TASSEL的简介及遗传关系对表型变异贡献的分析方法_杨小红
遗传学数量性状的遗传分析
遗传学数量性状的遗传分析
目录
• 引言 • 数量性状遗传基础 • 数量性状遗传分析方法 • 数量性状基因定位 • 数量性状基因组关联分析 • 数量性状基因组编辑与优化
01
引言
研究背景
01
遗传学数量性状是生物体表型特 征中受多个基因和环境因素共同 影响的性状，如身高、体重等。
02
随着分子生物学和基因组学的发 展，遗传学数量性状的遗传分析 已成为遗传学研究的重要领域。
关联分析的软件工具
01
Plink
一款常用的关联分析软件，提供 多种统计分析和可视化工具，用 于处理和分析大规模遗传数据。
02
03
GAPIT
Tassel
基于R语言的关联分析工具包， 提供了丰富的统计方法和可视化 功能，适用于复杂数据分析。
主要用于基因组关联分析的软件， 支持多种数据格式和多种统计模 型，可进行大规模数据分析。
QTL定位的软件工具
QTL Cartographer
基于区间作图法的QTL定位软件，适用于大样本数据 集。
Tassel
综合关联分析和区间作图法的QTL定位软件，具有强 大的数据处理和分析能力。
R/qtl
基于R语言的QTL定位软件，提供了多种统计模型和 可视化工具。
05
数量性状基因组关联分析
关联分析的基本原理
广义遗传力
广义遗传力用于描述数量性状在遗传和环境变异中的贡献，计算公式为加性方差和显性方差占表型方差的比值。
狭义遗传力
狭义遗传力仅考虑基因型对表型变异的贡献，计算公式为加性方差占表型方差的比值。
遗传相关分析
遗传相关系数
用于描述两个数量性状之间的遗传关系，计算公式为两个数量性状的加性方差和显性方差之间的比值 。
关联分析的一般方法_杨小红
关联分析的一般方法关联分析的般方法杨小红中国农业大学国家玉米改良中心2011.5.25一、候选基因关联分析（TASSEL V2.1）二、全基因组关联分析（TASSEL V3.0）二全基因组关联分析（V30数据输入123SNP抽提3124SNP抽提结果位点序号与实际序号差1InDel 抽提3124InDel抽提结果SNP InDel与的整合13 2SNP与InDel的导出1324LD分析1324LD plot132LD decay的绘制多态性位点、群体结构、表型的整合多态性位点群体结构表型的整合312整合数据的核对31241212Manhanttan图单个位点所解释的表型变异R2──ANOVA (Excel)R2=SS intergroup/SS overall单因素方数据数据分析差分析单倍型分析134 25数据的输入12数据的导出12基因型数据的抽提3124基因型数据抽提结果群体结构的设置2413分析表型的设置1243基因型表型群体结构的整合基因型、表型、群体结构的整合12ctrl整合数据的核对运行——GLM1234GLM1结果GLM结果2运行——MLM_P3D&Compression 312MLM——Compression1p结果MLM——Compression2p结果MLM——Compression3p结果最优Compression 的选择2760278027202740L k266026802700‐2L n 262026401.0 1.52.33.4 5.2 7.8 11.9 22.7 250.0Compression运行——MLM_P3D&No Compression123MLM_P3D&No Compression结果QQ plot_TASSEL13 2Manhattan plot TASSELp_132数据输入Obp1Obp2观察值p预测值定义数据标记定义坐标轴格式绘图程序QQ plot_SAS结果。
毒理学 尔雅答案.
第一章绪论一、名词1、毒理学: 研究所有外源因素对生物系统的损害作用、生物学机制、安全性评价与危险性分析的科学。
2、毒物: 是指较低的剂量进入机体后能引起疾病或危及生命的物质。
二、选择1、描述毒理学直接关注的是——，以期为安全性评价和危险度管理提供信息。
AA、毒性鉴定B、接触毒物时间C、接触毒物剂量D、毒性强弱E、以上全是2、经典的毒理学研究对象是A、核素B、细菌C、病毒D、各种化学物质E、以上都是3、外源化学物的概念A、存在于人类生活和外界环境中B、与人类接触并进入机体C、具有生物活性，并有损害作用D、并非人体成分和营养物质E、以上都是三、填空1、毒理学研究领域主要分为描述毒理学、机制毒理学和管理毒理学2、动物实验的“3R”法分别是优化、减少和取代第二章毒理学基本概念一、名词1、外源化学物：是在人类生活的外界环境中存在、可能与机体接触并进入机体，在体内呈现一定的生物学作用的化学物质，又称为“外源生物活性物质”。
2、毒性：是指化学物引起有害作用的固有的能力。
3、毒物：在一定的条件下，以较小剂量进入机体就能干扰正常的生化过程或生理功能，引起暂时或永久性的病理改变、甚至危及生命的化学物质。
4、靶器官：毒物被吸收后随血流到全身各组织器官，但起发挥毒作用的部位则只限于一个或几个组织器官，毒物直接发挥作用的器官称为靶器官。
5、生物学标志：是指外源化学物通过生物学屏障进入组织或体液后，对该化学物或其代谢产物、以及它们所引起的生物学效应的测定指标。
6、暴露生物学标志：是测定组织、体液或排泄物中的外源化学物、其代谢物或与内源性物质的反应产物，作为吸收剂量或靶剂量的指标，可提供有关化学物质暴露的信息。
7、效应生物学标志：指机体中可测出的生化、生理、行为或其他改变的指标。
8、易感生物学标志：是关于个体对外源化学物的生物易感性的指标，反映机体先天具有或后天获得的对暴露外源性物质产生反应能力的指标。
9、量反应：此类效应的观察结果为计量资料，有强度和性质的差别，可用某种测量的数值表示。
靶向治疗药物
激酶
进展期肾细胞癌，GIST，不可切 除或进展期胰腺神经内分泌肿瘤
多种激酶，考虑 VEGFR，
PDGFR和KIT
24 Trametinib 曲美替尼
Mekinist
不可切除的恶性黑色素瘤（需携 带BRAF V600E或V600K突变）
MEK-1和MEK-2
25 Vandetanib 凡德他尼 Caprelsa
VEGF,PDGF,FGF,TGF 血管生成抑制因子
Bevacizumab Angiostatin
FDA批准的分子靶向药物
序号 药物名 中文名 商品名
适应症
靶点
1
Afatinib
含有EGFR19外显子确实或21外
阿法替尼 Gilotrif 显子（L858R）突变的转移性
非小细胞肺癌
EGFR，EGFR1/2， HER2和HER4
理想的分子靶向药物
高特异性
高亲合力
理想的靶向药物
高通透性
高同源性
高稳定性
第10页
分子靶向药物的共同特点
①具有调节作用和细胞稳定作用 ②临床治疗不一定需要达到剂量毒性（DLT）和最大
耐受量（MTD） ③毒性作用和临床表现与细胞毒药物有很大区别 ④直接针对引起癌变分子机制，比传统化疗更有选择
性和有效性 ⑤与常规治疗（化疗、放疗）合用，常有更好的疗效
Nature Reviews Molecular Cell Biology, 2004
B-RAF抑制剂PLX4032治疗恶性黑色素瘤
PLX4032
• Plexxikon公司研发的靶向B-RAFV600E 突变体 的抑制剂
• 口服有效，目前处于临床III期研究
• 对80%B-RAF V600E突变的恶性黑色素瘤患者 有效
Tassel 5.0关联分析软件 中文使用手册
3.1.5 投影校准（Projection Alignment）............................................................... 15 3.1.6 Phylip .............................................................................................................. 15 3.1.7 FASTA............................................................................................................. 16 3.1.8 Numerical Data（数值数据） ....................................................................... 16 3.1.9 Square Numerical Matrix（数值方阵） ........................................................ 17 3.1.10 Table Report（表格报告） .......................................................................... 18 3.1.11 TOPM（Tags on Physical Map，物理图谱上的标签）............................... 18 3.2 Export 导出 ....................................................................................................................... 18 3.3 转换（Transform） ......................................................................................................... 19 3.3.1 Genotype Numericalization（基因型数字化） .................................................... 19 3.3.2 Transform and/or Standardize Data 转换和/或标准化数据.................................. 20 3.3.3 Impute Phenotype 估算表现型.............................................................................. 21 3.3.4 PCA（主成分分析） ............................................................................................ 22 3.4 Synonymizer（举出分类单元名称的同义词）...................................................... 23 3.5 Intersect Join（交集合并） ............................................................................................. 25 3.6 Union Join（并集合并） ................................................................................................. 26 3.7 Merge Genotype Tables（合并基因型表格）................................................................. 26 3.8 Separate（分离） ............................................................................................................. 27 3.9 Homozygous Genotype（纯合的基因型） ..................................................................... 27 4 Impute（估算）菜单 .................................................................................................................. 27 5 Filter（过滤）菜单 ..................................................................................................................... 35 5.1 Sites（位点） ................................................................................................................... 35
国内外羊胎素研究综述
国内外羊胎素研究综述近年来，羊胎素作为一种生物活性物质，在医学和保健领域引起了广泛关注。
羊胎素是从羊胎盘中提取的一种生物活性物质，含有丰富的营养成分和生长因子。
它具有促进细胞再生和修复、增强免疫力、延缓衰老等多种功效。
本文将综述国内外羊胎素研究的进展和应用前景。
一、羊胎素的提取和成分分析羊胎素的提取方法主要有酸性水解法、酶解法和超声波辅助法等。
酸性水解法是目前应用最广泛的提取方法，通过酸性水解可以将羊胎素中的蛋白质、多糖、脂类等成分分离出来。
而酶解法则是使用特定的酶对羊胎素进行水解，以提取出其中的活性肽和生长因子。
超声波辅助法则是利用超声波的作用，加速羊胎素中生物活性物质的释放和提取。
羊胎素的成分分析研究表明，其主要成分包括多肽、生长因子、维生素、氨基酸、矿物质等。
其中，多肽是羊胎素的主要活性成分，具有促进细胞再生和修复的作用。
生长因子则能够刺激细胞分裂和增殖，加速伤口愈合和组织修复。
二、羊胎素在医学领域的应用羊胎素在医学领域有广泛的应用前景。
研究发现，羊胎素具有抗炎、抗氧化、抗菌等作用，可以用于治疗皮肤炎症、创伤愈合和感染等。
同时，羊胎素还具有调节免疫功能的作用，可以增强机体的免疫力，预防和治疗免疫系统相关的疾病。
此外，羊胎素还被广泛应用于抗衰老领域。
研究发现，羊胎素中的生长因子可以刺激胶原蛋白的合成，提高皮肤弹性和紧致度，减少皱纹和色斑的出现。
因此，羊胎素成为了许多抗衰老产品的重要成分。
三、国内外羊胎素研究的进展国内外对羊胎素的研究正在不断深入。
目前，研究人员主要关注羊胎素的提取方法、成分分析和生物活性研究。
通过不断改进提取方法，提高羊胎素的纯度和活性，为其应用提供更好的基础。
同时，对羊胎素中的活性成分进行深入研究，探索其作用机制和应用前景。
国内外羊胎素的研究成果已经取得了一定的突破。
研究人员发现，羊胎素中的活性成分可以促进神经细胞的再生和修复，对神经系统疾病具有潜在的治疗作用。
此外，羊胎素还可以改善心血管功能，预防和治疗心血管疾病。
玉米自交系的遗传多样性分析及杂种优势群划分
玉米自交系的遗传多样性分析及杂种优势群划分摘要：收集具有丰富遗传多样性的种质资源是玉米育种的前提，通过对资源进行杂种优势群的划分可以显著提高育种效率。
本研究利用135对InDel分布在玉米10条染色体上的分子标记引物，系统分析了491份玉米自交系的遗传多样性，结果显示标记多态性信息量变化范围为0.255～0.678。
通过计算遗传相似值（GS），上述材料被划分成8个包括Reid 群、Lancaster群、四平头群和PB群的杂种优势群。
本研究结果为组配优良玉米杂交种提供了遗传信息。
关键词：玉米；分子标记；遗传多样性；杂种优势群；遗传相似性；InDel标记中图分类号：S513.03文献标志码：A文章编号：1002-1302（2015）11-0107-03收稿日期：2015-08-24基金项目：江苏省自然科学基金（编号：BK20141385）；江苏省农业科技自主创新资金[编号：CX（13）3060]。
作者简介：林峰（1978―），男，博士，助理研究员，主要从事遗传育种研究。
E-mail：flinlc@。
通信作者：赵涵，博士，研究员，主要从事作物遗传育种研究。
Tel：（025）84390751；E-mail：zhaohan@。
杂种优势是指2个遗传组成不同的生物体杂交后的杂种一代在生长势、生活力、抗逆性、产量及品质等方面优于双亲的现象。
利用杂种优势获得总体性状优于亲本的杂交种是现代育种的重要手段之一。
而杂种优势群集中了大量有利基因，群间自交系杂交时往往可以获得较大的杂种优势。
因此，杂种优势群的划分有助于自交系改良和杂交种选配，对杂交育种具有重要意义。
玉米是典型的异交作物，杂种优势明显。
玉米中最早的一对杂种优势模式是Reid×Lancaster，2003年，Hallauer提出了BSSS-Tuxpeno和non-BSSS-non-Tuxpeno两个杂种优势列（Heterotic Alignment）的概念，又称SS和NSS群[1]，这一模式大大促进了玉米种质的扩增、改良和创新，得到了广泛应用。
广西水稻地方品种核心种质稻瘟病抗性位点全基因组关联分析
作物学报ACTA AGRONOMICA SINICA 2021, 47(6): 1114 1123 / ISSN 0496-3490; CN 11-1809/S; CODEN TSHPA9E-mail: zwxb301@DOI: 10.3724/SP.J.1006.2021.02047广西水稻地方品种核心种质稻瘟病抗性位点全基因组关联分析陈灿**农保选**夏秀忠张宗琼曾宇冯锐郭辉邓国富李丹婷*杨行海*广西农业科学院水稻研究所 / 广西水稻遗传育种重点实验室, 广西南宁 530007摘要: 稻瘟病是水稻重要病害之一, 严重影响水稻的产量与品质。
培育抗性品种是防治稻瘟病最经济、环保的方式。
稻瘟病抗性基因的鉴定与挖掘是开展抗病育种的基础与前提。
本课题组前期对419份广西水稻地方品种核心种质进行简化基因组测序, 获得208,993个高质量SNP标记。
本研究采用苗期喷雾接种方法, 研究了该419份核心种质对7个稻瘟病生理小种的抗性, 并根据表型和基因型数据, 利用一般线性模型(general linear model, GLM)和混合线性模型(mixed linear model, MLM)进行全基因组关联分析。
2种模型下共检测到20个位点, 其中GLM检测到20个位点, MLM检测到1个位点, Chr12_10803913位点在2种模型下都检测到。
17个位点与前人定位的基因/QTLs重叠, 其余3个是新位点, 分别为Chr3_18302718、Chr3_18302744及Chr5_10379127位点。
在20个显著关联位点上下游各150 kb的基因组区域中共筛选出候选基因323个, 初步确定8个候选基因与抗病相关, 其中LOC_Os12g18360 (Pita)、LOC_Os12g18729 (Ptr)为已知克隆的基因, LOC_Os03g32100、LOC_Os03g32180和LOC_Os05g18090为新位点附近筛选到的候选基因。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
1
3
2
4
27
亲缘关系对表型的贡献——TASSEL结果
σ2a σ2e
28
Version3.0 & Version2.1
2
模块选择
数据信息 报告说明 运行进程
3
每个模块的具体菜单 数据、结果的详细内容
数据模块
GDPC：基因型和表型公共数据的导入 Load：本地数据的导入 Export：基因型数据的导出 Site：基因型数据的过滤 Taxa：特定分析材料的选择
并集合并 交集合并
基因型的数据格式1——Phylip
材料数 序列长度
材 料 名 称
7
基因型数据格式2——polymorphism1
标记名称
材
料
名
基因型
称
缺失数据
8
基因型数据格式2——polymorphism2
标记名称
材
料
名
基因型
称
缺失数据
9
基因型数据格式3——plink
.map
遗传距离 物理距离
染色体
标记名称
18
V2.1——群体结构格式
亚群数目
材
料
标题行数
数
亚群名称
目
材 料 名 称
19
V2.1——表型数据格式
性状数目
材 料 数 目
材 料 名 称
标题行数 标题行数
20
数据的输入和输出 Data → Load (File) Data → Export; Results → Table ∙ ∙ ∙
21
分析数据集的保存(以及数据类型的定义
Impute SNPs：基因型缺失数据的模拟 ？‐>transform：基因型和表型数据的转化 p<‐>q transform：相似材料名称的转化
4
分析模块
遗传多样性
进化树 连锁不平衡
亲缘关系
GLM：一般线性模型 MLM：混合线性模型
5
结果模块
6
.ped
材料名称
家 系 编 号
母本编号
父本编号
性别 性别
10
基因型数据格式4——hapmap
标等 物
记位染理正
名 称
基 因
色 体
位 置
反 链
材料编号
11
Q矩阵或PCA数据格式
亚群名称
材料名称
个体基因 组在某个 类群的百 分比
12
材料总数 材料名称
K矩阵数据格式
两两个体之间的 亲缘关系系数
13
表型数据格式
22
二、遗传关系对表型变异贡献 的分析方法
23
群体结构对表型变异的贡献——SAS Code1
材
料性
群
编状
体
号名
名
称
称
表型值
个体基因组在所属 类群所在的比例
24
群体结构对表型变异的贡献——SAS Code2
25
群体结构对表型表型的贡献——SAS 结果
26
亲缘关系对表型的贡献——TASSEL1
TASSEL的简介及遗传关系对表型 变异的分析方法
杨小红 中国农业大学国家玉米改良中心
2011.5.24
1
一、TASSEL
Trait Analysis by aSSociation, Evolution and Linkage
Bradbury et al, 2007, Bioinformatics 23:2633‐2635 /bioinformatics
材料名称
性状名称
14
V2.1——数据模块
Load 基因型的转化
15
V2.1——基因型数据格式——Polymorphism
多态性位点数目
材 料 数 目
材 料 名 称
标题行数 标记名称
16
V2.1——Polymorphism数据格式转换
1
3
2
4
17
V2.1——Polymorphism数据格式转换结果