序列分析DNAMAN极简使用方法
DNAman使用说明
查看文章DNAMAN使用说明书（中文）2008年04月16日星期三下午10:50DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
DNAman使用方法教学课件ppt
基因组浏览器
总结词
DnaMan具备可视化基因组浏览器，方便用户查看基因组结构和基因注释。
详细描述
DnaMan的基因组浏览器支持多种基因组数据可视化展示，包括基因注释、基因 转录本、SNP、重复序列等，可帮助用户深入分析基因组结构及功能。
分子进化分析
总结词
DnaMan支持分子进化分析，可探究物种间的亲缘关系和演 化历程。
详细描述
DnaMan的分子进化分析功能包括多种进化树构建方法，如 NJ树、MP树、ML树等，并提供了丰富的分子进化分析工具 ，如PAML、CODEML等。
04
DnaMan使用中的常见问题及解决 办法
序列导入问题
总结词
在导入序列时遇到的各种问题，如格式不正确、文件名限制等。
详细描述
DnaMan支持多种格式导入，如FASTA、GenBank等，但常因格式问题导致 导入失败；另外，序列文件名中不能含有特殊字符，否则无法导入。
DnaMan具备强大的序列编辑、可视化和注释功能，同时提 供了大量内置的分析工具和数据库，方便用户进行各种生物 信息学研究。
DnaMan的起源与发展
1
DnaMan起源于20世纪90年代末期，由美国一 家生物技术公司开发。
2
经过多年的发展和不断更新，DnaMan已经成 为了生物信息学领域中广受欢迎的工具之一。
插入视频
添加注释
在课件中插入DnaMan软件操作视频，以 便学生更好地了解软件操作流程和功能使用 方法。
对于一些复杂的操作和功能，可以添加注释 来帮助学生更好地理解和记忆。
演示教学课件的技巧
熟悉课件
在演示教学课件前，需要熟悉课 件的内容和排版，以便更好地讲 解。
互动教学
DNAMAN中文使用说明
DNAMAN中文使用说明好不容易找到了一个中文说明，希望可以帮助初学使用DNAMAN的朋友，更快的进入状态，当然现在网上也有汉化版的软件了，但是这个说明还是可以起到很好的帮助作用，与大家分享！DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
如何找同源基因并用DNAman比对序列
这是结果，得分越高说明同源性越高
点击第一个前面字母G，得到如图可以看到 CDS sequence和Peptide equence
把基因名和CDS序列如图复制到记事本，把 txt格式改为SEQ格式（直接更改扩展名）
接下来
选择序列文件所 在位置
注意输入的序列是 DNA或者是蛋白质序 列,打勾相应的选项 然后一直点击下一步
zakery2016年5月26日如何在phytozome中找物种同源基因并用dnaman比对序列首先到phytozome网站上选择你要找的物种比如水稻oryzasativav7jgirice点击blastsearch在targettype中选择proteome把氨基酸序列复制到blast框中点go点击第一个前面字母g得到如图可以看到cdssequence和peptideequence把基因名和cds序列如图复制到记事本把txt格式改为seq格式直接更改扩展名接下来就是用dnaman分析了选择输入序列选择序列文件所在位置10注意输入的序列是dna或者是蛋白质序列打勾相应的选项然后一直点击下一步11选项不需要修改默认就行12选项不需要修改默认就行13选项不需要修改默认就行14注意由于是用了免费的版本它会在这里加上了一段标记手工去除它
保持EMF格式的文件即 可,然后用图片查看器打 开可以放大缩小而不改 变像素
前面软件演 示所用的序 列比对后做 出来的图
注意:由于前面软件自 动加了约为几十个bp 长度的标记,因此在所 获得的图中,会在尾部 出现N多个点,不影响图 片的质量与美观!
选项不需要修 改,默认就行
选项不需要修 改,默认就行
选项不需要修 改,默认就行
序列前面一般会加上CREATED..FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记
4实验四 DNAMAN 软件的使用,多序列比对
实验目的
1.理解什么是多序列连配以及其目的。 2.学会使用DNAMAN软件。 3.用DNAMAN软件进行多序列连配、开放阅 读框寻找、氨基酸二级结构预测等。
实验材料
• 计算机，网络。 • DNAMAN。 • 基因核苷酸和氨基酸鸡、斑马鱼等物种的下 列基因中任何一个基因的核苷酸 和氨基酸序列：
• LPL, FAS, FABP, FTO, GDF11, ACC,
LEPTIN, MC4R, IGF1，IGF2，BMP2，HSL, PPARγ，STARS, ADD1， NHX1，SAMDC, DLX5，ENR, Lpin1
进行如下操作
• ORF寻找 • 不同物种氨基酸之间多序列比对 • 蛋白质二级结构预测 • 保存结果，并抓图
基因核苷酸和氨基酸序列基因核苷酸和氨基酸序列实验过程实验过程从从ncbincbi下载人小鼠大鼠下载人小鼠大鼠猪羊鸡斑马鱼等物种的下猪羊鸡斑马鱼等物种的下列基因中任何一个基因的核苷酸列基因中任何一个基因的核苷酸和氨基酸序列
生物信息学实验课件
邢晋祎 生命科学学院 Copyright
实验四
DNAMAN软件的使用、 多序列联配
dnaman比对序列结果解读
dnaman比对序列结果解读
DNAman是一种常用的生物信息学软件，可以用于比对DNA序列并解读结果。
比对序列结果的解读对于研究人员来说非常重要，因为它提供了有关DNA序列相
似性、突变等信息。
下面我将解读一下比对序列结果：
在DNAman中，比对序列结果通常以多种方式呈现，包括序列比对图、相似
性矩阵、突变分析等。
首先，我们可以通过序列比对图来直观地了解两个或多个DNA序列的相似性和差异性。
比对图中使用不同的符号和颜色表示碱基匹配、插
入或删除等突变类型。
通过比对图，我们可以快速识别出序列间的相似性和差异性。
相似性矩阵是另一种常见的结果展示方式。
它以表格的形式呈现两个或多个序
列间的相似度比较结果。
矩阵中的每个单元格表示对应位置上的碱基匹配得分。
相似性矩阵可以帮助我们快速计算两个序列的相似程度，并可视化揭示出可能的突变类型。
此外，比对序列结果还可以提供详细的突变分析。
它可以标记出序列间的碱基
突变、插入和删除等变异类型，同时计算每种突变类型的频率。
这些详细的突变信息对于研究者来说非常有价值，可以帮助他们了解到底哪些位置上发生了变异，从而进一步研究其对生物体的功能和表型产生的影响。
综上所述，通过DNAman比对序列结果的解读，我们可以获得关于DNA序列
相似性、突变类型和频率等重要信息。
这些信息对于深入研究基因组学、分子进化和病毒变异等领域非常有帮助。
DNAman的强大功能可以帮助科研人员更好地理
解和解释DNA序列比对结果。
01_dnaman_介绍(1)
快速启动
DNAMAN使用Channel(通道)保存用于分析的活动序列
启动DNAMAN程序 1.点按序列控制中的“File”标签 2.双击Example1.seq 3.点按序列控制中的“Channel ”标签 示例1序列载入通速启动
1 3
2
示例1序列载入通道1 1. 点击Restriction Analysis 工具, 或 2. 点击Translation 工具, 或
DNAMAN 序列分析软件
生物信息学平台
DNAMAN 特征
综合序列分析系统 序列编辑 限制性分析-电子克隆 多序列比对 系统发育分析 点图分析 顺序装配 PCR引物选择 蛋白质序列分析 数据库 – 序列管理
DNAMAN 用户界面
DNAMAN 用户界面
快速工具栏 序列控制 浏览器栏
功能区工具栏 文档栏 文档
3. 点击Search 工具
Restriction Analysis
1 2
点击Restriction Analysis 工具 1. 选中Show Summary 2. 选中Draw Restriction Map 3. 点击Next
3
Restriction Analysis
2
Restriction Analysis 1. 点击3’ Overhang 2. 按下Select All Button 3. 点击Finish
1 3
Restriction Analysis
3 12
Restriction Analysis 1. 选择Annotations 2. 点击OK 按钮 3. 分析结果
序列分析软件的使用方法中文演示文稿
Complement Sequence 显示待分析序列的 互补序列
Double Stranded Sequence 显示待分析序 列的双链序列
RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列
3．DNA 序列的限制性酶切位点分析
说明如下： 如果要比对的序列在Channel 中，点击下拉箭头，选
择相应的Channel，则被选中的Channel 中的序列作 为参加比对的第一序列； 也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File 选择 框上点击即可。通过Length 选择参加比对的序列片 段。 Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明 同上 Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时， 将显示同源性；
区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提 供20 个Channel，点击Channel 工具条上相 应的数字，即可击活相应的Channel。 每个Channel 可以装入一个序列。将要分析 的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入 Channel 中可以节约存取序列时间，加快分 析速度。
要比较两个序列，可以使用DNAMAN 提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision （点矩阵比较）通过 Sequense/Dot matrix comparision 命令打开比对界面，
点击对比界面左上角的按钮，出现下列 对话框：
参数说明如下：
Sequence type 序列类型 Sequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项
参数说明如下：
Enzyme 代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮，
出现两个默认选项，restrict.enz 和dnamane.enz， 如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文
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水天2014.11.3编辑
DNAMAN 是美国 Lynnon Biosoft 公司开发的高度集成化的分子生物学综合应用软件，可以
用于多序列比对、PCR 引物设计、限制性酶切分析、质粒绘图、蛋白质分析等，几乎囊括了
所有日常核酸、蛋白质序列的分析工作。
下面是软件界面截图的操作流程以及简单说明，其他的一些功能可以自己摸索，都比较简
单。这个软件很容易找到汉化版，一般都没有功能限制，而且很好的一点就是可以保存所有
的比对和分析结果！！有木有，这一点太赞了。
First.
DNA多序列比对
可以批量载入测序结果以及参考序列
在比对方式的选择上，一般选完全比对和快速比对，其他参数一般默认。其中完
全比对只能同时比对一个方向的测序结果，如果正反向同时进入比对，反向会和
正向从一边开始比对，当然就比对不上了。而快速比对可以正反向批量比对。
生物分析软件DNAMAN简单使用方法
2014年11月3日
9:59
分区ANALYSIS 的第1 页
2.
限制性酶切分析
限制性酶切分析需要首先载入目标序列
分区ANALYSIS 的第2 页
选择合适的酶文件以及想要看到的信息，下一步就OK了
分区ANALYSIS 的第3 页
我的示例序列的分析结果
分区ANALYSIS 的第4 页