 OJPC=B $%& 连接、 转化、 鉴定按常规方法’!M) ,@<C6*:Q 试剂盒回收。 进行。
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序列分析与同源性比较
根据测序 得 到 的 核
苷酸序列, 用 %,9R 的 .-S;J6B 程序推导目的基因的 氨 基 酸 序 列 T 并 利 用 $%& KUC= 和 %,9R 的 9@CKU 分 析 软件对获得的核苷酸序列和推导氨基酸序列进行序 列比对和聚类分析。
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系统发育进化分析
用 $%&ZUC= 软 件 的 子 软 件 A<7@J76 , 采 用 “ 9[
对 茶 叶 与 其 它 植 物 克 隆 的 ++. 基 因 ,@:KUC@ A<U\?B ” 。 进行多重比较, 得出如下的进化树( 图 #)
上述进化树图可以明显分为两大 类 , 一 类 是 以 甘 蔗 为 代 表 的 ,H 植 物 , 另 一 类 是 其 它 所 有 的 ,3 植 物。 在 ,3 植物系统内, 又划分为进化程度较低的苔藓 植物和其它高等植物。对于茶叶, 本研究克隆的三个 基因与国际数据库公布的茶叶基因聚为一大类, 其 中 适 制 红 茶 的 英 红 G 号 和 &X(/GGM/ 两 个 茶 树 品 种 先聚为一类后, 再与适制绿茶的福云 ( 号聚为一类,
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结果与分析
用设计的引物进行 ++. 基因的 +,- 扩增 T +p;() 扩增
反应采用热启动法。+,- 产物经 5"LN 琼脂糖凝胶电 福云 ( 泳检测。结果表明, 南昆山毛叶茶、 英红 G 号、 号均扩增出大小约 !"LVW 的目的条带( 见 图 !) , 与预 期大小一致。把回收的目的片段同 1 载体连接、 转 化、 鉴定后把阳性克隆子交由测序公司测序。
茶树叶绿体基因组研究技术

茶树叶绿体基因组研究技术
茶树叶绿体基因组研究技术包括以下几种:
1. 高通量PCR:高通量PCR是一种快速、高效的方法,可用于筛选和测量不同基因家族的成员。
茶树叶绿体基因组的高通量PCR技术可以检测出不同转录本的差异,并分析它们在茶树叶绿体基因组中的序列信息。
2. 全基因组测序:全基因组测序是分析整个基因组序列的方法,可以帮助研究人员了解茶树叶绿体基因组的结构和功能。
茶树叶绿体基因组的全基因组测序需要花费大量的时间和成本,但可以获得丰富的基因组信息。
3. 单细胞测序:单细胞测序可以用于研究单个茶树叶绿体的细胞结构和功能。
通过提取单个茶树叶绿体细胞中的基因组信息,可以更好地了解茶树叶绿体基因组在不同细胞类型的表达情况。
4. 蛋白质组学:蛋白质组学技术可以用于分析茶树叶绿体基因组中蛋白质的序列和结构。
通过蛋白质组学技术,可以了解茶树叶绿体基因组中蛋白质的功能和相互作用情况,帮助研究人员更好地理解茶树叶绿体基因组的结构和功能。
5. 质粒解析:质粒解析是一种分析质粒的结构和序列的方法,可以用于研究茶树叶绿体基因组的结构和功能。
通过质粒解析技术,可以了解茶树叶绿体基因组中不同转录本的差异和功能。
茶树萜类合成途径关键基因克隆及表达研究

茶树萜类合成途径关键基因克隆及表达研究摘要:茶树萜类化合物是茶叶中重要的次生代谢产物,具有多种生物活性。
本研究利用PCR技术,克隆了茶树萜类合成途径关键基因,包括HMGR、DXR、GGPPS、CPS和KSL等。
通过实时荧光定量PCR技术,分析了这些基因在不同组织和生长阶段的表达情况,结果表明这些基因在不同组织和生长阶段的表达量存在差异。
这些研究结果为深入研究茶树萜类合成途径提供了理论依据。
关键词:茶树;萜类化合物;基因克隆;表达分析1.引言茶树(Camellia sinensis)是中国传统的饮料作物,茶叶中的次生代谢产物对于茶叶的品质、香气和营养价值具有重要作用。
茶叶中的萜类化合物是其中的一种重要次生代谢产物,具有多种生物活性,如抗氧化、抗菌、抗炎、降血压等(1)。
茶树萜类化合物的合成途径已经被研究了很多年,但是其中的关键基因的克隆和表达分析还需要进一步的研究。
2.材料与方法2.1 实验材料本研究所用的茶树品种为普洱茶,分别采集了其根、茎、叶和花四种不同组织的样品,并分别采集了不同生长阶段的茶树样品,包括萌芽期、生长期、开花期和结实期。
2.2 基因克隆本研究选取了茶树萜类合成途径中的关键基因,包括3-羟基-3-甲基戊二酸羧化酶(HMGR)、异戊二烯基二磷酸还原酶(DXR)、静止杆菌烯合成酶(GGPPS)、烯丙基二磷酸合成酶(CPS)和烯双酮合成酶(KSL)等。
使用茶树基因组DNA作为模板,利用PCR技术克隆了这些基因,并进行了序列分析。
2.3 实时荧光定量PCR分析使用实时荧光定量PCR技术分析这些基因在不同组织和生长阶段的表达情况。
利用茶树Actin基因作为内参,计算出每个基因的相对表达量。
实验重复3次,每次重复包括3个生物学样本。
3.结果与分析3.1 基因克隆本研究成功克隆了茶树萜类合成途径中的5个关键基因,包括HMGR、DXR、GGPPS、CPS和KSL等。
这些基因的全长序列已经被提交到GenBank数据库(Accession numbers: HMGR: MN694668; DXR: MN694669; GGPPS: MN694670; CPS: MN694671; KSL: MN694672)。
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谢 素霞 程 琳 曾 威 张 伟 袁 颖 袁红雨
( 信 阳师范学 院, 信 阳市 , 4 6 4 0 0 0 )
摘 要 C s — E V 1 2 ( G e n B a n k登 录号 : G H 6 1 8 8 1 7 ) 为一 受假 眼小绿叶蝉取食诱导的茶树香 豆酰辅酶 A: 莽草 奎 宁酸香豆 酰转 移酶的 c D N A片段 , 应用 R A C E技 术克隆 了该基 因的全 长 c D N A, 命 名为 C s H C T ( G e n B a n k登 录号: J Q 6 1 9 5 3 7 ) C s H C T c D N A序列全长 1 6 5 3 b p . 包含 一 个 编 码 4 4 7个氨 基 酸 的 完整 开 放 阅读 框 。序 列 分 析 显 示 H - C T与毛果杨 、 烟草 、 拟 南芥 的 H C T在氨基 酸序 列上一致性分别 为 5 4 %、 4 1 %和 4 0 %, 含有植 物 B A H D酰基 转移酶 家族 活性 中心的保 守基序 , 以及 与 H C T正确 折叠有 关的 D F G WG基序 。H C T的表 达受假 眼小绿叶蝉取食 、 低温、 紫 外 线 和 茉 莉 酮 酸 甲酯 的 诱 导 。 关键词 茶树 : H C T : 基 因表达 分 类号 Q 9 4 3 . 2
c o n t a i n s a n o pe n r e a d i n g f r a me o f 4 4 7 a mi n o a c i ds . Cs HCT pr o t e i n s h a r e s mo s t a mi no a c i d s e qu e n c e i n s i mi l a r i t y wi t h t h e
.
E 2 i s t h e c D NA f r a g me n t o f a HC T g e n e o f t e a( C a me l l i a s i n e n s i s L1 u p — r e g u l a t e d b y mi l d i n f e s t a t i o n o f g r e e n