保护碱基参考
保护碱基列表格
AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT
CATCGATG GATCGATC CCATCGATGG CCCATCGATGGG
GGAATTCC CGGAATTCCG CCGGAATTCCGG
GGCTAGCC CGGCTAGCCG CTAGCTAGCTAG
TTGCGGCCGCAA ATTTGCGGCCGCTTTA AAATATGCGGCCGCTATAAA ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA
TGCATGCATGCA CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT
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SacI
CGAGCTCG
10
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SacII
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SalI
GTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC
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ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA 10
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ScaI
GAGTACTC
10
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SmaI SpeI SphI StuI XbaI XhoI
AAAAGTACTTTT
CCCGGG CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA
GACTAGTC GGACTAGTCC CGGACTAGTCCG CTAGACTAGTCTAG
保护碱基列表
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10
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>90
>90
>90
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Hind III
CAAGCTTG CCAAGCTTGG CCCAAGCTTGGG
GGAATTCC CGGAATTCCG CCGGAATTCCGG
GGGGCCCC AGCGGCCGCT TTGCGGCCGCAA
切割率%
2 hr
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20 hr
0 0 0
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CACATGTG CCACATGTGG CCCACATGTGGG
GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA
保护碱基列表
0 50 >90
0 0 >90 50
>90 >90
CCGGAATTCCGG
>90
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Hae III
GGGGCCCC AGCGGCCGCT TTGCGGCCGCAA
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Hind III
CAAGCTTG CCAAGCTTGG CCCAAGCTTGGG
0
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10
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0
0
0
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Pst I
GCTGCAGC
0
0
TGCACTGCAGTGCA
10
10
AACTGCAGAACCAATGCATTGG
>90
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AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA
>90
>90
CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT
0
0
Pvu I
CCGATCGG ATCGATCGAT TCGCGATCGCGA
CCTCGAGG CCCTCGAGGG CCGCTCGAGCGG
CCCCGGGG CCCCCGGGGG CCCCCCGGGGGG TCCCCCCGGGGGGA
0
0
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75
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75
>90
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保护碱基列表
0
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Xho I
CCTCGAGG CCCTCGAGGG CCGCTCGAGCGG
0
0
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Xma I
CCCCGGGG CCCCCGGGGG CCCCCCGGGGGG TCCCCCCGGGGGGA
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0
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注释：
1．如果要加在序列的 5‘端，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的 5’端加
TTGCGGCCGCAA ATTTGCGGCCGCTTTA AAATATGCGGCCGCTATAAA ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA
TGCATGCATGCA CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT
TTAATTAA GTTAATTAAC CCTTAATTAAGG
GGGT(A/T)ACCC
AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT
CATCGATG GATCGATC CCATCGATGG CCCATCGATGGG
GGAATTCC CGGAATTCCG CCGGAATTCCGG
GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA
CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA
CGGATCCG CGGGATCCCG CGCGGATCCGCG
CAGATCTG GAAGATCTTC GGAAGATCTTCC
各种酶切位点的保护碱基(引物设计必看)
各种酶切位点的保护碱基酶不同，所需要的酶切位点的保护碱基的数量也不同。
一般情况下，在酶切位点以外多出3个碱基即可满足几乎所有限制酶的酶切要求。
在资料上查不到的，我们一般都随便加3个碱基做保护。
寡核苷酸近末端位点的酶切(Cleavage Close to the End of DNA Fragments (oligonucleotides)为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求，NEB采用了一系列含识别序列的短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。
实验结果对于确定双酶切顺序将会有帮助（比如在多接头上切割位点很接近时），或者当切割位点靠近DNA末端时也很有用。
在本表中没有列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基，以确保酶切反应的进行。
实验方法：用γ-[32P]ATP在T4多聚核苷酸激酶的作用下标记0.1A260单位的寡核苷酸。
取1 μg已标记了的寡核苷酸与20单位的内切酶，在20°C条件下分别反应2小时和20小时。
反应缓冲液含70 mM Tris-HCl (pH 7.6), 10 mM MgCl2 , 5 mM DTT及适量的NaCl或KCl（视酶的具体要求而定）。
20%的PAGE（7 M尿素）凝胶电泳分析，经放射自显影确定酶切百分率。
本实验采用自连接的寡核苷酸作为对照。
若底物有较长的回文结构，切割效率则可能因为出现发夹结构而降低。
2.双酶切的问题参看目录，选择共同的buffer。
其实，双酶切选哪种buffer是实验的结果，takara公司从1979年开始生产限制酶以来，做了大量的基础实验，也积累了很多经验，目录中所推荐的双酶切buffer完全是依据具体实验结果得到的。
有共同buffer的，通常按照常规的酶切体系，在37℃进行同步酶切。
但BamH I在37℃下有时表现出star活性，常用30℃单切。
两个酶切位点相邻或没有共同 buffer的，通常单切，即先做一种酶切，乙醇沉淀，再做另一种酶切。
保护碱基列表
10
25
75
75
SmaI
CCCGGG CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA
0
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SpeI
GACTAGTC GGACTAGTCC CGGACTAGTCCG CTAGACTAGTCTAG
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10
>90
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0
50
SphI
GGCATGCC CATGCATGCATG ACATGCATGCATGT
PCR 设计引物时酶切位点的保护
精心整理
酶
寡核苷酸序列
AccI AflIII AscI AvaI BamHI BglII BssHII BstEII BstXI ClaI
GGTCGACC CGGTCGACCG CCGGTCGACCGG
CACATGTG CCACATGTGG CCCACATGTGGG
GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
10
SacII
GCCGCGGC TCCCCGCGGGGA
0
0
50
>90
SalI
GTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC GCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG
0 10
0 50
ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCG
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GAA
ScaI
GAGTACTC AAAAGTACTTTT
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AACTGCAGAACCAATGCATTGG
(完整)保护碱基列表
(完整)保护碱基列表
编辑整理：
尊敬的读者朋友们：
这里是精品文档编辑中心，本文档内容是由我和我的同事精心编辑整理后发布的，发布之前我们对文中内容进行仔细校对，但是难免会有疏漏的地方，但是任然希望（(完整)保护碱基列表）的内容能够给您的工作和学习带来便利。
同时也真诚的希望收到您的建议和反馈，这将是我们进步的源泉，前进的动力。
本文可编辑可修改，如果觉得对您有帮助请收藏以便随时查阅，最后祝您生活愉快业绩进步，以下为(完整)保护碱基列表的全部内容。
PCR设计引物时酶切位点的保护
注释：
1．如果要加在序列的5‘端，就在酶切位点识别碱基序列（红色)的5’端加上相应的碱基（黑色），相同如果要在3‘端加保护碱基，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的3’端加上相应的碱基（黑色）。
2．切割率：正确识别并酶切的效率
3.加保护碱基时最好选用切割率高时加的相应碱基。
保护碱基列表
Sph I Stu I Xba I
Xho I
GCTGCAGC TGCACTGCAGTGCA AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT
CCGATCGG ATCGATCGAT TCGCGATCGCGA
GACTAGTC GGACTAGTCC CGGACTAGTCCG CTAGACTAGTCTAG
GGCATGCC CATGCATGCATG ACATGCATGCATGT
AAGGCCTT GAAGGCCTTC AAAAGGCCTTTT
CTCTAGAG GCTCTAGAGC TGCTCTAGAGCA CTAGTCTAGACTAG
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Pst I
Pvu I Sac I Sac II Sal I
Sca I Sma I
TTAATTAA GTTAATTAAC CCTTAATTAAGG
GTTTAAAC GGTTTAAACC GGGTTTAAACCC AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG
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