蛋白质分析
蛋白质的鉴定原理
蛋白质的鉴定原理蛋白质的鉴定原理可以通过多种方法进行，其中包括物理方法、化学方法和生物学方法。
下面将详细介绍蛋白质鉴定的各种方法及其原理。
1. 物理方法：物理方法主要是通过蛋白质的物理特性进行鉴定。
包括分子量的测定、蛋白质的电泳、质谱等方法。
(1) 分子量的测定：分子量是蛋白质的一个重要特性，可以通过凝胶过滤、凝胶电泳、超高速离心等方法来测定。
其中，凝胶电泳是一种常用的分析方法，通过将蛋白质样品加入聚丙烯酰胺凝胶中，经过电泳后蛋白质在凝胶上的迁移距离与分子量呈正相关，可根据分子量标准曲线来确定待测蛋白质的分子量。
(2) 蛋白质的电泳：电泳是通过蛋白质在电场中的迁移来进行分离和鉴定的方法。
主要有聚丙烯酰胺凝胶电泳、聚丙烯酰胺SDS凝胶电泳以及等电点电泳等。
其中，SDS-PAGE是最为常用的蛋白质电泳方法，它通过在样品中加入吸附剂SDS 来赋予蛋白质带电性，使得蛋白质在电场中按照大小分子量移动，从而实现分离和鉴定。
(3) 质谱法：质谱法是利用蛋白质的质量-电荷比进行分析的方法。
常用的质谱方法有飞行时间质谱、质量分析检测和质谱成像等。
质谱法可以测定分子量、氨基酸序列、修饰位点等信息，是蛋白质结构鉴定的重要手段。
2. 化学方法：化学方法主要是通过蛋白质的化学性质进行鉴定。
包括氨基酸分析、肽链测序等方法。
(1) 氨基酸分析：氨基酸分析是确定蛋白质的氨基酸组成和含量的方法。
常用的方法包括离子交换色谱、氨基酸自动分析仪等。
通过将蛋白质样品水解，分离出各种氨基酸，再经过定量分析得到各个氨基酸的含量，从而鉴定蛋白质的氨基酸组成。
(2) 肽链测序：肽链测序是通过逐步水解肽链中的氨基酸，利用一系列化学反应和质谱分析方法来确定蛋白质的氨基酸序列。
常用的方法包括肽质谱法、域内肽定位法等。
通过测定每个氨基酸的位置和序列，可以确定蛋白质的完整序列，从而进行鉴定。
3. 生物学方法：生物学方法主要是通过蛋白质的生物学特性进行鉴定。
常见的蛋白质结构解析方法
常见的蛋白质结构解析方法蛋白质是生物体中最基本的功能分子之一，其结构与功能密切相关。
了解蛋白质的结构可以揭示其功能，并为药物设计、生物工程等领域提供重要参考。
下面将介绍一些常见的蛋白质结构解析方法。
一、X射线晶体学X射线晶体学是最常用的蛋白质结构解析方法之一。
该方法利用蛋白质晶体对X射线的衍射现象进行分析，从而得到蛋白质的高分辨率结构。
X射线晶体学需要先获得蛋白质的结晶样品，然后通过冷冻技术将样品冷冻到液氮温度下。
接下来，将样品置于X射线束中，通过测量X射线的衍射图样，利用数学方法进行模型构建和优化，最终确定蛋白质的三维结构。
二、核磁共振核磁共振（NMR）是一种利用原子核的磁性性质来解析蛋白质结构的方法。
在NMR实验中，蛋白质溶液会被置于强磁场中，并通过给予一系列的脉冲序列来激发原子核的共振信号。
通过测量这些信号的频率和强度，可以获得蛋白质的二维或三维结构信息。
与X射线晶体学相比，NMR可以在溶液中进行，因此可以研究蛋白质的构象动力学和相互作用等方面。
三、电子显微镜电子显微镜（EM）是一种利用电子束与蛋白质样品相互作用来解析其结构的方法。
与传统的光学显微镜不同，电子显微镜使用的是电子束，具有更高的分辨率。
在EM实验中，蛋白质样品被冷冻或固定在网格上，然后用电子束照射样品。
通过收集和处理电子显微镜图像，可以得到蛋白质的三维结构。
电子显微镜在解析大分子复合物和蛋白质超分子结构方面具有独特的优势。
四、质谱法质谱法是一种通过测量蛋白质的质量和电荷来解析其结构的方法。
质谱法可以分析蛋白质的分子量、氨基酸序列、修饰和折叠状态等信息。
常见的质谱法包括质谱仪、飞行时间质谱和串联质谱等。
质谱法可以快速、高效地分析蛋白质样品，特别适用于高通量蛋白质组学研究。
五、计算方法除了实验方法外，计算方法也在蛋白质结构解析中发挥着重要作用。
通过计算方法，可以预测蛋白质的二级结构、三级结构和折叠动力学等信息。
常用的计算方法包括分子力学模拟、蒙特卡洛模拟和分子动力学模拟等。
蛋白质结构分析
蛋白质结构分析蛋白质是生物体内功能多样且重要的分子，扮演着许多生命过程中的关键角色。
为了深入理解蛋白质的功能和性质，研究者们经常进行蛋白质结构分析。
本文将探讨常用的蛋白质结构分析方法，包括X射线晶体学、核磁共振、电子显微镜和质谱。
一、X射线晶体学X射线晶体学是最常用也是最常见的蛋白质结构分析方法之一。
它通过测量蛋白质晶体中X射线的衍射图样来确定蛋白质的原子位置。
首先，需要得到高质量的蛋白质晶体。
然后，使用X射线照射晶体，通过检测和记录衍射图样，再经过更进一步的计算和模型构建，得到蛋白质的三维结构。
这种方法的优势在于能够提供高分辨率的结构信息，但需要获得高质量的蛋白质晶体，这可能是其主要的挑战之一。
二、核磁共振核磁共振（NMR）是一种非常强大且灵活的蛋白质结构分析技术。
它利用蛋白质分子中的核自旋磁矩与外加磁场之间的相互作用来获得关于分子的结构和动力学信息。
通过NMR技术，可以研究溶液中的蛋白质以及蛋白质与其他分子的相互作用。
与X射线晶体学相比，NMR 技术的优势在于可以研究蛋白质在溶液中的构象。
然而，NMR技术对于大型蛋白质的分析有一定的限制。
三、电子显微镜电子显微镜（EM）是一种强大的蛋白质结构分析工具，能够提供高分辨率的蛋白质图像。
与X射线晶体学和NMR技术相比，电子显微镜能够直接观察蛋白质的超微结构。
通过电子显微镜，研究者们可以观察蛋白质在不同条件下的构象变化以及蛋白质与其他分子的相互作用。
然而，电子显微镜需要处理大量的图像数据，并且对样品的制备和处理要求较高。
四、质谱质谱是一种测量蛋白质质量的方法，通过对蛋白质样品中的离子进行分析和鉴定，从而得到蛋白质的质量信息。
质谱可以通过质量分析仪器将蛋白质分子离子化并分离，然后通过质谱仪测量离子的质荷比，从而确定蛋白质的质量。
质谱的优势在于可以高效地鉴定蛋白质样品中的蛋白质种类、修饰和相对丰度。
然而，质谱技术在蛋白质结构的确定方面有一定的局限性。
综上所述，蛋白质结构分析涉及多种技术和方法，包括X射线晶体学、核磁共振、电子显微镜和质谱。
蛋白质生物化学分析技术
蛋白质生物化学分析技术蛋白质是生物体内极其重要的分子，具有多种功能。
为了深入了解蛋白质的结构、功能以及参与的生物过程，生物化学分析技术成为不可或缺的手段。
本文将介绍几种常用的蛋白质生物化学分析技术，帮助读者更好地理解蛋白质研究的重要性。
一、蛋白质的分子量测定技术蛋白质的分子量是指蛋白质分子中所含的氨基酸残基数目。
分子量测定技术有多种方法，其中最常用的是SDS-PAGE凝胶电泳。
SDS-PAGE通过聚丙烯酰胺凝胶电泳，在一定条件下将蛋白质按照大小分离开来，从而确定分子量。
这种技术简单易行，广泛应用于蛋白质生物化学研究中。
二、蛋白质的二级结构分析技术蛋白质的二级结构是指蛋白质分子中氨基酸残基之间的空间排布关系，包括α螺旋、β折叠等。
常用的二级结构分析技术有圆二色谱和傅里叶变换红外光谱技术。
圆二色谱能够直接测定蛋白质的二级结构特征，而傅里叶变换红外光谱则可以提供蛋白质分子的整体结构信息。
三、蛋白质的三维结构分析技术蛋白质的三维结构是指蛋白质分子中各个氨基酸残基之间的空间排布关系，包括α螺旋、β折叠等。
X射线晶体学和核磁共振技术是常用的蛋白质三维结构分析技术。
X射线晶体学通过分析蛋白质晶体的衍射图像来确定其空间结构，而核磁共振技术则可以解析蛋白质的原子级结构。
四、蛋白质的功能分析技术蛋白质的功能是其最重要的特性之一，常用的蛋白质功能分析技术包括酶活性测定、蛋白质-蛋白质相互作用分析以及质谱技术。
酶活性测定可以确定蛋白质在生物体内的代谢功能，蛋白质-蛋白质相互作用分析则可以揭示蛋白质参与的生物过程，而质谱技术可以帮助鉴定蛋白质分子中的氨基酸残基。
结语蛋白质生物化学分析技术在现代生物医药领域中扮演着重要的角色，对于探索蛋白质的结构、功能和相互作用机制具有不可替代的意义。
通过学习和掌握这些技术，我们可以更好地理解蛋白质这一类分子在生物体内的作用，为生命科学研究的发展提供有力支持。
希望本文所介绍的蛋白质生物化学分析技术能够对读者有所帮助，激发大家对生物化学领域的兴趣，推动科学技术的进步。
蛋白质质谱分析技术
蛋白质质谱分析技术蛋白质质谱分析技术是一种广泛应用于生物医学研究和药物开发领域的重要分析方法。
它通过测定蛋白质的分子质量、结构以及相互作用等信息，为科学家提供了深入了解蛋白质功能和疾病机制的有力工具。
本文将介绍蛋白质质谱分析技术的原理、方法及其在不同领域的应用。
一、蛋白质质谱分析技术的原理蛋白质质谱分析技术基于质谱仪的原理，该仪器能够将蛋白质分子转化为离子，并通过质谱分析技术对离子进行检测和分析。
质谱分析技术主要包括四个步骤：样品制备、质谱仪分析、数据获取和解析。
在样品制备过程中，蛋白质通常需要经过蛋白质提取、纯化和消化等处理步骤，以获取高质量的样品。
随后，样品通过不同的离子化方法（如电喷雾离子化或激光解析离子化）将蛋白质转化为离子化的状态，并进入质谱仪进行分析。
质谱仪中的离子分离装置（如时间飞行法或四极杆）能够按照质量-电荷比将离子分离并进行测量。
最后，通过数据的获取和解析，科学家可以获得蛋白质的分子质量、序列信息、结构以及相互作用等重要参数。
二、蛋白质质谱分析技术的方法蛋白质质谱分析技术包括多种不同的方法和技术，下面将介绍其中的一些常用方法。
1. 质谱仪类型质谱仪分为多种类型，包括飞行时间质谱仪（TOF）、电子捕获质谱仪（ESI-MS）、多杆质谱仪等。
不同类型的质谱仪适用于不同的蛋白质分析需求，具有不同的优势和适用范围。
2. 核心技术蛋白质质谱分析中的核心技术包括蛋白质消化、亲和纯化、离子化方法以及质谱数据分析等。
消化方法如胰蛋白酶消化、化学消化等可将复杂蛋白质分子分解为易于分析的肽段。
亲和纯化方法则能够富集特定的蛋白质或肽段。
离子化方法常用的有电喷雾离子化和激光解析离子化，能够将蛋白质或肽段转化为离子态以进行分析。
质谱数据的解析和处理涉及到数据库比对、蛋白质定量以及结构分析等多个方面。
三、蛋白质质谱分析技术的应用蛋白质质谱分析技术在生物医学研究和药物开发领域有着广泛的应用。
1. 蛋白质鉴定蛋白质质谱分析技术可以用于鉴定复杂混合物中的蛋白质成分，如细胞蛋白质组、组织蛋白质组等，为研究蛋白质功能和疾病相关基因的表达提供重要的手段。
蛋白质分离和分析技术
蛋白质分离和分析技术蛋白质是生物体内最基本的分子组成部分之一，具有多种生物功能，包括结构支撑、酶催化、激素调节、免疫防御等。
因此，对蛋白质的研究一直是生物学研究的核心内容之一。
蛋白质分离和分析技术是实现蛋白质研究的基础和关键技术。
一、蛋白质分离技术蛋白质在生物体内存在形态和组合复杂，分子量大小、电荷、亲水性、疏水性、酸碱性、结构、功能等差异都很大，因此，分离不同种类和不同性质的蛋白质需要不同的方法和手段。
1、离心分离离心分离是最基本的蛋白质分离技术之一，利用离心力反复离心沉淀和悬液，将分子量大的蛋白质沉淀下来。
离心分离可以分离不同粒径的蛋白质，比如将细胞碎片离心去除，获得细胞内蛋白质，或将血液中蛋白质分离出血清等。
2、电泳分离电泳分离是一种利用蛋白质电荷和分子量差异的分离技术。
根据蛋白质分子量的不同，可以通过聚丙烯酰胺凝胶电泳、聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳、SDS-PAGE等方法进行分离。
此外，对于疏水性很强的蛋白质，可以采用反相高效液相色谱分离。
3、层析分离层析分离是一种将混合物中的化合物在不同固相载体上以不同速率进行吸附、解吸，并逐步分离的技术。
根据生物分子大小、形态、电荷、极性和疏水性等不同特性，可以选择葡聚糖、离子交换树脂、亲和层析、逆相层析和大小排除层析等技术，对蛋白质进行有效分离。
二、蛋白质分析技术蛋白质分析技术是将分离得到的蛋白质进行定量和定性分析的技术，因此必须使用一些准确、快速和灵敏的手段和方法。
1、质谱分析质谱分析是一种利用蛋白质分子量和氨基酸序列等信息进行定性和定量分析的技术。
质谱分析的应用广泛，如金标记定量、蛋白质鉴定、蛋白质相互作用研究等。
2、蛋白质组学蛋白质组学是研究生物系统内所有蛋白质的组成、结构和功能等的一种研究手段。
包括蛋白质芯片技术、蛋白质组分组分析、蛋白质功能分析、蛋白质结构分析等。
3、分子生物学技术分子生物学技术可以用于检测、表征和分析蛋白质活性和功能。
包括基因克隆、PCR扩增、限制酶切、序列分析等，对于相同或者不同种类的蛋白质进行高精度定量和分析。
生物学中的蛋白质结构分析
生物学中的蛋白质结构分析蛋白质是生命体内最为基本的分子之一，广泛存在于我们身体的各种组织和细胞中，发挥着重要的生命功能。
蛋白质的结构决定了它的功能，因此，分析蛋白质的结构成为了生物学研究中的一个重要课题。
本文将从蛋白质结构的层次和分析方法两个方面介绍生物学中的蛋白质结构分析。
一、蛋白质结构的层次蛋白质分子有四个级别的结构，从简单到复杂依次为：一级结构、二级结构、三级结构和四级结构。
1. 一级结构蛋白质的一级结构指的是氨基酸序列，也就是由20种不同的氨基酸组成的线性多肽链，通常用字母表示。
蛋白质的一级结构规定了其二级、三级和四级结构的形成方向。
2. 二级结构蛋白质的二级结构是由局部的氢键相连而形成的折叠方式，主要有α（螺旋）和β（折叠）两种不同的结构。
螺旋结构是由多个氨基酸残基环绕成螺旋形态而形成的结构，而折叠结构则是由多个氨基酸残基之间通过氢键相连而形成的结构。
3. 三级结构蛋白质的三级结构是由二级结构部分的折叠和相邻区域的氨基酸残基相互作用而形成的。
通常而言，蛋白质的三级结构是关键的结构层次，决定了蛋白质的生物活性。
4. 四级结构蛋白质的四级结构指的是由多个多肽链聚合在一起而形成的复合体结构。
一般来说，每个多肽链都有自己的三级结构，而在形成蛋白质复合体时，多个多肽链会通过不同的相互作用力相互结合而形成四级结构。
二、蛋白质结构分析的方法蛋白质结构的分析方法主要分为四种：X射线衍射方法、核磁共振方法、电子显微镜方法和计算模拟方法。
1. X射线衍射方法X射线衍射方法是目前应用最广泛的分析蛋白质结构的方法，也是获取高分辨率蛋白质结构信息的最主要手段。
这种方法是利用X射线穿过晶体，经过晶体内原子的散射后形成衍射光斑，进而通过衍射光斑的形态和强度来推测晶体中原子的位置，从而得到晶体的结构信息。
2. 核磁共振方法核磁共振方法是一种利用核磁共振现象进行分析的方法，可以提供生物分子在溶液中的结构信息。
这种方法在分析大分子生物分子的结构中比较适用。
蛋白质的定量和定性分析方法
蛋白质的定量和定性分析方法蛋白质是生物体内最重要的功能分子之一，对于研究生物体的结构和功能具有重要意义。
为了准确地了解蛋白质的含量和性质，在科学研究和实际应用中，我们需要使用定量和定性分析的方法来研究蛋白质。
一、定量分析方法1. 低里德伯法（Lowry method）低里德伯法是一种经典而广泛应用的蛋白质定量方法。
该方法利用蛋白质与碱式铜络合物在碱性条件下反应生成蓝色产物，通过比色法测定溶液的吸光度来计算蛋白质含量。
这是一种灵敏且相对简单的方法，适用于大多数蛋白质样品的定量分析。
2. 比色法（Colorimetric assay）比色法是一种常用的蛋白质定量方法，通过蛋白质与染料的结合来测定蛋白质浓度。
常用的染料有布拉德福蓝（Bradford）、库吉铃蓝（Coomassie Brilliant Blue）、BCA法（Bicinchoninic Acid assay）等。
这些染料与蛋白质结合后形成一种复色物，通过比色法测定溶液的吸光度可以定量分析蛋白质。
比色法具有操作简便、灵敏度高等特点，被广泛应用于蛋白质定量领域。
3. 分子标记法（Molecular tagging method）分子标记法是一种新兴的蛋白质定量方法，利用特定的分子标记物（如荧光染料、放射性示踪剂等）标记蛋白质，然后通过测定标记物的荧光强度或放射性信号来计算蛋白质浓度。
分子标记法具有高灵敏度、高特异性等优点，适用于微量蛋白质的定量测定。
二、定性分析方法1. SDS-PAGE（Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis）SDS-PAGE是一种常用的蛋白质定性分析方法，通过电泳将蛋白质在聚丙烯酰胺凝胶中分离出来。
在电泳过程中，蛋白质在SDS（十二烷基硫酸钠）的作用下具有相同的电荷密度，只受到大小的限制而移动。
蛋白质在凝胶中的分离程度取决于其分子量大小，可以通过对比标准品的迁移距离来估计样品中蛋白质的相对分子量。
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对要分析的序列的输入格式有要求，FASTA （Pearson）格式 >sequence 1 ATTGCAGTTCGCA …… >sequence 2 ATAGCACATCGCA… …
分析方法（举例） 在Swiss Institute Bioinformatics（SIB）的EXPSY 分析主页（http://www.expasy.ch）的“Tools and software package” 栏目中点击“Alignment” 在“Alignment” 网页的Sequence alignment－ Multiple－CLUSTALW栏目中选择“My Hits”网 站 在ClustalW网页粘贴序列，点击“align”
的周期较长。 近年发展起来的多维核磁共振方法可以直接测定蛋白质在溶液中的构象，但是由 于对样品的需要量大、纯度要求高，被测定的蛋白质的分子量一般不超过20000 Da等原因，也受到很大限制。
截至2008年6月，与迅速增长的庞大基因组核酸数据相反，已知三级结构的蛋白数量还 不到6万个。（来自蛋白结构数据PDB的统计）
分析基因或蛋白质的功能
2008-3-17
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1. 多序列对位排列分析 （multiple sequence alignment)
两条以上序列的对位排列分析 反转录转座子的反转录酶序列片段
核苷酸序列或氨基酸序列 可以发现保守的结构域（重要功能位点？） 多序列排列时允许插入空位
ClustalW：目前公认的的最好的进行 Multiple sequence alignment 的方法之一 Internet 上的许多网站具有ClustalW分析软件 可以下载
引物设计要点
• 可能的错误引发位点决定于引物序列组成与模板序列组成 的相似性，相似性高则错误引发率高，错误引发的引发率 一般不要高过100，最好没有错误引发位点，如此可以保证 不出非目的产物的假带。 • 引物二聚体及发夹结构的能量一般不要超过4.5，否则容易 产生引物二聚体带而且会降低引物浓度从而导致PCR正常 反应不能进行。 • 对引物的修饰一般是增加酶切位点，应参考载体的限制酶 识别序列确定，常常对上下游引物修饰的序列选用不同限 制酶的识别序列，以有利于以后的工作。
蛋白质亚单位之间的结合结构
二级和三级结构之间的结构 在“Primary structure analysis”
栏目选择“Paircoil”分析软件
在Paircoil主页粘贴序列
分析结果（文字和图)
（三） 分析蛋白质的三级结构 1. 根据已知蛋白质结构推测未知蛋白质结构
BLAST 检索
在蛋白质结构数据库（PDB） 中检索同源蛋白质的结构
同源建模法预测蛋白质三级结构一般由四步完成：
从待测蛋白质序列出发，搜索蛋白质结构数据库（如
PDB,SWISS-PROT等），得到许多相似序列（同源序列），选
定其中一个（或几个）作为待测蛋白质序列的模板； 待测蛋白质序列与选定的模板进行再次比对，插入各种可能的空 位使两者的保守位置尽量对齐； 建模：调整待测蛋白序列中主链各个原子的位置，产生与模板相 同或相似的空间结构，待测蛋白质空间结构模型； 利用能量最小化原理，使待测蛋白质侧链基团处于能量最小的位 置。
分析内容
蛋白质的氨基酸组成
等电点（pI）
分子量（molecular weight, Mw） 疏水性（hydrophobicity） 其它
1. 分析蛋白质的pI、Mw、氨基酸组成 ExPASy 主页选择 Primary structure analysis 在“Primary structure analysis”栏目选择 “ProtParam”分析软件 在ProtParam主页粘贴序列进行分析 蛋白质的 pI、Mw、氨基酸组成、消光系数、 半衰期、稳定系数等
蛋白质的三维构象，也称空间结构或高级结构，是指蛋白质分子中原子和基团在 三维空间上的排列、分布及肽链的走向。高级结构是蛋白质表现其生物功能或活 性所必须的。 X射线晶体学方法是至今为止研究蛋白质结构最有效的方法，所能达到的精度是
任何其他方法所不能比拟的，它的缺点是蛋白质的晶体难以培养，晶体结构测定
2. 通过分子建模（molecular modeling） 分析蛋白质三维结构
分析复杂
适用于专业人员 ExPASy 主页选择 tertiary structure tools
在“tertiary structure prediction ”栏 目选择一个分析工具，email服务
蛋白质高级结构的预测
在nnPredict主页选择分析结构种类、粘贴序列
分析结果
2. 预测蛋白质的其它二级结构 在“Secondary structure prediction”栏目选择 “SOPMA”分析软件
在SOPMA主页选择分析结构种类、粘贴序列
－螺旋、栅栏和其它二级结构，有图形显 示的分析结果
3. 预测蛋白质的coiled coil位点 由2－4个－螺旋组成
二级结构：主要由氢键维系的结构（α-helix、 β-sheet等）
三级结构：二级结构进一步折叠形成的结构域 许多生物信息学网站具有分析蛋白质性质和结 构的软件:/bio.html 2008-3-17
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（一） 分析蛋白质的一级结构 一级结构：蛋白质的氨基酸序列
（二） 分析蛋白质的二级结构
二级结构：主要是氢键维持的结构 • －螺旋（-helix） • －折叠（-sheet） • 弯（turn）
1. 预测蛋白质的－螺旋和－折叠结构
ExPASy 主页选择 Secondary structure prediction
在“Secondary structure prediction”栏目选择 “nnPredict”分析软件
WPDB
Cn3D
http://www.n cbi.nlm.nih.g ov/Structure/ CN3D/cn3d.s html
四） 分析膜蛋白质
膜蛋白种类 膜镶嵌蛋白质 膜附着蛋白质
预测蛋白质的跨膜区 ExPASy 主页选择Post-translational modification and topology prediction 在“Topology prediction”栏目选择“SOSUI” 分析工具 在SOSUI主页选择分析“SOSUI”分析软 件
2. 分析蛋白质的重复序列 在“Primary structure analysis”栏目选择“REP”分 析软件 在REP主页粘贴序列，点击 “Search for repeats”
分析结果
3. 分析蛋白质的疏水性 ExPASy 主页选择 Primary structure analysis
在“Primary structure analysis”栏目选择 “ProtScale”分析软件 在ProtScale主页粘贴序列、选择分析方法 蛋白质的亲水和疏水性分析结果，有图形 （1、2）显示的分析结果
多序列对位排列结果
点击“Optional output formats”中的“clustalw (aln)获得文本格式的排列结果
第五讲
蛋白质性质和结构分析
蛋白质性质和结构分析
序列相似的蛋白质具有相似的三维结构
不同蛋白质中相同的结构域（domain）具有相 似的功能
分析蛋白质的功能
一级结构：氨基酸的排列顺序
PCR 引物设计
引物设计的原则
首先引物要跟模板紧密结合； 其次引物与引物之间不能有稳定的二聚 体或发夹结构存在；
最后引物不能在别的非目的位点引起高
效DNA聚合反应(即错配)。
引物设计需要考虑的因素
围绕这几条基本原则，设计引物需要考虑 诸多因素，如： • 引物长度（primer length）， • 产物长度（product length）， • 序列Tm值 (melting temperature)， • ΔG值(internal stability)， • 引物二聚体及发夹结构（duplex formation and hairpin）， • 错误引发位点（false priming site）， • 引物及产物GC含量（composition），有 时还要对引物进行修饰，如增加限制酶切点， 引进突变等。
SWISS-MODEL 蛋白质结构预测
SWISS-MODEL利用同源建模的方法实现对一段未知序列的三级结构的预测。该服务创 建于1993年，开创了自动建模的先河，并且它是讫今为止应用最广泛的免费服务之一。 //SWISS-MODEL.html
至少有一个带正电荷的氨基酸
ExPASy 主页选择 Post-translational modification and topology prediction
在“Post-translational modification”栏目选择 “SignalIP”分析软件 在SignalIP网页选择物种参照和分析方法，粘贴 序列 分析结果
引物设计要点
• 一般引物的长度为16-23bp，常用的长度为18-21bp， 过长或过短都不合适。 • 引物3’端的碱基一般不用A，因为A在错误引发位点 的引发效率相对比较高，而其它三种碱基的错误引发 效率相对小一些。 • 引物的GC含量一般为45-55%，过高或过低都不利于 引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。
First Approach mode(简捷模式）
这种模式提供一个简捷的用户介面：用户只需要输入一条氨基酸序列，服务器就会自动
选择合适的模板。如果一条模板与提交的目标序列相似度大于25%，建模程序就会自动开 始运行，结果以Email形式返回。
常用观看蛋白三级结构的软件
RasMol
http://www .openrasm /
关于引物的自动搜索和评价分析