生物信息学 核酸常用
生物信息学数据库和核酸序列的检索实验心得
生物信息学数据库和核酸序列的检索实验心得生物信息学数据库和核酸序列的检索实验心得一、引言生物信息学是一门综合学科，它将计算机科学与生物学相结合，通过开发和应用计算机算法与技术来处理生物学数据并进行相关的研究。
数据库是生物信息学研究中不可或缺的工具之一，而核酸序列的检索是生物信息学研究中的基础工作之一。
本文将对生物信息学数据库和核酸序列的检索进行实验，并总结心得体会。
二、生物信息学数据库的选择在进行核酸序列的检索前，首先需要选择合适的生物信息学数据库。
常用的生物信息学数据库有GenBank、EMBL、DDBJ等。
在实验中，我选择了GenBank数据库进行核酸序列的检索。
三、核酸序列的检索方法1. 关键词检索关键词检索是最常用的核酸序列检索方法之一。
通过输入与所需核酸序列相关的关键词，系统会根据关键词在数据库中进行搜索，并返回相关的核酸序列结果。
在实验中，我以“人类乳腺癌”为关键词进行检索，得到了与人类乳腺癌相关的核酸序列信息。
2. 序列相似性比对序列相似性比对是另一种常用的核酸序列检索方法。
通过输入一个已知的核酸序列，系统会在数据库中寻找与之相似的序列，并返回相似序列的信息。
在实验中，我选择了一段已知的人类乳腺癌相关的核酸序列进行比对，得到了与之相似的核酸序列信息。
四、实验心得在进行生物信息学数据库和核酸序列的检索实验过程中，我深刻体会到了生物信息学的重要性和实用性。
通过生物信息学数据库，我们可以方便地获取到大量的生物学数据，为生物学研究和应用提供了重要的支持。
在实验中，我发现关键词检索是一种简单有效的核酸序列检索方法。
通过合理选择关键词，我们可以快速地获得与所需核酸序列相关的信息。
同时，关键词检索还可以帮助我们从大量的核酸序列中筛选出与特定研究对象相关的序列，提高研究的效率。
序列相似性比对也是一种非常重要的核酸序列检索方法。
通过比对已知的核酸序列，我们可以找到与之相似的序列，从而获得更多相关的信息。
核酸医学知识点总结
核酸医学知识点总结一、核酸医学基本概念1. 核酸的结构和功能核酸是生物体内储存遗传信息的重要物质，包括DNA和RNA两种类型。
它们由核苷酸单元组成，核苷酸又包括糖分子、碱基和磷酸基团。
DNA分子呈双螺旋结构，主要储存生物体的遗传信息；而RNA分子则以单链形式存在，参与蛋白质的合成和转运等生物过程。
核酸分子不仅储存了生物体的遗传信息，还参与调控细胞的生物合成、代谢和功能表达等重要生物过程。
2. 核酸医学的概念和意义核酸医学是以核酸分子为研究对象的医学学科，旨在研究核酸的结构、功能及其在健康和疾病状态下的变化，探索其在疾病诊断、治疗和预防中的应用价值。
核酸医学的兴起，为医学领域提供了新的思路和方法，有望推动医学诊疗和研究领域的发展，对改善人类健康和促进个性化医疗具有重要意义。
二、核酸医学的主要研究内容1. 基因组学研究基因组学是核酸医学领域的重要分支，旨在研究生物体的全部基因组及其在健康和疾病状态下的变化。
通过基因组学研究，可以揭示基因与疾病之间的关系，找到遗传性疾病的致病基因，并探索基因组在疾病诊断、预防和治疗中的应用价值。
2. 转录组学研究转录组学研究的是生物体在某一特定生理或病理状态下的全部RNA组成。
通过分析不同组织和细胞的转录组数据，可以发现与疾病相关的基因表达谱，从而揭示疾病的发生机制和进展过程，并为疾病的诊断和治疗提供新的靶标和方法。
3. 蛋白质组学研究蛋白质组学研究的是生物体在某一特定生理或病理状态下的全部蛋白质组成。
通过分析蛋白质组数据，可以发现与疾病相关的蛋白质表达谱、修饰及互作网络，为疾病的诊断和治疗提供新的理论和方法。
4. 生物信息学研究生物信息学是核酸医学领域的重要技术支撑，它利用计算机和数学方法处理和分析生物大数据，挖掘核酸分子的信息、特征及其在疾病诊断和治疗中的应用价值。
生物信息学在分析基因组、转录组和蛋白质组数据、预测基因功能和通路，为核酸医学领域的研究和应用提供了重要的技术支持。
分子生物学常用技术下
蛋白质杂交：WB
.
1.样品处理：RIPA裂解，超声，离心，总蛋白浓度 2.SDS-PAGE: 分离胶浓度 3.转膜：- 滤纸-胶- NC膜-滤纸 +， 条件 4.丽春红染色：丽春红 5.封闭：5％脱脂奶粉-TBST，RT 1h 摇床 6.Ab1：1:50~1:3000(封闭液)，RT 1h /4℃过夜 7. 洗膜：TBST，RT 1h， 换液，摇床 8.Ab2：1:3000 (封闭液) ， RT 40min，摇床 9. 洗膜：同前 10.ECL显色：RT5min，暗室，X-光片
.
四、检测方法
试剂配制：？
1. 电泳技术 核酸：完整性、分离、纯化
50XTAE
琼脂糖凝胶电泳：agarose, 水平, 1XTAE
EB(2ng), Gelred, Goldview, 紫外灯
.NA相对分子质量DL2000; 2. PCR产物; 3. PCR空白对照。
缺点：表达的蛋白质产物不能进行翻译后修饰、 高表达时容易发生折叠错误、 E coli本身内毒素和毒性蛋白可能混杂在终产物中。
成功例子：β-干扰素
.
组成
表达载体
启动子：lac、trp、tac、PL启动子 目的基因编码序列 终止子：
受体细胞
非融合蛋白：pBV220
表达方式
分泌表达: 含有信号肽序列，OmpA等
.
三、外源基因转移技术和表达体系
1.外源基因转入技术 细菌：热激法，电转化
热激法转化
a. 加入连接产物/质粒，冰浴 b. 42℃ 90sec，冰浴 c. 培养：LB培养液 d. 涂板
试剂配制：？ LB培养液 LB-Amp平板 LB-Kan平板
.
真核细胞 生物学方法：农杆菌介导的基因转导 花粉管通道法介导的基因转化 体外包装转染法 共转化 生殖细胞浸泡法介导的基因转化 化学方法：PEG介导的基因转化 磷酸钙沉淀法
生物信息学复习题已附答案
本卷的答案仅做参考，如有疑问欢迎提出。
后面的补充复习题要靠你们自己整理答案了。
生物信息学复习题一、填空题1、识别基因主要有两个途径即基因组DNA外显子识别和基于EST策略的基因鉴定。
2、表达序列标签是从mRNA 中生成的一些很短的序列（300-500bp），它们代表在特定组织或发育阶段表达的基因。
3、序列比对的基本思想，是找出检测基因和目标序列的相似性，就是通过在序列中插入空位的方法使所比较的序列长度达到一致。
比对的数学模型大体分为两类，分别是整体比对和局部比对。
4、2-DE的基本原理是根据蛋白质等电点和分子量不同，进行两次电泳将之分离。
第一向是等电聚焦分离,第二向是SDS-PAGE分离。
5、蛋白质组研究的三大关键核心技术是双向凝胶电泳技术、质谱鉴定技术、计算机图像数据处理与蛋白质数据库。
二、判断题1、生物体的结构和功能越复杂的种类就越多，所需要的基因也越多，C值越大，这是真核生物基因组的特点之一。
（对）2、CDS一定就是ORF。
（对）3、两者之间有没有共同的祖先，可以通过序列的同源性来确定，如果两个基因或蛋白质有着几乎一样的序列，那么它们高度同源,就具有共同的祖先。
（错）4、STS，是一段200-300bp的特定DNA序列，它的序列已知，并且在基因组中属于单拷贝。
（对）5、非编码DNA是“垃圾DNA”，不具有任何的分析价值，对于细胞没有多大的作用。
（错）6、基因树和物种树同属于系统树，它们之间可以等同。
（错）7、基因的编码序列在DNA分子上是被不编码的序列隔开而不连续排列的。
( 对）8、对任意一个DNA序列，在不知道哪一个碱基代表CDS的起始时，可用6框翻译法，获得6个潜在的蛋白质序列。
（对）9、一个机体只有一个确定的基因组，但基因组内各个基因表达的条件和表达的程度随时间、空间和环境条件而不同。
（对）10、外显子和内含子之间没有绝对的区分，一个基因的内含子可以是另一个基因的外显子，同一个基因在不同的生理状况或生长发育的不同阶段，外显子组成也可以不同。
生物信息学软件的使用
多序列比对实例
输入文件的格式(fasta)： >KCC2_YEAST NYIFGRTLGAGSFGVVRQARKLSTN…… >DMK_HUMAN DFEILKVIGRGAFSEVAVVKMKQTGQVYAMKIMNK……. >KPRO_MAIZE TRKFKVELGRGESGTVYKGVLEDDRHVAVKKLEN…… >DAF1_CAEEL QIRLTGRVGSGRFGNVSRGDYRGEAVAVKVFNALD…… >1CSN HYKVGRRIGEGSFGVIFEGTNLLNN……
Clustal简介
CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个 序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两 两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化 指导树，对关系密切的序列进行加权；然后从 最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列 并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入 为止。ClustalW是现在用的最广和最经典的多 序列比对软件
多序列比对工具－clustalX
Clustalx是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对 工具，由Higgins D.G. 等开发。和网络版的Clustalw 有异曲同工之效. 有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版， DOS版的clustlw，windows版本的clustalx等。
输入控 制命令 输入文 件名称
输出控 制命令
程序 名称
结果保存 uscle进行比对过程演示
Genedoc与BioEdit的简单介绍
GeneDoc是一个特别的排列程序，有很好的 蛋白质排列注释和分析、描影和结构定义功能 部件，就像一个反映排列的内在的进化树。 BioEdit也是一个生物序列编辑器，它的基本 功能是提供蛋白质、核酸序列的编辑、处理和 分析
生物信息学 第五章 核酸序列分析
各类核苷酸出现的频率。对于随机分布的DNA序列来说，每种核苷酸的出现是均
匀分布的，即出现频率各为0.25。而真实基因组的核苷酸分布则是非均匀的，如 酵母基因组核苷酸出现频率如下左表。
单双链的区别：
同时计算DNA的正反两条链，根据碱基配对原则，A和T、G和C的出现频率应该 是相同的。但实际上A和T、G和C的出现频率不同，但是却非常接近，如酵母单
AA和AT、TCG、ATC、GCA、A。这三种顺序被称为开放阅读框。
实现方法： ① 扫描给定的DNA序列，在3个不同的阅读框中寻找较长的ORF。
② 当遇到终止密码子后，回头寻找起始密码子，以确定完整的编码区域。
基因开放阅读框/基因结构分析识别工具
Getorf Plotorf ORF Finder BestORF GENSCAN Gene Finder FGENESH GeneMark http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/getorf.html http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/plotorf.html /gorf/gorf.html /all.htm /GENSCAN.html /tools/genefinder/ /all.htm /GeneMark/ EMBOSS EMBOSS NCBI Softberry MIT Zhang lab Softberry GIT 通用 通用 通用 真核 脊椎、拟南芥、玉米 人、小鼠、拟南芥、酵母 真核 原核
GLIMMER
/genomes/MICROBES/gli mmer_3.cgi /software/glimmer
生物化学之核酸知识点复习
核酸知识要点核酸分两大类：DNA和RNA。
所有生物细胞都含有这两类核酸。
但病毒不同，DNA 病毒只含有DNA，RNA病毒只含RNA。
核酸的基本结构单位是核苷酸。
核苷酸由一个含氮碱基（嘌呤或嘧啶），一个戊糖（核糖或脱氧核糖）和一个或几个磷酸组成。
核酸是一种多聚核苷酸，核苷酸靠磷酸二酯键彼此连接在一起。
核酸中还有少量的稀有碱基。
RNA中的核苷酸残基含有核糖，其嘧啶碱基一般是尿嘧啶和胞嘧啶，而DNA中其核苷酸含有2′-脱氧核糖，其嘧啶碱基一般是胸腺嘧啶和胞嘧啶。
在RNA和DNA中所含的嘌呤基本上都是鸟嘌呤和腺嘌呤。
核苷酸在细胞内有许多重要功能：它们用于合成核酸以携带遗传信息；它们还是细胞中主要的化学能载体；是许多种酶的辅因子的结构成分，而且有些（如cAMP、cGMP）还是细胞的第二信使。
DNA的空间结构模型是在1953年由Watson和Crick两个人提出的。
建立DNA空间结构模型的依据主要有两方面：一是由Chargaff发现的DNA中碱基的等价性，提示A=T、G≡C 间碱基互补的可能性；二是DNA纤维的X-射线衍射分析资料，提示了双螺旋结构的可能性。
DNA是由两条反向直线型多核苷酸组成的双螺旋分子。
单链多核苷酸中两个核苷酸之间的唯一连键是3′,5′-磷酸二酯键。
按Watson-Crick模型，DNA的结构特点有：两条反相平行的多核苷酸链围绕同一中心轴互绕；碱基位于结构的内侧，而亲水的糖磷酸主链位于螺旋的外侧，通过磷酸二酯键相连，形成核酸的骨架；碱基平面与轴垂直，糖环平面则与轴平行。
两条链皆为右手螺旋；双螺旋的直径为2nm，碱基堆积距离为0.34nm，两核酸之间的夹角是36°，每对螺旋由10对碱基组成；碱基按A=T，G≡C配对互补，彼此以氢键相连系。
维持DNA结构稳定的力量主要是碱基堆积力；双螺旋结构表面有两条螺形凹沟，一大一小。
DNA能够以几种不同的结构形式存在。
从B型DNA转变而来的两种结构A型和Z型结构巳在结晶研究中得到证实。
生物信息学核酸序列的一般分析和结构分析
• 科学家对这本天书了解最多的部分就是遗传密码 或者说掌握了DNA对蛋白质编码的规律
• 关于密码子
（1）密码子的使用是非随机的 • 如果密码子的第一、第二位碱基是A、U， 那么第三位将尽可能使用G、C；反之亦然。 • 如果三位都用G、C，则配对容易，分解难； 三位都用A、U，则相反。 • 一般地说，高表达的基因，要求翻译速度快， 要求密码子和反密码子配对快、分开也快。
限制性内切酶分析常用软件
▪ RESTRICTION ANALYSIS ▪ DNAssist 1.02 ▪ DFW 2.21 ▪ Generunner
下载地址：
/dna.html
Dnastar
1. 序列格式转换 2. 限制性内切酶分析 3. 序列拼接
– 在基因中，同义密码子的使用并不是完全一致 的。
– 不同物种、不同生物体的基因密码子使用存在 着很大的差异
• 基因密码子的使用与基因编码的蛋白的结构和功 能有关，与基因表达的生理功能有着密切的联系
• 蛋白的三级结构与密码子使用概率有密切的关系
– 通过对密码子的聚类分析，可以很清晰地将具有不同 三级结构蛋白质的编码基因分成不同的类，而具有相 似三级结构蛋白的编码基因则大致聚在同一类中，从 而证明基因密码子的使用偏性与蛋白质三级结构具有 密切的相关性。
– 发现功能位点特征 – 识别功能位点
四、序列翻译、ORF查找
对于一条新的核酸序列，除了对数据库进行 类似性检索和同源性比较外，还有许多其他分析 内容。例如：计算DNA的碱基组成、检索内部重复 序列、检索DNA的特殊位点或信号、开放读框的查 找、鉴定DNA的编码区和翻译基因序列等。
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下列软件大部分目前都已经有新的版本，软件介绍仅供参考。
1. DNASIS2.5DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一个功能强大的序列分析软件。
包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行DNA，RNA，蛋白质序列的编辑和分析，甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能，足可满足一般实验室的要求。
2. DNATools 5.1DNATools设计的用户友好、强壮，以便快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据库查询获得的序列相关信息。
DNATools包容性很好，能把几乎所有文本文件打开作为序列。
当程序不能辨别序列的格式时（通过寻找常用序列格式的特征），会显示这个文件的文本形式，以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列，编辑后可以再被载入程序。
若你的序列是DNATools格式时（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的载入序列，程序模式调整成可以接受载入的数据类型（蛋白质、DNA和寡核苷酸引物序列）。
在一个项目中可以加入几千个序列或引物，并在整个项目中分析这些序列及标题。
这个程序的一个特点是给每个序列或引物添加文本标题。
这样就可以用自定义的标题识别序列，而不必通过它们的文件名。
为避免丢失数据-和你的工作-DNATools包括几个挽救丢失数据的功能：一个5层的撤销/重复功能，重新获得原始序列的恢复功能，项目中加入新文件时的安全备份功能，以及在一定的时间间隔作完全备份或备份你的工。
3. DNAClubDNA Club是一个简单的对DNA进行与PCR有关的操作的软件。
它的功能有： 1、输入DNA序列； 2、查找ORF序列；3、把DNA翻译成蛋白序列；4、查找酶切位点；5、查找PCR引物序列。
功能虽然都很简单，但非常实用，一般的用户都可以很方便地使用。
4. Premier5.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计和评估的软件，和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。
其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和Motif分析窗口。
这里我们主要介绍其引物设计功能，顾名思义，该软件就是用来进行引物设计的。
可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。
也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。
而且进行这些操作非常简单。
其功能绝不在Oli go 5.0之下！5. GeneDoc 3.2GeneDoc能用用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性，输出的格式一目了然，而且可以报告为进化树的格式。
选择项多，可以达到所需的要求。
功能多又强，但要完全掌握，并不是很轻松的事。
6. MACAW 2.05MACAW 是多序列构建与分析工作台软件(Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench, MACAW)是一个用来构建与分析多序列片段的交互式软件。
MACAW具有几个特点：1. 新的搜索算法查寻类似区，消除了先前技术的许多限制。
2. 应用一个最近发展的数学原理计算block类似性的统计学显著性。
3. 使用各种视图工具，可以评估一个候选block包含在一个多序列中的可能性。
4．可以很容易地编辑每一个block。
在多序列中查找一个类似片段并不是一件简单的事，主要是因为要查找的量极大。
这正式MACAW所要解决的问题。
7. Clustal XClustal X 用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较（multiple sequence alignment）的软件。
多序列比较在分子生物学中是一个基本方法，用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助，Clustal X很适合这些方面的要求。
8. Winplas 2.6该软件用来绘制发表质量的质粒图，可广泛应用与论文、教材的质粒插图。
其特性包括：1.知道序列或不知序列结构均能绘制质粒图；2. 可读入各种流行序列格式文件引入序列信息；3. 自动识别限制位点可构建序列结构，功能包括：从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删除等；4. 绘图功能强大，功能包括：位点标签说明、任意位置文字插入、生成彩图、线性或环形序列绘制、可输出到剪贴板、可输出到图像文件；5. 限制酶消化分析报告输出与序列输入报告功能。
9. RNAdraw 1.1b2是一个进行RNA二级结构计算的软件。
1. 它是Windows下的多文档窗口 (multiple document interface)软件，允许你同时打开多个数据处理窗口。
主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。
2. RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。
3. RNA文库（RNA Library）用一种容易操作的方式来组织你所有的RNA数据文件。
10. RNAStructure 3.5RNA Structure 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。
预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。
提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。
11. Cn3D是由NCBI开发的用于观看蛋白质三维结构的软件，其设计的主要目的是为NCBI在其站点中的蛋白质结构数据库MMDB提供专业的结构观察软件，其主要的操作界面分为两个窗口，如右图所示，一个为结构窗口，另一个为序列窗口。
与其他的类似的软件，如Rasmol，Weblabview等相比，其在结构观察方面主要功能上基本相似，但是图形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。
而在与网络连接上，该软件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB结构数据库，能直接根据输入的序列号从数据库中利用其内嵌的Entrez搜索引擎调出蛋白结构来进行观察，比其他软件要简便。
而Cn3D主要的特点是能够将两个蛋白放在一起直观地进行三维结构上的比较，如下图中是将两种核酸外切酶的三维结构通过VAST对准得到的结构比较图：同样，Cn3D在结构比较方面也能利用其内嵌的Blast搜索引擎直接访问Genbank数据库找到具有局部相似性的结构数据，并在三维结构图中显示出二者具有相似性的结构区域12. Seqverter 1.3Seqverter 1.3使用简单，填写输入文件和输出文件名就可以完成格式转换。
而且能够转换的格式非常之多是其它软件所无法比拟的。
另外，它可在线升级以读写更多格式文件。
13. Visual Sequence Editor 1.11.可以同时显示编辑多达200个核酸蛋白序列2.将所有程序打包成一个库文件3.可以输入输出到很多格式序列： IG/Stanford；GenBank/GB；NBRF；EMBL；GCG；DNA Strider；Fitch；Pieron/FASTA；PIR/CODATA以及普通文本4.可以直接读取MACAW的文件，并能将各序列中的同源顺序标出5.根据遗传密码（可以自定义）读出一种或六种阅读框 6.查看的字体大小，字母间隔等灵活可调 7.模糊查找特定序列。
14. band leader 3.0提供处理DNA或蛋白分子凝胶电泳图象和从凝胶电泳图象获得相关数据的工具。
它可以对电泳图谱进行半定量分析，识别扫描得到的WINDOWS图象格式 .BMP，是一个难得的好软件。
15. Sequin 2.90能向GenBank、EMBL、DDBJ三大核酸序列库递交序列。
可以不用仔细考虑各数据库文件的具体格式，以问答填表格的形式，将需递交的序列和相关资料填好。
可以在线直接发送，也可以生成相应格式文件，以e-mail形式发送。
16. Omiga 2.0实际上，大部分对核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到；而且界面非常友好。
Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。
主要功能：编辑、浏览、蛋白质或核酸序列，分析序列组成。
用Clustal. W进行同源序列比较，发现同源区。
实现了核酸序列与其互补链之间的转化，序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链，以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。
查找核酸限制性酶切位点、基元（Motif）及开放阅读框（ORF），设计并评估PCR、测序引物。
查找蛋白质解蛋白位点（Prot eolytic Sites）、基元、二级结构等。
查寻结果可以以图谱及表格的显示，表格设有多种分类显示形式。
利用Ma nge快捷键，用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。
每一数据库中都设有多种查寻参数，可供选择使用。
用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。
可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。
另外，该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析，对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。
17. TreeViewTree View是用来生成与打印进化树的软件，它可以读取NEXUS与PHYLIP生成的进化树格式文件，生成进化树,并输出到打印机。
18. Antheprot蛋白质序列分析软件包ANTHEPROT 4.5是位于法国的蛋白质生物与化学研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年时间开发出的蛋白质研究软件包。
软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。
应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测。
更重要的是该软件能够提供蛋白序列的一些二级结构信息，使用户有可能模拟出未知蛋白的高级结构。
19. BioEdit是一个序列编辑器与分析工具软件，功能非常强大，使用十分容易。
功能包括：序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻找特征序列、支持超过20000个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制、等等等等。
总之，功能强大，人人需要。
20. DNAMendDNAmend是一名德国人编写的用于对DNA序列进行分析，编辑的专业软件，主要的用途是在基因克隆过程中，利用其提供的对DNA序列的限制性酶切分析，开读框搜索，序列转译，末端修剪等功能对DNA序列进行酶切、连接、末端补平等模拟操作，为克隆流程设计及克隆过程监视提供直观的控制工具，便于对克隆中可能出现的问题进行分析，并可将结果输出用于发表文章。