protege使用说明
protege构建本体教程

打开编辑器
在Protege界面中,选择“Edit”菜单,打开编 辑器。
添加属性
在编辑器中,选择“Add Property”选项,输 入属性名和属性类型,添加新的属性。
ABCD
添加类
在编辑器中,选择“Add Class”选项,输入类 名,添加新的类。
定义属性和类之间的关系
通过定义属性和类之间的关系,将属性和类关联 起来,构建本体的概念结构。
01
3. 添加属性以及属性的定义域和值域。
02
4. 导入实例,并分配实例到相应的类和属性。
5. 保存本体文件,并导出为OWL格式。
03
构建一个复杂的生物医学本体
• 总结词:通过Protege构建一个复杂的生物医学本 体,涵盖多个领域和概念层次。
构建一个复杂的生物医学本体
01
详细描述
02 1. 确定本体的目的和范围,收集相关领域的知识 和术语。
03
5. 进行语义网应用的开发和实 践,实现资源的互操作和共享 。
05 常见问题与解决方案
CHAPTER
如何解决本体不一致性问题
不一致性定义
本体中存在矛盾或冲突的陈述 ,导致推理结果出现偏差。
形式化检查
利用本体推理工具(如Protégé OWL API)进行一致性检查,识 别并修复不一致性。
版本控制
04 案例分析
CHAPTER
构建一个简单的知识表示本体
• 总结词:通过Protege构建一个简单的知识表示本体,了 解本体的基本结构和概念。
构建一个简单的知识表示本体
01
详细描述
02
1. 打开Protege软件,选择合适的本体编辑器。
03
2. 定义本体的顶级类和子类,以及它们之间的关系。
webprotege案例

webprotege案例案例一:构建领域本体在某个研究机构中,研究人员希望构建一个公共卫生领域的本体。
他们使用WebProtégé来创建本体,并在此基础上建立领域知识图谱。
首先,研究人员定义了一些领域概念,如“疾病”、“症状”、“治疗方法”等,并使用WebProtégé的类编辑器创建了这些类。
然后,他们定义了这些类之间的关系,如“疾病”和“症状”之间的关系是“引发”、“治疗方法”和“疾病”之间的关系是“可用于治疗”等,并使用WebProtégé的关系编辑器创建了这些关系。
随后,研究人员添加了一些实例,如“流感”、“咳嗽”和“抗生素”等,并将它们分类到相应的类中。
他们还为这些实例定义了一些属性,如“流感”具有的症状是“咳嗽”和“发热”,“抗生素”可用于治疗的疾病是“细菌感染”等,并使用WebProtégé的实例编辑器实现了这些定义。
最后,研究人员利用WebProtégé生成了一个OWL本体文件,并利用该文件生成了一个领域知识图谱。
这个知识图谱可以供他们进行进一步的研究、分析和应用。
通过使用WebProtégé,研究人员成功构建了一个公共卫生领域的本体,并基于此建立了一个领域知识图谱,为公共卫生领域的研究和应用提供了有价值的资源。
案例二:领域标注工具在某个文化遗产保护组织中,为了管理和展示文化遗产信息,研究人员使用WebProtégé来构建一个文化遗产本体,并利用它作为领域标注工具。
首先,研究人员定义了一些文化遗产概念,如“古迹”、“文物”、“博物馆”等,并使用WebProtégé的类编辑器创建了这些类。
然后,他们定义了这些类之间的关系,如“古迹”和“文物”之间的关系是“属于”、“博物馆”和“文物”之间的关系是“收藏”等,并使用WebProtégé的关系编辑器创建了这些关系。
protege新手入门进阶篇(2)

步骤5:使用查询插件。
点击菜单中的Project–>Configure 在出现的对话框中选择QueriesTab前加上对勾。
然后就会出现Queries标签,选择这个标签就会出现查询界面。
最初我们只在Class中加入Animal然后点击Find。
查询结果会在右边的Search Results中出现,如下图。
然后将这个查询保留,可以在以后利用。
我们点击在下方的Query Name中输入?Animal然后点击Add to Query Library按钮。
这样这个查询方式就被储存到Query Library中。
步骤6:利用Query Library中保存的查询方式进行进一步查询。
点击Query Library中的?Animal并点击按钮。
可以调用这个查询方式,在这里因为我们刚刚存储了这个方式,所以上面的Query中不会有变化。
我们在Slot中选择Belonging然后选择contains最后选择Beijing_zoo。
点击Find 就会出现我们查找的结果。
可以将这个查询方式存储为?Animal_belong_BeijingZoo。
当然并非每个查询方式都需要储存,实际操作中按照自己的需要存储即可。
步骤6:将本体存储到数据库中。
这里我们使用Mysql。
先做准备工作,因为需要Mysql所以没有的朋友请先安装。
Mysql在Windows,linux等的安装方法在许多网站都有十分详细的介绍,我在这里就不再重复了,请到网上查询一下,最好安装官方推荐的版本。
安装完后首先建立一个protege的数据库,步骤如下Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or \g.Your MySQL connection id is 10 to server version: 3.23.55-maxType 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the buffer.//建立一个名字叫protege_db的数据库。
Protégé基本教程【Protégé5

Protégé基本教程【Protégé5.5.0版本】⽬录Q&A1. 为什么protege⾥⾯owlviz tab中所有的东西都缩在左上⾓?因为没有安装graphviz,⾸先在官⽹()下载grahviz,下载好以后安装。
然后在protege⾥⾯点击file-preferences-owlviz⾥⾯,修改graphviz的地址就好了。
2. 怎么增加and关系(e.g. pizza and has topping)直接在这个框⾥⾯输⼊就⾏啦!⼀、前⾔参考⽂档:Protégé4OWL官⽅⼊门教程因为在⽹上看到的教程使⽤的Protégé版本⽐较⽼了,⽽且是英⽂的,这⾥做⼀个整理。
Protégé软件是斯坦福⼤学医学院⽣物信息研究中⼼基于Java语⾔开发的本体编辑和知识获取软件,或者说是本体开发⼯具,也是基于知识的编辑器,属于开放源代码软件。
这个软件主要⽤于语义⽹中本体的构建,是语义⽹中本体构建的核⼼开发⼯具,现在的最新版本为5.5.0版本。
Protégé提供了本体概念类,关系,属性和实例的构建,并且屏蔽了具体的本体描述语⾔,⽤户只需在概念层次上进⾏领域本体模型的构建。
(如果官⽹下载⽐较慢的话,我放⼀个百度⽹盘的链接在这⾥:)现在下载到的Protégé⼀般是⼀个压缩包,压缩包解压之后有Protege.exe和run.bat这两个⽂件,点击任何⼀个都可以打开Protégé。
Protégé⼀打开的界⾯主要是Active Ontology这个Tab的界⾯。
本体的名字可以在Ontology IRI⾥⾯修改。
Annotations是注释栏,可以对本体添加⼀些信息注释或者描述。
右边Ontology metrics会显⽰⼀些本体中相关元素的统计信息。
protege使用说明.

protege使用说明.Protege软件使用说明一.Protege系统版本介绍与分析最常用的Protege版本主要有两个,我们分别介绍他们的优缺点1.protege 3.x版优点:1)这个版本的用户体验比较好,没4.x版的那么别扭2)支持RacerPro推理机,能保存推理结果3)能对中文进行推理4)相关教程比较全面缺点:1)OWLViz不支持中文,添加中文,图像显示会重叠2)没有ontograf功能块,总之不支持中文图像结果显示3)使用OWLViz功能块,必须安装graphviz 1.9版的2.protege 4.x版优点:1)自带推理机Fact++2)有ontograf功能块,支持中文图像显示3)相关教程比较全面缺点:1)无法保存自带推理机的推理结果,至少我是没找到保存方法2)OWLViz也不支持中文3)软件界面用户体验不好,很多模块需要自己选择添加4)使用OWLViz功能块,必须安装graphviz 2.28版的上面说了这么多你可能不知道选择哪个好。
那就列出几个关键的问题:1.想使用OWLViz观察图像结果?不管是3.x版还是4.x版都可以。
但是要注意一点,就是版本兼容问题;个人推荐protege3.1配graphviz 1.2 或者protege4.1配graphviz2.28.2.想使用推理机并更新原数据?个人建议使用protege3.x,并使用RacerPro 1.9版安装版。
虽然protege4.x版自带推理机也能推理,但是保存结果更新原数据没法实现,至少我是整了很久都没实现。
这也是我不喜欢使用4.x的原因,用户体验比较差。
3.想支持中文,在绘图区显示图像结构?这个就必须使用4.x版了,也只能在4.x版的ontograf功能块才能看到图像结构,而在OWLViz 会出现图像重叠;不过在这也弱弱的吐槽一下,ontograf显示的图像结构效果并不是很理想,个人觉得做的很差。
总结:上面讲了这么多,相信你也有自己的选择了。
知识图谱学习与实践(5)——Protégé使用入门

知识图谱学习与实践(5)——Protégé使⽤⼊门1 Protégé简介Protégé是⼀个本体建模⼯具软件,由斯坦福⼤学基于java语⾔开发的,属于开放源代码软件。
软件主要⽤于语义⽹中本体的构建和基于本体的知识应⽤,是本体构建的核⼼开发⼯具,最新版本为5.5.0(截⾄2019年7⽉)。
Protégé⽀持中⽂,能够实现实体关系的中⽂展⽰。
如下图。
具体来说,Protégé具有以下功能。
类建模。
Protégé提供了⼀个图形化⽤户界⾯来建模类(包括概念)和它们的属性以及关系。
实例编辑。
根据创建的类型,Protégé会⾃动产⽣交互的形式,可以根据类之间的关系获得相应实例的约束,并对实例进⾏编辑。
模型处理。
Protégé有⼀些插件库,可以定义语义、解答询问以及定义逻辑⾏为。
模型交换。
最终的模型(类、实例、关系、属性等)能以各种各样的格式被保存和加载,包括XML、UML、RDF、OWL等。
2 Protégé的安装直接运⾏Protege.exe即可。
Protégé是由java开发的,运⾏时需要java运⾏时环境,运⾏时可能需要配置⼀下java的运⾏时环境,按照提⽰进⾏配置就可以了。
3 软件主要⼯作tab打开软件后,可以看到⼯作区域是由很多tab组成。
Active ontology是显⽰当前的实体名称,以URI的形式显⽰,前⾯是后⾯跟着主机名(我的主机名称为dell),再后⾯是默认的根据时间命名实体。
Entities,可以看作是实体的总览,能够看到我们创建实体的⼀些主要信息,是对实体信息的汇总。
Classes,是对本体模型中,类型部分的编辑,能够定义类之间的层次关系,相互之间的关系。
Object properties,物体关系,可以理解为编辑实体外部的关系,也就是实体和实体之间的关系。
PROTE

087-0047,版本 G/2020 年 1 ⽉PROTÉGÉ ZM便携式零维护单⼀⽓体检测仪⽤⼾指南警告:所有负责或将要负责使⽤、维护或维修本产品的人员必须仔细阅读本手册全部内容。
设备使⽤不当可能会导致重伤或死亡。
PROTÉGÉ ZM便携式零维护单⼀⽓体检测仪⽤⼾指南087-0047,版本 G087-0047,版本 G/2020 年 1 ⽉PROTÉGÉ ZM便携式零维护单⼀⽓体检测仪⽤⼾指南ii版权所有 © Teledyne Gas Measurement Instruments Ltd, 2020 年 1⽉相关产品⽂档⽂件名称⽂件编号⽤途Protégé ZM 系统指南087-0048有关 Protégé ZM 检测仪、测试站、适⽤软件和固件的安装、配置、操作、维护和故障排除信息。
087-0047,版本 G/2020 年 1 ⽉PROTÉGÉ ZM便携式零维护单⼀⽓体检测仪法律声明iii法律声明Teledyne 、Teledyne 徽标、Gas Measurement Instruments 、GMI 和 Protégé 均为Teledyne Gas Measurement Instruments Ltd (下称“本公司”)已注册和/或未注册商标。
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Protege4.0使用说明

Protege4.0使用说明OWL-Lite∙它是OWL中句法最简单的一种子语言。
∙对于简单的继承或者约束,它就显得非常适用。
∙一般用于合并同类字典和简单继承。
∙l ite是清淡的意思OWL-DL∙O WL-DL较之OWL-Lite,它的表达能力加强了。
是基于描述逻辑的(Description Logics),所以以DL后缀。
∙正是因为有了描述逻辑,使自动推理成为了可能。
∙凡是遵循OWL-DL规范的本体都有可能自动计算类的继承性和检测本体之间的矛盾。
因此一般用于要推理本体之间的某种关系或者验证本体是否存在矛盾性,比OWL-Lite更进了一步。
∙这个教程就是基于OWL-DL的。
OWL-Full∙O WL-Full是最具有表达能力的子语言了。
∙它适用于高表达性的场合,如果要把一个事物完整的、精确的、力求无二义性地表达出来,它就非常适用。
∙但正因为它把约束定义太死,所以已经不适合做推理了,一旦推理,会出现大量的矛盾,也不适合进行合并工作,因为它很难与别的本体兼容。
如何选择你需要的子语言∙以下2个建议你可以参考下∙选择Lite还是DL,在于你觉得用Lite来创建本体,是否已经够用。
∙选择DL还是Full,在于你觉得是自动推理更重要,还是精确表达更重要。
DL使建模更灵活,Full使建模更完整更精确、表达力更强。
∙注意:Protégé 4在编辑DL和Full的时候并没有什么明显区别,尺度把握在你自己心目中。
OWL本体的重要组成部分在早期的Protégé版本中,你们会发现这样的术语,Protégé frames Instances, Slots and Classes,3个重要的部分是:Instances、Slots、Classes,其实就对应OWL本体中的如下三个部分,它们是:Individuals个体。
代表一个领域里面的对象。
可以理解成一个类的实例(instances of classes)。
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Protege软件使用说明一.Protege系统版本介绍与分析最常用的Protege版本主要有两个,我们分别介绍他们的优缺点1.protege 3.x版优点:1)这个版本的用户体验比较好,没4.x版的那么别扭2)支持RacerPro推理机,能保存推理结果3)能对中文进行推理4)相关教程比较全面缺点:1)OWLViz不支持中文,添加中文,图像显示会重叠2)没有ontograf功能块,总之不支持中文图像结果显示3)使用OWLViz功能块,必须安装graphviz 1.9版的2.protege 4.x版优点:1)自带推理机Fact++2)有ontograf功能块,支持中文图像显示3)相关教程比较全面缺点:1)无法保存自带推理机的推理结果,至少我是没找到保存方法2)OWLViz也不支持中文3)软件界面用户体验不好,很多模块需要自己选择添加4)使用OWLViz功能块,必须安装graphviz 2.28版的上面说了这么多你可能不知道选择哪个好。
那就列出几个关键的问题:1.想使用OWLViz观察图像结果?不管是3.x版还是4.x版都可以。
但是要注意一点,就是版本兼容问题;个人推荐protege3.1配graphviz 1.2 或者protege4.1配graphviz2.28.2.想使用推理机并更新原数据?个人建议使用protege3.x,并使用RacerPro 1.9版安装版。
虽然protege4.x版自带推理机也能推理,但是保存结果更新原数据没法实现,至少我是整了很久都没实现。
这也是我不喜欢使用4.x的原因,用户体验比较差。
3.想支持中文,在绘图区显示图像结构?这个就必须使用4.x版了,也只能在4.x版的ontograf功能块才能看到图像结构,而在OWLViz 会出现图像重叠;不过在这也弱弱的吐槽一下,ontograf显示的图像结构效果并不是很理想,个人觉得做的很差。
总结:上面讲了这么多,相信你也有自己的选择了。
但是我个人觉得啊!还是使用protege3.x版更好,当然前提是你对OWLViz显示中文并不是很需要的前提下;除去这个因素,protege3.x 版还是蛮不错的,软件界面使用舒服,可以保存推理机推理结果;而且在class中定义中文也可以推理。
我们选用的版本:因为我们在做英文本体的时候还要有对应的中文本体的创建与显示,因此我们选用Protege4.2,graphviz-2.26进行实验。
二.Protege4.2系统安装说明1.安装JDK1.6:下载资源进行安装,环境变量配置:变量名protege_home,变量值G:\Study\JDK1.62.安装protege_4.2_alpha:安装时软件会自动检测protege虚拟机环境,将jdk安装路径G:\Study\JDK1.6下jre文件复制到G:\Study,即与JDK1.6文件夹同一级。
开始安装,选择安装路径,生成文件物理位置,continue即可。
3.安装graphviz-2.28插件:下载资源进行安装,安装后生成bin,etc,include,lib,share五个文件夹,打开bin文件夹,找到dot.exe,打开protege4.2,点击菜单栏Reasoner—>Configure,点击OWL Viz项,在Dot Application Path中输入G:\Study\graphviz2.26\bin\dot,G:\Study\graphviz2.26是安装目录。
三.中英文本体构建方法a.英文本体构建OWL本体由Individual个体,Properties(Object Properties对象属性和Data Properties数据属性)属性或关联,Class类组成,三者分别和实例Instances,扩展连接点Slot,类Class相通信。
在protégé中最重要的就是Classes(类),Object Properties(对象属性或关联),Data Properties (数据属性),Individuals(个体)这四个栏目。
OWL Viz类关系层次图,DL Query类查询或简单推理,OntoGraf本体关系图,这三个栏目辅助进行构建本体。
Classes类它是个体的集合,如class fruit,它可以是个体apple,banana,orange等组成的集合。
SubclassOf,Equivalent,Disjoint是类的三大axiom公理,可以理解为类与类之间的关系:类与类之间存在父子关系,即superclass父类,subclass子类;Equivalent class相同类,主要用于推理;Disjoint classes互不相交关系,即一个个体不能同时属于两个类。
在protege4.2左边部分可以分别Add subclass创建子类,Add sibling class创建兄弟类,Delete selected classes 删除选中类三个操作,右上部分的Annotations(注释)对类进行注释,在简单本体构建中用处不大。
右下方的Description(表达式,表现)非常重要。
1.Equivalent classes相等类,用来定义与当前类相等等同的类,或not class不相等的类,主要用来推理,如,A,B是class m的个体,class n是class m的Equivalent classes,则推理机可以退出A,B也是class n的个体。
2.Superclasses 超类或父类,定义当前类的父类,限制类,打开项目,选择Object restriction creator(创建对象限制),选择Restriction property(对象属性),Restriction filler(类),Restriction type,Some存在量词,Only全称量词,Min基数量词最小值,Max基数量词最大值,Exactly 基数量词准确值,这些是约束属性的条件,用来限制对象属性的。
如下图:class Giraffe长颈鹿类eat(对象属性,谓词)only(全称量词,约束限制eat)leaf(叶子类),理解为一句话:长颈鹿只吃叶子。
建立本体中,通过类似的语句,如他是我的朋友(类‘他’,类‘我的朋友’,对象属性‘是’名词型),大鱼吃小鱼(类‘大鱼’,类‘小鱼’,动词‘吃’动宾型),中国直辖市是北京市,天津市,上海市,重庆市(集合型)等构建对象属性和类,它可以将生活中的语句进行抽象,转化为计算机可以理解的语言,然后推理机就可以进行推理。
3.Inherited anonymous classes继承匿名类,继承父类,匿名类定义在父类中,被子类继承,是子类的必要条件,上例中,食草动物Herbivore在Superclasses定义了eat only Plant,被子类Giraffe继承,是子类Giraffe存在逻辑的必要条件。
4.Members成员,类中的个体,打开Add individual,可以添加个体,添加后从Classes转换到Individual,可以得到相应类的个体,如下图增加Giraffe的一个Members ,wangwang,在类的Individual中可以找到5.Keys关键字,描述类的行为或属性。
6.Disjoint classes互不相交类,即不存在一个个体同时属于两个Disjoint class,如下图,食草动物Herbivore与食肉动物carnivore不相交,定义类Herbivore的Disjoint classes为carnivore,则在类carnivore中的Disjoint classes显示为Herbivore,两个类互为Disjoint classes。
7.Disjoint union of互不相交类的集合,即一个类的所有子类都不相交,如,类‘中国直辖市’,子类‘北京市’,‘天津市’,‘上海市’,‘重庆市’,四个子类均不相交,构成类‘中国直辖市’。
Object Properties对象属性它用来连接两个个体,如上例中class Giraffe长颈鹿类eat(对象属性,谓词)only(全称量词,约束限制eat)leaf(叶子类)其中eat谓词就是已经定义的对象属性,连接两个类Giraffe和leaf。
在protege4.2中打开Object Properties,左边部分可以分别Add sub property 创建子属性,Add sibling property创建兄弟属性,Delete selected properties删除选中属性三个操作,右上部分的Annotations(注释)对属性进行注释,Usage查看当前对象属性的使用情况,如下图发现四个使用记录。
右下方的Characteristic(特征),Description(表达式,表现)非常重要。
Characteristic(特征),定义对象属性的性质,也可以称为函数属性,传递属性等。
1 Functional函数性,当前对象属性标注了这个性质,说明该对象属性只能连接一个个体。
如:我的最好的朋友是小张,两个类‘我’,‘小张’,对象属性‘最好的朋友是’我的最好的朋友是小王,两个类‘我’,‘小王’,对象属性‘最好的朋友是’,同时声明这两个语句,如果定义对象属性‘最好的朋友是’为Functional函数性,那么可以推理出是小张和小王是同一个人。
2 Inverse functional逆函数性,是Functional函数性的反性质,对于一个给定的个体,只有最多一个个体能通过该属性连接那个个体。
如:小张的最好的朋友是我,小王的最好的朋友是我,定义对象属性‘最好的朋友是’为Inverse functional逆函数性,那么可以推理出是小张和小王是同一个人。
3 Transitive传递性,具有传递性,如:A大于B,B大于C,如果定义对象属性‘大于’为Transitive 传递性,那么可以推理出A大于C.4 Symmetric对称性,两个个体关系对称,如:A的同学是B,B的同学是A,对象属性‘同学’就具有Symmetric对称性。
具有对称性,不能具有函数性和逆函数性,如:A的儿子是B,不能说成B的儿子是A。
5 Asymmetric不对称性,Symmetric对称性的反。
6 Reflexive自反性,自身与自身相关联。
7 Irreflexive不自反性,Reflexive自反性的反。
Description(表达式,表现)1 Domain定义域,或类型。
如下图,eat的定义域为Animal,即Animai eat something。
2 Range值域,如下图,mainEat的值域为Animal,即Something mainEat Animal属性连接的是定义域的个体到值域的个体,对象属性的定义域和值域主要用来推理。